$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
תגובת שרשרת פולימראז נמס ברזולוציה גבוהה, HRM-PCR, מזהה וריאציות של רצף DNA דו-גדילי, dsDNA בדיוק גבוה.
התחל עם תערובת מאסטר המכילה Taq פולימראז לא פעיל, דאוקסיריבונוקלאוטיד טריפוספטים - dNTPs - וצבע מדווח פלואורסצנטי. הוסף את הפריימרים קדימה ואחורה. פיפטו את התערובת לבארות של צלחת PCR.
הוסף את תבנית dsDNA. אוטמים את הצלחת ומונעים אידוי תערובת. התחל את בדיקת ה-PCR.
טמפרטורת הדנטורה הגבוהה מפרקת את dsDNA ל-DNA חד-גדילי, ssDNA ומפעילה את הפולימראז. לאחר מכן התגובה מקוררת לטמפרטורת החישול, מה שמקל על קשירת פריימר קדימה ואחורה ל-ssDNA באמצעות זיווג בסיסים משלים ספציפי לאתר.
פולימראז מופעל מגוייס, ומרחיב את דופלקס ה-DNA-פריימר על ידי תוספת dNTP.
צבע המדווח הפלואורסצנטי - צבע ספציפי ל-dsDNA הקיים בריכוזי רוויה - משתלב בתוך הדופלקס כולו, זוהר בבהירות. הדופלקס עובר מספר מחזורי PCR, ומייצר מספר שברים המכילים גרסאות.
לאחר PCR, בצע ניתוח עקומת התכה על ידי העלאה מחדש של טמפרטורת התגובה בהתמדה לאורך זמן.
בהתאם לרצף הנוקלאוטידים, האתר המכיל וריאנט עשוי להתפרק תחילה, ולשחרר את הצבע. כאשר אתרי קשירת הצבע הנותרים רוויים, הצבע לא מצליח להשתלב מחדש, מה שמפחית את עוצמת הקרינה. יתר על כן, dsDNA מתפרק ל-ssDNA בחימום מצטבר.
זהה את טמפרטורת ההיתוך, שבה מחצית מה-dsDNA מתפרק ל-ssDNA עם ירידה פלואורסצנטית חדה. שינוי בעקומת ההיתוך של שברי ה-DNA המוגברים מזהה את וריאציות רצף הנוקלאוטידים של הדגימה.
כדי לבצע את פרוטוקול HRM-PCR, ראשית, יש לדלל את דגימות ה-DNA בצינורות של 1.5 מיליליטר במים לריכוז של 10 ננוגרם למיקרוליטר. לאחר מכן, יש לדלל את תמיסות הפריימר המופשרות בצינורות של 1.5 מיליליטר במים לאותו ריכוז של 6 מיקרומולר. הפשירו את פתרונות ערכת ה-HRM-PCR, וערבבו בזהירות על ידי מערבולת כדי להבטיח שחזור של כל התכולה.
סובב בקצרה את שלושת הבקבוקונים המכילים תערובת אנזימטית עם צבע קושר DNA, מגנזיום כלוריד ומים במיקרו-צנטריפוגה לפני פתיחתם. בצינור של 1.5 מיליליטר בטמפרטורת החדר, השתמש ברכיבים כדי להכין את תערובת ה-PCR לתגובה של 120 מיקרוליטר, כמתואר בפרוטוקול הטקסט. מערבבים בזהירות על ידי מערבולת.
זה קריטי שתעבוד עם תשומת לב, ניווט, על פי פרקטיקה טובה בביולוגיה מולקולרית.
פיפטה 19 מיקרוליטר של ה-PCR מתערבבים בכל באר של צלחת רב-באר לבנה. הוסף 1 מיקרוליטר מתבנית ה-DNA המותאמת לריכוז, ולאחר מכן, אטום את צלחת הרב-באר הלבנה בנייר כסף איטום. צנטריפוגה את צלחת הרב-באר הלבנה למשך דקה אחת ב-1500 פעמים גרם בצנטריפוגה רגילה של דלי נדנדה המכילה רוטור לצלחות מרובות בארות עם מתאמים מתאימים. טען את צלחת הרב-באר הלבנה למכשיר HRM-PCR. הפעל את תוכנית HRM-PCR עם תנאי ה-PCR הנמצאים בפרוטוקול הטקסט.
בעקבות תגובת HRM-PCR, בצע ניתוח HRM כדי לקבוע את הפולימורפיזם באורך CR1, כמתואר בפרוטוקול הטקסט.