חיתוך כרומטין: שיטה ליצירת מקטעי כרומטין באמצעות עיכול אנזימטי

- גורמי שעתוק הם חלבונים הנקשרים לאתר מסוים בדנ"א כדי לווסת את ביטוי הגנים. טעויות בגורמי שעתוק משנות פעילות זו, מה שמוביל לביטוי יתר של גנים, הגורם לסרטן. כדי להבין את תפקידם של גורמי שעתוק ובקרת גנים, אנו יכולים לבצע בדיקת משקעים חיסוניים של כרומטין או CHIP, וגזירת כרומטין היא שלב חשוב בתהליך העבודה של שבב

.

לחיתוך כרומטין, ייצבו את קומפלקס הדנ"א-חלבון על ידי הוספת פורמלדהיד. פורמלדהיד מקשר חלבונים לרצף הדנ"א הקשור על ידי יצירת קשרים קוולנטיים. לאחר מכן, השתמש במאגר ליזה מתאים כדי לשכב את התאים כדי לשחרר כרומטין המכיל את קומפלקסי חלבון DNA צולבים וצנטריפוגה. גזירת הכרומטין באמצעות אנזים נוקלאז מיקרוקוקלי. אנזים זה חותך את הכרומטין בין הנוקלאוזומים ומעכל את קצות הדנ"א הרופפים. צנטריפוגו את התערובת ואספו את הסופרנטנט.

טען את supernatant על ג'ל אגרוז TBE לנתח את הגודל המתאים של מקטעי DNA. החל שדה חשמלי על פני הג'ל, אשר גורם לדנ"א הכרומטין הטעון שלילית לנוע לכיוון האנודה. שברים קטנים יותר נעים במורד הג'ל. הכרומטין הגזור מופיע ככתם בג'ל. בפרוטוקול הבא, נגזור כרומטין של קו תאי לוקמיה מיאלואידית כרונית באמצעות סוניקציה.

- כדי להתחיל, למלא צינור 1.5 מילימטר עם 1 מיליליטר של 37% פורמלדהיד. לאחר מכן, מלא עוד צינור 1.5 מיליליטר עם 1 מיליליטר של 1.25 גליצין טוחנת וצינור 5 מיליליטר עם 4 מילילי