Name: מי ים דגימה אוסף (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-17T19:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 23 s
Description: למדו שיטות לאיסוף דגימות מי ים חופיים ועיבודן ליישומי מחקר שונים כולל ריכוז ביומסה, ניקוי חומצות נוקליאיות וניתוח גזים. טכניקות הדגימה מבטיחות נתונים אמינים למחקר אקולוגי ימי.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

ברצוננו להודות לקרן קנדית עבור חדשנות, פיתוח קולומביה הבריטית קרן ידע מדעי הלאומי וההנדסה מועצת המחקר (NSERC) של קנדה לתמיכה מחקרים מתמשכים על אזורים חמצן נמוכה של מים חופי האוקיינוס ​​הפתוח. בנוסף, דאו נתמכה על ידי מלגות של NSERC, Killam ויסוד טולה מרכז מימנה עבור גיוון התפתחות חיידקים.

חלק 1: איסוף מים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ממעמקים מוקצים להפיל כל אחד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ממעמקים להיות שנדגמו ואת הנפח הכולל להיות שנאספו עבור השחקנים הנוכחי נחושים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> היא הבטיחה כי Go-פלו ובקבוקים Niskin פתוחים, וכי השסתומים שלהם הברזים סגורים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> CTD הוא הועמסו על התחתונה השורה התחתונה לתוך המים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בקבוק עבור עומק העמוק ביותר שנדגמו בגבס הראשון הוא הועמסו על הקו לאחר CTD, היא הבטיחה כי קו מצויד כהלכה לתוך סוגר את הברגים הם הידקו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שליח מצורף בקבוק אחד (למעט אחד העמוקים ביותר) לפני הורדת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקו הוא הוריד את המרחק בין עומק הראשונה הבאה; עוד בקבוק נטען אז. יצוין כי שם במעמקי 20L נאספים לסינון, סך של 2 בקבוקים 12L נטענים ברציפות על 0.75 מ &#39;זה מזה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר כל הבקבוקים הם על הקו, קו יורד לעומק הרצוי 2 דקות מורשים לעבור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שליח נשלח למטה כמה דקות מותר לעבור על מנת להבטיח כי כל קרוב בקבוקים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקו הוא התנודד פנימה את הבקבוקים הם פרקו כפי שהם באים לעלות על המדפים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור במעמקי הדורשים דגימות 20L עבור DNA ו-RNA, שני בקבוקי Niskin נאספים. אחת הבקבוק משמש המדגם פרמטרים כימיים (ראה להלן), ואילו השני הוא מרוקן לתוך בקבוק. RNA נאסף מיד Niskin השני. יתר הראשון הוא מרוקן גם לתוך בקבוק לתת ~ הנפח הסופי 20L. עבור ברזולוציה נמוכה דגימות 1 ליטר רק מים היא להפריש עבור סינון סטרילי בתוך בקבוקי Nalgene. </li></ol> חלק 2: מדגם אוסף גז <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם דגימות חמצן יש צורך, הם נאספים הראשון. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לצינור דק המחובר Niskin / Go-פלו ברז ואת הקצה השני של הצינור ממוקם במקום לתוך בקבוקי זכוכית בסרום. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בקבוק סרום הוא שטף 3 פעמים עם מים המדגם, מלא עד אפס מקום כזה אין בועות אוויר נוכחים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 50μl כלוריד כספית (HgCl 2) מתווספים הבקבוק בסרום באופן לא להכניס בועות אוויר לתוך המדגם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הבקבוק סגור עם פקק גומי crimped עם מכסה אלומיניום, מאוחסן אז על קרח בצידנית. </li></ol> חלק 3: אוסף מדגם מזין <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מזרק 60 סמ&quot;ק היא שטפה עם מים המדגם, (0.2 מיקרומטר) מחוברת בקו, וכמה מים נדחף דרך acrodisc. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בקבוק פוליאתילן היא שטפה עם מים מסוננים 10 ~ מ&quot;ל 3 פעמים (לנער בקבוק כאשר שטיפה). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מים מסוננים מדגם מתווסף הבקבוקים, על ¾ מלא. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מדגם מאוחסן על קרח במקרר. </li></ol> חלק 4: מדגם אוסף אמוניה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צינורות לדוגמה הם שטופים במים המדגם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דוגמיות מלאים לחלוטין עם מים המדגם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 5 מ&quot;ל מים מדגם נלקחים החוצה באמצעות pipet 10 מ&quot;ל; את שאר המים בצינור נמחקת לבין 5 מ&quot;ל בקצה pipet מוחלפים לתוך הצינור המדגם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 7.5ml של מגיב אמוניום עובד מתווסף צינור כל פעם דגימות מן המעמקים כל נאספו. </li></ol> חלק 5: אוסף לדוגמה עבור ספירה תא <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> טרום שכותרתו 50 מ&quot;ל צינור פלקון המכיל 5.4 מ&quot;ל 37% פורמלדהיד מלא לראש ריכוז סופי של 4%. הטיפול נלקח לא לשפוך. </li></ol> חלק 6: אוסף דוגמאות למדידות מימן גפרתי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> טרום שכותרתו 50 מ&quot;ל צינור פלקון המכיל אבץ אצטט 20% (Zn (O 2 CCH 3) 2) מלא למעלה. הטיפול נלקח לא לשפוך. </li></ol> חלק 7: אוסף נפח קטן ריכוז ביומסה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 1 ליטר ובקבוקים מלאים למעלה. </li></ol> חלק 8: אוסף נפח גדול ריכוז ביומסה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 20 ליטר carboys מלאים. </li></ol> חלק 9: תוצאות נציג התוצאה הסופית של מי ים הדגימה תוצאות כ -12 דגימות החמצן המומס, 32-48 דגימות גז, 16 דגימות חומר מזין, 32 דגימות אמוניום, 16 דגימות מימן גופרי, 16 דגימות ספירת תאים, 6 20 ליטר carboys, 1 16 בקבוקי ליטר ו 4 Sterivex 0.22μm מסננים המכיל חיידקים ביומסה נשמר עם RNA מאוחר יותר.

<ol><li>Cline, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spectrophotometric+determination+of+hydrogen+sulfide+in+natural+waters%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Spectrophotometric determination of hydrogen sulfide in natural waters.</a> Limnology & Oceanography. 14, 454-458 (1969).</li>
<li>Holmes, R. M., Aminot, A., Kerouel, R., Hooker, B. A., Peterson, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+and+precise+method+for+measuring+ammonium+in+marine+and+freshwater+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Canadian+Journal+of+fisheries+and+Aquatic+Science%22%5BJournal%5D)">A simple and precise method for measuring ammonium in marine and freshwater ecosystems.</a> Canadian Journal of fisheries and Aquatic Science. 56, 1801-1808 (1999).</li>
</ol>

למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר עליהם.

בסך הכל, יש הרבה הכנה ותכנון הנדרש עבור סוג זה של הדגימה, כך 2 ימים בתקציב לפני הנסיעה כדי לקבל את הדברים כדי ויום אחד לאחר מכן לניקוי הכל. באופן כללי, לא נותנים מי מלח באים במגע עם המשאבה peristaltic או לתוך תיבת אלומיניום Zarges ששימש להובלת הציוד בתחום. פנקו את הציוד בכבוד זה יהיה ביצועים טובים הרבה זמן לבוא.

<table><tbody><tr><td>מכלים בנפח 20 ליטר (Carboys)</td><td></td><td>Fisher Scientific</td><td>02-960-15</td><td></td></tr><tr><td>3/8&quot; Tygon</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>06429-36</td><td></td></tr><tr><td>מסנני Sterivex</td><td></td><td>Fisher Scientific</td><td>SVG010RS</td><td></td></tr><tr><td>יחידת בית מסנן מקדים</td><td></td><td>ניוון רשתית גילאי (AMD)</td><td>501200</td><td></td></tr><tr><td>חיבור לואר (Luer Fitting)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td></td></tr><tr><td>1/4&quot; צינורות Tygon</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>06429-24</td><td></td></tr><tr><td>1/4&quot; צינורות Tygon</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>06429-24</td><td></td></tr><tr><td>1/4&quot; צינורית Tygon</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>06429-24</td><td></td></tr><tr><td>מבחנות פלסטיק בנפח 50 מ"ל</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>בקבוקי סרום מזכוכית</td><td></td><td></td><td></td><td>איסוף דגימות זכוכית</td></tr><tr><td>ספטומים ומכסי אלומיניום לבקבוקי סרום מזכוכית</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>כלי כבישה ידני</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>פיפטה וטיפים של 20-200 מיקרוליטר</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>מבחנות זכוכית</td><td></td><td></td><td></td><td>איסוף דגימות אמוניום</td></tr><tr><td>בקבוקי פלסטיק של 30 מ"ל</td><td></td><td></td><td></td><td>איסוף חומרי הזנה</td></tr><tr><td>מסנני Acrodisc</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>מבחנות של 5 מ"ל</td><td></td><td></td><td></td><td>איסוף דגימות ניטריט</td></tr><tr><td>פורמאלדהיד 37%</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td>עבור דגימות לספירת תאים</td></tr><tr><td>20% אבץ אצטט</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td>עבור דגימות סולפיד</td></tr><tr><td>כסופית(II) כלוריד</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td>עבור דגימות גז</td></tr><tr><td>מילי-Q water</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ריאגנט עבודה של אמוניום</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td>בופר בוראט, נתרן סולפיט, אורתופטלאלדיהיד</td></tr><tr><td>סולפנילאמיד</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td>5 גרם לתוך 450 מ"ל מים ו-50 מ"ל HCl</td></tr><tr><td>תמיסת N-(1-naphthy)-ethylenediamine dihydrochloride</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td>0.5 גרם לתוך 500 מ"ל מים</td></tr></tbody></table>

מי ים דגימה אוסף

Seawater Sampling and Collection

סרט הווידאו הזה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מים חוף הים ועיבוד אותם במורד הזרם עבור יישומים שונים, כולל ריכוז ביומסה, טיהור חומצות גרעין, שפע תאים, מזין ומנתח גז עקבות. לקבלת דוגמיות הפגנה של היום נאספו סיפון ההפעלה ג&#39;ון סטריקלנד HMS ב Inlet Saanich. מסגרת A-עגורן, כננת עם רב תכליתי מערכת הכבלים, משמש בשילוב עם Niskin או Go-פלו הדגימה בקבוקי מים. מוליכות, טמפרטורה, ואת עומק (CTD) חיישנים משמשים גם כדי לדגום את מסת המים הבסיסית. כדי למזער outgassing, דגימות גז עקבות נאספים הראשון. לאחר מכן, מזינים, כימיה מים, ספירת תאים נחושים. לבסוף, המים נאספים לסינון ביומסה. בפעם הגדרת אוסף של השחקנים יחיד ~ 1.5 שעות בעומק מרבי של 215 מטרים. לכן, סכום כולל של 6 שעות יש צורך בדרך כלל כדי להשלים את סדרת אוסף המתואר כאן.

סרט הווידאו הזה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מים חוף הים ועיבוד אותם במורד הזרם עבור יישומים שונים, כולל ריכוז ביומסה, טיהור חומצות גרעין, שפע תאים, מזין ומנתח גז עקבות.

סרטון זה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מי ים מאזורי חוף ועיבודן עבור יישומים שונים בהמשך התהליך, הכוללים ביומסה...

שלום, אני אלנה קובה מהמעבדה של סטיבן הלאם במחלקה למיקרוביולוגיה ואימונולוגיה באוניברסיטת בריטיש קולומביה. היום נדגים לכם פרוטוקול לאיסוף מי ים לצורך אנליזה פיזיקלית, כימית וביולוגית. אנו משתמשים בפרוטוקול זה במעבדה שלנו כדי לחקור פרמטרים אוקיאנוגרפיים של מי מלח.אם כן, נתחיל. ראשית, נקבע את מספר ההשלכות ואת העומקים בכל השלכה, ולאחר מכן נקבע את העומקים שנדגמו ואת הנפח הכולל שייאסף עבור ההשלכה הנוכחית. ודאו שמכשירי דגימת המים מסוג go flow ו-kin נמצאים במצב פתוח ושכל השסתומים והברזים סגורים.חברו את ה-CTD לבסיס החבל והורידו אותו למים עד לעומק המקסימלי בפרופיל. הצמידו מכשיר דגימה לחבל מיד לאחר ה-CTD. ודאו שהחבל מותאם כראוי לתושבת המכשיר ושהברגים מהודקים.חברו משלוח (messenger) עם משקולת לכל מכשיר, למעט עבור עומק הדגימה העמוק ביותר, לפני הורדתו למים. הורידו את החבל למרחק שבין העומק המצוין הראשון לבין העומק הבא, ולאחר מכן התקינו מכשיר דגימה נוסף. שימו לב כי עבור מרווחי עומק שבהם נאספים דגימות מים בנפח גדול, נטענים שני בקבוקים של 12 ליטר ברצף, במרחק של כ-0.75 מטרים זה מזה.לאחר שכל המכשירים נמצאים על החבל, הורד את החבל לעומק המרבי והמתן שתי דקות. שלח שליח למטה כדי להעביר כל מכשיר למצב סגירה. המתן מספר דקות לפני שאתה מעלה את החבל.כדי להבטיח שכל המכשירים סגורים, גלגלו את החוט פנימה ופרוקו כל מכ

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

זה מסמכים וידאו בנפח גדול (L ≥ 20) סינון של ביומסה של חיידקים, הנעים בין 0.22μm 2.7μm ו בקוטר של עמודת המים.

נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף

זה מסמכים וידאו נפח קטן (~ 1 L) סינון של ביומסה של חיידקים מעמודת המים.

נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף

מקור: וילה, ה. ד. מ. ואחרים. חיפוש זנים מיקרוביאליים לביורימדיאציה ופיתוח פרוביוטיקה למחקר ושימור מטאורגניזמים. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את הבידוד הסלקטיבי של חיידקים ימיים המפרקים נפט על ידי העשרת דגימות מי ים על מדיום מבוסס נפט, מה שמאפשר השחזור של זנים טהורים עם יישומים פוטנציאליים בביורימדיציה של נפט גולמי ובניקוי סביבתי.

העשרה סלקטיבית ובידוד של חיידקים ימיים מפרקים נפט מדגימות מי ים

כאן, אנו מציגים פרוטוקול מקיף להערכת זמינות החומרים המזינים האורגניים והאנאורגניים ואת השפע והמבנה של קהילות מיקרוביאליות וויראליות בסביבות ימיות מרוחקות.

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס ​​- מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה

נדרש טיפול מיוחד ב"טכניקות נקיות" כדי לאסוף ולעבד כראוי דגימות מים למחקרי עקבות מתכות בסביבות מימיות. מוצג פרוטוקול לדגימה, עיבוד והליכים אנליטיים במטרה להשיג נתוני ניטור סביבתי אמינים ותוצאות עם רגישות גבוהה למחקרי עקבות מפורטים.

נקי דיגום ואנליזה של נהר ושפכי הנהרות ווטרס ללימודי מתכת עקבות

כאן, אנו מציגים דגירות ליבה קטנות למדידת גז משקעים-מים וחילופי מומסים. אלה יספקו מדידות אמינות של חילופי משקעים-מים המעריכים את תפקיד המשקעים בהשפעה על תהליכים ביולוגיים וביו-גיאוכימיים במערכות אקולוגיות ימיות.

Benthic Exchange של O<sub&gt; 2</sub&gt;, N<sub&gt; 2</sub&gt; וחומרים מזינים מומסים באמצעות קטנים Core incubations

פלנקטון וחלקיקים מושעה לשחק תפקיד מרכזי המעגלים הביוגיאוכימיים באוקיינוס. כאן, אנו מספקים שיטה אולטרה נקי, נמוך מתח עבור האוסף בגדלים שונים של חלקיקים פלנקטון בים עם יכולת לטפל בכמויות גדולות של מי ים.

מנגנון רב שכבתי אולטרה נקי של איסוף פלנקטון ימית גודל Fractionated וחלקיקים מושעה

רוב המחקרים microplastic לתאריך אירעה במערכות ימיות איפה מושעה מוצקים רמות נמוכות יחסית. המוקד עכשיו הסטה ל מערכות מים מתוקים, אשר ייתכן כוללים המון משקעים גבוהה ופסולת צף. פרוטוקול זה מטפל איסוף וניתוח microplastic דגימות סביבות הימית המכילים גבוהה המון מוצק על תנאי.

דגימה, מיון של אפיון Microplastics בסביבות מימיות עם המון משקעים מושעה גבוהה ופסולת צף גדול

כאן, אנו מציגים פרוטוקול חדשני לאחזור דנ"א סביבתי ימי באמצעות איסוף וסינון של דגימות מי ים ממעבורות תפעוליות וכלי שיט מסחריים אחרים.

המעבדה הצפה: נוהל תפעולי סטנדרטי לאיסוף וסינון דגימות מי ים ממעבורות הפעלה לניתוח DNA סביבתי

כאן, אנו מתארים שיטות דגימה מהאזורים האופוטיים של מערכות אקולוגיות ימיות ומים מתוקים כדי לבודד ציאנופגים (והמארחים שלהם) ותהליכים שלאחר הדגימה המעשירים גנוטיפים בודדים ומאפיינים את דינמיקת האינטראקציה בין וירוס למארח.

דגימה סביבתית של מיקרובים פוטוסינתטיים ווירוסיהם: מהשדה למעבדה

פרוטוקול זה מתאר תהליך עבודה סטנדרטי לאיסוף דגימות DNA סביבתי (eDNA) של יוונקים ימיים מכלי שיט לצפייה בלווייתנים. היתכנות לחוקרים ולמדענים אזרחיים מיומנים היא בעדיפות גבוהה, בעוד שתנאי הסביבה, זמן הסינון, העכירות והלוגיסטיקה על הסיפון מגדירים את הגבולות המעשיים של יישומה.

דגימת DNA סביבתית מכלי שיט לצפייה בלווייתנים למעקב אחר יונקים

למדו שיטות לאיסוף דגימות מי ים חופיים ועיבודן ליישומי מחקר שונים כולל ריכוז ביומסה, ניקוי חומצות נוקליאיות וניתוח גזים. טכניקות הדגימה מבטיחות נתונים אמינים למחקר אקולוגי ימי.

מי ים דגימה אוסף

גלה סרטונים נוספים