הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.

מאמר שיטה

ציטולוגיה ברונכוסקופית וריצוף מטהגנומי להבחנה בין פגיעות ריאות הקשורות לטיפול בסרטן ובפציעות זיהומיות

224 צפיות

⸱

DOI:

10.3791/70725

⸱

26 במאי 2026

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Respiratory Medicine, Center for Pathogen Biology and Infectious Diseases, The First Hospital of Jilin University, 2Pulmonary and Critical Care Medicine Department, First Hospital of Jilin University, 3Department of Thoracic Surgery, The First Hospital of Jilin University

במאמר זה

סיכום

כאן, אנו מציגים פרוטוקול להערכת נוזל השטיפה הברונכוסואלוארי (BALF) באמצעות איסוף מונחה ברונכוסקופיה משולב, ניתוח ציטולוגי וריצוף מטגנומי מהדור הבא (mNGS). תהליך עבודה מקיף זה מבדיל במדויק בין פגיעות ריאות הקשורות לטיפול בסרטן מזיהומים ריאתיים, ומקל על קבלת החלטות קליניות מדויקות ובזמן.

תקציר

מטופלים עם פגיעות ריאות הקשורות לטיפול בסרטן (CTLI) מתמודדים לעיתים קרובות עם תסמינים נשימתיים לא ספציפיים ושינויים רדיולוגיים המדמים במידה רבה דלקת ריאות זיהומית או התקדמות גידול, מה שמציב אתגר משמעותי לאבחנה סופית. תהליכי אבחון מסורתיים, שנבדקים בעיקר באמצעות סמנים ביולוגיים של דם ותרביות מיקרוביאליות סטנדרטיות, בדרך כלל אינם יכולים לאבחן בצורה ברורה ולוקחים יותר מדי זמן. כאן, אנו מציגים פרוטוקול מקיף לאבחון CTLI על ידי שילוב ניתוח ציטולוגי של נוזל שטיפה ברונכואלואולרי (BALF) עם ריצוף מטגנומי מהדור הבא (mNGS). תהליך העבודה הפרוצדורלי מורכב משלושה שלבים עיקריים. ראשית, מבוצעת ברונכוסקופיה סטנדרטית לקבלת דגימות BALF איכותיות. שנית, ביצוע ניתוח ציטולוגי של דגימות BALF שהתקבלו מספק תמונת מצב של מיקרו-סביבת הריאה. דבר זה מאפשר זיהוי תכונות דלקתיות וסקר תאים ממאירים כדי למנוע התקדמות גידול. לבסוף, mNGS משמשת לזיהוי או לשלול אתיולוגיות זיהומיות פעילות. טכניקה גנומית מתקדמת זו משיגה גילוי פתוגן מהיר, רגיש מאוד וללא הטיה, ומצליחה להתגבר על מגבלות התרביות המסורתיות. תוצאות מייצגות בשיטה זו מראות שגישה זו יכולה להבחין ביעילות בין דלקת ריאות הקשורה למערכת החיסון לבין זיהומים ריאתיים פעילים או התקדמות גידול. בהשוואה לשיטות אבחון מסורתיות, לפרוטוקול זה יש את היתרון של הבחנה מהירה ומדויקת של CTLI לבין סיבות זיהומיות וממאירויות נסתרות. בסופו של דבר, תהליך עבודה סטנדרטי זה מבהיר אבחנות קליניות, מנחה החלטות טיפול קריטיות ומשפר את תוצאות המטופלים.

מבוא

התקדמות בטיפולים אנטי-גידולים, כגון מעכבי נקודות ביקורת חיסונית וטיפולים ממוקדים, שיפרו משמעותית את הישרדות המטופלים אך גם הגבירו את שכיחות הרעלות הריאתית הלא-זיהומית, הידועות יחד כפגיעת ריאות הקשורה לטיפול בסרטן (CTLI)1,2,3,4,5,6,7 . ראוי לציין כי דלקת ריאות מעכבת נקודות ביקורת (CIP) התגלתה כאירוע לוואי קטלני הקשור למערכת החיסון, עם שיעורי שכיחות כוללים של 2–19% ושיעורי תמותה המגיעים עד 35% 8,9,10. אבחון CTLI מהווה אתגר קליני משמעותי משום שהתסמינים הנשימתיים הלא-ספציפיים והתופעות הרדיולוגיות שלו — כגון אטימות זכוכית קרקעית, קונסולידציה או אטימות רטיקולרית — מחקים במידה רבה את אלו של דלקת ריאות זיהומית או התקדמות גידול 11,12,13,14.

נכון לעכשיו, יש לקבוע אבחנה של CTLI על ידי החרגה מדויקת של סיבות אחרות15. תהליכי האבחון המסורתיים מסתמכים במידה רבה על סמנים ביולוגיים של דם ותרביות מיקרוביאליות סטנדרטיות, שהן גוזלות זמן ולעיתים קרובות אינן מניבות אבחנה סופית 16,17,18,19,20,21,22,23. בעוד שביופסיית ריאה כירורגית מספקת ראיות היסטופתולוגיות ברורות, הפולשניות שלה הופכת אותה לבלתי מתאימה לחולי סרטן במצב קריטי. כתוצאה מכך, יש צורך קריטי בגישה אבחנתית יעילה וזעיר-פולשנית. בפרקטיקה הקלינית, הפרוטוקול המתואר כאן צריך להיות מיושם על חולי סרטן שקיבלו בעבר או מקבלים כעת טיפולים אנטי-גידולים (למשל, אימונותרפיה או טיפול ממוקד) ומופיעים עם תסמינים נשימתיים חדשים ושינויים בהדמיית הריאות. מומלץ במיוחד כאשר חשד קליני ל-CTLI, בדיקות לא פולשניות סטנדרטיות אינן מספקות אבחנה ברורה, והמטופל אינו יכול לסבול בדיקות כירורגיות פולשניות.

ברונכוסקופיה בשילוב עם שטיפה ברונכואלואולרית (BAL) משמשת כ"ביופסיה נוזלית" זעיר-פולשנית של דרכי הנשימה התחתונות24. על ידי שילוב ניתוח ציטולוגי של נוזל BAL (BALF) עם ריצוף מטגנומי מהדור הבא (mNGS), גישה זו משפרת משמעותית את תהליכי האבחון הקיימים. ראשית, ציטולוגיית BALF מספקת תמונת מצב ישירה של המיקרו-סביבה הריאתית; הוא יכול לזהות תכונות דלקתיות אופייניות25, כגון לימפוציטוזה ויחס CD4/CD8 הפוך ב-CIP, ובמקביל לסרוק תאים ממאירים כדי לשלול התקדמות גידול 26,27,28,29,30. שנית, mNGS משיג גילוי פתוגן מהיר, רגיש מאוד ובלתי מוטה, ומתגבר על שיעורי גילוי נמוכים ועיכובים בתרביות מסורתיות, במיוחד עבור חיידקים קפדניים או פתוגנים לא טיפוסיים 31,32,33,34,35. השימוש המשולב בשיטות אלו הוכח כמשפר משמעותית את זיהוי זיהומים מעורבים ומכוון טיפולים מדויקים, תוך הפחתה דרסטית של תמותת חולים 4,5.

למרות הפוטנציאל הקליני הזה, כיום אין פרוטוקול סטנדרטי לאיסוף וניתוח מקיף של BALF בהקשר של CTLI. כאן אנו מציגים פרוטוקול סטנדרטי לקבלת ועיבוד BALF באמצעות ברונכוסקופיה, המשלב במפורש הערכה ציטולוגית עם mNGS. החידוש המתודולוגי של תהליך עבודה זה טמון ביכולת האבחון הדו-צדדית שלו: הוא משתמש בציטולוגיה למיפוי מיקרו-סביבה חיסונית ולהוציא ממאירויות, לצד mNGS כדי לשלול באופן סופי זיהומים פעילים. בהשוואה לשיטות אבחון מסורתיות, פרוטוקול משולב זה מציע יתרון ברור של הבחנה מהירה ומדויקת של CTLI מאתיולוגיות זיהומיות והתקדמות גידולים נסתרים. בסופו של דבר, תהליך עבודה סטנדרטי זה מאיץ את לוח הזמנים האבחוני ומנחה התערבויות קליניות ממוקדות בזמן (איור 1).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

פרוטוקול זה עומד בעקרונות הצהרת הלסינקי ואושר על ידי ועדת הביקורת המוסדית של בית החולים שלנו. התקבלה הסכמה מדעת מכל המשתתפים לפני ההליך.

1. הכנה לפני הפרוצדורה

  1. הערכת מטופל (בתוך שבוע מהברונכוסקופיה)
    1. יש לבצע בדיקות מעבדה עדכניות, כולל ספירת דם מלאה ופרופיל קרישה, כדי להבטיח בטיחות להליך פולשני (תיק משלים 1).
    2. בצע אלקטרוקרדיוגרם של 12 עופרים.
    3. הערכו סימנים חיוניים וודאו יציבות המודינמית.
    4. מדוד את ריווי החמצן של המטופל במנוחה על אוויר החדר כדי להעריך את תפקוד הריאות.
      הערה: אם רמת ה-SpO₂ נמוכה או אם למטופל יש פגיעה נשימתית, יש לשקול ניתוח גזי דם עורקיים לציון הבסיס PaO₂/PaCO₂.
    5. בדוק את כל ההתוויות הנגדיות.
    6. הנחו את המטופל לצום לפחות 6 שעות ולהימנע משתיית מים במשך שעתיים לפני ההליך כדי להפחית את הסיכון לשאיפה.
    7. בצע יניקה וניקוי אוראלי ואף מיד לפני ההליך כדי למזער זיהום בדרכי הנשימה העליונות.
  2. הכנת ציוד וכוח אדם
    1. הכינו את כל ציוד הברונכוסקופיה הנדרש וציוד ניטור. בחרו גודל ברונכוסקופ מתאים בהתאם לאנטומיית דרכי הנשימה של המטופל. בדוק את תפקוד היניקה של הברונכוסקופ.
      הערה: ודאו שציוד החייאה חירום, כולל מכשירי אספקת חמצן משלימים ומכשיר יניקה, זמין מיד בחדר ההליך כדי לנהל סיבוכים אפשריים בדרכי הנשימה. כל ברונכוסקופיסט מוסמך עם הכשרה סטנדרטית יכול לבצע הליך זה באופן עצמאי ללא הסמכות מיוחדות.
    2. חממו את המלח הפיזיולוגי הסטרילי (0.9% NaCl) המיועד לשטיפה עד 37 מעלות צלזיוס.
    3. משוך 100–150 מ"ל ממלח סטרילי מחומם למספר מזרקים של 20 מ"ל כדי לאפשר החדרה מהירה.
  3. מיקום המטופל והגדרת המעקב
    1. הנח את המטופל על השכיבה על שולחן הברונכוסקופיה.
    2. התקן ציוד ניטור רציף למטופל לפני תחילת ההליך.
      1. הפעל אלקטרוקרדיוגרם (ECG) מוביל ישירות לחזה המטופל למעקב רציף אחר פעילות הלב.
      2. חבר גלאי פולס אוקסימטר לאצבע המטופל כדי לעקוב באופן רציף אחרי ריווי החמצן והדופק בדם.
      3. הצמיד שרוול לחץ דם לא פולשני לזרוע העליונה של המטופל כדי לזהות לחץ דם ורידי באופן רציף.
  4. הקמת מכשיר תמיכה בחמצן וגמילה לאחר הפרוצדורה
    1. הכינו והגדרו את מכשיר התמיכה לחמצן המתאים בהתאם למצב הנשימה הבסיסי של המטופל. השלים תצורה זו לפני תחילת הברונכוסקופיה.
    2. הגדרת קנולה נזלית בזרימה גבוהה (HFNC)
      1. בחר מערכת HFNC למטופלים עם SpO2 ≥ 90% אוויר בחדר וללא היפרקפניה. חבר את הקנולה למטופל וקבע את קצב זרימת הגז ההתחלתי ל-≥60 ליטר לדקה עם FiO2 של 1.0. יש להטות את FiO2 ברציפות במהלך ההליך כדי לשמור על SpO2 ≥ 90%.
    3. אסטרטגיית מעבר לחולי הנשמה לא פולשנית (NIV)
      1. הסר את מסכת ה-NIV והעבר את המטופל למערכת HFNC מיד לפני הכנסת הברונכוסקופ. הגדר את קצב זרימת הגז HFNC ל-≥60 ליטר/דקה עם FiO2 של 1.0. בצע שאיבת דרכי נשימה פעילה במהלך התקופה ללא מסכה כדי לנקות הפרשות ולמקסם את תחושת דרכי הנשימה.
      2. יש לעקוב מקרוב אחר המטופל לבדיקת ריוויה במהלך המעבר הזמני מ-NIV ל-HFNC. אם ה-SpO₂ יורד מתחת ל-90% ונשאר עמיד ליניקה ולהגדרות מקסימלית של HFNC, יש להפסיק מיד את הליך הברונכוסקופיה. יש להניח מחדש מיד את מסכת ה-NIV כדי לשחזר לחץ חיובי או להחמיר לאינטובציה פולשנית של האנדוטרכיה אם מצב הנשימה של המטופל מתדרדר.
    4. מערכת אוורור מכני פולשני (IMV)
      1. קבע את נפח הגאות ל-6–8 מ"ל/ק"ג של משקל הגוף החזויה, FiO₂ ל-1.0, לחץ סוף נשיפה חיובי (PEEP) ל-5–8 ס"מ H₂O, וקצב הנשימה ל-12–16 נשימות לדקה. הכנס את הברונכוסקופ ישירות דרך צינור האנדוטרכיה שהוקם.
    5. שמרו על ניטור רציף של סימני החיים לאחר סיום שטיפת הברונכואלוואולר (BAL). הטטרציה של חמצן משלים כדי לשמר את SpO2 בין 92% ל-96% (או 88% עד 92% למטופלים עם היפרקפניה כרונית).
    6. ודאו שהמטופל עומד בכל הקריטריונים הבאים לפני הפחתת תמיכה בחמצן: יציאה מלאה מהרדמה, שיקום רפלקסים מגני דרכי הנשימה, יציבות המודינמית, והיעדר דימום פעיל או עיוות סימפונות חמורות.
    7. לגמילה ב-HFNC, הפחיתו תחילה את הריכוז, ואחר כך את קצב הזרימה. הפחת את FiO₂ במרווחים של 5% עד 10% עד להגיע ל-≤40%. לאחר מכן, יש להוריד את קצב הזרימה במרווחים של 5% עד 10%. הפסק את ה-HFNC לחלוטין כאשר המטופל שומר על SpO₂ היעד עם FiO₂ ≤ 35% וקצב זרימה ≤ 20 ליטר לדקה.
    8. לגמילה ב-NIV, יש לוודא שההיפוקסמיה משתפרת והסימנים החיוניים יציבים, ואז יש להמשיך באחת משתי שיטות:
      1. הפחתת ה-IPAP ב-2–3 ס"מ H₂O לכל התאמה, הפחתת PEEP ל-4–5 ס"מ H₂O, והפחתת FiO₂ ל-≤40%.
      2. לגמילה לסירוגין, יש להעביר את המטופל ל-HFNC כדי להקל ולהאריך בהדרגה את משך הנשימה הספונטנית. החזרו מיד את התמיכה המלאה ב-NIV אם המטופל מציג טכיפניה (>30 נשימות בדקה), טכיקרדיה (>140 פעימות לדקה), עייפות שרירי נשימה, שינוי במצב הנפשי או SpO₂ < 90%.
    9. לגמילה ב-IMV, בצע בדיקת נשימה ספונטנית או בדיקת דליפת שרוול. יש לעבור לאקטיבציה רק לאחר שהמטופל עבר בהצלחה את הניסוי, מראה כוח שיעול ספונטני מספק, ומציג הפרשות מינימליות בדרכי הנשימה.
  5. הרדמה והרדמה
    1. הזריקו 15 מ"ל לידוקאין 2% לריר האף ולאורופרינקס, מחולקים ל-2–5 מנות.
    2. הזרקו 10 מ"ל לידוקאין 2% במינונים מחולקים דרך ערוץ העבודה של הברונכוסקופ. מרחים מינונים אלו שלב אחר שלב תוך כדי קידום הברונכוסקופ לדרכי הנשימה כדי לכסות את רירית קנה הנשימה, הקרינה ועץ הסימפונות.
      הערה: המינון הבטוח המרבי של לידוקאין מקומי אינו ודאי. רעילות מתרחשת בדרך כלל כאשר ריכוז הסרום עולה על 5 מיקרוגרם/מ"ל, אך תופעות לוואי סובייקטיביות עשויות להופיע בריכוזים נמוכים יותר. עקוב בקפידה אחרי כמות ההרדמה הכוללת שניתנה.
    3. מתן הרדמה מערכתית לפי העדפת המטופל, רמת החרדה והסבילות הצפויה לפרוצדורות כדי להבטיח הרדמה מספקת, למקסם את נוחות המטופל ולהפחית שיעול. מתן מידזולם 2–2.5 מ״ג בהזרקה איטית תוך-ורידית, או הפחת את המינון ל-0.5–1 מ״ג למטופלים חלשים או קשישים36.
    4. מנטור SpO₂, ECG ולחץ דם לא פולשני (NIBP) מאומץ באופן רציף37.
      הערה: הרדמה מערכתית מגבירה משמעותית את הסיכון להיפוקסמיה עמידה, קריסת דרכי הנשימה ואינטובציה חירום של קנה הנשימה. עקבו מקרוב אחרי המטופל לאורך כל ההליך.

2. הליך BAL

הערה: יש לבצע את הליך איסוף ה-BALF בהתאם באופן מדויק לפרוטוקולים הסטנדרטיים ולהנחיות הפרקטיקה הקלינית.

  1. בחירת מקטעי הריאה היעד (איור 2)
    1. בדוק את סריקת הטומוגרפיה הממוחשבת (HRCT) ברזולוציה גבוהה של המטופל לפני ההליך כדי לקבוע את התפלגות האנטומית המדויקת של מחלת הריאות.
    2. בחרו את מקטע הריאה היעד ל-BAL בהתבסס על התפלגות המחלה הספציפית שזוהתה בסריקת HRCT.
    3. הנחו את הברונכוסקופ לבצע את השטיפה בקטע שנפגע הכי הרדיוגרפית או בקטע שמראה את ההתקדמות המהירה ביותר של מחלה מקומית או אסימטרית בולטת.
    4. הפנו את הברונכוסקופ לשטוף את האונה האמצעית הימנית או את הלינגולה של האונה העליונה השמאלית למחלה מפוזרת או סימטרית, שכן אתרים אנטומיים אלו בדרך כלל מניבים החזרת נוזלים מספקת.
  2. השלכת פרלוואג' ודגימה
    1. הזריע 20–30 מ"ל מלח מחומם דרך הברונכוסקופ אל המקטע המחובר. חכה 20–30 שניות.
    2. יש להפעיל יניקה עדינה (לחץ שלילי 50–100 מ"מ כספית) כדי לשאוב את הנוזל חזרה. אספו את האליקווט הראשון הזה למלכודת והשליכו אותו מבלי לשלוח אותו לניתוח, שכן ייתכן שהוא מכיל ריר ופסולת ברונכיאלית.
  3. הליך השטיפה הראשי
    1. חבר מזרק סטרילי המכיל 0.9% מלח רגיל היטב ליציאת התעלה של הברונכוסקופ.
    2. הזרקו 20 מ"ל מלח דרך תעלת העבודה במשך 3–5 שניות. עצרו מיד למשך 5–10 שניות לאחר ההזרקה, ומאפשרים לנוזל להתפזר לחלוטין ולשקוע במרחבים האלוואולריים הדיסטליים באמצעות כוח הכבידה.
    3. הפעילו יניקה עדינה כדי להחזיר את הנוזל המושקע למלכודת איסוף סטרילית. שמרו על לחץ יניקה מתחת ל-100 מ"מ כספית כדי למנוע קריסה משמעותית של דרכי הנשימה או נזק לריר דרכי הנשימה.
    4. חזור על רצף ההזרקה, ההפסקה והיניקה באופן מדויק עד שנפח ההשראה הכולל בין 100 ל-150 מ"ל כדי לוודא שדגימת דרכי הנשימה התחתונות מספקת ומייצגות.
      הערה: יש לעקוב באופן רציף אחר סימני החיים, ריווי החמצן והנוחות של המטופל לאורך כל ההליך. עצרו את ההליך מיד אם מתרחש שיעול חמור או ירידה ברוויה, וחזרו רק לאחר שהמטופל ייצב.
  4. טכניקת החזרת נוזלים
    1. השתמש בלחץ יניקה נמוך (≤100 מ"מ כספית) כדי למנוע קריסת דרכי הנשימה.
    2. השתמש בטכניקת "שאיבה פולסית" במקום יניקה רציפה: חסום ושחרור לסירוגין את צינור היניקה כדי לאפשר לאוויר להתערבב, להניע את הנוזל ולמנוע מהברונכוס להתמוטט מול הטווח.
    3. כוונו לשליפת לפחות 40–60 מ"ל של BALF.
      הערה: הפסיקו את השטיפה אם המטופל מפתח סיבוכים (למשל, ברונכוספאזמה, היפוקסמיה בלתי נסבלת), גם אם הנפח המלא לא שוחזר. שמרו על זמן ההליך הכולל של הזרקת BAL ושאיפה מתחת ל-2–3 דקות כדי למזער את הסיכון להיפוקסיה.
  5. טיפול לאחר שטיפה
    1. הוציא בזהירות את הברונכוסקופ לאחר סיום ה-BAL.
    2. לשאוב כל הפרשות שנותרו מדרכי האוויר המרכזיות.
      הערה: המשך תמיכה ב-HFNC או NIV אם משתמשים בה עד שהמטופל יציב בהחלמה. עקבו אחר המטופל לסיבוכים לאחר פרוצדורה, כגון דימום או פנאומוטורקס.

3. טיפול בדגימות ובקרת איכות

  1. מדידה, הובלה והערכה ראשונית של ה-BALF
    1. רשמו את כמות הנוזל שהוחזרה לעומת הנפח שהושקע מיד במהלך ההליך.
    2. חשב את אחוז ההתאוששות באמצעות הנוסחה הבאה:
      אחוז התאוששות = (נפח שהתאושש / נפח שהושקע) × 100%
      הערה: התאוששות של ≥30% נחשבת בדרך כלל לדגימת BALF טובה.
    3. הניחו מיד את ה-BALF שנאסף על הקרח. העבר את ה-BALF במהירות למעבדה.
      אזהרה: דגימות BALF אנושיות עלולות להיות מדבקות. לטפל בכל הדגימות באמצעי זהירות סטנדרטיים מתאימים.
    4. התבוננו ורשמו את הצבע המאקרוסקופי והעכירות של דגימת ה-BALF לפני העיבוד.
      הערה: נוזל צלול או צהוב בהיר ללא עכירות נראית לעין הוא אופייני למצבים שאינם זיהומיים. מראה עכור או חלבי קשור לחלבון אלואולרי ריאתי (PAP)38. נוזל מוגלתי מצביע על זיהום חיידקי פוטנציאלי. נוזל עם צביעות דם מצביע על דימום פוטנציאלי או דימום אלוואולרי מפוזר39.
  2. הערכת קיום תאים
    1. מדלל את ה-BALF לריכוז של כ-1 ×10 6 תאים למ"ל באמצעות מלח פיזיולוגי סטרילי.
    2. מערבבים את ה-BALF המדולל עם Trypan Blue ביחס נפח של 1:1 כדי לקבל תערובת תגובה של 20 מיקרוליטר.
      אזהרה: טרייפן בלו הוא חומר כימי רעיל וחשוד כמסרטן.
    3. דגרו את תערובת התגובה למשך 3 דקות בטמפרטורת החדר (כ-25 מעלות צלזיוס).
    4. הנח את התערובת על המוסיטומטר. בדוק את התאים תחת מיקרוסקופ אור בעוצמה נמוכה.
    5. ספירת מינימום של 200 תאים כדי לקבוע באופן שיטתי את חיוניות התא.
      הערה: תאים חיים נשארים לא מוצבעים, שקופים ושלמים מבחינה מורפולוגית, בעוד שתאים שאינם חיוניים סופגים את הצבע הכחול. נדרש עמידות תאים ראשונית של >90%–95% כדי להבטיח ספירות ציטולוגיות אמינות במורד הזרם.
  3. התפלגות אליקווט
    1. חלק את ה-BALF לצינורות ייעודיים לניתוחים שונים במהלך פעולת השטיפה.
    2. הגדר את צינור 1 כ"נזרק" עבור האליקווט הראשון שהוחזר.
    3. ייעד שפופרת 2 למיקרוביולוגיה ותקצה 10–20 מ"ל BALF לבדיקת הפתוגן (למשל, mNGS).
      הערה: יש לבצע צביעת גרם/תרבית חיידקית שגרתית, כתם/תרבית פטרייתיית, מריחת חיידקים חזקים (AFB) ו-PCR בו-זמנית בפרקטיקה קלינית.
    4. ייעד צינור 3 לציטולוגיה ותשמור לפחות 10 מ"ל לספירת תאים כוללת וספירת תאים דיפרנציאלית.
    5. הקצה את צינור 4 כמלאי אופציונלי ואחסן כל נוזל שנותר (ב-4°C לטווח קצר או -80°C לטווח ארוך) לבדיקות נוספות.
      הערה: הקפיאו את דגימת ה-mNGS בטמפרטורה של -80 מעלות צלזיוס מיד אם לא ניתן להתחיל את הבדיקה מיד. דגימות ציטולוגיה של תהליך טריות; אם צפוי עיכוב, יש לקרר את הדגימה בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס עד 24 שעות כדי לשמור על מורפולוגיית התא.

4. עיבוד מעבדה של BALF

  1. סך כל התאים
    1. הפוך את הצינור כדי לערבב בעדינות את ה-BALF ולהחזיר את התאים לתלייה.
    2. דילל את ה-BALF בנפח מתאים של מי מלח פיזיולוגיים סטריליים אם הדגימה מכילה פקקי ריר מקרוסקופיים ופסולת.
    3. הרטיב היטב חתיכת גזה רפואית סטרילית עם מי מלח סטריליים לפני הסינון. סנן את הדגימה המדוללת דרך שתי שכבות של הגזה הרפואית הסטרילית המורטבת מראש.
    4. אספו את הסינון לצינור איסוף סטרילי. ספירת כל התאים הגרעיניים באמצעות אנלייזר המטולוגי.
      הערה: זיהום נמוך בתאי אפיתל (<5% מהתאים) ואחוז מינימלי של תאי דם אדומים (<10%) מעידים על דגימת אלוואולר איכותית.
  2. ספירת תאים שונה
    1. העבר 1 מ"ל מדגימת BALF מעורבבת היטב למיקרוצינור בנפח 1.5 מ"ל. צנטריפוגה את המיקרוצינור ב-211 × גרם למשך 5 דקות כדי לרכז את התאים.
    2. הסר את הסופרנאנט, ומשאיר בדיוק 50–100 מיקרוליטר נוזל במיקרוצינור. החזירו את כדור התא לעומק בסופרנטנט שנותר.
    3. פיפטה של 10–20 מיקרוליטר של מתלה התא התלוי על פני שטח של זכוכית נקייה, סמוך לקצה הקפוא.
    4. החזק מגלשית זכוכית נקייה שנייה בזווית של 30–45° למחסנית הראשונה. דחפו את הסלייד השני קדימה באמצעות טכניקת מריחת טריז עדינה ליצירת מריחת תאים דקה ואחידה.
    5. חזור על שלבים 4.2.3 עד 4.2.4 להכנת 2–3 שקופיות זהות.
    6. תן למחסניות המרוחות להתייבש באוויר לחלוטין בטמפרטורת החדר.
    7. צבעו את השקופיות בשיטת רייט-גימסה.
    8. התבונן בגלישות המוכתמות תחת מיקרוסקופ אור באמצעות מטרה להטבלת שמן בעוצמה גבוהה (הגדלה של 1,000×).
    9. לזהות ולסווג לפחות 400 תאים כדי לקבוע את ספירת התאים השונה.
      הערה: שמרו כל דגימת BALF עם חשד קליני גבוה לממארות בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס והעבירו למעבדה המרכזית לפתולוגיה לציטוצנטריפוגציה סטנדרטית בתוך שעתיים מאיסוף הדגימה.
  3. צינור mNGS
    1. השבית את דגימת נוזל השטיפה הברונכואלוואולרי (BALF) על ידי דגירה בטמפרטורה של 65 מעלות צלזיוס למשך 30 דקות.
    2. העבר 0.5 מ"ל מדגימת BALF מושבתת לצינור מיקרוצנטריפוגה בנפח 1.5 מ"ל המכיל 1 גרם חרוזי זכוכית בקוטר 0.5 מ"מ.
    3. אבטח את צינור המיקרוצנטריפוגה לפלטפורמה אופקית על מערבל מערבולת (מערבל מערבולת). ערבבו את התערובת ב-2,800–3,200 סל"ד למשך 30 דקות כדי להקל על הפרעה מכנית בדופן התא המיקרוביאלית ושחרור DNA לאחר מכן.
    4. צנטריפוגה קצרה בצינור כדי ליישב את החרוזים, והעבר בזהירות 0.3 מ"ל מהסופרנטנט לצינור מיקרוצנטריפוגה חדש בנפח 1.5 מ"ל.
    5. יש להוציא חומצות גרעין מלאות מהסופרנטנט באמצעות ערכת חילוץ DNA בנפח מיקרו, תוך ביצוע הוראות היצרן.
    6. מדדו את ריכוז ה-DNA המופק באמצעות פלואורומטר.
    7. [נקודת הפסקה] אחסן את ה-DNA המופק בטמפרטורה של -20 מעלות צלזיוס לשימוש קצר טווח או ב-80 מעלות צלזיוס לאחסון ארוך טווח אם ההכנה לספרייה לא מתבצעת מיד.
    8. לבנות את ספריות המטגנומיקה מה-DNA שהופק באמצעות ערכת הכנה לספריית קלט נמוכה במיוחד.
    9. בדקו את הספריות שנבנו כדי לוודא גודל מקטעים מתאים וריכוז מספק.
    10. רצף את הספריות המוסמכות על פלטפורמת רצף עם תפוקה גבוהה.
  4. ניתוח נתוני ריצוף
    1. להסיר קריאות באיכות נמוכה ורצפי מתאם מנתוני הריצוף הגולמיים באמצעות תוכנת עיבוד רצפים.
    2. קריאות השלכה באורך קצר מ-35 זוגות בסיסים (bp), קוראות עם מורכבות נמוכה, וקוראות עם ציון איכות Phred (ציון Q) מתחת ל-20.
    3. יישר את הקריאות האיכותיות לגנום הייחוס האנושי (גרסה hg38) באמצעות אלגוריתם Burrows-Wheeler Alignment לזיהוי רצפי DNA אנושי.
    4. השליכו את רצפי המארח האנושיים המיושרים כדי לבודד את נתוני הריצוף הלא-מארחים.
    5. הפיצוץ את הקריאות הלא-מארחות שנותרו מול מאגר ייחוס סיווג כדי לקבל מידע מיקרוביאלי ברמת המין. בניית מסד הנתונים בהתבסס על מסדי נתונים של גנום מיקרוביאלי שפורסמו, כגון מאגר רצפי התייחסות במרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי (NCBI). ודאו שהוא מכיל נתוני פתוגנים מקיפים (למשל, 25,863 פתוגנים הכוללים 12,142 חיידקים, 2,680 פטריות, 10,061 וירוסים, 654 טפילים, 206 מיקובקטריה, ו-120 מיקופלסמה/כלמידיה).
    6. הקמת בקרות שליליות (בקרת 'ללא תבנית', NTC) וחיובית על ידי עיבודן באמצעות אותם הליכי חילוץ, הכנת ספרייה וניתוח ביואינפורמטיקה.
    7. בדקו את מספר הקריאה הממופה בקפדנות (SMRN) ואת הכיסוי הגנומי להערכה אבחנתית.
      הערה: SMRN מציין את כמות הרצפים המיושרים בדיוק למיקרואורגניזם ברמת המין.
    8. סווג תוצאה של חיידקים, פטרייה, מיקופלזמה או כלמידיה כחיובית אם המיקרואורגניזם לא מזוהה ב-NTC וכיסוי הגנומי שלו מדורג בעשרת הראשונים בין המיקרובים באותו סוג, או אם היחס בין SMRN_sample ל-SMRN_NTC הוא > 10 (כאשר SMRN_NTC ≠ 0).
    9. ודאו ש-SMRN_sample עומד בספי המינימום הבאים לתוצאה חיובית: ≥3 עבור חיידקים, פטריות, מיקופלזמות וכלמידיה; ≥100 לטפילים; ו-≥1 עבור מיקובקטריום טוברקולוזיס.
    10. סווג תוצאה של mNGS ויראלי כחיובית אם הווירוס לא זוהה ב-NTC, או אם היחס בין SMRN_sample ל-SMRN_NTC הוא >5 (כאשר SMRN_NTC ≠ 0).
    11. אשר שה-SMRN_sample לווירוסים הוא ≥1.
    12. ערוך רשימה של פתוגנים מועמדים יחד עם ספירת הקריאה או השפע היחסי שלהם.
    13. לתעד כל גן עמידות לאנטיביוטיקה או גורמי אלימות שזוהו בצינור הביואינפורמטיקה.
    14. הגדר פגיעה משמעותית על ידי שילוב מספר הקריאות, השוואה סטטיסטית עם קבוצות ביקורת, ורלוונטיות קלינית.
    15. העריך האם כל פתוגן מזוהה יכול להסביר את המצב הקליני.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

על ידי ביצוע הפרוטוקול הסטנדרטי לעיל, רופאים יכולים לקבל דגימות BALF איכותיות באופן שכפול ולהשתמש בניתוחים תאיים וגנומיים כדי להבחין בין CTLI לחיקוי שלו. להלן תוצאה מייצגת של המקרה שלנו כדי להמחיש ממצאים טיפוסיים. אישה בת 68 עם סרטן ריאות בשלב IV עם התמיינות לקויה (גידול ראשוני באזור הפלאורלי הימני) המטופלת באימונותרפיית פמברוליזומאב מוצגת כדי להמחיש את גישת BALF cytology + mNGS (איור 1). היא עברה שישה מחזורים של כימותרפיה ב...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

בעידן הנוכחי של טיפול בסרטן, פגיעות באיברים הקשורות לטיפול, כמו אלו הנגרמות על ידי מעכבי נקודות ביקורת חיסונית (ICIs), נותרות דאגה קלינית מרכזית שעלולה להגביל את התקדמות הטיפול או אף להיות מסכנות חיים 3,4. מבין תופעות לוואי חיסוניות (irAEs) הנגרמו על ידי ICI, דלקת ריאות זכתה לתשומת לב משמעותית כסיבה עיקרית לתוצאות קטלניות10, ומהווה 79% ממקרי המוות הקשורים ל-IRAE בקרב מטופלים שטופלו ב-ICI,...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים מתחרים.

הצהרת סיוע בבינה מלאכותית:
המחברים מצהירים על השימוש בטכנולוגיות בסיוע בינה מלאכותית במהלך הכנת כתב היד. במיוחד, Gemini של גוגל שימש אך ורק לליטוש השפה האנגלית, תיקון שגיאות דקדוקיות ולהבטיח שהעיצוב המבני עומד בהנחיות כתב העת. כלי הבינה המלאכותית לא שימש ליצירת נתונים, ניתוח או פרשנות של תוצאות מדעיות. כל המחברים בדקו לעומק את הטקסט שנוצר, ערכו עריכות נדרשות, ולקחו על עצמם אחריות מלאה לדיוק ולשלמות המדעית של כתב היד הסופי.

תודות

עבודה זו נתמכה על ידי פרויקט שיפור יכולת טכנולוגיית הבריאות של ועדת הבריאות של מחוז ג'ילין (מענק מס' 2023JC007).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
2% לידוקאין<חזק>הונאן קלוןלא זמיןהרדמה מקומית לריר דרכי הנשימה.
חרוזי זכוכית בקוטר 0.5 מ"מסיגמאלא זמיןמשמש לשיבוש מכני של דופן התא של מיקרובים.
ברונכוסקופ אלקטרוני BF-260אולימפוסלא זמיןהברונכוסקופ משמש לקבלת נוזל שטיפת אלוואולריות.
יישור בורוז-וילרקוד פתוח0.7.17 (RRID:SCR_010910)אלגוריתם למיפוי רצפים לגנום האנושי.
כלי טיפול בחמצן לח בזרימה גבוההBMC Medicalלא זמיןלספק זרימה מסוימת, גז נשימה מחומם ולחות למטופלים עם נשימה ספונטנית.
מערבל מערבולתScientific  תעשיותלא זמיןתעשיות מדעיות
מידאזולאםג'יאנגסו אנחואהלא זמיןסם הרדמה מערכתית לנוחות המטופל.
פלטפורמת Nextseq 550אילומינהלא זמיןרצף הגנים לריצוף הגנום ב-BALF
ערכת ספריית קלט אולטרה-נמוכה QIAseqטיאנגןלא זמיןערכה לבניית ספריית מטגנומית
קיוביט 4.0תרמו פישר סיינטיפיקלא זמיןמכשיר לזיהוי תכולת חומצות גרעין BALF
ערכת DNA מיקרו TIANamp DP316טיאנגןלא זמיןערכת חילוץ ה-DNA להפקת חומצות גרעין כוללת מ-BALF
כחול טרייפןביושארפלא זמיןצבע המשמש להערכת כחיות התאים.
  אמבט מיםג'ואןלא זמיןשימש להפעלת דגימת BALF בטמפרטורה של 65 &מעלות צלזיוס.
כתם רייט-גימסהיואנמולא זמיןמשמש לצביעה של תאים שונים.
אנלייזר המטולוגיה XN-9000SysmexSN-13699אנלייזר המטולוגיה לספירת תאים גרעיניים כוללים מדגימת BALF

מקורות

  1. Li, Z., et al. Effects and potential mechanisms of the ultra-high dose rate radiotherapy on lung injury: a review. Radiat Oncol. 20 (1), 161(2025).
  2. Kormish, J., et al. Temporal and spatial patterns of inflammation and tissue injury in patients with postoperative respiratory failure after lung resection surgery: a nested case-control study. Int J Mol Sci. 24 (12), 10051(2023).
  3. Xie, X., et al. Fatal toxic effects related to EGFR tyrosine kinase inhibitors based on 53 cohorts with 9,569 participants. J Thorac Dis. 12 (8), 4057-4069 (2020).
  4. Hazama, K., et al. Disproportionality analysis of adverse events in advanced lung cancer treated with atezolizumab plus platinum-based combination chemotherapy. J Pharm Health Care Sci. , (2025).
  5. Iwasa, E., et al. Interstitial lung disease as an adverse drug reaction in Japan: exploration of regulatory actions as a basis for high reporting. Drug Saf. 43 (11), 1121-1131 (2020).
  6. Imran, S., et al. Immune checkpoint inhibitor-related pneumonitis: acute lung injury with rapid progression and organising pneumonia with less severe clinical disease. Histopathology. 81 (6), 724-731 (2022).
  7. Zou, T., et al. A real-world disproportionality analysis of the US Food and Drug Administration adverse event reporting system events for durvalumab. BMC Pharmacol Toxicol. 25 (1), 97(2024).
  8. Naidoo, J., et al. Pneumonitis in patients treated with anti-programmed death-1/programmed death ligand 1 therapy. J Clin Oncol. 35 (7), 709-717 (2017).
  9. Suresh, K., et al. Pneumonitis in non-small cell lung cancer patients receiving immune checkpoint immunotherapy: incidence and risk factors. J Thorac Oncol. 13 (12), 1930-1939 (2018).
  10. Wang, D. Y., et al. Fatal toxic effects associated with immune checkpoint inhibitors: a systematic review and meta-analysis. JAMA Oncol. 4 (12), 1721-1728 (2018).
  11. Hou, Z., et al. Pirfenidone for grade 2 and grade 3 radiation-induced lung injury: a multicentre, open-label, randomised, phase 2 trial. Lancet Oncol. 26 (12), 1552-1562 (2025).
  12. Huang, A., et al. Radiographic features and prognosis of early- and late-onset non-small cell lung cancer immune checkpoint inhibitor-related pneumonitis. BMC Cancer. 21 (1), 634(2021).
  13. Shroff, G. S., et al. Drug-induced lung disease in the oncology patient: from cytotoxic agents to immunotherapy. Clin Chest Med. 45 (2), 325-337 (2024).
  14. Kuhlman, J. E. The role of chest computed tomography in the diagnosis of drug-related reactions. J Thorac Imaging. 6 (1), 52-61 (1991).
  15. Nissen, A., et al. Advances in noninvasive imaging for detecting radiation-induced lung injury (RILI). Int J Radiat Biol. , 1-13 (2025).
  16. Gosangi, B., et al. Imaging features of toxicities associated with immune checkpoint inhibitors. Eur J Radiol Open. 9, 100434(2022).
  17. Teng, P., et al. Severe community-acquired pneumonia with disseminated infection caused by highly virulent Pseudomonas aeruginosa: successful treatment of a case. J Inflamm Res. 18, 12817-12824 (2025).
  18. Wang, C. C., et al. Acute fibrinous and organizing pneumonia presents as right lung upper lobe cavitary lesion: case report and literature review. Medicine (Baltimore). 104 (39), e44915(2025).
  19. Li, Q., et al. Psittacosis chlamydia pneumonia complicated with organizing pneumonia: a case report and literature review. Front Med (Lausanne). 12, 1670456(2025).
  20. Lin, X., et al. Expert consensus on cancer treatment-related lung injury. J Thorac Dis. 17 (4), 1844-1875 (2025).
  21. Zhang, Y., Shen, W. X., Li, P., Chen, M. B., Zhou, L. N. Serum interleukin levels predict occurrence of acute radiation pneumonitis and overall survival in thoracic tumours. Clin Invest Med. 48 (1), 29-38 (2025).
  22. Loy-Caraos, G., et al. PNA-FISH-based chromosome aberration frequency and serum IL-6 as predictive biomarkers for radiation therapy-induced pneumonitis in lung cancer patients. Radiat Res. 204 (2), 127-142 (2025).
  23. Zhang, X., et al. Integrated omics characterization reveals reduced cancer indicators and elevated inflammatory factors after thermal ablation in non-small cell lung cancer patients. Respir Res. 25 (1), 309(2024).
  24. Luo, T., et al. Preclinical models of immune checkpoint inhibitors-related interstitial pneumonia for anti-PD1 tumor immunotherapy. Immunobiology. 230 (2), 152884(2025).
  25. Xiao, L., et al. Early prediction of radiation pneumonitis in patients with lung cancer treated with immunotherapy through monitoring of plasma chemokines. Int J Radiat Oncol Biol Phys. 122 (5), 1238-1247 (2025).
  26. Lin, X., et al. Comprehensive analysis of the immune microenvironment in checkpoint inhibitor pneumonitis. Front Immunol. 12, 818492(2021).
  27. Suresh, K., et al. The alveolar immune cell landscape is dysregulated in checkpoint inhibitor pneumonitis. J Clin Invest. 129 (10), 4305-4315 (2019).
  28. Strippoli, S., et al. Cellular analysis of bronchoalveolar lavage fluid to narrow differential diagnosis of checkpoint inhibitor-related pneumonitis in metastatic melanoma. J Transl Med. 18 (1), 473(2020).
  29. Johkoh, T., et al. Chest CT diagnosis and clinical management of drug-related pneumonitis in patients receiving molecular targeting agents and immune checkpoint inhibitors: a position paper from the Fleischner Society. Chest. 159 (3), 1107-1125 (2021).
  30. Davidson, K. R., Ha, D. M., Schwarz, M. I., Chan, E. D. Bronchoalveolar lavage as a diagnostic procedure: a review of known cellular and molecular findings in various lung diseases. J Thorac Dis. 12 (9), 4991-5019 (2020).
  31. Ungvári, T., et al. The possible role of some laboratory parameters in predicting radiation-induced lung injury after breast cancer treatment. Orv Hetil. 166 (29), 1153-1159 (2025).
  32. Park, S. H., et al. Predictive factors for severe radiation-induced lung injury in patients with lung cancer and coexisting interstitial lung disease. Radiother Oncol. 192, 110053(2024).
  33. Lin, X., et al. Peripheral blood biomarkers for early diagnosis, severity, and prognosis of checkpoint inhibitor-related pneumonitis in patients with lung cancer. Front Oncol. 11, 698832(2021).
  34. Arora, S., Walker, S. M., Cummings, K. W., Hammer, M. M. Pneumonia in immunocompromised patients. Radiographics. 45 (12), e250021(2025).
  35. Domagala-Kulawik, J. The relevance of bronchoalveolar lavage fluid analysis for lung cancer patients. Expert Rev Respir Med. 14 (3), 329-337 (2020).
  36. Du Rand, I. A., et al. British Thoracic Society guideline for diagnostic flexible bronchoscopy in adults: accredited by NICE. Thorax. 68, Suppl 1. i1-i44 (2013).
  37. Wahidi, M. M., et al. American College of Chest Physicians consensus statement on the use of topical anesthesia, analgesia, and sedation during flexible bronchoscopy in adult patients. Chest. 140 (5), 1342-1350 (2011).
  38. Jouneau, S., Ménard, C., Lederlin, M. Pulmonary alveolar proteinosis. Respirology. 25 (8), 816-826 (2020).
  39. Maldonado, F., Parambil, J. G., Yi, E. S., Decker, P. A., Ryu, J. H. Haemosiderin-laden macrophages in the bronchoalveolar lavage fluid of patients with diffuse alveolar damage. Eur Respir J. 33 (6), 1361-1366 (2009).
  40. Olsen, H. H., Grunewald, J., Tornling, G., Sköld, C. M., Eklund, A. Bronchoalveolar lavage results are independent of season, age, gender and collection site. PLoS One. 7 (8), e43644(2012).
  41. Meyer, K. C., et al. An official American Thoracic Society clinical practice guideline: the clinical utility of bronchoalveolar lavage cellular analysis in interstitial lung disease. Am J Respir Crit Care Med. 185 (9), 1004-1014 (2012).
  42. Whitley, R. J., Roizman, B. Herpes simplex virus infections. Lancet. 357 (9267), 1513-1518 (2001).
  43. Li, H., et al. Prediction of primary biliary cholangitis among health check-up population with anti-mitochondrial M2 antibody positive. Clin Mol Hepatol. 31 (2), 474-488 (2025).
  44. Wakabayashi, S. I., et al. Emergence of anti-mitochondrial M2 antibody in patient with angioimmunoblastic T-cell lymphoma. Clin J Gastroenterol. 11 (4), 302-308 (2018).
  45. Madrid, F. F., et al. Autoantibodies in breast cancer sera are not epiphenomena and may participate in carcinogenesis. BMC Cancer. 15, 407(2015).
  46. Nisihara, R., et al. Anti-nuclear antibodies in patients with breast cancer. Clin Exp Immunol. 193 (2), 178-182 (2018).
  47. Mohammed, M. E., Abdelhafiz, K. Autoantibodies in the sera of breast cancer patients: antinuclear and anti-double stranded DNA antibodies as example. J Cancer Res Ther. 11 (2), 341-344 (2015).
  48. Khan, M. B., Kaur, A., Ali, A., Boris, A., Spitalewitz, S. Complete resolution of paraneoplastic membranous nephropathy following curative therapy of triple-negative breast cancer. Cureus. 13 (9), e18125(2021).
  49. Sun, X., et al. Immune-related adverse events associated with programmed cell death protein-1 and programmed cell death ligand 1 inhibitors for non-small cell lung cancer: a PRISMA systematic review and meta-analysis. BMC Cancer. 19 (1), 558(2019).
  50. Miao, Q., et al. Microbiological diagnostic performance of metagenomic next-generation sequencing when applied to clinical practice. Clin Infect Dis. 67, Suppl 2. S231-S240 (2018).
  51. Chen, J., et al. Metagenomic next-generation sequencing for concurrent diagnosis of infections and malignancies in patients with lung lesions: a single-center prospective study. Sci Rep. 15 (1), 33721(2025).
  52. Liang, W., et al. Diagnostic strategy of metagenomic next-generation sequencing for gram negative bacteria in respiratory infections. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 23 (1), 10(2024).
  53. Hauser, S., et al. A metagenomics method for the quantitative detection of bacterial pathogens causing hospital-associated and ventilator-associated pneumonia. Microbiol Spectr. 11 (6), e0129423(2023).
  54. Li, H., et al. Detection of pulmonary infectious pathogens from lung biopsy tissues by metagenomic next-generation sequencing. Front Cell Infect Microbiol. 8, 205(2018).
  55. Liu, H., Zhang, Y., Yang, J., Liu, Y., Chen, J. Application of mNGS in the etiological analysis of lower respiratory tract infections and the prediction of drug resistance. Microbiol Spectr. 10 (1), e0250221(2022).
  56. Dickson, R. P., Erb-Downward, J. R., Martinez, F. J., Huffnagle, G. B. The microbiome and the respiratory tract. Annu Rev Physiol. 78, 481-504 (2016).
  57. Huang, M. Q., Zheng, T. T., Wang, X. R., Xiang, F. The clinical value of metagenomic next-generation sequencing in Pneumocystis jirovecii pneumonia. Infect Drug Resist. 17, 69-80 (2024).
  58. Li, Y., et al. Optimization of decision thresholds for Mycobacterium tuberculosis can effectively improve the performance of mNGS in tuberculosis diagnosis. Front Cell Infect Microbiol. 15, 1646194(2025).
  59. Mei, J., et al. Diagnostic role of mNGS in polymicrobial periprosthetic joint infection. J Clin Med. 12 (5), (2023).
  60. Wang, J., Han, Y., Feng, J. Metagenomic next-generation sequencing for mixed pulmonary infection diagnosis. BMC Pulm Med. 19 (1), 252(2019).
  61. Qiang, P., et al. A new era in lower respiratory tract infections management: synergy between mNGS and CMTs in patients with hematological disorders. Diagn Microbiol Infect Dis. 114 (2), 117158(2026).
  62. Duan, J., et al. Metagenomic analysis identifying a polymicrobial pulmonary infection in a non-HIV immunocompromised patient: a case report. BMC Pulm Med. 25 (1), 12(2025).
  63. Qin, Z., et al. Metagenomic next-generation sequencing contributes to the diagnosis of mixed pulmonary infection: a case report. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 21 (1), 52(2022).
  64. Deng, Z., et al. BALF metagenomic next-generation sequencing analysis in hematological malignancy patients with suspected pulmonary infection: clinical significance of negative results. Front Med (Lausanne). 10, 1195629(2023).
  65. Zhang, P., et al. Metagenomic next-generation sequencing for the clinical diagnosis and prognosis of acute respiratory distress syndrome caused by severe pneumonia: a retrospective study. PeerJ. 8, e9623(2020).
  66. Chiu, C. Y., Miller, S. A. Clinical metagenomics. Nat Rev Genet. 20 (6), 341-355 (2019).
  67. Hasan, M. R., et al. Depletion of human DNA in spiked clinical specimens for improvement of sensitivity of pathogen detection by next-generation sequencing. J Clin Microbiol. 54 (4), 919-927 (2016).
  68. Miller, S., et al. Laboratory validation of a clinical metagenomic sequencing assay for pathogen detection in cerebrospinal fluid. Genome Res. 29 (5), 831-842 (2019).
  69. Zinter, M. S., et al. Pulmonary metagenomic sequencing suggests missed infections in immunocompromised children. Clin Infect Dis. 68 (11), 1847-1855 (2019).
  70. Rodino, K. G., Simner, P. J. Status check: next-generation sequencing for infectious-disease diagnostics. J Clin Invest. 134 (4), (2024).
  71. Simner, P. J., Miller, S., Carroll, K. C. Understanding the promises and hurdles of metagenomic next-generation sequencing as a diagnostic tool for infectious diseases. Clin Infect Dis. 66 (5), 778-788 (2018).
  72. Li, S., et al. One-step diagnosis of infection and lung cancer using metagenomic sequencing. Respir Res. 26 (1), 48(2025).
  73. Liu, B., et al. Onco-mNGS facilitates rapid and precise identification of the etiology of fever of unknown origin: a single-centre prospective study in North China. BMC Infect Dis. 24 (1), 1475(2024).
  74. Gu, W., et al. Detection of cryptogenic malignancies from metagenomic whole genome sequencing of body fluids. Genome Med. 13 (1), 98(2021).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

גלה מאמרים נוספים

אבחון פגיעה ריאתיתפגיעה ריאתית כתוצאה מטיפול בסרטןשטיפה ברונכואלוולאריתאנליזה ציטולוגיתהתקדמות גידולזיהוי פתוגניםזיהומים ריאתיים
צרו קשר
המליצו לספרייה

פרטיות

תנאי שימוש

מדיניות

זכויות יוצרים © 2026 MyJoVE Corporation. כל הזכויות שמורות.