איתור ובידוד של קמפילובקטר spp. מבשר נא
23 בפברואר 2024
קמפילובקטר הוא הגורם המוביל לדלקת גסטרואנטריטיס חיידקית המועברת במזון ברחבי העולם. למרות שמפעלים נוקטים צעדים להפחתת השכיחות בכל המתקנים שלהם, מוצרים מזוהמים מגיעים באופן עקבי לצרכנים. הטכניקה שפותחה בשתים עשרה השנים האחרונות נותנת מענה למגבלות של השיטות הקיימות לבידוד וגילוי קמפילובקטר spp. מבשר נא.
מחקר זה מספק פרוטוקול מהיר וחזק לבידוד קמפילובקטר ממוצרי מזון. הוא מתגבר על מספר חסרונות של שיטות קיימות ומציע יתרונות לאיתור ואפיון הבאים של בידוד. עזרי השטיפה בשטח הם לעתים קרובות גדולים פי 10, 000 מהדגימות המשמשות בבדיקות זיהוי בטיחות מזון, כגון PCR.
יש צורך לצמצם את הטעות של תת-דגימה כדי להבטיח שהתוצאות מייצגות את האוכלוסייה המעוניינת בכך. פרוטוקול זה שימש לבידוד מעל 50 זנים של קמפילובקטר, אשר שימשו לאחר מכן במחקרים גנומיים. הנתונים והניתוח שלנו תרמו להבנת מנגנוני המולקולה של סוכני המאכסן של קמפילובקטר והעברת גנים אופקית.
כזה בגודל יקל על פיתוח אסטרטגיות טיפוליות חדשות לניהול קמפילובקטרוזיס. פרוטוקול זה מציע הזדמנות להפחית את תת-הדגימה פי 13 וגם מקצר את הזמן הדרוש לבידוד קמפילובקטר מבשר נא ב-24 שעות או בתוך יום עבודה של שמונה שעות. מחקרים עתידיים יוכלו ליישם מתודולוגיה זו לבידוד קמפילובקטר, לא רק ממוצרי מזון, אלא גם מדגימות סביבתיות.
זה יכול לעזור למנוע תוצאות שליליות כוזבות ולספק כימות מדויק יותר של מספר הדגימות המזוהמות.
סקירה כללית
מחקר זה עוסק באתגר של בידוד Campylobacter ממוצרי מזון, דבר החיוני למניעת גסטרואנטריטיס המועברת במזון. הפרוטוקול שפותח משפר באופן משמעותי את היעילות והדיוק של זיהוי פתוגן זה בבשר נא.
מרכיבי מפתח של המחקר
תחום המחקר
- בטיחות מזון
- גילוי מיקרוביאלי
- בידוד Campylobacter
רקע
- Campylobacter הוא גורם מוביל למחלות המועברות במזון ברחבי העולם.
- לשיטות הזיהוי הנוכחיות יש מגבלות משמעותיות.
- פרוטוקולים משופרים יכולים לחזק את אמצעי בטיחות המזון.
שיטות שנעשה בהן שימוש
- פרוטוקול בידוד של Campylobacter מדגימות מזון.
- שימוש בעוף כאורגניזם מודל.
- יישום של PCR ומצעים סלקטיביים לצורך זיהוי.
תוצאים עיקריים
- הפרוטוקול מפחית שגיאות דגימה משנית ומקצר את זמן הבידוד ב-24 שעות.
- למעלה מ-50 זני Campylobacter בודדו בהצלחה למחקרים גנומיים.
- שיפור הדיוק בכימות של דגימות מזוהמות.
מסקנות
- המחקר מספק שיטה מעשית לשיפור הגילוי של Campylobacter במוצרי מזון.
- גישה זו בעלת חשיבות עבור מחקרים בנושאי בריאות הציבור ובטיחות מזון.
שאלות נפוצות
רלוונטיות תעשייתית למנהלים
גילוי ובידוד יעילים של Campylobacter spp. מבשר נא הוא קריטי למעקב אחר בטיחות מזון ולמחקר תרגומי על פתוגנים המועברים במזון. פרוטוקול זה מגביר את הביטחון החזוי בהערכת זיהומים ותומך בהשגה חזקה של זנים לצורך אפיון מולקולרי בהמשך. תאימותו לתהליכי עבודה רגולטוריים וגנומיים ממצבת אותו כנכס בעל ערך עבור מו"פ בביו-פרמה ופורטפוליו של בריאות הציבור.
יישומים אסטרטגיים במחקר ופיתוח בביופארמה
גילוי מוקדם ותיקוף מטרה
- מאפשר בידוד של זני Campylobacter מגוונים לצורך מחקרים של מנגנונים מולקולריים.
- תומך בתיקוף פונקציונלי של אינטראקציות בין פתוגן למארח הרלוונטיות למחקר טיפולי.
- מסייע בהפחתת סיכונים ביולוגיים על ידי צמצום שגיאות דגימה חלקית ותוצאות שגויות שליליות.
- משפר את רמת הביטחון בחיזוי של ייחוס מקור הזיהום.
סריקה ופיתוח בדיקה
- מכין בידודים באיכות גבוהה עבור בדיקות multiplex qPCR וריצוף גנום שלם.
- מסטנדרט את שלבי ההעשרה והסינון לצורך זיהוי פתוגנים הניתן לשחזור.
- מספק פלטים כמותיים להערכה השוואית של זיהום דגימות.
- מאפשר סריקה ניתנת להרחבה של דגימות מזון וסביבה לצורך מעקב אחר פתוגנים.
מחקר תרגומי ופרה-קליני
- תואם לגילוי סמנים ביולוגיים תרגומיים (translational biomarkers) על ידי מתן אפשרות לניתוח גנומי של בידודים.
- תומך ברציפות מדגימה בשטח ועד למחקרי מנגנונים במעבדה.
- מספק נתונים מותאמי סיכון לקידום התערבויות לבטיחות מזון.
- משפר את הפחתת הסיכונים המכניסטיים עבור אסטרטגיות התערבות מועמדות.
שילוב תהליכי עבודה וצנרת עיבוד
פרוטוקול זה משלב שלבים החל מגילוי ראשוני, דרך סריקה ומחקר תרגומי, ותומך בזרימות עבודה החל מדגימה מהשטח ועד לניתוח מולקולרי ואפיון גנומי.
- ביולוגיה של גילוי: מפחית את שגיאת הדגימה ומאפשר בדיקה חסונה של השערות לגבי שכיחות פתוגנים.
- סריקה: מבצע סטנדרטיזציה של הכנת הדגימות עבור בדיקות מולקולריות בעלות תפוקה גבוהה.
- אנליטיקה: מספק נתונים כמותיים על התאוששות וזיהוי ברמת המין באמצעות mqPCR.
- מחקר תרגומי: מקדם המשכיות גנומית ופנוטיפית עבור מחקרים פרה-קליניים.
- שימוש חוזר ארגוני: מציע פרוטוקול מהודק, התואם לרגולציה וניתן להתאמה לסוגי דגימות ומחקרים שונים.
השפעה תפעולית וארגונית
- ערך מדעי: מגביר את הביטחון החזוי ומפחית עמימות מכניסטית בזיהוי פתוגנים.
- ערך תפעולי: מספק תהליכי עבודה סטנדרטיים, ניתנים לשחזור וניתנים להרחבה עבור בידוד וזיהוי.
- ערך אסטרטגי: מאפשר קבלת החלטות מהירה יותר בנוגע להמשך ביצוע (go/no-go) ומפחית סיכון ביולוגי בשלבים מאוחרים במחקר ופיתוח של בטיחות מזון.
- השפעה על הפורטפוליו: תומך בתיעדוף מותאם סיכונים של אסטרטגיות התערבות וניטור.
שיקולי יישום
- דורש מומחיות בטיפול בדגימות מיקרוביולוגיות ובהקמת בדיקות מולקולריות.
- נדרשת גישה למכשור צנטריפוגה, מצעים סלקטיביים ומכשירי real-time PCR.
- מחייב סטנדרטיזציה בין-צוותית לעיבוד דגימות ופירוש נתונים.
- ניתן להתאמה למטריצות של דגימות מזון וסביבה באמצעות התאמות בפרוטוקול.
- תלוי בשמירה על בקרת זיהום קפדנית ובתנאי העשרה מןוכשים.
שאלות נפוצות בביופארמה
Chapters in this video
0:00
Introduction
1:48
Isolating Campylobacter spp. and Selective Enrichment of Campylobacter from Raw Meat
3:14
Isolation and Purification of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli from Raw Chicken
4:45
Identification of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli Species Isolated from Raw Chicken
