Name: DNA-איזוטופ יציב גשוש (ה-DNA SIP) (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-08-02T17:25:00.000+00:00
Duration: 14 min 57 s
Description: למדו שיטת DNA-SIP לזיהוי מיקרואורגניזמים פעילים ללא גידול במעבדה. השיטה משתמשת בסובסטרטים מסומני איזוטופים יציבים ואולטרה-סנטריפוגה בגרדיאנט צפיפות כדי לאפיין קהילות מיקרוביאליות בסביבות טבעיות.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

עבודה זו נתמכה על ידי פרויקט אסטרטגי ומענקים דיסקברי JDN מן למדעי הטבע וההנדסה מועצת המחקר של קנדה (NSERC).

<ol><li>Neufeld, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+stable-isotope+probing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protocols%22%5BJournal%5D)">DNA stable-isotope probing.</a> Nat. Protocols. 2, 860-866 (2007).</li>
<li>Neufeld, J. D., Boden, R., Moussard, H., Schäfer, H., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Substrate-specific+clades+of+active+marine+methylotrophs+associated+with+a+phytoplankton+bloom+in+a+temperate+coastal+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Substrate-specific clades of active marine methylotrophs associated with a phytoplankton bloom in a temperate coastal environment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 74, 7321-7328 (2009).</li>
<li>Nercessian, O., Noyes, E., Kalyuzhnaya, M. G., Lidstrom, M. E., Chistoserdova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+populations+active+in+metabolism+of+C1+compounds+in+the+sediment+of+Lake+Washington%2C+a+freshwater+lake%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial populations active in metabolism of C1 compounds in the sediment of Lake Washington, a freshwater lake.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71, 6885-6899 (2005).</li>
<li>Padmanabhan, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Respiration+of+13C-labelled+substrates+added+to+soil+in+the+field+and+subsequent+16S+rRNA+gene+analysis+of+13C-labelled+soil+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Respiration of 13C-labelled substrates added to soil in the field and subsequent 16S rRNA gene analysis of 13C-labelled soil DNA.</a> Appl. Environ. Microbiol. 69, 1614-1622 (2003).</li>
<li>Bernard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamics+and+identification+of+soil+microbial+populations+actively+assimilating+carbon+from+13C-labelled+wheat+residue+as+estimated+by+DNA-+and+RNA-SIP+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Dynamics and identification of soil microbial populations actively assimilating carbon from 13C-labelled wheat residue as estimated by DNA- and RNA-SIP techniques.</a> Environ. Microbiol. 9, 752-764 (2007).</li>
<li>Haichar, elZ. ahar, F, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+cellulolytic+bacteria+in+soil+by+stable+isotope+probing%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Identification of cellulolytic bacteria in soil by stable isotope probing.</a> Environ. Microbiol. 9, 625-634 (2007).</li>
<li>Addison, S., McDonald, I., Lloyd-Jones, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isotope+probing%3A+Technical+considerations+when+resolving+15N-labelled+RNA+in+gradients%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Microbiol.+Meth%22%5BJournal%5D)">Stable isotope probing: Technical considerations when resolving 15N-labelled RNA in gradients.</a> J. Microbiol. Meth. 80, 70-75 (2009).</li>
<li>Buckley, D. H., Huangyutitham, V., Hsu, S. -F., Nelson, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isotope+probing+with+15N+achieved+by+disentangling+the+effects+of+genome+G+%2B+C+content+and+isotope+enrichment+on+DNA+density%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Stable isotope probing with 15N achieved by disentangling the effects of genome G + C content and isotope enrichment on DNA density.</a> Appl. Environ. Microbiol. 73, 3189-3195 (2007).</li>
<li>Schwartz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+growing+microorganisms+in+soil+by+stable+isotope+probing+with+H218O%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Characterization of growing microorganisms in soil by stable isotope probing with H218O.</a> Appl. Environ. Microbiol. 73, 2541-2546 (2007).</li>
<li>Neufeld, J. D., Dumont, M. G., Vohra, J., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methodological+considerations+for+the+use+of+stable+isotope+probing+in+microbial+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Methodological considerations for the use of stable isotope probing in microbial ecology.</a> Microb. Ecol. 53, 435-442 (2007).</li>
<li>Martineau, C., Whyte, L., Greer, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+SYBR+safe+technique+for+the+sensitive+detection+of+DNA+in+cesium+chloride+density+gradients+for+stable+isotope+probing+assays%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Microbiol.+Meth%22%5BJournal%5D)">Development of a SYBR safe technique for the sensitive detection of DNA in cesium chloride density gradients for stable isotope probing assays.</a> J. Microbiol. Meth. 73, 199-202 (2008).</li>
<li>Bartram, A. K., Poon, C., Neufeld, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleic+acid+contamination+of+glycogen+used+in+nucleic+acid+precipitation+and+assessment+of+linear+polyacrylamide+as+an+alternative+co-precipitant%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Nucleic acid contamination of glycogen used in nucleic acid precipitation and assessment of linear polyacrylamide as an alternative co-precipitant.</a> Biotechniques. 47, 1019-1022 (2009).</li>
<li>Chen, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revealing+the+uncultivated+majority%3A+combining+DNA+stable-isotope+probing%2C+multiple+displacement+amplification+and+metagenomic+analyses+of+uncultivated+Methylocystis+in+acidic+peatlands%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Revealing the uncultivated majority: combining DNA stable-isotope probing, multiple displacement amplification and metagenomic analyses of uncultivated Methylocystis in acidic peatlands.</a> Environ. Microbiol. 10, 2609-2622 (2008).</li>
<li>Neufeld, J. D., Chen, Y., Dumont, M. G., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Marine+methylotrophs+revealed+by+stable-isotope+probing%2C+multiple+displacement+amplification+and+metagenomics%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Marine methylotrophs revealed by stable-isotope probing, multiple displacement amplification and metagenomics.</a> Environ. Microbiol. 10, 1526-1535 (2008).</li>
<li>Kalyuzhnaya, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+metagenomics+targets+specific+functional+types+in+complex+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">High-resolution metagenomics targets specific functional types in complex microbial communities.</a> Nat. Biotechnol. 26, 1029-1034 (2008).</li>
<li>Binga, E. K., Lasken, R. S., Neufeld, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Something+from+%28almost%29+nothing%3A+the+impact+of+multiple+displacement+amplification+on+microbial+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Something from (almost) nothing: the impact of multiple displacement amplification on microbial ecology.</a> ISME J. 2, 233-241 (2008).</li>
<li>Green, S. J., Leigh, M. B., Neufeld, J. D. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGreen%2C+SJ+%22Microbiology+of+Hydrocarbon+and+Lipid+Microbiology%22">Microbiology of Hydrocarbon and Lipid Microbiology</a>. Timmis, K. N. , Springer-Verlag. Berlin Heidelberg. 4137-4158 (2010).</li>
<li>Neufeld, J. D., Wagner, M., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Who+eats+what%2C+where+and+when%3F+Isotope-labelling+experiments+are+coming+of+age%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Who eats what, where and when? Isotope-labelling experiments are coming of age.</a> ISME J. 1, 103-110 (2007).</li>
<li>Gallagher, E., McGuinness, L., Phelps, C., Young, L. Y., Kerkhof, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+shortens+the+incubation+time+needed+to+detect+benzoate-utilizing+denitrifying+bacteria+by+stable-isotope+probing%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">DNA shortens the incubation time needed to detect benzoate-utilizing denitrifying bacteria by stable-isotope probing.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71, 5192-5196 Forthcoming.</li>
</ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

תכנון נכון של איזוטופ יציב ניסויים חיטוט היא בעלת חשיבות מכרעת לקבלת DNA שכותרתו לעיל הקהילה רקע תווית. שיקולים הקשורים מדגם פעמים הדגירה, ריכוז המצע, תנאי הדגירה (חומרים מזינים כגון לחות תוכן אדמה), בין האכלה שכפול נדונו במקום אחר 10,18 ו - אנו ממליצים להתייעץ עם הקורא פרסומים אלה בעת תכנון הדגירה SIP. לגבי הפרוטוקול הנוכחי, ראוי להעיר על שיקולים נוספים הקשורים הפרשנות של נתוני ה-SIP הדרגתיים. בשל אופיו של תהליך ultracentrifugation, חשוב לכלול בנוסף שולטת כגון תרבויות ...

<table><tbody><tr><td>Bromophenol Blue</td><td>ריאגנט</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP115-25</td><td></td></tr><tr><td>צסיום כלוריד</td><td>ריאגנט</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP210-500</td><td></td></tr><tr><td>אתנול, בדרגת ריאגנט</td><td>ריאגנט</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>652261</td><td></td></tr><tr><td>אתידיום ברומיד</td><td>ריאגנט</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E1510</td><td></td></tr><tr><td>חומצה הידרוכלורית</td><td>ריאגנט</td><td>Fisher Scientific</td><td>351285212</td><td></td></tr><tr><td>פוליאקרילאמיד ליניארי</td><td>ריאגנט</td><td>Applichem</td><td>A6587</td><td></td></tr><tr><td>פוליאתילן גליקול 6000</td><td>ריאגנט</td><td>VWR international</td><td>CAPX1286L-4</td><td></td></tr><tr><td>אשלגן כלוריד</td><td>ריאגנט</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC42409-0010</td><td></td></tr><tr><td>נתרן כלוריד</td><td>ריאגנט</td><td>Fisher Scientific</td><td>S2711</td><td></td></tr><tr><td>גרגרי נתרן הידרוקסיד</td><td>ריאגנט</td><td>Fisher Scientific</td><td>S3181</td><td></td></tr><tr><td>Tris base</td><td>ריאגנט</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1521</td><td></td></tr><tr><td>Dark Reader</td><td>ציוד</td><td>Clare Chemical</td><td>DR46B</td><td></td></tr><tr><td>מיקרוצנטריפוגה</td><td>ציוד</td><td>Eppendorf</td><td>5424 000.410</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop 2000</td><td>ציוד</td><td>Fisher Scientific</td><td>361013650</td><td></td></tr><tr><td>משאבת עירוי</td><td>ציוד</td><td>Braintree Scientific, Inc.</td><td>N/A</td><td>מספר דגם: BSP&lt;br/&gt;ראו &lt;a href=&quot;http://www.braintreesci.com">www.braintreesci.com&lt;/a&gt; לפרטי הזמנה.</td></tr><tr><td>מכשיר לאיטום מבחנות</td><td>ציוד</td><td>Beckman Coulter Inc.</td><td>358312</td><td></td></tr><tr><td>אולטרצנטריפוגה</td><td>ציוד</td><td>Beckman Coulter Inc.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>רוטור לאולטרצנטריפוגה</td><td>ציוד</td><td>Beckman Coulter Inc.</td><td>362754</td><td></td></tr><tr><td>מקור אור על-סגול</td><td>ציוד</td><td>UVP Inc.</td><td>95-0017-09</td><td>כל מקור UV יספיק</td></tr><tr><td>מגן פנים לאור על-סגול</td><td>ציוד</td><td>Fisher Scientific</td><td>114051C</td><td></td></tr><tr><td>פקקי גומי בוטיל, אפורים</td><td>חומר</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>27232</td><td></td></tr><tr><td>מבחנות צנטריפוגה</td><td>חומר</td><td>Beckman Coulter Inc.</td><td>342412</td><td></td></tr><tr><td>מחט תת-עורית, 23 gauge, אורך 2&amp;#8221;</td><td>חומר</td><td>BD Biosciences</td><td>305145</td><td></td></tr><tr><td>מבחנות מיקרופוג, 1.5 mL</td><td>חומר</td><td>DiaMed</td><td>AD151-N500</td><td></td></tr><tr><td>אטמים פתוחי מרכז, קוטר 20 mm</td><td>חומר</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>27230-U</td><td></td></tr><tr><td>פיפטות פסטור, זכוכית</td><td>חומר</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-678-6C</td><td></td></tr><tr><td>טיפים לפיפטה</td><td>חומר</td><td>DiaMed</td><td>BPS340-1000</td><td>מספר הקטלוג הוא עבור טיפים של 200 &amp;#x03BC;l. ניתן לרכוש טיפים של 10 או 20 &amp;#x03BC;l מאותו ספק</td></tr><tr><td>צינורית משאבה, קוטר פנימי 1.5 mm x עובי דופן 1.5 mm</td><td>חומר</td><td>Appleton Woods</td><td></td><td></td></tr><tr><td>מבחנות עם פקק הברגה, 15 mL</td><td>חומר</td><td>DiaMed</td><td>AD15MLP-S</td><td></td></tr><tr><td>בקבוקי סרום, נפח 125 mL</td><td>חומר</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z114014</td><td></td></tr><tr><td>מזרק, 60 mL</td><td>חומר</td><td>BD Biosciences</td><td>309653</td><td></td></tr></tbody></table>

dna-איזוטופ יציב גשוש (ה-dna sip)

DNA Stable-Isotope Probing (DNA-SIP)

DNA-איזוטופ יציב חיטוט (DNA-SIP) היא טכניקה רבת עוצמה לזיהוי מיקרואורגניזמים פעיל להטמיע מצעים פחמן מסוים וחומרים מזינים לתוך ביומסה הסלולר. ככזה, זו טכניקה טיפוח עצמאית כבר מתודולוגיה חשוב עבור הקצאת פונקציה מטבולית של קהילות מגוונות המאכלסים מגוון רחב של סביבות יבשתי מימיים. לאחר דגירה של המדגם סביבתי עם איזוטופ יציב, תרכובות שכותרתו, חומצות גרעין חילוץ נתונה ultracentrifugation צפיפות שיפוע חלוקה הדרגתי לאחר נפרד חומצות גרעין של צפיפויות שונות. טיהור של ה-DNA של צזיום כלוריד מאחזר שכותרתו תווית ה-DNA לאפיון מולקולרי הבאים (לדוגמה, טביעת אצבע microarrays, ספריות שיבוט, metagenomics). פרוטוקול זה מספק וידאו יופיטר חזותי שלב אחר שלב ההסברים של פרוטוקול עבור שיפוע צפיפות חלוקה ultracentrifugation שיפוע, ושחזור של ה-DNA מסומן. הפרוטוקול כולל גם נתונים מדגם SIP ומדגיש טיפים חשובים מזהיר כי יש לקחת בחשבון כדי להבטיח ניתוח מוצלח SIP-DNA.

DNA-איזוטופ יציב חיטוט היא שיטת טיפוח עצמאית לזהות ולאפיין הקהילות פעיל של מיקרואורגניזמים המסוגלים ניצול מצעים ספציפיים. הטמעת מצע מועשר באיזוטופ הכבד מוביל התאגדות של אטומים שכותרתו לתוך ביומסה של חיידקים. שיפוע ultracentrifugation צפיפות מאחזר DNA שכותרתו עבור ניתוחים מולקולריים במורד הזרם.

DNA-איזוטופ יציב גשוש (ה-DNA SIP)

סימון באמצעות איזוטופים יציבים של דנ"א (DNA-SIP) הוא טכניקה עוצמתית לזיהוי מיקרואורגניזמים פעילים השסמיליים תתי-מקלות פחמן מסוימים ו...

המטרה הכללית של הליך זה היא להפיק DNA ממיקרואורגניזמים פעילים שצרכו תסבסב גדילה רלוונטי, ללא צורך בגידול מעבדתי מוקדם. דבר זה מושג תחילה על ידי דגירה של דגימה סביבתית עם תסבסב רלוונטי המסומן באיזוטופ יציב, בתנאים הדומים לאלו המצויים בסביבתם הטבעית. השלב השני של ההליך הוא מיצוי של DNA כולל מדגימה זו המסומנת באיזוטופים.השלב השלישי של הפרוצדורה הוא להעביר DNA זה אלטרה-צנטריפוגציה במדרג צפיפות של צסיום כלוריד. השלב הסופי של הפרוצדורה הוא הפרדה למקטעים (פרקציונציה) של מדרג הצפיפות כדי להשיג DNA כבד וקל לצורך אפיון מולקולרי לאחר מכן. בסופו של דבר, ניתן להפיק תוצאות החושפות את זהותם של מיקרואורגניזמים פעילים שטרם תורבדו, המעורבים במטבוליזם של סובסטרט מסוים, באמצעות מגוון טכניקות מולקולריות אפשריות, הכוללות טביעת אצבע (fingerprinting), מערך זעיר (microarray), היברידיזציה, ניתוח שיבוטים וספריות, ומטגנומיקה.שלום, אני ג'וש נופלד מהמחלקה לביולוגיה באוניברסיטת ווטרלו. אני אריק דנפורד, סטודנט לתואר מתקדמים במעבדת נופלד. היום נדגים לכם פרוטוקול לסריקת איזוטופים של DNA, או DNA sip, שהפכה לטכניקה נפוצה לקישור בין זהותם של מיקרואורגניזמים לא ידועים וכאלו שייתכן שאינם ניתנים לתרבית, לבין יכולתם להשתמש בסובסטרט גדילה רלוונטי.אנו משתמשים בנוהל זה במעבדת Newfeld כדי לחקור את חילוף החומרים של מקורות פחמן

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

אנו מתארים פרוטוקול חזק ותכליתי לניתוח ארכיטקטורה גרעינית ידי דגי DNA 3D באמצעות בדיקות ניאון שכותרתו ישירות.

דגי ה-DNA 3D חזקים באמצעות בדיקות שכותרתו ישירות

קהילת החיידקים הפעילה הקשורים לבטן של littoralis Spodoptera, נקבעה על ידי יציב-חיטוט-איזוטופ (SIP) מצמידים את pyrosequencing. השימוש במתודולוגיה זו, זיהוי של מיני חיידקים הפעילים מטבולית בתוך הקהילה נעשה ברזולוציה גבוהה ודיוק.

זיהוי של חיידקים פעילים מטבולית במעיים של Generalist<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; באמצעות איזוטופ יציב DNA גשוש שימוש<sup&gt; 13</sup&gt; C-גלוקוז

שיטה שאינה שכותרתו, הלא-רדיו-איזוטרופי DNA פולימראז הגהה ואת וזמינותו תיקון של ה-DNA פותחה באמצעות ספקטרומטר מסה MALDI-TOF ברזולוציה גבוהה ואסטרטגיה סיומת נוקלאוטיד יחיד. וזמינותו הוכיחה להיות מאוד ספציפי, פשוט, מהיר וקל לבצע הגהה ותיקון טלאים קצר מ 9-נוקלאוטידים.

הגהה ואת וזמינותו תיקון ה-DNA באמצעות ניתוח ספקטרומטר מסה MALDI-TOF והסיומת נוקלאוטיד יחיד

מאמר זה מציג פרוטוקול מפורט עבור T4 מצדו ולטיהור denaturing דף קטן מולקולות DNA מעגלי, חישול, ניתוח דף מקורית של אריחים מעגלית, בהרכבת AFM הדמיה של nanostructures ה-DNA 1 י ו- 2D, כמו גם agarose ג'ל אלקטרופורזה וטיהור צנטריפוגה של סופי אן nanostructures.

המוטיבים אן יציב, 1 י ו- 2D Nanostructures בנוי מולקולות DNA מעגלי קטן

מאמר זה מתאר פרוטוקול מפורט לשימוש בבדיקות מתח מבוססות דנ"א כדי לדמות את כוחות הקולטן המופעלים על ידי תאי מערכת החיסון. גישה זו יכולה למפות כוחות קולטן &gt;4.7pN בזמן אמת ויכולה לשלב כוחות לאורך זמן.

בדיקות מתח DNA כדי למפות את כוחות קולטן פיקוניוטון חולפים על ידי תאים חיסוניים

מבחני לכידת לולאת D (DLC) והרחבת לולאת D (DLE) משתמשים בעקרון קשירת הקרבה יחד עם PCR כמותי כדי לכמת היווצרות לולאת D, הרחבת לולאת D והיווצרות מוצרים באתר של שבר דו-גדילי אינדוקטיבי ב- Saccharomyces cerevisiae.

איתור מתווכי רקומבינציה הומולוגיים באמצעות קשירת קרבה ו-PCR כמותי ב-Saccharomyces cerevisiae

הפרוטוקול מספק הוראות לשינוי RNA עם דימתיל סולפט לניסויים בפרופיל מוטציות. הוא כולל בדיקה במבחנה ו - in vivo עם שתי שיטות הכנה חלופיות לספרייה.

בדיקת מבנה RNA עם פרופיל מוטציה של דימתיל סולפט עם ריצוף במבחנה ובתאים

העשרה וריצוף של DNA מתהום המקושר לחלבון (eSPAN) פותחה כדי לזהות את השפע היחסי של חלבון הקשור לכרומטין על שני גדילי DNA משכפלים, ובכך לחשוף תובנות מולקולריות לגבי שכפול הכרומטין ותהליכיו המקושרים. פרוטוקול זה מתאר פרוצדורות eSPAN בתאי גזע עובריים (ES) של שמרים ועכברים.

ניתוח ייחודי לגדיל של חלבונים בשכפול גדילי DNA באמצעות העשרה וריצוף של שיטת DNA מתהווים הקשור לחלבונים

פרוטוקול זה מתאר בדיקת שכפול DNA חד-מולקולה מבוססת מיקרוסקופיה פלואורסצנטית, המאפשרת הדמיה בזמן אמת של אינטראקציות בין פולימראזות DNA ומכשולים כגון מבני G-quadruplex.

הדמיה פלואורסצנטית של מולקולה אחת של דינמיקת DNA פולימראז ב-G-quadruplexes

בסרטון הזה, אנו יראה לכם כיצד שרשרת הנשימה במיטוכונדריה קומפלקסים של בתאי גזע עובריים אנושיים יכולים להיות נותחו באמצעות מבחני פעילות ג'ל.

גשוש עבור פעילות קומפלקס מיטוכונדריאלי של בתאי גזע עובריים אנושיים

למדו שיטת DNA-SIP לזיהוי מיקרואורגניזמים פעילים ללא גידול במעבדה. השיטה משתמשת בסובסטרטים מסומני איזוטופים יציבים ואולטרה-סנטריפוגה בגרדיאנט צפיפות כדי לאפיין קהילות מיקרוביאליות בסביבות טבעיות.

DNA-איזוטופ יציב גשוש (ה-DNA SIP)

גלה סרטונים נוספים