השראה של שכפול ליטי של פרופאג' לצורך אנליזה טרנסקריפטומית

התחילו עם תרבית חיידקים הנושאת גנום של פרופאג' משולב המודכא על ידי חלבון רפרסור של הפאג', ובכך נשמר שלב ליסוגני רדום.

הוסיפו משרה והדגירו באינקובציה עם ניעור כדי לעורר עקה תאית.

העקה התאית מעוררת פיצול עצמי (autocleavage) של חלבון המדכא, מה שמאפשר לפרופאג לעבור מליסוגניה לשכפול ליטי.

ה-DNA של הפרופאג נגזר מהגנום הבקטריאלי ומבצע שעתוק רצפי של גנים רגולטוריים מוקדמים, גנים לשכפול DNA של השלב האמצעי, וגנים מבניים וגני ליזיס מאוחרים.

העבר את התרבית לנפח גדול של מצע כדי לדלל את המשרה (inducer) והדגר כדי לאפשר התאוששות של התאים.

במרווחי זמן מוגדרים, הוסיפו תמיסת עצירה כדי להפסיק את התעתוק ולשמר את פרופיל ה-RNA בתאי החיידקים.

סבב את התרבית בצנטריפוגה והשלך את הנוזל העליון (supernatant). השהה מחדש את התאים, העבר את התרחיף לשפופרת קטנה, וסבב בצנטריפוגה.

הסר את העליון והקפא במהירות את המשקע כדי לשמור על שלמות ה-RNA.

לבסוף, הוסיפו ריאגנט למיצוי RNA והומוגניזרו כדי לפרק את התאים. הדגימה מוכנה לבידוד RNA ולניתוח טרנסקריפטומי לאחר מכן.

בשלב הבא, הוסיפו norfloxacin בריכוז סופי של 1 µg·mL⁻¹ לבקבוק המסומן כ"מושרה" (induced) המכיל 80 mL של תרבית. ערבבו היטב והדגירו ב-37 °C עם ניעור ב-180 RPM למשך שעה אחת. אפשרו לתאים להתאושש על ידי הוספת 80 mL של תרבית מושרה ל-720 mL של LB. אספו את התאים הבקטריאליים מכל בקבו