Name: מאגר ITS2 (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-03-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 17 s
Description: חקור את מסד הנתונים ITS2 לניתוח פילוגנטי מדויק. למד כיצד לבצע הערכת רצפים, חיזוי מבנה משני ויישור רב-רצפי לשיפור היכולות המחקריות בביואינפורמטיקה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

אנו מתכבדים תודה קבוצה ITS2, Biocenter, אוניברסיטת וורצבורג, על המשוב עשיר ובעל ערך. כמו כן, אנו מודים Forschungsgemeinschaft דויטשה (DFG, מענק Mu-2831/1-1) למימון.

1. ביאור הנכון של רצף ITS2 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> גישה למסד הנתונים ITS2 תולדות הגזע שולחן העבודה כאן: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מתחילים את הניתוח שלך על ידי לחיצה על &quot;הוסף הערות&quot; סמל בסעיף &quot;הגדרות&quot;. לאחר מכן, להקליד או להדביק רצף לתוך עורך את רצף בחלק העליון של האתר. עורך רצף בודק באופן אוטומטי, בין רצפי ITS2 שלך הם חוקיים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר דגם הממ מתאים רצפים שלך (למשל Viridiplantae לצמחים). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התחל את התהליך על ידי לחיצה על &quot;הוסף הערות.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ידי מרחפת על הסמל &quot;להכליא&quot; אתה יכול לראות תמונה של 5.8S ו 28S rRNA היברידית כאישור של דיוק ביאור של הממ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על ירוק בתוספת סימן רצף ITS2 שנוצר כדי לבחור בדרך של חיזוי מבנה משני: כדי לחזות את המבנה ללא templat ידועדואר, לחץ על &quot;לחזות המבנה.&quot; אם ברצונך להשתמש בתבנית משלך עבור מודלים הומולוגיה, לחץ על &quot;מבנה דגם.&quot; </li></ol> 2. חיזוי מבנה שניוני <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחזות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רצף ITS2 המבואר מודבק באופן אוטומטי לתוך עורך את הרצף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להתחיל את התחזית מבנה משני עם הגדרות ברירת המחדל, לחץ על &quot;לחזות מבנים&quot; כפתור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף ITS2 וכתוצאה מכך לרבות המבנה המשני הדמיית לבריכה הנתונים על ידי לחיצה על סימן ירוק בתוספת ולאחר מכן &quot;הוסף לבריכה.&quot; לחלופין, ניתן להוסיף אותו למאגר הנתונים שלך באמצעות גרירה ושחרור (איור 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם הרצף לא יכול לקפל ישירות, התוצאות הטובות ביותר של מודלים הומולוגיה מוצגים. שמור את המתאים ביותר רצף המבנה באמצעות גרור ושחרר למאגר הנתונים. לחלופין, שמור את רצף המבנה לתוך הבריכה נתונים בלחיצת כפתור הימני ולאחר מכן לחצו על &quot;הוסף לבריכה.&quot; </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התאמה אישית דוגמנות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק אחד או מספר רב של תבניות (עם מבנה ידוע) לתוך עורך את רצף העליון. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק אחד או מספר היעד רצפים (ללא מבנה) לתוך עורך את רצף נמוכים יותר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;תבנית הטובה ביותר לחזות (ים)&quot; להתחיל דוגמנות הומולוגיה עם הגדרות ברירת המחדל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הטובים ביותר תבנית היעד שילובים מוצגים ברשימה הנוצרת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור עיצבו רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי קליק ימין לחצו על &quot;הוסף לבריכה.&quot; </li></ol></li></ol> 3. מוטיב חיפוש <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להקליד או להדביק רצף השאילתה (ים) לתוך עורך את רצף בחלק העליון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר את דגם הממ נכונה (למשל Viridiplantae לצמחים). 3.3. לחץ על &quot;חיפוש מוטיב&quot; כדי להתחיל את התהליך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ITS2 רצפים עם מוטיבים הן מודגשות illustraטד בחלק התחתון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על הסמל ליד הכותרת ברצף כדי להציג את המוטיבים מודגשים במבנה משני. </li></ol> 4. חיפוש ועיון ב <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיפוש <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סוג או שם taxon או מזהה GenBank (GI) בשדה החיפוש בחלק העליון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיפוש לפי שם taxon נתמך על ידי תיבת החיפוש מופיעה לייב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ניתן לבצע חיפוש מרובים באמצעות פסיק, המפריד בין השאילתות שלך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;חיפוש&quot; על מנת לבצע את החיפוש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התוצאות מופיעות ברשימה בכרטיסיה חדשה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על שם העמודה כדי למיין את התוצאות לפי עמודה מסוימת. אתה יכול גם להוסיף או להסיר עמודות על פי בחירתך עם תפריט העמודה. תפריט עמוד ניתן להזין בלחיצה על סמל החץ המופיע בתוך שם העמודה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;הצג פרטים&quot; כדי להציג את הפרטים של מבנה רצף. &lt;/ Li&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;שמור בחירה&quot; או &quot;שמור הכל.&quot; </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדפדף <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עיון במאגר ITS2 ידי ניווט באמצעות מבנה עץ דמוי בצד שמאל של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על סימן פלוס להציג מינים 1 לרמה נמוכה יותר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על שם taxon כדי לפתוח כרטיסייה חדשה המכילה כל רצף המבנה של taxon. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;הצג פרטים&quot; כדי להציג את הפרטים של זוג רצף המבנה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;שמור בחירה&quot; או &quot;שמור הכל.&quot; </li></ol></li></ol> 5. ITS2 הפיצוץ<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק רצפים בשאילתה אחת או יותר לתוך עורך את הרצף. רצפים שלך יכולים להיות רצפי נוקליאוטידים רגיל או רצף, מבנה בזוגות. ניתן גם להקליד מספר מבנים משניים מתחת רצף אחד. על ידי סימון התיבה &quot;מסדר אלמנטים רצפים XXFASTA&quot; מבנים אלה משמשים לאחר מכן כמו שאילתות בודדים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להתחיל תפציץ עם הגדרות ברירת המחדל, לחץ על &quot;פיצוץ&quot;. בהתאם לאופי של השאילתה שלך, או BLASTN משותפת או ITS2 רצף המבנה תפציץ מתבצע. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כרטיסיית המשנה נפתח עבור כל רצף שאילתה בתוך המופיעים טאב &quot;תוצאות הפיצוץ&quot;, כמו גם סקירה של החיפושים שבוצעו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;יישור הצג&quot; כדי להציג את יישור הפיצוץ מחושבים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את המכות הפיצוץ על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על הבחירה שמור &quot;&quot;או&quot; שמור הכל. &quot; </li></ol> 6. יישור מרובות רצף המבנה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תסתכל על הבריכה הנתונים שלך על ידי לחיצה על &quot;ניהול מערך נתונים&quot; ואז סמל זכוכית המגדלת ממש ליד מספר רצפים בבריכה שלך. לחלופין, ניתן ללחוץ על סימן נתונים בריכה בפינה השמאלית התחתונה של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על זוג רצף המבנה בבריכה הנתונים כדי להציג את פרטיו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי ליצור מספר רב של יישור רצף המבנה של כל רצף מבנה זוגות בבריכה, לחץ על &quot;בסיס הנתונים נתח&quot; ואז &quot;רצף &amp; מבנה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עכשיו אתם מתבקשים לבחור את מצב גרפי של יישור שלך. אם יישור שלך מכיל רק כמה רצפים, לדחות את מצב הדק על ידי לחיצה על &quot;לא&quot; אחרת לבחור את מצב הגרפיקה רזה על ידי לחיצה על &quot;כן.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בעוד כמה רגעים, יישור שלך מוצג בכרטיסיה חדשה (איור 2). יתר על כן, הוא נשמר באופן אוטומטי למאגר הנתונים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור אתיישור לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;יישור שמור&quot;. </li></ol> 7. עץ פילוגנטי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לחשב שכן רצף המבנה מבוסס הצטרפות עץ יישור מרובות, לחץ על &quot;בסיס הנתונים נתח&quot; ואז &quot;שכן ההצטרפות.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עץ וכתוצאה מכך באה לידי ביטוי בכרטיסיה חדשה (איור 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סולם העץ שלך בחופשיות עם פס גלילה &quot;עץ זום&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Reroot שלך העץ על ידי לחיצה על הצומת או עלה של עץ ואז &quot;Reroot בצומת זה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם אתה רוצה להסיר taxon ממאגר הנתונים שלך, לחץ על עלה ובחר &quot;הסרה של node זה לבריכה.&quot; עכשיו אתה יכול לחשב מחדש יישור שלך עץ עם הדגימה taxon מופחת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;עץ שמור&quot; כדי לשמור עץ פילוגנטי שלך כתוצאה הסופית של הניתוח שלך לקובץ NEWICK חיצוני. </li></ol> 8. תוכנה נוספת <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;אתר זה אודות&quot; - &quot;כלי&quot; כדי למצוא נוספת להודיעation על 4SALE כלי עצמאי ו ProfDistS. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לצד יישור ותפקוד שכן ההצטרפות שמספקת ממשק מסד נתונים ITS2 האינטרנט, עכשיו אתה יכול לגשת פונקציות חדשות שונות, למשל תיחום המינים המבוססת על שינויים בסיס פיצוי (CBCs). </li></ol> 9. נציג תוצאות העבודה כמתואר לעיל בהצלחה הוחל במספר סקרים גישה פתוחות 3,4. דוגמאות ניתן לראות דרך הקישורים הבאים: <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info% 3Adoi% 2F10.1371% 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> אלה מחקרים בקנה מידה גדול, היינו יכולים לפתור את תולדות הגזע של Chlorophyta וכן Hypnales (Bryophyta) Wברזולוציה גבוהה ith. בשני המקרים, הדגימה taxon ממצה נאסף מתוך מסד נתונים ITS2 9, מיושר אוטומטית עם 4SALE 15,16 ומעובד ולבסוף ידי ProfDistS 17 לתוך עץ פילוגנטי. בכל השלבים הללו, רצף ומידע המבנה שימשו בעת ובעונה אחת. תמיכה bootstrap על עמוד השדרה פילוגנטי הושגה באמצעות שכן פרופיל ההצטרפות (PNJ) 19, אשר זמין בגירסה עצמאית של ProfDistS. עבור קבוצה קטנה יותר של רצף, מבנה זוגות, דמויות 1 עד 3 מתארים את השלבים העיקריים של זרימת עבודה זו אוטומטי 5 ישירות על שולחן העבודה ITS2 חדש מסד נתונים: הדגימה taxon, יישור מספר רצף המבנה, ובסופו של דבר את החישוב עץ פילוגנטי. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="איור 1" /> באיור 1. הדגימה Taxon לכל גרירה ושחרור. בכל רצפים זמן או רצף structur<html> זוגות אלקטרוני ניתן להוסיף למאגר הנתונים, למשל באמצעות גרירה ושחרור. כאן רצף, מבנה נוסף באמצעות גרור ושחרר לאחר חיזוי המבנה המשני. האליפסה הכחולה מסמנת את המקום בו רצף המבנה הוא ירד אל תוך בריכת נתונים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">לחץ כאן כדי לצפות בגרסה בגודל מלא של התמונה.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="איור 2" /> איור 2. יישור מרובות רצף המבנה במצב גרפי מלא. במשך כמה רצפים במאגר הנתונים, מצב גרפי מלא נבחר. בסיסים הם בצבע, זוגות בסיסים יכולים להיות מודגשים עם עיגולים אדומים על ידי לחיצה על בסיס אחד או סוגר צמד הבסיס. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">לחץ כאן כדי לצפות בגרסה בגודל מלא של התמונה.</a> &quot;Alt =&quot; 3.jpg איור 3 &quot;/&gt; 3. איור רצף המבנה שכן ההצטרפות עץ. עץ מדרגי בחופשיות מחושב של יישור 7 מינים מרובים רצף המבנה ניתן לשמור בפורמט NEWICK.

<ol><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Biology+Direct%22%5BJournal%5D)">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li>
<li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., Müller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+throughout+the+Eukaryota%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li>
<li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Internal+Transcribed+Spacer+2+%28nu+ITS2+rRNA%29+Sequence-Structure+Phylogenetics%3A+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li>
<li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+%28Bryophyta%29+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li>
<li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics%3A+a+how-to+manual+for+molecular+systematics%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Phylogenetics+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence%5BTitle%5D)+AND+%22Protist%22%5BJournal%5D)">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li>
<li>Müller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinguishing+species%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li>
<li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li>
<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li>
<li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GenBank%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li>
<li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li>
<li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homology+modeling+revealed+more+than+20%2C000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+secondary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li>
<li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST%3A+a+new+generation+of+protein+database+search+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li>
<li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProfDistS%3A%28profile-%29+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li>
<li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neighbor-joining+method%3A+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li>
<li>Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances%3A+a+study+of+the+Chlorophyceae+%28Chlorophyta%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Evolutionary+Biology%22%5BJournal%5D)">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li>
<li>Ludwig, W. olfgang <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ARB%3A+a+software+environment+for+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li>
<li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mobyle%3A+a+new+full+web+bioinformatics+framework%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li>
<li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Evolution%22%5BJournal%5D)">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li>
<li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutionary+trees+from+DNA+sequences%3A+a+maximum+likelihood+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Evolution%22%5BJournal%5D)">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li>
</ol>

אין ניגוד עניינים הצהיר.

מאגר ITS2 הוא שולחן העבודה שלם ומתפקד באופן מלא עבור פנימיים תמלילי 2 נוספות Spacer רצף המבנה מבוסס phylogenetics. באתר ניתן להפעלה מאוד מהירה ואינטואיטיבית. בעוד אחרים מבוססי אינטרנט כמו שולחנות עבודה תולדות הגזע ARB 20 או 21 Mobyle הם רק מסוגלים לעבוד על רצף ו / או מבנה מידע קונצנזוס, מסד נתונים ITS2 9 רואה רצפים ומבנים משניים בודדים עבור כל taxon בו זמנית. עם זאת, בשל מגבלות ביכולת החישוב של שרת האינטרנט, מומלץ מאוד להשתמש עצמאיים כלים יישור שכן מספר רב של הצטרפות 18 החישוב, 4SALE 15,16 ו ProfDistS 17, בהתאמה, על מערכי נתונים גדולים. לצד העבודה הבסיסית רצף המבנה ITS2 תולדות הגזע 5, כלים אלה כוללים פונקציות נוספות אחדות, כמו חישוב bootstrap משכפל, שכן פרופיל ההצטרפות (PNJ) 19 או גזעתיחום זה מבוסס על שינויים בסיס פיצוי (CBCs) 8. ניתן לגשת דרך &quot;אודות האתר&quot; - בסעיף &quot;הגדרות&quot; להורדה ומידע מפורט. כדי להשתמש 4SALE ו ProfDistS, יש צורך תמיד להביא את הקבצים לפורמט המתאים. Taxon הדגימה להיות מעובד על ידי 4SALE חייב להיות סוף. Fasta או. Txt, בעוד יישור רצף המבנה כקלט עבור ProfDistS חייב להסתיים. Xfasta. כרגע אנחנו ביישום שיטות חלופיות לשיקום עץ פילוגנטי באתר ITS2 כמו גם את הכלים בנושא. לכן, שיטות כמו החסכנות רצף מבנה המבוסס על מקסימום 22 ו / או סבירות מקסימום 23 יהיה נגיש בעתיד.

<html><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> גישה לאינטרנט </td><td></td><td> רצוי במהירות גבוהה </td></tr><tr><td> ITS2 מסד נתונים 9 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> אתר אינטרנט: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> תוכנה: 4SALE 15,16 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> הורדה: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> תוכנה: ProfDistS 17 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> להורדה:Ni-wuerzburg.de / &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

מאגר its2

The ITS2 Database

Spacer עיבד פנימי 2 (ITS2) שימש כסמן פילוגנטי במשך יותר משני עשורים. כמו ITS2 המחקר התמקד בעיקר רצף ITS2 משתנה מאוד, זה מוגבל זה סמן ברמה נמוכה phylogenetics בלבד. עם זאת, שילוב של רצף ITS2 ומבנה שמור ביותר שלה משני משפרת את הרזולוציה פילוגנטי 1 ומאפשרת מסקנה פילוגנטי על הדרגות טקסונומיות מרובות, כולל תיחום מינים 2-8. מאגר ITS2 9 מציג מערך נתונים מקיף של פנימיות 2 רצפים תמלילי הודעות Spacer מ צמח השדה GenBank 11 reannotated במדויק 10. בעקבות ביאור ידי מודלים פרופיל מוסתרים מרקוב (HMMs), המבנה המשני של כל רצף הוא ניבא. ראשית, נבחן האם אנרגיה מינימלית המבוססת פי 12 (פי ישירה) תוצאות הקונפורמציה, נכון סליל 4. אם זה לא המקרה, המבנה הואניבא על ידי מודלים הומולוגיה 13. בדוגמנות הומולוגיה, מבנה משני ידוע כבר מועבר רצף אחר ITS2, מבנה משני, אשר לא היה מסוגל להתקפל כראוי פי ישירה. מאגר ITS2 הוא לא רק מסד נתונים לאחסון ואחזור של ITS2 רצף מבנים. הוא גם מספק מספר כלים לעיבוד ITS2 משלך רצפים, כולל חיזוי, ביאור מבנית, זיהוי מוטיב ו 14 תפציץ חיפוש מידע על רצף המבנה גם יחד. יתר על כן, משלב גרסאות גזומים של 4SALE 15,16 ו 17 ProfDistS לצורך חישוב רצף מבנה רב יישור שכן ההצטרפות 18 שחזור עץ. יחד הם יוצרים צינור ניתוח קוהרנטי מתוך סדרה ראשונית של רצפים על תולדות הגזע מבוסס על רצף ומבנה משני. בקיצור, זה מפשט את שולחן העבודה ניתוח פילוגנטי הראשונים בלבדכמה לחיצות עכבר, בעוד בנוסף מתן כלים ונתונים עבור בקנה מידה גדול ניתוחים מקיפים.

מאגר ITS2 הוא שולחן העבודה של רצף היקש פילוגנטי בו זמנית בהתחשב ומבנה משני spacer עיבד פנימית 2. זה כולל איסוף נתונים עם ביאור מדויק, חיזוי מבנה, יישור מרובות ברצף, מבנה עץ חישוב מהיר. בקיצור, זה מפשט את שולחן העבודה ניתוח פילוגנטי הראשונים כמה קליקים.

מאגר ITS2

המרחב המעתק הפנימי 2 (ITS2) משמש כסמן פילוגנטי במשך למעלה משני עשורים. מכיוון שהמחקר על ITS2 התמקד בעיקר ב...

הגן הריבוזומלי של המרווח התעתוק הפנימי השני, או ITS2, הוא אחד המדדים החשובים ביותר בסיסטמטיקה מולקולרית. מחקרים ב-20 השנים האחרונות התמקדו בעיקר בניצול רצפי ה-ITS2 לשחזור פילוגנטי. עם זאת, המבנה השני של ה-ITS2 נמצא בשימוש גובר בתחום ההסקה הפילוגנטית ממספר סיבות.ניתוח מבנה שני מרחיב את היישומיות הטקסונומית של סמן זה, בעוד שרצף ה-ITS2, המתפתח במהירות ולכן משתנה מאוד, מתאים בעיקר לניתוח פילוגנטי ברמת המין או נמוכה יותר. הוספת מידע מבני מאפשרת ניתוח סימולטני בדרגה טקסונומית גבוהה יותר, הודות למבנה השני השמור מאוד של ה-ITS2, המורכב מארבעה אלמנטים מבניים (ess) אופייניים. לפיכך, תוצאות מניתוח מבנה שני יכולות לשפר את הרזולוציה הפילוגנטית המתקבלת מהרצף הראשוני.שלום רב עמיתיי היקרים, שמי Matthias Wolf. אני עובד ב-I ts two proof מזה כשמונה שנים. אני עובד כאן במחלקה לביואינפורמטיקה במרכז לביולוגיה באוניברסיטת Wurzburg שבגרמניה.היום נרצה להציג בפניכם סרטון קצר על אופן השימוש במאגר הנתונים ITS2. שלום, אני y Chu. הסיבה לסרטון זה היא שמאגר הנתונים ITS2 אינו משמש למעשה רק כמאגר לאחסון, אלא אנו מספקים בו גם כלים רבים המאפשרים לכם לשפר את הניתוח הפילוגנטי שלכם.בסרטון זה, אנו רוצים להראות לכם כיצד לעבוד עם כלים אלו וכיצד לחבר את כל הכלים הללו יחד. נכון. הגדרת רצף ה-ITS2 יכולה להיות קריטית לחיזוי מבנה. לפיכך, הוטמע ממשק מבוסס רשת עבור אנוטציה המבוססת על מודל מרקוב נסתר (hidden markoff model).כדי להשיג אנוטציה נכונה של רצפי ה-ITS2 שלך, ניתן להדביק אותם בעורך הרצפים בחלקו העליון של האתר. הדבר מודגם באמצעות טעינת רצפי הדוגמה של התוכניות. עורך הרצפים עצמו בודק האם רצפי ה-ITS2 שלך תקינים או לא, ומציג הודעות שגיאה.לדוגמה, כאשר משתמשים בתווים שאינם PAC, לאחר בחירת ה-HMM המתאים, ניתן להתחיל בתהליך על ידי לחיצה על annotate; כל רצף 5.8 s ו-28 SRNA שזוהה על ידי התוכנית מוסר, ובכך נותרים רצפי ה-I ts two שסומנו כראוי, אשר ממוקמים ביניהם. כתוצאה מכך, מוצגים רצפי I TS two מוגדרים, כמו כן ההיבריד החזוי של 5.8 s ו-28 S-R-R-N-A. כאישור לדיוק של סמנוני ה-HMM, לאחר סמיון רצפי ה-I ts two שנשמרו, ניתן לקבוע את המבנים השנייםיים בשתי דרכים.ניתן לבצע חיזוי ראשוני באמצעות מידול הומולוגיה, כאשר קבוצה מלאה של רצפים ומבנים מתוך מאגר הנתונים משמשת כתבניות. כדי לחזות את המבנה של הרצף המאויית שלך, לחץ על "predict structure" בשני הרצפים. אם שני הרצפים שלך יכולים להתקפל ישירות למבנה שני טיפוסי, התוצאה תוצג באופן מיידי.כעת ניתן לבחור בין מספר אפשרויות לעיבוד נוסף של מבנה הרצף שלך, כולל הוספתו למאגר הנתונים שלך. אם הגעת לכאן, משמעות הדבר היא ששני רצפים אינם יכולים להתקפל ישירות, ולכן מבוצע חיפוש blast מול בסיס הנתונים. הדף שיוצג יציג את תוצאות ה-blast הטובות ביותר, כולל מידול הומולוגיה עבור כל תבנית פלסטית.לחיצה על סימן הפלוס תציג את הפרטים; ניתן לבחור את זוגות המבנה-רצף הרצויים ולהוסיף אותם למאגר הנתונים, באמצעות גרירה והשמה או באמצעות תפריט ההקשר בלחיצה ימנית. גישה שנייה היא הזנה ידנית של רצף אחד או מספר רצפים, כולל מבניהם השניים, כתבניות להעברת המבנים השניים המתאימים ביותר לרצפי השאילתה שלך. דבר זה מודגם על ידי טעינת קובץ הדוגמה עבור מספר תבניות.בלחיצה על Predict best templates, תבצעו את מידול ההומולוגיה עם הגדרות ברירת המחדל. תוכנת מידול ההומולוגיה תחשב את כל המבנים כנגד כל המבנים ותציג את השילובים הטובים ביותר של תבניות עבור השאילתה. בטבלה שתתקבל, תוכלו לראות אילו תבניות הצליחו להשתמש במבנה השני שלהן כדי למדל רצף שאילתה אחד או מספר רצפים.שוב, ניתן לפתוח את פרטי התוצאות בלחיצה על סימן הפלוס, שכן גישת מידול ההומולוגיה המלאה אינה תלויה ב-ITS two. ניתן להשתמש בה כדי לחזות את המבנה השניוני של כל RNA, בהינתן מולקולה הומולוגית בעלת מבנה ידוע. כמו כן, ניתן להוסיף את זוגות הרצף-מבנה שהתקבלו למאגר הנתונים באמצעות גרירה והשלכה או דרך תפריט ההקשר, שנפתח בלחיצה ימנית.בנוסף למבנה הכללי, תואמים שמורים כגון רצף A-U-G-G-U המקדים את שיאו של הסליל השלישי ואי-התאמה מסוג perine pyramid בסליל השני תוארו עבור ה-I TS two. אי-התאמה זו של UU מוקפת בשני תואמים, אחד משמאל לסליל שני ואחד מימין בין סליל שני לשלישי עם נוקלאוטיד A משולש נוסף. לאחר שהמרנו תואמי רצף אלו ל-hms, אנו מספקים כעת זיהוי של תואמים אלו ברצפים הרלוונטיים.כדי לחפש מוטיבים אלו, הזן את רצף השאילתה שלך בשדה החיפוש ובחר במודל המתאים. שוב, הדבר מודגם על ידי טעינת קובץ הדוגמה עבור תוכניות. כדי להתחיל בחישובים, לחץ על חיפוש מוטיב.שני המוטיבים של I ts מסומנים ומודגשים ברצפי השאילתה שלך. אפשרות אחת לאחזור של שני זוגות מבני הרצף של I ts מתוך מאגר הנתונים של I Ts two היא פונקציית החיפוש. היא מאפשרת למשתמש לחפש מבני רצף לפי שם הטקסון או לפי מזהה gen bank.כדי לחפש מבנה רצף לפי מזהה GenBank, הקלידו את ה-GI לשדה החיפוש ולחצו על חיפוש. רשימת תוצאות תופיע בלשונית חדשה. ניתן לצפות בפרטי מבנה הרצף על ידי לחיצה על הצג פרטים.בנוסף, ניתן להציג את רצפי ה-S directs של כל התוצאות בתוך הלשונית על ידי לחיצה על "הצג מבנה רצף" באמצעות גרירה והשלכה, או דרך תפריט ההקשר באמצעות לחיצה ימנית; את מבני הרצפים הנבחרים ניתן להוסיף למאגר הנתונים. לצד החיפוש אחר זוגות של מבנה רצף לפי gi, ניתן להקליד שם של טקסון בשדה החיפוש, אשר נתמך על ידי תיבת חיפוש חי המופיעה בזמן ההקלדה. לאחר הופעת הלשונית החדשה המפרטת את כל התוצאות, ניתן לגשת לאותן פונקציות כפי שבוצע קודם לכן.לדוגמה, הוספת בחירה למאגר הנתונים באמצעות גרירה ושחרור. האפשרות השנייה לשליפת זוגות של רצף ומבנה מתוך מסד הנתונים היא פונקציית הדפדוף. כאן, הטקסטים ממוינים.על פי מאגר הטקסונומיה של NCBI, ניתן לגשת לנתונים באמצעות מבנה דמוי עץ. בצד שמאל של האתר, לחיצה על סימן הפלוס תציג את הטקסט ברמה אחת נמוכה יותר.לחיצה על שם הטקסון תפתח לשונית חדשה המכילה כל מבנה רצף וזוג של אותו טקסון. בנוסף לחיפוש רצפים ומבנים באמצעות מזהי בנק CEM או מידע על מינים, מאגר הנתונים I Ts two מספק גם חיפוש מבוסס blast. עם זאת, הליכי blast סטנדרטיים לרוב אינם מסוגלים לזהות רצפים בעלי קרבה רחוקה.הוא מורכב משתי רצפים בשל השוני הרב ברצפים. כדי להתגבר על מכשול זה, יישמנו חיפוש blast מבוסס רצף ומבנה הכולל מידע על המבנה השמור מאוד עבור חיפוש ההומולוגיה. הדבר נעשה על ידי תרגום מבנה הרצף לרצף פסאודו-חלבון בן 12 אותיות.כך, דגימת מינים המתחילה בכל רצף רצוי ומכסה טווחים טקסונומיים רחבים הפכה לפשוטה כמו חיפוש blast. כדי לבצע חיפוש blast, ניתן להקליד את רצפי השאילתה בעורך הרצפים.אם רצף השאילתה שלך הוא רצף נוקלאוטידים פשוט ללא מבנה, נעשה שימוש באלגוריתם blast n נפוץ עבור רצפים הכוללים את המבנים השניים שלהם. ממשק האינטרנט משתמש באלגוריתם I Ts two blast. התחל בתהליך על ידי לחיצה על blast.לאחר מספר רגעים, תוצאות ה-blast שלכם יופיעו בלשונית חדשה. כאן תראו לשונית אחת עבור כל רצף שאילתה. בלחיצה על show alignments, תוכלו לדפדף בין התוצאות של ה-plaster alignments. כפי שנעשה קודם לכן, תוכלו לבחור את זוגות הרצף-מבנה הרצויים לכם ולהוסיף אותם למאגר הנתונים.במהלך העבודה על מסד הנתונים ITS two, מאגר הנתונים שלך עשוי להתמלא במספר מבני רצפים. ניתן לגשת למאגר הנתונים שלך בכל עת ולהציג את תוכנו. השלב הבא בניתוח שלך הוא יישור רצפים מרובה (multiple sequence alignment).לחצו על analyze dataset, ולאחר מכן על sequence and structure כדי לבצע את יישור הרצף והמבנה. כעת, תתבקשו לבחור את מצב התצוגה הגרפית של היישור. עבור קבוצה גדולה של רצפים, מומלץ לבחור בגרסה הרזה (slim version).כיוון שמאגר הנתונים שלנו מכיל רק מספר מצומצם של מבני רצפים, אנו בוחרים במצב הגרפי המלא. לאחר השלמת החישוב, היישור מתווסף למאגר הנתונים שלך. על ידי הדגשת צד אחד של זוג בסיסים, תדגיש באופן אוטומטי את הצד המקביל לו.לבסוף, ניתן לשמור את היישור בלחיצה על safe alignment. לאחר שתהיו שביעות רצון מאיכות יישור מבנה הרצפים, תוכלו לחשב עץ פילוגנטי בשיטת neighbor joining על ידי לחיצה על analyze data set, ולאחר מכן על neighbor. העץ המתקבל יופיע בלשונית חדשה.ניתן לשנות את קנה המידה של העץ בחופשיות באמצעות סרגל הגלילה, ולשנות את נתיב העץ על ידי לחיצה על צומת או על עלה שרירותיים של העץ ולאחר מכן בחירה באפשרות reroute at this node. אם ברצונך להסיר טקסון ממאגר הנתונים שלך, לחץ על העלה ובחר ב-Remove this node from pool.כעת תוכלו לחשב מחדש את ההתאמה (alignment) ואת העץ עם דגימת טקסון מצומצמת באמצעות לחיצה על safe tree. ניתן לשמור את העץ הפילוגנטי שלכם בפורמט NU. לחצו על about this website ולאחר מכן על tools כדי למצוא מידע נוסף על הכלים העומדים למכירה כתוכנות עצמאיות (standalone tools) ועל pro s.בנוסף ליישור הרצפים בשיטת Neighbor joining כפי שניתן למצוא בממשק האינטרנט של מסד הנתונים ITS2, ניתן כעת לגשת למספר פונקציות חדשות, לדוגמה, הגבלת מינים (species Del Limitation) המבוססת על שינויים מפצים. בדקות האחרונות, ביקשנו להראות לכם מספר טריקים לשיפור הניתוח הפילוגנטי שלכם. הדגמנו כיצד לאסוף נתונים ממסד הנתונים ITS2, ליישר אותם באמצעות four cell, ולבסוף לחשב את העצים שלכם באמצעות Pro S. בכל השלבים הללו, לא התחשבנו ברצף בלבד, אלא ברצף ובמבנה כאחד. בהחלט.אנו מקווים שנהניתם מהסרטון הקצר שלנו ומבניית העץ המסיבית. לילה טוב.

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

באתר האונקולוגית החזי פותחה כדי לשמש כמאגר נתונים מקיפה עבור קליניים ומעבדתיים למטרות מחקר translational. המאגר ישמש חוקרי סרטן translational במסגרת תוכנית החזה אונקולוגיה המחקר. באתר זה ניתנת להתאמה מודלים סרטן אחרים, כמו גם מחלות אנושיות אחרות.

הדור של מסד נתונים מקיף החזה אונקולוגיה - כלי למחקר Translational

הנחיות מחשב מבוסס אפיון מבניים ותפקודיים של חלבון באמצעות צינור I-TASSER מתואר. החל מ רצף חלבון השאילתה, מודלים 3D נוצרות באמצעות מערכים השחלה מרובים איטרטיבי סימולציות הרכבה המבני. מסקנות פונקציונלית נמשכים לאחר מכן מבוסס על התאמות לחלבונים עם מבנה ופונקציות ידוע.

פרוטוקול מבנה מחשב מבוסס חלבון חיזוי פונקציה

שימוש בלוציפראז ובמערכות הדמית vivo (IVIS) כרומן האמצעי לזיהוי נקודתי קצה מחלה לפני התפתחויות קליניות להתרחש. IVIS אפשר לנו לחזות בזמן אמתו את הפלישה של וירוסי אנצפליטיים מעל ימים מרובים, מתן מודל מחלה מדויקת יותר למחקר עתידי. זה גם אפשר לנו לזהות את התכונות המגנות הפוטנציאליות של תרופות אנטי וחיסונים מהר יותר ממודלים של בעלי חיים מנוצלים כיום. היכולת לנצל חיות בודדות מעל נקודתי זמן מרובות מבטיחה דרישות מופחתות בבעלי חיים, עלויות ותחלואה הכוללת לבעלי החיים מנוצלים להבטיח אמצעי הומני יותר ויותר...

איתור vivo מערכות הדמיה (IVIS) של וירוס אנצפליטים נוירו פולשנית

חוקרים רבים מייצרים מידע בגודל בינוני, מהירות נמוכה ורב-מימדי, אשר ניתן לניהול ביעילות רבה יותר במסדי נתונים ולא בגיליונות אלקטרוניים. כאן אנו מספקים סקירה רעיונית של מסדי נתונים, כולל מידע רב-מימדי, קישור טבלאות במבנים יחסיים של מסד נתונים, מיפוי צינורות נתונים למחצה אוטומטיות, ושימוש במסד הנתונים כדי להבהיר משמעות נתונים.

מאגרי מידע לניהול יעיל בגודל בינוני, מהירות נמוכה, מידע רב מימדים בהנדסת רקמות

TBase משלבת שיא בריאות אלקטרוני עם מסד נתונים מחקרי חדשני עבור מושתלי כליה. TBase בנויה על פלטפורמת מסד נתונים בזיכרון, המחוברת למערכות בתי חולים שונות ומשמשת לטיפול באשפוז רגיל. הוא משלב באופן אוטומטי את כל הנתונים הקליניים הרלוונטיים, כולל נתונים ספציפיים להשתלה ויוצר מסד נתונים מחקרי ייחודי.

TBase - מאגר מידע משולב על בריאות אלקטרונית ומחקר עבור מושתלי כליה

ביובנקים הם משאבים חיוניים למחקר ביו-רפואי והיחידה לרפואה תרגומית ודיגיטלית במכון האירופי לאונקולוגיה היא מודל בתחום זה. כאן אנו מספקים תיאור מפורט של נהלי ההפעלה הסטנדרטיים של ביו-בנקים לניהול סוגים שונים של דגימות ביולוגיות אנושיות.

ביובנק לרפואה תרגומית: נהלי הפעלה סטנדרטיים לניהול דגימות אופטימלי

דימות קרן יונים מרובת יונים (MIBI) משמש לעתים קרובות להדמיה של מיקרו-מערכים של רקמות ואזורי רקמה רציפים ומרוצפים, אך התוכנה הנוכחית להגדרת ניסויים אלה מסורבלת. ממשק האריחים/SED/מערך הוא כלי גרפי אינטואיטיבי ואינטראקטיבי שפותח כדי לפשט ולהאיץ באופן דרמטי את הגדרת הפעלת MIBI.

התקנה מהירה של מיקרו-מערך רקמות והדמיית שטח אריחים במיקרוסקופ הדמיה של קרן יונים מרובת באמצעות ממשק אריח/SED/מערך 

מחקר זה ניתח תעתיקי גרעינים בודדים של שלושים ושלושה אנשים עם מחלת אלצהיימר (AD), וחשף DEGs ספציפיים למין בתאי גלייה. ניתוח העשרה תפקודית הדגיש מסלולים סינפטיים, עצביים והורמונליים. זוהו גנים מרכזיים, כלומר NLGN4Y והרגולטורים שלו, והוצעו מועמדים טיפוליים פוטנציאליים לאלצהיימר ספציפי למגדר.

זיהוי סמן ביולוגי לספציפיות מגדרית של מחלת אלצהיימר בהתבסס על פרופילי שעתוק גליה

תכנון חלבונים כרוך בבניית רצפי חומצות אמינו ושילוב מוטיבים ספציפיים ליצירת גרסאות פונקציונליות. גישה זו חיונית לפיתוח פפטידים אנטי-מיקרוביאליים (AMPs) כדי להילחם בפתוגנים עמידים לאנטיביוטיקה. מאמר זה מציג הליך לבניית חלבונים באמצעות כלים ביואינפורמטיים שונים.

יישום של I TASSER, trRosetta, UCSF Chimera, שרת HADDOCK ו-HEX loria עבור De Novo ו-In Silico Design של חלבונים

אנו מדגימים intraperitoneal הזרקה לתוך דג הזברה מבוגר. אנו משתמשים microsyringe 10 NanoFil μl נשלט על ידי בקר Micro4 ו UltraMicroPump III. הפגנה זו כוללת את השימוש במים קרים כחומר הרדמה.

הזרקה לתוך intraperitoneal דג הזברה למבוגרים

חקור את מסד הנתונים ITS2 לניתוח פילוגנטי מדויק. למד כיצד לבצע הערכת רצפים, חיזוי מבנה משני ויישור רב-רצפי לשיפור היכולות המחקריות בביואינפורמטיקה.

מאגר ITS2

גלה סרטונים נוספים