$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
הפרעות CRISPR או CRISPRi, משתמשות בגרסה מושבתת של Cas9, dCas9, להשתקת גנים ממוקדת, המדכאת את תפקוד הגנים.
כדי לבצע CRISPRi, השתמש במבנה וקטור מעבורת - פלסמיד המכיל מקורות שכפול המתאימים הן לחיידקי E. coli והן לחיידקי Leptospira, מה שמקל על התפשטות בשני המינים.
הווקטור מכיל גם רצף ספציפי לגן dCas9 ו-RNA או sgRNA מדריך יחיד, לזיהוי רצף המטרה.
בתחילה, וקטור המעבורת קיים בתוך התורם E. coli. השלימו את תרבית התורם E. coli עם הפונדקאי Leptospira כדי להקל על ההצמדה. צימוד יוצר מגע ישיר בין תא לתא בין אורגניזמים, ומקל על ספיגת פלסמיד מעבורת על ידי לפטוספירה. בתוך התא, מבנה הפלסמיד מייצר רצפי sgRNA ומבטא חלבוני dCas9.
ה-sgRNA מכיל אזור פרוטוספייסר המזהה את אזור המטרה המשלים שלו ב-DNA של לפטוספירה, קרוב למוטיב הסמוך לפרוטוספייסר או PAM - רצף זיהוי קצר על ה-DNA המארח. זה עוזר ל-dCas9 ליצור קומפלקס עם ה-sgRNA באתר היעד במורד הזרם לאתר תחילת שעתוק הגנים.
ל-dCas9 מקומפלקס sgRNA-dCas9 אין את הפעילות הקטליטית לבקע גדילי DNA, במקום זאת, הוא פועל כמחסום פיזי לתנועת אנזים RNA פולימראז היוצר mRNA, ובסופו של דבר מעכב את שעתוק הגנים. השתמש בלפטוספירה מושתקת גנטית לבדיקות נוספות.
לצורך צימוד, תאי לפטוספירה גדלים בטמפרטורה של 29 או 37 מעלות צלזיוס במדיה HAN. יום אחד לפני ההצמדה, תאי E. coli התורמים גדלים במצע LB בתוספת חומצה דיאמינופימלית - DAP וספקטינומיצין.
לאחר מכן, ביום ההצמדה, גדלו את תרביות ה-E. coli הרוויות ב-LB בתוספת DAP. בתוך קולט אדים, הרכיבו את מנגנון הסינון על ידי הנחת מסנן הממברנה על גבי בסיס הזכוכית, ואחריו משפך זכוכית של 15 מ"ל. שני החלקים מוחזקים יחד על ידי מהדק הקפיץ. לאחר מכן, חבר את הזכוכית למשאבת ואקום. הוסף 5 מ"ל תרביות לפטוספירה למשפך.
לאחר מכן, הוסף את זן E. coli β2163 המכיל את הפלסמיד המעניין. הנפח ישתנה בהתאם לצפיפות האופטית של התרבות. אנו מכוונים לפרופורציה של תאים 1:1. סובב את משאבת הוואקום. כעת, נוזלים יעברו דרך הממברנה, והתאים יתרכזו מעליה.
קח את המסנן והנח אותו על צלחת EMJH בתוספת DAP, צד החיידקים כלפי מעלה. דגרו את הצלחות בטמפרטורה של 29 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות. לאחר מכן, שחזר את המסננים מהצלחות והנח אותו בצינור חרוטי של 50 מ"ל.
השתמש ב-1 מ"ל של מדיית HAN נוזלית כדי לשחזר את התאים מהמסנן על ידי פיפטינג. דמיין את התאים המשוחזרים על ידי מיקרוסקופ שדה כהה.
בשלב זה ניתן לראות מספרים שווים של E. coli ו-Leptospires. 100 עד 200 מיקרוליטר משמשים להפצת החיידקים על שתי לוחות HAN המכילות ספקטינומיצין. בשלב זה, DAP מושמט, ואי קולי לא יגדל. הצלחות מודגרות ב-37 מעלות צלזיוס ו-3% CO2. מושבות צריכות להיות ניכרות בין 8 ל-10 ימים.