Ci sono diverse variabili influenzano i risultati osservati, come messa a fuoco, l'intensità del laser, capacità delle apparecchiature, obiettivo utilizzato, ecc fotostabilità del fluoroforo determina la velocità di fluorescenza deve essere catturato prima di svanire.
Questo metodo di etichettatura delle proteine è versatile e adatto per molte applicazioni. Tecnologie SNAP-tag e CLIP-tag per l'etichettatura specifica di proteine di fusione con sonde sintetiche consentono vari aspetti della funzione della proteina, tra cui una varietà di processi dinamici in cellule vive e in lisati cellulari. SNAP-,-CLIP, MCP-e ACP-tag tecnologie offrono versatilità e semplicità straordinaria per l'imaging di proteine in cellule vive e fissi e allo studio delle proteine in vitro. La creazione di un costrutto singolo gene produce una proteina di fusione con tag in grado di formare un legame covalente a una varietà di gruppi funzionali, tra cui fluorofori, biotina, o perline. La proteina di interesse deve essere clonato ed espresso una sola volta e poi la fusione può essere utilizzata con una varietà di substrati fluorescenti per numerose applicazioni a valle come l'etichettatura proteina simultanea all'interno delle cellule vive, la localizzazione delle proteine e la traslocazione, pulse-chase esperimenti, studi di internalizzazione del recettore , selettivo etichettatura superficie cellulare, la proteina abbattere analisi, la rilevazione delle proteine in SDS-PAGE, citometria a flusso, analisi di legame high-throughput in micropiastre, esperimenti di interazione biosensore, e saggi di binding FRET-based.