שלבים קריטיים
השימוש בטכניקות מבוססות אימונולוגית בחקר מסלולי איתות מורכבים באמצעות זיהוי ספציפי של פוספופרוטאינים דורש שמשתני הניסוי יהיו מבוקרים היטב22, הכנת הדגימה קפדנית וטכניקות משלימות משמשות לצורך אימות. שילוב שיטות אלה מבטיח את יכולת השחזור, הדיוק והחוסן של הנתונים, ובסופו של דבר תורם למסקנות ביולוגיות אמינות יותר. מאמצים אלה לא רק משפרים את הקפדנות המדעית של השיטה, אלא גם מרחיבים את ישימות השיטה במחקרים מורכבים של איתות וויסות תאים. הרדמה נכונה וטיפול עדין הם קריטיים למזעור מתח פיזיולוגי, שיכול לשנות באופן משמעותי את תוצאות הניסוי, במיוחד במחקרים המתמקדים בתגובות חיסוניות או במסלולי איתות. הקפדה על פרוטוקולים מתאימים לשיכוך כאבים מסייעת עוד יותר בשמירה על רווחת בעלי החיים תוך מניעת מתח הקשור לכאב שעלול להפריע לנתונים. שמירה על תנאים אספטיים במהלך ההליך חיונית למניעת זיהומים, שעלולים להוביל לתגובות דלקתיות ועלולות לבלבל את תוצאות הניסוי. זה כולל עיקור ציוד, שימוש בכפפות נקיות וחיטוי יסודי של אתר השאיפה.
חלבונים זרחניים רגישים מאוד לדפוספורילציה על ידי פוספטאזים במהלך מניפולציה של דגימות ביולוגיות22,23. כדי לשמר מצבי זרחון במהלך העיבוד, קיבוע מיידי הוא חיוני. נבדקו שתי שיטות קיבוע/חדירות שונות: ערכת ציטופיקס/ציטופרם ושיטת הפורמלדהיד/מתנול הנפוצה המתוארת בפרוטוקול. בין אלה, השיטה המבוססת על מתנול סיפקה תוצאות נקיות יותר עם אותות פלואורסצנטיים בהירים יותר, מה שהופך אותה לבחירה המועדפת. לאחר הקיבוע, ניתן לאחסן דגימות לטווח קצר ב-20 מעלות צלזיוס או לטווח ארוך ב-80 מעלות צלזיוס. בניסויים, דגימות קבועות שאוחסנו עד שלושה חודשים בטמפרטורה של -80 מעלות צלזיוס הניבו תוצאות עקביות. עבור צביעת נוגדנים, דגירה של לילה יכולה לשפר את הדיוק, במיוחד עבור שינויי זרחון עדינים, אם כי זה תלוי בניסוי הספציפי ובהשפעות התרופות הנחקרות. דגירה קצרה יותר של שעה נבדקה גם על קרח, מוגן מפני אור, מה שהניב תוצאות מקובלות במקרים מסוימים. כדי להבטיח הערכה מדויקת של רעשי רקע, בקרות איזוטיפ מומלצות כהתייחסות לכריכה לא ספציפית, כפי שמוצג באיור 3.
שינויים ופתרון בעיות בטכניקה
כדי לפתח מיומנות טכנית, החניכים בקבוצה שלנו מתרגלים את טכניקת החדרת המחט בעכברים שעברו המתת חסד, שבה ניתן לאשר מיקום נכון על ידי דיסקציה. הליך בעלי החיים מבוצע בצורה היעילה ביותר על ידי שני מפעילים, כאשר ניתן להתמקד בשאיפות בזמן שעוזר מוקדש למשימות ניטור בעלי חיים וטיפול בדגימות. במקרים נדירים בהם לא ניתן לקבל שאיבה לאחר מספר ניסיונות, רצוי לבטל את ההליך מכיוון שהסיכון לפציעה עולה עם כל ניסיון. ניטור לאחר ההליך של בעלי החיים חשוב לא פחות. התבוננות בסימני זיהום, כאב או מתח מבטיחה את רווחתם של העכברים ואת אמינות המחקר. תנאי הדיור צריכים לתמוך בהתאוששות, עם מצעים ותזונה מתאימים כדי למזער גורמי לחץ חיצוניים.
לניתוח זרימה ציטומטרית, מומלץ לעבד את כל הדגימות הקבועות והשמורות מימי שאיבת מח עצם שונים בו זמנית. שינויים בהתייבשות הדגימה והצביעה עקב הבדלים בימי הטיפול או במפעילים יכולים להשפיע על רגישות הקרינה שזוהתה על ידי הציטומטר. כדי להבטיח תוצאות עקביות, בצע אופטימיזציה של הגדרות מתח הציטומטר כדי לשמור על כל הדגימות המוכתמות בטווח הזיהוי לפני שתמשיך. חלבון ה-p-4EBP1 המצומד של Alexa Fluor 488 מציג את הבהירות הגבוהה ביותר מבין הסמנים בפאנל זה, מה שהופך אותו להתייחסות אמינה לקביעת טווח הזיהוי המקסימלי. בעוד שפאנל הנוגדנים המוצג בפרוטוקול זה לא דרש התאמות פיצוי, זה עשוי להשתנות בהתאם לציטומטר הזרימה הספקטרלי בו נעשה שימוש.
מגבלות
אחת המגבלות העיקריות של טכניקה זו היא מספר התאים המופקים במהלך שאיבת מח עצם. כדי להבטיח תוצאות אמינות, חיוני לצבוע מספיק תאים כדי לנתח מינימום של כ-10,000 תאים לדגימה. ניתוח תאים מעטים מדי עלול להוביל לשינויים משמעותיים בין דגימות, ולפגוע בדיוק וביכולת הפרשנות של הנתונים. הבטחת מספר מספיק של תאים היא קריטית למחקרים מכניסטיים חזקים וניתנים לשחזור.
לניתוח נתונים, מיושמת אסטרטגיית השער המוצגת באיור 3A . ראשית, לאחר אי הכללת כפולות, התאים המעניינים מזוהים באמצעות נוגדן CD45 אנושי בשילוב עם BUV395. לאחר מכן, השער לתאים חיים נעשה באמצעות Zombie NIR. לבסוף, עוצמת הקרינה החציונית (MFI) מחושבת עבור כל פוספופרוטאין (איור 3B). כל התאים שנותחו עבור כל החלבונים הזרחניים גודרו באותה אסטרטגיה, מה שמבטיח עקביות והשוואה בין אוכלוסיות תאי AML.
מגבלה נוספת של שיטה זו היא הפוטנציאל לרעשי רקע, שיכולים לנבוע מקשירת נוגדנים לא ספציפיים, שטיפה לא מספקת, אוטופלואורסצנטיות תאים או חדירות לא תקינה. זה עשוי להשפיע על ספציפיות האות ולהפחית את הדיוק של ניתוח ציטומטריית פוספו-פלו. עבור משתמשים שנתקלים בבעיות אלו, מומלץ שלב כביסה נוסף כדי להפחית רעשי רקע, וניתן להשתמש בריאגנטים חוסמי FC כדי למזער כריכה לא ספציפית. בנוסף, פלואורסצנטיות של תאים מתים עלולה להפריע לתוצאות, מה שהופך את השימוש בצבעי חיוניות לחיוני. חשוב לציין, לניתוח מדויק, מספר התאים שנותחו לא צריך להיות פחות מ-500 תאי AML כדי להבטיח תוצאות אמינות וניתנות לשחזור. חשוב גם לוודא שנעשה שימוש במספר דומה של תאים במהלך הצביעה כדי לשמור על עקביות בין דגימות. למרות מגבלות אלו, אופטימיזציה זהירה של בקרות ואסטרטגיות שער יכולה לשפר את אמינות השיטה.
משמעות הטכניקה
טכניקת שאיבת מח העצם כבר פורסמה3; עם זאת, טכניקה מעודכנת כלולה בפרוטוקול זה עם הסבר המדגיש שני יתרונות: קיבוע משופר ושימוש בגישה דו-מחטית לשיפור הדיוק והעקביות בשאיבת מח העצם, מניעת כל בעיה של חסימת המחט עם שברי עצם. עבור מחקרי אורך, ניתן לבצע שאיבת עצם הירך מספר פעמים, ולספק שיטה רבת עוצמה למעקב אחר שינויים ביולוגיים לאורך זמן בבעלי חיים בודדים. מומלץ מרווח החלמה של חודש לפחות בין שאיפות על אותו עצם הירך כדי לאפשר ריפוי עצם מספיק והתחדשות של מח העצם. בעת שימוש בעצם הירך הנגדית, מרווח קצר יותר של שבוע מספיק כדי להבטיח שהעכבר התאושש מהשפעות שיכוך כאבים והרדמה מבלי להכניס מתח מיותר או שונות פיזיולוגית.
בסך הכל, טכניקה משולבת זו של שאיבת מח עצם עכברים וזרימה ציטומטרית מספקת תובנות חשובות לגבי מסלולי איתות מרכזיים, כולל JAK/p-STAT5, mTORC1/p-4EBP1, mTORC1/p-RPS6 ו-MEK/p-ERK1/2. מסלולים אלה ממלאים תפקידים משמעותיים בעמידות לטיפול ב-AML. טכניקה זו מאפשרת דגימה חוזרת מאותה חיה, ומאפשרת ניטור בזמן אמת של התקדמות המחלה ותגובת הטיפול ברמת התא הבודד.
ציטומטריית פוספופלואו לוכדת אירועי זרחון ושומרת על הטרוגניות תאית 4,23,24. זה הופך אותו לבעל ערך במיוחד להבנת התגובות התאיות הדינמיות לטיפול בתת-אוכלוסיות לוקמיות ספציפיות.
יישומים עתידיים
פרוטוקול זה מספק כלי רב ערך לחקר המנגנונים הבסיסיים של הסתגלות לטיפול והופעת עמידות ב-AML, וסולל את הדרך לתובנות עמוקות יותר והתקדמות טיפולית פוטנציאלית. מחקרים עתידיים יוכלו לשלב גישה זו עם טרנסקריפטומיקה של תא בודד או פרוטאומיקה כדי לנתח עוד יותר את המנגנונים המולקולריים המניעים את העמידות והתקדמות המחלה25. בנוסף, יישום שיטה זו על ממאירויות המטולוגיות אחרות או מצבים דלקתיים יכול להרחיב את השפעתה במחקר תרגומי.
על ידי חידוד פרוטוקול זה והתייחסות למגבלותיו, גישה זו יכולה להפוך לשיטה סטנדרטית לחקר איתות פוספופרוטאין במחלות המטולוגיות, ובסופו של דבר לסייע בפיתוח אסטרטגיות טיפוליות יעילות יותר. לסיכום, פרוטוקול זה מספק כלי רב ערך לחקר המנגנונים הבסיסיים של הסתגלות לטיפול והופעת עמידות ב-AML, וסולל את הדרך לתובנות עמוקות יותר והתקדמות טיפולית פוטנציאלית.