Name: תפוקה גבוהה הקרנת ו biosensing עם פלורסנט ג elegans מתחים (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-05-19T13:00:00.000+00:00
Duration: 14 min 53 s
Description: למד שיטה לסקרנות גבוהה-תפוקה ב-C. elegans לזיהוי מזהמים סביבתיים ומודולטורים של מסלולים תעתיקיים באמצעות דוחפים פלואורסצנטיים כפולים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

סי אלגנס transgenes סופקו על ידי גנטיקה Caenorhabditis מרכז (אוניברסיטת מינסוטה, במיניאפוליס, מינסוטה). עבודה זו נתמכה על ידי NIH R21 מענק NS0667678-01 ל KS. כל המחברים שהשתתפו באוסף, ניתוח ופרשנות של נתונים. CKL, KS, ו KPC השתתפו בכתב לתיקון כתב היד.

1. הכנת מזון תולעת חיידקי יום 1 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 5 מ"ל של E. רווי coli OP50 התרבות חיידקים ל -500 מ"ל מרק נהדר בתוספת סטרפטומיצין מיקרוגרם / מ"ל ו - 50 לגדול חממה רועד (225 סל"ד) לילה בשעה 37 ° C. </li></ol> יום 2 <ol start="2" style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיצול התרבות חיידקים לילה לעשרה צינורות 50 מ"ל חיידקים צנטריפוגות בצנטריפוגה בקירור ב RCF 2500 במשך 20 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> למזוג את המרק LB ו resuspend כל גלולה חיידקי 10 מ"ל של נוזל צמיחה התקשורת נמטודות (NGM). Shake אופקית רצפה שייקר במשך 15 דקות כדי resuspend את החיידקים. כדי להפוך את המאגר NGM, להוסיף 3 גרם NaCl למים 1 L החיטוי deionized ו. מצננים 55 ° C ולהוסיף כדי הפתרונות סטרילי הבאים: 1 מ"ל של 1 M CaCl 2, 1 מ"ל של 1 M MgSO 4, 25 מ"ל של M 1 פוספט אשלגן, 6.0 pH. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צנטריפוגה התרבות חיידקים בצנטריפוגה בקירור ב RCF 2500 במשך 20 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> למזוג את החיץ NGM ולשקול את גלולה חיידקי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף נפח שווה של חיץ NGM כדי resuspend את כדורי, aliquot 3 מ"ל של חיידקים להתרכז לתוך צינורות 15 מ"ל, ולאחסן ב -20 ° C. </li></ol> 2. בקנה מידה גדול C. elegans נוזלי תרבות אנו משתמשים בקו מהונדס VP596 (dvIs19 [pAF15 (GST-4:: GFP: NLS)]; vsIs33 [DOP-3: RFP]) נושא שני מבנים ניאון: Pgst -4: 14-GFP כדי לפקח SKN-1 פעילות Pdop-3: 17 RFP לשמש תקן לנורמליזציה מספר התולעת. יום 1 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מערבבים 150 מ"ל NGM חיץ, 1.5 מ"ל מרק LB, 150 μl של כולסטרול מ"ג / 5 מ"ל (ב אתנול), וכן 75 μl של סטרפטומיצין מ"ג / 100 מ"ל. מסנן לעקר את התערובת ולהוסיף בבקבוק סטרילי 1 ליטר. הערה: הוספת מרק LB 1% למאגר NGM מסייעת במניעת תולעים מן דבק זכוכית plasticware, אך סכום זה אינו מספיק כדי לתמוך בצמיחה חיידקים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סנכרון עם תולעים ההליך hypochlorite תקן 18. עד 0.5 מ"ל של תולעים הרה להולדת יכול להיות מעובד בצינור יחיד 15 מ"ל עם 5 מ"ל של תמיסת hypochlorite (3.75 מ"ל מים סטריליים, 1 מ"ל אקונומיקה הבית, 250 μl 10 N NaOH). לשטוף את הביצים שוחרר עם מים סטריליים resuspend אותם 10 מ"ל של חיץ NGM. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מדולל מדגם של 100 ביצים לקפל NGM חיץ (למשל, 100 מ"ל ב μl 10), לספור את מספר ביצים בשלושה 5 aliquots נפרד μl. מספר ממוצע של 200,000 (100 גורם לדילול x 2000) כדי להעריך את המספר הכולל של ביצים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 200,000 ל -2 מיליון ביצים בקבוק עם חיץ NGM ולנער את התרבות בסל"ד 100 ב 20 ° C. </li></ol> יום 2 <ol start="5" style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לפחות 16 שעות לאחר הוספת ביצים הבקבוק, השתמש pipet סרולוגיות סטרילי כדי להסיר כ 0.5 מ"ל של התרבות תולעת תנאי. Three Pipet 5 טיפות μl על המכסה סטרילית של בצלחת פטרי. מניחים את המכסה ב -20 ° C במקפיא במשך 1-2 דקות כדי לשתק את התולעים. הרוזן המספר הממוצע של תולעים בקעו חיים לכל 5 μl ולאחר מכן על ידי מספר 30000 (150 מ"ל / 5 μl) כדי להעריך את המספר הכולל של התולעים בקעו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפשרה הצינור של התרבות חיידקי OP50 קפוא (1.6 פרוטוקול) ולהוסיף 3 מ"ל של 50% OP50 בתרבות תולעת לכל 500,000 התולעים בקעו. לנער את הבקבוק על סל"ד 100 ב 20 ° C. תולעים תתפתח הזחלים L4 וצעירים כ 51 שעות. OD600 של חיידקים יש על 2.200 בהתחלה. צג את כמות החיידקים על ידי ספיגת ולהוסיף עוד אם OD 600 יורד מתחת 0.900. </li></ol> 3. תולעת איסוף מחלק יום 4 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש pipet סרולוגיות סטרילי להעביר כ 0.5 מ"ל של התרבות תולעת מושעה עד צלחת NGM תקן אגר. הצג את התולעים עם stereomicroscope לוודא כי רוב L4 או זחלים צעירים. L4 הזחלים יהיה מקום ברור הגחון באמצע הגוף. לצעירים יהיה מעט גדול יותר לא יהיה מקום ברור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים את תרבות תולעת לתוך צינורות 50 מ"ל סטרילי והמקום צינורות במעמד מבחנה על benchtop. אפשר התולעים להסתפק בערך 10 דקות. הסר את supernatant על ידי שאיפה או pipetting. הערה: שלב זה יכול להיות חשוב להסיר ביצים שלא נתבקעה או תולעים שלא לפתח, כי הם יסתפקו איטי יותר L4 הזחלים ומבוגרים צעירים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאסוף את כל התולעים לתוך צינור שטיפה 50 מ"ל יחיד עם חיץ NGM עם מרק LB 1% (LB NGM +) 3-4 פעמים כדי להסיר את החיידקים. הערה: זה נעשה כמיטב ידי איסוף תולעים בבית RCF 500 למשך 30 שניות והחלפת supernatant עם NGM טרי + חיץ LB בצנטריפוגה מתנדנד, דלי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר כביסה, למלא את הצינור עם NGM + חיץ LB כדי מ"ל 50 ויוצקים לתוך בקבוק תולעת אישית מחלק. הוספת בר קטן מערבבים ומערבבים כדי לשמור על התולעים על תנאי. ספירת המספר דואר של תולעים בשלוש 5 טיפות μl כפי שצוין לעיל. מדולל עם LB + NGM עד שאתה מקבל 12-15 תולעים לכל טיפת 5 μl (~ 2.5-3.0 תולעים / μl). הערה: מינימום של כ -20 מ"ל (60,000 תולעים), יש צורך למלא את החלל המת של הבקבוק מחלק קלטת מנפק. כל צלחת 384 גם דורש כ -35,000 תולעים או 11.5 מ"ל של תולעים תנאי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> טעינת קלטת 10 מחלק μl ו לעקר ידי תחול עם אתנול 70%. שטפו את אתנול על ידי תחול עם מים סטריליים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנס את הקצה של הקלטת מחלק לתוך הבקבוק כך שיהיה בדיוק מעל הבר ומערבבים מבלי לשבש את התנועה. ודא כי את התולעים נשארים תלויים ברחבי הבקבוק כולו. תוכנית מנפק לוותר במהירות נמוכה עם 2 טרום פולסים. הממשלה לרוץ לפחות 10 מ"ל של תולעים תנאי. מלא צלחות הצורך במהירות כדי למנוע את התולעים להתיישב בצינור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חותם את הצלחות עם הקלטת לנשימה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מקמי את הצלחות על פלטפורמה רועד באינקובטור בטמפרטורה המתאימה assay שלך. אל ערימת הצלחות. </li></ol> 4. Fluorescence ניתוח <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את הצלחת לתוך היעד קורא microplate כדי למדוד את עוצמת הקרינה של כל אחד גם עם הגל הפליטה עירור המתאים (מסננים assay שלנו: GFP 485/20ex 528/20em; RFP 540/25ex 590/35em). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חישוב יחס ה-GFP / RFP ו לנרמל עם הקריאה של בארות הביקורת (ללא הפעלת המתחם) כדי לקבוע את ההבדל פי המדויק של עוצמת הקרינה נגזר טיפולים בודדים. </li></ol> 5. נציג תוצאות: SKN-1 שלנו assay משתמש זן משולב chromosomally כתב כפול (VP596). כפי שמוצג באיור 1, מספר תולעים קשורה גם לנפח לוותר. כפי שמוצג איורים 2 א ו -2, GFP סך הקרינה לכל RFP גם הוא לשחזור מאוד מבאר לבאר פני צלחת 384 באר. כפי שניתן לראות בתרשים 2C, un-Induced Pgst-4: על פני 384 בארות RFP: GFP הקרינה קשורה באופן ליניארי על Pdop-3:. כאשר כפי שבאה לידי ביטוי ביחס של ה-GFP / RFP, הקרינה הופך לשחזור מאוד מבאר לבאר פני צלחת 384 באר (השוו מקדם השונות של איור 2D ל 2A) להדגים את היכולת של Pdop-3:: כתב RFP להפחית השתנות. כפי שמוצג באיור 3, הגיוס של קרוב ל GFP RFP עם SKN-1 הפעלת xenobiotic (38 מיקרומטר juglone) היא חזקה מאוד לשחזור פני צלחת 384 באר. <img src="/files/ftp_upload/2745/2745fig1.jpg" alt="איור 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="איור 1"> באיור 1. מספר תולעים לעומת נפח לוותר. תולעים היו מדולל כדי 2/μl כ וויתר לתוך צלחת 24 באר ספירה ידנית עם stereomicroscope. N = 8 בארות לפי נפח. <img src="/files/ftp_upload/2745/2745fig2.jpg" alt="איור 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="איור 2"> איור 2. פלואורסצנטי סך של תולעים לוותר לתוך צלחת 384 היטב ניתנת לשחזור. תולעים היו מדולל ל μl 2.5/μl כ ו 30 היה לוותר גם לתוך כל צלחת של 384 באר. GFP (א) ו - RFP (ב) הקרינה של כל הבארות היה מקדם השונות מתחת ל -9%. (ג) ה-GFP הקרינה קשורה מאוד RFP פלואורסצנטי. (ד) חישוב יחס ה-GFP כדי RFP הפחית את מקדם השונות אל מתחת ל -6% (A, B, ו-D) קווי מוצק לציין את האמצעים קווים שבורים לציין שלוש סטיות תקן מעל או מתחת מתכוון. <img src="/files/ftp_upload/2745/2745fig3.jpg" alt="איור 3" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="איור 3"> . איור 3 הפעלה של Pgst-4:: ה-GFP היא איתנה ועקבית. כ -75 L4 תולעים היו לוותר על כל הבארות של צלחת 384 באר juglone 38 מיקרומטר נוספה בכל טור אחרים. GFP ו RFP הקרינה נמדדה לאחר 21 שעות של דגירה. יחס ממוצע הקרינה היחסית של כל בקרה (1.0) ו juglone בארות (8.9) מסומנים קווי מוצק. שלוש סטיות תקן מעל לשלוט אומר ומתחת מתכוון juglone מסומנים קווים שבורים.

<ol><li>Simeonov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+high-throughput+screen+identifies+inhibitors+of+the+Schistosoma+mansoni+redox+cascade%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Negl+Trop+Dis%22%5BJournal%5D)">Quantitative high-throughput screen identifies inhibitors of the Schistosoma mansoni redox cascade.</a> PLoS Negl Trop Dis. 2, e127-e127 (2008).</li>
<li>Giacomotto, J., Segalat, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+screening+and+small+animal+models%2C+where+are+we%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">High-throughput screening and small animal models, where are we.</a> Br J Pharmacol. 160, 204-216 (2010).</li>
<li>Artal-Sanz, M., de Jong, L., Tavernarakis, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans%3A+a+versatile+platform+for+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans: a versatile platform for drug discovery.</a> Biotechnol J. 1, 1405-1418 (2006).</li>
<li>WormBase [Internet]. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.wormbase.org">http://www.wormbase.org</a> (2012).</li>
<li>An, J. H., Blackwell, T. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SKN-1+links+C.+elegans+mesendodermal+specification+to+a+conserved+oxidative+stress+response%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">SKN-1 links C. elegans mesendodermal specification to a conserved oxidative stress response.</a> Genes Dev. 17, 1882-1893 (2003).</li>
<li>Choe, K., Przybysz, A., Strange, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+WD40+repeat+protein+WDR-23+functions+with+the+CUL4%2FDDB1+ubiquitin+ligase+to+regulate+nuclear+abundance+and+activity+of+SKN-1+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The WD40 repeat protein WDR-23 functions with the CUL4/DDB1 ubiquitin ligase to regulate nuclear abundance and activity of SKN-1 in Caenorhabditis elegans.</a> Mol Cell Biol. 29, 2704-2715 (2009).</li>
<li>Hasegawa, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acrylamide-responsive+genes+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol.+Sci%22%5BJournal%5D)">Acrylamide-responsive genes in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Toxicol. Sci. 101, 215-225 (2008).</li>
<li>Tullet, J. M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+inhibition+of+the+longevity-promoting+factor+SKN-1+by+insulin-like+signaling+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Direct inhibition of the longevity-promoting factor SKN-1 by insulin-like signaling in C. elegans.</a> Cell. 132, 1025-1038 (2008).</li>
<li>Oliveira, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Condition-adapted+stress+and+longevity+gene+regulation+by+Caenorhabditis+elegans+SKN-1%2FNrf%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">Condition-adapted stress and longevity gene regulation by Caenorhabditis elegans SKN-1/Nrf.</a> Aging Cell. , Forthcoming (2009).</li>
<li>Park, S. -K., Tedesco, P. M., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+stress+and+longevity+in+Caenorhabditis+elegans+as+mediated+by+SKN-1%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">Oxidative stress and longevity in Caenorhabditis elegans as mediated by SKN-1.</a> Aging Cell. 8, 258-269 (2009).</li>
<li>Hayes, J. D., McMahon, M., Chowdhry, S., Dinkova-Kostova, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+chemoprevention+mechanisms+mediated+through+the+Keap1-Nrf2+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Antioxid+Redox+Signal%22%5BJournal%5D)">Cancer chemoprevention mechanisms mediated through the Keap1-Nrf2 pathway.</a> Antioxid Redox Signal. , (2010).</li>
<li>Kwak, M. K., Kensler, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+NRF2+signaling+for+cancer+chemoprevention%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Appl+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">Targeting NRF2 signaling for cancer chemoprevention.</a> Toxicol Appl Pharmacol. 244, 66-76 (2010).</li>
<li>Leiser, S. F., Miller, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nrf2+signaling%2C+a+mechanism+for+cellular+stress+resistance+in+long-lived+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Nrf2 signaling, a mechanism for cellular stress resistance in long-lived mice.</a> Mol Cell Biol. 30, 871-884 (2010).</li>
<li>Link, C. D., Johnson, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reporter+transgenes+for+study+of+oxidant+stress+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Reporter transgenes for study of oxidant stress in Caenorhabditis elegans.</a> Methods Enzymol. 353, 497-505 (2002).</li>
<li>Vanduyn, N., Settivari, R., Wong, G., Nass, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SKN-1%2FNrf2+inhibits+dopamine+neuron+degeneration+in+a+Caenorhabditis+elegans+model+of+methylmercury+toxicity%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Sci%22%5BJournal%5D)">SKN-1/Nrf2 inhibits dopamine neuron degeneration in a Caenorhabditis elegans model of methylmercury toxicity.</a> Toxicol Sci. , (2010).</li>
<li>Hasegawa, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+inexpensive+method+to+screen+for+common+foods+that+reduce+the+action+of+acrylamide%2C+a+harmful+substance+in+food%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Lett%22%5BJournal%5D)">A rapid and inexpensive method to screen for common foods that reduce the action of acrylamide, a harmful substance in food.</a> Toxicol Lett. 175, 82-88 (2007).</li>
<li>Chase, D. L., Pepper, J. S., Koelle, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanism+of+extrasynaptic+dopamine+signaling+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Mechanism of extrasynaptic dopamine signaling in Caenorhabditis elegans.</a> Nature Neuroscience. 7, 1096-1103 (2004).</li>
<li>Hope, I. A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHope%2C+IA+%22C.+elegans%2C+a+Practical+Guide%22">C. elegans, a Practical Guide</a>. , Oxford University Press. (2005).</li>
<li>Pulak, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Techniques+for+analysis%2C+sorting%2C+and+dispensing+of+C.+elegans+on+the+COPAS+flow-sorting+system%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Techniques for analysis, sorting, and dispensing of C. elegans on the COPAS flow-sorting system.</a> Methods Mol Biol. 351, 275-286 (2006).</li>
</ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

אנו מציגים שיטה culturing מחלק מספר גדול של נמטודות מהונדס. הציוד המשמש תולעים culturing הוא סטנדרטי עבור מעבדות ביצוע שיבוט מולקולרי והטיפול נוזלי וציוד הקרינה הוא סטנדרטי עבור מעבדות לעיבוד כמויות גדולות של microplates. שיטות אחרות של מחלק מספר גדול של חיים ג elegans דורשים החלקיקים מיון ציוד יקר 19. Pgst-4:: assay GFP יכול לשמש המסך מאפננים מולקולה קטנה של גורמים צווארון &#39;n&#39; כובע שעתוק לזהות מזהמים xenobiotic ו חמצון בדגימות סביבתיו...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> שם מגיב </th><th> חברה </th><th> מספר קטלוגי </th><th> הערות (אופציונלי) </th></tr><tr><td> LB מרק </td><td> מחקר מוצרים אינטרנשיונל קורפ </td><td> L24066 </td><td></td></tr><tr><td> מרק נהדר </td><td> מחקר מוצרים אינטרנשיונל קורפ </td><td> T15100 </td><td></td></tr><tr><td> Synergy ™ Multi-HT מצב microplate Reader </td><td> BioTek </td><td></td><td> מסננים: GFP 485/20ex 528/20em; RFP 540/25ex 590/35em </td></tr><tr><td> MicroFlo Dispenser בחר </td><td> BioTek </td><td></td><td></td></tr><tr><td> תולעת מחלק צפחת </td><td> דרום מדעי Inc, Micanopy, פלורידה </td><td></td><td> אישית התאספו (352) 284-2531 </td></tr><tr><td> 384 microplates </td><td> גריינר Bio-One </td><td> 5678-1209 </td><td></td></tr><tr><td> איטום לנשימה קלטת </td><td> Nunc </td><td> 241205 </td><td></td></tr><tr><td> (5-hydroxy-p-naphthoqinone) Juglone </td><td> Acros </td><td> 121640010 </td><td> Juglone מומס DMSO </td></tr><tr><td> DMSO </td><td> סיגמא אולדריץ </td><td> D-5879 </td><td></td></tr><tr><td> C. elegans זן מהונדס </td><td> מחבר של המעבדה </td><td> VP596 </td><td> Pgst-4:: GFP ו Pdop-3: RFP </td></tr></tbody></table>

תפוקה גבוהה הקרנת ו biosensing עם פלורסנט ג elegans מתחים

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

תפוקה גבוהה ההקרנה (HTS) היא גישה חזקה לזיהוי מאפננים כימיים של תהליכים ביולוגיים. עם זאת, תרכובות רבות שזוהו באמצעות מסכי התרבות מודלים התא נמצאים לעתים קרובות להיות רעילים או פעילים פרמקולוגית in vivo 1-2. הקרנת במודלים של בעלי חיים שלם יכול לעזור למנוע מהמלכודות הללו ולייעל את הדרך לפיתוח תרופות. סי אלגנס הוא אורגניזם מודל תאיים גם מתאים HTS. הוא קטן (&lt;1 מ&quot;מ) יכול להיות מתורבת כלכלית לוותר על נוזלים. ג elegans הוא גם אחד במודלים של בעלי חיים הכי ממושמע בניסוי המאפשר זיהוי מהיר ומפורט של התרופה למצב של פעולה 3. אנו מתארים פרוטוקול עבור culturing מחלק זנים הניאון של C. elegans להקרנה תפוקה גבוהה של ספריות כימי או זיהוי של מזהמים סביבתיים אשר משנים את הביטוי של גן מסוים. כמות גדולה של תולעים מסונכרן התפתחותית גדלים בתרבות נוזלי, שנקטפו, התרחצתי, תלוי בצפיפות מוגדר. תולעים מתווספים ואז שחור, השטוחה 384 גם באמצעות צלחות מנפק נוזל peristaltic. מולקולות קטנות מספריית כימיים או דגימות הבדיקה (למשל, מזון, מים או אדמה) ניתן להוסיף בארות עם תולעים. In vivo, בזמן אמת, עוצמת הקרינה נמדדת עם הקורא microplate פלואורסצנטי. שיטה זו יכולה להיות מותאמת לכל גן ועין מתנהלת ב C. elegans עבורו כתב מתאים זמין. הלחץ ועין מתנהלת הרבה מסלולים תעתיק התפתחותיים מוגדרים היטב ב C. elegans ו-GFP זנים מהונדס כתב כבר קיים עבור רבים מהם 4. בשילוב עם הכתבים מהונדס מתאים, השיטה שלנו יכולה לשמש מסך עבור מאפננים מסלול או לפתח מבחני biosensor חזקים מזהמים סביבתיים. אנו מדגימים C. שלנו elegans תרבות מחלק פרוטוקול עם assay HTS שפיתחנו כדי לפקח על C. &#39;n&#39; אלגנס כובע גורם שעתוק צווארון SKN-1. SKN-1 ו Nrf2 יונקים שלה homologue להפעיל גנים cytoprotective במהלך סטרס חמצוני xenobiotic 5-10. Nrf2 מגן יונקים מגיל בהפרעות הקשורות רבות כגון סרטן, ניוון מוחיים, דלקת כרונית הפכה ליעד מרכזי כימותרפיות 11-13. Assay שלנו מבוססת על עיתונאי ה-GFP מהונדס עבור SKN-1 היעד הגן GST -4 14, אשר מקודד גלוטתיון-s 6 transferase. הכתב GST -4 גם biosensor כימיקלים xenobiotic ו חמצוני כי להפעיל SKN-1 והוא יכול לשמש כדי לזהות רמות נמוכות של מזהמים כגון acrylamide ו-מתיל כספית 15-16.

הליך culturing נוזלי מבוסס מחלק של<em&gt; ג elegans</em&gt; זני לבטא חלבונים כתב ניאון מתואר כי אינו דורש ציוד יקר מיון. גישה זו ניתן להחיל ועין מתנהלת רבים<em&gt; ג elegans</em&gt; גנים לגילוי סמים או biosensing של מזהמים.

סריקה בthroughput גבוה (HTS) היא גישה רבת עוצמה לזיהוי מודולטורים כימיים של תהליכים ביולוגיים. עם זאת, תרכובות רבות שזוהו ב...

סרטון זה מדגים שיטה לתרבית ולהגשה של זנים פלואורסצנטיים של CL gans לסריקה בשקיפות גבוהה של ספריות כימיות או לגילוי מזהמים סביבתיים, במטרה להעריך את ההשפעה של חומרים כימיים או גורמים סביבתיים על פעילות של חלבונים ספציפיים. ב-CL elgan, תרבייות חיידקים מוכנות תחילה כמזון עבור התולעים, ולאחר מכן מגדלים תולעים טרנסגניות ל-GFP באופן מסונכרן.לאחר מכן אוספים, שוטפים ומחלקים בין 0.5 ל-2 מיליון תולעים לתוך 3 פלטות מיקרוטיטר בעלות 84 בארות, ואז מוסיפים לתולעים מולקולות קטנות מספריית כימיקלים או דגימות בדיקה כגון מים, מזון או קרקע. לבסוף, נמדדת הפלואורסצנציה של התולעים באמצעות קורא פלטות מיקרו.ניתוח נתונים של עצימויות פלואורסצנציה חושף מולקולות קטנות המודולות מסלולים שעתוקיים הניתנים להשראה או מאפשרות זיהוי של מזהמים סביבתיים. היתרון המרכזי של טכניקה זו על פני שיטות קיימות, כגון בדיקות in vitro ובדיקות המבוססות על תרביות תאים, הוא שלא יבוזבז זמן על תרכובות רעילות או שאינן פעילות in vivo. שיטה זו, בעלת תפוקה גבוהה, יכולה לסייע בזיהוי מולקולות קטנות המודולות מסלולים הניתנים להשראה מגוונים.למרות שפיתחנו שיטה זו לסריקה בשקיפות גבוהה של ספריות מולקולות קטנות, ניתן ליישם אותה גם לביו-חישה של מזהמים במזון ובדגימות סביבתיות. את ההליך ידגימו אנדרו דיין, טכנאי במעבדה שלי, וקו לונג, פוסט-דוקטורנט במעבדה שלי. הכינו את מזון התולעים הבקטריאלי מראש.התחל בהדבקת 500 מיליליטר של terrific broth, המועשר ב-50 מיקרוגרם למילליטר של streptomycin, עם חמישה מיליליטר של e coli. OP 50 רווי. הנח את התרבית על שייקר וגדל אותה למשך לילה ב-37 °C.ביום למחרת, חלק את התרבית ל-10 מבחנות של 50 מיליליטר. לאחר מכן, הנח את המבחנות בצנטריפוגה מקוררת וסובב במהירות של 2,500 RCF למשך 20 דקות. לאחר הסבוב, השעה כל משקע חיידקי ב-10 מיליליטר של מצע גידול נומטודות נוזלי או NGM.נער את התרחיפים באופן אופקי. השתמש במנער רצפה במשך 15 דקות כדי להשעות מחדש את החיידקים. לאחר מכן, סבב את תרבית החיידקים בצנטריפוגה ב-2,500 RCF בטמפרטורה של ארבע מעלות Celsius למשך 20 דקות.שפכו את ה-NGM ושקלו את משקע החיידקים. לאחר מכן, הוסיפו נפח שווה של באפר NGM ותלו את המשקעים על ידי ערבוב ב-vortex. לבסוף, חלקו שלוש מיליליטר של תרבית החיידקים התלויה למבחנות של 15 מיליליטר ואחסנו אותן במינוס 20 מעלות צלזיוס עד למועד השימוש.בהדגמה זו, יימדד כדוגמה השפעת הלוואת ה-Xeno Duke המשרה סטרס על גורם השעתוק Sskn one. Sskn one ידוע כמעגל של גנים ציטופרוטקטיביים במהלך סטרס חמצוני וסטרס זנובי. תרבית בקנה מידה גדול של שורת ה-Trenchgenic c gans VP 5 96, הנושאת שני מבנים פלואורסצנטיים, מוכנה.תולעים מסוג VP 5 96 מבטאות הן את מקדם GST four המניע את GFP, המשמש לניטור הפעילות של גורם השעתוק Sskn one, והן את מקדם DOP three המניע את RFP, המשמש כסטנדרט לנורמליזציה של מספר התולעים.DOP three הוא הפרומוטר של רצפטור דופמין, והוא מבוטא באופן קבוע בנוירונים ברחבי הגוף. בדוגמה זו, בהינתן שהקסנוביוטי מפעיל בעוצמה את sskn one ומגדיל את כמות ה-GFP המבוטא מהפרומוטר GS T four, להכנת התרביות יש להתחיל בשילוב של 150 milliliters של N NGM buffer, 1.5 milliliters של LB, 150 microliters של 1 molar כולסטרול ו-75 microliters של 100 milligrams per milliliter Streptomycin. הוספת ה-LB מסייעת במניעת הידבקות התולעים לזכוכית ולפלסטיק, אך כמות זו אינה מספיקה כדי לתמוך בצמיחת חיידקים.סננו את התערובת כדי לעקר אותה, לאחר מכן העבירו אותה לבקבוק מעוקר בנפח של ליטר אחד והניחו לבקבוק בצד כדי לאפשר את שחרור הביצים מהתולעים הבוגרות של GR. שטפו את החיידקים מהתולעים על ידי סבוב בצנטריפוגה והחלפה של מצע ה-NGM עד שהנוזל העליון (supernatant) יהיה צלול. שטפו את התולעים פעם שנייה על ידי השעיה במים סטריליים וסבוב נוסף בצנטריפוגה לאחר הסבוב.הסיר את העלון ומלא את המבחנה ב-3.75 milliliters של מים סטריליים. הוסף מיליליטר אחד של אקונומיקה ביתית ו-250 microliters של sodium hydroxide בריכוז 10 normal, וערבב מיד על ידי הפיכת המבחנה חמש עד שש פעמים. הנח את המבחנה ברוטטור לאחר שהתולעים נחשפו לאקונומיקה למשך ארבע דקות.הנח את הפשורה תחת מיקרוסקופ סטריאו. רוב הבוגרים אמורים להיות מלוייים. נער את הפשורה בעוצמה 15 עד 20 פעמים כדי לסייע בליס של תולעים בוגרות שנותרו; לאחר שהליס נמשך חמש דקות בסך הכל, הוסף מים סטריליים עד למילוי הפשורה.ערבבו על ידי הפיכה חמש עד שש פעמים כדי לאסוף את הביצים. סובבו את המבחנה בצנטריפוגה למשך דקה אחת ב-500 RCF. שטפו את הביצים שלוש פעמים על ידי השהיה (Resus), ערבוב ב-10 milliliters של מים סטריליים, סבוב בצנטריפוגה והסרה של הנוזל העליון.בשלב הבא, דללו מדגם של 100 µL של הביצים בדילול של 100 פעמים על ידי הוספה של 10 mL של בופר NGM. לאחר מכן, העבירו בעזרת פיפט שלוש מנות של 5 µL כל אחת על מכסה של צלחת פטרי תחת מיקרוסקופ. ספרו את מספר הביצים בשלוש מנות נפרדות של 5 µL.להערכת מספר הביצים הכולל, הוסיפו 200,000 עד 2 מיליון ביצים לבקבוק המכיל NGM buffer ונערה את התרבית במהירות של 100 RPM בטמפרטורה של 20 degrees Celsius. לפחות 16 שעות לאחר הוספת הביצים לבקבוק, השתמשו בפיפט סרולוגי סטרילי כדי להוציא כ-0.5 milliliters מתרבית התולעים התלויה.טפטפו באמצעות פיפט שלוש טיפות של 5 µL על המכסה הסטרילי של צלחת פטרי. הניחו את המכסה במקפיא של 20°C- למשך דקה עד שתי דקות כדי לשתק את התולעים. לאחר שהתולעים שותקו, ספרו באמצעות מיקרוסקופ סטריאו את מספר התולעים החיות שבקעו בממוצע ל-5 µL כדי להעריך את המספר הכולל.הפשיר את תרבית חיידקי ה-OP 50 הקפואה שהוכנה קודם לכן על ידי הנחתה על השולחן למשך מספר דקות. לאחר מכן, הוסף שלושה מיליליטר של 50% OP 50 לכל 500,000 תולעים שבקעו. נער את הבקבוק ב-100 RPM בטמפרטורה של 20 °C.התולעים יתפתחו ללרוה L4 ולשלבים של בוגרים צעירים תוך כ-51 שעות. יש לנטר את כמות הבקטריות לאורך כל תקופת הדגירה באמצעות בדיקה ויזואלית. יש להוסיף בקטריות אם המצע הופך לשקוף.השתמשו בפיפטה סרולוגית סטרילית כדי להעביר כ-0.5 milliliters של תרבית התולעים התלויה לצלחת אגר NGM סטנדרטית. בחנו את התולעים תחת מיקרוסקופ סטריאו כדי לוודא שמרביתן הן לרוות שלב L4 ומבוגרים צעירים; תחת מיקרוסקופיה בשדה בהיר (brightfield microscopy), ללרוות שלב L4 תהיה נקודה שקופה ונטרלית במרכז הגוף. מבוגרים צעירים יהיו מעט גדולים יותר ולא תהיה להם נקודה שקופה.בשלב הבא, העבירו את תרבית התולעים למבחנות סטריליות בנפח 50 מילילטר. הניחו את המבחנות במעמד למבחנות בתוך המנדף ואפשרו לביצים שלא בקעו או לתולעים שלא התפתחו לשקוע. אלו שוקעים לאט יותר מתולעים מפותחות.לאחר 10 דקות, הסירו את הנוזל העליון, המכיל תולעים שלא בקעו ולא התפתחו, באמצעות שאיבה. הוסיפו כ-10 milliliters של NGM buffer לכל משקע ותלו את התולעים על ידי סיבוב עדין של המבחנות. אספו את כל התולעים למבחנה אחת בנפח 50 milliliter. סובבו בצנטריפוגה עם סלסלה נתיבה (swinging bucket centrifuge) ב-500 RCF למשך 30 שניות.לאחר מכן, השהו מחדש את התולעים ב-50 מיליליטר של NGM עם 1% lb כדי לשטוף אותן. חזרו על פעולה זו, שטפו שלוש עד ארבע פעמים כדי להסיר את החיידקים לאחר השטיפה. מלאו את המבחנה בבופר NGM פלוס LB עד לנפח של 50 מיליליטר.שפכו זאת לתוך בקבוק חלוקה לתולעים בעיצוב מיוחד עם מגנט שכיול והניחו אותו על פלטת שכיול. נדרש נפח מינימלי של כ-20 milliliters או 60,000 תולעים כדי למלא את החלל המת בבקבוק החלוקה ובקסטת החלוקה. ספרו את מספר התולעים בשלוש טיפות של 5 µL כפי שהודגם בעבר.לאחר ספירה ב-NGM פלוס LB עד לריכוז של 12 עד 15 תולעים לטיפה של 5 µL, כל פלטת 84 בארות דורשת כ-35,000 תולעים או 11.5 mL של תולעים תלויות. טענו קסטת חלוקה של 10 µL למחלק ועקרו אותה על ידי הזרמה של 70% ethanol. שטפו את ה-ethanol על ידי הזרמה של מים סטריליים.הכנס את קצה קסית החלוקה לתוך הבקבוק כך שתהיה מעט מעל מוט הבחישה מבלי להפריע לתנועתו. ודא שהתולעים נשארות תלויות לאורך כל נפח הבקבוק. תכנת את מחלק התמיסות לחלוקת תולעים במהירות נמוכה עם שני פולסי הכנה (pre pulses) להפעלה, והזרק לפחות 10 milliliters של תרחיף תולעים.מלאו את פלטות המיקרוטיטר, שכבר צריכות להכיל את תרכובות הבדיקה, במהירות כדי למנוע מהתולעים לשקוע בתוך הצינוריות. בשלב זה יש להוסיף את תרכובת הבדיקה שהועמסה מראש על פלטת המיקרוטיטר. Glow. אטמו את הפלטות בסרט דביק נשמי כדי למנוע הצטברות אבק בבארות.הניחו את הפלטות על פלטפורמת ניעור בתוך אינקובטור בטמפרטורה המתאימה לבדיקה. אין לערום את הפלטות, שכן הדבר עלול להגביל את זרימת האוויר. הכניסו את פלטת המטרה לקורא מיקרופלטות כדי למדוד את עוצמת הפלורסצנציה של כל באר באורכי גל פליטה ועירור מתאימים.המסננים ששימשו עבור GFP הם עירור ב-485 ופליטה ב-528. המסננים עבור RFP הם עירור ב-540 ופליטה ב-590. לאחר קריאת הפלטה, חשב את היחס בין GFP ל-RFP ונרמל את התוצאות באמצעות הקריאות מהבארות של הביקורת, שאינן מכילות את התרכובת המפעילה, כדי לקבוע את ההבדל המדויק במכפלה (fold difference) של עוצמת הפלואורסצנציה הנובעת מטיפולים בודדים.בדיגת ה-SSKN המוצגת כאן משתמשת בדוח כפול המשולב כרומוזומית, זן שבו נספרו התולעים באופן ידני באמצעות מיקרוסקופ סטריאו. מספר התולעים נמצא במתאם עם הנפח שהועבר עם ערך R squared של 0.94 וערך p של פחות מ-0.0001. דבר זה מעיד על כך שניתן לשלוט במספר התולעים המועבר לכל באר באמצעות התאמת הנפח המועבר.פלואורסצנציית ה-GFP הכוללת לכל באר המוצגת משמאל ופלואורסצנציית ה-RFP לכל באר המוצגת מימין הן בעלות הדירות גבוהה בין באר לבאר בלוח של 384 באערים בדמויות אלו. סימני XS מציינים את הפלואורסצנציה היחסית שנמדדה בכל באר. קווים רצופים מציינים את הממוצעים וקווים מקווקווים מציינים שלוש סטיית תקן מעל או מתחת לממוצע הפלואורסצנציה של כל הבאערים, עם מקדם וריאציה נמוך מ-9%. כפי שמוצג בדמות זו, פלואורסצנציית GFP מהפרומוטור GST 4 נמצאת במתאם ליניארי עם פלואורסצנציית RFP מהפרומוטור DOP 3 על פני 384 באערים, עם ערך R squared של 0.62 וערך p נמוך מ-0.0001.לפיכך, ניתן להשתמש במדווח RFP שאינו בר-השראה כדי לנרמל את מדווח GFP בר-ההשראה. כאשר מדווח זה מתבטא, היחס בין פלואורסצנציית GFP לפלואורסצנציית RFP הופך לדליאביליטי גבוהה מאוד בין באר לבאר בלוח של 384 בארות.חישוב היחס בין GFP ל-RFP הפחית את מקדם השונות לפחות מ-6%, מה שמדגים את היכולת של הדו-פרומוטור RFP reporter להפחית שונות, כפי שמוצג כאן. ההשראה של GFP ביחס ל-RFP באמצעות חומר זנוביוטי המפעיל את SK N one היא חסונה ובעלת הדירות גבוהה על פני לוח 384 בארות; יחסי הפלואורסצנציה היחסיים הממוצעים של כל בארות הביקורת ובארות ה-due GLO מסומנים בקוים רציפים. שלוש סטיות תקן מעל ממוצע הביקורת ומתחת לממוצע ה-dlo מסומנות בקוים מקווקווים.לאחר רכישת המיומנות, ניתן להקים תרבית תולעים תוך כשעה ביום הראשון, ופעולות האיסוף והחלוקה של התולעים יכולים להיעשות תוך כשעתיים אם הן מבוצעות כראוי. בעת ביצוע פרוצדורה זו, חשוב לזכור להתחיל עם לפחות 60,000 תולעים ולהשריות אותן בזמן החלוקה. בעקבות פרוצדורה זו, ניתן לבצע סריקות אחרות, למשל, רכובים עבור מסלולים הקישוריים (inducible pathways) אחרים, במטרה לפתח מודולטורים למסלולים אחרים לאחר פיתוחה.טכניקה זו יכולה לסלול את הדרך לחוקרים בתחומי הסריקה בספיקה גבוהה (high throughput screening) ובחיישנים ביולוגיים לזיהוי מהיר של מודולטורים של מסלולים באמצעות מולקולות קטנות או לגילוי מזהמים סביבתיים. לאחר צפייה בסרטון זה, תהיה לכם הבנה טובה כיצד להכין תרביות, להעביר ולמדוד זני *elegans* פלואורסצנטיים לצורך סריקה בספיקה גבוהה של מסלולי שחבור הניתנים להשראה, או לבדיקת דגימות מרובות לאיתור מזהמים סביבתיים.

high-throughput-screening-biosensing-with-fluorescent-c-elegans

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

אנו מתארים שיטה רגיש לזהות הרגולטורים postembryonic של ביטוי חלבונים לוקליזציה...

RNAi הקרנת לזהות פנוטיפים Postembryonic ב ג elegans</em

כמותיים אוטומטי תפוקה גבוהה הגנום כולו RNAi המסכים ג elegans</em

מקור: Anderson, Q. L. et al. C. elegans Pathosystem בעל תפוקה גבוהה, תכולה גבוהה, מבוסס נוזל. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים שיטת סינון בעלת תפוקה גבוהה המשתמשת ב-Caenorhabditis elegans כדי לחקור הפלות גנים במהלך אינטראקציות מארח-פתוגן. הוא מתאר את הנוהל להכנת תולעי נוקדאון והעברתן ללוחות בדיקה כדי להעריך את ההשפעות של הרג תולעים הנגרמת על ידי פתוגנים.

בדיקה מבוססת נוזל Multiwell לסינון C. elegans Knockdowns

מקור: עלי, א., ואחרים. סקר בתפוקה גבוהה של מבודדים מיקרוביאליים עם השפעה על בריאות Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2022)הסרטון הזה מדגים בדיקה פלואורסצנטית בעלת תפוקה גבוהה להערכת האופן שבו חיידקי המעיים משפיעים על עמידות ללחץ ב-Caenorhabditis elegans. על ידי מעקב אחר פלואורסצנציה כחולה מגרגרי מעי שנקרעו, הבדיקה חושפת אותות מוות מוקדמים יותר בתולעים שנחשפו לחיידקי בדיקה.

בדיקה פלואורסצנטית בתפוקה גבוהה לחקר אינטראקציות בין מיקרואורגניזמים לתולעים

שיטת הערכת כמותית תגובת chemotactic...

Assay Chemotaxis סי אלגנס

פרוטוקול מתואר לזיהוי in vivo של השפעות של מעכבי מיטוכונדריה באורגניזם המודל Caenorhabditis elegans ולזיהוי תרכובות משפרות פוטנציאליות. ניתן להשתמש בפרוטוקול זה כדי לסנן ספריות תרופות עבור תרכובות המווסתות את תפקוד המיטוכונדריה.

Screenable<em&gt; In vivo</em&gt; Assay עבור מיטוכונדריאלי מאפנני שימוש הטרנסגניים Bioluminescent<em&gt; Elegans Caenorhabditis</em

כאן נתאר פרוטוקול פשוט להפקת במהירות מאות צמיחה נמטודות מדיה אגר, 96-ובכן תרבות צלחות עם מספרים עקביים של Caenorhhabditis elegans לכל טוב. תרבויות אלה שימושיים להקרנה פנוטיפי של אורגניזם שלם. אנו מתמקדים כאן באמצעות תרבויות אלה לכימיקלים מסך עבור אפקטים פרו-אריכות ימים.

שיטה פשוטה להקרנה כימי תפוקה גבוהה ב Caenorhabditis Elegans

כאן נתאר פרוטוקול הוא מתאקלם מהר, כל מחשב מארח, כלי סינון גבוהה-תוכן יכול להיות מנוצל כדי ללמוד אינטראקציות פתוגן-פונדקאי ולשמש לצורך גילוי תרופות.

תפוקה גבוהה, גבוהה-תוכן, בנוזל C. elegans Pathosystem

עבודה זו מתארת פרוטוקול של תפוקה חצי-גבוהה המאפשרת הדמיה בו של embryogenesis בזמן בו במהירות של 80-100 ס מ עוברים בריצה אחת ללילה. בנוסף, כלי עיבוד תמונה ופריטים חזותיים נכללים כדי לייעל את ניתוח הנתונים. השילוב של שיטות אלה עם זני כתבת מותאמים אישית מאפשר ניטור מפורט של embryogenesis.

שיטת דימות למחצה של תפוקה גבוהה וערכת כלי הדמיה של נתונים כדי לנתח את הפיתוח העובריים של ס. אלאנס

חיידקי מעיים עשויים להשפיע באופן חיובי או שלילי על בריאות המארח שלהם באמצעות מנגנונים ספציפיים או שמורים. Caenorhabditis elegans היא פלטפורמה נוחה לסינון עבור חיידקים כאלה. הפרוטוקול הנוכחי מתאר סינון בתפוקה גבוהה של 48 חיידקים מבודדים להשפעה על עמידות לעקה של נמטודה, המשמשים כפרוקסי לבריאות התולעים.

הקרנה בתפוקה גבוהה של מבודדים מיקרוביאליים עם השפעה על בריאות Caenorhabditis elegans

כאן אנו מספקים הוראות לשימוש יעיל ב-SegElegans, מערכת למידה עמוקה שפיתחנו לפילוח אוטומטי של תולעים בודדות בתמונות מיקרוסקופיה רחבות, לשימוש מאוחר יותר בתוכנות ניתוח תמונות כגון ImageJ. אנו מספקים דרכים להשתמש במערכת הן באופן מקוון והן באופן לא מקוון.

ניתוח אוטומטי של תמונות פלואורסצנטיות של C. elegans באמצעות SegElegans

למד שיטה לסקרנות גבוהה-תפוקה ב-C. elegans לזיהוי מזהמים סביבתיים ומודולטורים של מסלולים תעתיקיים באמצעות דוחפים פלואורסצנטיים כפולים.

תפוקה גבוהה הקרנת ו biosensing עם פלורסנט ג elegans מתחים

גלה סרטונים נוספים