Name: מטגנומיקה של DNA ויראלי בדגימות צואה אנושית (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-24T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 15 s
Description: למד פרוטוקול גמיש לאנריץ' וחילוץ DNA ויראלי מדגימות צואה אנושית. השיטה מייצרת וירומים באיכות גבוהה לסיקור ולניתוח מטגנומי מדויק של הווירוספירה האנושית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+Analyses+of+an+Uncultured+Viral+Community+from+Human+Feces%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Metagenomic Analyses of an Uncultured Viral Community from Human Feces.</a> J Bacteriol. 185 (20), 6220-6223 (2003).</li>
<li>Liang, G., Bushman, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+human+virome%3A+assembly%2C+composition+and+host+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The human virome: assembly, composition and host interactions.</a> Nat Rev Microbiol. 19 (8), 514-527 (2021).</li>
<li>Callanan, J., Stockdale, S. R., Shkoporov, A., Draper, L. A., Ross, R. P., Hill, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biases+in+Viral+Metagenomics-Based+Detection%2C+Cataloguing+and+Quantification+of+Bacteriophage+Genomes+in+Human+Faeces%2C+a+Review%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Biases in Viral Metagenomics-Based Detection, Cataloguing and Quantification of Bacteriophage Genomes in Human Faeces, a Review.</a> Microorganisms. 9 (3), 524(2021).</li>
<li>Garmaeva, S., Sinha, T., Kurilshikov, A., Fu, J., Wijmenga, C., Zhernakova, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Studying+the+gut+virome+in+the+metagenomic+era%3A+challenges+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Studying the gut virome in the metagenomic era: challenges and perspectives.</a> BMC Biol. 17 (1), 84(2019).</li>
<li>Lewandowska, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+and+validation+of+sample+preparation+for+metagenomic+sequencing+of+viruses+in+clinical+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Optimization and validation of sample preparation for metagenomic sequencing of viruses in clinical samples.</a> Microbiome. 5 (1), 94(2017).</li>
<li>Conceição-Neto, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modular+approach+to+customise+sample+preparation+procedures+for+viral+metagenomics%3A+a+reproducible+protocol+for+virome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Modular approach to customise sample preparation procedures for viral metagenomics: a reproducible protocol for virome analysis.</a> Sci Rep. 5 (1), 16532(2015).</li>
<li>Palermo, C. N., Shea, D. W., Short, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+Different+Size+Fractions+Provides+a+More+Complete+Perspective+of+Viral+Diversity+in+a+Freshwater+Embayment%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Analysis of Different Size Fractions Provides a More Complete Perspective of Viral Diversity in a Freshwater Embayment.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (11), e00197-e00221 (2021).</li>
<li>Kleiner, M., Hooper, L. V., Duerkop, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+methods+to+purify+virus-like+particles+for+metagenomic+sequencing+of+intestinal+viromes%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Evaluation of methods to purify virus-like particles for metagenomic sequencing of intestinal viromes.</a> BMC Genomics. 16 (1), 7(2015).</li>
<li>Fudyma, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+viral+particle%2C+soil%2C+and+extraction+buffer+physicochemical+characteristics+and+their+impacts+on+extractable+viral+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Exploring viral particle, soil, and extraction buffer physicochemical characteristics and their impacts on extractable viral communities.</a> Soil Biol Biochem. 194, 109419(2024).</li>
<li>Zhai, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+impact+of+storage+buffer+and+storage+conditions+on+fecal+samples+for+bacteriophage+infectivity+and+metavirome+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The impact of storage buffer and storage conditions on fecal samples for bacteriophage infectivity and metavirome analyses.</a> Microbiome. 11 (1), 193(2023).</li>
<li>Trubl, G., Solonenko, N., Chittick, L., Solonenko, S. A., Rich, V. I., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+viral+resuspension+methods+for+carbon-rich+soils+along+a+permafrost+thaw+gradient%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Optimization of viral resuspension methods for carbon-rich soils along a permafrost thaw gradient.</a> PeerJ. 4, e1999(2016).</li>
<li>Roux, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+quantitative+viromics+for+both+double-stranded+and+single-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Towards quantitative viromics for both double-stranded and single-stranded DNA viruses.</a> PeerJ. 4, e2777(2016).</li>
<li>Kim, K. H., Bae, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amplification+methods+bias+metagenomic+libraries+of+uncultured+single-stranded+and+double-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Amplification methods bias metagenomic libraries of uncultured single-stranded and double-stranded DNA viruses.</a> Appl Environ Microbiol. 77 (21), 7668(2011).</li>
<li>ter Horst, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Minnesota+peat+viromes+reveal+terrestrial+and+aquatic+niche+partitioning+for+local+and+global+viral+populations+%28vol+9%2C+233%2C+2021%29%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Minnesota peat viromes reveal terrestrial and aquatic niche partitioning for local and global viral populations (vol 9, 233, 2021).</a> Microbiome. 9 (1), (2021).</li>
<li>Sorensen, J., Zinke, L., ter Horst, A., Santos-Medellín, C., Schroeder, A., Emerson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNase+Treatment+Improves+Viral+Enrichment+in+Agricultural+Soil+Viromes%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">DNase Treatment Improves Viral Enrichment in Agricultural Soil Viromes.</a> mSystems. 6 (5), e00614-e00621 (2021).</li>
<li>Santos-Medellín, C., Estera-Molina, K., Yuan, M., Pett-Ridge, J., Firestone, M. K., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+turnover+of+soil+viral+populations+and+genotypes+overlain+by+cohesive+responses+to+moisture+in+grasslands%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Spatial turnover of soil viral populations and genotypes overlain by cohesive responses to moisture in grasslands.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 119 (45), e2209132119(2022).</li>
<li>Emerson, J. B., Geonczy, S. E., Santos-Medellín, C., ter Horst, A. M., Fudyma, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Soil+Viromics+Protocol+-+Emerson+Lab+v1%5BTitle%5D)+AND+%22Protocols.io%22%5BJournal%5D)">Soil Viromics Protocol - Emerson Lab v1.</a> Protocols.io. , https://protocols.io/view/soil-viromics-protocol-emerson-lab-v1-b7nyrmfw/v1 (2022).</li>
<li>Göller, P. C., Haro-Moreno, J. M., Rodriguez-Valera, F., Loessner, M. J., Gómez-Sanz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Uncovering+a+hidden+diversity%3A+optimized+protocols+for+the+extraction+of+dsDNA+bacteriophages+from+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Uncovering a hidden diversity: optimized protocols for the extraction of dsDNA bacteriophages from soil.</a> Microbiome. 8 (1), 17(2020).</li>
<li>Larsen, F. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLarsen%2C+F+%22SM+buffer%22">SM buffer</a>. , Protocols.io. https://www.protocols.io/view/sm-buffer-8epv5967jg1b/v1 (2021).</li>
<li>Camargo, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+mobile+genetic+elements+with+geNomad%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Identification of mobile genetic elements with geNomad.</a> Nat Biotechnol. , (2023).</li>
<li>Santos-Medellín, C., Blazewicz, S. J., Pett-Ridge, J., Firestone, M. K., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+but+not+bacterial+community+successional+patterns+reflect+extreme+turnover+shortly+after+rewetting+dry+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Viral but not bacterial community successional patterns reflect extreme turnover shortly after rewetting dry soils.</a> Nat Ecol Evol. 7 (11), 1809-1822 (2023).</li>
<li>Halary, S., Temmam, S., Raoult, D., Desnues, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+metagenomics%3A+are+we+missing+the+giants%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Viral metagenomics: are we missing the giants.</a> Curr Opin Microbiol. 31, 34-43 (2016).</li>
<li>Williamson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+exploration+of+viruses+throughout+the+Indian+Ocean%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Metagenomic exploration of viruses throughout the Indian Ocean.</a> PLoS One. 7 (10), e42047(2012).</li>
<li>Liang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+stepwise+assembly+of+the+neonatal+virome+is+modulated+by+breastfeeding%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The stepwise assembly of the neonatal virome is modulated by breastfeeding.</a> Nature. 581 (7809), 470-474 (2020).</li>
<li>Hillary, L. S., Knotts, T. A., Adams, S. H., Ali, M. R., Olm, M. R., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+extraction+and+virome+processing+methods+strongly+influence+recovered+human+gut+viral+community+characteristics%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">DNA extraction and virome processing methods strongly influence recovered human gut viral community characteristics.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Santos-Medellín, C., Zinke, L. A., ter Horst, A. M., Gelardi, D. L., Parikh, S. J., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viromes+outperform+total+metagenomes+in+revealing+the+spatiotemporal+patterns+of+agricultural+soil+viral+communities%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Viromes outperform total metagenomes in revealing the spatiotemporal patterns of agricultural soil viral communities.</a> ISME J. 15 (7), 1956-1970 (2021).</li>
<li>Gregory, A. C., Zablocki, O., Zayed, A. A., Howell, A., Bolduc, B., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Gut+Virome+Database+Reveals+Age-Dependent+Patterns+of+Virome+Diversity+in+the+Human+Gut%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">The Gut Virome Database Reveals Age-Dependent Patterns of Virome Diversity in the Human Gut.</a> Cell Host Microbe. 28 (5), 724-740 (2020).</li>
<li>Yilmaz, S., Allgaier, M., Hugenholtz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+displacement+amplification+compromises+quantitative+analysis+of+metagenomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Multiple displacement amplification compromises quantitative analysis of metagenomes.</a> Nat Methods. 7 (12), 943-944 (2010).</li>
<li>Kosmopoulos, J. C., Klier, K. M., Langwig, M. V., Tran, P. Q., Anantharaman, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viromes+vs.+mixed+community+metagenomes%3A+choice+of+method+dictates+interpretation+of+viral+community+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Viromes vs. mixed community metagenomes: choice of method dictates interpretation of viral community ecology.</a> Microbiome. 12 (1), 195(2024).</li>
<li>Zhai, X., Gobbi, A., Kot, W., Krych, L., Nielsen, D. S., Deng, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single-stranded+based+library+preparation+method+for+virome+characterization%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A single-stranded based library preparation method for virome characterization.</a> Microbiome. 12 (1), 219(2024).</li>
<li>Hillary, L. S., Adriaenssens, E. M., Jones, D. L., McDonald, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-viromics+reveals+diverse+communities+of+soil+RNA+viruses+with+the+potential+to+affect+grassland+ecosystems+across+multiple+trophic+levels%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">RNA-viromics reveals diverse communities of soil RNA viruses with the potential to affect grassland ecosystems across multiple trophic levels.</a> ISME Commun. 2, 34(2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>אבקת DNase וללא פרוטאז לסרום בקר (BSA)</td><td>פישר ביוריאגנטים</td><td>BP9706100</td><td>למתכון PPBS (שלב 1.1)</td></tr><tr><td>ערכת DNeasy PowerSoil Pro</td><td>QIAGEN</td><td>47016</td><td>ערכת חילוץ DNA (שלב 4.1)</td></tr><tr><td>ערכת ספריית KAPA DNA HyperPrep</td><td>רוש</td><td>לא זמין</td><td>הספריות שנוצרו על ידי ערכה זו סודרו באמצעות פלטפורמת Illumina NovaSeq 6000 (2 x 150 bp).</td></tr><tr><td>מגנזיום סולפט (MgSO4), חסר מים, &GE; 99.5%</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>M7506</td><td>למתכון PPBS (שלב 1.1)</td></tr><tr><td>סליין ממוגן בפוספט (PBS), 10x, pH 7.4, ללא RNase</td><td>Invitrogen</td><td>AM9624</td><td>למתכון PPBS (שלב 1.1)</td></tr><tr><td>מסנני מזרק ממברנה של פוליאתרסולפון (PES), סטרילי, 28 מ"מ, 0.2 & mu; m</td><td>קורנינג</td><td>431229</td><td>לסינון במזרק (שלב 2.9)</td></tr><tr><td>צינורות צנטריפוגה קונית פוליפרופילן, סטריליים, 50 מ"ל</td><td>אולימפוס פלסטיקס</td><td>28-108</td><td></td></tr><tr><td>אשלגן ציטראט מונוהידרט (גביש/מוסמך)</td><td>פישר כימיקל</td><td>P222</td><td>למתכון PPBS (שלב 1.1)</td></tr><tr><td>Qubit&nbsp; צינורות בדיקה</td><td>Invitrogen</td><td>Q32856</td><td>לכימות DNA (שלב 5.1)</td></tr><tr><td>פלואורומטר קיוביט 4</td><td>Invitrogen</td><td>Q33238</td><td>לכימות DNA (שלב 5.1)</td></tr><tr><td>ערכות בדיקת כימות קיוביט dsDNA</td><td>Invitrogen</td><td>Q32850</td><td>לכימות DNA (שלב 5.1)</td></tr><tr><td>RQ1 DNase ללא RNase</td><td>פרומגה</td><td>PR-M6101</td><td>כולל את מאגר התגובה, DNase ותמיסת עצירה</td></tr><tr><td>מסנני מזרק ממברנלית של פוליאתרסולפון הידרופילי (PES), סטרילי, 32 מ"מ, 5.00 ומיקרו; m&nbsp;</td><td>ציטיבה (לשעבר Pall Lab)</td><td>28150-956</td><td>לסינון במזרק (שלב 2.9)</td></tr><tr><td>רוטור אולטרה-צנטריפוגה: רוטור Type 50.2 Ti עם זווית קבועה, 50,000 סל"ד, 302.000 x g, 12 x 39 מ'</td><td>בקמן קולטר</td><td>337901</td><td>אנחנו גם משתמשים ברוטור טיטניום בזווית קבועה מסוג Beckman Coulter Type 70 Ti (קטגוריה 337922). צנטריפוגה ל-3 שעות אם משתמשים ב-70 Ti.</td></tr><tr><td>צינורות אולטרה-צנטריפוגה: בקבוק פוליקרבונט בנפח 26.3 מ"ל עם מכלול פקקים, 25 על 89 מ"מ</td><td>בקמן קולטר</td><td>355618</td><td>תואם לדיסק 50.2 Ti (קטגוריה 337901) ו-Type 70 Ti (קטגוריה 337922) של Beckman Coulter</td></tr><tr><td>אולטרה-צנטריפוגה: Beckman Instruments Optima LE-80K אולטרה-צנטריפוגה רצפתית</td><td>בקמן קולטר</td><td>365668</td><td>אנחנו גם משתמשים ב-Beckman Coulter L8-70M Recurgerated Ultracentrifuge (קטגוריה 344196)</td></tr></tbody></table>

מטגנומיקה של dna ויראלי בדגימות צואה אנושית

DNA Viral Size Fraction Metagenomics for Human Stool Samples

מטגנומיקה של DNA ויראלי בדגימות צואה אנושית

Understanding the healthy human virosphere (the viral component of the microbiome) requires accurate measurements of viral community composition across a ...

dna-viral-size-fraction-metagenomics-for-human-stool-samples

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

צעד אחד RT-PCR assay לגילוי וזיהוי genogroup של מבודד norovirus מ כיסאות ילדים, אשר מנצל primers ו בדיקות TaqMan ספציפיים מסגרת קריאה פתוחה 1 (ORF1)-ORF2 באזור צומת, האזור משומר רוב הגנום norovirus הוא תיאר. לא מסחרי, חסכונית שיטת מיצוי RNA הוא מפורט.

איתור Genogrouping של Noroviruses מ שרפרפים לילדים עד Taqman צעד אחד RT-PCR

ג'נומיקס וירוס אחד (SVG) הוא שיטה לבודד ולהגביר את הגנום של virons בודד. השעיות נגיפיות של מכלול מעורב מסודרים באמצעות cytometry זרימה לשקופית מיקרוסקופ עם בארות בדידות המכילות agarose, ובכך ללכוד את virion והפחתת גז הגנום במהלך עיבוד במורד הזרם. ההגברה הגנום כולו מושגת באמצעות הגברה עקירה מרובה (מד"א) וכתוצאה מכך חומר גנטי שמתאים לסידור.

בידוד ואנליזה של הגנום virions יחיד באמצעות &#39;נומיקס וירוס אחד &quot;

סרטון זה מתאר פרוטוקול בידוד DNA מדגימות צואה של עכברים נושאי גידול במעי הגס. הדנ"א המופק מוגבר באמצעות PCR, והמוצר מנוקה עוד יותר באמצעות גישה מבוססת חרוזים מגנטיים. שיטה זו יכולה לשמש כדי לקבוע את ההשפעה של העשרה סביבתית על מיקרוביוטה המעי הגס ותמותת בעלי חיים.

בידוד דנ"א מיקרוביאלי בצואה: חקר השפעת העשרה סביבתית על מגוון המיקרוביום במודל הגידול המורין

שימוש בדרכי נשימת סיסטיק פיברוזיס כדוגמא, את כתב היד מציגה עבודה מקיפה הכוללת שילוב של גישות metagenomic וmetatranscriptomic לאפיין את החיידקים וקהילות נגיפיות בדגימות הקשורים לבעלי חיים.

טיהור הלא טהור: Metagenomes הרצף וMetatranscriptomes מדוגמאות הקשורים בבעלי חיים מורכבות

כאן, אנו מציגים פרוטוקול מקיף להערכת זמינות החומרים המזינים האורגניים והאנאורגניים ואת השפע והמבנה של קהילות מיקרוביאליות וויראליות בסביבות ימיות מרוחקות.

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס ​​- מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה

כאן, אנו מציגים גישות פנומיות לאפיון פונקציונלי של גנים משוערים של פאג'ים. הטכניקות כוללות בדיקה מפותחת המסוגלת לנטר את חילוף החומרים האנאבולי של המארח, לוחות הבדיקה הרב-פנוטיפיים (MAPs), בנוסף לשיטה המבוססת של מטבולומיקה, המסוגלת למדוד השפעות על חילוף החומרים הקטבולי .

Phenomics הפאג: גישות פיזיולוגיות לאפיין חלבונים חדשים ויראלי

אנחנו מתארים שיטה יעילה, איתנה, וחסכונית לחילוץ חומצות גרעין מן מטליות לאפיון של קהילות חיידקי באמצעות רצף amplicon הגן 16S rRNA. השיטה מאפשרת גישה עיבוד משותף סוגי מדגם מרובים ויכול להכיל מספר תהליכים טיפוליים במורד הזרם.

הפקת חומצות גרעין יעיל 16S rRNA ג&#39;ין רצף עבור בקטריאלי קהילת אפיון

כתב יד זה מתאר פרוטוקול מתוקננת מפורט של תפוקה גבוהה מטוסי אף-16 rRNA-אמפליקון רצף. הפרוטוקול מציג פרוטוקול משולב, לובשי מדים, ריאלי וזולה החל באיסוף הנתונים ניתוחים דגימת צואה. פרוטוקול זה מאפשר ניתוח של מספר רב של דוגמאות עם סטנדרטים קפדניים מספר פקדים.

פרוטוקול מודרך לקבלת צואה אפיון חיידקים על ידי מטוסי אף-16 rRNA-אמפליקון רצף

פרוטוקול זה מבודד RNA כולל באיכות גבוהה מדגימות צואה של נבדקים בעלי חיים ובני אדם. ערכת בידוד miRNA מסחרית משמשת עם הסתגלות משמעותית לבידוד RNA טהור עם כמות ואיכות אופטימליות. מבודדי ה-RNA טובים לרוב מבחני ה-RNA במורד הזרם, כגון ריצוף, מיקרו-מערך ו-RT-PCR.

צואה (מיקרו) בידוד RNA

כימות מדויק של עותקים גנומיים וקטוריים הקשורים לנגיף אדנו (AAV) הוא קריטי, אך פרוטוקול סטנדרטי טרם נקבע. פרוטוקול זה מתאר שיטה מתוקפת להכנת דגימות AAV מטוהרות וביצוע תגובת שרשרת פולימראז טיפתית דיגיטלית (dd_PCR) כדי לכמת באופן אמין את טיטר הגנום הנגיפי.

כימות גנומים נגיפיים הקשורים באדנו בדגימות וקטוריות מטוהרות על ידי תגובת שרשרת של פולימראז טיפתי דיגיטלי

למד פרוטוקול גמיש לאנריץ' וחילוץ DNA ויראלי מדגימות צואה אנושית. השיטה מייצרת וירומים באיכות גבוהה לסיקור ולניתוח מטגנומי מדויק של הווירוספירה האנושית.

מטגנומיקה של DNA ויראלי בדגימות צואה אנושית

גלה סרטונים נוספים