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Le ciglia primarie (PC) sono organelli dinamici non mobili a base di microtubuli che sporgono dalla superficie della maggior parte delle cellule di mammifero. Emergono dal centriolo più vecchio durante la fase G1/G0 del ciclo cellulare, mentre si disassemblano quando le cellule rientrano nel ciclo cellulare al limite di fase G2/M. Funzionano come hub di segnale, rilevando e trasducendo segnali extracellulari cruciali per molti processi cellulari. Simile alla maggior parte dei tipi di cellule, tutte le cellule staminali neurali neocorticali e progenitrici (NSPC) hanno dimostrato di ospitare un PC che consente loro di percepire e trasdurre segnali specifici necessari per il normale sviluppo corticale cerebrale. Qui, forniamo protocolli dettagliati per generare e caratterizzare modelli cellulari bidimensionali (2D) e tridimensionali (3D) da cellule staminali pluripotenti indotte umane (hIPSC) per sezionare ulteriormente il coinvolgimento del PC durante lo sviluppo neocorticale. In particolare, presentiamo protocolli per studiare la biogenesi e la funzione del PC in NSPC derivati da rosette neurali 2D, inclusa la trasduzione del percorso Sonic Hedgehog (SHH). Per sfruttare l'organizzazione tridimensionale (3D) degli organoidi cerebrali, descriviamo un metodo semplice per l'imaging 3D di organoidi cerebrali immunocolorati in toto . Dopo la compensazione ottica, la rapida acquisizione di interi organoidi consente il rilevamento sia di centrosomi che di PC su progenitori neocorticali e neuroni dell'intero organoide. Infine, descriviamo in dettaglio la procedura per l'immunocolorazione e la pulizia di spesse sezioni organoidi fluttuanti che preservano un grado significativo di informazioni spaziali 3D e consentendo l'acquisizione ad alta risoluzione necessaria per l'analisi qualitativa e quantitativa dettagliata della biogenesi e della funzione del PC.