Name: נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: למדו שיטת סינון נפח גדול לדגימות מי ים לצורך איסוף ביומסה מיקרוביאלית. טכניקה זו מאפשרת חקר מגוון מיקרואורגניזמים ימיים בטווח חלקיקים של 0.22-2.7 מיקרון.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

ברצוננו להודות לקרן קנדית עבור חדשנות, פיתוח קולומביה הבריטית קרן ידע מדעי הלאומי וההנדסה מועצת המחקר (NSERC) של קנדה לתמיכה מחקרים מתמשכים על אזורים חמצן נמוכה של מים חופי האוקיינוס ​​הפתוח. דאו נתמכה על ידי מלגות של NSERC, Killam ויסוד טולה מרכז מימנה עבור גיוון התפתחות חיידקים.

<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגדרת מנגנון סינון <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להגדיר את מנגנון סינון, להשתמש בפינצטה למקום כיתה GF / D לסנן לתוך יחידת דיור prefilter. Loosely להדק הדיור ביד. ככלל אצבע, לא להדק יתר או יחידת ידלפו פעם מתחיל שאיבה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> החזר את מכסה בקבוק עם כובע autoclaved צינורות מחוברים בקפידה על ידי הכנסת צינור פנימי לתוך בקבוק, בלי לגעת בו. במידת הצורך, להשתמש בפינצטה כדי להנחות את צינורות לתוך בקבוק. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עוברים את צינורות חיצוניים באמצעות המשאבה peristaltic. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צרף יחידות דיור prefilter לסוף שני צינורות חיצוניים (כלומר 2 יחידות לכל בקבוק). להדק את הקשר עם צבת. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סינון של מי ים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להתחיל לסנן את מי ים, להפעיל את המשאבה ולקבוע את מהירות הזרימה 1. צפה על מנת להבטיח כי המים נשאב בכיוון הנכון. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אפשר 500 מ&quot;ל של מים לזרום בחופשיות דרך היחידה prefilter אל Beaker 1 L. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כבה את המשאבה, ולצרף מסנן Sterivex ל מתאים luer זכר בסוף ללא התקנה prefilter. הדק את הדיור prefilter בנוחות ביד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שימו לב על הדיור prefilter ועל הקשר בין הדיור prefilter ואת צינורות שמובילה בקבוק. אם ההדלפות מתרחשות, להפעיל את המשאבה לסירוגין לשחרר ואת retighten הדיור prefilter בהתאם. הפעל את המשאבה בחזרה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אסוף את תסנין ב 4 צלוחיות L. ברגע שהם מלא, רוקן את צלוחיות לתוך בקבוק נקי. הקפידו לציין את נפח עברו כל מסנן. שנאסף תסנין יכול להיות מעובד יותר, כגון סינון וירוסים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> המשך עד אין סינון מים נשאר carboys. סינון הזמנים הרגיל נע בין 4-5 שעות / 20 בקבוק L, אך זה תלוי באופן משמעותי על הסכום של ביומסה בתוך המים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר סינון תושלם, לעבור את המשאבה ונתק את המסננים Sterivex. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אחסון של מסננים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לאחסן את המסננים, תחילה לגרש כל המים שנותרו עם מזרק 3-60 מ&quot;ל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בעזרת פיפטה, מוסיפים למאגר תמוגה 1.8ml לסינון, שמירה ~ 200 ul שטח במסנן עבור תוספת מאוחרת של חומרים כימיים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חותם התחתונה העליון של המסנן Sterivex עם חתיכה קטנה של Parafilm, ואת התווית מסננים עם התאריך וזיהוי המדגם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חנות מסננים צינור מראש שכותרתו בז 50 מ&quot;ל ב -80 ° C </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את המסננים מיחידת דיור למקם אותם לתוך צינורות שכותרתו 50 מ&quot;ל פלקון המכיל 2 מ&quot;ל של חיץ תמוגה. חנות אלה ב -80 ° C. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ניקוי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור ניקוי סופי, במקום בצינור שהיה בתוך בקבוק לתוך בקבוק המכיל 0.1 M HCl </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כוונו את צינורות שיובילו הבקבוק לתוך בקבוק 4L המקורי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את המשאבה ולהפעיל ב 3, איסוף לזרום דרך לרוץ בקבוק המקורי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לבסוף, יש לשטוף בצינור מים autoclaved. </li></ol></li></ol> תוצאות נציג: התוצאה הסופית כוללת שני מסננים Sterivix שכל אחת מהן מכילה חיידקים ביומסה מכ 10 ים L בטווח גודל של 0.22μm ו 2.7μm. זה מאוחסן חיץ תמוגה ומוכן להפקת DNA. בנוסף, הליך זה אוסף מתרכז ביומסה יותר מאשר 2.7 מיקרומטר, על prefilters GF / D. זה מאוחסן גם במאגר תמוגה ומוכן להפקת DNA. אם צעדים עיבוד נוסף נלקחים, 0.22 מיקרומטר זרימה דרך יכול להיות מרוכזים למטה כדי לאסוף את חלק ויראלי גם.

למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר עליהם.

זה הכרחי כדי לנגב את ספסלי משאבות במגבת לחה לאחר השימוש כדי להסיר כל עקבות המתמשכת של מי מלח שאחרת לשיתוק ציוד. למרות ההליך הוא פשוט, הדרישה זמן יכול להיות נרחב תלוי בריכוז של ביומסה או פסולת במדגם להיות מסונן.

<table><tbody><tr><td>משאבה פריסטלטית</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>צינור Tygon LFL</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>עבור מערכת סינון</td></tr><tr><td>מהבקי הלחץ (קוולסות)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>עבור מערכת סינון</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; מתאמי צינורות</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>עבור מערך סינון</td></tr><tr><td>בית מסנן קדם מפוליפרופילן</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>עבור מכשיר סינון</td></tr><tr><td>מחבר לור מתכתי (קצה צינור למחבר לור זכר עם נעילה)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>עבור מערכת סינון</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; מגנטים</td><td></td><td></td><td>עבור מערכת סינון</td><td></td></tr><tr><td>פקקי קרבוי בעלי 3 פתחים</td><td></td><td></td><td></td><td>עבור התקן סינון</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;מסנני STERIVIX</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>קוטר 47 מ"מ 2.7 &amp;mu;מסנני GF/D</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>בופר ליזיס</td><td> ריאגנט</td><td></td><td></td><td>0.75 M סוכרוז, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1% HCl</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td>לשטיפה לאחר הסינון</td></tr><tr><td>מים שעברו עיקור באוטוקלאב</td><td>ריאגנט</td><td></td><td></td><td>לשטיפה לאחר הסינון</td></tr></tbody></table>

נפח גדול (20l +) סינון של דגימות מי ים החוף

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

עבודה מתחיל עם איסוף המים ימית החוף למען הקהילה חיידקים במורד הזרם, מנתח גז מזין עקבות. בשיטה זו, דגימות שנאספו סיפון ההפעלה ג&#39;ון סטריקלנד HMS ב Inlet Saanich. זה מסמכים וידאו בנפח גדול (L ≥ 20) סינון של ביומסה של חיידקים, הנעים בין 0.22μm 2.7μm ו בקוטר של עמודת המים. שתי דוגמאות 20L ניתן לסנן בו זמנית באמצעות יחידת משאבה אחת מצויד עם ארבעה ראשים מסתובבים. הסינון מתבצע בתחום לטיולים המורחבת, או מיד עם שובו של טיולי יום. חשוב לרשום את כמות המים העוברים דרך יחידה sterivex הסינון. כדי למנוע היווצרות biofilm בין טיולים הדגימה, כל הציוד סינון חייב להיות שטוף עם HCl לדלל במים deionized ו autoclaved מיד לאחר השימוש. הליך זה ייקח בערך 5 שעות פלוס שעה נוספת עד נקיים.

זה מסמכים וידאו בנפח גדול (L ≥ 20) סינון של ביומסה של חיידקים, הנעים בין 0.22μm 2.7μm ו בקוטר של עמודת המים.

נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף

תהליך העבודה מתחיל באיסוף מי ים מרכביים לצורך אנליזות של קהילה מיקרוביאלית, חומרי הזנה וגזי קורט. עבור שיטה זו, ...

שלום, אני דייוויד וולש מהמעבדה של סטיבן הלאם במחלקה למיקרוביולוגיה ואימונולוגיה באוניברסיטת קולומביה הבריטית. היום נראה לכם הליך לסינון נפחים גדולים של מי ים עבור ביומסה מיקרוביאלית. אנו משתמשים בהליך זה במעבדה שלנו כדי לחקור גיוון מיקרוביאלי בסביבה הימית.בואו נתחיל. כדי להרכיב את מערכת הסינון, השתמשו בפינצטה להנחת מסנן בדרגת GFD ליחידת בית המסנן. הדקו את הבית באופן רפוי ביד.כלל אצבע הוא לא להדק את הפקק יותר מדי, אחרת היחידה תדלוף. ברגע שהשאיבה מתחילה, החליפו את פקק הבקבוק (carboy) בפקק האוטוקלבה וחברו את הצינור על ידי הכנסה זהירה של הצינור הפנימי לתוך הבקבוק מבלי לגעת בו. במידת הצורך, השתמשו בפינצטה כדי להנחות את הצינור לתוך הבקבוק.לאחר מכן הדקו את הפקק, והעבירו את הצינור החיצוני דרך משאבת הפריסטלטיקה. חברו יחידות בית מסננת (pre-filter housing) לקצות שני הצינורות החיצוניים. הדקו את החיבור בעזרת פלייר כדי להתחיל בסינון מי הים.הפעילו את המשאבה והגדירו את מהירות הזרימה לרמה אחת; עקבו כדי לוודא שהמים נשאבים בכיוון הנכון. אפשרו ל-500 milliliters של מים לזרום בחופשיות דרך יחידת המסנן המקדימה אל תוך כלי כימי (beaker) של ליטר אחד. כבו את המשאבה וחברו מסנן Stax למחבר הזכר שבקצה החופשי של מערך המסנן המקדימה.הדק את בית המסנן המקדים היטב בעזרת היד. בדוק אם ישנן דליפות בבית המסנן המקדים ובחיבו

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

סרט הווידאו הזה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מים חוף הים ועיבוד אותם במורד הזרם עבור יישומים שונים, כולל ריכוז ביומסה, טיהור חומצות גרעין, שפע תאים, מזין ומנתח גז עקבות.

מי ים דגימה אוסף

זה מסמכים וידאו נפח קטן (~ 1 L) סינון של ביומסה של חיידקים מעמודת המים.

נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף

כאן, אנו מציגים פרוטוקול מקיף להערכת זמינות החומרים המזינים האורגניים והאנאורגניים ואת השפע והמבנה של קהילות מיקרוביאליות וויראליות בסביבות ימיות מרוחקות.

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס ​​- מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה

כתב יד זה מתאר גישה אוטומטית לבחירת גודל ג'ל לטיהור מקטעי DNA לריצוף הדור הבא. טכנולוגיית הריינג'ר מספקת אוטומציה מלאה של כל תהליך העמסת ג'ל אגרוז, ניתוח אלקטרופורטי ושחזור של שברי DNA ממוקדים המאפשרים ספריות ריצוף מהדור הבא בתפוקה גבוהה ובאיכות גבוהה.

בחירת גודל האוטומטי ג&#39;ל כדי לשפר את האיכות של ספריות רצף הדור הבא הוכן מדגימות סביבתיות מים

אנו מציגים את VacuSIP, שיטה פשוטה, לא פולשנית ואמינה לדגימה נקודתית נקייה ומדויקת של מים. המערכת פותחה והוערכה לאיסוף בו-זמני של המים הנשאפים והנשפים על ידי מזיני תרחיף בנתיים באתרם, כדי למדוד בצורה נקייה הסרה והפרשה של חלקיקים ותרכובות מומסות.

VacuSIP, שיטת INEX משופרת<em&gt; באתרו</em&gt; מדידה של חלקיקים מומס תרכובות מעובד על ידי האכלת השעית Active

אנו מתארים פרוטוקול לסינון דגימות מים עם מחסנית מסנן וחילוץ DNA סביבתי (eDNA) מבלי לחתוך את המארז כדי להסיר את המסנן. פרוטוקול זה פותח עבור מטברקוד דנ"א מדגים, אולם הוא ישים גם לדנ"א סביבתי מאורגניזמים אחרים.

שימוש במחסנית סינון עבור הסינון של מי דוגמאות הפקת DNA הסביבה

פלנקטון וחלקיקים מושעה לשחק תפקיד מרכזי המעגלים הביוגיאוכימיים באוקיינוס. כאן, אנו מספקים שיטה אולטרה נקי, נמוך מתח עבור האוסף בגדלים שונים של חלקיקים פלנקטון בים עם יכולת לטפל בכמויות גדולות של מי ים.

מנגנון רב שכבתי אולטרה נקי של איסוף פלנקטון ימית גודל Fractionated וחלקיקים מושעה

פרוטוקול זה הוא לקביעת שומנים במי ים ודגימות ביולוגיות. שומנים בסינון מופקים עם כלורופורם או תערובות של כלורופורם ומתנול במקרה של מוצקים. מחלקות השומנים נמדדות על ידי כרומטוגרפיה של שכבה דקה עם זיהוי יינון להבה והסכום שלהם נותן את תכולת השומנים הכוללת.

קביעת שיעורי השומנים והשומנים הכוללים בדגימות ימיות

כאן, אנו מציגים פרוטוקול חדשני לאחזור דנ"א סביבתי ימי באמצעות איסוף וסינון של דגימות מי ים ממעבורות תפעוליות וכלי שיט מסחריים אחרים.

המעבדה הצפה: נוהל תפעולי סטנדרטי לאיסוף וסינון דגימות מי ים ממעבורות הפעלה לניתוח DNA סביבתי

כאן, אנו מתארים שיטות דגימה מהאזורים האופוטיים של מערכות אקולוגיות ימיות ומים מתוקים כדי לבודד ציאנופגים (והמארחים שלהם) ותהליכים שלאחר הדגימה המעשירים גנוטיפים בודדים ומאפיינים את דינמיקת האינטראקציה בין וירוס למארח.

דגימה סביבתית של מיקרובים פוטוסינתטיים ווירוסיהם: מהשדה למעבדה

פרוטוקול זה מתאר תהליך עבודה סטנדרטי לאיסוף דגימות DNA סביבתי (eDNA) של יוונקים ימיים מכלי שיט לצפייה בלווייתנים. היתכנות לחוקרים ולמדענים אזרחיים מיומנים היא בעדיפות גבוהה, בעוד שתנאי הסביבה, זמן הסינון, העכירות והלוגיסטיקה על הסיפון מגדירים את הגבולות המעשיים של יישומה.

דגימת DNA סביבתית מכלי שיט לצפייה בלווייתנים למעקב אחר יונקים

למדו שיטת סינון נפח גדול לדגימות מי ים לצורך איסוף ביומסה מיקרוביאלית. טכניקה זו מאפשרת חקר מגוון מיקרואורגניזמים ימיים בטווח חלקיקים של 0.22-2.7 מיקרון.

נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף

גלה סרטונים נוספים