23 ביולי 2014
SIVQ-LCM הוא גישה חדשנית שרותמת אלגוריתם מחשב, מרחבית הקבועים וקטור קוונטיזציה (SIVQ), לנהוג microdissection ללכוד לייזר התהליך (LCM). זרימת העבודה SIVQ-LCM משפרת באופן משמעותי את המהירות ודיוק של microdissection, עם יישומים בשני המחקר ומסגרות קליניות.
המטרה הכוללת של הליך זה היא להשתמש בניתוח תמונה קבוע מרחבי, קוונטיזציה וקטורית או SIVQ בשילוב עם לכידת לייזר MICRODISSECTION או LCM כדי לזהות תכונות רקמה מעניינות ולבצע במהירות מיקרו-דיסקציה מכוונת. זה מושג על ידי צילום תמונות של רקמת המטרה עבור SIVQ. לאחר מכן מבוצע ניתוח SIVQ, והערת SIVQ מיובאת למכשיר המיקרו-דיסקציה לעיבוד.
בסופו של דבר, ניתן לבודד את התאים המעניינים על ידי S-I-V-Q-L-C-M לניתוח מולקולרי במורד הזרם. היתרון העיקרי של טכניקה זו על פני השיטות הקיימות הוא ש-S-I-V-Q-L-C-M מייעלת את תהליך הבחירה והניתוח המיקרו של אזורי מטרה גדולים שאחרת היו מאתגרים ועתירי זמן על ידי טכניקות מיקרו-דיסקציה מסורתיות של לכידת לייזר. ידגים את ההליך ד"ר אבי רוזנברג, עמית קליני במעבדתנו, כדי לדמות את דגימות הרקמה המעניינות.
ראשית, טען את השקופיות על השלב הממונע של מכשיר המיקרו-דיסקציה והפעל את התוכנה הקשורה. לאחר מכן בחר את תיבות הסימון המתאימות לציון המיקומים של השקופיות שנטענו וודא שקבצי התמונה שצולמו יישמרו בפורמט JPEG. התאם את הבהירות והמיקוד של התמונה על המסך כדי לייעל את איכות התמונה.
לאחר מכן, בעזרת ארגז הכלים לבדיקה, הפעל את המפזר והגדר בהירות מנורה של 60 ורווח מצלמה של שניים 20. בחלון הסקירה הכללית, לחץ לחיצה ימנית כדי לבחור, לזכור הגדרות ולשמור. לכוד תמונה ממוזערת של מבט כולל על השקופית כדי לספק מפת דרכים לתהליך החיתוך.
התאם הגדלה ומצא את אזור העניין. לאחר מכן צלם תמונה של האזור לניתוח אלגוריתם של התמונות שצולמו. התחל בהעברת התמונות לתיקיית SIVQ.
לאחר מכן פתח את SIVQ וטען את התמונה שצולמה המעניינת. נווט לאזור העניין והתאם את גודל אזור התצוגה, חמישה ושישה חלונות תצוגה מבלי להתאים את ההגדלה של התמונה. לאחר מכן בחר את גודל וקטור הטבעת ואת מספר הטבעות שישמשו לניתוח.
לחץ לחיצה ימנית על תכונת התמונה הפרדיקטית שתצולם בחלון התצוגה שש, בחר מפת חום ולאחר מכן לחץ על סרוק ל-X כדי לנתח את התמונה. לאחר מכן השתמש בחלק העליון מבין שני מוטות ההזזה האופקיים כדי להתאים את הספציפיות הווקטורית הכוללת. השתמש בסרגל התחתון כדי להגביר את הרגישות לאחר ביצוע העור.
כדי להגדיל את האזור המסווג כהתאמה, בטל את הסימון בתיבת הרדיו של מפת החום כדי לוודא שמפת החום SIVQ משתנה לצבע אדום אחיד ולהגדיל את גודל הצבע. שמור את התמונה על ידי לחיצה על כפתור שמירת התמונה. לאחר מכן המר את פלט ה-BMP לפורמט קובץ JPEG.
לאחר מכן השתמש בעורך הקסדצימלי כדי לחדש את קואורדינטות המיקום שנמצאו בין תחילת סמן התמונה לסמן טבלת הקוונטיזציה המוגדר הראשון לכותרת הקובץ של ה-JPEG שלאחר הניתוח מתמונת מכשיר הניתוח המקורית לפני תחילת המיקרו-דיסקציה. מקם את מכסה ה-MICRODISSECTION או LCM לכידת הלייזר במרכז אזור העניין שבו צולמו התמונות לניתוח SIVQ. לאחר מכן, לאחר כיול לייזרי ה-UV והאינפרא אדום, בצע אופטימיזציה של הפרמטרים כולל משך הספק, מיקומי לייזר ומהירות חיתוך UV.
לאחר מכן פתח את תוכנת הבחירה האוטומטית וייבא את התמונה המנותחת. צור קובץ ניתוח חדש כדי להכשיר את תוכנת הבחירה האוטומטית לזהות את ביאור SIVQ. כעת בחר את אזורי הרקע המסומנים על ידי הריבועים הכחולים של התמונה המנותחת של SIVQ.
לאחר מכן בחר את אזורי העניין או R OIS המסומנים בעיגולים האדומים ולחץ על למד כדי ליצור את קובץ ההדרכה. העתיקו את האזורים שנבחרו לתמונה החיה. כדי להתחיל את המיקרו-דיסקציה, בחר את ארגז הכלים של מיקרו-דיסקט ובחר את כפתורי לכידת האינפרא אדום או חיתוך ה-UV המתאימים.
לאחר השלמת החיתוך, העבר את מכסה ה-LCM לתחנת בקרת האיכות וצלם תמונה של הדגימה המנותחת. לבסוף, אם הדגימות הרצויות נותחו בהצלחה, לחץ על כפתור השלב הנוכחי והסר את מכסה ה-LCM כדי להתחיל את הליך המיצוי המולקולרי לניתוח במורד הזרם. בניסוי מייצג זה, קטע רקמת שד אנושית משובץ פרפין קבוע פורמלין היה אימונוסטיין עבור ציטוקרטין AE אחד, AE 3 באמצעות פרוטוקול אימונוהיסטוכימיה סטנדרטי.
מכיוון שלא ניתן לכסות רקמה זו לצורך מיקרודיסקציה, התאים המוכתמים האימונוהיסטוכימיים יכולים להיות קשים להערכה ויזואלית. לפיכך, כדי לספק התאמת אינדקס טובה יותר ותמונה משופרת, נוספו קסילנים לחלק הרקמה כדי ליצור החלקת כיסוי מדומה. לאחר מכן צולמה תמונת JPEG של האזור החליק של הכיסוי המדומה, ויובאה ל-SIVQ לניתוח אלגוריתמים.
תכונת תמונה פרדיקטית שנצפתה ככתם DAB חום כהה נבחרה על ידי המשתמש ואלגוריתם SIVQ הופעל לניתוח תמונה. לאחר מכן הוסבה מפת החום של SIVQ לצבע אדום המזוהה על ידי תוכנת הבחירה האוטומטית, והקסילנים הורשו להתאדות. לאחר מכן יובאה מפת החום של SIVQ לתוכנת הבחירה האוטומטית.
לבסוף, התאים המודגשים נותחו באמצעות לייזר אינפרא אדום. לאחר מכן הועבר מכסה ה-LCM לתחנת בקרת האיכות של מכשיר המיקרו-דיסקציה ונבדק ויזואלית כדי להעריך את הצלחת הדיסקציה. הרקמה הנותרת נבדקה גם היא ומפת החום של SIVQ יובאה מחדש.
כדי לאשר עוד יותר את היעילות של המיקרו-דיסקציה, לאחר השליטה ב-S-I-V-Q-L-C-M ניתן לבצע תוך דקות ספורות לכל שקופית במהירות, ולספק קלט מועשר למגוון טכניקות אנליטיות במורד הזרם. לאחר צפייה בסרטון זה, אתה אמור להבין היטב כיצד ליישם S-I-V-Q-L-C-M בזרימת העבודה שלך במיקרו-דיסקציה.
צפו בתמליל המלא וקבלו גישה לאלפי סרטונים מדעיים
SIVQ-LCM היא טכניקה חדשנית המשלבת כימות וקטורי ללא תלות במרחב (SIVQ) עם מיקרודיסקציה בלכידת לייזר (LCM) כדי לשפר את יעילות המיקרודיסקציה של רקמות. שיטה זו מאפשרת בידוד מהיר ומדויק של תאים לצורך אנליזה מולקולרית, ובכך היא בעלת ערך הן במחקר והן ביישומים קליניים.
SIVQ-LCM משלב ניתוח תמונה מתקדם עם מיקרודיסקציה בלייזר (laser capture microdissection) אוטומטית, המאפשרת בידוד מהיר, הדיר ובעל תפוקה גבוהה של אוכלוסיות תאים ספציפיות מרקמות מורכבות. יכולת זו פותרת צווארי בקבוק מרכזיים בהכנת דגימות לפרופיל מולקולרי, ותומכת בתיקוף יעדים חסון ובגילוי סממנים ביולוגיים (biomarkers) בשלבים הבאים. האוטומציה והדיוק של הפלטפורמה משפרים את הביטחון החזוי ואת היעילות התפעולית לאורך צינורות של מחקרי גילוי ומחקרים תרגומיים.
SIVQ-LCM ממוקמת בממשק שבין דימות רקמות, אנוטציה של מאפיינים ומיקרודיסקציה אוטומטית, ובכך היא מגשרת בין תהליכי הגילוי המוקדמים לבין זרימות עבודה של מחקרים טרנסלציונליים.