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La possibilità di immagine del sistema vascolare cerebrale (da grandi recipienti di capillari) e registrare la dinamica del flusso sanguigno nel cervello dei roditori che vivono intatto è una tecnica potente. Utilizzando in vivo 2-fotone microscopia attraverso una finestra del cranio è possibile coloranti fluorescenti immagine iniettato per via endovenosa. Questo permette uno per l'immagine della vascolarizzazione corticale e anche per ottenere misurazioni del flusso sanguigno. Questa tecnica è stata originariamente sviluppata da David Kleinfeld e Winfried Denk. Il metodo può essere utilizzato per studiare la dinamica del flusso di sangue durante o dopo l'ischemia cerebrale, nei disordini neurodegenerative, in tumori cerebrali, o in fisiologia cerebrale normale. Per esempio, è stato utilizzato per studiare come ictus provoca cambiamenti nella direzione del flusso sanguigno e cambiamenti nella velocità dei globuli rossi o di flusso all'interno e intorno l'infarto. Qui mostriamo come utilizzare 2-fotone microscopia a dinamiche immagine del flusso sanguigno nella corteccia di topi vivi con coloranti fluorescenti iniettato nella vena della coda.