RESEARCH
Peer reviewed scientific video journal
Video encyclopedia of advanced research methods
Visualizing science through experiment videos
EDUCATION
Video textbooks for undergraduate courses
Visual demonstrations of key scientific experiments
BUSINESS
Video textbooks for business education
OTHERS
Interactive video based quizzes for formative assessments
Products
RESEARCH
JoVE Journal
Peer reviewed scientific video journal
JoVE Encyclopedia of Experiments
Video encyclopedia of advanced research methods
EDUCATION
JoVE Core
Video textbooks for undergraduates
JoVE Science Education
Visual demonstrations of key scientific experiments
JoVE Lab Manual
Videos of experiments for undergraduate lab courses
BUSINESS
JoVE Business
Video textbooks for business education
Solutions
Language
he_IL
Menu
Menu
Menu
Menu
Research Article
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
Erratum Notice
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
פרוטוקול זה משמש להקמה ותחזוקה של מקקים אמריקאים גנוטוביוטיים(Periplaneta americana)על ידי חיטוי פני השטח של ארגזי הביצים (oothecae) לפני הבקיעה. חרקים גנוטוביוטיים אלה מכילים את האנדוסימביונים של בלטבקטריום המועברים אנכית, אך יש להם מעיים גרזניים.
בעלי חיים Gnotobiotic הם כלי רב עוצמה לחקר פקדים על מבנה מיקרוביום ותפקוד. מוצג כאן פרוטוקול להקמה ותחזוקה של מקקים אמריקאים גנוטוביוטיים(Periplaneta americana). גישה זו כוללת בדיקות סטריליות מובנות לבקרת איכות שוטפת. חרקים Gnotobiotic מוגדרים כאן כמו מקקים שעדיין מכילים אנדוסימביונט המועבר אנכית שלהם (Blattabacterium) אבל חסרים חיידקים אחרים המתגוררים בדרך כלל על פני השטח שלהם במערכת העיכול שלהם. עבור פרוטוקול זה, מקרי ביצים (oothecae) מוסרים ממושבת מלאי (לא סטרילית) ומשטח מעוקר. לאחר שנאסף ועוקר, oothecae הם דגירה ב 30 °C (60 °F) במשך כ 4-6 שבועות על עירוי המוח הלב (BHI) אגר עד שהם בוקעים או מוסרים עקב זיהום. נימפות שבקעו מועברות לבקבוק ארלמאייר המכיל רצפת BHI, מים סטריליים ומזון עכברושים סטרילי. כדי להבטיח שהנימפות אינן חיידקים דיור שאינם מסוגלים לגדול על BHI בתנאים נתון, אמצעי בקרת איכות נוסף משתמש פולימורפיזם באורך שבר הגבלה (RFLP) כדי לבדוק חיידקים לאndosymbiotic. נימפות Gnotobiotic שנוצר באמצעות גישה זו ניתן לחסן עם קהילות מיקרוביאליות פשוטות או מורכבות ומשמש ככלי במחקרים מיקרוביום במעיים.
בעלי חיים Gnotobiotic הוכיחו להיות כלים לא יסולא בפז עבור מחקרים מיקרוביום1,2,3. בעלי חיים נטולי נבטים ומוגדרים אפשרו הבהרת אינטראקציות בין מארח למיקרואורגניזמים, כולל תגובות אימונולוגיות מארחות, התבגרות אפיתל במעיים ומטבוליזם מארח1,4,5,6,7. בעלי חיים Gnotobiotic מחוסנים עם קהילה פשוטה סייעו גם בהבנה מלאה יותר של אינטראקציות microbe-microbe בקהילה במעיים, במיוחד בפענוח האכלה צולבת ויחסים עוינים8,9,10,11. מערכת המודלים המועדפת הנוכחית למחקרים במיקרוביום המעיים של היונקים היא מודל המורין. בעוד שמערכת זו הייתה חיונית בתגליות שתוארו לעיל, חסרון מרכזי הוא העלות הכרוכה בכך. ציוד מיוחד וטכנאים מיומנים נחוצים כדי להקים ולתחזק מתקן gnotobiotic. זה, בשילוב עם טיפול נוסף שיש לתת לכל היבט של תחזוקת בעלי חיים gnotobiotic, גורם החיה gnotobiotic לעלות פי עשרה עד עשרים יותר להתרבות מאשר מודל חיה סטנדרטי12. בשל עלויות גבוהות, חוקרים רבים עשויים להיות מסוגלים להרשות לעצמם מודל מורין gnotobiotic. בנוסף, בעוד מודלים מורין עשוי להיות הבחירה המקובלת ביותר עבור מחקרים המעוניינים לתרגם לבריאות האדם, ישנם עדיין הבדלים פיזיולוגיים ומורפולוגיים רבים בין המעיים האנושי והעכבר13. ברור שאין מודל יחיד מספיק כדי לענות על מספר הולך וגדל של שאלות לגבי ההיבטים הרבים של מיקרוביום המעיים.
דגמי חרקים הם חלופה זולה יותר בשל עלות התחזוקה הנמוכה שלהם בהשוואה למינים של יונקים. מחקר נרחב ללא חיידקים וגנוטוביוטיקה במגוון מיני חרקים הוביל להתפתחותם של מודלים נפוצים רבים. יתושים ו Drosophila הם מודלים נפוצים לעבודה ללא חיידקים בשל הרלוונטיות שלהם למחלות גלובליות ומתיחהגנטית 14,15. מערכת מודלים מתפתחת נוספת היא זו של דבורת הדבש (Apis mellifera), בהתחשב בחשיבותה במחקר האבקה וחברתיות16. עם זאת, רבים של חרקים נפוצים אלה חסרים את המורכבות הטקסונומית לראות בקהילות מעי יונקים17, הגבלת יכולתם מודל אינטראקציות סדר גבוה יותר. לא רק שהמגוון הכולל של המיקרואורגניזמים המצויים במעיים של ג'וקים אמריקאים דומה יותר ליונקים, אלא שרבים מהמיקרואורגניזמים הנמצאים במעי הג'וק שייכים למשפחות ופילה המצויים בדרך כלל במיקרוביוטה של יונקים ובני אדם18. ההיסחפות של הג'וק מקבילה גם מבחינה תפקודית למעי הגס של היונקים, שכן הוא תא תסיסה עמוס בחיידקים כדי לסייע בהפקת חומרים מזינים19,20. לבסוף, האופי הכל-יכול של המקקים מאפשר מגוון של משטרי דיאטה שלא יתאפשרו עם מומחים תזונתיים.
ג'וקים אמריקאים יכולים להיות מערכת מודל שימושית להבנת קהילות מיקרוביאליות במעיים באורגניזמים גבוהים יותר, אך מעמדו של המקק כמזיק גם הופך את המערכת לרלוונטית לבקרת מזיקים21. מינוף הידע הבסיסי בהשפעת קהילת המעיים על בריאות הג'וקים והפיזיולוגיה מסייע בפיתוח טכניקות חדשות לניהול מזיקים.
מטרת שיטה זו היא להתוות תיאור מקיף של הקמה ותחזוקה של מקקים אמריקאים גנוטוביוטיים (Periplaneta americana), אך פרוטוקול זה יכול לשמש ליצירת נימפות של כל ג'וק אוביפר. הוא כולל שיטה לאוסף יעיל ולא פולשני של ביציות בוגרות, וטכניקה לא הרסנית לניטור מצב הגנטוביוטיקה של החרקים22,23,24. בעוד ששיטות קודמות להשגת ותחזוקה של גנוטוביוטיות מתארות את אוסף אותקה23,24,25,26,27, בגרות אוותקה מתפרשת במונחים של רמזים ספציפיים למינים (בבלטלה גרמניקה22,24,25), או לא מתואר במפורש27,28, מה שהופך את היישום קשה עבור אלה שאינםמכירים את המערכת. מאז השיטה המתוארת כאן משתמשת באופן טבעי ירד oothecae, השגיאה של הסרת ביצים בטרם עת נעדר. פרוטוקול זה מכיל הן שיטות תלויות תרבות והן שיטות בלתי תלויות בתרבות של בקרת איכות, והשיטה התלויה בתרבות אינה דורשת הקרבת חרקים. לבסוף, שיטה זו מביאה יחד מידע ממחקרי ג'וקים gnotobiotic מרובים כדי ליצור אחד, פרוטוקול מקיף עם כל המידע הדרוש להשגת ושמירה על גנוטוביוטיקה מקקים.
1. הכנת חומרים
2. אוסף של ביציות
3. ניקוי של oothecae
4. עיקור והדגירה של oothecae
5. תחזוקת נימפות גנוטוביות
6. בקרת איכות של סטריליות
7. מעקב אספטי של צמיחת נימפה
מיכלי מניות הוקמו כמתואר באיור 1. נקבות "בהריון" מזוהות על ידי הootheca המחוברות לבטן האחורית, כפי שמצולמו באיור 2. דגירה של oothecae על אגר BHI מאפשר בקרת איכות gnotobiotic בצורה לא הרסנית. במקרים מסוימים, הסטריליזציה אינה מצליחה, והצמיחה מופיעה סביב ה-oothecae כמו באיור 3B. oothecae אלה יש להסיר ולהשליך. בידינו נצפה שיעור כשל ממוצע של 10% לחיטוי (n = 51). oothecae בוקע בממוצע 34 ימים לאחר עיקור ללא צמיחה על המדיום, כפי שניתן לראות באיור 3A. ראינו שיעורי צוהר טיפוסיים של 41% (n = 46) עבור oothecae מעוקר, לא מזוהם, עם ממוצע של 11 נימפות לכל ootheca. נימפות גדולות יותר מועברות לבקבוקי BHI המכוסים בנייר כסף, כמו באיור 4. הרדיד מונע זיהום, ולנימפות יש מקום לגדול. RFLP של rDNA 16S מנימפה הומוגנית משמש לאישור מצב gnotobiotic. נימפות גנוטוביוטיות נצפו גדלות בקצב איטי יותר מעמיתיהן הלא סטריליים, כפי שמייצג איור 5. איור 6 מציג תוצאות מחרקים גנוטוביוטיים בהצלחה וכן מנימפות סטנדרטיות (לא סטריליות).
בעוד בדיקה זו עדיין לא זיהתה זיהום בהיעדר תוצאה תרבותית חיובית, צעד זה בוצע באופן שגרתי במהלך ניסויים קריטיים כדי לשלול את נוכחותם של מיקרואורגניזמים רגישים לחמצן או קיבה. צמיחה איטית יותר נצפתה במקקים gnotobiotic בהשוואה חרקים רגילים / לא סטריליים.

איור 1: הגדרת תרבות מלאי ג'וקים.
ניתן לראות צינורות קרטון מוערמים בקצה הרחוק של המיכל. מזון ומים נמצאים שניהם ליד חזית המיכל. כיסוי בד כותנה ותפס אלסטי הוסרו לנראות. לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.

איור 2: ג'וק אמריקאי "בהריון".
החץ מציין את ה"אותקה". לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.

איור 3: תמונות של נימפות גנוטוביוטיות בהצלחה בקעו ועוקרו ללא הצלחה oothecae על שיפונות BHI.
Oothecae היו מעוקרים ודגר כמתואר בפרוטוקול זה. (A)חוסר הצמיחה המיקרוביאלית בשיפיון BHI מצביע על כך שה חרקים נקיים מאורגניזמים זעירים. (B)Oothecae על שבלונים שתוצאתם היווצרות המושבה צריך להיות מושלך כמו מזוהם. לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.

איור 4: מנגנון גידול גנוטוביוטי.
חרקים נשמרים בבקבוקים סטריליים מכוסים במכסה נייר כסף כדי למנוע זיהום. המיכל המשני (מכסה ירוק) מעוקר עם 2% אקונומיקה ואחריו 70% אתנול. זרימת האוויר אינה מוגבלת במיכל המשני. לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.

איור 5: נתוני קצב צמיחה מייצגים המשווים אורך גוף של נימפות גנוטיוטיות ולא סטריליות. שתי קבוצות החרקים קיבלו תזונה של מכרסמים אוטוקלאבים. חרקים Gnotobiotic (כאן: n = 105) נשמרים על BHI כמתואר. חרקים לא סטריליים (כאן: n = 50) חיים בבקבוקים עם מצעי עץ אוטומטיים עם מנות קטנות למים. נימפות לא סטריליות גדלות בקצב ממוצע של 0.059 מ"מ ליום, בעוד נימפות gnotobiotic לגדול ב 0.028 מ"מ ליום (p < 0.0001). לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.

איור 6: תמונת ג'ל מייצגת של תוצאות RFLP לבקרת איכות.
אמפליונים שלמים של גנים 16S התעכלו עם RsaI. DNA עבור PCR חולץ נימפות הומוגני ב 1x PBS. נתיבי "G נימפה" תואמים לנימפות גנוטוביות, בעוד נתיבי "conv nymph" תואמים לעמיתיהם הקונבנציונליים והלא סטריליים. בהתבסס על תקציר הגבלה וירטואלית, אנדוסימביונט (Blattabacterium) צפוי להיות להקות בגדלים 402 bp, 206 bp, ו 163 bp, עם מריחה של להקות בין 163 bp ו 148 bp. חרק גנוטוביוטי אמור להראות רק את תבנית הפסים של בלטבקטריום. קהילת חיידקים מעורבת צפויה להיות מריחה של להקות בגדלים שונים, שכותרתו כאן "שברי 16S חיידקיים אחרים". לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של איור זה.
המחברים אין ניגודי אינטרסים לחשוף.
פרוטוקול זה משמש להקמה ותחזוקה של מקקים אמריקאים גנוטוביוטיים(Periplaneta americana)על ידי חיטוי פני השטח של ארגזי הביצים (oothecae) לפני הבקיעה. חרקים גנוטוביוטיים אלה מכילים את האנדוסימביונים של בלטבקטריום המועברים אנכית, אך יש להם מעיים גרזניים.
פרסום זה נתמך על ידי המכון הלאומי למדעי הרפואה הכללית של המכונים הלאומיים לבריאות תחת מספר הפרס R35GM133789. התוכן הוא באחריות המחברים בלבד ואינו מייצג בהכרח את התפיסה הרשמית של המכונים הלאומיים לבריאות. המחברים רוצים להכיר ג'וסי דייר למעקב אחר שיעורי עיקור, קצבי הצוהר, ושיעורי הצמיחה של מקקים gnotobiotic.
| 2X מאסטר מיקס | ניו אינגלנד BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
| צ'או עכברוש הניתן לחיטוי | זייגלר | NIH-31 | ערכת מיצוי DNA חיידקי אוטומטישונה |
| Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. ערכת DNA חיידקית; כולל ליזוזים, חרוזי זכוכית, פרוטאינאז K, מאגרים (פרוטאינאז K, קשירה, שטיפה, פליטה), עמודות DNA, | |
| מאגר | קשירת צינור איסוף של 2 מ"לאומגה ביו-טק | PD099 | כלול בערכת מיצוי DNA חיידקי (מאגר "HBC") של אומגה ביוטק |
| מרק עירוי מוח-לב (BHI) מוצרי | מחקר בינלאומיים | B11000 | |
| מגבונים עדינים למשימות | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | |
| ערכת טיהור DNA | KimWipes Omega Bio-Tek | D6492 | ערכת E.Z.N.A. Cycle Pure; ניתן להשתמש גם ב-D6493; כולל מאגרים (טיהור, שטיפה, פליטה) |
| מאגר פליטה | Omega Bio-Tek | PDR048 | כלול בערכת מיצוי ה-DNA החיידקי של Omega Biotek |
| חרוזי זכוכית | Omega Bio-Tek | n/a | כלול בערכת מיצוי ה-DNA החיידקי של Omega Biotek |
| תנור היברידיזציה | UVP | 95-0330-01 | אנו משתמשים בתנור הכלאה לחימום מוקדם של מאגר פליטה, אך כנראה שגם אמבט מים יכול להיות ארון |
| בטיחות ביולוגי זרימה למינרית | משומש NuAire, Inc. | פרוטוקולNU-425-400 | מתייחס לכך כ"מכסה זרימה למינרית" לקיצור |
| ליזוזים | אומגה ביו-טק | n/a | כלול בערכת מיצוי ה-DNA החיידקי של אומגה ביוטק |
| תמיסת מלאי חומצה פראצטית (32%) | סיגמא-אולדריץ' | 269336 | |
| וזלין וזלין | n/a | ||
| חוצץ חלבון K | אומגה ביו-טק | PD061 | כלול בערכת מיצוי ה-DNA החיידקי של אומגה ביוטק ("מאגר TL") |
| מאגר מטהר | Omega Bio-Tek | PDR042 | כלול בערכת CyclePure (מאגר "CP") |
| RsaI | New England BioLabs | R0167 | כולל מאגר CutSmart (עיכול) |
| מיכל משני | n/a | n/a | מיכל פלסטיק עם מכסה (כגון Kritter Keeper) עובד היטב בשביל זה (25 ס"מ אורך x 15 ס"מ רוחב x 22 ס"מ גובה); זה צריך להיות גדול מספיק כדי להתאים לספקטרופוטומטר BHI SLANTS ומבחנות |
| ThermoFisher | ND-2000 | מידע על קטלוג הוא עבור שייקר תרמי NanoDrop2000 | |
| Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R | |
| Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | 10 ננומטר Tris, 1 mM EDTA, pH 8 |
| מאגר כביסה | Omega Bio-Tek | PDR044 | כלול בערכת מיצוי ה-DNA החיידקי של אומגה ביוטק (מאגר "שטיפת DNA") |
| מצעי שבבי עץ | P.J. מוצרי יער | מרפי Sani-Chips |