מאגר ITS2

המרווח המתועתק הפנימי שני גן ריבוזומלי או I TS שניים הוא אחד הסמנים החשובים ביותר בסיסטמטיקה מולקולרית. המחקר של 20 השנים האחרונות התמקד בעיקר בניצול שני הרצפים של I Ts לשחזור פילוגנטי. עם זאת, המבנה המשני של I TS 2 נמצא בשימוש יותר ויותר בתחום ההסקה הפילוגנטית מכמה סיבות.

ניתוח מבנה משני מרחיב את הישימות הטקסונומית של סמן זה, בעוד שהרצף המתפתח במהירות ולכן משתנה מאוד מתאים בעיקר לניתוח פילוגנטי ברמת המינים או נמוכה יותר. הוספת מידע מבני מאפשרת ניתוח בדירוג טקסונומי גבוה יותר בו זמנית בשל המבנה המשני השמור היטב המורכב מארבעת המאפיינים שלו. לפיכך, התוצאות מניתוח מבנה משני יכולות לשפר את הרזולוציה הפילוגנטית המתקבלת מהרצף הראשוני.

ברוכים הבאים, עמיתים יקרים, שמי מתיאס וולף. אני עובד ב-I ts two proofs כבר כשמונה שנים. אני עובד כאן במחלקה לביואינפורמטיקה במרכז הביולוגי באוניברסיטת וירצבורג בגרמניה.

היום ברצוננו להציג בפניכם סרט קטן על אופן השימוש במסד הנתונים של ה-I-ts two. היי, אני צ'ו. הסיבה לסרט הזה היא שמסד הנתונים של I Ts two הוא למעשה לא רק מסד נתונים לאחסון, אלא אנחנו גם מספקים הרבה כלים המאפשרים לך לשפר את הניתוח הפילוגנטי שלך.

בסרטון זה, ברצוננו להראות לך כיצד לעבוד עם כלים אלה וכיצד לחבר את כל הכלים הללו יחד. נכון. תיחום רצף שני ה-I Ts יכול להיות קריטי לחיזוי מבנה. לפיכך, יושם ממשק מבוסס אינטרנט עבור ההערה המבוססת על מודל הסימון הנסתר.

כדי להשיג ביאור נכון של שני רצפי ה-I Ts שלך, אתה יכול להדביק אותם בעורך הרצפים בחלק העליון של האתר. זה מודגם על ידי טעינת רצפי הדוגמאות של תוכניות. עורך הרצפים עצמו בודק אם שני רצפי ה-I TS שלך תקפים או לא, ומוציא הודעות שגיאה.

לדוגמה, כאשר אתה משתמש בתווים שאינם PAC לאחר בחירת ה-HMM הנכון, אתה יכול להתחיל את התהליך על ידי לחיצה על ביאורים לכל 5.8 שניות ו-28 SRNA שניתן לזהות על ידי התוכנית מוסר, ומשאיר את שני הרצפים המבוארים כהלכה, שהיו ממוקמים ביניהם. כתוצאה מכך, מוצגים שני רצפים מופרדים של I TS כמו גם ההכלאה החזויה של 5.8 שניות ו-28 S-R-R-N-A. כאישור לדיוק הערות HMM לאחר ביאור של שני רצפים שנשמרו לאחרונה, ניתן לקבוע מבנים משניים בשני אמצעים.

חיזוי ראשון עשוי להתבצע על ידי מודלים הומולוגיה כאשר מערך הרצפים והמבנים השלם של מסד הנתונים משמש כתבניות. כדי לחזות את המבנה של המבואר שלך, מבנה החיזוי של שני קליקים ברצף שלו. אם שני הרצפים הימניים שלך יכולים להתקפל ישירות לתוך המבנה המשני הטיפוסי שלו, התוצאה מתוארת מיד.

כעת תוכל לבחור בין מספר אפשרויות להמשך עיבוד מבנה הרצף שלך, כולל הוספתו למאגר הנתונים שלך. אם אתה ממש כאן, שני רצפים לא יכולים להתקפל ישירות, מתבצע חיפוש פיצוץ מול מסד הנתונים. הדף שנוצר מציג את להיטי הפיצוץ הטובים ביותר, כולל מידול ההומולוגיה עבור כל פלסטיק כתבנית.

בלחיצה על פרטי סימן הפלוס מוצגים, אתה יכול לבחור את זוגות מבנה הרצף לבחירתך ולהוסיף אותם למאגר הנתונים, על ידי מעקב ושחרור או באמצעות תפריט ההקשר בלחיצה ימנית. גישה שנייה היא להזין ידנית רצף אחד או יותר, כולל המבנים המשניים שלהם כתבניות כדי להעביר את המבנים המשניים המתאימים ביותר לרצפי השאילתה שלך. זה מודגם על ידי טעינת הקובץ לדוגמה עבור תבניות מרובות.

על-ידי לחיצה על חזה את התבניות הטובות ביותר, אתה מבצע את מידול ההומולוגיה עם הגדרות ברירת המחדל. תוכנית המידול של הומולוגיה תחשב הכל מול כל המבנים ותציג את שילובי תבניות השאילתה הטובים ביותר. בטבלה המתקבלת, באפשרותך לראות אילו תבניות יכולות להשתמש בהצלחה במבנה המשני שלה כדי ליצור מודל של רצף שאילתות אחד או יותר.

שוב, ניתן לפתוח את פרטי התוצאות בלחיצה על סימן הפלוס מכיוון שגישת המידול ההומולוגיה המלאה אינה תלויה בשני ה- I TS. ניתן להשתמש בו כדי לחזות את המבנה המשני של כל RNA בהינתן מולקולה הומולוגית בעלת מבנה ידוע. כמו כן, ניתן להוסיף זוגות של מבנה רצף המתקבלים למאגר הנתונים לכל גרירה ו-tr או דרך תפריט ההקשר, שנפתח בלחיצה ימנית.

בנוסף למבנה הכללי, תוארו מניעים שמורים כמו רצף A-U-G-G-U לפני קודקוד הסליל השלישי ופירמידת פרין בחוסר התאמה בסליל השני עבור I TS 2. אי התאמה זו של UU מוקפת בשני מניעים, אחד משמאל לסליל שתיים ואחד מימין בין סליל שתיים לשלוש עם נוקלאוטיד טריפל A נוסף. לאחר שהפכנו את מניעי הרצף הללו ל-hms, אנו מספקים כעת זיהוי של מניעים אלה ברצפים מעניינים.

כדי לחפש מניעים אלה, הזן את רצף השאילתות שלך בשדה החיפוש ובחר את המודל הנכון. שוב, זה מודגם על ידי טעינת הקובץ לדוגמה עבור תוכניות. כדי להתחיל את החישובים, לחץ על חיפוש מניע.

נמצא ששני המניעים מופיעים ומודגשים ברצפי השאילתות שלך. אפשרות אחת לאחזר שני זוגות מבני רצף ממסד הנתונים של I Ts two היא פונקציית החיפוש. זה מאפשר למשתמש לחפש מבני רצף לפי שם טקסון או לפי מזהה בנק gen.

כדי לחפש מבנה רצף לפי מזהה GenBank, הקלד את ה-GI בשדה החיפוש ולחץ על חיפוש. רשימת כניסות מופיעה בכרטיסיה חדשה. אתה יכול להציג את הפרטים של מבנה רצף על ידי לחיצה על פרטי הצגה.

כמו כן, אתה יכול להציג את כיווני הרצף S של כל הכניסות בתוך הכרטיסייה על ידי לחיצה על הצג מבנה רצף לכל גרירה ושחרור, או דרך תפריט ההקשר בלחיצה ימנית, ניתן להוסיף את מבני הרצף לבחירה למאגר הנתונים. מלבד החיפוש אחר זוגות של מבנה רצף לפי gi, אתה יכול להקליד שם טקסון בשדה החיפוש, הנתמך על ידי תיבת חיפוש חיה מופיעה. לאחר הופעת הכרטיסייה החדשה המפרטת את כל הכניסות, תוכל לגשת לאותן פונקציות כמו קודם.

לדוגמה, הוספת בחירה למאגר הנתונים בכל גרירה ושחרור. האפשרות השנייה לאחזר זוגות של מבנה רצף ממסד הנתונים היא פונקציית הגלישה. כאן, הטקסט מגוון.

על פי מסד הנתונים של הטקסונומיה של NCBI, הנתונים נגישים דרך המבנה דמוי העץ. משמאל לאתר. בלחיצה על סימן הפלוס, אתה יכול להראות את הטקסט רמה אחת מתחת.

בלחיצה על שם הטקסון, אתה פותח כרטיסייה חדשה המכילה כל מבנה רצף, זוג של הטקסון. בנוסף לחיפוש רצפים ומבנים עם מזהי בנק CEM או מידע על מינים, מסד הנתונים של I Ts two מספק גם חיפוש מבוסס פיצוץ. עם זאת, נהלי פיצוץ בולטים לרוב אינם מסוגלים לזהות קשר רחוק.

I ts שני רצפים בגלל סטיית הרצף הגבוהה. כדי להתגבר על מכשול זה, יישמנו חיפוש פיצוץ מבוסס רצף ומבנה הכולל מידע על המבנה השמור ביותר לחיפוש ההומולוגיה. זה נעשה על ידי תרגום מבנה הרצף לרצף פסאודו חלבון בן 12 אותיות.

לפיכך דגימת מינים שמתחילה בכל רצף של עניין ומכסה. טווחים טקסונומיים רחבים הפכו לפשוטים כמו חיפוש פיצוץ. כדי לבצע חיפוש מהיר, באפשרותך להקליד את רצפי השאילתות שלך בעורך הרצפים.

אם רצף השאילתה שלך הוא רצף נוקלאוטידים רגיל ללא מבנה, נעשה שימוש באלגוריתם נפוץ n עבור רצפים הכוללים את המבנים המשניים שלהם. ממשק האינטרנט משתמש באלגוריתם I Ts two blast. התחל את התהליך על ידי לחיצה על פיצוץ.

לאחר כמה רגעים, להיטי הפיצוץ שלך נרשמים בהקשה חדשה. כאן תראה הקשה אחת עבור כל רצף שאילתה. בלחיצה על הצג יישורים, אתה יכול לגלול בין יישורי גבס כמו קודם אתה יכול לבחור את זוגות מבנה הרצף לבחירתך ולהכניס אותם למאגר הנתונים.

במהלך עבודתך על מסד הנתונים של שני ה-ITS, ייתכן שמאגר הנתונים שלך התמלא במספר מבני רצף. אתה יכול לגשת למאגר הנתונים שלך בכל עת ולהציג את התוכן שלו. השלב הבא בניתוח שלך הוא יישור מבנה הרצפים המרובים.

לחץ על ניתוח מערך נתונים, ולאחר מכן רצף ומבנה כדי לבצע את יישור מבנה הרצף. כעת, אתה מתבקש לבחור את המצב הגרפי של היישור שלך. עבור קבוצה גדולה של רצפים, מומלץ לבחור את הגרסה הדקה.

מכיוון שמאגר הנתונים שלנו מכיל רק כמה מבני רצף, אנו בוחרים במצב הגרפי המלא. לאחר השלמת החישוב, היישור מתווסף למאגר הנתונים שלך. על-ידי סימון צד אחד של זוג בסיסים, אתה מסמן אוטומטית את המקביל שלו.

לבסוף, היישור יכול להיות בטוח בלחיצה על יישור בטוח. לאחר שתהיה מרוצה מאיכות יישור מבנה הרצף שלך, תוכל לחשב שכן פילוגנטי המצטרף לעץ על ידי לחיצה על נתח מערך נתונים, ולאחר מכן על שכן. צירוף העץ שנוצר מופיע בכרטיסייה חדשה.

אתה יכול לשנות את קנה המידה של העץ שלך בחופשיות באמצעות פס הגלילה, לנתב מחדש את העץ שלך על ידי לחיצה על צומת שרירותי או עלה של העץ ולאחר מכן לנתב מחדש בצומת זה. אם ברצונך להסיר טקסון ממאגר הנתונים שלך, לחץ על העלה ובחר. הסר צומת זה מהמאגר.

עכשיו אתה יכול לחשב מחדש את היישור והעץ שלך עם דגימת טקסון מופחתת בלחיצה על עץ בטוח. אתה יכול לשמור את העץ הפילוגנטי שלך בפורמט NU. לחץ על אודות אתר זה ולאחר מכן על כלים כדי למצוא מידע נוסף על הכלים העצמאיים למכירה ויתרונות.

מלבד היישור בפונקציית הצטרפות השכן כפי שמסופק גם על ידי ממשק האינטרנט של מסד הנתונים I Ts two, כעת תוכל לגשת למספר פונקציות חדשות, למשל, מינים Del Limitation המבוססים על שינויים מבוססי פיצוי. בדקות האחרונות, רצינו להראות לכם כמה טריקים כיצד תוכלו לשפר את הניתוח הפילוגנטי שלכם. הראינו לך כיצד לאסוף את הנתונים שלך ממסד הנתונים של I Ts 2, ליישר אותם עם ארבעה תאים, ולבסוף לחשב את העצים שלך עם Pro S.In כל השלבים הללו, לא לקחנו בחשבון רק רצף, אלא רצף ומבנה. בטוח.

אנו מקווים שנהניתם מהסרט הקטן שלנו ומבניית העצים הכבדים. לילה טוב.