Isolamento fotodegradabile a base di idrogel di colonie batteriche in array di micropozzetti

Inizia con un array di micropozzetti rivestito con uno strato inerte sulla sua superficie piana.

Aggiungere una sospensione di cellule batteriche sull'array, consentendo loro di stabilirsi nei pozzetti.

Staccare il rivestimento per rimuovere le cellule legate alla superficie, trattenendo quelle localizzate all'interno dei pozzetti.

Quindi, fissare l'array di micropozzetti tra i distanziatori.

Prelevare un vetrino con un rivestimento non adesivo e depositare su di esso una soluzione precursore di idrogel contenente un polimero sintetico e un reticolante disciolto in un tampone.

Capovolgere il vetrino sull'array e incubare. Il reticolante reagisce con il polimero per formare un idrogel poroso che intrappola le cellule.

Rimuovere il vetrino e posizionare l'array in un terreno che supporti la crescita batterica e contenga antibiotici per prevenire la contaminazione.

I batteri confinati proliferano in colonie spazialmente distinte.

L'idrogel contiene legami incrociati fotodegradabili che si rompono all'esposizione alla luce ultravioletta, consentendo la degradazione mirata dell'idrogel per l'estrazione selettiva delle colonie batteriche.

Seminare 700 microlitri di sospensioni cellulari batteriche con OD 600 di 0,1 sul substrato dell'array di micropozzetti e preparare la soluzione precursore dell'idrogel come dimostrato in precedenza utilizzando 12,5 microlitri di soluzione salina tamponata con fosfato ATGN di pH otto. Pipettare 12,5 microlitri della soluzione precursore su un vetrino in vetro perfluoroalchilato non reattivo e posizionare due distanziatori in acciaio da 38 micrometri su due lati opposti del substrato dell'array di micropozzetti innoculati con cellule. Quindi capovolgere il vetrino perfluoroalchilato con la gocciolina della soluzione precursore e posizionare una gocciolina al centro del substrato del micropozzetto.

Quando l'idrogel si forma dopo un'incubazione di 25 minuti a temperatura ambiente, rimuovere delicatamente il vetrino dal substrato del micropozzetto e posizionare il substrato in una capsula di Petri contenente terreni ATGN integrati con antibiotico.