17 ביוני 2009
סרט הווידאו הזה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מים חוף הים ועיבוד אותם במורד הזרם עבור יישומים שונים, כולל ריכוז ביומסה, טיהור חומצות גרעין, שפע תאים, מזין ומנתח גז עקבות.
שלום, אני אלנה קובה מהמעבדה של סטיבן הלאם במחלקה למיקרוביולוגיה ואימונולוגיה באוניברסיטת בריטיש קולומביה. היום נדגים לכם פרוטוקול לאיסוף מי ים לצורך אנליזה פיזיקלית, כימית וביולוגית. אנו משתמשים בפרוטוקול זה במעבדה שלנו כדי לחקור פרמטרים אוקיאנוגרפיים של מי מלח.
אם כן, נתחיל. ראשית, נקבע את מספר ההשלכות ואת העומקים בכל השלכה, ולאחר מכן נקבע את העומקים שנדגמו ואת הנפח הכולל שייאסף עבור ההשלכה הנוכחית. ודאו שמכשירי דגימת המים מסוג go flow ו-kin נמצאים במצב פתוח ושכל השסתומים והברזים סגורים.
חברו את ה-CTD לבסיס החבל והורידו אותו למים עד לעומק המקסימלי בפרופיל. הצמידו מכשיר דגימה לחבל מיד לאחר ה-CTD. ודאו שהחבל מותאם כראוי לתושבת המכשיר ושהברגים מהודקים.
חברו משלוח (messenger) עם משקולת לכל מכשיר, למעט עבור עומק הדגימה העמוק ביותר, לפני הורדתו למים. הורידו את החבל למרחק שבין העומק המצוין הראשון לבין העומק הבא, ולאחר מכן התקינו מכשיר דגימה נוסף. שימו לב כי עבור מרווחי עומק שבהם נאספים דגימות מים בנפח גדול, נטענים שני בקבוקים של 12 ליטר ברצף, במרחק של כ-0.75 מטרים זה מזה.
לאחר שכל המכשירים נמצאים על החבל, הורד את החבל לעומק המרבי והמתן שתי דקות. שלח שליח למטה כדי להעביר כל מכשיר למצב סגירה. המתן מספר דקות לפני שאתה מעלה את החבל.
כדי להבטיח שכל המכשירים סגורים, גלגלו את החוט פנימה ופרוקו כל מכשיר על הסיפון עם עלייתו מהמים. עבור עומקים הדורשים נפחי דגימה גדולים לטיהור חלבונים, DNA או RNA, השתמשו בשני מכשירי דגימה בטור. אספו RNA באופן מיידי מבקבוק אחד וסננו אותו על הסיפון.
לאחר דגימת הכימיקלים והחומרים המזינים מהבקבוק השני, רוקנו את המים הנותרים אל תוך המיכל כדי להגיע לנפח סופי של 20 liter. עבור דגימות בנפח נמוך, הדירו ליטר אחד של מים לסינון בבקבוקי Nalgene סטריליים. בדרך כלל, דגימות בנפח נמוך מ-16 מרווחי עומק נאספות כ-16 דגימות של ליטר אחד, ושש דגימות של 20 liter נאספות כדגימות בנפח גבוה.
בעת איסוף דגימות גז, יש לדגום תמיד חמצן וגזים בממנה (trace gas). ראשית, חברו קטע צינור דק לברז של מכשיר דגימת המים. הכניסו את הקצה השני של הצינור לתוך בקבוקי סרום מזכוכית.
שטפו את בקבוק הסרום שלוש פעמים במים מהמדגם ומלאו אותו עד גלישה, כך שלא יישארו בועות אוויר. הוסיפו 50 µL של mercuric chloride לבקבוק הסרום. היזהרו לא להחדיר בועות אוויר אל תוך המדגם.
אטמו את בקבוק הסרום באמצעות פקק גומי C וסגירה עם מכסה אלומיניום, ולאחר מכן אחסנו אותו על קרח לצורך איסוף דגימות למדידות חומרי הזנה, כולל nitrate, phosphate ו-silicate. ראשית, שטפו מזרק של 60 cc עם מי דגימה. לאחר מכן, חברו מסנן acro disc של 0.2 micrometer בטור.
העבירו כ-2 ml של מים דרך המזרק כדי לשטוף את המסנן. שטפו בקבוק פוליאתילן עם כ-10 ml של מים מסוננים שלוש פעמים.
נער את הבקבוק בזמן השטיפה, ולאחר מכן מלא את הבקבוקים במדגם מים מסונן עד למסביב שלושה רבעים מגובהם. שמור את המדגם על קרח. רוקן את מבחנות האיסוף ממי Destilled כדי לאסוף מדגמים למדידות אמוניה.
ראשית שטפו את מבחנות האיסוף, אך דגמו את המים באופן מלא. מלאו משורה מדורגת של 10 ml במים מהדגימה, הוציאו 5 ml של מי הדגימה מהמשורה ורוקנו את השאר מהמשורה. לאחר מכן, החזירו את ה-5 ml למשורה הריקה.
לאחר איסוף דגימות מכל העומקים, יש להוסיף 7.5 ml של תמיסת עבודה של אמוןיום לכל מבחנה. לאיסוף דגימות לספירת תאים, יש למלא מבחנת Falcon של 50 ML מסומנת מראש המכילה 5.4 ml של פורמלין 37%, עד לסימון של 50 ml, כדי להגיע לריכוז סופי של 4%. יש להיזהר לא למלא את המבחנה מעבר לקיבולתה. יש לשמור את הדגימה על קרח לצורך איסוף הדגימות.
למדידות של מימן גופריתי. מלאו עד הסוף מבחנת Falcon בנפח 50 ML המסומנת מראש ומכילה 3 ml של zinc acetate בריכוז 20%. היזהרו לא להמלא את המבחנה מעבר לקיבולתה.
אחסן את הדגימה על קרח לצורך איסוף נפחים קטנים. לצורך ריכוז ביומסה, מלא עד הסוף בקבוקי Nalgene של ליטר אחד כדי לאסוף נפחים גדולים.
מלאו עד הסוף קרבויים של 20 ליטר. התוצאה הסופית של דגימת מי הים היא בערך 32 עד 48. דגימות גז, 32 דגימות אמון.
16 דגימות מימן גופרית. 16 דגימות לספירת תאים. שישה מכלים של 20 ליטר, 16 בקבוקים של ליטר אחד, וארבעה sterex.
מסנני 2.2 µm המכילים ביומסה מיקרוביאלית נשמרים להמשך. בידוד RNA. הרגשנו כיצד לאסוף סוגים שונים של דגימות מים לצורך אנליזה ביוכימית.
תהליך זה דורש הכנה ותכנון רב. לכן, הקצו יומיים לפני הנסיעה כדי להסדיר את העניינים ויום אחד אחריה לצורך ניקיון; אל תאפשרו למי מלח לבוא במגע עם משאבת peralt או להיכנס לתיבת הזago מאלומיניום המשמשת להובלת ציוד השטח. התייחסו לציוד בכבוד והוא ישמש אתכם היטב למשך זמן רב.
זהו זה. תודה שצפיתם ובהצלחה בניסוייכם.
צפו בתמליל המלא וקבלו גישה לאלפי סרטונים מדעיים
סרטון זה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מיים ימיים מאזורי חוף ועיבודן עבור יישומים שונים בהמשך, כולל ריכוז ביומסה, ניקוי חומצות גרעין, מדידת שפע תאים, וניתוחים של חומרי הזנה וגזים בממגנים.
פרוטוקולים חסונים לדגימה ואיסוף מי ים מהווים תשתית ליצירת מערכי נתונים באיכות גבוהה בתחום הגילוי הביו-פארמצבטי הימי, ומאפשרים הערכה מדויקת של משתנים סביבתיים וחומרים ביולוגיים. שיטות אלו מהוות את הבסיס לאנליזות המשך כגון טהרת חומצות גרעין, כימות שכיחות תאים ואפיון רכיבי תזונה, שהם קריטיים לתיקוף מטרות ולהפחתת סיכונים מכניסטיים בתהליך גילוי תרופות ממקור ימי. איסוף סטנדרטי מבטיח הדירות ויכולת השוואה בין תוכניות גילוי שונות, ובכך תומך בקבלת החלטות ברחבי תיק הפיתוח.
שיטות דגימה ואיסוף של מי הים ממוקמות בחלקו הקדמי של רצף הגילוי הביופארמצבטי הימי, ומספקות חומר בסיסי לתהליכי עבודה המקיפים תיקוף מטרות, סריקה ומחקר תרגומי.