Per capire le dinamiche della rete di microcircuiti nella neocorteccia, è essenziale per registrare contemporaneamente l'attività di un gran numero di neuroni. In vivo a due fotoni di imaging del calcio è l'unico metodo che permette di registrare l'attività di una densa popolazione neuronale con cella singola risoluzione. Il metodo consiste nel impiantare una finestra del cranio di imaging, l'iniezione di un colorante fluorescente indicatore di calcio che può essere occupato da un gran numero di neuroni e, infine, registrare l'attività dei neuroni, con immagini di calcio lasso di tempo utilizzando un in-vivo due microscopio fotone. Co-iniezione di astrociti specifici coloranti permette di differenziare i neuroni da astrociti. La tecnica può essere eseguita in topi che esprimono molecole fluorescenti in specifiche sottopopolazioni di neuroni per comprendere meglio le interazioni di rete dei vari gruppi di cellule.