Con l'uso della microscopia elettronica a trasmissione, è possibile ottenere immagini ad alta risoluzione di campioni fissi contenenti singole fibre muscolari. Ciò consente di quantificare aspetti ultrastrutturali come frazioni di volume, rapporti superficie/volume, morfometria e siti di contatto fisico di diverse strutture subcellulari. Nel 1970, un protocollo per la colorazione migliorata del glicogeno nelle cellule è stato sviluppato e ha aperto la strada a una serie di studi sulla localizzazione subcellulare della dimensione delle particelle di glicogeno e glicogeno utilizzando la microscopia elettronica a trasmissione. Mentre la maggior parte delle analisi interpreta il glicogeno come se fosse distribuito in modo omogeneo all'interno delle fibre muscolari, fornendo solo un singolo valore (ad esempio, una concentrazione media), la microscopia elettronica a trasmissione ha rivelato che il glicogeno è immagazzinato come particelle di glicogeno discrete situate in compartimenti subcellulari distinti. Qui, viene descritto il protocollo passo-passo dalla raccolta dei tessuti alla determinazione quantitativa della frazione di volume e del diametro delle particelle del glicogeno nei distinti compartimenti subcellulari delle singole fibre muscolari scheletriche. Considerazioni su come 1) raccogliere e macchiare campioni di tessuto, 2) eseguire analisi di immagini e gestione dei dati, 3) valutare la precisione delle stime, 4) discriminare tra i tipi di fibre muscolari e 5) sono incluse insidie e limitazioni metodologiche.