-1::1
Simple Hit Counter
Skip to content

Products

Solutions

×
×
Sign In

HE

EN - EnglishCN - 简体中文DE - DeutschES - EspañolKR - 한국어IT - ItalianoFR - FrançaisPT - Português do BrasilPL - PolskiHE - עִבְרִיתRU - РусскийJA - 日本語TR - TürkçeAR - العربية
Sign In Start Free Trial

RESEARCH

JoVE Journal

Peer reviewed scientific video journal

Behavior
Biochemistry
Bioengineering
Biology
Cancer Research
Chemistry
Developmental Biology
View All
JoVE Encyclopedia of Experiments

Video encyclopedia of advanced research methods

Biological Techniques
Biology
Cancer Research
Immunology
Neuroscience
Microbiology
JoVE Visualize

Visualizing science through experiment videos

EDUCATION

JoVE Core

Video textbooks for undergraduate courses

Analytical Chemistry
Anatomy and Physiology
Biology
Calculus
Cell Biology
Chemistry
Civil Engineering
Electrical Engineering
View All
JoVE Science Education

Visual demonstrations of key scientific experiments

Advanced Biology
Basic Biology
Chemistry
View All
JoVE Lab Manual

Videos of experiments for undergraduate lab courses

Biology
Chemistry

BUSINESS

JoVE Business

Video textbooks for business education

Accounting
Finance
Macroeconomics
Marketing
Microeconomics

OTHERS

JoVE Quiz

Interactive video based quizzes for formative assessments

Authors

Teaching Faculty

Librarians

K12 Schools

Biopharma

Products

RESEARCH

JoVE Journal

Peer reviewed scientific video journal

JoVE Encyclopedia of Experiments

Video encyclopedia of advanced research methods

JoVE Visualize

Visualizing science through experiment videos

EDUCATION

JoVE Core

Video textbooks for undergraduates

JoVE Science Education

Visual demonstrations of key scientific experiments

JoVE Lab Manual

Videos of experiments for undergraduate lab courses

BUSINESS

JoVE Business

Video textbooks for business education

OTHERS

JoVE Quiz

Interactive video based quizzes for formative assessments

Solutions

Authors
Teaching Faculty
Librarians
K12 Schools
Biopharma

Language

he_IL

EN

English

CN

简体中文

DE

Deutsch

ES

Español

KR

한국어

IT

Italiano

FR

Français

PT

Português do Brasil

PL

Polski

HE

עִבְרִית

RU

Русский

JA

日本語

TR

Türkçe

AR

العربية

    Menu

    JoVE Journal

    Behavior

    Biochemistry

    Bioengineering

    Biology

    Cancer Research

    Chemistry

    Developmental Biology

    Engineering

    Environment

    Genetics

    Immunology and Infection

    Medicine

    Neuroscience

    Menu

    JoVE Encyclopedia of Experiments

    Biological Techniques

    Biology

    Cancer Research

    Immunology

    Neuroscience

    Microbiology

    Menu

    JoVE Core

    Analytical Chemistry

    Anatomy and Physiology

    Biology

    Calculus

    Cell Biology

    Chemistry

    Civil Engineering

    Electrical Engineering

    Introduction to Psychology

    Mechanical Engineering

    Medical-Surgical Nursing

    View All

    Menu

    JoVE Science Education

    Advanced Biology

    Basic Biology

    Chemistry

    Clinical Skills

    Engineering

    Environmental Sciences

    Physics

    Psychology

    View All

    Menu

    JoVE Lab Manual

    Biology

    Chemistry

    Menu

    JoVE Business

    Accounting

    Finance

    Macroeconomics

    Marketing

    Microeconomics

Start Free Trial
Loading...
Home
JoVE Journal
Biology
ראפיד ניתוח וחקירה של תמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי
ראפיד ניתוח וחקירה של תמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
Rapid Analysis and Exploration of Fluorescence Microscopy Images

ראפיד ניתוח וחקירה של תמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי

Full Text
12,809 Views
11:41 min
March 19, 2014

DOI: 10.3791/51280-v

Benjamin Pavie*1, Satwik Rajaram*1, Austin Ouyang2, Jason M. Altschuler1,3, Robert J. Steininger III1, Lani F. Wu1, Steven J. Altschuler1

1Green Center for Systems Biology,UT Southwestern Medical Center, 2Advanced Imaging Research Center,UT Southwestern Medical Center, 3Princeton University

AI Banner

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This article presents a workflow for the rapid analysis and exploration of fluorescence microscopy images using the PhenoRipper platform. The method enhances efficiency in identifying phenotypic profiles from high-throughput imaging screens.

Key Study Components

Area of Science

  • Fluorescence microscopy
  • Image analysis
  • Phenotypic profiling

Background

  • Fluorescence microscopy is a powerful tool for visualizing cellular structures.
  • High-throughput imaging generates large volumes of data.
  • Automated analysis can streamline the interpretation of complex images.
  • Existing methods often require time-consuming manual identification of individual cells.

Purpose of Study

  • To develop a faster and easier workflow for analyzing fluorescence microscopy images.
  • To utilize the PhenoRipper platform for efficient data processing.
  • To enable the exploration of phenotypic profiles across different experimental conditions.

Methods Used

  • Cells are seeded into plates and treated with various perturbations.
  • Images are acquired using an automated fluorescence microscope.
  • Images are loaded onto the PhenoRipper platform using the Pheno Loader tool.
  • Analysis parameters are set to identify recurrent block types and generate phenotypic profiles.

Main Results

  • The PhenoRipper platform successfully identifies relationships between different conditions and image features.
  • Cluster grams illustrate the comparison of complex phenotypes.
  • The workflow significantly reduces analysis time compared to traditional methods.
  • Phenotypic profiles can be easily explored using the Pheno Browser.

Conclusions

  • The PhenoRipper platform offers a rapid and efficient method for analyzing fluorescence microscopy images.
  • This approach facilitates the exploration of subtle phenotypic differences.
  • It represents a significant advancement over existing image analysis techniques.

Frequently Asked Questions

What is the PhenoRipper platform?
PhenoRipper is an image-analysis platform designed for rapid analysis of fluorescence microscopy images.
How does the workflow improve analysis speed?
The workflow automates the identification of phenotypes, reducing the need for manual cell identification.
What types of images can be analyzed?
The platform is designed for fluorescence microscopy images acquired from high-throughput screens.
Can the results be visualized?
Yes, results can be visualized through cluster grams and explored using the Pheno Browser.
What are the advantages of using this method?
The method is faster, easier to use, and allows for the exploration of complex phenotypes.
Is prior experience with image analysis required?
No, the PhenoRipper platform is designed to be user-friendly and accessible to researchers.

כאן אנו מתארים זרימת עבודה עבור מהירות ניתוח ולחקור את האוספים של תמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטי באמצעות PhenoRipper, פלטפורמת דימוי ניתוח שפותחה לאחרונה.

המטרה הכוללת של הליך זה היא להשתמש בפלטפורמת ניתוח תמונות כדי לנתח ולחקור במהירות תמונות מיקרוסקופיה פלואורסצנטית. זה מושג על ידי זריעת תאים תחילה לצלחת, הוספת הפרעות לכל באר ודגירה של הצלחת. לאחר מכן התמונות נרכשות באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי אוטומטי, והתמונות נטענות באופן אוטומטי למחצה על פלטפורמת ניתוח התמונות של pheno ripper באמצעות כלי מעמיס pheno.

לאחר הגדרת פרמטרי הניתוח, pheno ripper מזהה אוטומטית סוגי בלוקים חוזרים בתמונות ומייצר פרופילים פנוטיפיים עבור כל תמונה שניתן לחקור באמצעות דפדפן pheno. בסופו של דבר, גרם האשכול הסופי מראה קשרים בין תנאים ותכונות תמונה שונים, מה שמאפשר השוואה של פנוטיפים מורכבים אך עדינים שנוצרו על ידי מסך ההדמיה בתפוקה גבוהה. היתרון העיקרי של טכניקה זו על פני שיטות קיימות הדורשות זיהוי אוטומטי של תאים בודדים הוא שהיא הרבה יותר מהירה וקלה לשימוש.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

Sign In Start Free Trial

Explore More Videos

יסוד פרוטוקול גיליון 85 PhenoRipper מיקרוסקופ פלואורסצנטי ניתוח תמונה ניתוח גבוהה תוכן הקרנת תפוקה גבוהה קוד פתוח הפנוטיפ

Related Videos

כלי אנליטי שמכמת שינויי מורפולוגיה תאיים מתמונות פלואורסצנציה תלת ממדים

10:00

כלי אנליטי שמכמת שינויי מורפולוגיה תאיים מתמונות פלואורסצנציה תלת ממדים

Related Videos

15.2K Views

ניתוח כמותי של Autophagy באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי 3D מתקדם

09:59

ניתוח כמותי של Autophagy באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי 3D מתקדם

Related Videos

18.5K Views

רכישת זמן לשגות סרטים הקרינה של שמרים להנץ וניתוח Dynamics תא בודד באמצעות שתלי

17:01

רכישת זמן לשגות סרטים הקרינה של שמרים להנץ וניתוח Dynamics תא בודד באמצעות שתלי

Related Videos

13.4K Views

זרימת עבודה עבור גבוהה תוכן, כימות תא יחידה של פלורסנט סמנים מUniversal מיקרוסקופים נתונים, הנתמכים על ידי תוכנות קוד פתוחות

09:57

זרימת עבודה עבור גבוהה תוכן, כימות תא יחידה של פלורסנט סמנים מUniversal מיקרוסקופים נתונים, הנתמכים על ידי תוכנות קוד פתוחות

Related Videos

13.6K Views

יישומים של pHluorin עבור כמותי, קינטי וניתוח תפוקה גבוהה של אנדוציטוזה שמרים הנצה

10:02

יישומים של pHluorin עבור כמותי, קינטי וניתוח תפוקה גבוהה של אנדוציטוזה שמרים הנצה

Related Videos

11.4K Views

ניתוח תוכן גבוה קוד פתוח ניצול מיקרוסקופי הדמית חי קרינה האוטומטית

09:30

ניתוח תוכן גבוה קוד פתוח ניצול מיקרוסקופי הדמית חי קרינה האוטומטית

Related Videos

12.6K Views

סריקת שקופיות אוטומטיים, פילוח ברקמות שכותרתו Fluorescently באמצעות מערכת ניתוח Widefield גבוהה-תוכן

09:33

סריקת שקופיות אוטומטיים, פילוח ברקמות שכותרתו Fluorescently באמצעות מערכת ניתוח Widefield גבוהה-תוכן

Related Videos

8.5K Views

עירור-סריקת מיקרוסקופ היפרספקטקטרלי ביעילות אותות זריחה להפלות

07:34

עירור-סריקת מיקרוסקופ היפרספקטקטרלי ביעילות אותות זריחה להפלות

Related Videos

8.5K Views

מנתח מבנה משנה: זרימת עבודה ידידותית למשתמש לחקר מהיר וניתוח מדויק של גופים סלולריים בתמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטית

14:28

מנתח מבנה משנה: זרימת עבודה ידידותית למשתמש לחקר מהיר וניתוח מדויק של גופים סלולריים בתמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטית

Related Videos

8.4K Views

שחזור חתימות פלואורסצנטיות מולדות חד-תאיות על ידי מיקרוסקופיה קונפוקלית

07:29

שחזור חתימות פלואורסצנטיות מולדות חד-תאיות על ידי מיקרוסקופיה קונפוקלית

Related Videos

3.2K Views

JoVE logo
Contact Us Recommend to Library
Research
  • JoVE Journal
  • JoVE Encyclopedia of Experiments
  • JoVE Visualize
Business
  • JoVE Business
Education
  • JoVE Core
  • JoVE Science Education
  • JoVE Lab Manual
  • JoVE Quizzes
Solutions
  • Authors
  • Teaching Faculty
  • Librarians
  • K12 Schools
  • Biopharma
About JoVE
  • Overview
  • Leadership
Others
  • JoVE Newsletters
  • JoVE Help Center
  • Blogs
  • JoVE Newsroom
  • Site Maps
Contact Us Recommend to Library
JoVE logo

Copyright © 2026 MyJoVE Corporation. All rights reserved

Privacy Terms of Use Policies
WeChat QR code