Name: ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד ( Agrilus planipennis) באמצעות Real Time-PCR כמותי (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-05-04T17:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 22 s
Description: למדו ניתוח ביטוי גנים בזחלי Agrilus planipennis באמצעות qRT-PCR. שיטה זו מאפשרת למדוד רמות mRNA ברקמות שונות ושלבי התפתחות, ומסייעת לחוקרים להבין את הביולוגיה של המזיק הפולש הזה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מכירים את העזרה המסופק על ידי דלתא לורדס Arrueta Antequera (המחלקה לאנטומולוגיה, אוהיו סטייט / OARDC, ווסטר, OH) של ההתקנה של הניסויים. אנו מודים ד&quot;ר תרז פולין (USDA, שירותי יער, NRS) עבור לשלוח דגימות EAB הזחל. עזרה מסופק על ידי ד&quot;ר לואיס סימון קאניאס ו נוריס M אקוסטה עם ההתקנה מיקרוסקופ מוערכת. המימון לפרויקט זה סופק על ידי קרנות המדינה הפדרלי השתלט על החקלאי אוהיו מרכז מחקר ופיתוח, אוניברסיטת מדינת אוהיו.

<ol><li>Lehane, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peritrophic+matrix+structure+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Entomol%22%5BJournal%5D)">Peritrophic matrix structure and function.</a> Annu Rev Entomol. 42, 525-550 (1997).</li>
<li>Mittapalli, O., Sardesai, N., Shukle, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cDNA+cloning+and+transcriptional+expression+of+a+peritrophin-like+gene+in+the+Hessian+fly%2C+Mayetiola+destructor+%5BSay%5D%5BTitle%5D)+AND+%22Arc+of+Insect+Bio%22%5BJournal%5D)">cDNA cloning and transcriptional expression of a peritrophin-like gene in the Hessian fly, Mayetiola destructor [Say].</a> Arc of Insect Bio. 64, 19-29 (2007).</li>
<li>Pauchet, Y., Wilkinson, P., van Munster, M., Augustin, S., Pauron, D., ffrench-Constant, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pyrosequencing+of+the+midgut+transcriptome+of+the+poplar+leaf+beetle+Chrysomela+tremulae+reveals+new+gene+families+in+Coleoptera.+Ins+Bio+and+Mol%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Pyrosequencing of the midgut transcriptome of the poplar leaf beetle Chrysomela tremulae reveals new gene families in Coleoptera. Ins Bio and Mol.</a> 39, 403-413 (2009).</li>
<li>Pfaffl, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2002-2007 (2001).</li>
<li>Tellam, R. L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aTellam%2C+RL+%22Biology+of+the+Insect+Midgut%22">Biology of the Insect Midgut</a>. Lehane, M. J., Billingsley, P. F. , Chapman and Hall. London. 86-114 (1996).</li>
</ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

מחזורי הסף (CT) מתקבל ערך למדגם כל צלחת qRT-PCR. להכנת עקומת תקן, ערך ה-CT שהתקבלו עבור כל אחד מהם היה דילול זממו נגד ביומן של ריכוז שלה. ערכי ה-CT של דגימות הניסוי היו זממו אז על זה עקומת סדרה דילול סטנדרטי. כמויות יעד חושבו מתוך עקומות תקן נפרד שנוצר עבור כל ניסוי כלומר רקמות ואת הביטוי ההתפתחותי. ערכים הביטוי יחסית (סיבובים) נקבעו אז על ידי חלוקת כמויות רצף היעד של עניין (במקרה זה AP-PERI1) עם כמות המתקבלים על הבקרה הפנימית (AP-RP1). עבור חישובים של משמעות, הי...

ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד ( agrilus planipennis) באמצעות real time-pcr כמותי

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

אמרלד אפר דקור (EAB,<em&gt; Agrilus planipennis</em&gt;) הוא הדברה אקזוטיים פולשניים, אשר גרם למותם של מיליוני עצים אפר (<em&gt; Fraxinus</em&gt; Spp) בצפון אמריקה.<strong&gt;</strong&gt; EAB ממשיכה להתפשט במהירות והתקפות אפר עצים בגילאים שונים, מ שתילים עצים בוגרים. עם זאת, עד כה מעט מאוד או לא ידע מולקולרית קיימת EAB. אנחנו מעוניינים לפענח את מולקולרית מבוססי תהליכים פיזיולוגיים ברמת הרקמה סיוע EAB ב קולוניזציה מוצלחת של עצי מילה. בדוח זה אנו מציגים את השימוש האפקטיבי כמותי בזמן אמת PCR (qRT-PCR) כדי לברר רמות ה-mRNA ברקמות הזחל שונים (כולל midgut, גופים שומן לציפורן) ואת שלבי ההתפתחות השונים (כולל 1<sup&gt; רחוב</sup&gt; -, 2<sup&gt; Nd</sup&gt; - 3<sup&gt; Rd</sup&gt; -, 4<sup&gt; ה</sup&gt;-Instars, prepupae ומבוגרים) של EAB. כדוגמה, גן peritrophin (בשם בזאת,<em&gt; AP-PERI1</em&gt;) מודגמת כמו הגן של עניין חלבון ריבוזומלי (<em&gt; AP-RP1</em&gt;) כמו הבקרה הפנימית. Peritrophins הם מרכיבים חשובים של קרום מטריצה ​​peritrophic / (PM), המהווה את רירית המעי חרקים. PM יש פונקציות מגוונות כולל העיכול הגנה מכנית האפיתל midgut.

כמותי בזמן אמת PCR (qRT-PCR) היא כלי יעיל לאבחון רמות ה-mRNA ברקמות חרקים שונים, שלבי התפתחות. בדוח זה אנו מציגים את השימוש qRT-PCR כדי לברר רמות ה-mRNA ברקמות הזחל שונים שלבי ההתפתחות של מינים פולשניים חרקים, דקור ברקת אפר.

ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד ( Agrilus planipennis) באמצעות Real Time-PCR כמותי

חיפושית האש המנצנצת (EAB, *Agrilus planipennis*) היא מזיק פולש אקזוטי, שהביא למותם של מיליוני עצי אש (*Fraxinus* spp) בצפון אמריקה. EAB ...

המטרה הכוללת של הניסוי הבא היא לנתח ביטוי גנים ברקמות ובשלבי התפתחות של emerald ash Borer באמצעות PCR כמותי. דבר זה מושג על ידי דיסקציה של רקמות זחלים וסיווג של שלבי ההתפתחות. כשלב שני, מופק RNA מהרקמות ומשלבי ההתפתחות באמצעות triol reagent, המשמש לאחר מכן כתבנית ליצירת הגדיל הראשון, cDNA; לאחר סינתזת הגדיל הראשון של cDNA, מבוצע quantitative RT-PCR.התוצאות שהתקבלו מראות ביטוי דיפרנציאלי של הגן המטרה ברקמות זחלים שונות ובשלבי התפתחות שונים, בהתבסס על נתוני השינוי המלא שהתקבלו מערכי סף המחזור (cycle threshold) לאחר הגברת quantitative R-T-P-C-R. שלום, אני Prakash Mi, החוקר הראשי (PI) של מעבדה זו במחלקה לאנטומולוגיה באוניברסיטת אוהיו (Ohio State University).המעבדה שלי מתמקדת בעיקר בהיבטים הגנומיים או המולקולריים של האינטראקציות בין ה-emal, lash, burer לבין האש. ה-emal, lash Burer או EAB הוא מזיב פולש אקזוטי מסין המאיים על עצם קיומם של אוכלוסיות האש ברחבי צפון אמריקה. היום נציג בפניכם פרוטוקול ללמידת ניתוח ביטוי גנים ב-EAP באמצעות QPCR או PCR כמותי בזמן אמת.חברי המעבדה שיהיו מעורבים בפרוטוקול זה הם Swapna pri ou, שתבצע את הדיסקציות של השסתומים, ולאחר מכן bin Bandari שידגים את בידוד ה-RNA. ולסיום, Lauren Rivera Vega תבצע את אנליזת ה-QPC. אנו משתמשים בהליך זה במעבדתנו כדי לחקור את הביטוי הגני של ash.אם כך, נתחיל. לפני תחילת הפרוצדורה, הניחו פגס אפר אמריקאי (emerald ash B) או פגס אפר אירופאי (EAD) בשלב הזחל על נייר סופג לח. עד לביצוע ההפרדות, שמרו תמיסת סליין במלח פוספט (phosphate buffered saline) בריכוז 1x שהוכנה טריה על קרח, כדי לשמור על קרירות הבאפר לאורך כל תהליך ההפרדה.ראשית, קבעו את ה larvae של ה-EAB על לוחית הנתיחה באמצעות סיכות נתיחה עדינות. לאחר מכן, הוסיפו 1x PBS קר ללוחית הנתיחה. שלב ראשון, בצעו כריתת ראש ל-larvae באמצעות מספרי נתיחה עדינים.לאחר מכן, הסר את פלג הבטן האחרון של הזחלים באמצעות פינצטה עדינה (של שעון). הרם את הקוטיקולה מגוף הזחל, ולאחר מכן בצע חתך לאורך הגוף באמצעות מספריים. הקפד לא לקרוע את המעי.בזמן ביצוע החתך, יש לבודד בזהירות את רקמת המעי האמצעי (midgut) מרקמות אחרות כגון גופי שומן ורקמה חיבורית. לאחר מכן, שטפו את הרקמה בבופר 1X PBS טרי כדי להבטיח שאין זיהום של גופי שומן. העבירו את המעי האמצעי ל-500 µL של ריאגנט TRIzol שקולל מראש, בתוך מבחנה מסוג Eppendorf בנפח 1.5 mL.בשלב הבא, בודדו את רקמת גוף השומן באמצעות פינצטה והעבירו אותה לשפופרת Eppendorf בנפח 1.5 milliliter המכילה 500 microliters של ריאגנט TRIzol מקורר. לבסוף, בודדו את רקמת הקוטיקולה מגוף הזחל על ידי גירוד של כל רקמה דבוקה, תוך הקפדה לא לפגוע בשלמות הרקמה.שטפו את רקמת הקוטיקולה המבודדת בבופר PBS טרי והעבירו אותה לשפרורת eppendorf בנפח 1.5 מיליליטר המכילה 500 מיקרוליטר של ריאגנט טריאזול מקורר. ניתן לאחסן את רקמות גוף השומן, הקוטיקולה והמעי האמצעי המבודדות בטמפרטורה של 80- מעלות צלזיוס עד להפקת ה-RNA. כהכנה להפקת ה-RNA, מינו את דגימות ה-EAB השונות בהתאם לשלבי ההתפתחות.שלבים אלה כוללים את השלבים הראשון, השני, השלישי והרביעי בכוכבים, ב-PrepU ובמבוגרים. כדי להתחיל את מיצוי ה-RNA, השתמשו תחילה בפיסות פלסטיק (pestles) כדי להומוגניзировать את הרקמות בתוך מבחנות einor בנפח 1.5 milliliter המכילות triol. לאחר ההומוגניזציה, השלימו את הנפח הכולל של כל דגימה ל-one milliliter באמצעות ריאגנט ה-triol.עבור שלבי ההתפתחות, הומוגניזרו את החיה השלמה בחנקן נוזלי באמצעות מכתש ועלי. לאחר מכן, הוסיפו מנה (aliquot) מההומוגנאט למיליליטר אחד של triol. דגרו את מבחנות הדגימה עם מיליליטר אחד של triol למשך 15 דקות בטמפרטורת החדר.לאחר הדגירה, הוסף 200 microliters של כלורופורם לכל מבחנה מיד לאחר הוספת הכלורופורם. נער את המבחנות בעוצמה במשך כ-15 שניות. לאחר מכן, הדגר את המבחנות בטמפרטורת החדר למשך שתיים עד שלוש דקות נוספות.בשלב הבא, סבב את הדגימות בצנטריפוגה במהירות של 12,000 GS למשך 15 דקות בטמפרטורה של שני מעלות צלזיוס. לאחר הצנטריפוגה, ה-RNA יימצא בשכבה המימית. נפח השכבה המימית צריך להיות 600 µL או 60% מהנפח הכולל של ה-triol.הסר בזהירות אך ורק את הפאזה המימית. נוכחות של חומרים מתחת לפאזה המימית תגרום לזיהום של ה-RNA שהופק. לאחר מכן, העבר את הפאזה המימית למבחנת einor של 1.5 milliliter המסומנת כראוי.כדי להשקיע את ה-RNA מתערובת הפאזה המימית, הוסיפו 0.5 milliliters של isopropyl alcohol לכל מבחנה. הדגירו את הדגימות בטמפרטורת החדר למשך 10 דקות. לאחר ההדגרה, סבבו את המבחנות בצנטריפוגה ב-12,000 Gs למשך 10 דקות בטמפרטורה של שני מעלות צלזיוס. עם סיום הסבוב, השליכו את ה-S natin מהמבחנות.RNA נמצא במשקע דמוי-ג'ל שנוצר בתחתית המבחנה. שטפו את המשקע ב-75% ethanol, על ידי הוספה של לפחות מיליליטר אחד של 75% ethanol לכל מיליליטר של תמיסה, וערבבו באמצעות vortexing. לאחר מכן, סובבו את המבחנות בצנטריפוגה ב-7,500 G למשך חמש דקות בטמפרטורה של 2°C.שפכו את supernatant מהמבחנות. צנטריפוגו את המבחנות שוב בצנטריפוגה השולחנית הקטנה למשך דקה אחת. הסירו כל שארית supernatant מהמבחנה באמצעות פיפוט זהיר.השאירו את המבחנה פתוחה ותנו למשקע להתייבש באוויר במשך חמש עד 10 דקות. היזהרו לא לייבש את המשקע יתר על המידה, שכן הדבר יפחית משמעותית את ממיסותו לאחר הייבוש באוויר. השעיקו מחדש את המשקע ב-dathyl percarbonate או במים שעברו טיפול ב-dep sea.כמות המים המשמשת להשעיה מחדש של המשקע תהיה תלויה בגודלו. השתמש ב-50 µL של מים שעברו טיפול deep sea עבור משקע קטן, או ב-100 µL עבור משקע גדול. אפשר למשקע להתמוסס לחלוטין בתוך המים שעברו טיפול deep sea על ידי הזזת קצה הפ pipette מעלה ומטה מספר פעמים.לאחר שהמשקע נמס, יש להניח את הדגימה בטמפרטורה של 55 degrees Celsius למשך 10 דקות. לאחר מכן, יש למדוד את הריכוז של כל דגימת RNA באמצעות ספקטרופוטומטר NanoDrop. לבסוף, יש לבצע סינתזה של הגדיל הראשון של cDNA עבור דגימות ה-RNA המתאימות באמצעות מערכת Invitrogen SuperScript first strand synthesis עבור RT-PCR.ניתן למצוא הליך זה בחלק הכתוב של פרוטוקול זה. כדי להתחיל בתכנון qPCR (quantitative real-time PCR), תכננו כל פריימר כך שתהיה לו טמפרטורת התכה של 60 °C וגודל תוצר של כ-100 base pairs. הגן AP par one משמש כגן העניין בניסוי זה.גן ייחוס או בקרה פנימית נחוצים לצורך ניתוח מאוחר יותר ונורמליזציה של הנתונים. כאן, החלבון הריבוזומלי a P RRP one משמש כגן הייחוס. לאחר מכן, תכננו תבנית המציינת את שם הדגימה עבור כל באר ואת פלטת ה-QR tpcr.זכרו לכלול סטנדרטים עבור כל גן ולפחות שתי חזרות טכניות לכל דגימה. לאחר מכן, הפעילו את מכשיר ה-QRT PCR והזינו את פרמטרי המחזור כדי להגדיר את הפלטה עבור מכשיר ה-CFX 96. ראשית, הכינו את ה-master mix עבור כל גן בשפופרת נפרדת לכל באר.תערובת המאסטר (master mix) מורכבת משני מיקרוליטרים של מים נקיים מנוקלאז, ארבעה מיקרוליטרים של 2.5 x cyber green, מיקרוליטר אחד של פריימר קדמי (forward primer) ומיקרוליטר אחד של פריימר אחורי (reverse primer), לנפח כולל של שמונה מיקרוליטרים. בהתאם לתבנית שתוכננה מראש, יש להוסיף שני מיקרוליטרים של CDNA לכל באער. לאחר מכן, יש להוסיף שמונה מיקרוליטרים מתערובת המאסטר לכל באער, כך שיתקבל נפח כולל של 10 מיקרוליטרים לכל תגובה. יש לבצע שאיבה ושחרור חוזרים (pipette up and down) כדי להבטיח שהדגימה מעורבבת היטב.יש לוודא שלא נשאר נוזל על הטיפ. כדי למנוע זיהום צולב, יש להשתמש בטיפ חד עבור כל דגימה. לאחר השלמת הכנת הפלטה כולה, יש לכסות את הפלטה בסרט הדבקה אופטי.הימנעו מנגיעה בסרט, שכן נוכחות של שומן עלולה להשפיע על הקריאה. לאחר מכן, סבבו את הפלטה בצנטריפוגה ב-500 RPM למשך דקה אחת כדי להבטיח שכל התוצרים בבארות נמצאים בתחתית הפלטה לאחר הסבב. ודאו שאין קרח או מים בתחתית הפלטה.לבסוף, מקמו את הפלטה במכשיר ה-QR TPCR והפעילו את תוכנית ה-PCR; התוצאות המייצגות הן עבור זחלי EAB. הדיסקציה וה-QR TPCR מוצגים כאן. דיסקציה של זחלי EAB צריכה לחשוף את המעי האמצעי במרכזו של זחל ה-EAB.המעי האמצעי של זחל EAB מבודל כפי שמוצג כאן, ערכי ביטוי יחסיים ממוצעים או RAVs. עבור הגן para trophin AP par one מוצגים כאן נתונים עבור רקמות זחל שונות, כולל הקוטיקולה, המעי האמצעי וגופי השומן. החלבון הריבוזומלי הספציפי ל-EAB, ARP one, שימש כביקורת פנימית לנרמול הנתונים שהתקבלו עבור הגן הנחקר.שינוי הקיפול היחסי של AP AP par one חולץ עבור רקמות הזחלים השונות. רקמת הקוטיקולה הראתה את הביטוי הנמוך ביותר ולכן נלקחה כדגימת כיול לממוצע ה-RVs עבור AP Perry. One בשלבים התפתחותיים שונים של EAB, כולל הזחלים הראשונים, השניים, השלישיים והרביעיים בכוכבים.רמות ה-PrepU והמבוגרים נקבעו באמצעות aprp one כביקורת פנימית לנורמליזציה של הנתונים. השינוי היחסי (fold change) של AP Perry one נקבע עבור שלבי התפתחות שונים. במקרה זה, דגימת ה-PrepU הראתה את הרמה הנמוכה ביותר של mRNA ולכן שימשה ככיול (calibrator).הרגע הצגנו בפניכם כיצד לבצע דיסקציות לטרליות ולאחריהן ניתוח ביטוי גנים באמצעות הלטרל, וכן של שלבי התפתחות שונים של Emeral ra באמצעות quantitative R-T-P-C-R במהלך ביצוע פרוצדורה זו. יש להקפיד במהלך הדיסקציה על מניעת זיהום צולב של דגימות הרקמה. כמו כן, יש לנקוט זהירות בעת ביצוע Q-R-T-P-C-R כדי להבטיח שכל דגימה תופלט לפיפט אל תא ה-PCR המתאים לה.זהו זה. תודה שצפיתם בסרטון שלנו ובהצלחה בניסוייכם.

analysis-gene-expression-emerald-ash-borer-agrilus-planipennis-using

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

ניתוח microarray נערך כדי לקבוע פרופילים של ביטוי...

קביעת פרופילים ביטוי גנטיים ג elegans שימוש microarray בזמן אמת PCR

כמותיים אוטומטי תפוקה גבוהה הגנום כולו RNAi המסכים ג elegans</em

assay ביטוי גני תא הבודד שדרוש להבנת heterogeneities בתאי גזע.

אפיון תאי גזע עוברי האנושי על ידי הפרט כמותי RT-PCR

ניתוחי RNA-Seq הופכים חשובים יותר ויותר לזיהוי היסודות המולקולריים של תכונות הסתגלות באורגניזמים שאינם מודלים. כאן, מתואר פרוטוקול לזיהוי גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי בין יתושי Aedes albopictus שאינם דיאפאוזה, מגידול יתושים, ועד לריצוף RNA וניתוחים ביואינפורמטיים של נתוני RNA-Seq.

ניסיוני וביואינפורמטיקה פרוטוקול לניתוח RNA-seq של Photoperiodic דיאפאוזה באסיה טייגר נגד יתושים, אדס המפוספס

פרוטוקול זה מתאר שיטה לבדיקת ההשערה כי היפוך השדה הגיאומגנטי האפקטיבי (GMF) גורם לביטוי גנים דיפרנציאלי ומשנה את המורפולוגיה של Arabidopsis thaliana. מערכת מתומנת תלת-צירית של זוגות סלילי הלמהולץ שימשה ליצירת תנאי GMF הפוכים באופן מלאכותי בתא הגידול של הצמח.

גאומגנטית שדה (GMF) וצמח אבולוציה: לחקור את ההשפעות של ביטול GMF ב<em&gt; Thaliana ארבידופסיס</em&gt; ביטוי פיתוח וג&#39;ין

מלכודות יעילה למשוך וללכוד את בורר אפר אמרלד (EAB) הם מרכיב של זיהוי וניהול זה המזיק פולשני. מלכודות דרגשים, מניחים בשמש מלאה ליד עצים אפר, לשלב רמזים חזותיים, חוש הריח, והיו ללכוד EAB מאשר עיצובים אחרים למלכודת במשפטי שדה.

בניית שתי מלכודות לגילוי מוקדם של אפר אמרלד בורר

פרוטוקול זה מציג גישה לניתוח transcriptome כל מעוברים דג זברה, הזחלים, או תאים ממוינים. אנו כוללים בידוד של RNA, מסלול ניתוח של נתוני RNASeq, המבוססות על לרביעיית-PCR אימות של שינויים בביטוי הגנים.

הכנת הדוגמא וניתוח של נתונים ביטוי גנים מבוססת RNASeq דג זברה

פרוטוקול משופרת מוצג עבור המידה של ביטוי גנים ארעי מן הכתב בונה בתאים aleurone שעורה לאחר הפגזה של חלקיקים. השילוב של תבואה אוטומטיות שיוף עם צלחת 96-ובכן אנזים מבחני מספק תפוקה גבוהה עבור ההליך.

מדידת ביטוי גנים בשכבות Aleurone שעורה מופגז עם תפוקה מוגברת

מימדיה Aphis nerii והצנרות על הגן מאוד צמחים ממשפחת dogbane (Apocyanaceae), ומספק הזדמנויות רבות ללמוד אינטראקציות צמח-חרקים. כאן, אנו מציגים סדרת פרוטוקולים עבור שמירה על צמח, כנימות עלה תרבויות, ואת הדור ניתוח של מולקולרית ונתונים - omic עבור nerii א.

שמירה על תרבויות ביולוגי מדידה ביטוי גנים ב Aphis nerii: מערכת Non-מודל עבור אינטראקציות צמח-חרק

אנו מתארים שיטת ה-PCR הכמותית וכמותית ללוקליזציה וכימות של וירוסים ברקמות החרקים. ניתן להשתמש בפרוטוקול האימונוללונציה כדי להתאים חלבונים וקטוריים ומוקטורים. הפרוטוקול PCR כמותי ניתן להאריך כדי לכמת וירוסים בגופים שלמים כנימה וצמחים נגועים בווירוס.

לוקליזציה וקוונפיקציה של וירוסים באגאוטיות ברקמות Whitefly על ידי Immunofluorescence ו-PCR כמותי

במאמר זה פרוטוקול תפוקה גבוהה עבור קביעה מהירה ואמינה של רמות ביטוי גנים בדגימות C. elegans יחיד או בתפזורת מתואר. פרוטוקול זה אינו דורש בידוד RNA ומייצר cDNA ישירות מדגימות. ניתן להשתמש בו יחד עם פלטפורמות qPCR ננופלואידיות מרובות תפוקה גבוהה בזמן אמת.

RT-PCR כמותי בעל תפוקה גבוהה בדגימות סי.

למדו ניתוח ביטוי גנים בזחלי Agrilus planipennis באמצעות qRT-PCR. שיטה זו מאפשרת למדוד רמות mRNA ברקמות שונות ושלבי התפתחות, ומסייעת לחוקרים להבין את הביולוגיה של המזיק הפולש הזה.

ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד ( Agrilus planipennis) באמצעות Real Time-PCR כמותי

גלה סרטונים נוספים