בכתב יד זה, אנו מציגים פלטפורמת קריוהיסטולוגיה אוטומטית למחצה בעלת תפוקה גבוהה להפקת תמונות מרוכבות מיושרות של מדדי תגובה מרובים ממספר סבבים של הדמיה פלואורסצנטית על חלקים קפואים של רקמות מינרליות.
הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.
מאמר שיטה
בכתב יד זה, אנו מציגים פלטפורמת קריוהיסטולוגיה אוטומטית למחצה בעלת תפוקה גבוהה להפקת תמונות מרוכבות מיושרות של מדדי תגובה מרובים ממספר סבבים של הדמיה פלואורסצנטית על חלקים קפואים של רקמות מינרליות.
יש צורך הולך וגובר בפנוטיפ והיסטופתולוגיה יעילים של מגוון רקמות. הצורך הזה בפנוטיפ ניכר בפרויקטים השאפתניים לשבש כל גן בגנום העכבר. קהילת המחקר זקוקה לאמצעים מהירים וזולים לפנוטיפ רקמות באמצעות היסטולוגיה. ניתוחים היסטולוגיים של רקמות השלד הם לרוב גוזלים זמן וכמותיים למחצה במקרה הטוב, ודורשים באופן קבוע פרשנות סובייקטיבית של שקופיות מאנשים מאומנים. כאן, אנו מציגים פרדיגמה קריוהיסטולוגית לפנוטיפ יעיל וזול של רקמות מינרליות. ראשית, אנו מציגים שיטה חדשה של הקפאה מיוצבת סרט המשמרת את המורפולוגיה של רקמות מינרליות. לאחר מכן חלקים אלה מודבקים בצורה נוקשה לשקופיות זכוכית ומצולמים שוב ושוב על פני מספר סבבי צביעה. לאחר מכן, התמונות המתקבלות מיושרות באופן ידני או באמצעות תוכנת מחשב כדי להפיק ערימות מורכבות של מספר תמונות בשכבות. הפרוטוקול מאפשר לוקליזציה משותפת של אותות מולקולריים רבים לתאים ספציפיים בתוך קטע נתון. בנוסף, ניתן לכמת את האותות הפלואורסצנטיים הללו באופן אובייקטיבי באמצעות תוכנת מחשב. פרוטוקול זה מתגבר על רבים מהחסרונות הקשורים להיסטולוגיה של רקמות מינרליות ויכול לשמש פלטפורמה לפנוטיפ בעל תפוקה גבוהה ותכולה גבוהה של רקמות שריר ושלד בתנועה קדימה.
מחקר ביולוגי לעתים קרובות דורש phenotyping ביותר, אשר מזוהה לעתים קרובות עם איזשהו ניתוח היסטולוגית 1-3. צורך זה בולט עוד יותר עם פרויקטים שאפתניים לשבש כל גן של העכבר הגנום 4. ניתוחים היסטולוגית אלו יכולים לנוע בין הערכת מורפולוגיה תאים ו / או תכונות אנטומיות לביטוי מיפוי של גנים ספציפיים או חלבונים בתאים בודדים. למעשה, אחת תרומות יסוד של היסטולוגיה לתחום הגנומיקה היא היכולת לקשר בין אות מולקולרית ספציפית לסוג באזור או תאים ספציפי.
שיטות מסורתיות של היסטולוגיה, במיוחד עבור רקמות שריר-שלד, הם בדרך כלל זמן רב ומייגע, מחייב לפעמים שבועות כדי לתקן, decalcify, סעיף, כתם, ותמונת הדגימה מכן לנתח את התמונות באמצעות פרשנות אנושית. ניתוח אותות מולקולריים מרובים, אם באמצעות אימונוהיסטוכימיה, באתרו hybridizatיון, או כתמים מיוחדים, דורשים סעיפים רבים, ואפילו דגימות מרובות לביצוע כראוי. בנוסף, מספר תגובות האפשריות אלה לא יכולים להיות שותף מקומי לאותו תא ולפעמים לא יכול להיות שותף מקומי לאזור מסוים בתוך דגימה נתונה. ככל שתחום גנומיקה epigenomics נע לתוך העידן הדיגיטלי, בתחום היסטולוגית חייב גם בעקבותיהם לספק תפוקה גבוהה ביותר, וניתוח אוטומטי של מגוון של אותות מולקולריים בתוך קטע היסטולוגית יחיד.
אכן, יש ביקוש עבור טכניקות היסטולוגית משופרות שיכול לשייך אותות מולקולריים מרובים תאים ספציפיים בתוך דגימה נתונה. לאחרונה, פרסמנו שיטת cryohistological תפוקה הגבוהה חדשה להערכת אמצעי מענה כמה בתוך קטע נתון מרקמות mineralized 5-14. התהליך כרוך לייצוב cryosection עם cryotape הקפוא, דבקות בסעיף המודבק נוקשה לשקופית מיקרוסקופ, וניצוח מספר סבבי מכתים והדמיה על כל מקטע. הסיבובים האלה של תמונות אז מיושרים באופן ידני או באמצעות אוטומציה המחשב לפני ניתוח התמונה (איור 1). כאן, אנו מציגים פרוטוקולים מפורטים של תהליך זה ולספק דוגמאות בהן טכניקות אלה שיפרו את הבנתנו של תהליכים ביולוגיים שונים.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
האוניברסיטה של ועדת טיפול בבעלי חיים מוסדיים מרכז בריאות קונטיקט ושימוש אישר את כל הנהלים בעלי חיים.
קיבוע 1. והטבעה
2. חתך רקמות Tape מיוצב
3. הדבקה של סעיפים כדי שקופיות מיקרוסקופ
4. בקשה של סמני הפניה ל'מצגות
5. סבבים רבים של מכתים
הערה: על ידי בחירת רצף תואם של הדמיה, מכתים, וצעדי reimaging, אפשר לזהות ושיתוף בתרגום אותות ביולוגיים רבים על אותו קטע הרקמה. כל סיבוב של reimaging הדמיה / מכתים / יש שיפותח עבור השאלה היסטולוגית בפרט. הדמיה / מכתים / רצף reimaging כרוך בדרך כלל רכישת אותות ניאון אנדוגני (למשל, ה- GFP הסלולר, צבעי מינרליזציה, in vivo בדיקות הדמיה) על הסיבוב הראשון של הדמיה ואחריו immunostaining מרובב פלורסנט סבבים רבים של כתמים הפעילות האנזימטית. לבסוף, בחלק ניתן מוכתמים באמצעות צבעים chromogenic (למשל, H & E, toluidine כחול, safranin O, וכו ') כדי להדגיש את מבנה רקמה. המוצגות בסעיף זה הם שיטות מותאמות אישית מותאמותפרוטוקולים זמינים מסחרי.
6. טיולי הדמיה מרובים
7. תמונה האסיפה
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
עבודה כללית עבור התפוקה הגבוהה, רבה-תמונת Cryohistology
איור 1 מייצג את זרימת העבודה הכללית המשמשת עבור טכניקה זו. היא כוללת מספר צעדים מן הקיבעון דרך מספר סבבי ההדמיה ולבסוף יישור תמונה / ניתוח. התהליך יכול לקחת קצת כמו בשבוע לצאת מן הקיבעון מדגם דרך 4 סיבובים של הדמיה, המהווה פחות זמן ממה שנדרש כדי decalcify אלה ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
כאן הצגנו פרוטוקול cryohistology מפורט לשתף למקם ולכמת כמה צעדים ביולוגיים על ידי יישור תמונות סבבים רבים של מכתים / הדמיה על קטע יחיד. השיטה התוותה באמצעות cryotape שימושית במיוחד כפי שהיא שומרת את המורפולוגיה של קשה רקמות סעיף (למשל, עצם וסחוס mineralized). בנוסף, רקמת מחולק היא דבקה בחוזקה לשקופית זכוכית, המאפשר סבבים רבים של מכתים / הדמיה של אותו סעיף; בניגוד לשיטות מסורתיות שם קטעי סדרה הם כל מוכתם בפרוטוקול אחר. באמצעות קטעי סדרה יכול להוות בעיה כאשר מנסים לשתף בתרג...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים פיננסיים מתחרים.
המחברים מבקשים להכיר במקורות המימון הבאים: NIH R01-AR063702, R21-AR064941, K99-AR067283 ו-T90-DE021989.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| 10% פורמלין ניטרלי | חומצי סיגמא אולדריץ' | HT501128-4L | מספר ספקים זמינים. רעיל. ניתן להחליף ב-4% פרפורמלדהיד. |
| סוכרוז | סיגמא אולדריץ' | S9378 | מספר ספקים זמינים. |
| PBS | Sigma Aldrich | P5368 | מספר ספקים זמינים. |
| Cryomolds | Fisher Scientific | Fisherbrand #22-363-554 | ניתן להשתמש בגדלים שונים בהתאם לרקמה |
| Cryomatrix | Thermo Scientific | 6769006 | ניתן להחליף בקריומטריה אחרת. עם זאת, שרפים מבוססי PVA/PEG עבדו הכי טוב בידיים שלנו. |
| 2-מתיל-בוטאן | סיגמא אולדריץ' | M32631 | מספר ספקים זמינים. |
| Cryostat | Leica Biosystems | 3050s | במותגים/דגמים אחרים. |
| דיסק דגימה | Leica Biosystems | 14037008587 | ניתן להחליף במותגים/דגמים אחרים. |
| להבי Cryostat | Thermo Scientific | 3051835 | ניתן להחליף במותגים/דגמים אחרים. |
| Cryotape | Section Lab | Cryofilm 2C | |
| Roller | Electron Microscopy Sciences | 62800-46 | במותגים/דגמים אחרים. |
| שקופיות מיקרוסקופ פלסטיק | מדעי מיקרוסקופ אלקטרונים | 71890-01 | ניתן להחליף במותגים/דגמים אחרים. |
| שקופיות מיקרוסקופ זכוכית | Thermo Scientific | 3051 | ניתן להחליף במותגים/דגמים אחרים. |
| דבק אופטי נורלנד, 61 | דבק אופטי נורלנד אופטי | נורלנד, 61 | |
| אור שחור UV | ג'נרל אלקטריק | F15T8-BLB | |
| חומצה אצטית קרחונית | סיגמא אולדריץ' | ARK2183 | מספר ספקים זמינים. |
| Chitosan | Sigma Aldrich | C3646 | מספר ספקים זמינים. |
| מיקרוסקופים אדומים InSpeck | ThermoFisher Scientific | I-14787 | |
| InSpeck green microspheres | ThermoFisher Scientific | I-14785 | |
| Calcein Blue | Sigma Aldrich | M1255 | מספר ספקים זמינים. |
| Calcein | Sigma Aldrich | C0875 | מספר ספקים זמינים. |
| קומפלקס אליזרין | סיגמא אולדריץ' | A3882 | מספר ספקים זמינים. |
| דמקלוציקלין | סיגמא אולדריץ' | D6140 | מספר ספקים זמינים. |
| NaHCO3 | Sigma Aldrich | S5761 | מספר ספקים זמינים. |
| גליצרול | סיגמא אולדריץ' | G5516 | מספר ספקים זמינים. |
| ELF 97 מצע פוספטאז חומצה פלואורסצנטית צהובה | ThermoFisher Scientific | E-6588 | |
| DAPI | ThermoFisher Scientific | 62247 | מספר ספקים זמינים. ניתן להחליף ב-Hoechst 33342 או בצבעים גרעיניים אחרים. |
| TO-PRO-3 (כתם נגד גרעיני Cy5) | ThermoFisher Scientific | T3605 | |
| Propidium Iodide | ThermoFisher Scientific | R37108 | מספר ספקים זמינים. |
| נתרן אצטט נטול מים | Sigma Aldrich | S2889 | מספר ספקים זמינים. |
| נתרן טרטרט דו-בסיסי דיהידרט | סיגמא אולדריץ' | T6521 | מספר ספקים זמינים. |
| נתרן ניטריט | סיגמא אולדריץ' | S2252 | מספר ספקים זמינים. |
| Tris | Sigma Aldrich | 15504 | מספר ספקים זמינים. |
| MgCl2 hexahydrate | Sigma Aldrich | M9272 | מספר ספקים זמינים. |
| NaCl | Sigma Aldrich | S7653 | מספר ספקים זמינים. |
| מהיר אדום TR מלח | סיגמא אולדריץ' | F8764 | מספר ספקים זמינים. ניתן להחליף גם בערכות מצע אחרות כגון Vector Blue (Vector Laboratories, Cat# SK-5300) |
| Naphthol AS-MX | סיגמא אולדריץ' | N4875 | מספר ספקים זמינים. |
| N,N dimethylformamide | Sigma Aldrich | D158550 | מספר ספקים זמינים. |
| טולואידין כחול O | Sigma Aldrich | T3260 | מספר ספקים זמינים. |
| Axio Scan.Z1 | Carl Zeiss AG | Axio Scan.Z1 | ניתן להשתמש גם בסורקים ליניאריים או אריחים אחרים. |
| סט מסנני DAPI | Chroma Technology Corp. | 49000 | |
| סט מסנני CFP | Chroma Technology Corp. | 49001 | |
| סט מסנני GFP | Chroma Technology Corp. | 49020 | |
| סט מסנני YFP | Chroma Technology Corp. | 49003 | |
| סט מסננים צהוב מותאם אישית (ELF 97) | Chroma Technology Corp. | מנהג; HQ409sp, HQ555/30m, 425dxcr | |
| TRITC סט מסננים | Chroma Technology Corp. | 49004 | |
| Cy5 סט מסננים | Chroma Technology Corp. | 49009 | |
| CryoJane מערכת העברת קלטות | מדעי מיקרוסקופיה אלקטרונית | 62800-10 | מספר ספקים זמינים. |
| CryoJane קלטת חלונות | אלקטרונים מדעי מיקרוסקופיה | 62800-72 | מספר ספקים זמינים. |
| CryoJane דבק שקופיות אלקטרונים | מדעי מיקרוסקופיה | 62800-4X | מספר ספקים זמינים. |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.