חשיפת קהילה חיידקית אורלית סינתטית לשלבי עיכול מדומים

התחל עם צינור המכיל קהילה חיידקית סינתטית הנפוצה בפה האנושי.

הוסף נוזל רוק מדומה המכיל מוצין, גליקופרוטאין ואנזים α-אמילז כדי לחקות את הסביבה הפה, ואז דגר עם ניעור.

החיידקים מתקשרים עם המוצין, שמעודד הצטברות, בעוד α-אמילז משכפל את תנאי הרוק האנזימטיים.

אסוף דגימה.

לאחר מכן, הכנס נוזל קיבה מדומה עם מוסין ב-pH חומצי כדי לדמות את סביבת הקיבה, ולדגור עם רעידות.

התנאים החומציים הורגים מיני חיידקים רגישים לחומצה, אך מינים עמידים לחומצה ומצופים מוצין ועמידים מעט לחומצה שורדים.

אסוף דגימה נוספת.

לבסוף, הוסיפו נוזל מעי מדומה המכיל ביקרבונט ומלחים פיזיולוגיים. תדגר עם רעידות.

הסביבה העשירה במלח גורמת ללחץ יוני, שמפריע לממברנת החיידקים ומפחית את החיוניות.

אסוף דגימה סופית.

כל שלוש הדגימות לאחר הסימולציה מוכנות כעת להערכת כחיות חיידקים.

כדי לדמות עיכול דרך הפה, העבר 3 מיליליטר מהקהילה החיידקית לצינור סטרילי בנפח 50 מיליליטר, וערבב עם 3 מיליליטר של נוזל רוק מדומה או SSF.

הוסיפו 75 יחידות למיליליטר של אלפא-עמילאז מרוק אנושי מסוג 9A ושני גרם לליטר של מוצין מקיבה חזיר סוג 2. דגרו את התערובת בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס ו-100 סל"ד למשך שתי דקות. אסוף דגימה של 2 מיליליטר לצורך חילוץ DNA וכימות ציטומטריית זרימה.

כדי לדמות עיכול קיבה, הוסף 4 מיליליטר של נוזל קיבה מדומה או SGF ל-3 מיליליטר של החיידק. השתמש ב-HCl אחד לטוחן כדי לכוון את ה-pH ל-3 במידת הצורך. דגור את הדגימה בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס ו-100 סל"ד למשך שתי דקות.

אחר כך אסוף דגימה של 2 מיליליטר. לעיכול במעי הדק, הוסף 4 מיליליטר של נוזל מעי מדומה או SIF לחיידקים. השתמש בנתרן הידרוקסיד כדי לכוון את ה-pH במידת הצורך.

לאחר מכן דגרו את הדגימה בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס ו-100 סל"ד למשך שתי דקות, ואספו דגימה של 2 מיליליטר.