Name: פרופיל של Methyltransferases ועל אחרים S-Adenosyl- L-הומוציסטאין מחייב חלבונים על ידי ספקטרומטריית מתחם המיסה לכידה (CCMS) (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-12-20T16:20:00.000+00:00
Duration: 17 min 12 s
Description: חקור פרופיל של מתיל טרנספראזות מתערובות חלבונים מורכבות באמצעות ספקטרומטריית מסה לכידה (CCMS). השיטה משתמשת בתרכובות לכידה תלת-פונקציונליות עם SAH כדי לבודד ולזהות חלבוני מטרה מליזט תאי E. coli.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי ארגון Human תוכנית Frontier Science (פרס HFSP 2007, RGP0058/2007-C). אנו מודים פרופ &#39;ריצ&#39;רד רוברטס ליזום את הפרויקט לדיונים פוריים.

<ol><li>Katayama, H., Oda, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+proteomics+for+drug+discovery+based+on+compound-immobilized+affinity+chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chromatogr.+B+Analyt.+Technol.+Biomed.+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Chemical proteomics for drug discovery based on compound-immobilized affinity chromatography.</a> J. Chromatogr. B Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 855, 21-27 (2007).</li>
<li>Barglow, K. T., Cravatt, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activity-based+protein+profiling+for+the+functional+annotation+of+enzymes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Activity-based protein profiling for the functional annotation of enzymes.</a> Nat. Methods. 4, 822-827 (2007).</li>
<li>Koster, H., Little, D. P., Luan, P., Muller, R., Siddiqi, S. M., Marappan, S., Yip, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Capture+compound+mass+spectrometry%3A+a+technology+for+the+investigation+of+small+molecule+protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Assay+Drug+Dev.+Technol%22%5BJournal%5D)">Capture compound mass spectrometry: a technology for the investigation of small molecule protein interactions.</a> Assay Drug Dev. Technol. 5, 381-390 (2007).</li>
<li>Dalhoff, C., Hueben, M., Lenz, T., Poot, P., Nordhoff, E., Koster, H., Weinhold, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+S-Adenosyl-L-homocysteine+Capture+Compounds+for+Selective+Photoinduced+Isolation+of+Methyltransferases%5BTitle%5D)+AND+%22ChemBioChem%22%5BJournal%5D)">Synthesis of S-Adenosyl-L-homocysteine Capture Compounds for Selective Photoinduced Isolation of Methyltransferases.</a> ChemBioChem. 11, 256-265 (2010).</li>
<li>Lu, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((S-Adenosylmethionine%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Biochem.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">S-Adenosylmethionine.</a> Int. J. Biochem. Cell. Biol. 32, 391-3952 (2000).</li>
<li>Cantoni, G. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biological+methylation%3A+selected+aspects%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Biological methylation: selected aspects.</a> Annu. Rev. Biochem. 44, 435-451 (1975).</li>
<li>Jeltsch, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Beyond+Watson+and+Crick%3A+DNA+methylation+and+molecular+enzymology+of+DNA+methyltransferases%5BTitle%5D)+AND+%22ChemBioChem%22%5BJournal%5D)">Beyond Watson and Crick: DNA methylation and molecular enzymology of DNA methyltransferases.</a> ChemBioChem. 3, 274-293 (2002).</li>
<li>Chow, C. S., Lamichhane, T. N., Mahto, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expanding+the+nucleotide+repertoire+of+the+ribosome+with+post-transcriptional+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chem.+Biol%22%5BJournal%5D)">Expanding the nucleotide repertoire of the ribosome with post-transcriptional modifications.</a> ACS Chem. Biol. 2, 610-619 (2007).</li>
<li>Grillo, M. A., Colombatto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((S-Adenosylmethionine+and+protein+methylation%5BTitle%5D)+AND+%22Amino+Acids%22%5BJournal%5D)">S-Adenosylmethionine and protein methylation.</a> Amino Acids. 28, 357-362 (2005).</li>
<li>Fujioka, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mammalian+small+molecule+methyltransferases%3A+their+structural+and+functional+features%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Mammalian small molecule methyltransferases: their structural and functional features.</a> Int. J. Biochem. 24, 1917-1924 (1992).</li>
<li>Borchardt, R. T. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBorchardt%2C+RT+%22The+Biochemistry+of+S-Adenosylmethionine%22">The Biochemistry of S-Adenosylmethionine</a>. Salvatore, F., Borek, E., Zappia, V., Williams-Ashman, H. G., Schlenk, F. , Columbia University Press. New York, NY. 151-171 (1977).</li>
<li>Hoffman, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatographic+analysis+of+the+chiral+and+covalent+instability+of+S-adenosyl-l-methionine%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Chromatographic analysis of the chiral and covalent instability of S-adenosyl-l-methionine.</a> Biochemistry. 25, 4444-4449 (1986).</li>
<li>Keller, A., Nesvizhskii, A. I., Kolker, E., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Empirical+statistical+model+to+estimate+the+accuracy+of+peptide+identifications+made+by+MS%2FMS+and+database+search%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Empirical statistical model to estimate the accuracy of peptide identifications made by MS/MS and database search.</a> Anal. Chem. 74, 5383-5392 (2002).</li>
<li>Nesvizhskii, A. I., Keller, A., Kolker, E., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+statistical+model+for+identifying+proteins+by+tandem+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">A statistical model for identifying proteins by tandem mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 75, 4646-4658 (2003).</li>
</ol>

ThomasLenz, OliviaGrabner, MirkoGlinski, MathiasDreger ו HubertKosterare המועסקים על ידי caprotec bioanalytics GmbH, Inc המייצרת כמה חומרים כימיים המשמשים במאמר זה.

אמצעי הזהירות הבאים והערות עשוי להיות שימושי כאשר בעקבות פרוטוקול תיאר: א) היתרון העיקרי של CCS טמון ביצירת קשר קוולנטי בין CC לבין MTase, כמו זה היתרי התנאים הבאים כביסה מחמירים. Crosslink קוולנטיים מושגת על ידי photoreaction מופעלות על ידי אור אולטרה סגול (310 ננומטר מקסימום.). אור המנורה רגיל מכיל רק חלק קטן של UV, לעומת זאת, להגן על אדון-CC מחשיפה עוד תקורה או אור השמש אפילו עד הקרנה מבוקרת מקורר caproBox. ב) דגימות ביולוגיות שממנו MTases הם להיות מבודדים עשויים להכיל חלבונים נוטים denaturation, ולכן זו חובה לשמור על הדגימות קריר להימנע מקציפים בכל עת. ג) caproBox מתקרר דגימות כדי 0-4 מעלות צלזיוס, המנורות פולטות אור UV, אך גם פולטים חום. לכן יש צורך בקצרה צנטריפוגות מבחנות לפני ההקרנה, ולכן חלבונים דבקות כמוסות או קירות הבקבוקון לא יכול להיווצר משקעים זרעים. ד) מחדש את ההשעיה של חרוזים מגנטיים (למשל הפתרונות לשטוף) לא ניתן יד, זמן קצר חלה אולטרסאונד על ידי הצבת דגימות לאמבטיה אולטרסאונד. ה) טרי להכין את הפתרון 0.2% ACN TFA/60%. מצאנו כי אחרת את החלבונים שנתפסו לא יכול להיות ביקע מן החרוזים. ו) בסופו של חלבונים שנתפסו מתבצעת על ידי LC-MS/MS. ספקטרומטריית מסה היא שיטה רגישה מאוד. זה הכרחי להשתמש ריאגנטים בלעדי LC-MS כיתה השלבים הסופיים (2.11 צעד ועוד). הימנע זיהום של ניסויים על ידי מקורות חלבון חיצוני, קרטין כגון אבק או שמקורם מן הנסיין. במיוחד במהלך השלבים העיכול הסופי, מומלץ לשים לב שטח עבודה נקי, ללבוש כפפות וחלוק מעבדה ואולי רשת שיער או באופן אידיאלי לבצע את השלבים הסופיים מתחת לספסל נקי. הכן את 50 mM אמוניום ביקרבונט המאגר משמש לעיכול tryptic במים MS LC כיתה, דרך מסנן 0.22 מיקרומטר, חנות לסנן, aliquot ב -20 ° C, ולהשתמש בכל aliquot רק פעם אחת, כדי למנוע זיהומים. הפתרון טריפסין (סידור כיתה, רוש, להכין 0.5 מיקרוגרם / פתרון μl ידי הוספת 1 mM HCl כדי lyophilized טריפסין) ניתן לאחסן 4 ° C למשך מספר שבועות. ז) כדי לקבל ספקטרום המוני אמין חיוני יש לרסס יציב בניתוח ESI-MS/MS. ח) עבור מערכות LC-MS/MS שונה מזו השתמשו במחקר הנוכחי, מדידת פרמטרים אלגוריתמים לזיהוי פפטידים חייב להיות מותאם באופן אינדיבידואלי. את השינויים הבאים הם אפשריים ביחס פרוטוקול המתואר:) לחילופין כדי לשחרר את החלבונים מן החרוזים ידי TFA 60% ACN/0.2% (שלב 2.11), חלבונים ניתן ישירות מתעכל tryptically בתוך ההשעיה חרוז (כרכים זהה בשלב 5.1) או, SDS-PAGE, חלבונים ניתן שפורסמו על ידי השעיית וחימום החרוזים שנאסף לאחר שלב 2.9-95 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות במאגר מדגם SDS (שניהם, את ההשעיה כולו או רק את supernatant ניתן לטעון לכיס ג&#39;ל). מצאנו כי החרוזים לאט לשחרר כמויות קטנות של הפולימר לתוך בתמיסה מימית לעכל tryptic במהלך לעכל על חרוז tryptic גם לאחר מספר צעדים לשטוף מימית. זיהום פולימר מפריע זיהוי הפפטיד MS וניתן לשטוף את החרוזים באמצעות ACN 80% (לפחות שלוש פעמים). לאחר השלבים לשטוף 80% ACN, החרוזים יש לשטוף מיד עם מים לפני לעכל על חרוז tryptic. ב) כתמים המערבי באמצעות streptavidin-horseraddish peroxidase ואת המצע ECL יכול לשמש גם כדי להמחיש crosslinking מוצלח של CC ביוטין המכיל את החלבונים. לכן, גם הג&#39;ל המתקבל לאחר שלב 3.2 ניתן מחק או, כי הרגישות היא על פי 10 גבוה יותר מאשר צביעת כסף של ג&#39;לים, 10 דגימות μl אחרי צעד 2.7 עשוי גם להיות מנותח על ידי כתם המערבי. Mind כי במקרה האחרון חלבונים biotinylated endogeneously יהיה גם זוהה מלבד החלבונים biotinylated באופן מלאכותי על ידי אדון-CC. ג) מצאנו כי זה תלוי במערכת מיוחדת (lysate, התייחס חלבונים היעד, סלקטיביות ותפקוד תגובתיות של CC הוא), האם &quot;off-חרוז&quot; תצורה, שם את התגובה crosslinking מתרחש בין CC חופשית חלבון בתמיסה 4 או המתואר כיום &quot;על חרוז&quot; תצורה (איור 1B) מבצעת טוב יותר. באופן כללי, השיטה צריכה גם להיות תואם עם כל מדינה-of-the איזוטופ יציב אמנות החלבון או הפפטיד תיוג הטכנולוגיה, או הערכה של המדגם ללכוד על ידי ג&#39;ל אלקטרופורזה 2D. ב התצורה &quot;off-חרוז&quot;, אפשר גם ללכוד חלבונים בתוך תאים שלמים (תוצאות לא פורסם). יתר על כן, התרופה או אתר cofactor מחייב של חלבון יכול להיות שתוארו על ידי קביעת עמדה מקרוב על ידי crosslinking של CC בתוך רצף החלבון על ידי רצף הפפטיד MS. מצב המחייב של מולקולה קטנה לחלבון ניתן לחקור באמצעות ג שונהמצורף עמדות hemical על הפונקציה סלקטיביות, והמקשר באורכים שונים. כפי שמוצג במחקר הנוכחי, גם שותפים חלבון מחייב של חלבונים פנה ידי הפונקציה סלקטיביות (RplK כמו המצע של PrmA) או לא ידוע חלבון קטן מולקולה אינטראקציות (אדון על GlnA) ניתן לזהות. סיכם, תכונה נוספת של CCS, תגובתיות צילום crosslinking, מאפשר בידוד וזיהוי של חלבונים בשפע נמוך או משפחות חלבון פונקציונלי מתערובות חלבון מורכב עם רגישות גבוהה ומספקת למדענים כלי נוסף ללימוד מולקולה קטנה - אינטראקציות חלבון .

<table><tbody><tr><td>SAH caproKit&amp;#8482;</td><td>caprotec bioanalytics GmbH</td><td>1-1010-050 (50 reactions) 1-1010-010 (10 reactions)</td><td>כולל את ה-SAH-CC, SAH competitor, חרוזי מגנט מצופים בסטראפטווידין, בופר ללכידה ובופר שטיפה</td></tr><tr><td>caproBox&amp;#8482;</td><td>caprotec bioanalytics GmbH</td><td>1-5010-003 (110 V) 1-5010-004 (230 V)</td><td>להפעלה פוטו-אקטיבית הדירה תוך קירור הדגימות</td></tr><tr><td>caproMag&amp;#8482;</td><td>caprotec bioanalytics GmbH</td><td>1-5100-001</td><td>לטיפול קל בחלקיקים מגנטיים ללא צורך בפיפטינג</td></tr></tbody></table>

פרופיל של methyltransferases ועל אחרים s-adenosyl- l-הומוציסטאין מחייב חלבונים על ידי ספקטרומטריית מתחם המיסה לכידה (ccms)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

יש מגוון של גישות כדי להפחית את המורכבות של proteome על בסיס פונקציונלי של מולקולות חלבון אינטראקציות קטנות כגון זיקה כרומטוגרפיה 1 או חלבון על בסיס פעילות פרופיל 2. תרכובות לכידת Trifunctional (CCS, איור 1 א) 3 הם בסיס לגישה גנרי, שבו שיווי המשקל הראשונית מונחה אינטראקציה בין בדיקה מולקולה קטנה (הפונקציה סלקטיביות, כאן S-adenosyl-L-הומוציסטאין, אדון, איור 1 א) חלבונים היעד הוא קבוע ובלתי הפיך על crosslinking-photo בין פונקציית צילום activable עצמאית תגובתיות (כאן phenylazide) של CC לבין פני השטח של חלבונים היעד. הפונקציה מיון (כאן ביוטין) משמש כדי לבודד את CC - conjugates חלבון מתערובות ביולוגיות מורכבות בעזרת בשלב מוצק (כאן חרוזים streptavidin מגנטי). שתי תצורות הניסויים הם אפשריים: &quot;מחוץ חרוז&quot; 4 או המתואר כיום &quot;על חרוז&quot; תצורה (איור 1B). הפונקציה הסלקטיביות עשויה להיות כמעט כל מולקולה קטנה של עניין (מצעים, מעכבי, מולקולות התרופה). S-Adenosyl-L-מתיונין (SAM, איור 1 א) היא ככל הנראה, שני ATP, cofactor הנפוץ ביותר בטבע 5, 6. הוא משמש בתור התורם העיקרי קבוצת מתיל בכל היצורים החיים עם התגובה הכימית להיות catalyzed ידי SAM תלויי methyltransferases (MTases), אשר methylate 7-DNA, RNA 8, 9 חלבונים או מולקולות קטנות 10. לאור תפקיד מכריע של תגובות פיזיולוגיות מתילציה בתרחישים שונים (ויסות הגנים, אפיגנטיקה, מטבוליזם), פרופילים של MTases ניתן לצפות להיות חשיבות דומה proteomics פונקציונלי כמו פרופיל של קינאזות. כלים אנליטיים עבור פרופילים שלהם, לעומת זאת, לא היה זמין. אנו הציגה לאחרונה CC עם אדון כקבוצה סלקטיביות למלא את הפער הטכנולוגי (איור 1A). אדון, תוצר של SAM לאחר העברת מתיל, הוא מעכב ידוע בכלל MTase המוצר 11. מסיבה זו וגם בגלל הטבעית cofactor SAM נמצא בשימוש על ידי אנזימים נוסף העברת חלקים אחרים של cofactor או ליזום התגובות הרדיקלי, כמו גם בגלל חוסר היציבות הכימית שלה 12, אדון הוא פונקציה סלקטיביות אידיאלי CC למקד MTases. כאן אנו מדווחים על השירות של אדון-CC ו CCMS ידי MTases פרופילים אחרים אדון מחייב חלבונים מן DH5α את המתח של Escherichia coli (E. coli), אחד הטובים ביותר, מאופיין פרוקריוטים, אשר שימש המודל המועדף האורגניזם מחקרים ביוכימיים, ביולוגיים ביוטכנולוגיים אינספור. תמונה המופעל crosslinking משפר את התשואה ואת הרגישות של הניסוי, ואת הספציפיות ניתן לבדוק בקלות עבור בניסויים התחרות באמצעות עודף של אדון חינם.

תרכובות לכידת הם מולקולות קטנות trifunctional כדי להפחית את המורכבות של proteome על ידי תפקודית אינטראקציה הפיך מולקולות חלבון קטן ואחריו crosslinking-צילום טיהור. כאן אנו משתמשים מתחם לכידת עם<em&gt; S</em&gt;-Adenosyl-<sub&gt; L</sub&gt;-הומוציסטאין מחייב כפונקציה סלקטיביות לבודד methyltransferases מ<em&gt; Escherichia coli</em&gt; התא כולו lysate לזהות אותם על ידי MS.

פרופיל של Methyltransferases ועל אחרים S-Adenosyl- L-הומוציסטאין מחייב חלבונים על ידי ספקטרומטריית מתחם המיסה לכידה (CCMS)

קיימות גישות מגוונות להפחתת המורכבות של הפרוטאום על בסיס אינטראקציות פונקציונליות בין מולקולות קטנות לחלבונים, כגון זיקה...

profiling-methyltransferases-other-s-adenosyl-l-homocysteine-binding

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

פרופיל מטבוליט לא ממוקד על ידי כרומטוגרפיה נוזלית בעלת ביצועים גבוהים במיוחד בשילוב עם ספקטרומטריית מסה (UPLC-MS) היא טכניקה רבת עוצמה לחקירת חילוף החומרים.  מאמר זה מתאר זרימת עבודה טיפוסית המשמשת לפרופיל מטבוליט לא ממוקד של סרום, כולל ארגון והכנת דגימות, רכישת נתונים, ניתוח נתונים, בקרת איכות וזיהוי מטבוליטים.

בקנה מידה גדול Profiling metabolomic ללא ממוקד של סרום על ידי כרומטוגרפיה נוזלית ביצועים-Mass ספקטרומטריית Ultra (UPLC-MS)

על ידי שילוב של ילידים וcrosslinking immunoprecipitation הכרומטין עם רזולוציה גבוהה ספקטרומטריית מסה, גישת ChroP מאפשרת לנתח את ארכיטקטורת proteomic המורכבת של שינויי היסטון, וריאנטים וחלבונים שאינם histonic synergizing בתחומי הכרומטין תפקודי מובהקים.

גישת ChroP משלבת שבב וספקטרומטריית המסה לנתח נופי proteomic לוקוס ספציפיים של הכרומטין

השליח השני c-di-GMP הנפוץ בכל מקום שולט בגדילה ובהתנהגות של חיידקים רבים. פיתחנו טכנולוגיה חדשה המבוססת על ספקטרומטריית מסה של תרכובת לכידה לזיהוי ואפיון ביוכימי של חלבונים קושרים c-di-GMP כמעט בכל מין חיידקים.

ספקטרומטריית מתחם מיסת לכידה - כלי רב עוצמה לזיהוי הרומן ג-di-GMP חלבונים מפעיל

פרוטוקול עבור פרופיל מטבולים של דגימות ביולוגיות על ידי ספקטרומטריית אלקטרופורזה-מסת נימים באמצעות עיצוב ממשק טיפ נקבובי sheathless מוצג.

Sheathless נימי אלקטרופורזה-ספקטרומטריית מסה עבור מטבולית Profiling של דגימות ביולוגיות

כאן, אנו מתארים assay כרומטוגרפי בשילוב עם ההפרדה ניידות יון של פפטיד מבשרי ואחריו ברזולוציה גבוהה (~ 30,000) MS-הזיהוי של פפטיד קטעים על כימות של פפטיד מחודדים הסטנדרטים של נוגדן חד שבטי תקציר.

וזמינותו HS-MRM עבור כימות של התא המארח חלבונים בחלבון ביופרמצבטיקה באמצעות כרומטוגרפיה נוזלית יון ניידות QTOF ספקטרומטר מסה

כאן נתאר שיטת תפוקה גבוהה למעקב סמים מקיף המאפשר רזולוציית משופרת וזיהוי של לוחות גדולים של סמים של התעללות מטבוליטים שלהם, עם בקרת איכות המבוססת על הזרקת multisegment-נים אלקטרופורזה-ספקטרומטריית.

מעקב סמים תפוקה גבוהה ומקיף באמצעות ספקטרומטר מסה אלקטרופורזה הזרקה-נימי Multisegment

פרוטוקול זה מתאר תפוקת יחיד של שיטות אנליטיות, טכנולוגיות משלימים לשיאה אפיון מלא-זוגי של חומר אורגני טבעי, פרוטאומיקס מיקרוביאלית של מערכות אקולוגיות. גישה זו מאפשרת השוואות חזקים לזיהוי מסלולים מטבוליים והעתקות חשוב המתאר הפקת גז חממה, חיזוי תגובות השינוי הסביבתי.

יחיד-תפוקה משלימים שיטות אנליטיות ברזולוציה גבוהה עבור אפיון תערובות מורכבות חומר אורגני טבעי

תיוג איזוטופי משולב ותיוג איזובארי (cPILOT) היא אסטרטגיית מולטיפלקס מדגימה משופרת המסוגלת להגדיל את מספר הדגימות שניתן לנתח בו-זמנית עם תגיות איזובריות זמינות. התאגדות של פלטפורמה רובוטית הגדילה מאוד את התפוקה הניסיונית, הרבייה והדיוק הכמותי.

מולטיפלקס לדוגמה אוטומטי באמצעות תיוג איזוטופי משולב מקדים ותיוג איסוברי (cPILOT)

ארגינין חלבון (R)-מתילציה הוא שינוי פוסט-תרגומי נרחב המווסת מסלולים ביולוגיים מרובים. ספקטרומטריית מסות היא הטכנולוגיה הטובה ביותר ליצירת פרופיל עולמי של R-מתיל-פרוטאום, כאשר היא משולבת לגישות ביוכימיות להעשרת פפטידים מותאמים. תהליך העבודה המיועד לזיהוי בביטחון גבוה של מתילציה גלובלית של R בתאים אנושיים מתואר כאן.

גישה פרוטאומיקה מבוססת ספקטרומטריית מסות לניתוח R-מתילציה של חלבונים גלובליים ובביטחון גבוה

תהליך עבודה אנליטי המבוסס על כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטריית ניידות יונים לכודים וספקטרומטריית מסה של זמן טיסה (LC-TIMS-ToF MS/MS) לביטחון גבוה וניתוח "מלמטה למעלה" בעל יכולת שחזור גבוהה של שינויים וזיהוי של היסטון בהתבסס על פרמטרים עיקריים (זמן שמירה [RT], חתך התנגשות [CCS] ויחס מסה למטען מדויק [m/z]).

בדיקת שינוי היסטון באמצעות כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטריית ניידות יונים לכודים וספקטרומטריית מסה בזמן טיסה

חקור פרופיל של מתיל טרנספראזות מתערובות חלבונים מורכבות באמצעות ספקטרומטריית מסה לכידה (CCMS). השיטה משתמשת בתרכובות לכידה תלת-פונקציונליות עם SAH כדי לבודד ולזהות חלבוני מטרה מליזט תאי E. coli.

פרופיל של Methyltransferases ועל אחרים S-Adenosyl-_L-הומוציסטאין מחייב חלבונים על ידי ספקטרומטריית מתחם המיסה לכידה (CCMS)

גלה סרטונים נוספים