טכניקה לזיהוי זנים ציאנובקטריאליים באמצעות שבב מיקרו-מערך נוגדנים

התחל עם שבב מיקרו-מערך נוגדנים המודפס עם נוגדנים ספציפיים.

כל נקודה מכילה נוגדן ייחודי כנגד זן ציאנובקטריאלי ספציפי.

טפל בשבב עם מאגר חוסם כדי למזער אינטראקציות לא ספציפיות.

הרכיבו את השבב בקלטת הכלאה בעלת מספר בארות.

הכניסו דגימה סביבתית לבארות ודגרו אותה בתנאים אופטימליים.

הדגימה מכילה חיידקים שונים, כולל זנים ציאנובקטריאליים שונים, המקיימים אינטראקציה עם נוגדנים ספציפיים על השבב המודפס. שטפו את השבב כדי להסיר את החיידקים הלא קשורים.

הוסף תערובת נוגדנים המכילה נוגדנים אנטי-ציאנובקטריאליים המסומנים בפלואורופור המקיימים אינטראקציה עם אנטיגנים ספציפיים על התאים הציאנובקטריאליים המתאימים. הסר נוגדנים לא קשורים.

לפרק את הקסטה, לשטוף ולייבש את השבב ואז לסרוק אותו.

פלואורסצנטיות בנקודות ספציפיות מסמלת נוכחות של זנים ציאנובקטריאליים מסוימים בדגימה.

הגדר את השקופית בקלטת היברידיזציה של 3 על 8 באר מיקרו-מערך בהתאם להוראות הספק. לחלופין, לאחר שינוי דפוס הדפסת הנוגדנים, הגדר קלטת מותאמת אישית, כמו זו המוצגת כאן, או פשוט השתמש בשקופיות כיסוי להגדרה.

לאחר הרכבת שקופיות וקלטות, פיפטה עד 50 מיקרוליטר מכל תמצית דגימה או דילול שלה במאגר דגירה מיצוי לכל באר של הקסטה. לחלופין, טען דגימות למכשירי דגירה אחרים או פשוט השתמש בשקופיות כיסוי.

כבקרה ריקה, פיפטה 50 מיקרוליטר של מאגר TBST-RR לתוך לפחות שתי בארות נפרדות של הקסטה. דגרו את הדגימות בטמפרטורת הסביבה למשך שעה אחת וערבבו על ידי פיפטינג כל 15 דקות, או דגרו בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס למשך 12 שעות.

כדי לשטוף את המיקרו-מערכים, הנח את הקסטה כלפי מטה והקש עליה בזהירות על נייר סופג נקי. לאחר מכן, שטפו את הבארות על ידי הוספת 150 מיקרוליטר של מאגר דגירה מיצוי לכל אחת מהן, והסירו את המאגר על ידי הקשה על נייר סופג כמו קודם. חזור על הכביסה שלוש פעמים נוספות.

לכל באר יש להוסיף 50 מיקרוליטר מתערובת הנוגדנים הפלואורסצנטיים המכילה את 17 הנוגדנים האנטי-ציאנובקטריאליים. דגרו את הדגימות בטמפרטורת הסביבה למשך שעה או בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס למשך 12 שעות.

כדי לשטוף את המיקרו-מערכים, הנח בזהירות את הקסטה כלפי מטה והקש עליה בעדינות על נייר סופג נקי. לאחר מכן, הוסף 150 מיקרוליטר של מאגר דגירה מיצוי לפני הסרתו על ידי הקשה על מגבת נייר. חזור על הכביסה שלוש פעמים. לאחר מכן, פרק את הקסטה וטבל את השקופית בתמיסת PBS 0.1x לשטיפה מהירה. צנטריפוגה מהירה כמו קודם לייבוש המגלשה.

בעזרת סורק פלואורסצנטי, סרוק את השקופית לאיתור פלואורסצנטיות בשיא הפליטה המקסימלי לאיתור צבע פלואורסצנטי אדום רחוק. צלם מספר תמונות של המיקרו-מערכים בפרמטרי סריקה שונים על ידי שינוי ערך ההגברה.