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Research Article
Lianteng Zhi1, Jingyu Zhao1, David Jaffe1, Yuanxin Chen1, Ninghan Wang1,2, Qi Qin1, Erin L. Seifert3, Chenjian Li4, Hui Zhang1
1Department of Neuroscience,Thomas Jefferson University, 2School of Biomedical Engineering,Drexel University, 3Department of Pathology, MitoCare Center,Thomas Jefferson University, 4School of Life Sciences,Peking University
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Il tasso di consumo di ossigeno (OCR) è un proxy comune per la funzione mitocondriale e può essere utilizzato per studiare diversi modelli di malattia. Abbiamo sviluppato un nuovo metodo utilizzando un analizzatore Seahorse XF per misurare direttamente l'OCR in fette striatal acute di topi adulti che è più fisiologicamente rilevante rispetto ad altri metodi.
I mitocondri svolgono un ruolo importante nella produzione cellulare di ATP, nella regolazione delle specie reattive dell'ossigeno e nel controllo della concentrazionedi Ca 2 +. La disfunzione mitocondriale è stata implicata nella patogenesi di più malattie neurodegenerative, tra cui il morbo di Parkinson (PD), la malattia di Huntington e il morbo di Alzheimer. Per studiare il ruolo dei mitocondri nei modelli di queste malattie, possiamo misurare la respirazione mitocondriale attraverso il tasso di consumo di ossigeno (OCR) come proxy per la funzione mitocondriale. L'OCR è già stato misurato con successo in colture cellulari e mitocondri isolati. Tuttavia, queste tecniche sono meno fisiologicamente rilevanti rispetto alla misurazione dell'OCR in fette di cervello acute. Per superare questa limitazione, gli autori hanno sviluppato un nuovo metodo utilizzando un analizzatore Seahorse XF per misurare direttamente l'OCR in fette striatali acute di topi adulti. La tecnica è ottimizzata con particolare attenzione allo striato, un'area del cervello coinvolta nel PD e nella malattia di Huntington. L'analizzatore esegue un test di cellule vive utilizzando una piastra a 24 pozzetti, che consente la misurazione cinetica simultanea di 24 campioni. Il metodo utilizza pezzi circolari di fette di cervello striatale come campioni. Dimostriamo l'efficacia di questa tecnica identificando un OCR basale inferiore in fette striatali di un modello murino di PD. Questo metodo sarà di ampio interesse per i ricercatori che lavorano nel campo del PD e della Malattia di Huntington.
La disfunzione mitocondriale è stata implicata in diverse malattie neurologiche, tra cui il morbo di Parkinson (PD), la malattia di Huntington e il morbo di Alzheimer 1,2,3. I modelli PD come i topi e i ratti PINK1 knockout (KO) mostrano una funzione mitocondriale compromessa 4,5,6,7,8,9,10,11. I mitocondri isolati dallo striato (STR) o dall'intero cervello del topo PINK1 KO invecchiato presentano difetti nel complesso I 7,10,12,13. La misurazione diretta del tasso di consumo di ossigeno (OCR) è uno dei metodi più comuni per valutare la funzione mitocondriale poiché l'OCR è accoppiato con la produzione di ATP, la funzione principale dei mitocondri14. Pertanto, la misurazione dell'OCR in modelli di malattia o campioni / tessuti derivati dal paziente può aiutare a indagare su come la disfunzione mitocondriale porta alla malattia.
Attualmente, ci sono diversi modi per misurare l'OCR mitocondriale, tra cui l'elettrodo clark e altri elettrodi O2, il colorante fluorescente O2 e l'analizzatore di flusso extracellulare 15,16,17,18,19. Come vantaggio, i metodi basati su elettrodi O2 consentono di aggiungere facilmente vari substrati. Tuttavia, sono insufficienti per misurare contemporaneamente più campioni. Rispetto ai tradizionali metodi basati su elettrodi O2, l'analizzatore di flusso extracellulare, uno strumento comunemente usato per l'OCR in colture cellulari o mitocondri purificati, offre una produttività migliorata 15,18,20. Tuttavia, tutti questi metodi sono solitamente applicati per misurare l'OCR in mitocondri isolati o colture cellulari 6,16,17,19,20,21. L'isolamento dei mitocondri provoca danni involontari e i mitocondri estratti o le colture cellulari sono meno fisiologicamente rilevanti delle fette di cervello intatte22. Anche quando i microelettrodi sono usati nelle fette, sono meno sensibili e più difficili da usare rispetto alle cellule coltivate23.
Per affrontare queste sfide, abbiamo sviluppato un metodo utilizzando l'analizzatore di flusso extracellulare XF24, che consente l'analisi di più parametri metabolici da fette di cervello striatale acuto di topi24. Questa tecnica fornisce una quantificazione diretta continua della respirazione mitocondriale tramite l'OCR. In breve, piccole sezioni di fette di cervello striatale vengono collocate in pozzetti della piastra isolotta e l'analizzatore utilizza biosensori a base di ossigeno e protoni fluorescenti per misurare l'OCR e il tasso di acidificazione extracellulare, rispettivamente 17,21,25.
Una delle caratteristiche uniche dell'analizzatore sono i quattro pozzetti di iniezione, che consentono la misurazione continua dell'OCR mentre iniettano sequenzialmente fino a quattro composti o reagenti; ciò consente la misurazione di diversi parametri di respirazione cellulare, come l'OCR mitocondriale basale, l'OCR legato all'ATP e l'OCR mitocondriale massimale. I composti iniettati durante le misurazioni per il protocollo qui mostrato erano concentrazioni di lavoro di 10 mM di piruvato nel primo pozzo di soluzione (porta A), 20 μM di oligomicina nel secondo pozzo di soluzione (porta B), 10 μM di carbonil cianuro 4-(trifluorometossi) fenilidrazone (FCCP) nel terzo pozzo (porta C) e 20 μM di antimicina A nel quarto pozzo (porta D), basato su Fried et al.25. Va notato che queste concentrazioni erano concentrazioni di lavoro e soluzioni stock di 10x, 11x, 12x e 13x sono state iniettate nelle porte della soluzione da A a D, rispettivamente. Lo scopo dell'utilizzo di ciascuna soluzione era il seguente: 1) Il piruvato era necessario poiché, senza di esso, l'aggiunta di FCCP avrebbe una diminuzione della risposta OCR causata da una limitazione dei substrati disponibili; 2) L'oligomicina inibisce l'ATP sintasi e consente la misurazione della respirazione legata all'ATP; 3) FCCP sgancia l'ossidazione da fosforilazione e permette la misura della massima capacità mitocondriale; 4) L'antimicina A inibisce il complesso III nella catena di trasporto degli elettroni e, quindi, permette la misurazione dell'OCR non legato ai mitocondri.
La concentrazione di oligomicina utilizzata è stata determinata in base ai seguenti motivi: 1) La dose raccomandata di oligomicina per la maggior parte dei tipi di cellule (mitocondri isolati o colture cellulari) è di 1,5 μM. Per esperienza, di solito 3x-10x della dose di cellule dissociate viene utilizzata per gli esperimenti di fetta poiché potrebbe esserci un gradiente e la penetrazione della soluzione nelle fette richiede tempo. Pertanto, la concentrazione dovrebbe essere compresa tra 5 μM e 25 μM. 2) Una concentrazione di 20 μM è stata selezionata sulla base di Fried et al.25. Non sono state provate concentrazioni più elevate a causa della tossicità non specifica dell'oligomicina. 3) Nel rapporto di Underwood et al.26, gli autori hanno fatto un esperimento di titolazione per l'oligomicina e hanno scoperto che le dosi a 6,25, 12,5, 25 e 50 μg / mL hanno provocato un'inibizione simile. La maggiore concentrazione di oligomicina (50 μg/mL) non ha inibito di più, ma ha avuto una maggiore varianza. 4) Nella nostra osservazione, il fattore determinante sembra essere la capacità penetrante dell'oligomicina. È difficile per l'oligomicina penetrare nel tessuto, ed è per questo che ci vogliono almeno 7-8 cicli per raggiungere il plateau, la risposta massima. Finché raggiunge l'altopiano, si presume che l'inibizione sia massima.
Una sfida tecnica chiave per adattare l'analizzatore di flusso extracellulare per misurare l'OCR nelle fette striatali è prevenire l'ipossia tissutale. Poiché il tampone non è stato ossigenato durante l'intera durata delle misurazioni (circa 4 ore), l'ipossia era un problema centrale. Ciò è particolarmente vero per i campioni di tessuto più spesso, dove l'ossigeno non può diffondersi in tutti i campioni. Per superare questo problema, le fette sono state sezionate a 150 μm di spessore, in modo che l'ossigeno ambientale potesse penetrare nel mezzo delle fette di cervello. Inoltre, 4 mg/mL di albumina sierica bovina (BSA) sono stati aggiunti al tampone del liquido cerebrospinale artificiale pre-ossigenato (ACSF), che ha facilitato la determinazione dell'OCR massimale, come precedentemente suggerito23. Abbiamo esaminato se le cellule erano vive. In primo luogo, Hoechst 33258 (10 μM) e ioduro di propidio (10 μM) sono stati utilizzati per esaminare se le cellule erano sane in queste condizioni. Abbiamo quindi esaminato se i neuroni spinosi medi fossero funzionalmente sani usando la registrazione patch-clamp. Abbiamo inoltre valutato se i terminali della dopamina (DA) nelle fette striatali fossero funzionalmente sani misurando il rilascio di DA utilizzando la voltammetria a scansione rapida. I risultati hanno mostrato che le fette striatali che non erano ossigenate (gruppo ACSF / BSA) erano sane come il gruppo di controllo ossigenato24.
Abbiamo quindi testato diverse combinazioni di spessore della fetta e dimensione del punzone per determinare le condizioni ottimali della fetta striatale per il test di respirazione del flusso. Per l'analisi OCR sono state utilizzate fette striatali dorsali con diversi spessori (150 μm e 200 μm) e punzonature (1,0 mm, 1,5 mm e 2,0 mm di diametro). Le fette striatali spesse 150 μm con una dimensione del punzone di 1,5 mm di diametro avevano la massima efficienza di accoppiamento e OCR entro un intervallo ottimale per l'analizzatore24.
Tutte le procedure, compreso il lavoro sugli animali, sono state condotte secondo le linee guida nazionali e internazionali e sono state approvate dal Comitato per la cura e l'uso degli animali della Thomas Jefferson University. Sono stati utilizzati topi FVB/NTac maschi all'età di 3-14 mesi. I seguenti passaggi sono stati eseguiti in un ambiente non sterile, ma è necessario prestare attenzione per mantenere tutto il più pulito possibile.
NOTA: Il metodo qui presentato è stato stabilito e utilizzato nella ricerca riportata da Zhi et al.24. Gli esperimenti qui descritti hanno utilizzato un analizzatore di flusso extracellulare Seahorse XF24 (vedi Tabella dei materiali). Questi metodi possono essere adattati per l'analizzatore XFe24 e alcuni risultati sono stati confermati utilizzando questo analizzatore.
1. Sensori a cartuccia idrata (1 giorno prima del test)
2. Preparare la piastra del tessuto (il giorno del test)
3. Preparazione acuta della fetta striatale e posizionamento della fetta asportata
4. Caricamento delle cartucce con i composti desiderati
5. Calibrazione ed esecuzione del test
Il primo passo di questo studio è stato quello di ottimizzare lo spessore della fetta e la dimensione del punzone utilizzati per asportare una sezione dello striato dalla fetta (Figura 3A). Una fetta di spessore di 150 μm e una dimensione del punzone di 1,5 mm hanno dato i migliori risultati determinati dall'efficienza di accoppiamento (Figura 3B-C). Come mostrato nella Figura 3B, l'OCR è relativamente stabile per 5 ore con meno del 10% di rundown. Inoltre, sono state utilizzate misurazioni funzionali, nonché la registrazione patch-clamp di neuroni corticali e neuroni spinosi medi nello striato e la misurazione della voltammetria ciclica a scansione rapida (FSCV) del rilascio di DA, per dimostrare che i neuroni e i terminali erano pienamente funzionali in questa preparazione, come mostrato in Zhi et al.24. Incluso in questo, abbiamo quindi testato diverse concentrazioni di FCCP per scoprire quale avrebbe dato la migliore risposta; 10 μM FCCP ha dato la migliore lettura (Figura 3D1,D2) determinata dalla capacità respiratoria di riserva:
Capacità respiratoria di riserva = respirazione massima - respirazione basale
Queste condizioni di fetta sono state utilizzate per misurare le differenze nell'OCR delle fette striatali dei topi PINK1 KO e dei compagni di cucciolata selvatici (WT). Per i risultati dei topi PINK1 KO e WT, sono stati utilizzati 3-4 topi e sono state utilizzate 4-6 repliche per topo e mediate per ottenere un punto dati. Poiché PINK1 è un regolatore chiave della funzione mitocondriale, ci si aspettava che la disfunzione mitocondriale fosse trovata nei topi KO, misurata dalla diminuzione dell'OCR mitocondriale. In effetti, una diminuzione dipendente dall'età dell'OCR era evidente nei topi KO rispetto ai loro controlli WT (Figura 4A, D). L'OCR basale era simile in entrambi i gruppi KO e WT per i topi giovani (3-4 mesi); tuttavia, l'OCR basale è diminuito per i topi KO nel vecchio gruppo (10-14 mesi; Figura 4B,E). Efficienza di accoppiamento, determinata come segue,
Efficienza di accoppiamento = [tasso di produzione di ATP] / [tasso di respirazione basale] × 100
tuttavia, è diminuito nei topi KO sia per i gruppi giovani che per quelli anziani (Figura 4C, F). Questi dati dimostrano che le sezioni di tessuto striatale dei topi PINK1 KO avevano disfunzione mitocondriale. Questa disfunzione nei topi KO è iniziata anche in giovane età, indicata dalla diminuzione dell'efficienza di accoppiamento, sebbene l'OCR basale fosse diminuito solo nel vecchio gruppo. Questa diminuzione dipendente dall'età era probabilmente il risultato dell'accumulo di difetti mitocondriali causati dal knockout di PINK1.

Figura 1: Immagini che mostrano i sensori e la piastra della cartuccia idrata dell'analizzatore di flusso extracellulare. (A) La cartuccia del sensore che si trova sopra una piastra di calibrazione (piastra di utilità). (B) Vista laterale della piastra di utilità e della piastra della cartuccia del sensore. La tacca triangolare della piastra della cartuccia dell'utilità e del sensore deve essere allineata correttamente. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: Attacco e posizionamento della fetta perforata. (A) La fetta perforata viene attaccata all'inserto della rete della schermata di acquisizione e quindi (B) posizionata in uno dei pozzetti della piastra dell'isolotto di incubazione con attenzione per garantire che la fetta non si stacchi o si muova durante la misurazione. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Condizione ottimale della fetta striatale per il saggio di respirazione del flusso. (A) Diagramma delle dimensioni dei punzoni tissutali (1,0 mm, 1,5 mm e 2,0 mm di diametro) per lo striato (STR) con cerchi rossi che rappresentano le aree ottenute per l'analisi. (B1) I tassi di consumo di O2 (OCR) per diversi spessori e dimensioni di punzonatura delle fette nel gruppo di controllo hanno mostrato una respirazione basale stabile su tutta la misurazione (4 ore) e l'OCR è stato proporzionale al volume della fetta. Gli OCR sono stati misurati in fette di spessore 150 μm e 200 μm punzonate da punzonatura da 1,0 mm, 1,5 mm e 2,0 mm. Le combinazioni utilizzate sono menzionate nelle legende come spessore * dimensione del punzone (ad esempio, 150 μm * 1 mm). (B2) OCR medi misurati in fette di spessore 150 μm punzonate da punzonatura da 1,5 mm; n = 7. (C1) Risposte OCR rappresentative di fette a diversi spessori e diametri con 10 mM di piruvato (P), 20 μM di oligomicina (O), 10 μM FCCP (F) e 20 μM di antimicina A (A) iniettati in sequenza. Le frecce indicano il punto temporale di iniezione di questi composti. (C2) L'efficienza di accoppiamento mitocondriale è stata confrontata tra diversi gruppi. Le fette di 150 μm * 1,5 mm avevano l'elevata efficienza di accoppiamento ma la più piccola varianza; n = 4. (D1) È stato eseguito un esperimento di titolazione per FCCP e 10 μM FCCP hanno dato la maggiore capacità di riserva; n = 4 per ogni gruppo. (D2) Gli esperimenti di titolazione per FCCP sono stati eseguiti con un analizzatore e 10 μM FCCP hanno dato la maggiore capacità di riserva; n = 4 per ogni gruppo. I valori indicati nelle figure sono medi ± errore standard della media (SEM). Questa cifra è stata modificata da Zhi et al.24. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: FETTE DI KO PINK1 del vecchio gruppo che mostrano un OCR significativamente inferiore. OCR di fette STR acute (150 μm * 1,5 mm) da topi nei giovani (A, B e C) e nei vecchi gruppi (D, E e F), esposti a successive aggiunte di modulatori respiratori (mostrati usando frecce). L'OCR del gruppo giovane non era significativamente diverso tra i diversi genotipi (B), mentre l'efficienza di accoppiamento (determinata come valore percentuale usando la formula sopra menzionata %) era diminuita nelle fette DI KO PINK1 (C). Nel vecchio gruppo, i KOslices PINK1 hanno mostrato una significativa diminuzione del livello di respirazione basale (E) e dell'efficienza di accoppiamento (F). La seguente soluzione, 10 mM piruvato (P), 20 μM di oligomicina (O), 10 μM fccp (F) e 20 μM di antimicina A (A), è stata iniettata in sequenza. n = 4 per ogni genotipo ed età. I valori indicati nelle figure sono medi ± SEM. La differenza è stata considerata significativa quando p < 0,05 (*). Questa cifra è stata modificata da Zhi et al.24. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Gli autori non hanno nulla da rivelare.
Il tasso di consumo di ossigeno (OCR) è un proxy comune per la funzione mitocondriale e può essere utilizzato per studiare diversi modelli di malattia. Abbiamo sviluppato un nuovo metodo utilizzando un analizzatore Seahorse XF per misurare direttamente l'OCR in fette striatal acute di topi adulti che è più fisiologicamente rilevante rispetto ad altri metodi.
Ringraziamo Wangchen Tsering e Pamela Walter per la lettura critica e l'editing di questo manoscritto. Questo lavoro è stato supportato dal National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NINDS) (NS054773 a C.J. L. e NS098393 a H.Z.) e dal Dipartimento di Neuroscienze della Thomas Jefferson University (Startup Funds to H.Z.).
| Accumet AB150 Misuratore di pH da banco | Thermo Fisher Scientific | 13-636-AB150 | Per misurare il pH |
| dell'antimicina A da streptomyces sp. | SIGMA | A8674 | Per inibire il complesso III dei mitocondri |
| Albumina sierica bovina (BSA) | SIGMA | A6003 | Per produrre liquido cerebrospinale artificiale modificato (BSA-ACSF) |
| Cianuro di carbonile 4-(trifluorometossi) fenilidrazone (FCCP) | SIGMA | C2920 | Per disaccoppiare la respirazione mitocondriale |
| D-glucosio | SIGMA | G8270 | Per produrre liquido cerebrospinale artificiale (ACSF) |
| DMSO | SIGMA | D8418 | Per dissovle composti |
| HEPES | SIGMA | H3375 | Per produrre liquido cerebrospinale artificiale (ACSF) |
| Incubatore umidificato senza CO2 | Fisher Scientific | 11-683-230D | Per idratare le piastre a 37 ° C |
| Oligomicina da Streptomyces diastatochromogenes | SIGMA | O4876 | Per inibire l'ATP sintasi mitocondriale |
| Parafilm | SIGMA-ALDRICH | film sigillante | |
| Rotenone | Tocris | 3616 | Per inibire il complesso I dei mitocondri |
| Seahorse XF Soluzione calibrante 500 mL | Seahorse Bioscience | 103681-100 | Soluzione per la calibrazione del cavalluccio marino |
| Analizzatore di flusso extracellulare Seahorse XF | Seahorse Bioscience | Apparecchiatura utilizzata per analizzare il tasso di consumo di ossigeno, | |
| analizzatore di flusso extracellulare Seahorse XFe24 | di vecchia generazioneSeahorse Bioscience | Apparecchiatura utilizzata per analizzare il tasso di consumo di ossigeno, | |
| cavalluccio marino di nuova generazione XF24 FluxPaks | Seahorse Bioscience | 101174-100 | Pacchetto di cartucce per sensori analizzatori di flusso, piastre per colture tissutali, schermi di acquisizione, soluzione calibrante e piastre di calibrazione; kit di analisi. |
| Piruvato di sodio | SIGMA | P2256 | Per evitare qualsiasi vincolo limitante l'alimentazione del substrato |
| Punzoni per biopsia in acciaio inossidabile Miltex | Dispositivo utilizzato per perforare le fette | ||
| Piatto sterile per colture cellulari, 35 x 10 mm | Eppendrof | 0030700102 | Utilizzato per il punzone a fette |
| Vibratomo | Leica | VT1200 | Per affettare il tessuto cerebrale |
| Bagno | d'acquaThermo Scientific Precision | 282-115 | Per riscaldare tampone e soluzioni |