Name: נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: למד שיטת סינון לנפחים קטנים של מי ים לצורך איסוף ביומסה מיקרוביאלית. הטכניקה מאפשרת חקר מגוון מיקרואורגניזמים ימיים וניתוח DNA סביבתי במעבדה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

ברצוננו להודות לקרן קנדית עבור חדשנות, פיתוח קולומביה הבריטית קרן ידע מדעי הלאומי וההנדסה מועצת המחקר (NSERC) של קנדה לתמיכה מחקרים מתמשכים על אזורים חמצן נמוכה של מים חופי האוקיינוס ​​הפתוח. דאו נתמכה על ידי מלגות של NSERC, Killam ויסוד טולה מרכז מימנה עבור גיוון התפתחות חיידקים.

<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגדרת מנגנון סינון <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לפני סינון, תחילה למחות כל התעבות של בקבוקים מלאים ולשקול אותם </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הצב בן החיטוי בצד אחד של המשאבה, ואת בקבוק פסולת מאידך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אז במקום בקבוק מלא מדגם לפח החיטוי, אך לא להסיר את מכסה הבקבוק עדיין. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> במעבר דרך צינור המשאבה peristaltic כך בסוף luer של צינורות נמצא הבקבוק. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בעזרת פינצטה, להסיר את הכותנה מן פיפטה סטרילית 25 מ&quot;ל, ולצרף את טפטפת לקצה השני של הצינור. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סינון של מי ים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להתחיל סינון מי ים, לפתוח את הבקבוק ולהכניס את פיפטה. הפעל את המשאבה ולקבוע את מהירות הזרימה 1. צפה על מנת להבטיח כי המים נשאב בכיוון הנכון. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אפשר ~ 100 מ&quot;ל מים לעבור דרך צינורות כולו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כבה את המשאבה ואת לצרף לסנן Sterivex ל מתאים luer זכר בסוף חופשית של הצינור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> המשך עד אין סינון מים נשאר הבקבוקים. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אחסון של מסננים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לאחסן את המסננים, תחילה לגרש כל המים שנותרו עם מזרק 3-60 מ&quot;ל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חותם את החלק התחתון של המסנן Sterivex עם Parafilm. בעזרת פיפטה, מוסיפים למאגר תמוגה 1.8ml לסינון, שמירה ~ 200 ul שטח במסנן עבור תוספת מאוחרת של חומרים כימיים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר מכן, חותם את החלק העליון של המסנן Sterivex עם חתיכה קטנה של Parafilm, ואת התווית מסננים עם התאריך וזיהוי המדגם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חנות מסננים מראש שכותרתו צינורות 50 מ&quot;ל בז ב -80 ° C </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ניקוי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנס את פיפטה 25 מ&quot;ל לתוך הבקבוק המכיל 0.1% HCl, ולעבור על המשאבה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר לשטוף את HCl, לשטוף בצינור מים autoclaved. לבסוף, למדוד ולתעד המוני של בקבוקי 1 ליטר ריק עכשיו, כדי לחשב את נפח המים עברו דרך המסנן. </li></ol></li></ol> נציג תוצאות: לכל 1 ליטר מים מדגם התשואות one Sterivix מסנן, אשר מכיל ביומסה גדולה 0.22 מיקרומטר. זה מאוחסן חיץ תמוגה להפקת DNA ניתוח עתידיים. התוצאה הסופית כוללת מסנן Sterivix אחד לכל בקבוק 1 ליטר מאוחסנים חיץ תמוגה ומוכן להפקת DNA. המסנן מכיל ביומסה גדולה 0.22 מיקרומטר. מסננים ניתן לאחסן -80 ° C לפני מיצוי עדנה.

למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר עליהם.

זה הכרחי כדי לנגב את ספסלי משאבות במגבת לחה לאחר השימוש כדי להסיר כל עקבות המתמשכת של מי מלח שאחרת לשיתוק ציוד. למרות ההליך הוא פשוט, הדרישה זמן יכול להיות נרחב תלוי בריכוז של ביומסה או פסולת במדגם להיות מסונן.

<table><tbody><tr><td>משאבה פריסטלטית</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>צינור Tygon LFL</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>עבור התקן הסינון</td></tr><tr><td>מהבקי צינורות</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>עבור התקן הסינון</td></tr><tr><td>מתאמי צינורות 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>עבור התקן הסינון</td></tr><tr><td>בית למסנן קדם מפוליפרופילן</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>עבור התקן הסינון</td></tr><tr><td>מחבר luer מתכתי (קצה צינור ל-Male luer lock)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>עבור התקן הסינון</td></tr><tr><td>מגנטים בגודל 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>עבור התקן הסינון</td></tr><tr><td>פקקי carboy בעלי 3 פתחים</td><td></td><td></td><td>עבור התקן הסינון</td></tr><tr><td>מסנני GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>מסנני GF/D בקושי 2.7 &amp;mu;m וקוטר 47 mm</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>בופר ליזיס</td><td></td><td></td><td>0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td></td><td></td><td>עבור שטיפה לאחר סינון</td></tr><tr><td>מים שעברו אותקלוו</td><td></td><td></td><td>עבור שטיפה לאחר סינון</td></tr></tbody></table>

נפח קטן (1-3l) סינון של דגימות מי ים החוף

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

עבודה מתחיל עם איסוף המים ימית החוף למען הקהילה חיידקים במורד הזרם, מנתח גז מזין עקבות. לקבלת דוגמיות הפגנה של היום נאספו סיפון ההפעלה ג&#39;ון סטריקלנד HMS ב Inlet Saanich. זה מסמכים וידאו נפח קטן (~ 1 L) סינון של ביומסה של חיידקים מעמודת המים. הפרוטוקול הוא הרחבה של פרוטוקול גדול הדגימה נפח שתוארו קודם לכן, עם הבדל אחד משמעותי: כאן, אין שום צעד סינון מראש, ולכן כל המעמדות גודל של ביומסה נאספים עד 0.22 מיקרומטר לסנן חתוכים. דוגמאות שנאספו בדרך זו הם אידיאליים עבור ניתוח חומצות גרעין. הצעדים הגדרת, סינון, ו לנקות כל אחד לקחת על 20-30 דקות. אם באמצעות שתי משאבות peristaltic בו זמנית, עד 8 דגימות ניתן לסנן באותו זמן. כדי למנוע היווצרות biofilm בין טיולים הדגימה, כל הציוד סינון חייב להיות שטוף עם HCl לדלל במים deionized ו autoclaved מיד לאחר השימוש.

זה מסמכים וידאו נפח קטן (~ 1 L) סינון של ביומסה של חיידקים מעמודת המים.

נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף

תהליך העבודה מתחיל באיסוף מי ים מאזורי חוף לצורך ניתוחים של קהילה מיקרוביאלית, רכיבי תזונה וגזים נדיפים. עבור ה...

שלום, אני דייוויד וולש מהמעבדה של סטיבן הלם במחלקה למיקרוביולוגיה ואימונולוגיה באוניברסיטה של הבריטיש קולומביה. היום נראה לכם הליך לסינון נפחים קטנים של מי ים עבור ביומסה מיקרובית. אנו משתמשים בהליך זה במעבדה שלנו כדי לחקור את השונות המיקרובית בסביבה הימית.אם כן, נתחיל. לפני הסינון, נגב תחילה כל עיבוי ממיכלי הבקבוקים המלאים ושקול אותם. הנח מיכל אוטוקלאב בצד אחד של המשאבה ואת בקבוק הפסולת בתוך מיכל אוטוקלאב בצד השני.לאחר מכן, מקמו בקבוק דגימה מלא בתא האוטוקלאב. עם זאת, אל תסירו את פקק הבקבוק בשלב זה. העבירו את הצינור דרך משאבת הפריסטלטיקה כך שקצה הפיתיון של הצינור יהיה בתוך הכלי.בעזרת פינצטה, הסר את הצמר מפסיפה סטרילית של 25 milliliter וחבר את הפסיפה לקצה השני של הצינורית. כדי להתחיל בסינון מי ים, פתח את הבקבוק והכנס את הפסיפה. הפעל את המשאבה והגדר את מהירות הזרימה ל-one; השגח כדי לוודא שהמים נשאבים בכיוון הנכון.העבירו כ-100 milliliters של מים דרך כלל הצינור. כבו את המשאבה וחברו מסנן stev X למחבר הזכר בקצה החופשי של הצינור, והכניסו את המסנן לבקבוק הפסולת. הדליקו את המשאבה והגדירו את מהירות הזרימה ל-1.המשיכו בסינון עד שכל המים יסיימו מהבקבוקים. כדי לאחסן את המסננים, ראשית הוציאו את שאריות המים באמצעות מזרק של 30 עד 60 milliliter.באמצעות פיפט, הוסף 1.8 milliliters של lysis buffer למסנ

small-volume-1-3l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

סרט הווידאו הזה מתעד שיטות לאיסוף דגימות מים חוף הים ועיבוד אותם במורד הזרם עבור יישומים שונים, כולל ריכוז ביומסה, טיהור חומצות גרעין, שפע תאים, מזין ומנתח גז עקבות.

מי ים דגימה אוסף

זה מסמכים וידאו בנפח גדול (L ≥ 20) סינון של ביומסה של חיידקים, הנעים בין 0.22μm 2.7μm ו בקוטר של עמודת המים.

נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף

כאן, אנו מציגים פרוטוקול מקיף להערכת זמינות החומרים המזינים האורגניים והאנאורגניים ואת השפע והמבנה של קהילות מיקרוביאליות וויראליות בסביבות ימיות מרוחקות.

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס ​​- מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה

כתב יד זה מתאר גישה אוטומטית לבחירת גודל ג'ל לטיהור מקטעי DNA לריצוף הדור הבא. טכנולוגיית הריינג'ר מספקת אוטומציה מלאה של כל תהליך העמסת ג'ל אגרוז, ניתוח אלקטרופורטי ושחזור של שברי DNA ממוקדים המאפשרים ספריות ריצוף מהדור הבא בתפוקה גבוהה ובאיכות גבוהה.

בחירת גודל האוטומטי ג&#39;ל כדי לשפר את האיכות של ספריות רצף הדור הבא הוכן מדגימות סביבתיות מים

אנו מציגים את VacuSIP, שיטה פשוטה, לא פולשנית ואמינה לדגימה נקודתית נקייה ומדויקת של מים. המערכת פותחה והוערכה לאיסוף בו-זמני של המים הנשאפים והנשפים על ידי מזיני תרחיף בנתיים באתרם, כדי למדוד בצורה נקייה הסרה והפרשה של חלקיקים ותרכובות מומסות.

VacuSIP, שיטת INEX משופרת<em&gt; באתרו</em&gt; מדידה של חלקיקים מומס תרכובות מעובד על ידי האכלת השעית Active

אנו מתארים פרוטוקול לסינון דגימות מים עם מחסנית מסנן וחילוץ DNA סביבתי (eDNA) מבלי לחתוך את המארז כדי להסיר את המסנן. פרוטוקול זה פותח עבור מטברקוד דנ"א מדגים, אולם הוא ישים גם לדנ"א סביבתי מאורגניזמים אחרים.

שימוש במחסנית סינון עבור הסינון של מי דוגמאות הפקת DNA הסביבה

פלנקטון וחלקיקים מושעה לשחק תפקיד מרכזי המעגלים הביוגיאוכימיים באוקיינוס. כאן, אנו מספקים שיטה אולטרה נקי, נמוך מתח עבור האוסף בגדלים שונים של חלקיקים פלנקטון בים עם יכולת לטפל בכמויות גדולות של מי ים.

מנגנון רב שכבתי אולטרה נקי של איסוף פלנקטון ימית גודל Fractionated וחלקיקים מושעה

רוב המחקרים microplastic לתאריך אירעה במערכות ימיות איפה מושעה מוצקים רמות נמוכות יחסית. המוקד עכשיו הסטה ל מערכות מים מתוקים, אשר ייתכן כוללים המון משקעים גבוהה ופסולת צף. פרוטוקול זה מטפל איסוף וניתוח microplastic דגימות סביבות הימית המכילים גבוהה המון מוצק על תנאי.

דגימה, מיון של אפיון Microplastics בסביבות מימיות עם המון משקעים מושעה גבוהה ופסולת צף גדול

פרוטוקול זה הוא לקביעת שומנים במי ים ודגימות ביולוגיות. שומנים בסינון מופקים עם כלורופורם או תערובות של כלורופורם ומתנול במקרה של מוצקים. מחלקות השומנים נמדדות על ידי כרומטוגרפיה של שכבה דקה עם זיהוי יינון להבה והסכום שלהם נותן את תכולת השומנים הכוללת.

קביעת שיעורי השומנים והשומנים הכוללים בדגימות ימיות

כאן, אנו מציגים פרוטוקול חדשני לאחזור דנ"א סביבתי ימי באמצעות איסוף וסינון של דגימות מי ים ממעבורות תפעוליות וכלי שיט מסחריים אחרים.

המעבדה הצפה: נוהל תפעולי סטנדרטי לאיסוף וסינון דגימות מי ים ממעבורות הפעלה לניתוח DNA סביבתי

כאן, אנו מתארים שיטות דגימה מהאזורים האופוטיים של מערכות אקולוגיות ימיות ומים מתוקים כדי לבודד ציאנופגים (והמארחים שלהם) ותהליכים שלאחר הדגימה המעשירים גנוטיפים בודדים ומאפיינים את דינמיקת האינטראקציה בין וירוס למארח.

דגימה סביבתית של מיקרובים פוטוסינתטיים ווירוסיהם: מהשדה למעבדה

למד שיטת סינון לנפחים קטנים של מי ים לצורך איסוף ביומסה מיקרוביאלית. הטכניקה מאפשרת חקר מגוון מיקרואורגניזמים ימיים וניתוח DNA סביבתי במעבדה.

נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף

גלה סרטונים נוספים