המיטוכונדריה של תאים איקריוטים מייצרים את רוב ה-ATP המשמש את התאים לעבודה ולתחזוקה1. שלב מפתח בייצור המיטוכונדריה של ATP הוא המרת חמצן למים, ולכן היכולת המטבולית של המיטוכונדריה והתאים הקשורים אליה מכומתת לעתים קרובות באמצעות מדידת צריכת חמצן2. עם זאת, הפיזיולוגיה של המיטוכונדריה מורכבת יותר מהתהליך הפשוט של צריכת חמצן, והסתמכות על נקודת קצה זו מספקת הערכה חלקית בלבד של ההשפעה של תפקוד מיטוכונדריאלי ותפקוד לקוי על בריאות התאים. אפיון מלא של תפקוד המיטוכונדריה דורש הערכה לא רק של צריכת חמצן, אלא גם של ייצור ATP כמו גם מיני חמצן תגובתי (ROS).
מדדים נוספים של תפקודי מיטוכונדריה מרכזיים יכולים להתבצע במקביל למדידת הנשימה באמצעות שימוש בפלואורופורים ספציפיים. טטרמתילרודאמין מתילאסטר (TMRM) הוא פלואורופור קטיוני המצטבר במטריצה המיטוכונדריאלית ביחס לפוטנציאל המתח הטרנסממברנה המיטוכונדריאלית, וכתוצאה מכך ירידה בעוצמת הפלואורסצנטיות עקב הצטברות זו3. TMRM יכול לשמש כאינדיקטור לשינויים יחסיים בפוטנציאל הממברנה המיטוכונדריאלית, או שניתן להשתמש בו כדי לכמת שינויים מדויקים במתח הטרנסממברנה באמצעות ניסויים נוספים לקביעת קבועים המאפשרים המרה של האות הפלואורסצנטי ל-mV. מגנזיום ירוק (MgG) הוא פלואורופור שמפליא כאשר הוא קשור ל-Mg2+, ומשמש למדידות של סינתזת ATP בהתבסס על הזיקה הדיפרנציאלית של ADP ו-ATP לקטיון דו-ערכישל מגנזיום 4. החוקרים חייבים לקבוע את קבועי הזיקה/דיסוציאציה הספציפיים (Kd) הן עבור ADP והן עבור ATP בתנאים אנליטיים ספציפיים כדי להמיר את השינויים בפלואורסצנטיות של MgG לשינוי בריכוז ה-ATP. Amplex UltraRed (AmR) הוא פלואורופור המשמש למדידת הייצור של מי חמצן ו- ROS אחרים במהלך נשימה מיטוכונדריאלית5. התגובה בין H 2 O2לבין AmR (אשר מזורז על ידי חזרת peroxidase) מייצרת resorufin, אשר ניתן לזהות באמצעות פלואורסצנטיות ב 530 ננומטר. ניתן להוסיף כל אחת מהבדיקות הללו בנפרד לבדיקות של נשימה מיטוכונדריאלית בזמן אמת, כדי לספק מדידות מקבילות של ההיבטים המתאימים של הפיזיולוגיה של המיטוכונדריה, ובכך לספק קשר ישיר בין נשימה לתפוקה מיטוכונדריאלית.
סוסים מסוגלים לשיעורים גבוהים מאוד של צריכת חמצן ספציפית למסה, בין השאר בשל התוכן המיטוכונדריאלי הגבוה מאוד של שרירי השלד של סוסים, מה שהופך את הרקמה הזו לרלוונטית מאוד לחקר הפיזיולוגיה של המיטוכונדריה. עם הפיתוח של רספירומטריה ברזולוציה גבוהה, מחקרים המשתמשים בטכנולוגיה חדשנית זו סייעו להגדיר את תרומתם של מיטוכונדריית שרירי השלד של סוסים הן ליכולת האימון יוצאת הדופן של סוסים והן לפתופיזיולוגיה של מחלות שרירי השלד 6,7,8,9,10,11,12,13,14 . מחקרים על תפקוד מיטוכונדריאלי של שרירי השלד של סוסים הם יתרון מיוחד, שכן השגת כמויות גדולות של רקמה זו אינה סופנית. לפיכך, נבדקי סוסים יכולים לא רק לספק רקמה מספקת לאפיון מלא של תפקוד המיטוכונדריה, אלא גם לשמש בקרות אורך למחקרים איכותיים ומכניסטיים בפיזיולוגיה של המיטוכונדריה. מסיבה זו פותחו בדיקות נוספות לכימות פוטנציאל הממברנה המיטוכונדריאלית, סינתזת ATP וייצור ROS המשלימים את מדידת צריכת החמצן ברקמה זו, על מנת לספק אפיון חזק יותר של הפיזיולוגיה המיטוכונדריאלית בשרירי השלד של סוסים.