Crescita batterica e tecniche

Fonte: Cian, M. B. et. al., Separazione dell'involucro cellulare per batteri Gram-negativi in frazioni di membrana interna ed esterna con aggiustamenti tecnici per Acinetobacter baumannii. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra la separazione delle frazioni di membrana interna ed esterna dei batteri Gram-negativi utilizzando l'ultracentrifugazione a gradiente di saccarosio. Le frazioni di membrana vengono purificate e conservate a basse temperature per un'analisi mirata dei componenti specifici...

Fonte: Mercier, N., et al. Purificazione di affinità MS2 abbinata al sequenziamento dell'RNA nei batteri Gram-positivi. J. Vis. Exp. (2021)Questo video mostra una procedura passo-passo per la raccolta di cellule batteriche e la loro lisologia meccanica per rilasciare contenuti intracellulari.

Fonte: Mercier, N., et. al., MS2-Affinity Purification Coupled with RNA Sequencing in Gram-Positive Bacteria. J. Vis. Exp. (2021)Questo video mostra l'isolamento di un piccolo RNA regolatorio (sRNA) marcato con MS2 legato al suo RNA bersaglio batterico utilizzando la purificazione per affinità con una fusione di proteine di rivestimento MBP (Maltosio-binding protein) e MS2 immobilizzata su resina di amilosio.

Fonte: Feltwell, T., et.al. Separazione dei batteri in base alla quantità di capsula utilizzando un gradiente di densità discontinuo. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra l'uso di un gradiente di densità discontinuo per separare i ceppi batterici in base alla quantità di capsule. Centrifugando una libreria di mutanti trasposoni attraverso il gradiente, i batteri con diverse densità di capsule si localizzano in strati distinti. Le frazioni separate possono quindi essere raccolte per l'analisi...

Fonte: Gupta, S., Marcela Rodriguez, G. Isolamento e caratterizzazione di vescicole extracellulari prodotte da micobatteri limitati al ferro. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra l'isolamento graduale di vescicole extracellulari (EV) da Mycobacterium tuberculosis coltivate in condizioni limitanti il ferro che imitano l'ambiente ospite. Descrive l'uso dell'ultrafiltrazione, della centrifugazione differenziale e della separazione in gradiente di densità per arricchire e identificare le frazioni...

Fonte: Watson, DC, et.al. Isolamento e purificazione scalabili di vescicole extracellulari da Escherichia coli e altri batteri. J. Vis. Exp. (2021)Questo video mostra l'isolamento e la concentrazione di vescicole extracellulari (EV) derivate dalla membrana esterna di batteri geneticamente modificati. Il processo prevede la coltura dei batteri per rilasciare le vescicole extracellulari, seguita da fasi sequenziali di centrifugazione e filtrazione per rimuovere cellule e detriti. Infine,...

Fonte: Watson, D. C., et al. Isolamento e purificazione scalabili di vescicole extracellulari da Escherichia coli e altri batteri. J. Vis. Exp. (2021)Questo video mostra l'uso della cromatografia ad esclusione dimensionale con perle di resina porosa per isolare le vescicole extracellulari batteriche (EV) da un filtrato di coltura batterica. Le vescicole extracellulari più grandi eluiscono presto bypassando i pori della resina, mentre le proteine più piccole entrano nei pori ed eluiscono più...

Fonte: Fattahi, N., et al. Interfacce idrogel fotodegradabili per lo screening, la selezione e l'isolamento dei batteri. J. Vis. Exp. (2021).Questo video mostra l'estrazione di colonie batteriche da un idrogel fotodegradabile utilizzando la luce UV. Viene selezionata una colonia specifica e viene progettata un'esposizione alla luce modellata per avviare la degradazione localizzata dell'idrogel. Dopo aver regolato l'intensità e la durata della luce, viene applicata la luce UV, rilasciando la...

Fonte: Ghadigaonkar, D. e Rath, A. Isolamento e identificazione di batteri resistenti agli antibiotici presenti nell'acqua e caratterizzazione molecolare dei loro geni di resistenza agli antibiotici. J. Vis. Exp. (2023)Questo video mostra l'isolamento e la preparazione di batteri resistenti agli antibiotici da un campione d'acqua utilizzando terreni selettivi. Il DNA viene estratto da batteri resistenti agli antibiotici e amplificato per identificare i geni batterici resistenti agli antibiotici.

Fonte: Kazi, M. I., et. al., Generazione di librerie di inserzione di trasposoni in batteri Gram-negativi per il sequenziamento ad alto rendimento. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra la selezione, la quantificazione e la conservazione dei batteri riceventi Gram-negativi portatori di inserzioni di trasposoni basate sulla resistenza alla kanamicina.

Fonte: Fernández-Coll, L. e Cashel, M. Utilizzo della radiomarcatura su piastra per microtitolazione per misurazioni multiple in vivo di Escherichia coli (p)ppGpp seguite da cromatografia su strato sottile. J. Vis. Exp. (2019)Questo video presenta un protocollo ad alto rendimento per misurare i livelli e la dinamica dei nucleotidi batterici di risposta allo stress ppGpp e pppGpp utilizzando la cromatografia su strato sottile (TLC). Il metodo fornisce un approccio potente, rapido ed economico...

Fonte: Streather, B. R., et al. Produzione e analisi ottimizzate di vescicole ricombinanti riempite di proteine da E. coli. J. Vis. Exp. (2023)Questo video mostra la produzione e l'isolamento di proteine ricombinanti marcate con il peptide nucleante della vescicola (VNp) da vescicole batteriche. Un induttore innesca l'espressione della proteina marcata con VNp, guidando la formazione e l'incapsulamento delle vescicole, seguita dalla centrifugazione e dalla sonicazione per un recupero efficiente...

Fonte: Shivaiah, K., et al. Isolamento di goccioline lipidiche di plastoglobulo da tessuto fogliare vegetale e cianobatteri. J. Vis. Exp. (2022).Questo video mostra l'isolamento di plastoglobuli dai cianobatteri utilizzando la centrifugazione in gradiente di densità del saccarosio, evidenziando la loro natura ricca di lipidi e bassa densità e garantendo la loro conservazione strutturale per l'analisi a valle.

Fonte: Armbruster, K. M., Meredith, T. C. Arricchimento di lipoproteine batteriche e preparazione di lipopeptidi N-terminali per la determinazione strutturale mediante spettrometria di massa. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra l'arricchimento delle lipoproteine batteriche utilizzando un detergente non ionico che subisce la separazione di fase al riscaldamento. Attraverso sbalzi di temperatura sequenziali e fasi di centrifugazione, le lipoproteine vengono selettivamente suddivise nella fase...

Fonte: Leuthold, M. M., et al. Produzione di domini sporgenti di norovirus umano in E. coli per cristallografia a raggi X. J. Vis. Exp. (2016).Questo video dimostra la purificazione del dominio P del norovirus umano ricombinante utilizzando la cromatografia ad esclusione dimensionale, evidenziando la separazione della proteina bersaglio dalle impurità a peso molecolare più alto e più basso in base all'accessibilità differenziale dei pori. Il processo è monitorato mediante assorbanza UV e...

Fonte: Kuo, T., et al. Purificazione cromatografica negativa in un'unica fase della proteina attivante i neutrofili Helicobacter pylori sovraespressa in Escherichia coli in modalità batch. J. Vis. Exp. (2016)Il video mostra una tecnica di cromatografia negativa per purificare una proteina associata alla virulenza da un lisato batterico. Utilizzando una resina caricata positivamente in una soluzione tamponata, le proteine della cellula ospite vengono trattenute selettivamente, mentre la proteina...

Fonte: Murata, T., et al. Purificazione di una proteina ad alta massa molecolare in Streptococcus mutans. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra una procedura passo-passo per la purificazione di una proteina marcata con poliistidina secreta da Streptococcus mutans.

Fonte: Venuprasad, K., et al. Somministrazione intratracheale di Haemophilus influenzae in modelli murini per studiare l'infiammazione delle vie aeree. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra la raccolta e l'elaborazione del liquido di lavaggio broncoalveolare da un topo eutanasia infetto da Haemophilus influenzae non tipizzabile per l'analisi a valle.

Fonte: Ginies, C., et al. Identificazione degli acidi grassi nel Bacillus cereus. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra il processo di preparazione degli esteri metilici degli acidi grassi (FAME) da campioni batterici trattando la biomassa con una soluzione alcalina, seguita dalla separazione di fase e dall'evaporazione del solvente per l'analisi a valle.

Fonte: Shivaiah, K., et al. Isolamento di goccioline lipidiche di plastoglobulo da tessuto fogliare vegetale e cianobatteri. J. Vis. Exp. (2022)Il video dimostra l'isolamento dei plastoglobuli dai cianobatteri. Inizia con una coltura di cianobatteri e procede attraverso la disgregazione cellulare utilizzando la forza meccanica. Il rilascio di pigmenti fotosintetici indica il successo della lisi. Un gradiente di gradino del saccarosio viene quindi utilizzato per separare i componenti cellulari...

Inizia con colture di specie Yersinia Gram-negative e non-Yersinia Enterobacteriaceae.Utilizzando inoculatori con ago sterile, punteggiare le colture sia sul tradizionale Cefsulodin-Irgasan-Novobiocin o sull'agar CIN che sull'agar CIN modificato.Incubare le piastre per favorire la crescita batterica.Sia gli agar CIN tradizionali che quelli modificati supportano la crescita di Yersinia e Enterobacteriaceae non-Yersinia che fermentano il mannitolo per produrre sottoprodotti acidi.La produzione di...

Inizia con una coltura di arricchimento derivata dal suolo delle zone umide contenente comunità batteriche.La coltura mostra attività Feammox, ossidazione dell'ammonio accoppiata alla riduzione del ferro ferrico, indicando l'arricchimento di un batterio capace di questo processo metabolico.Diluire in serie la coltura utilizzando i media.Strisciare i campioni diluiti su piastre di agar di prova integrate con ferro ferrico e ammonio.Utilizzare piastre di controllo prive di ferro ferrico o...

Fonte: Becker, B., et al. Un semplice saggio reporter basato sulla fluorescenza per identificare i componenti cellulari necessari al traffico della catena della tossina A (RTA) nel lievito. J. Vis. Esp. (2017).Questo video dimostra la purificazione di una proteina ricombinante contrassegnata con poliistidina utilizzando cromatografia di affinità a base di nichel. Descrive i passaggi chiave, tra cui la lisi batterica tramite sonicazione, la chiarificazione e filtrazione del lisato, e il legame...

Fonte: Wunderlin, T., et al. Isolamento fisico di endospore da campioni ambientali tramite lisi mirata di cellule vegetali. J. Vis. Esp. (2016)Questo video mostra un metodo per isolare endospore da un campione ambientale contenente sia cellule vegetali sia vari batteri. La procedura prevede filtrazione, interruzione meccanica e trattamento chimico selettivo per indebolire e lisare le cellule vegetali preservando al contempo le endospore. L'ultimo passaggio isola le endospore resilienti tramite...

Fonte: Gulla, S., et al. Analisi multi-locus a numero variabile Tandem-repeat del batterio patogeno dei pesci Yersinia ruckeri tramite multiplex PCR ed elettroforesi capillare. J. Vis. Esp. (2019).Questo protocollo estrae DNA genomico da Yersinia ruckeri sospendendo colonie isolate in acqua ultrapura e applicando calore per lisare le cellule. La centrifugazione separa il surnatante contenente DNA dai detriti cellulari, producendo DNA modello adatto alla genotipizzazione basata su PCR e...

Fonte: Gulla, S., et al. Analisi multi-locus a numero variabile Tandem-repeat del batterio patogeno dei pesci Yersinia ruckeri tramite multiplex PCR ed elettroforesi capillare. J. Vis. Esp. (2019).Questo protocollo estrae DNA genomico da Yersinia ruckeri sospendendo colonie isolate in acqua ultrapura e applicando calore per lisare le cellule. La centrifugazione separa il surnatante contenente DNA dai detriti cellulari, producendo DNA modello adatto alla genotipizzazione basata su PCR e...

Fonte: Stones, D. H., et al. Materiali biomimetici per caratterizzare le interazioni batterio-ospite. J. Vis. Exp. (2015)Questo video dimostra l'uso di perle batteriomimetiche per quantificare l'adesione batterica alle cellule epiteliali dell'ospite in condizioni competitive. Descrive le fasi coinvolte nel trattamento delle cellule, nella loro lisizzazione e nella piastrata delle diluizioni seriali per misurare le unità formanti colonie.

Fonte: Jung, A. L. et. al., Vescicole della membrana esterna di Legionella pneumophila: isolamento e analisi del loro potenziale pro-infiammatorio sui macrofagi. J. Vis. Exp. (2017)Questo video mostra il pre-trattamento dei macrofagi con vescicole di membrana esterna (OMV) di Legionella pneumophila per esaminare il loro effetto sulla replicazione batterica. Alterando la segnalazione immunitaria dell'ospite, gli OMV rendono i macrofagi più permissivi all'infezione. Un numero più elevato di...

Fonte: Jagau, H. et al. Infezione da pneumococco di cellule endoteliali umane primarie a flusso costante. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra la visualizzazione in tempo reale dell'attaccamento pneumococcico alle stringhe del fattore di Von Willebrand (VWF) su cellule endoteliali in condizioni di flusso costante del terreno. Descrive i passaggi per stimolare il rilascio di VWF, etichettare le stringhe e quantificare il legame batterico.

Fonte: Morrill, S. R., et al. Modelli di colonizzazione vaginale murina da parte di batteri cresciuti anaerobicamente. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra un protocollo per modellare la colonizzazione vaginale nei topi utilizzando batteri anaerobi resistenti agli antibiotici. Si inizia con il trattamento ormonale per aumentare la suscettibilità epiteliale, seguito dall'inoculazione vaginale e dalla co-inoculazione in condizioni anaerobiche. La procedura si conclude con il campionamento...

Fonte: Li, J. et al. Sviluppo di un modello di infezione larvale di pesce zebra per Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra la somministrazione basata su microiniezione di Clostridioides difficile marcato in fluorescenza nel lume intestinale di una larva di pesce zebra anestetizzato. Delinea le fasi coinvolte nella preparazione larvale, nell'iniezione batterica e nella conferma della localizzazione batterica all'interno dell'intestino basata sulla microscopia a...

Fonte: Cruz-Adalia, A., et al. Le cellule T catturano i batteri mediante transinfezione dalle cellule dendritiche. J. Vis. Exp. (2016).Questo video mostra la transinfezione batterica attraverso interazioni tra cellule T antigene-cellule dendritiche. Le cellule dendritiche infettate da batteri che presentano il peptide dell'ovoalbumina vengono incubate con cellule T, direttamente o separate da una membrana. Il contatto diretto consente la formazione di sinapsi immunologiche, consentendo il...

Fonte: Balczon, R., et al. Metodi per rilevare gli amiloidi citotossici a seguito di infezione delle cellule endoteliali polmonari da parte di Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra la procedura per generare surnatante citotossico da cellule endoteliali polmonari in seguito all'infezione da Pseudomonas aeruginosa. Delinea come le proteine effettrici batteriche interrompono la struttura della cellula ospite e inducono il rilascio di oligomeri amiloidi citotossici nel...

Fonte: Lee, H. et. al., Sistema proteico fluorescente verde diviso per visualizzare gli effettori rilasciati dai batteri durante l'infezione. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra un metodo per monitorare l'infezione batterica e la somministrazione di proteine effettrici nelle cellule vegetali utilizzando la complementazione della proteina fluorescente verde (sfGFP) con la microscopia confocale. L'approccio consente una visualizzazione precisa della traslocazione dell'effettore nel citosol...

Fonte: Islam, A., et al., Valutazione della transcitosi intestinale degli isolati di batteriemia neonatale di Escherichia coli . J. Vis. Exp. (2023)Questo video mostra la procedura per valutare la transcitosi dell'Escherichia coli neonatale attraverso i monostrati epiteliali intestinali utilizzando inserti transwell, misurazione della resistenza elettrica e quantificazione batterica.

Fonte: Anderson, Q. L., et al. Un patosistema C . elegans ad alto rendimento, ad alto contenuto e a base liquida. J. Vis. Exp. (2018)Il video mostra un test a base liquida in cui larve di C. elegans geneticamente modificate sono esposte a batteri patogeni in una micropiastra. Le tossine batteriche secrete nel mezzo inducono stress e morte dell'ospite. Un colorante fluorescente colora i vermi morti, consentendo la quantificazione della mortalità basata sull'imaging per valutare la suscettibilità...

Fonte: Yarringto, K. D., et al. Visualizzazione cinetica delle interazioni batteriche interspecie a singola cellula. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra la preparazione di un sistema di cocoltura utilizzando batteri mobili e non mobili sotto un tampone di agarosio per l'imaging di cellule vive. Mostra come i batteri mobili rilevano attrattivi chimici e invadono le colonie non mobili, rivelando interazioni batteriche.

Fonte: Sorokulova, I., et al. Prevenzione degli effetti avversi dello stress da calore nei ratti da parte del ceppo Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra ratti pretrattati con batteri benefici o soluzione salina tamponata con fosfato (PBS) ed esposti a stress termico per valutare l'integrità della barriera intestinale. Un minor numero di colonie batteriche derivate dall'intestino dal fegato dei ratti trattati, in contrasto con numerose colonie nei ratti di controllo, indica...

Fonte: Yi, Y., et al. Interazione pianta-microbi: risposta trascrizionale di Bacillus mycoides agli essudati delle radici di patata. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra la preparazione e il trattamento delle colture di Bacillus mycoides per studiare le interazioni pianta-microbi. Delinea i passaggi dalla striatura di una coltura stock e dall'incubazione in mezzo liquido all'esposizione dei batteri agli essudati delle radici delle piante sotto agitazione. Il processo culmina nella raccolta e...

Fonte: Venuprasad, K., et al. Somministrazione intratracheale di Haemophilus influenzae in modelli murini per studiare l'infiammazione delle vie aeree. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra la somministrazione intratracheale di un inoculo batterico patogeno polmonare in un topo anestetizzato per modellare l'infezione del tratto respiratorio inferiore.

Fonte: Taylor, M. N., et.al. Utilizzo dei dati di un singolo verme per quantificare l'eterogeneità nelle interazioni Caenorhabditis elegans-batterio. J. Vis. Exp. (2022)Questo video dimostra l'esposizione di vermi Caenorhabditis elegans privi di germi e di età corrispondente a un ceppo batterico per la colonizzazione intestinale. Spiega la rimozione selettiva dei batteri esterni e non aderenti, lasciando solo i batteri vitali aderiti all'epitelio intestinale per la quantificazione.

Fonte: Taylor, M. N. et al. Utilizzo dei dati di un singolo verme per quantificare l'eterogeneità nelle interazioni Caenorhabditis elegans-batterio. J. Vis. Exp. (2022)Questo video dimostra la quantificazione della variabilità della carica batterica intestinale nei singoli Caenorhabditis elegans attraverso la disgregazione meccanica. Descrive le fasi per la preparazione del campione, la disgregazione meccanica, la diluizione seriale e il conteggio delle colonie per valutare le differenze nella...

I batteri endofiti colonizzano i tessuti vegetali e ne favoriscono la crescita.Per studiare il loro impatto sulla crescita delle piante di pomodoro sotto stress salino, inizia con piantine sterili che mostrano foglie e radici in via di sviluppo.Immergere le radici della piantina sperimentale in una sospensione di batteri endofitici; Lasciare il controllo non inoculato.Trasferire entrambi i gruppi in terreno sterilizzato per evitare interferenze microbiche esterne e incubare in una camera di...

Prendi una miscela di inoculo di batteri solubilizzanti il fosfato o PSB e batteri viola non solforati o PNSB.Spruzzare la miscela sul terreno mescolato con fertilizzante e letame di vacca.Semina il seme e coprilo con il terreno.Lascia che la pianta cresca.I batteri si localizzano vicino alla radice in una zona chiamata rizosfera.Il PSB converte i fosfati insolubili del suolo in forme solubili.Nel frattempo, il PNSB fissa l'azoto convertendo l'azoto gassoso atmosferico in ammoniaca.La pianta...

Inizia con piantine di riso pre-germinate in condizioni buie e asettiche per garantire una germinazione uniforme.Trasferire queste piantine in un pallone contenente un terreno semisolido ricco di sostanze nutritive pre-inoculato con un batterio di prova.Man mano che la pianta cresce, le radici rilasciano composti chemiotattici nel terreno circostante.Questi composti stimolano la proliferazione batterica, portando all'adesione, alla moltiplicazione e alla formazione di colonie sulla superficie...

Fonte:Ocean E. Clarke1, Romy A. Dop1, Tom Hasell1, Joanne L. Fothergill1, Daniel R. Neill21Università di Liverpool, 2 Università di DundeeQuesto video mostra l'uso di un dispositivo stampato in 3D e rivestito in silicone che imita la superficie interna dei cateteri urinari per simulare l'infezione del tratto urinario associata al catetere.

Fonte: Arroyo, M. C., et al. Valutazione della vitalità di un consorzio batterico sintetico sull'interfaccia intestino-microbo ospite-microbo in vitro . J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra la valutazione della fattibilità di una comunità microbica orale sintetica durante la digestione simulata orale, gastrica e intestinale. La sopravvivenza batterica viene quantificata dopo ogni fase, rivelando un progressivo declino dovuto allo stress digestivo.

Fonte: Okamoto, A., et al. Installazione elettrochimica autonoma per arricchire i batteri che respirano anodi in loco. J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra l'uso di un sistema elettrochimico in loco per arricchire i batteri che respirano anodi (ARB) da serbatoi naturali. Un gradiente redox si stabilisce posizionando l'anodo in acque profonde prive di ossigeno e il catodo in acque superficiali ricche di ossigeno. Gli ARB formano biofilm e trasferiscono elettroni all'anodo, che scorre verso...

Fonte: Ahmadi, S., et al. Un modello di batch-culture in vitro per stimare gli effetti dei regimi interventistici sul microbiota fecale umano. J. Vis. Esp. (2019).Questo video dimostra un metodo per modellare la fermentazione microbica intestinale incubando campioni fecali con fibre fermentabili alimentari in condizioni anaerobiche per studiare la produzione di metaboliti da parte del microbiota intestinale.

Fonte: Biller, S. J., et al. Isolamento e caratterizzazione di vescicole extracellulari cianobatteriche. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra la preparazione di vescicole extracellulari cianobatteriche per la microscopia elettronica a trasmissione mediante colorazione negativa, consentendo la visualizzazione ad alta risoluzione della morfologia, delle dimensioni e della purezza delle vescicole per analisi strutturali e comparative.

Fonte: Zhang, Y., et al. Applicazione di nanoparticelle fluorescenti per studiare il rimodellamento del sistema endo-lisosomiale da parte di batteri intracellulari. J. Vis. Exp. (2015)Questo video dimostra l'uso di nanoparticelle fluorescenti per visualizzare il rimodellamento endolisosomiale nelle cellule epiteliali umane infettate da batteri intracellulari. In seguito all'invasione batterica, i patogeni manipolano il citoscheletro dell'ospite e il sistema endo-lisosomiale, formando vacuoli...

Fonte: Valentine, M. E., et al. Generazione di mutanti di delezione genica in-frame in Pseudomonas aeruginosa e test per l'attenuazione della virulenza in un semplice modello murino di infezione. J. Vis. Exp. (2020)Questo video dimostra l'uso della bioluminescenza per visualizzare e confrontare il comportamento in vivo di ceppi batterici virulenti e attenuati nei topi. Delinea la preparazione di sospensioni batteriche bioluminescenti e la loro iniezione intraperitoneale nei topi. Il ceppo...

Fonte: Guo, S., et al. Quantificazione della motilità della sciamatura batterica superficiale su piastre a gradiente induttore. J. Vis. Exp. (2022).Questo video mostra l'uso di una piastra a sciame a gradiente a doppio strato per studiare il comportamento della sciamatura batterica al variare delle concentrazioni di inibitori. Una piastra con un inibitore che forma gradiente nello strato inferiore viene inoculata con batteri e incubata. Le immagini vengono acquisite a intervalli regolari per...

Fonte: Zhang, X., et al. Un modello di embrione di pesce zebra per la visualizzazione in vivo e l'analisi intravitale dell'infezione da Staphylococcus aureus associata a biomateriali. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra l'imaging a fluorescenza di embrioni di zebrafish iniettati con Staphylococcus aureus, consentendo la quantificazione della progressione dell'infezione e della distribuzione batterica per valutare l'impatto delle microsfere di biomateriali sulle interazioni ospite-patogeno in...

Fonte: Schlimpert, S. et al. Imaging time-lapse a fluorescenza del ciclo di vita completo di S. venezuelae utilizzando un dispositivo microfluidico. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra l'imaging time-lapse a fluorescenza dell'intero ciclo di vita del batterio Streptomyces venezuelae utilizzando un dispositivo microfluidico per visualizzare la germinazione, la crescita ifale e la sporulazione in tempo reale.

Fonte: Bru, J., et.al. Imaging time-lapse degli sciami batterici e della risposta collettiva allo stress. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra come visualizzare e misurare il comportamento di evitamento dello sciame in Pseudomonas aeruginosa utilizzando un saggio su piastra di agar a sciame. Mostra la configurazione per l'imaging time-lapse in condizioni controllate e spiega come i segnali di stress indotti dagli antibiotici reindirizzano il movimento batterico, che viene quantificato...

Fonte: Heering, J., et al., Induzione della differenziazione cellulare e imaging di singole cellule di Vibrio parahaemolyticus Swimmer e Swarmer. J. Vis. Exp. (2017).Questo video mostra la preparazione di cellule swarmer da una colonia di Vibrio parahaemolyticus per l'imaging a fluorescenza. I batteri sono geneticamente modificati per esprimere una proteina marcata con fluorofori che si localizza unipolarmente nelle cellule nuotatrici e bipolarmente nelle cellule a sciame allungate, consentendo...

Fonte: Bennett, J. A. et al. Valutazione visiva e microscopica dei mutanti dello sviluppo di Streptomyces . J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra l'uso della microscopia a contrasto di fase per esaminare le differenze fenotipiche tra Streptomyces coelicolor wild-type e mutante. Delinea le fasi coinvolte nella preparazione e nell'imaging dei filamenti aerei per rilevare i difetti di sviluppo nella formazione delle spore.

Fonte: Chu, W. e Zhuang, X. Visualizzazione della motilità batterica basata su una reazione cromatica. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra un saggio di agar semisolido basato su colorante redox per valutare la motilità batterica distinguendo visivamente i ceppi mobili e non mobili.

Fonte: Pioli, R., et al., Patterning di microrganismi e microparticelle attraverso l'assemblaggio sequenziale assistito da capillarità. J. Vis. Exp. (2021)Questo video mostra il metodo di cattura di singole cellule di Escherichia coli (E. coli) marcate in fluorescenza in trappole microfluidiche utilizzando una sospensione priva di carbonio e un flusso controllato, seguito dall'aggiunta di nutrienti per innescare la crescita e l'imaging a fluorescenza delle microcolonie.

Fonte: Wen, J., Pasman, et. al., Visualizzazione dei germinosomi e della membrana interna nelle spore di Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra l'uso della microscopia a illuminazione strutturata per acquisire immagini tridimensionali a fluorescenza che rivelano l'organizzazione delle proteine di germinazione all'interno della spora batterica.

Fonte: Oms, T., et al. Analisi di popolazione e a singola cellula della persistenza degli antibiotici in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2023)Questo video presenta un protocollo per il monitoraggio di singole cellule batteriche che esprimono una proteina legante il DNA marcata in fluorescenza all'interno di un sistema microfluidico. Illustra come gli antibiotici inibiscono la maggior parte delle cellule, mentre una sottopopolazione di cellule persistenti sopravvive al trattamento e ricresce...

Fonte: Murata, K. et. al., Visualizzazione della compattazione del DNA nei cianobatteri mediante tomografia crioelettronica ad alta tensione. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra la coltivazione sincrona di cianobatteri in cicli luce-buio per studiare la compattazione del DNA regolata circadiana. La microscopia a fluorescenza rivela il DNA condensato in punti temporali definiti, confermando l'allineamento del ciclo cellulare in tutta la popolazione.

Fonte: Chetrit, D., et al. Applicazione dell'imaging di cellule vive e della tomografia crioelettronica per risolvere le caratteristiche spaziotemporali del sistema di secrezione Legionella pneumophila Dot/ICM. J. Vis. Exp. (2020)Questo video dimostra l'uso dell'imaging a fluorescenza su cellule vive per quantificare la polarità e la dinamica dei componenti del sistema di secrezione nella Legionella pneumophila, consentendo l'analisi del reclutamento spaziale e della ridistribuzione citosolica...

Fonte: Chetrit, D., et al. Applicazione dell'imaging di cellule vive e della tomografia crioelettronica per risolvere le caratteristiche spaziotemporali del sistema di secrezione Legionella pneumophila Dot/ICM. J. Vis. Exp. (2020)Il video descrive come preparare campioni di Legionella pneumophila per la tomografia crioelettronica combinando coltura batterica, marcatura con nanoparticelle d'oro e tecniche di vetrificazione. Il processo preserva le strutture cellulari native e consente l'imaging...

Fonte: Weber, N., et al., Trasformazione naturale, espressione proteica e crioconservazione del cianobatterio filamentoso Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra la procedura per valutare la motilità di scorrimento in Phormidium lacuna omogeneizzando le colture di filamenti per creare una sospensione uniforme, preparando un test su piastra di Petri su un vetrino da microscopio e visualizzando il movimento del filamento.

Fonte: Sorokulova, I., et al. Prevenzione degli effetti avversi da stress termico nei ratti da parte del ceppo Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2016)Questo video presenta analisi istologiche e microscopiche del sangue utilizzate per valutare gli effetti protettivi di Bacillus subtilis nei ratti esposti allo stress termico.

Fonte: Chaimovitz, E. A., et al. Misurazione continua del rumore biologico in Escherichia coli tramite microscopia a time-lapse. J. Vis. Esp. (2021)Questo video dimostra la visualizzazione in tempo reale del rumore biologico in E. coli tracciando le fluttuazioni della fluorescenza della GFP durante la crescita e la divisione batterica tramite microscopia a time-lapse.

Fonte: Fattahi, N., et al. Interfacce idrogel fotodegradabili per lo screening, la selezione e l'isolamento dei batteri. J. Vis. Exp. (2021)Questo video mostra l'uso di idrogel fotodegradabili per isolare le colonie batteriche all'interno di array di micropozzetti di silicio. Le cellule batteriche vengono prima caricate in micropozzetti, incapsulate in un idrogel reticolato e coltivate in colonie distinte. Dopo l'esposizione alla luce ultravioletta, la degradazione mirata dell'idrogel consente...

Fonte: Feltwell, T., et.al. Separazione dei batteri in base alla quantità di capsula utilizzando un gradiente di densità discontinuo. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra la preparazione e la caratterizzazione di ceppi batterici con produzione di capsule variabile. I ceppi patogeni portatori di diverse mutazioni nei geni correlati alle capsule vengono coltivati, coltivati in terreni liquidi e sottoposti a centrifugazione per distinguere i fenotipi delle capsule in base alla densità dei pellet.

Fonte: Le Nagard, L., et al. Batteri magnetotattici in crescita del genere Magnetospirillum: ceppi MSR-1, AMB-1 e MS-1. J. Vis. Exp. (2018).Questo video mostra come coltivare i batteri Magnetospirillum in condizioni microaerobiche utilizzando terreni liquidi e semisolidi. Evidenzia la formazione di una banda batterica visibile all'interfaccia ossico-anossica e la sua migrazione verso l'alto quando l'ossigeno si esaurisce. Il video mostra anche come valutare il comportamento magnetotattico...

Fonte: Valentine, M. E., et al. Generazione di mutanti di delezione genica in-frame in Pseudomonas aeruginosa e test per l'attenuazione della virulenza in un semplice modello murino di infezione. J. Vis. Exp. (2020).Questo video mostra la generazione di ricombinanti a doppio crossover in Pseudomonas aeruginosa utilizzando una strategia di delezione genica basata su plasmidi. Il processo prevede la selezione di batteri che ospitano un plasmide non replicativo integrato nel genoma tramite un...

Fonte: Schlimpert, S., et al. Imaging time-lapse a fluorescenza dell'intero ciclo di vita di S. venezuelae utilizzando un dispositivo microfluidico. J. Vis. Exp. (2016)Questo video dimostra la coltivazione e l'isolamento delle spore di Streptomyces venezuelae. Le spore, cellule dormienti che aiutano i batteri a sopravvivere allo stress, vengono prodotte durante la limitazione dei nutrienti e raccolte attraverso la centrifugazione. Il metodo garantisce una sospensione di spore pura, conservata a...

Fonte: Heering, J., et al. Induzione del differenziamento cellulare e imaging di singole cellule di Vibrio parahaemolyticus Swimmer e Swarmer. J. Vis. Exp. (2017)Questo video dimostra l'induzione della differenziazione delle cellule swarmer in Vibrio parahaemolyticus utilizzando un terreno di agar appositamente preparato. Manipolando i segnali ambientali come l'esaurimento del ferro, l'integrazione di calcio e il contatto con la superficie, i batteri sono stimolati a passare dalla loro forma di...

Fonte: Li, J., et. al., Sviluppo di un modello di infezione larvale di pesce zebra per Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra l'isolamento e la coltura dei batteri Clostridioides difficile dall'intestino delle larve di pesce zebra. L'intestino infetto viene sezionato, omogeneizzato e incubato in terreni anaerobici selettivi contenenti antibiotici. Queste condizioni sopprimono i microbi concorrenti e promuovono la crescita di cellule vitali.

Fonte: Ayivi, R. et al., La coltivazione, la crescita e la vitalità dei batteri dell'acido lattico: una prospettiva di controllo della qualità. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra il metodo per recuperare i batteri lattici stressati da freddo da uno stock di glicerolo congelato, ripristinare la vitalità batterica attraverso l'incubazione anaerobica e isolare le colonie attive per l'espansione della coltura.

Fonte: Kuo, C., et al. Rilevamento della colonizzazione enteroemorragica di Escherichia coli nell'ospite murino mediante sistema di bioluminescenza in vivo non invasivo. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra la preparazione di una sospensione enteroemorragica di Escherichia coli che esprime luciferasi da stock congelato per l'uso come inoculo orale in modelli animali. Ciò consente il monitoraggio bioluminescente in tempo reale della colonizzazione intestinale durante gli studi di infezione in...

Fonte: Nathoo, N., et al. Un sistema di co-coltivazione idroponica per l'analisi simultanea e sistematica delle interazioni molecolari pianta/microbo e della segnalazione. J. Vis. Exp. (2017).Questo video mostra un sistema di co-coltivazione idroponica per lo studio delle interazioni pianta-batteri in condizioni sterili. Le piantine delle piante vengono trasferite in un terreno di coltura sterile e acido, incubate e ispezionate per verificare la presenza di contaminazioni prima...

Fonte: Figueroa, D. M., et al. Produzione e visualizzazione di sferoplasti e protoplasti batterici per caratterizzare la localizzazione di peptidi antimicrobici. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra una procedura passo dopo passo per la generazione di protoplasti dal batterio Gram-positivo Bacillus megaterium.

Fonte: Eggers, C. H. Manipolazione genetica mediata dai fagi della spirocheta Borrelia burgdorferi della malattia di Lyme. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra la preparazione di una coltura di Borrelia burgdorferi geneticamente modificata ingegnerizzata con DNA batteriofago dormiente che trasporta un gene di resistenza agli antibiotici. Dopo la selezione e l'incubazione degli antibiotici, un induttore chimico innesca il danno al DNA, portando all'escissione, alla replicazione e...

Fonte: Morales-Soto, N. et. al., Preparazione, imaging e quantificazione dei saggi di motilità della superficie batterica. J. Vis. Exp. (2015)Questo video mostra un test di sciamatura utilizzando batteri che esprimono la proteina fluorescente verde per osservare la motilità superficiale sull'agar molle. L'imaging time-lapse cattura l'espansione coordinata e la formazione dei viticci, evidenziando la motilità della superficie batterica.

Fonte: Anwar, Z., et al. Arricchimento e rilevamento di tossinotipi di Clostridium perfringens in campioni di alimenti al dettaglio. J. Vis. Exp. (2019).In questo video, i batteri che riducono i solfiti vengono coltivati in un terreno di agar contenente solfito, dove crescono anaerobicamente e riducono il solfito a idrogeno solforato, formando precipitati neri con ioni ferro. Le colonie nere vengono isolate dalla profondità dell'agar utilizzando tecniche asettiche e trasferite in terreno fresco...

Fonte: Morita, M., et al. Coltura cellulare batterica a livello di singola cellula all'interno di vescicole giganti. J. Vis. Exp. (2019).Questo video mostra un metodo per la coltura e l'osservazione di singole cellule batteriche incapsulate all'interno di vescicole giganti ancorate a un doppio strato lipidico supportato. Il sistema consente l'imaging stabile e a lungo termine delle dinamiche di crescita di singole cellule in un microambiente confinato e fisiologicamente rilevante.

Fonte: Tomás, J. M., et al. Generazione di mutanti nulli per chiarire il ruolo delle glicosiltransferasi batteriche nella motilità batterica. J. Vis. Exp. (2022).Questo video dimostra l'amplificazione iniziatore-dipendente di un plasmide suicida in E. coli. Il plasmide, che trasporta un gene di resistenza agli antibiotici, si replica solo in presenza di una proteina iniziatrice codificata dall'ospite. Dopo l'elettroporazione e l'incubazione in terreno di recupero, la miscela viene impiattata su...

Fonte: Cafini, F., et.al. Metodologia per lo studio del trasferimento genico orizzontale in Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Questo video dimostra l'assorbimento del DNA indotto dalla competenza in Staphylococcus aureus attraverso la trasformazione naturale. Un ceppo sensibile al cloramfenicolo ingegnerizzato per esprimere costitutivamente un fattore sigma viene coltivato in condizioni di limitazione dei nutrienti per migliorare la competenza, quindi incubato con DNA di donatore che...

Fonte: Anderson, Q. L., et al., Un patosistema di C. elegans ad alto rendimento, ad alto contenuto e a base liquida. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra la preparazione di batteri di interferenza dell'RNA (RNAi) che trasportano plasmidi per inibire l'espressione genica bersaglio. Delinea le fasi di selezione, crescita e induzione dei batteri RNAi per produrre piastre che esprimono dsRNA per saggi a valle.

Fonte: Brodl, E., et al. Sul posto Misura e correlazione della densità cellulare e dell'emissione luminosa di batteri bioluminescenti. J. Vis. Exp. 1 (2018)Questo video mostra la coltivazione di batteri bioluminescenti marini per osservare l'attivazione mediata dal quorum sensing dell'operone di luminescenza, consentendo il monitoraggio in tempo reale dell'espressione genica e dell'emissione di luce per studi sulla comunicazione microbica e la regolazione genica.

Fonte: Gilmore, S. F., et al. Produzione scalata senza cellule e aggiunta adiuvante a una proteina principale della membrana esterna ricombinante di Chlamydia muridarum per lo sviluppo di vaccini. J. Vis. Exp. (2022)Questo video dimostra la sintesi senza cellule di antigeni proteici di membrana stabilizzati con nanodischi utilizzando un sistema a doppio compartimento. Il dispositivo mantiene le condizioni ottimali per un'efficiente sintesi proteica, un corretto ripiegamento e un'integrazione...

Fonte: Bru, J., et al., Imaging time-lapse di sciami batterici e risposta collettiva allo stress. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra la procedura per analizzare il comportamento di sciamatura di Pseudomonas aeruginosa osservando la crescita batterica da una coltura centrale verso spot satellite contenenti la stessa coltura mescolata con un antibiotico, utilizzando una piastra di agar e l'imaging time-lapse.

Fonte: Liu, P. C., et al. Progettazione e utilizzo di un morbidostat automatizzato a basso costo per l'evoluzione adattativa dei batteri nella selezione di farmaci antibiotici. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra l'uso di un chip microfluidico per visualizzare e confrontare la crescita e la morfologia di ceppi di E. coli wild-type e resistenti al trimetoprim sotto stress antibiotico trimetoprim.

Fonte: Bhaduri, S., et al., Precipitazione di calcite microbiologicamente indotta mediata da Sporosarcina pasteurii. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra il metodo di arricchimento di Sporosarcina pasteurii con urea e cloruro di calcio per innescare l'attività dell'ureasi, portando alla formazione di cristalli di calcite visibili attraverso la precipitazione di calcite microbiologicamente indotta, o MICP.

Fonte: Figueroa, D. M., et.al. Produzione e visualizzazione di sferoplasti e protoplasti batterici per caratterizzare la localizzazione di peptidi antimicrobici. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra la produzione di sferoplasti di Escherichia coli inibendo prima la divisione cellulare per indurre la filamentazione, seguita dalla digestione enzimatica della parete cellulare. Il processo include l'aggiunta controllata di un agente chelante, la DNasi, e di uno stabilizzatore osmotico per...

Fonte: Collins, A. J., et al., Stabilire colture binarie stabili di saccaribatteri simbiotici dalla cavità orale. J. Vis. Exp. (2021)Questo video dimostra la creazione e il mantenimento di una coltura binaria di Saccharibacteria e del suo batterio ospite co-incubandoli in sequenza in un terreno di crescita specifico per l'ospite.

Fonte: Erdogan, F., et al., Saggi di accoppiamento coniugativo per l'analisi sequenziale specifica delle proteine di trasferimento coinvolte nella coniugazione batterica. J. Vis. Exp. (2017)Questo video mostra la procedura per il trasferimento di un plasmide F da cellule di E. coli donatore a cellule ricevente utilizzando un plasmide di salvataggio e selezionando i transconiuganti attraverso la doppia resistenza agli antibiotici. Il processo include la miscelazione di colture batteriche,...

Fonte: Cheng, C., et al. Inattivazione di agenti patogeni tramite fotolisi in luce visibile della riboflavina-5'-fosfato. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra un metodo per valutare gli effetti fototossici della flavina mononucleotide (FMN) sui batteri patogeni. Le colture batteriche sono esposte a concentrazioni crescenti di FMN e illuminate con luce visibile per generare specie reattive dell'ossigeno (ROS) che danneggiano i componenti cellulari. I batteri sopravvissuti vengono quindi...

Fonte: Gupta, S., et al. Isolamento e caratterizzazione di vescicole extracellulari prodotte da micobatteri ferro-limitati. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra la procedura per coltivare il Mycobacterium tuberculosis in condizioni di ferro limitato per indurre stress da ferro e promuovere la secrezione di siderofori che supportano la sopravvivenza batterica.

Fonte: Niu, L., et al., Visualizzazione della morte delle cellule litiche dei macrofagi durante l'infezione micobatterica negli embrioni di pesce zebra tramite microscopia intravitale. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra la preparazione di una sospensione a singola cellula di Mycobacterium marinum da una coltura in fase di tarda logaritmica per un uso coerente nei saggi di infezione e nelle applicazioni a valle.

Fonte: Paschke, P., et al. Ingegneria genetica delle cellule di Dictyostelium discoideum basata sulla selezione e la crescita sui batteri. J. Vis. Exp. (2019).Questo video mostra la procedura per l'introduzione di un plasmide che trasporta un gene bersaglio nelle cellule dell'ameba tramite elettroporazione, seguita dal recupero in un integratore batterico per consentire un'efficiente somministrazione genica nell'ameba wild-type.

Fonte: Gutiérrez, S., et. al., Isolamento dei fagosomi contenenti Salmonella typhimurium dai macrofagi. J. Vis. Exp. (2017)Questo video mostra la coltura e la preparazione di Salmonella typhimurium per ottenere una sospensione batterica pulita, metabolicamente attiva e adatta all'uso sperimentale.

Fonte: Lin, P., et al. Sintesi di microcapsule di tungstato di sodio e molibdato di sodio tramite escrezione minerale batterica. J. Vis. Exp. (2018).Questo video mostra la preparazione di una coltura batterica monoclonale per la produzione di minerali attraverso la diluizione seriale e l'isolamento delle colonie su una piastra di agar. Agitando la piastra con perle di vetro, le singole cellule vengono separate spazialmente per formare colonie geneticamente uniformi, che vengono poi trasferite...

Fonte: Lin, P., et al. Sintesi di microcapsule di tungstato di sodio e molibdato di sodio tramite escrezione minerale batterica. J. Vis. Exp. (2018).Questo video mostra la procedura per la sintesi di microcapsule rigide di ossido di metallo mediante coltura di batteri che riducono i metalli con ioni metallici, seguita da una purificazione sequenziale attraverso sonicazione, centrifugazione e lavaggio con etanolo.

Fonte: Fuchs, F. M., et al. Indagine sugli effetti dannosi della sterilizzazione al plasma a bassa pressione sulla sopravvivenza delle spore di Bacillus subtilis utilizzando la microscopia su cellule vive. J. Vis. Exp. (2017)Questo video mostra la produzione, la purificazione e la deposizione basata su aerosol delle spore di Bacillus subtilis per creare un monostrato uniforme, consentendo applicazioni a valle come l'analisi basata sulla microscopia della germinazione, della vitalità o della...

Fonte: Vieira, J., et al. Progettazione e sviluppo di un modello per studiare l'effetto dell'ossigeno supplementare sul microbioma delle vie aeree della fibrosi cistica. J. Vis. Exp. (2021).Questo video mostra la preparazione di un mezzo di espettorato artificiale che imita la viscosità, la composizione dei nutrienti e il pH dell'espettorato polmonare della fibrosi cistica. Il mezzo risultante fornisce una piattaforma fisiologicamente rilevante per gli studi ex vivo.

Fonte: Maurakis, S. e Cornelissen, CN Crescita limitata ai metalli di Neisseria gonorrhoeae per la caratterizzazione di geni sensibili ai metalli e l'acquisizione di metalli da ligandi ospiti. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra la procedura per la coltivazione di Neisseria gonorrhoeae in condizioni di metalli limitati utilizzando un terreno definito e impoverito di metalli.

Fonte: Naji, A., et al. Studio dello stress ossidativo causato dagli streptococchi del gruppo Mitis in Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).Questo video mostra il metodo per la coltura di Streptococcus mitis in condizioni microaerofile utilizzando l'estratto di lievito Todd-Hewitt, o terreno di agar THY, per preparare colture batteriche per studi di interazione ospite-patogeno.

Fonte: Venuprasad, K. et. al., Somministrazione intra-tracheale di Haemophilus influenzae in modelli murini per studiare l'infiammazione delle vie aeree. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra la coltura di Haemophilus influenzae non tipizzabile e la preparazione di un inoculo a dose standardizzata per studi di colonizzazione o infezione a valle.

Fonte: Stefan, A., et al., I benefici multiformi della co-espressione proteica in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2015)Questo video mostra la procedura per trasformare l'Escherichia coli con un plasmide che trasporta un gene di resistenza agli antibiotici, compresa la preparazione cellulare, l'elettroporazione, il recupero e la selezione dei trasformanti.

Fonte: Jiang, H., Ho, M. Isolamento e caratterizzazione del ficobilisoma intatto nei cianobatteri. J. Vis. Exp.(2021).Questo video mostra la procedura per la coltura dei cianobatteri per ottenere biomassa coltivando cellule sotto illuminazione continua con apporto di anidride carbonica e condizioni ricche di sostanze nutritive, seguita dalla raccolta tramite centrifugazione.

Fonte: Wiegand, D. J., Lee, et al., Espressione proteica libera da cellule utilizzando il batterio Vibrio natriegens in rapida crescita. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra la coltivazione e la raccolta di Vibrio natriegens, un batterio a crescita rapida, in condizioni di aerazione per preparare pellet batterici per la generazione di estratto grezzo.

Fonte: Wiegand, D. J., et al. Espressione proteica libera da cellule utilizzando il batterio in rapida crescita Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Questo video mostra la preparazione di un estratto cellulare da Vibrio natriegens, un batterio in rapida crescita noto per il suo alto tasso di sintesi proteica. Il pellet batterico viene lavato e risospeso in tampone di lisi prima della sonicazione su ghiaccio per prevenire la degradazione cellulare. Il lisato viene centrifugato per separare i...

Fonte: Wiegand, D. J., et al. Espressione proteica libera da cellule utilizzando il batterio in rapida crescita Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Questo video dimostra l'uso di un sistema di espressione proteica batterica priva di cellule basato sul lisato grezzo di Vibrio natriegens per eseguire trascrizioni e traduzioni accoppiate in vitro. Mette in evidenza la preparazione di una miscela master con componenti essenziali e la sintesi graduale di proteine funzionali da un modello di DNA.

Fonte: Jian, X., et al., Coltivazione microbica automatizzata ed evoluzione adattiva utilizzando il sistema di coltura di microgoccioline microbiche (MMC). J. Vis. Exp. (2022).Questo video mostra l'uso di un sistema di coltura di microgoccioline microbiche per guidare l'evoluzione adattativa dei batteri verso la tolleranza al metanolo. Mescolando colture batteriche ingegnerizzate con un mezzo di stress ad alto contenuto di metanolo e segmentandole in microgoccioline, il sistema seleziona i...

Fonte: Weber, N., et al., Trasformazione naturale, espressione proteica e crioconservazione del cianobatterio filamentoso Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Questo video descrive una procedura per eseguire la trasformazione naturale in cianobatteri filamentosi utilizzando il DNA plasmidico per ottenere un'espressione stabile di GFP e resistenza agli antibiotici attraverso la ricombinazione omologa.

Fonte: Wagner, A. O., et al., Preparazione media per la coltivazione di microrganismi in condizioni strettamente anaerobiche/anossiche. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra la preparazione e l'inoculazione di colture anaerobiche utilizzando fanghi privi di ossigeno in condizioni rigorosamente controllate e deossigenate.

Fonte: Lea-Smith, D. J., et al. Generazione di mutanti marcati e privi di marcatori in specie cianobatteriche modello. J. Vis. Exp. (2016)Il video mostra un metodo per generare mutanti marcati con antibiotici nei cianobatteri. Il protocollo inizia con la coltura dei cianobatteri, seguita dalle fasi di centrifugazione e lavaggio che preservano i pili superficiali. Viene quindi introdotto un plasmide che trasporta un gene di resistenza agli antibiotici affiancato da sequenze omologhe. Durante...

Iniziamo con un digestore anaerobico, un reattore sigillato e privo di ossigeno seminato con un fango sintetico che imita i solidi sedimentati dalle acque reflue.Il fango contiene microbi anaerobi mesofili, una comunità microbica mista.Questi microbi prosperano a temperature moderate e guidano la digestione della materia organica dei fanghi.Mescolare continuamente i fanghi per sostenere l'attività batterica e favorire la digestione.Successivamente, aggiungi le bioplastiche, che sono polimeri...

Inizia con un turbidostato, un dispositivo che mantiene una densità cellulare costante in coltura.Il dispositivo contiene un recipiente con una coltura batterica, che viene continuamente aerata mediante agitazione e mantenuta a una temperatura costante.Un diodo laser emette un raggio di luce che viene diviso in due percorsi.Un percorso è diretto a un sensore di riferimento per monitorare le fluttuazioni dell'intensità del laser, mentre l'altro passa attraverso la coltura.Le cellule batteriche...

Inizia con un ceppo di batteri Pseudomonas aeruginosa , isolato da terreno contaminato da petrolio, in un terreno contenente una fonte di azoto e un eccesso di olio commestibile come fonte di carbonio.Questo ceppo sintetizza il poliidrossialcanoato (PHA), un polimero a catena lunga utile nella produzione di bioplastiche.Incubare sotto agitazione per facilitare l'aerazione e favorire la crescita batterica.Inizialmente, il mezzo fornisce fonti di carbonio e azoto per supportare la proliferazione...

Inizia con una coltura di Alishewanella, un batterio Gram-negativo tollerante al sale.Quindi, strisciare la coltura su piastre di agar contenenti concentrazioni crescenti di cloruro di sodio per simulare livelli variabili di stress salino.Sovrapporre ogni piastra con uno strato di terreno non solidificato per prevenire la diffusione dell'ossigeno e mantenere la coltura in un ambiente con ossigeno limitato.Sigillare e incubare le piastre a una temperatura ottimale per favorire la crescita...

Fonte: Arias, S. L., et al. Fabbricazione di una nanocellulosa batterica magnetica funzionalizzata con nanoparticelle di ossido di ferro. J. Vis. Esp. (2016).Questo video dimostra la produzione di nanocellulosa coltivando batteri produttori di cellulosa in un mezzo nutriente contenente manitolo. I batteri metabolizzano il mannitolo in glucosio, che viene poi polimerizzato ed estruso come catene di glucani che cristallizzano in fogli di cellulosa, formando una matrice tridimensionale...

Fonte: Brumfield, K. D. et al., Tecniche di laboratorio utilizzate per mantenere e differenziare i biotipi di isolati clinici e ambientali di Vibrio cholerae . J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra la crescita delle colture batteriche in un mezzo liquido. Lo scuotimento favorisce l'aerazione e distribuisce i nutrienti in modo uniforme, supportando una crescita esponenziale e risultando in una sospensione uniforme e metabolicamente attiva, adatta alle applicazioni a valle.

Fonte: Schumacher, D., et al. Imaging a fluorescenza con cellule vive dell'intero ciclo cellulare vegetativo del batterio sociale a lenta crescita Myxococcus xanthus. J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra la preparazione e l'imaging di Myxococcus xanthus, un batterio del suolo a crescita lenta. La coltura viene coltivata in un mezzo, applicata su una copertura con microsfere fluorescenti e sovrapposta con un tappeto di agarosio preriscaldato per sostenere l'idratazione e l'apporto di nutrienti.

Fonte: Yang, Z., et al. Una piattaforma ad alto rendimento per lo screening di Salmonella spp./Shigella spp.. J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra l'arricchimento selettivo e l'identificazione della Salmonella utilizzando xilosio lisina desossicolato (XLD) e agar cromogenico. Il brodo di selenite favorisce la crescita di Salmonella , mentre l'agar XLD rivela colonie a centro nero attraverso la produzione di solfuro di idrogeno. L'agar cromogenico conferma l'identità tramite la formazione di...

Fonte: Jeong, H., et al. Procedura per l'evoluzione adattiva in laboratorio dei microrganismi utilizzando un chemostato. J. Vis. Esp. (2016).Questo video dimostra l'isolamento selettivo e la crescita di batteri adattati allo stress provenienti da una coltura esposta a condizioni di stress prolungate. La coltura viene placcata su agar contenente stressore e viene selezionata una singola colonia per inoculare un mezzo liquido con lo stressore. L'assorbanza viene misurata a intervalli regolari per...

Fonte: Villela, H. D. M. , et al. Prospezione di ceppi microbici per la biorimediazione e lo sviluppo di probiotici per la ricerca e la conservazione dei metaorganismi. J. Vis. Esp. (2019).Questo video dimostra l'isolamento dei batteri marini che degradano gli inquinanti tramite diluizione seriale, selezione delle colonie e crescita in un mezzo contenente EE2. Utilizzando EE2 come unica fonte di carbonio, il protocollo identifica ceppi batterici in grado di metabolizzare questo inquinante...

Fonte: Villela, H. D. M. , et al. Prospezione di ceppi microbici per la biorimediazione e lo sviluppo di probiotici per la ricerca e la conservazione dei metaorganismi. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra l'isolamento selettivo dei batteri marini degradanti del petrolio arricchendo campioni di acqua di mare su mezzi a base di petrolio, permettendo il recupero di ceppi puri con potenziali applicazioni nella biorimediazione del petrolio greggio e nella pulizia ambientale.

Fonte: Berens, C. et al. Applicazione di un sistema di espressione indutibile per studiare l'interferenza dei fattori di virulenza batterica con la segnalazione intracellulare. J. Vis. Esp. (2015)Questo video dimostra l'uso di un sistema di espressione indutibile per identificare dove la proteina batterica effettrice CaeB interrompe la cascata apoptotica dell'ospite. Descrive i passaggi per la trasfettazione delle cellule che esprimono CaeB con un sistema sensibile alla tetraciclina per indurre...

Fonte: Wei, D., et al., Produzione di sostanze chimiche da parte di Klebsiella pneumoniae utilizzando idrolizzato di bambù come materia prima. J. Vis. Esp. (2017)Questo video dimostra la conversione microbica di zuccheri derivati dal bambù in 2,3-butanediolo coltivando Klebsiella pneumoniae in un mezzo a base di idrolizzato in condizioni microaerobiche e lievemente acide.

Fonte: Hemmerich, J., et al. Protocollo per l'ottimizzazione della produzione di proteine eterologhe utilizzando la tecnologia automatizzata dei microbioreattori. J. Vis. Esp. (2017).Questo video dimostra l'uso di un microbioretore automatizzato per monitorare la crescita batterica e la secrezione di proteine fluorescenti in risposta a diverse formulazioni di mezzi. Un batterio geneticamente modificato che esprime una proteina fluorescente secretoria viene coltivato sotto selezione antibiotica...

Fonte: Lea-Smith, D. J., et al. Generazione di mutanti marcati e senza marcatori in specie cianobatteriche modello. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra la crioconservazione dei ceppi cianobatterici combinando sospensioni cellulari concentrate con glicerolo o DMSO e conservandoli a basse temperature, consentendo il mantenimento a lungo termine di colture vitali per la fotosintesi e studi genetici.

Fonte: Arias, S. L., et al. Fabbricazione di una nanocellulosa batterica magnetica funzionalizzata con nanoparticelle di ossido di ferro. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra la sintesi in situ di nanoparticelle di magnetite all'interno di una pellicola batterica di nanocellulosa prodotta da Gluconacetobacter xylinus. Spiega come la nanocellulosa batterica magnetica venga generata tramite infusione di ioni ferro, precipitazione alcalina e purificazione.

Fonte: Rufián, J. S., et al, Analisi a singola cellula dell'espressione dei geni di Pseudomonas syringae nel tessuto vegetale. J. Vis. Esp. (2022)Questo video mostra un metodo di pressione basato su siringa per estrarre batteri apoplastici, che proliferano e formano microcolonie all'interno dell'apoplasto, lo spazio intercellulare tra le cellule vegetali. Il metodo produce campioni batterici privi di detriti adatti all'analisi a valle di singola cellula.

Fonte: Becker, B., et al. Un semplice saggio reporter basato sulla fluorescenza per identificare i componenti cellulari necessari al traffico della catena della tossina A (RTA) nel lievito. J. Vis. Esp. (2017)Questo video dimostra l'espressione indutibile della catena della tossina ricina A (RTA) marcata con His-in Escherichia coli. Descrive le fasi coinvolte nella coltivazione selettiva dei batteri trasformati con un plasmide di espressione ricombinante, nell'induzione dell'espressione RTA...

Fonte: Pokhrel, A., et al. Dosaggio del polifosfato inorganico nei batteri. J. Vis. Exp. (2019).Questo video mostra un test colorimetrico per misurare il polifosfato inorganico (polyP) in campioni batterici. La procedura prevede la conversione enzimatica del poliP in fosfato libero, che poi reagisce con il molibdato e l'acido ascorbico per produrre un complesso di colore blu. Confrontando l'assorbanza di questo complesso con una curva standard di concentrazioni note di fosfato, il contenuto di...

Fonte: Choi, H. J., et al. Acoustoforesi microfluidica per la separazione a flusso di batteri Gram-negativi mediante perle di affinità aptamero. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra il metodo per separare selettivamente i batteri Gram-negativi da un campione batterico misto utilizzando microsfere rivestite di aptamero e forze acustiche all'interno di un chip microfluidico.

Fonte: Brodl, E., et al. Misura in situ e correlazione della densità cellulare e dell'emissione luminosa di batteri bioluminescenti. J. Vis. Exp. (2018).Questo video dimostra la misurazione e la correlazione della bioluminescenza con la densità cellulare nei batteri trasformati. Una singola colonia batterica viene utilizzata per avviare una coltura liquida. La coltura viene posta in un pozzetto alla concentrazione cellulare desiderata. Un antibiotico e un induttore vengono aggiunti per...

Fonte: Koeth, L. M., et. al., Un metodo di microdiluizione del brodo di riferimento per i test di suscettibilità in vitro della dalbavancina dei batteri che crescono aerobicamente. J. Vis. Exp. (2015).Questo video mostra il metodo di microdiluizione in brodo per determinare la concentrazione inibitoria minima (MIC) di un antibiotico lipoglicopeptidico contro i batteri Gram-positivi. Copre l'isolamento delle colonie batteriche, la diluizione, l'inoculazione di pozzetti per micropiastre con...

Fonte: Zhang, X. et. al., Un modello di embrione di pesce zebra per la visualizzazione in vivo e l'analisi intravitale dell'infezione da Staphylococcus aureus associata a biomateriali. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra un modello di embrione di zebrafish per lo studio delle infezioni legate ai biomateriali impiantati. L'iniezione di Staphylococcus aureus con microsfere di polistirene migliora la sopravvivenza batterica, confermando il ruolo di promozione delle infezioni dei materiali...

Fonte: Yeung, M., et al. Sviluppo di un terreno cromogenico agar più sensibile e specifico per la rilevazione di Vibrio parahaemolyticus e di altre specie di Vibrio . J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra un metodo basato sulla coltura per identificare le specie di Vibrio , evidenziando l'agar cromogenico come un'alternativa più accurata all'agar comunemente usato tiosolfato-citrato-sali biliari-saccarosio o TCBS. L'agar cromogenico fornisce una differenziazione superiore dei ceppi di Vibrio...

Fonte: Al Ahmar, R., et al. Coltura di una piccola colonia, variante di Pseudomonas aeruginosa e quantificazione del suo alginato. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra un test colorimetrico per quantificare l'alginato prodotto da Pseudomonas aeruginosa, utilizzando il carbazolo per rilevare gli acidi uronici dopo l'idrolisi acida. Il metodo consente l'analisi comparativa della produzione di alginato normalizzato alla biomassa batterica nella ricerca e negli studi clinici.

Fonte: Al Ahmar, R., et al. Coltura di una piccola colonia, variante di Pseudomonas aeruginosa e quantificazione del suo alginato. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra un test immunologico colorimetrico per quantificare l'alginato, un esopolisaccaride protettivo prodotto da Pseudomonas aeruginosa. La procedura prevede il rivestimento di una micropiastra con il campione, l'applicazione di anticorpi specifici e l'utilizzo di una reazione enzima-substrato per generare un cambiamento di colore...

Fonte: Hassan, J. A., et al. Identificazione ad alto rendimento della resistenza a Pseudomonas syringae pv. Pomodoro nel pomodoro utilizzando il saggio di inondazione della piantina. J. Vis. Exp. (2020).Questo video mostra un metodo per lo screening della resistenza batterica in diversi ceppi di pomodoro utilizzando piantine di dieci giorni inoculate con una sospensione batterica. Spiega come i batteri invadono gli stomi, rilasciano proteine effettrici per sopprimere l'immunità delle piante e...

Fonte: Anderson, Q. L. et al. Un patosistema C . elegans ad alto rendimento, ad alto contenuto e a base liquida. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra un metodo di screening ad alto rendimento che utilizza Caenorhabditis elegans per studiare i knockdown genici durante le interazioni ospite-patogeno. Descrive la procedura per preparare i vermi knockdown e trasferirli su piastre di saggio per valutare gli effetti dell'uccisione dei vermi indotta da agenti patogeni.

Fonte: Cayron, J. e Lesterlin, C. Analisi multiscala della crescita batterica sotto stress. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra la procedura per valutare la filamentazione di E. coli e la replicazione del DNA in un trattamento antibiotico che inibisce la divisione cellulare utilizzando la placcatura per misurare la vitalità e la citometria a flusso per analizzare le dimensioni delle cellule e il contenuto di DNA.

Fonte: Cheng, C., et al. Inattivazione di agenti patogeni tramite fotolisi in luce visibile della riboflavina-5'-fosfato. J. Vis. Exp. (2022).In questo video, una miscela di reazione tamponata contenente L-metionina, nitro blu tetrazolio (NBT) e flavina mononucleotide (FMN) viene irradiata con luce viola per indurre la produzione di specie reattive dell'ossigeno (ROS). Ciò porta all'inattivazione batterica e alla formazione di formazan spettrometricamente rilevabile.

Fonte: Weber, N. et. al., Trasformazione naturale, espressione proteica e crioconservazione del cianobatterio filamentoso Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra un test focalizzato basato su LED per lo studio della fototassi nei cianobatteri filamentosi. I batteri migrano verso la sorgente luminosa, formando un denso accumulo al centro illuminato, che viene visualizzato e quantificato attraverso l'analisi dell'intensità dei pixel dell'immagine acquisita.

Fonte: Balczon, R., et al. Metodi per rilevare gli amiloidi citotossici a seguito di infezione delle cellule endoteliali polmonari da parte di Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra il protocollo per quantificare gli amiloidi nei surnatanti di coltura da cellule endoteliali polmonari infettate da batteri virulenti, utilizzando la tioflavina T, un colorante fluorescente che si lega alle strutture del foglio beta dell'amiloide. Un aumento della fluorescenza rispetto al...

Fonte: Speare, L., et al. Saggio di coincubazione per quantificare le interazioni competitive tra isolati di Vibrio fischeri . J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra un saggio di co-incubazione utilizzato per studiare come i ceppi batterici competono in un ambiente condiviso. È ampiamente applicato in microbiologia per identificare i meccanismi, come l'uccisione dipendente o indipendente dal contatto, che guidano queste interazioni.

Fonte: Venkateswaran, S., et al. Identificazione ad alto rendimento di polimeri repellenti ai batteri per dispositivi medici. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra un metodo ad alto rendimento per identificare polimeri repellenti ai batteri utilizzando un vetrino per microarray esposto a colture batteriche miste. Il legame batterico è valutato mediante fluorescenza DAPI, dove un segnale ridotto indica polimeri con un attacco superficiale minimo.

Fonte: Barber, A. E., et al. Preparazione e applicazione di un nuovo biosensore batterico per la rilevazione presuntiva di residui di arma da fuoco. J. Vis. Exp. (2019).Questo video mostra la rilevazione di analiti specifici utilizzando un biosensore batterico. Viene prelevata una coltura batterica che trasporta un plasmide con un gene della proteina fluorescente rossa (RFP) sotto un promotore sensibile all'analita. Dopo aver pulito accuratamente la superficie del test, una piccola sezione...

Fonte: Augimeri, R. V. et. al., Utilizzo del composto di rilascio dell'etilene, acido 2-cloroetilfosfonico, come strumento per studiare la risposta dell'etilene nei batteri. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra l'effetto dell'etilene generato dall'acido 2-cloroetilfosfonico (CEPA) sulla crescita batterica e sulla produzione di cellulosa. L'etilene attiva le vie di segnalazione che stimolano la sintesi della cellulosa, con conseguente aumento della formazione di pellicole. Questi risultati...

Fonte: Cayron, J., et al. Analisi multiscala della crescita batterica sotto stress. J. Vis. Exp. (2019).Questo video mostra come preparare e utilizzare una piastra microfluidica per l'imaging di cellule batteriche in condizioni di stress. Delinea il processo di introduzione di una coltura batterica e di un mezzo antibiotico che induce stress, seguito dal caricamento cellulare e dal setup microscopico. L'imaging time-lapse in modalità contrasto di fase viene quindi utilizzato per osservare lo...

Fonte: Sekar, A., et. al., Un nuovo metodo per determinare l'attività antibatterica longitudinale dei materiali a rilascio di farmaco. J. Vis. Exp. (2023)Questo video mostra un test basato sulla luminescenza per valutare l'efficacia antibatterica di una striscia polimerica caricata con antibiotici quantificando la luminescenza guidata da ATP, che diminuisce nelle colture batteriche esposte all'antibiotico.

Fonte: Zhu, W., & Chu, W. Metodo visivo sensibile per il rilevamento di batteri produttori di idrogeno solforato. J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra un metodo visivo sensibile per il rilevamento rapido dei batteri produttori di idrogeno solforato. Un cambiamento di colore dal giallo al nero indica l'attività batterica attraverso la formazione di solfuro di bismuto.

Fonte: Bennett, J. A., et al. Valutazione visiva e microscopica dei mutanti dello sviluppo di Streptomyces. J. Vis. Exp. (2018)Questo video dimostra la coltivazione e il confronto fenotipico dei ceppi di Streptomyces coelicolor wild-type e mutanti. Delinea le procedure per ridurre al minimo le mutazioni spontanee, prevenire la contaminazione incrociata e promuovere la crescita batterica attraverso adeguate tecniche di placcatura. Infine, il video evidenzia le differenze visive nella morfologia...

Fonte: Francis, M. B., et al. Rilevamento di frammenti di corteccia durante la germinazione delle spore batteriche. J. Vis. Exp. (2016).Questo video mostra un metodo colorimetrico per rilevare la degradazione della corteccia durante la germinazione delle spore batteriche misurando il rilascio di zuccheri riducenti nel tempo. Utilizzando gli standard di N-acetilglucosamina e i campioni temporali, il test quantifica la concentrazione di zucchero attraverso una reazione cromogenica viola,...

Fonte: Stenzler, B. R. et. al., Un saggio di biosensore anaerobico per il rilevamento di mercurio e cadmio. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra l'uso di biosensori batterici geneticamente modificati per misurare con precisione la frazione biodisponibile degli ioni mercurio in condizioni anaerobiche. Variando la concentrazione di solfato di magnesio, il test garantisce che il biosensore risponda selettivamente agli ioni di mercurio liberi, come indicato dalle variazioni dell'intensità della...

Fonte: Vidilaseris, K., et al. Screening per gli inibitori della pirofosfatasi legati alla membrana di Thermotoga maritima . J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra un test colorimetrico per lo screening degli inibitori della pirofosfatasi batterica legata alla membrana (mPPasi) quantificando il rilascio di ortofosfato. Il metodo consente l'identificazione di composti che inibiscono la mPPasi da Thermotoga maritima, un potenziale bersaglio farmacologico antimicrobico.

Fonte: Sarathy, J. P. et al. Un test in vitro di legame del caseo che prevede la penetrazione del farmaco nelle lesioni della tubercolosi. J. Vis. Exp. (2017)Questo video mostra un test in vitro per misurare il legame del farmaco al caseo dalle lesioni della tubercolosi utilizzando la dialisi rapida all'equilibrio. Descrive i passaggi per la preparazione delle sospensioni del caseo, l'esecuzione della dialisi e il calcolo della frazione del farmaco non legata per prevedere la penetrazione del...

Fonte: Rugjee, K. N. et. al., Istituzione di una configurazione ad alto rendimento per lo screening di piccole molecole che modulano la segnalazione c-di-GMP in Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra la generazione di un ceppo reporter ciclico-di-GMP-responsive in Pseudomonas aeruginosa utilizzando l'elettroporazione. Il successo della trasformazione è confermato dalla selezione degli antibiotici e dall'analisi basata sulla...

Fonte: Rugjee, K. N., et al. Istituzione di una configurazione ad alto rendimento per lo screening di piccole molecole che modulano la segnalazione c-di-GMP in Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016).Questo video mostra lo screening di modulatori di-GMP ciclici utilizzando batteri geneticamente modificati che esprimono la proteina fluorescente verde (GFP) sotto il controllo di un promotore sensibile al c-di-GMP. La fluorescenza viene misurata in una piastra a più pozzetti contenente...

Fonte: Chapman, I. J., et al., Ottimizzazione della sonda molecolare per determinare la mortalità cellulare in un organismo fotosintetico (Microcystis aeruginosa) utilizzando la citometria a flusso. J. Vis. Exp. (2016)Questo video mostra il metodo per distinguere le cellule vive e morte di Microcystis aeruginosa combinando l'etichettatura della sonda fluorescente con l'analisi citofluorimetrica dell'autofluorescenza della ficocianina e del segnale della sonda.

Fonte: Nickling, J. H., et.al. Peptidi antimicrobici prodotti mediante incorporazione a pressione selettiva di amminoacidi non canonici. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra un saggio di diffusione di pozzetti di agar utilizzato per valutare l'attività antimicrobica delle varianti di nisina. Mostra come Lactococcus lactis che esprime la peptidasi legata alla membrana NisP attivi i precursori della nisina prodotti in E. coli, con conseguente aloni di inibizione della crescita. La dimensione di...

Fonte: Tokunou, Y., et al, Rilevamento elettrochimico dell'effetto dell'isotopo cinetico del deuterio sul trasporto extracellulare di elettroni in Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Questo video mostra un metodo elettrochimico a cellula intera per valutare in che modo il trasferimento di protoni influisce sul trasporto extracellulare di elettroni (EET) nei batteri elettroattivi. Sostituendo i protoni con i deuteroni utilizzando l'ossido di deuterio, il metodo misura i cambiamenti di...

Fonte: Dodge, R., et al. Conteggio rapido delle unità formanti colonie in formato piastra a 96 pozzetti applicato al microbioma di Drosophila . J. Vis. Exp. (2023)Questo video mostra la quantificazione delle unità formanti colonie (CFU) di batteri associati all'intestino nelle mosche di Drosophila utilizzando un approccio seriale di diluizione e piastratura. I campioni di mosca omogeneizzati contenenti batteri intestinali vengono diluiti in serie, piastrati su agar e incubati per consentire la...

Fonte: Maurakis, S., et al. Crescita limitata ai metalli di Neisseria gonorrhoeae per la caratterizzazione di geni sensibili ai metalli e l'acquisizione di metalli da ligandi ospiti. J. Vis. Exp. (2020).Questo video mostra un saggio di crescita batterica con metalli limitati per studiare il ruolo dei geni sensibili ai metalli. I batteri wild-type e mutanti cresciuti in terreno impoverito di metalli vengono incubati con leganti metallici e la loro crescita viene monitorata utilizzando un lettore...

Fonte: Maurakis, S. e Cornelissen, CN Crescita limitata ai metalli di Neisseria gonorrhoeae per la caratterizzazione di geni sensibili ai metalli e l'acquisizione di metalli da ligandi ospiti. J. Vis. Exp. (2020)Questo video mostra la procedura per rilevare i trasportatori di metalli superficiali in Neisseria gonorrhoeae cresciuta in condizioni di metallo limitato utilizzando un saggio di dot blot, che coinvolge il legame del ligando, il rilevamento degli anticorpi e la visualizzazione...

Fonte: Chen, Y., et al., Misurazione dei tassi di traduzione errata di micobatteri specifici con sistemi reporter con guadagno di funzione. J. Vis. Exp. (2019)Questo video mostra un metodo per quantificare l'errata traduzione in Mycobacterium smegmatis utilizzando una GFP inducibile e un sistema reporter di luciferasi mutante secreta. Mostra come viene misurata la luminescenza risultante da un'errata traduzione e confrontata con la fluorescenza GFP per valutare l'impatto di una molecola in...

Fonte: Gilmore, S. F. et al. Produzione scalata senza cellule e aggiunta adiuvante a una proteina principale della membrana esterna ricombinante di Chlamydia muridarum per lo sviluppo di vaccini. J. Vis. Exp. (2022)Questo video dimostra l'uso del Western blotting per valutare l'integrità strutturale della proteina principale della membrana esterna (MOMP) all'interno di complessi vaccinali basati su nanoparticelle. Descrive i passaggi chiave coinvolti nel trasferimento delle proteine, nella...

Fonte: Stefan, A., et al. I molteplici benefici della co-espressione proteica in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (96), (2015).Questo video mostra la valutazione della frequenza di mutazione nei batteri utilizzando un test della beta-glucosidasi. Le colture batteriche che esprimono una DNA polimerasi carente nella correzione di bozze vengono raccolte nel corso delle generazioni successive. Gli errori di replicazione causati da una ridotta correzione di bozze possono attivare un gene...

Fonte: Jian, X. et. al., Coltivazione microbica automatizzata ed evoluzione adattiva utilizzando il sistema di coltura di microgocce microbiche (MMC). J. Vis. Exp. (2022)Questo video mostra l'uso di una piattaforma basata su goccioline microfluidiche per il monitoraggio in tempo reale della crescita batterica. Generando goccioline uniformi contenenti sospensioni batteriche e guidandole attraverso un percorso di rilevamento, il sistema consente la misurazione ottica continua della densità...

Prendete una coltura di Corynebacterium glutamicum, trasformata con un plasmide che trasporta un gene reporter fluorescente a valle dell'anti-terminatore dell'acido ribonucleico o della sequenza RAT, in una piastra a più pozzetti.Durante la trascrizione, il RAT-RNA forma una struttura stem-loop che blocca l'RNA polimerasi, arrestando l'espressione del gene reporter.Il plasmide esprime anche costitutivamente LicV, una proteina di fusione che comprende la proteina legante l'RNA del ratto, LicT, e...

Inizia con un impasto contenente cellule batteriche trattate con nanoparticelle d'argento sospese in una matrice esopolisaccaridica.Aggiungere un tampone fosfato al liquame per mantenere un pH stabile.Successivamente, introdurre una soluzione contenente glucosio e un indicatore redox solubile, quindi incubare la miscela. L'indicatore redox funge da accettore di elettroni.Durante l'incubazione, il glucosio e l'indicatore redox entrano nelle cellule batteriche metabolicamente attive.Le cellule...

Prendere diluizioni seriali di una coltura batterica e aggiungere aliquote in fiale calorimetriche contenenti terreno di crescita.Caricare le fiale sigillate nella piastra a pozzetti multipli di un microcalorimetro isotermico per misurare la produzione di calore metabolico.Il dispositivo viene mantenuto a una temperatura costante per garantire che il calore rilevato provenga esclusivamente dal metabolismo batterico.Mentre i batteri metabolizzano i nutrienti e proliferano, rilasciano calore che...

Fonte: Ali, I., et al. Screening ad alto rendimento di isolati microbici con impatto sulla salute di Caenorhabditis elegans . J. Vis. Esp. (2022)Questo video mostra un saggio fluorescente ad alta produttività per valutare come i batteri intestinali influenzino la resilienza allo stress in Caenorhabditis elegans. Tracciando la fluorescenza blu dei granuli intestinali rotti, il test rivela segnali di morte precedenti nei vermi esposti ai batteri testati.

Fonte: Sutlief, A. L., et al. Analisi della cellula viva dello stress di taglio su Pseudomonas aeruginosa utilizzando un sistema microfluidico automatizzato ad alta produttività. J. Vis. Esp. (2019).Questo video dimostra la preparazione di una piastra microfluidica per studi dello stress di taglio nelle colture batteriche. Dopo aver primizzato i canali con il substrato, le cellule batteriche vengono introdotte nel canale sperimentale e incubate per l'attacco. I mezzi residui e la coltura...

Fonte: Brumfield, K. D., et al. Tecniche di laboratorio utilizzate per mantenere e differenziare i biotipi degli isolati clinici e ambientali di Vibrio cholerae . J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra un saggio sull'agar morbido utilizzando cloruro di trifeniltetrazolio per valutare e confrontare la motilità dei ceppi di Vibrio cholerae visualizzando l'attività metabolica attraverso la formazione della red zone attorno alle cellule attivamente migratorie.

Fonte: Brumfield, K. D., et al., Tecniche di laboratorio utilizzate per mantenere e differenziare i biotipi degli isolati clinici e ambientali di Vibrio cholerae . J. Vis. Esp. (2017).Questo video dimostra il test Voges-Proskauer (VP) per differenziare tra tre biotipi di Vibrio cholerae: classico, tipo selvatico El Tor e variante El Tor. Ogni coltura viene inoculata in un mezzo contenente glucosio, incubata e trattata con α-naftolo e idrossido di potassio per rilevare la presenza di acetoina.

Fonte: Mettrick, K. A., Lawrence, et al., Induzione di un blocco di replicazione site-specific in E. coli usando un sistema operatore repressore fluorescente. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra il blocco della forchetta di replicazione site-specific in Escherichia coli utilizzando l'espressione indotta dall'arabinosio di TetR fluorescente giallo marcato con proteine che lega le matrici cromosomiche di tetO.

Fonte: Domesle, K. J., et al. Amplificazione isotermica mediata ad anello per lo screening della salmonella in alimenti animali e la conferma della salmonella tramite isolamento in coltura. J. Vis. Esp. (2020).Questo video dimostra la tecnica di amplificazione isotermica mediata da loop (LAMP) per rilevare un gene batterico bersaglio amplificando il DNA a temperatura costante. La miscela di reazione viene preparata aggiungendo un mix master isotermico, primer specifici per il gene bersaglio e...

Fonte: Aigrain, L., et al. Internalizzazione e osservazione di biomolecole fluorescenti in microrganismi viventi tramite elettroporazione. J. Vis. Esp. (2015)Il video dimostra la consegna di biomolecole fluorescenti nelle cellule microbiche elettrocompetenti tramite elettroporazione. Il processo inizia con l'introduzione di DNA o proteine marcate con fluorofori in una sospensione cellulare raffreddata. Viene quindi applicato un impulso ad alta tensione per creare pori temporanei di membrana,...

Fonte: Kurokawa, M., et al. Analisi precisa e ad alto rendimento della crescita batterica. J. Vis. Esp. (2017)Questo video dimostra la quantificazione ad alta produttività della crescita batterica utilizzando un lettore di microplacche. Descrive i passaggi coinvolti nella preparazione della coltura, nella misurazione della densità ottica e nell'analisi della dinamica della crescita.

Fonte: Dahl, J. et al. Rilevamento dell'attività dipendente dal pH di Escherichia coli Chaperone HdeB In Vitro e In Vivo. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra un saggio basato su spettrofotometro a fluorescenza per valutare l'attività di chaperone su una proteina del substrato sotto stress acido e termico. Essa delinea i passaggi per monitorare lo sviluppo e l'aggregazione del substrato tramite la diffusione della luce, confrontando le condizioni con e senza il chaperone.

Fonte: Dahl, J., et al. Rilevamento dell'attività dipendente dal pH di Escherichia coli Chaperone HdeB In Vitro e In Vivo. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra l'uso di colture ricombinanti di E. coli per valutare l'effetto protettivo di un accompagnatore attivato da acido durante lo stress acido. Il monitoraggio della crescita batterica rivela una maggiore sopravvivenza nelle colture che esprimono accompagnatori rispetto ai controlli, evidenziando il ruolo degli accompagnatori nella...

Fonte: Stenum, T. S., et al. Quantificazione dell'abbondanza e dei livelli di carica degli RNA di trasferimento in Escherichia coli. J. Vis. Esp. (2017)Questo video dimostra l'uso dell'elettroforesi in gel e del northern blotting per rilevare e confrontare i livelli di carica degli RNA di trasferimento in E. coli separando le forme aminoacilate e deacilate.

Fonte: Gulla, S., et al. Analisi multi-locus a numero variabile Tandem-repeat del batterio patogeno dei pesci Yersinia ruckeri tramite multiplex PCR ed elettroforesi capillare. J. Vis. Esp. (2019).Questo video dimostra la procedura per separare gli ampliconi a ripetizione a numero variabile (VNTR) marcati fluorescentemente, derivati da un batterio patogeno dei pesci, utilizzando elettroforesi capillare per generare profili elettroferografici specifici per dimensione per l'identificazione...

Fonte: Hockett, K. L., e Baltrus, D. A. Uso della tecnica di sovrapposizione a agar morbido per lo screening di composti inibitori prodotti batterici. J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra la procedura per rilevare l'uccisione mediata dalla batteriocina individuando il sovrantato di un ceppo donatore indotto da antibiotici su una sovrapposizione di agar morbido contenente un ceppo di test. Le zone trasparenti formate dopo l'incubazione indicano un'inibizione batterica.

Fonte: Cabeen, M. T., et al. Analisi microfluidica a singola cellula di Bacillus subtilis. J. Vis. Esp. (2018)Il video mostra l'uso di un dispositivo microfluidico per osservare la crescita batterica a livello di singola cellula. Mostra come le cellule batteriche non mobili, confinate in trincee su scala microscopica, vengano continuamente nutrite e imaggiate sotto un microscopio a fluorescenza. L'installazione consente la visualizzazione in tempo reale della divisione cellulare e del...

Fonte: Scheidweiler, D., et al. Combinare dispositivi fluidici con microscopia e citometria di flusso per studiare il trasporto microbico in mezzi porosi su scale spaziali. J. Vis. Esp. (2020).Questo video dimostra l'uso di un dispositivo microfluidico per quantificare la motilità batterica attraverso una matrice porosa composta da pilastri disposti casualmente. Batteri marcati con fluorescenze vengono introdotti nel dispositivo, fotografiati tramite microscopia mentre si muovono attraverso la...

Fonte: Kim, H. et al., Screening multienzimatico utilizzando un sistema di screening enzimatico genetico ad alto rendimento. J. Vis. Esp. (2016)Questo video mostra un metodo di screening genetico per rilevare l'espressione enzimatica utilizzando librerie metagenomiche di fosmide e substrati cromogenici. La citometria a flusso identifica e isola singole cellule che producono prodotti colorati, consentendo una selezione ad alta produttività delle cellule attive che esprimono enzimi.

Fonte: Samuels, D. J., et al. Un approccio basato su cromatografia liquida tandem e spettrometria di massa per l'analisi dei metaboliti dello Staphylococcus aureus. J. Vis. Esp. (2017)Questo video dimostra l'uso della cromatografia liquida–spettrometria di massa per identificare e quantificare i metaboliti intracellulari di S. aureus. Descrive le fasi coinvolte nell'estrazione dei metaboliti, nella normalizzazione dei peptidi, nella cromatografia liquida e nell'analisi della spettrometria di...