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NOTA: Tutti i campioni di tessuto sono stati ottenuti con l'approvazione del Comitato Etico dell'Ospedale San Raffaele (Milano, Italia).
1 campioni di tessuti umani e purificazione delle cellule (Figura 1)
NOTA: i linfociti leucemiche sono stati ottenuti da sangue periferico (PB) di pazienti affetti da LLC, diagnosticati secondo Mulligan et al 9.
1.1) La separazione delle cellule leucemiche da PB
- Raccogliere PB in provette di raccolta del sangue con vacutainer sodio eparina.
- Trasferire il sangue in una provetta da 15 ml e aggiungere B-cellula umana arricchimento cocktail a 50 ml / ml di sangue intero. Mescolare bene e incubare 20 minuti a temperatura ambiente.
- Diluire il campione con un uguale volume di PBS + 2% FBS, mescolare il sangue con delicatezza e con attenzione overlay sul Ficoll, facendo attenzione a non rompere l'interfaccia. Utilizzare almeno 1 parte di Ficoll a 2 parti di campione diluito (cioè 4 ml Ficoll + 10 ml di sangue in 15 ml tube).
- Centrifugare a 400 xg, a temperatura ambiente (20 ° C) per 20 minuti senza freno. Le cellule mononucleari saranno all'interfaccia.
- Aspirare accuratamente l'interfaccia per recuperare le cellule e inserire in un nuovo tubo. Lavare le cellule una volta con PBS e centrifugare a 300 xg, a 4 ° C al buio per 5 min. Il pellet sarà in basso.
- Eliminare il surnatante. Risospendere il pellet nel surnatante rimanente muovendo il tubo avanti e indietro con le dita. Diluire il pellet con 10 ml di mezzo completo RPMI (RPMI 1640 supplementato con 10% di siero fetale di vitello e 15 mg / ml di gentamicina) e contare le cellule con il metodo di esclusione Trypan Blue.
1.2) Valutazione Purezza
NOTA: La purezza di tutti i preparati deve essere sempre superiore al 99%.
- Incubare 100 ml di sospensione cellulare purificata con i seguenti anticorpi (disponibili in commercio, vedi Tabella dei Materiali): CD3 FITC (5 microlitri / TESt), CD14 PE (5 ml / test), CD19 ECD (6 ml / test), CD16-CD56 PC5 (2 ml / test), CD5 PC7 (4 ml / test), per 20 minuti a 4 ° C in un tubo FACS.
- Lavare il campione con 4 ml di PBS (centrifugare per 5 min a 300 xg) e controllare la purezza del flusso cytometry.Check nella trama la% di cellule CLL (> 99%), che co-esprimono CD19 e CD5 sulla loro superficie come mostrato nella Figura 1 (6). Assicurarsi che i preparativi sono praticamente privi di NK, linfociti T e monociti controllando la% di CD3, CD14 e CD16-56 nella trama, che dovrebbe essere vicino allo zero.
1.3) I campioni di archiviazione
- Per gli studi di proteomica, raccogliere 25 x 10 6 cellule in una provetta da 1,5 ml, cellule centrifugare a 300 xg per 10 min, scartare il surnatante e lyophilize pellet per 4 ore. Conservare a -80 ° C fino all'utilizzo.
- Per i test di validazione, risospendere le cellule in RPMI completo (quantità dipende l'ulteriore analisi che èscelta) e procedere con il punto 4.
2. elettroforesi bidimensionale (2-DE) (Figura 2)
2.1) Isoelettrofocalizzazione (IEF)
- Solubilizzare cellule CLL pellet con un volume finale di 380 microlitri di buffer 2-DE (344 ml di una soluzione di RBthio (9 M Urea, Tris 10 mM, 4% CHAPS), 30 ml di 65mm DTT, 6 ml di 2% IPG buffer di ampholine pH 4-7).
- Applicare campioni di proteine (1 mg) per 18 strisce IPG (pH 4-7) e di eseguire IEF seguente protocollo standard come descritto da Conti et al. 10
- Equilibrare le strisce in 2 ml di tampone per l'equilibrazione (EB: 50 mM tampone pH 8.8 Tris-HCl contenente 6 M urea, 30% glicerolo, 2% SDS), integrato con il 2% di fresco DTT, per 15 minuti a RT. Eliminare EB + DTT e aggiungere 2 ml di EB integrato con 2,5% Iodoacetamide. Incubare per 15 minuti a temperatura ambiente su una piattaforma oscillante.
2.2) SDS-PAGE
- Asciugare le strisce su carta senza toccare il gel per rimuoverel'eccesso di EB. Caricare ogni striscia sulla cima di un gradiente di gel SDS-PAGE 9-16%. Aggiungere una piccola quantità di SDS-elettroforesi Buffer (Tris 25 mM, glicina 192 mM, SDS 0,1% w / v) sulla parte superiore del gel per facilitare il caricamento del nastro.
- Sigillare il gel con l'aggiunta di ~ 5 ml di soluzione di agar (0,8%) per evitare di galleggiamento della striscia, quindi montare l'unità elettroforetica e riempire con tampone SDS-elettroforesi. Eseguire la corsa a 60 mA / gel per 4 ore a 4 ° C.
- Rimuovere il gel dall'unità elettroforetico e inserirlo nella casella colorazione corretta.
2.3) Macchia d'argento per la preparativa Gel
| FIXER | 50% Metanolo 12% di acido acetico 0,05% formalina | 2 ore (o tutta la notte) * |
| TAMPONE DI LAVAGGIO | 35% Ehanol | 20 min (ripetere l'operazione per tre volte) |
| SENSIBILIZZAZIONE | 0,02% di sodio tiosolfato | 2 min |
| WASH | H 2 O | 5 min (ripetere il passo tre volte) |
| ARGENTO NITRATO | 0,2% di nitrato d'argento 0,076% formalina | 20 min |
| WASH | H 2 O | 1 min (ripetere il passaggio due volte) |
| SVILUPPATORE | 6% di sodio carbonato 0,0004% di sodio tiosolfato 0,05% di formalina | Fino a quando la colorazione è sufficiente |
| Stop | 50% Metanolo | 30 min |
| * 2 ore è il tempo minimo richiesto per la fissazione delle proteine | |
Tabella 1.
NOTA: spot proteici possono essere visualizzati mediante colorazione gel con MS macchia d'argento compatibile 11. Tutte le soluzioni necessarieper la colorazione argento sono elencati nella Tabella 1.
- Preparare circa 200 ml di ciascuna soluzione / gel e procedere come indicato nella tabella 1. Aggiungere con cautela ogni soluzione alla casella di colorazione contenente il gel. Eseguire tutte le incubazioni su una piattaforma oscillante.
- Dopo la colorazione, rimuovere la soluzione di arresto e lasciare il gel in una soluzione di 1% di acido acetico fino acquisizione.
2.4) Gel Acquisizione e Analisi
- Acquisire immagini ad alta risoluzione utilizzando un densitometro entro 3 giorni dalla colorazione.
- Analizzare 2-D modelli di proteine utilizzando il software per i gel 2-DE.
NOTA: Il software permette una comparazione di immagini veloce e affidabile. - Creare un progetto scegliendo "creare un nuovo progetto" dal menu contestuale. Creare una cartella e importare i gel scegliendo "immagini gel di importazione" con tif, png. o .gel estensione.
- Una volta che i gel sono importati e aggiunti al workspasso, eseguire un rilevamento automatico posto selezionando il gel per la rilevazione spot e scegliendo "Modifica> punto> individuare" nel menu.
- Successivamente, eseguire uno sfondo sottrazione selezionando dal menu "sfondo sottrarre". Nota: Dopo di che è possibile confrontare più gel e per rilevare differenze o somiglianze di analisi quantitativa e / o qualitativa.
3. Proteina Identificazione mediante MALDI-TOF MS analisi (Figura 3)
3.1) digestione delle proteine
- Sciacquare il gel con acqua e accise luoghi di interesse da gel sia dal manuale (tagliando con un bisturi pulito) o escissione automatico.
- Lavare particelle di gel con acqua (100-150 ml), spin down (30 sec a 400 xg) e rimuovere il liquido.
- Aggiungere un volume uguale (a seconda del volume di gel) di CH 3 CN ai pezzi di gel e attendere 10-15 minuti fino a quando i pezzi di gel ridursi. Asciugare le particelle di gel ina centrifuga a vuoto.
- Aggiungi 75-100 ml di Dithioerythritol 10 mM diluito in 50 mM NH 4 HCO 3 e incubare per 30 minuti a 56 ° C (riduzione Step). Shrink nuovamente i pezzi di gel con CH 3 CN come descritto al punto 3.1.3.
- Procedere con alchilazione con l'aggiunta di 75-100 ml di una soluzione 55 mM Iodoacetamide diluito in 50 mM NH 4 HCO 3 e incubare per 20 minuti a temperatura ambiente al buio.
- Shrink i pezzi di gel ancora una volta con CH 3 CN con un volume sufficiente a coprire i pezzi di gel come descritto al punto 3.1.3. Secco in una centrifuga a vuoto.
- Reidratare le particelle in un tampone contenente 25 mM di NH 4 HCO 3, 5 mM CaCl 2, e 12,5 ng / ml di tripsina a 4 ° C per 20 min. Utilizzare un volume sufficiente di tampone per coprire i pezzi di gel. Rimuovere il surnatante non-assorbita dai pezzi di gel e aggiungere 25 mM NH 4 HCO 3, 5 mM CaCl 2 senza tripsina di COVer il gel.
- Lasciare campioni a 37 ° C per almeno 3 ore (il tempo minimo richiesto per la digestione peptide) per una notte.
3.2) Spettrometria di Massa Analisi (tecnica di goccia secchi)
- Spot 1 ml aliquota di ogni campione su una piastra MALDI acciaio inox e mescolare con 1 ml di α-ciano-4-idrossicinnamico acido come matrice, preparati nel 50% CH 3 CN e 0,1% TFA.
- Ottenere spettri di massa su uno spettrometro di massa MALDI-TOF. Accumulare circa 200 spettri al posto, regolando intensità del laser per evitare la saturazione del segnale o per aumentare il segnale. Spettri Process via software Data Explorer come descritto di seguito:
- Importare il file dat ed eseguire la correzione al basale scegliendo "processo> Correzione della linea di base". Calibrare masse utilizzando i prodotti tripsina autolisi e picchi di matrice scegliendo "processo> Calibrazione di massa> calibrazione manuale; selezionare picchi vicino a m / z 855,1 e 2163,1 by lasciato trascinare e selezionare le corrispondenti masse di riferimento, quindi fare clic su "complotto" e "si applicano calibrazione" nella finestra di calibrazione manuale.
- Regolare la soglia di rilevamento di picco ("peak> rilevamento di picco"), duplicare la traccia attiva ("visualizzazione> duplicare traccia attiva"), selezionare la nuova traccia ed eseguire il deisotoping ("picco> deisotoping"). Utilizzando la macro "getpeaklist", generare un elenco di masse da utilizzare per l'identificazione. Se necessario, rimuovere manualmente i segnali di rumore raccolte da picchi per pulire la lista e ottenere una migliore identificazione.
- Identificare le proteine ricercando un database completo di proteine non ridondante con profonda e mascotte come i motori di ricerca 12.
- Utilizzare i seguenti parametri in tutte le ricerche: un mancato clivaggio per ogni peptide, metionina ossidazione come modifica variabile, cisteina carbamidomethylation come modifica fisso e un initiAl tolleranza massa di 50 ppm.
4. citoscheletro Attività saggi (Figura 4)
NOTA: Risospendere le cellule purificate nel passo 1 a completo RPMI (10 6 cellule / 200 ml).
4.1) Migrazione Assay. Questo test consente la quantificazione della capacità migratoria delle cellule analizzate (linfociti). Utilizzare una camera transwell di 6,5 mm di diametro e 5,0 micron dimensione dei pori ed eseguire il test in triplice copia. Ottimizza le dimensioni dei pori e tempo di migrazione (Step 4.1.3) nel caso di diversi tipi di cellule.
- Preparare la camera inferiore con l'aggiunta di 600 ml di RPMI completo con o senza gli stimoli specifici (cioè SDF-1) per misurare la e la migrazione spontanea indotta rispettivamente.
- Mettere la camera superiore su di esso e lasciare che il sistema equilibrare per 30 minuti a 37 ° C in incubatore.
- Seed 10 6 cellule / 200 microlitri nella camera superiore (numero totale delle cellule) e incubarela piastra per 4 ore a 37 ° C in incubatore.
- Rimuovere la camera superiore, raccogliere i media nella camera inferiore e lavare la camera inferiore una volta con 1 ml di PBS. Raccogliere il PBS nel tubo.
- Centrifugare 5 minuti a 300 xg, scartare il surnatante e risospendere in 500 microlitri di PBS.
- Mediante citometria di flusso, contare il numero di cellule migrate dopo 1 min di acquisizione. Nel caso di una popolazione cellulare isolata non è necessario aggiungere alcun anticorpo superficie. Controllare il numero di cellule in un diagramma a punti bidimensionale considerando le disperde laterali delle cellule e il numero di eventi visualizzati in 1 min, che è il numero da utilizzare per il calcolo.
- Calcolare l'Indice di migrazione (MI) come:

4.2) saggi di adesione. Questo test consente di misurare la capacità di adesione delle cellule. Eseguire il test in triplice copia.
- Pre-coat 96-wells piastra (a fondo piatto) con 50 ml / pozzetto di una delle 2% BSA-PBS (come sfondo) o 1 mg ICAM-1 diluito in PBS, una notte a 4 ° C.
- Lavare la piastra due volte con PBS e bloccare i siti non specifici con l'aggiunta di 2% BSA-PBS (100 l / pozzetto) per 1 ora a 37 ° C.
- Nelle cellule frattempo risospendere a 5 x 10 6 / ml in RPMI completo, etichettarli con inseguitore cellulare 1 mM CMFDA-verde e incubare 30 minuti a 37 ° C.
- Aggiungere 1 x 10 6 cellule / pozzetto ai pozzetti pre-rivestite dopo aver scartato la soluzione di saturazione (punto 4.2.2) e incubare 1 ora a 37 ° C.
- Quantificare l'adesione utilizzando un lettore ELISA (eccitazione del filtro: 485 nm, filtro di emissione: 535 nm). Eseguire una prima misura sul totale in ingresso (INPUT).
- Lavare la piastra delicatamente con 2% BSA-PBS (200 ml / pozzetto) 4 volte (x). Eseguire una lettura della piastra dopo ogni lavaggio (Adesione x).
- Dopo la sottrazione del fondo per ogni misurazione, calcolare ADHES specificiion (adesione):

4.3) test di polimerizzazione. Questo è un saggio colorimetrico che quantifica F-actina polimerizzazione. Eseguire il test in triplice copia.
- Risospendere 1x10 ^ 6 cellule in 100 ml di pre-riscaldato completo RPMI e aggiungere lo stimolo specifico (ad esempio α-IgM 20 mg / ml) per 10 min.
- Arrestare la reazione con 400 ml di paraformaldeide al 4% e fissare le cellule per 10 minuti a temperatura ambiente.
- Lavare 3 volte con PBS (centrifugare a 300 xg per 5 min, 4 ° C).
- Eliminare le cellule surnatante e permeabilize con PBS-saponina 0,2% (200 ml) in ghiaccio per 2 min.
- Lavare 3 volte con PBS-saponina 0,1% (centrifugare a 100 xg per 5 min, 4 ° C), scartare il surnatante e risospendere in 100 microlitri di PBS-saponina 0,1%.
- Colorare con falloidina-AlexaFluor 488 (3 mg / ml) per 30 minuti a T ambienteemperatura nel buio.
- Lavare 3 volte con PBS-0.1% saponine. Eliminare il supernatante e risospendere in 300 microlitri di PBS.
- Quantificare la quantità di F-actina mediante citometria a flusso, calcolare l'intensità media Florescence (MFI) del falloidina. Analizzare i dati generati in un singolo appezzamento dimensione per produrre un istogramma basato sull'intensità fluorescente, il valore di MFI viene mostrato nel report grafico.
- Misurare polimerizzazione F-actina (Δ F-actina) come:
