I metodi per scoprire alternative Uso Promotore e regolazione trascrizionale di Murine Bcrp1

Karthika Natarajan; Yi Xie; Takeo Nakanishi; Rebecca S. Moreci; Pancharatnam Jeyasuria; Arif Hussain; Douglas D. Ross

doi:10.3791/53827

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Articolo metodologico

I metodi per scoprire alternative Uso Promotore e regolazione trascrizionale di Murine Bcrp1

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DOI:

10.3791/53827

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27 maggio 2016

Karthika Natarajan¹^,² , Yi Xie¹^,³ , Takeo Nakanishi⁴ , Rebecca S. Moreci⁵^,⁶ , Pancharatnam Jeyasuria⁷ , Arif Hussain¹^,³^,⁸^,⁹ , Douglas D. Ross¹^,³^,⁸^,⁹^,¹⁰^,¹¹

¹Greenebaum Cancer Center, University of Maryland School of Medicine, ²Pharmaceutical Sciences, University of Maryland School of Pharmacy, ³Baltimore VA Medical Center, ⁴Membrane Transport and Biopharmaceutics, School of Pharmaceutical Sciences, Kanazawa University, ⁵Obstetrics, Gynecology and Reproductive Science, University of Pittsburgh, ⁶Magee Women's Research Institute, ⁷Obstetrics, Gynecology, Perinatal Research Branch (NICHD), Wayne State University School of Medicine, ⁸Medicine, University of Maryland School of Medicine, ⁹Pathology, University of Maryland School of Medicine, ¹⁰Pharmacology, University of Maryland School of Medicine, ¹¹Experimental Therapeutics, University of Maryland School of Medicine

In questo articolo

Sommario

Con il murino ABC trasportatore Bcrp1 (ABCG2), come esempio, in-silico protocolli sono presentati per rilevare utilizzo promotore alternativo geni espressi in tessuti di topo, e per valutare la funzionalità dei promotori alternativi identificati mediante saggi del reporter.

Abstract

L'espressione genica in diversi tessuti è spesso controllata da promotori alternativi che risultano nella sintesi di mRNA con uniche - di solito non tradotte - primi esoni. Bcrp1 (ABCG2), il ortologo murino della ABC trasportatore Breast Cancer Resistenza Protein (BCRP, ABCG2), ha almeno quattro promotori alternativi che sono designati dai corrispondenti quattro primi esoni alternativi prodotte: E1U, E1A, E1B, e E1C. Qui, in-silico protocolli vengono presentati per prevedere l'utilizzo promotore alternativa per Bcrp1. Inoltre, metodi di analisi giornalista sono descritti per produrre costrutti reporter per promotori alternativi e per determinare la funzionalità dei promotori putativi monte dei primi esoni alternativi identificati.

Introduzione

Più della metà dei geni umani sono regolati dai promotori alternativi ^1. Ogni promotore alternativa può contenere elementi regolatori che possono essere diverse da quelle degli altri promotori alternativi. Il promotore (s) utilizzato in un tessuto può differire da quelli utilizzati in un altro tessuto. Ad esempio, è possibile che l'attivazione di un dato percorso di segnalazione può attivare il promotore alternativa a un gene utilizzata in un tessuto, ma non hanno alcun effetto o reprimere un promotore alternativa separato per lo stesso gene che viene utilizzata in un altro tessuto.

L'espressione del gene Bcrp1 è govern....