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Iniziare con la Legionella pneumophila, un patogeno respiratorio che esprime un componente del sistema di secrezione marcato in fluorescenza necessario per l'infezione dell'ospite.
Per quantificare la polarità di questi componenti, acquisire immagini a fluorescenza e regolare il contrasto per distinguere le singole cellule.
Posizionare regioni rettangolari dal polo cellulare verso il citoplasma per misurare i gradienti di fluorescenza.
Maschera queste regioni per estrarre l'intensità media e la varianza, quindi calcola i punteggi di polarità come rapporti varianza-intensità media.
Alti punteggi di polarità indicano un reclutamento mirato di componenti ai poli batterici.
Per le misurazioni dinamiche, acquisisci due immagini time-lapse e regola il contrasto per visualizzare chiaramente le cellule.
Posizionare le regioni quadrate al centro della cellula per misurare la fluorescenza citosolica.
Maschera intere celle per correggere il fotosbiancamento e definisci le regioni di sfondo tra le celle per la sottrazione del rumore.
Esporta tutte le intensità e calcola la variazione della fluorescenza nel tempo.
L'aumento dell'intensità indica il raggruppamento, mentre la diminuzione dell'intensità riflette la ridistribuzione dinamica dei componenti della secrezione all'interno dei batteri.
Per quantificare la polarità, regolare il contrasto dell'immagine in modo che i batteri siano chiaramente visibili.
Quindi ingrandisci la regione di interesse e usa lo strumento regione per posizionare un rettangolo di 0,25 x 1,3 micrometri che parte dal polo e si estende nel citoplasma, assicurandoti che il rettangolo rimanga all'interno dei bordi batterici.
Contrassegna almeno 200 batteri e crea maschere utilizzando il pulsante regione per mascherare nel menu Analizza. Fare clic su statistiche maschera e scegliere oggetto nell'ambito della maschera. Quindi segna l'intensità media e la varianza in caratteristiche e intensità.
Esporta i dati come file di testo e utilizza l'applicazione per fogli di calcolo per calcolare i punteggi di polarità di ciascun batterio come rapporto tra la varianza e l'intensità media.
Per quantificare la dinamica delle proteine di fusione, aprire la finestra di acquisizione dell'immagine e contrassegnare il time lapse.
Immettere due nella casella del numero di punti temporali. Acquisire due immagini successive di Legionella Pneumophila che esprimono la proteina fluorescente di interesse.
Regola il contrasto dell'immagine fino a quando le celle non sono chiaramente visibili. Quindi usa lo strumento regione per posizionare un quadrato di 0,25 x 0,25 micrometri al centro di almeno 400 celle.
Quindi, usa il pulsante regione da mascherare nel menu di analisi per creare una maschera dei quadrati di interesse. Crea una nuova maschera vuota e usa lo strumento pixel per contrassegnare l'intera area della cella di almeno 25 celle casuali. Create un'altra maschera e usate lo strumento pennello grande per contrassegnare le aree tra le celle.
Infine, seleziona le statistiche della maschera e assicurati che l'oggetto sia selezionato nell'ambito della maschera per la maschera uno. In Caratteristiche e intensità, scegliere intensità media. Esportare i dati e ripetere la procedura per la maschera 2. Per la maschera 3, selezionare l'intera maschera ed esportare l'intensità media.