זיהוי שינויים ממוקדים בסרטן ריאות של תאים לא קטנים באמצעות ריצוף מהדור הבא

המחקר שלי מגלה מוטציות גנטיות בסרטן לשיפור האבחון והטיפול. כדי להתחיל, יש לרשום את פרטי הדגימה במערכת ניהול המידע המעבדה ולמלא טופס הסכמה מדעת לבדיקת מוטציה גנטית. באמצעות להבי מיקרוטום חד-פעמיים, חתכו חתכים מסרטן הריאות הלא-קטן, דגימת פרפין פורמלית וקבועה.

לאחר מכן מבצעים צביעת המטוקסילין ואאוזין שגרתית להערכת תכולת תאי הגידול. לצורך הפקת חומצות גרעין, באמצעות מיקרוטום, חתך את בלוק הפרפין הקבוע והפורמלי לקבלת סרט, ומניחים את הסרט בצינור מיקרוצנטריפוגה בנפח 1.5 מיליליטר. העבר את הצינור למיקום הקלט המיועד לדגימה במכשיר החילוץ האוטומטי.

לאחר מכן, השתמש במכשיר חילוץ אוטומטי עם ערכת חילוץ אוטומטית. החלף את שלבי הפיפטינג הידניים במערכת אוטומטית של חילוץ חומצות גרעין עם חרוזים מגנטיים. לאחר מכן בחר בתוכנית C1102 על הכלי.

בחר את זמן הדגירה של הדגימה להסרת שעווה כ-16 שעות, וקבע את נפח האלוסיאן ל-100 מיקרוליטר. השתמש בספקטרופוטומטריה כדי לאמת את טוהר ה-DNA. לאחר מכן השתמשו בערכת גילוי עם צבעים פלואורסצנטיים ספציפיים לרצף כדי לבצע בדיקה פלואורומטרית למדידת ריכוז DNA מדויקת.

להכנת DNA גנומי מקוטע באמצעות אולטרסוניקציה, ערבבו 200 ננוגרם DNA גנומי ב-50 מיקרוליטר של בופר עם טריס-EDTA נמוך. הנח את צינור הדגימה במדף דגימות מקורר מראש, נשמר בטמפרטורה של שמונה מעלות צלזיוס. הגדר את פרמטרי המכשיר לפי הפרוטוקול והתחל את פיצול ה-DNA.

כדי להתחיל בהכנה אוטומטית לספרייה, לחצו על כפתור ההפעלה כדי להפעיל את המערכת והמתינו להשלמת האתחול. נווט להגדרת התוכנית, בחר בפרוטוקול הרצה, ובחר פרוטוקול BurningRock HS. הגדר את סוג הדגימה ל-DNA איכותי, כמות הכניסה לננוגרמים ל-50, מחזורי קדם-PCR ל-12, ומחזורי הפוסט-PCR ל-12. לאחר מכן לחץ על רץ כדי להמשיך.

לאחר מכן מכניסים את מחסנית המגיב המוקדם לחריץ המיועד במכשיר, אשר יאמת אוטומטית את מיקום ומצב המגיב שלו. לאחר טעינת הדגימות, לחץ על Start כדי להתחיל את הריצה האוטונומית. התבונן במדדי ה-LED במערכת כדי לעקוב אחרי ההתקדמות.

לאחר סיום התוכנית, לחץ על אישור כדי לאשר והמערכת תעביר אוטומטית את הספרייה הסופית לצינור הספרייה, ותשלים את ההכנה לספרייה. מדדו את הריכוז של הספרייה לפני הספרייה ושל הספרייה הכוללת באמצעות פלואורומטריה. דילל את ספריית הריצוף ל-1.6 פיקומולר ו-1300 מיקרוליטר לפעולות ריצוף.

שלוט בסביבת הריצוף על ידי שמירה על טמפרטורה ולחות פנימית. בקרת איכות מלאה של נתוני פלט המכשיר על ידי אימות איכות הבסיס מעל Q 30 ומסנן העברת צפיפות אשכולות. תהליך הגילוי האופטימלי זיהה באופן אמין מספר שינויים גנומיים ניתנים לפעולה קלינית בדגימות גידול מייצגות.

תוצאות הריצוף הראו EGFR בתדר גבוה p. מוטציה של L858R מוטציית חישה, בליווי הגברה משמעותית במספר עותק הגן EGFR. נצפתה הגברה מתונה של גן MET ונצפתה הגברה ברמה נמוכה של גן BRAF.

הדגימה הציגה עומס מוטציה ביניים של הגידול ומצב יציב של מיקרו-לוויין. כל לוקוסי הגנים הממוקדים, כולל ALK, BRAF, KRAS ו-ROS1, השיגו שיעור גילוי של 100% בארבעה ניסויים שכפולים. כל מוטציה זוהתה בעקביות בכל ארבעת הניסויים החוזרים, כאשר ערכי השפע הצפויים נשארו בטווח התנודות התקין, NJS מספק פרופיל גנטי דחיסה לסרטן ריאות לא תאים קטנים על ידי זיהוי גנים נפוצים, נדירים וחדשים בו זמנית.

המחקר העתידי שלנו יתמקד בשילוב פתולוגיה מולקולרית עם בינה מלאכותית כדי לחקור סמנים ביולוגיים חדשים לסרטן הריאות.