Name: ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד ( Agrilus planipennis) באמצעות Real Time-PCR כמותי (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-05-04T17:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 22 s
Description: למדו ניתוח ביטוי גנים בזחלי Agrilus planipennis באמצעות qRT-PCR. שיטה זו מאפשרת למדוד רמות mRNA ברקמות שונות ושלבי התפתחות, ומסייעת לחוקרים להבין את הביולוגיה של המזיק הפולש הזה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

אנו מכירים את העזרה המסופק על ידי דלתא לורדס Arrueta Antequera (המחלקה לאנטומולוגיה, אוהיו סטייט / OARDC, ווסטר, OH) של ההתקנה של הניסויים. אנו מודים ד&quot;ר תרז פולין (USDA, שירותי יער, NRS) עבור לשלוח דגימות EAB הזחל. עזרה מסופק על ידי ד&quot;ר לואיס סימון קאניאס ו נוריס M אקוסטה עם ההתקנה מיקרוסקופ מוערכת. המימון לפרויקט זה סופק על ידי קרנות המדינה הפדרלי השתלט על החקלאי אוהיו מרכז מחקר ופיתוח, אוניברסיטת מדינת אוהיו.

<ol><li>Lehane, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peritrophic+matrix+structure+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Entomol%22%5BJournal%5D)">Peritrophic matrix structure and function.</a> Annu Rev Entomol. 42, 525-550 (1997).</li>
<li>Mittapalli, O., Sardesai, N., Shukle, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cDNA+cloning+and+transcriptional+expression+of+a+peritrophin-like+gene+in+the+Hessian+fly%2C+Mayetiola+destructor+%5BSay%5D%5BTitle%5D)+AND+%22Arc+of+Insect+Bio%22%5BJournal%5D)">cDNA cloning and transcriptional expression of a peritrophin-like gene in the Hessian fly, Mayetiola destructor [Say].</a> Arc of Insect Bio. 64, 19-29 (2007).</li>
<li>Pauchet, Y., Wilkinson, P., van Munster, M., Augustin, S., Pauron, D., ffrench-Constant, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pyrosequencing+of+the+midgut+transcriptome+of+the+poplar+leaf+beetle+Chrysomela+tremulae+reveals+new+gene+families+in+Coleoptera.+Ins+Bio+and+Mol%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Pyrosequencing of the midgut transcriptome of the poplar leaf beetle Chrysomela tremulae reveals new gene families in Coleoptera. Ins Bio and Mol.</a> 39, 403-413 (2009).</li>
<li>Pfaffl, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2002-2007 (2001).</li>
<li>Tellam, R. L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aTellam%2C+RL+%22Biology+of+the+Insect+Midgut%22">Biology of the Insect Midgut</a>. Lehane, M. J., Billingsley, P. F. , Chapman and Hall. London. 86-114 (1996).</li>
</ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

מחזורי הסף (CT) מתקבל ערך למדגם כל צלחת qRT-PCR. להכנת עקומת תקן, ערך ה-CT שהתקבלו עבור כל אחד מהם היה דילול זממו נגד ביומן של ריכוז שלה. ערכי ה-CT של דגימות הניסוי היו זממו אז על זה עקומת סדרה דילול סטנדרטי. כמויות יעד חושבו מתוך עקומות תקן נפרד שנוצר עבור כל ניסוי כלומר רקמות ואת הביטוי ההתפתחותי. ערכים הביטוי יחסית (סיבובים) נקבעו אז על ידי חלוקת כמויות רצף היעד של עניין (במקרה זה AP-PERI1) עם כמות המתקבלים על הבקרה הפנימית (AP-RP1). עבור חישובים של משמעות, הי...

ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד ( agrilus planipennis) באמצעות real time-pcr כמותי

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

אמרלד אפר דקור (EAB,<em&gt; Agrilus planipennis</em&gt;) הוא הדברה אקזוטיים פולשניים, אשר גרם למותם של מיליוני עצים אפר (<em&gt; Fraxinus</em&gt; Spp) בצפון אמריקה.<strong&gt;</strong&gt; EAB ממשיכה להתפשט במהירות והתקפות אפר עצים בגילאים שונים, מ שתילים עצים בוגרים. עם זאת, עד כה מעט מאוד או לא ידע מולקולרית קיימת EAB. אנחנו מעוניינים לפענח את מולקולרית מבוססי תהליכים פיזיולוגיים ברמת הרקמה סיוע EAB ב קולוניזציה מוצלחת של עצי מילה. בדוח זה אנו מציגים את השימוש האפקטיבי כמותי בזמן אמת PCR (qRT-PCR) כדי לברר רמות ה-mRNA ברקמות הזחל שונים (כולל midgut, גופים שומן לציפורן) ואת שלבי ההתפתחות השונים (כולל 1<sup&gt; רחוב</sup&gt; -, 2<sup&gt; Nd</sup&gt; - 3<sup&gt; Rd</sup&gt; -, 4<sup&gt; ה</sup&gt;-Instars, prepupae ומבוגרים) של EAB. כדוגמה, גן peritrophin (בשם בזאת,<em&gt; AP-PERI1</em&gt;) מודגמת כמו הגן של עניין חלבון ריבוזומלי (<em&gt; AP-RP1</em&gt;) כמו הבקרה הפנימית. Peritrophins הם מרכיבים חשובים של קרום מטריצה ​​peritrophic / (PM), המהווה את רירית המעי חרקים. PM יש פונקציות מגוונות כולל העיכול הגנה מכנית האפיתל midgut.

כמותי בזמן אמת PCR (qRT-PCR) היא כלי יעיל לאבחון רמות ה-mRNA ברקמות חרקים שונים, שלבי התפתחות. בדוח זה אנו מציגים את השימוש qRT-PCR כדי לברר רמות ה-mRNA ברקמות הזחל שונים שלבי ההתפתחות של מינים פולשניים חרקים, דקור ברקת אפר.

ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד ( Agrilus planipennis) באמצעות Real Time-PCR כמותי

חיפושית האש המנצנצת (EAB, *Agrilus planipennis*) היא מזיק פולש אקזוטי, שהביא למותם של מיליוני עצי אש (*Fraxinus* spp) בצפון אמריקה. EAB ...

המטרה הכוללת של הניסוי הבא היא לנתח ביטוי גנים ברקמות ובשלבי התפתחות של emerald ash Borer באמצעות PCR כמותי. דבר זה מושג על ידי דיסקציה של רקמות זחלים וסיווג של שלבי ההתפתחות. כשלב שני, מופק RNA מהרקמות ומשלבי ההתפתחות באמצעות triol reagent, המשמש לאחר מכן כתבנית ליצירת הגדיל הראשון, cDNA; לאחר סינתזת הגדיל הראשון של cDNA, מבוצע quantitative RT-PCR.התוצאות שהתקבלו מראות ביטוי דיפרנציאלי של הגן המטרה ברקמות זחלים שונות ובשלבי התפתחות שונים, בהתבסס על נתוני השינוי המלא שהתקבלו מערכי סף המחזור (cycle threshold) לאחר הגברת quantitative R-T-P-C-R. שלום, אני Prakash Mi, החוקר הראשי (PI) של מעבדה זו במחלקה לאנטומולוגיה באוניברסיטת אוהיו (Ohio State University).המעבדה שלי מתמקדת בעיקר בהיבטים הגנומיים או המולקולריים של האינטראקציות בין ה-emal, lash, burer לבין האש. ה-emal, lash Burer או EAB הוא מזיב פולש אקזוטי מסין המאיים על עצם קיומם של אוכלוסיות האש ברחבי צפון אמריקה. היום נציג בפניכם פרוטוקול ללמידת ניתוח ביטוי גנים ב-EAP באמצעות QPCR או PCR כמותי בזמן אמת.חברי המעבדה שיהיו מעורבים בפרוטוקול זה הם Swapna pri ou, שתבצע את הדיסקציות של השסתומים, ולאחר מכן bin Bandari שידגים את בידוד ה-RNA. ולסיום, Lauren Rivera Vega תבצע את אנליזת ה-QPC. אנו משתמשים בהליך זה במעבדתנו כדי לחקור את הביטוי

analysis-gene-expression-emerald-ash-borer-agrilus-planipennis-using

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

ניתוח microarray נערך כדי לקבוע פרופילים של ביטוי...

קביעת פרופילים ביטוי גנטיים ג elegans שימוש microarray בזמן אמת PCR

כמותיים אוטומטי תפוקה גבוהה הגנום כולו RNAi המסכים ג elegans</em

assay ביטוי גני תא הבודד שדרוש להבנת heterogeneities בתאי גזע.

אפיון תאי גזע עוברי האנושי על ידי הפרט כמותי RT-PCR

ניתוחי RNA-Seq הופכים חשובים יותר ויותר לזיהוי היסודות המולקולריים של תכונות הסתגלות באורגניזמים שאינם מודלים. כאן, מתואר פרוטוקול לזיהוי גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי בין יתושי Aedes albopictus שאינם דיאפאוזה, מגידול יתושים, ועד לריצוף RNA וניתוחים ביואינפורמטיים של נתוני RNA-Seq.

ניסיוני וביואינפורמטיקה פרוטוקול לניתוח RNA-seq של Photoperiodic דיאפאוזה באסיה טייגר נגד יתושים, אדס המפוספס

פרוטוקול זה מתאר שיטה לבדיקת ההשערה כי היפוך השדה הגיאומגנטי האפקטיבי (GMF) גורם לביטוי גנים דיפרנציאלי ומשנה את המורפולוגיה של Arabidopsis thaliana. מערכת מתומנת תלת-צירית של זוגות סלילי הלמהולץ שימשה ליצירת תנאי GMF הפוכים באופן מלאכותי בתא הגידול של הצמח.

גאומגנטית שדה (GMF) וצמח אבולוציה: לחקור את ההשפעות של ביטול GMF ב<em&gt; Thaliana ארבידופסיס</em&gt; ביטוי פיתוח וג&#39;ין

מלכודות יעילה למשוך וללכוד את בורר אפר אמרלד (EAB) הם מרכיב של זיהוי וניהול זה המזיק פולשני. מלכודות דרגשים, מניחים בשמש מלאה ליד עצים אפר, לשלב רמזים חזותיים, חוש הריח, והיו ללכוד EAB מאשר עיצובים אחרים למלכודת במשפטי שדה.

בניית שתי מלכודות לגילוי מוקדם של אפר אמרלד בורר

פרוטוקול זה מציג גישה לניתוח transcriptome כל מעוברים דג זברה, הזחלים, או תאים ממוינים. אנו כוללים בידוד של RNA, מסלול ניתוח של נתוני RNASeq, המבוססות על לרביעיית-PCR אימות של שינויים בביטוי הגנים.

הכנת הדוגמא וניתוח של נתונים ביטוי גנים מבוססת RNASeq דג זברה

פרוטוקול משופרת מוצג עבור המידה של ביטוי גנים ארעי מן הכתב בונה בתאים aleurone שעורה לאחר הפגזה של חלקיקים. השילוב של תבואה אוטומטיות שיוף עם צלחת 96-ובכן אנזים מבחני מספק תפוקה גבוהה עבור ההליך.

מדידת ביטוי גנים בשכבות Aleurone שעורה מופגז עם תפוקה מוגברת

מימדיה Aphis nerii והצנרות על הגן מאוד צמחים ממשפחת dogbane (Apocyanaceae), ומספק הזדמנויות רבות ללמוד אינטראקציות צמח-חרקים. כאן, אנו מציגים סדרת פרוטוקולים עבור שמירה על צמח, כנימות עלה תרבויות, ואת הדור ניתוח של מולקולרית ונתונים - omic עבור nerii א.

שמירה על תרבויות ביולוגי מדידה ביטוי גנים ב Aphis nerii: מערכת Non-מודל עבור אינטראקציות צמח-חרק

אנו מתארים שיטת ה-PCR הכמותית וכמותית ללוקליזציה וכימות של וירוסים ברקמות החרקים. ניתן להשתמש בפרוטוקול האימונוללונציה כדי להתאים חלבונים וקטוריים ומוקטורים. הפרוטוקול PCR כמותי ניתן להאריך כדי לכמת וירוסים בגופים שלמים כנימה וצמחים נגועים בווירוס.

לוקליזציה וקוונפיקציה של וירוסים באגאוטיות ברקמות Whitefly על ידי Immunofluorescence ו-PCR כמותי

במאמר זה פרוטוקול תפוקה גבוהה עבור קביעה מהירה ואמינה של רמות ביטוי גנים בדגימות C. elegans יחיד או בתפזורת מתואר. פרוטוקול זה אינו דורש בידוד RNA ומייצר cDNA ישירות מדגימות. ניתן להשתמש בו יחד עם פלטפורמות qPCR ננופלואידיות מרובות תפוקה גבוהה בזמן אמת.

RT-PCR כמותי בעל תפוקה גבוהה בדגימות סי.

למדו ניתוח ביטוי גנים בזחלי Agrilus planipennis באמצעות qRT-PCR. שיטה זו מאפשרת למדוד רמות mRNA ברקמות שונות ושלבי התפתחות, ומסייעת לחוקרים להבין את הביולוגיה של המזיק הפולש הזה.

ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד ( Agrilus planipennis) באמצעות Real Time-PCR כמותי

גלה סרטונים נוספים