ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Poss, K. D., Wilson, L. G., Keating, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heart+regeneration+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%281979%29%22%5BJournal%5D)">Heart regeneration in zebrafish.</a> Science (1979). 298 (5601), 2188-2190 (2002).</li>
<li>Jopling, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+heart+regeneration+occurs+by+cardiomyocyte+dedifferentiation+and+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Zebrafish heart regeneration occurs by cardiomyocyte dedifferentiation and proliferation.</a> Nature. 464 (7288), 606-609 (2010).</li>
<li>Kikuchi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primary+contribution+to+zebrafish+heart+regeneration+by+gata4%2B+cardiomyocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Primary contribution to zebrafish heart regeneration by gata4+ cardiomyocytes.</a> Nature. 464 (7288), 601-605 (2010).</li>
<li>Bertozzi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Is+zebrafish+heart+regeneration+%22complete%22%3F+Lineage-restricted+cardiomyocytes+proliferate+to+pre-injury+numbers+but+some+fail+to+differentiate+in+fibrotic+hearts%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Is zebrafish heart regeneration "complete"? Lineage-restricted cardiomyocytes proliferate to pre-injury numbers but some fail to differentiate in fibrotic hearts.</a> Dev Biol. 471, 106-118 (2021).</li>
<li>Nguyen, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interplay+between+calcium+and+sarcomeres+directs+cardiomyocyte+maturation+during+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%281979%29%22%5BJournal%5D)">Interplay between calcium and sarcomeres directs cardiomyocyte maturation during regeneration.</a> Science (1979). 380 (6646), 758-764 (2023).</li>
<li>Fukuda, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stimulation+of+glycolysis+promotes+cardiomyocyte+proliferation+after+injury+in+adult+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Rep%22%5BJournal%5D)">Stimulation of glycolysis promotes cardiomyocyte proliferation after injury in adult zebrafish.</a> EMBO Rep. 21 (8), e49752(2020).</li>
<li>Honkoop, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+uncovers+that+metabolic+reprogramming+by+ErbB2+signaling+is+essential+for+cardiomyocyte+proliferation+in+the+regenerating+heart%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis uncovers that metabolic reprogramming by ErbB2 signaling is essential for cardiomyocyte proliferation in the regenerating heart.</a> Elife. 8, e50163(2019).</li>
<li>Lekkos, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+phosphorylation+is+required+for+cardiomyocyte+redifferentiation+and+long-term+fish+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Cardiovasc+Res%22%5BJournal%5D)">Oxidative phosphorylation is required for cardiomyocyte redifferentiation and long-term fish heart regeneration.</a> Nat Cardiovasc Res. 4 (10), 1363-1380 (2025).</li>
<li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Langendorff-like+system+to+quantify+cardiac+pump+function+in+adult+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dis+Model+Mech%22%5BJournal%5D)">A Langendorff-like system to quantify cardiac pump function in adult zebrafish.</a> Dis Model Mech. 11 (9), dmm034819(2018).</li>
<li>Zhang, P. C., Llach, A., Sheng, X. Y., Hove-Madsen, L., Tibbits, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Calcium+handling+in+zebrafish+ventricular+myocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Regul+Integr+Comp+Physiol%22%5BJournal%5D)">Calcium handling in zebrafish ventricular myocytes.</a> Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 300, 56-66 (2011).</li>
<li>Lin, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+and+use+of+a+zebrafish+heart+voltage+and+calcium+optical+mapping+system%2C+with+integrated+electrocardiogram+and+programmable+electrical+stimulation%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Regul+Integr+Comp+Physiol%22%5BJournal%5D)">Construction and use of a zebrafish heart voltage and calcium optical mapping system, with integrated electrocardiogram and programmable electrical stimulation.</a> Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 308, R755-R768 (2015).</li>
<li>Miklas, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amino+acid+primed+mTOR+activity+is+essential+for+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22iScience%22%5BJournal%5D)">Amino acid primed mTOR activity is essential for heart regeneration.</a> iScience. 25 (1), 103574(2022).</li>
<li>García-Poyatos, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cox7a1+controls+skeletal+muscle+physiology+and+heart+regeneration+through+complex+IV+dimerization%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Cox7a1 controls skeletal muscle physiology and heart regeneration through complex IV dimerization.</a> Dev Cell. 59 (14), 1824-1841.e10 (2024).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22How+Agilent+Seahorse+XF+Analyzers+Work%22">How Agilent Seahorse XF Analyzers Work</a>. , Agilent. https://www.agilent.com/en/products/cell-analysis/how-seahorse
-xf-analyzers-work?srsltid=AfmBOopkIZodH4uZO
5puXTOp1U5gdkky661L6TKluz5XgBWGqujHEzww (2026).</li>
<li>Yoo, I., Ahn, I., Lee, J., Lee, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extracellular+flux+assay+%28Seahorse+assay%29%3A+Diverse+applications+in+metabolic+research+across+biological+disciplines%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cells%22%5BJournal%5D)">Extracellular flux assay (Seahorse assay): Diverse applications in metabolic research across biological disciplines.</a> Mol Cells. 47 (8), 100095(2024).</li>
<li>Chablais, F., Jaźwińska, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+myocardial+infarction+in+adult+zebrafish+using+cryoinjury%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Induction of myocardial infarction in adult zebrafish using cryoinjury.</a> J Vis Exp. (62), e3666(2012).</li>
<li>González-Rosa, J. M., Mercader, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryoinjury+as+a+myocardial+infarction+model+for+the+study+of+cardiac+regeneration+in+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Cryoinjury as a myocardial infarction model for the study of cardiac regeneration in the zebrafish.</a> Nat Protoc. 7 (4), 782-788 (2012).</li>
<li>Schnabel, K., Wu, C. C., Kurth, T., Weidinger, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regeneration+of+cryoinjury+induced+necrotic+heart+lesions+in+zebrafish+is+associated+with+epicardial+activation+and+cardiomyocyte+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Regeneration of cryoinjury induced necrotic heart lesions in zebrafish is associated with epicardial activation and cardiomyocyte proliferation.</a> PLoS One. 6 (4), e18503(2011).</li>
<li>Aleström, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish%3A+Housing+and+husbandry+recommendations%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Anim%22%5BJournal%5D)">Zebrafish: Housing and husbandry recommendations.</a> Lab Anim. 54 (3), 213-224 (2019).</li>
<li>Singleman, C., Holtzman, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heart+dissection+in+larval%2C+juvenile+and+adult+zebrafish%2C+Danio+rerio%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Heart dissection in larval, juvenile and adult zebrafish, Danio rerio.</a> J Vis Exp. (55), e3165(2011).</li>
<li>Duan, X., Liu, X., Zhan, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+regulation+of+cardiac+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cardiovasc+Med%22%5BJournal%5D)">Metabolic regulation of cardiac regeneration.</a> Front Cardiovasc Med. 9, 933060(2022).</li>
<li>Yu, F., Cong, S., Yap, E. P., Hausenloy, D. J., Ramachandra, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unravelling+the+interplay+between+cardiac+metabolism+and+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Unravelling the interplay between cardiac metabolism and heart regeneration.</a> Int J Mol Sci. 24 (12), 10300(2023).</li>
<li>Cook, M., Lal, S., Hume, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional%2C+proteomic+and+metabolic+drivers+of+cardiac+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Heart%22%5BJournal%5D)">Transcriptional, proteomic and metabolic drivers of cardiac regeneration.</a> Heart. 111 (18), 851-858 (2025).</li>
<li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming%3A+A+byproduct+or+a+driver+of+cardiomyocyte+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Circulation%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming: A byproduct or a driver of cardiomyocyte proliferation.</a> Circulation. 149 (20), 1598-1610 (2024).</li>
<li>Bond, S. T., McEwen, K. A., Yoganantharajah, P., Gibert, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live+metabolic+profile+analysis+of+zebrafish+embryos+using+a+seahorse+XF+24+extracellular+flux+analyzer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Live metabolic profile analysis of zebrafish embryos using a seahorse XF 24 extracellular flux analyzer.</a> Methods Mol Biol. 1797, 393-401 (2018).</li>
<li>Gibert, Y., McGee, S. L., Ward, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+profile+analysis+of+zebrafish+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Metabolic profile analysis of zebrafish embryos.</a> J Vis Exp. (71), e4300(2013).</li>
<li>Trampel, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seahorse+metabolic+analysis+for+human+and+mouse+cardiac+organotypic+slices%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Seahorse metabolic analysis for human and mouse cardiac organotypic slices.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Ruggiero, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+balanced+circadian+glycolytic+rhythm+drives+cardiomyocyte+cell+cycle+progression+during+fish+heart+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">A balanced circadian glycolytic rhythm drives cardiomyocyte cell cycle progression during fish heart regeneration.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Lee, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+assessment+of+cardiac+responses+of+adult+zebrafish+%28Danio+rerio%29+to+acute+and+chronic+temperature+change+using+high-resolution+echocardiography%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Functional assessment of cardiac responses of adult zebrafish (Danio rerio) to acute and chronic temperature change using high-resolution echocardiography.</a> PLoS One. 11 (1), e0145163(2016).</li>
<li>Shaftoe, J. B., Geddes-McAlister, J., Gillis, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+cellular+response+of+the+zebrafish+%28Danio+rerio%29+heart+to+temperature+change%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Biol%22%5BJournal%5D)">Integrated cellular response of the zebrafish (Danio rerio) heart to temperature change.</a> J Exp Biol. 227 (20), jeb247522(2024).</li>
<li>Ryan, R., Moyse, B. R., Richardson, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+cardiac+regeneration%E2%80%94looking+beyond+cardiomyocytes+to+a+complex+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Histochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Zebrafish cardiac regeneration—looking beyond cardiomyocytes to a complex microenvironment.</a> Histochem Cell Biol. 154 (5), 533-548 (2020).</li>
<li>Angelini, A., Pi, X., Xie, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+long-chain+fatty+acid+respiration+in+neonatal+mouse+cardiomyocytes+using+SeaHorse+instrument%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Evaluation of long-chain fatty acid respiration in neonatal mouse cardiomyocytes using SeaHorse instrument.</a> STAR Protoc. 3 (2), 101392(2022).</li>
<li>Ludikhuize, M. C., Meerlo, M., Burgering, B. M. T., Rodríguez Colman, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+to+profile+the+bioenergetics+of+organoids+using+Seahorse%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol to profile the bioenergetics of organoids using Seahorse.</a> STAR Protoc. 2 (1), 100386(2021).</li>
<li>Neary, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hypoxia+signaling+controls+postnatal+changes+in+cardiac+mitochondrial+morphology+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Cell+Cardiol%22%5BJournal%5D)">Hypoxia signaling controls postnatal changes in cardiac mitochondrial morphology and function.</a> J Mol Cell Cardiol. 74 (100), 340-352 (2014).</li>
<li>Cheng, Y. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+changes+associated+with+cardiomyocyte+dedifferentiation+enable+adult+mammalian+cardiac+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Circulation%22%5BJournal%5D)">Metabolic changes associated with cardiomyocyte dedifferentiation enable adult mammalian cardiac regeneration.</a> Circulation. 146 (25), 1950-1967 (2022).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+fatty+acid+oxidation+enables+heart+regeneration+in+adult+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inhibition of fatty acid oxidation enables heart regeneration in adult mice.</a> Nature. 622 (7983), 619-626 (2023).</li>
<li>Mookerjee, S. A., Goncalves, R. L. S., Gerencser, A. A., Nicholls, D. G., Brand, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+contributions+of+respiration+and+glycolysis+to+extracellular+acid+production%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">The contributions of respiration and glycolysis to extracellular acid production.</a> Biochim Biophys Acta. 1847 (2), 171-181 (2015).</li>
<li>Mookerjee, S. A., Brand, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+and+analysis+of+extracellular+acid+production+to+determine+glycolytic+rate%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Measurement and analysis of extracellular acid production to determine glycolytic rate.</a> J Vis Exp. (106), e53464(2015).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1.5 מ"ל שפופרות אפנדורף&nbsp;</td><td>סטארלאב</td><td>S1615-5550</td><td></td></tr><tr><td>לוח 96 בארות & nbsp;</td><td>תרמופישר</td><td>AB-0800</td><td></td></tr><tr><td>אנטימיצין A</td><td>ChemCruz&nbsp;</td><td>SC-202467A</td><td></td></tr><tr><td>מדיום DMEM</td><td>אג'ילנט</td><td>1035755-100</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>סיגמא-אלדריץ' &nbsp;</td><td>D2650-100mL</td><td></td></tr><tr><td>קרח יבש &nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>אתנול</td><td>סופלקו</td><td>1.00983.2500</td><td></td></tr><tr><td>ערכת בדיקת שטף חוץ-תאית</td><td>אג'ילנט</td><td>103518-100</td><td>החבילה כוללת פלטת שירות, Hydro Booster, מחסנית חיישן, מכסה (מגיע עם לוחות האי)</td></tr><tr><td>FCCP</td><td>סיגמא-אלדריץ' &nbsp;</td><td>C2920</td><td></td></tr><tr><td>גלוקוז</td><td>אג'ילנט</td><td>103577-100</td><td></td></tr><tr><td>גלוטמין</td><td>אג'ילנט</td><td>103579-100</td><td></td></tr><tr><td>חממה</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>מיקרופלטת לכידת איים</td><td>אג'ילנט</td><td>101122-100</td><td>25 רשתות כלולות בחבילה</td></tr><tr><td>כלי לכידת מסך האי</td><td>אג'ילנט</td><td>101135-100</td><td></td></tr><tr><td>מלקחיים מיקרודיסקציה</td><td>אידיאלי-טק</td><td>3131760</td><td>גודל 5-S (יידרשו פי 2 לבידוד החדר מהבולבוס ארטריוזוס ומהאטריום)</td></tr><tr><td>מספריים מיקרודיסקציה</td><td>FST</td><td>15009-08</td><td></td></tr><tr><td>MS-222</td><td>סיגמא-אלדריץ' &nbsp;</td><td>E10521</td><td></td></tr><tr><td>אוליגומיצין</td><td>MP&nbsp;</td><td>151786</td><td></td></tr><tr><td>Pestle mottor homogeniser&nbsp;</td><td>VWR</td><td>431-0100</td><td></td></tr><tr><td>עלים</td><td>VWR</td><td>431-0094</td><td></td></tr><tr><td>צלחת פטרי 35 מ"מ</td><td>גריינר ביו-וואן</td><td>627102</td><td></td></tr><tr><td>צלחת פטרי 92 מ"מ</td><td>סטארסטדט</td><td>82.1473</td><td></td></tr><tr><td>ערכת הבדיקה של פירס BCA</td><td>תרמו-סיינטיפיק</td><td>23227</td><td></td></tr><tr><td>כדורי מיני פרוטאז ומעכבי פוספטאז של פירס, ללא EDTA</td><td>תרמו-סיינטיפיק</td><td>A32961</td><td></td></tr><tr><td>פירובט</td><td>אג'ילנט</td><td>103578-100</td><td></td></tr><tr><td>מאגר ניתוק RIPA</td><td>סנטה-קרוס</td><td>SC-364162</td><td></td></tr><tr><td>רוטנונה</td><td>MP&nbsp;</td><td>02150154-CF</td><td></td></tr><tr><td>שלב אינטרפאזה של Seahorse Analytics Agilent</td><td>אג'ילנט</td><td>https://www.agilent.com/en/product/cell-analysis/real-time-cell-metabolic-analysis/xf-software/agilent-seahorse-analytics-787485</td><td></td></tr><tr><td>אנלייזר Seahorse XFe24</td><td>אג'ילנט</td><td>https://www.agilent.com/en/product/cell-analysis/real-time-cell-metabolic-analysis/xf-analyzers/seahorse-xfe24-analyzer-740878</td><td></td></tr><tr><td>חותם</td><td>תרמו-סיינטיפיק</td><td>AB-0558</td><td></td></tr><tr><td>SPECTROstar ננו</td><td>MG LABTECH GmbH</td><td>601-0298</td><td></td></tr><tr><td>ספוג</td><td></td><td></td><td>עשה חתך ארוך ועמוק מספיק כדי להתאים את הצד הגחוני של הדג כלפי מעלה</td></tr><tr><td>גל (גרסה 2.6.1.56)</td><td>אג'ילנט</td><td>https://www.agilent.com/en/products/cell-analysis/software-download-for-wave-desktop</td><td></td></tr><tr><td>XF calibrent&nbsp;</td><td>אג'ילנט</td><td>100840-000</td><td></td></tr></tbody></table>

הערכת הפעילות המטבולית של חדרי דגי זברה המתחדשים מחוץ לחיים באמצעות בדיקת שטף חוץ-תאית

Assessing the Metabolic Activity of Whole Regenerating Zebrafish Ventricles Ex Vivo Using an Extracellular Flux Assay

The ability of zebrafish to regenerate their hearts throughout adulthood is partially attributed to metabolic adaptations. Although it has been ...

בדיקת ה-seahorse מאפשרת הערכה בקיבולת גבוהה של חילוף חומרים בחדרי לב שלים של דגי זבברה ex vivo. ניתן להשתמש בשיטה זו כדי לתקף הפרעות גנטיות בגנים מטבוליים ולאפיין שינויים בחילוף החומרים במהלך התחדשות. הפעילו את המערכת והכינו את כל תמיסות התרופות והמדיומים לפני תחילת הניסוי.בדף הגדרות הקבוצות (Group Definitions) בתוכנת WAVE, תחת הלשונית אסטרטגיות הזרקה (Injection Strategies), הקצו מתוך קטלוג התרכובות את oligomycin לפורט A, את carbonyl cyanide 4-trifluoromethoxy phenylhydrazone, או FCCP, לפורט B, ואת תערובת ה-rotenone וה-antimycin לפורט C. מחקו כל אסטרטגיות הזרקה קיימות לאחר הגדרת האסטרטגיה הניסויית. לאחר מכן, בפאנל הקבוצות (Groups), הגדירו את הקבוצות הניסויית והקצו להן את אסטרטגיית ההזרקה המתאימה.בעמוד מפת הפלטה (Plate Map), בחרו את מיקומי הדגימות בפלטה בעלת 24 בארות על ידי לחיצה על כל קבוצה והבארות המתאימות לה, והשאירו ארבע בארות כביקורות ריקות (blanks). בעמוד הפרוטוקול (Protocol), הסירו לשוניות בקרה או ניסוי מיותרות והתאימו את הקצאות הפורטים של התוכנה למיקומי התרופות במחסנית. הגדירו 10 מחזורים לקו הבסיס (baseline), שלושה מחזורים ל-oligomycin, שבעה מחזורים ל-FCCP, ותשעה מחזורים לתערובת של rotenone ו-antimycin-A.ודאו שכל מחזור מורכב משלוש דקות של ערבוב, שתי דקות של המתנה ושלוש דקות של מדידה. הוציאו את המחסנית ואת לוח העזר מהאינקובטור הלח שהוכן בלילה הקודם. לאחר מכן, הסירו את ה-hydrobooster ואת המכסה מהמחסנית, והניחו את מחסנית החיישן על לוח העזר המכיל את חומר הכיול.העבירו בעדינות באמצעות פיפט את המעכבים לפתחים המתאימים לאורכה של דופן הצד, והימנעו מנקישה. בתוכנה, בחרו ב-Run Assay. תנו שם להרצה ולחצו על Start Run.שמרו את ההרצה עם שם קובץ וטענו את הבדיקה. ברגע שמגש האנלייזר נפתח, הניחו על המגש את המחסנית הטעונה בתרופות ואת לוח העזר המכיל את הכיול, בהתאם למפת הלוח. לחצו על Run Assay כדי להתחיל את הבדיקה.לאחר כיסוי מיקרופלטת לכידת העיניות (eyelet capture microplate) המכילה לבבות מבודדים באמצעות רשת, ודאו שכל הבארות כוילו בהצלחה כפי שמופיע בסימון ה-V הירוק בתוכנה. לאחר מכן, לחצו על Open Tray כדי להוציא את פלטת העזר. ללא המכסה, הניחו את מיקרופלטת העיניות בתוך האנלייזר כאשר באר A1 ממוקמת בפינה השמאלית העליונה, ולחצו על Load Cell Plate כדי להתחיל בניסוי.עם סיום הניסוי, לחצו על Eject כדי להוציא את המיקרופלטה של ה-eyelet ואת המחסנית. הוציאו את פלטת ה-eyelet ואת המחסנית מהאנלייזר וסגרו את המחסנית בעזרת המכסה. אחסנו את פלטת ה-eyelet על קרח יבש.לאחר מכן לחצו על Done כדי לסגור את התפריט. לבסוף, לחצו על View Results כדי להציג את הנתונים. שמרו וייצאו את המדידות ממחשב האנלייזר.העלה את הנתונים לממשק האנליטיקה ובחר בגרף קצב צריכת החמצן (oxygen consumption rate) או OCR מתוך תצוגות סטנדרטיות (Standard Views). צפה ב-OCR וברמת קצב החמצצה חוץ-תאית (extracellular acidification rate), או ECAR, ותקן את הרקע באמצעות בארות ריקות. בחר בארות מתוך מפת הפלטה כדי להציג או להסתיר נתונים.לאחר כימות רמות החלבון, נרמלו מדידות ה-OCR וה-ECAR כדי להבטיח השוואה מהימנה בין הדגימות. חדרים של סוג בר (wild-type) שלא נפגעו ולא קיבלו טיפול תרופתי הראו קצב צריכת חמצן וקצב חמיצה חוץ-תאית יציבים, מה שמעיד על תפקוד נשימתי תקין של החדרים והישרדותם בתנאי ex vivo. נצפתה עלייה קלה בקצב צריכת החמצן עם 10 micromolar oligomycin, שמונה micromolar FCCP, ו-25 micromolar rotenone ו-antimycin.עלייה מעט גדולה יותר נצפתה עם 50 micromolar oligomycin, 30 micromolar FCCP, ו-45 micromolar rotenone ו-antimycin. לאחר פרמיליזציה, קצב צריכת החמצן הראה ירידה מתמשכת ולא עלה לאחר הזרקת FCCP, דבר המעיד על כשל מטבולי של הפרוזדורים שעברו פרמיליזציה. הטיפול ב-oligomycin אינו משנה באופן משמעותי את קצב צריכת החמצן.FCCP העלה את קצב צריכת החמצן ואת קצב החמצץ החוץ-תאי, כאשר חדרי הלב עם ביטוי יתר של cytosolic malate dehydrogenase 1 AB הראו את קיבולת הנשימה המקסימלית הגבוהה ביותר בהשוואה לחדרי ביקורת. באמצעות פרוטוקול זה, ניתן למדוד ex vivo את צריכת החמצן ואת קצב החמצץ החוץ-תאי של לבבות דגי זברה. נתוני ECAR משקפים לא רק לקטט שמקורו בגליקוליזה, אלא גם פחמן דו-חמצני הנובע מנשימה, ושניהם משפיעים על החמצץ החוץ-תאי.

assessing-metabolic-activity-whole-regenerating-zebrafish-ventricles

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

ביולוגיה התפתחותית

דג זברה מייצג מודל חוליות חזקה שהיה תחת מנוצל למחקרים מטבוליים. כאן אנו מתארים את הדרך מהירה...

ניתוח פרופיל המטבולי של עוברי דג זברה

דג הזברה הוא אורגניזם מודל חשוב לחקר הומאוסטזיס אנרגטי.  על ידי שימוש במחוון חמצון חיזור רגיש NADH2, alamar Blue, פיתחנו בדיקה המודדת את קצב חילוף החומרים של זחלי דג הזברה בפורמט צלחת של 96 בארות וניתן ליישם אותה לגילוי תרופות או גנים.

תפוקה גבוהה<em&gt; Danio rerio</em&gt; Assay הוצאה אנרגיה

כאן, אנו מציגים פרוטוקול להמחיש פיתוח לבבות דג זברה 4-ממדים (4-D). הדמיה 4-D, באמצעות מיקרוסקופ אור גיליונות קרינה פלואורסצנטית (LSFM), לוקח תמונות תלת-ממדי (3-D) לאורך זמן, לשחזר לבבות המתפתח. אנו מראים איכותית, באופן כמותי שזה גזירה מפעילה חריץ endocardial איתות במהלך הפיתוח קאמרית, המקדם trabeculation הלב.

מיקרוסקופ אור גיליונות זריחה כדי ללכוד תמונות 4-מימדי של השפעות להתכוונן גזירה על הלב דג זברה המתפתח

טכניקה זו מתארת הקלטה בזמן אמת של צריכת החמצן ואת המחירים acidification חוץ-תאית ברקמות רשתית העכבר explanted באמצעות של מנתח השטף חוץ-תאית.

מדידה של חילוף החומרים האנרגיה ברקמת הרשתית Explanted באמצעות ניתוח השטף חוץ-תאית

המטרה של פרוטוקול זה היא לפרט את השיטה החדשנית להערכת תפקוד הלב הסגור של הדגים העובריים תחת התנאים הפיזיולוגיים והפתולוגיים.

ניתוח הזחה של אוטם שריר הלב מכני (יהלום) חושף Segmental של תפקוד הלב של מעובריים בדג

אנו מתארים פרוטוקול להערכת מורפולוגיה לב ותפקוד של בוגרים בדגים באמצעות אקו בתדר גבוה. השיטה מאפשרת ויזואליזציה של הלב והקוונפיקציה הבאים של פרמטרים פונקציונליים, כגון קצב הלב (HR), פלט לב (CO), שינוי באזור החלקי (FAC), הוצאה לפליטה (EF), וזרימה ומהירויות זרימה.

אולטרסאונד בתדירות גבוהה אקו קרדיוגרפיה כדי להעריך Zebrafish תפקוד הלב

פרוטוקול זה משתמש בהדמיה של יריעות אור כדי לחקור את תפקוד התכווצות הלב בזחלי דגי זברה ולקבל תובנות על מכניקת הלב באמצעות מעקב אחר תאים וניתוח אינטראקטיבי.

הדמיית גיליון אור 4D של התכווצות הלב של דגי זברה

פרוטוקול זה מתאר שיטת מיקרוסקופ אור בעלות נמוכה להערכת מורפולוגיה ותפקוד לב בעוברי דג זברה, המאפשרת הערכה ניתנת לשחזור של רעילות לב התפתחותית ללא צורך במערכות הדמיה מתקדמות.

הדמיית לב תפקודית בעוברי דג זברה באמצעות מיקרוסקופיה סטנדרטית וניתוח וידאו: יישומים במחקר סביבתי וביו-רפואי

השיטות המוצגות מספקות הוראות שלב אחר שלב לביצוע אוסף של בדיקות ספירומטריות מבוססות מיקרו-צלחת באמצעות מיטוכונדריה מבודדת מכמויות מינימליות של שרירי שלד עכבר. מבחנים אלה מסוגלים למדוד שינויים/התאמות מכניסטיות בצריכת החמצן המיטוכונדריאלית במודל נפוץ של בעלי חיים.

באמצעות מבודד המיטוכונדריה מכמויות מינימליות של שרירי שלד עכבר למדידות נשימה microplate תפוקה הגבוה

תרבית הטיפות הזקופות ex vivo היא אלטרנטיבה לטכניקות הניסוי הנוכחיות in vitro ו-in vivo. פרוטוקול זה קל לביצוע ודורש כמויות קטנות יותר של ריאגנטים, תוך מתן אפשרות לתפעל ולחקור כלי דם עובריים, מורפוגנזה ואורגנוגנזה.

שימוש<em&gt; Ex Vivo</em&gt; תרבויות הזקופה טיפה של איברים העובר שלמים לחקר תהליכים התפתחותיים בעכבר organogenesis

University of Oxford.  במאמר זה אנו מתארים פרוטוקול מפורט לכימות קצב צריכת החמצן וקצב החמצה החוץ-תאית של חדרי דגי זברה בוגרים מחוץ לחיים כדי לאפיין את היכולת המטבולית החמצונית והגליקוליטית שלהם.

הערכת הפעילות המטבולית של חדרי דגי זברה המתחדשים מחוץ לחיים באמצעות בדיקת שטף חוץ-תאית

גלה סרטונים נוספים