JoVE Encyclopedia of Experiments
מדעי המוח
0 צפיות • 3:47 דק' • April 28th, 2025
התחל עם פפטידים שמקורם בגרגירי נוירומלנין (NMGs) שבודדו מרקמת מוח אנושית לאחר המוות.
NMGs, הנמצאים בתאי עצב המייצרים דופמין, מכילים פיגמנט נוירומלנין, חלבונים ושומנים.
קח עמודת כרומטוגרפיה נוזלית בעלת ביצועים גבוהים (HPLC) המכילה פאזה נייחת מבוססת סיליקה המתפקדת עם ליגנדים הידרופוביים.
טען את הפפטידים על העמודה.
פפטידים הידרופוביים נקשרים חזק יותר לעמודה מאשר הידרופיליים.
העבר מאגר פליטה דרך העמודה.
פחות פפטידים הידרופוביים נפלטים ראשונים, בעוד שיותר הידרופוביים נפלטים מאוחר יותר.
הפפטידים המנופחים נכנסים למקור היינון האלקטרו-ספריי של ספקטרומטר המסה, שם הם מיוננים ליוני פפטיד טעונים.
הפפטידים המיוננים נכנסים לאחר מכן למנתח המסה, שם הם מופרדים על סמך יחסי המסה למטען שלהם.
יון פפטיד שנבחר מופנה לתא ההתנגשות ומפוצל ליונים קטנים יותר, שיחסי המסה למטען שלהם נמדדים שוב.
לבסוף, הנתונים מושווים למסד נתונים ייחוס כדי לזהות את החלבונים הקיימים בדגימת NMG.
לאחר ביצוע עיכול טריפטי, כמתואר בטקסט, הכינו את הדגימה לניתוח HPLC-MS על ידי המסת 200 עד 400 ננוגרם של פפטידים דגימה בנפח מוגדר של 0.1% TFA בכניסות בקבוקון זכוכית ספקטרומטרית מסה אינרטית. אם קביעת הריכוז אינה ישימה עקב כמות דגימה נמוכה, ודא טעינת דגימה זהה על ידי השוואת זרם היונים הכולל.
כדי להתחיל בניתוח נתונים גולמיים פרוטאומיים, לחץ על טען לטעינת הקבצים הגולמיים לתוכנה. לחץ על הגדר ניסוי כדי להקצות את שמות הדוגמאות. כדי להגדיר פרמטרים ספציפיים לקבוצה, הוסף את השינויים על ידי בחירת Deamidation NQ, Oxidation M ו-Carbaminomethylation N-Term כשינויים משתנים. ואז להוסיף קרבמינומתילציה C כשינוי קבוע. בחר טריפסין כאנזים עיכול בכרטיסיית העיכול.
בכרטיסייה Quantification ללא תוויות. הוסף את האפשרות, LFQ. ואם יש לעבד יותר מ -10 קבצים, בחר באפשרות LFQ המהירה כדי לקצר את זמן העיבוד. ודא שכל שאר הפרמטרים הספציפיים לקבוצה יישארו בהגדרות היצרן, המשך לכרטיסייה פרמטרים גלובליים והוסף את קובץ ה-FASTA הנגזר מ-uniprot.org בכרטיסייה רצפים. שנה את כלל המזהה בהתאם, והוסף את מזהה הטקסונומיה 9606 עבור הומו ספיינס.
לכימות חלבון, בחר פפטידים ייחודיים וסכין גילוח. לאחר מכן, הוסף את אפשרות iBAQ כמדד לכימות חלבון בכרטיסייה כימות ללא תווית. ודא שכל שאר הפרמטרים הגלובליים נשארים בהגדרות היצרן, ולחץ על התחל. לאחר ביצוע הניתוח בהצלחה, אחזר את פלט .txt של קבוצת החלבון.