In vitro Modello di coltura batch-coltura per imitare la fermentazione colonica da parte del microbiota intestinale umano

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Inizia con un tubo posizionato all'interno di una camera anaerobica che contiene un mezzo ricco di nutrienti e una fibra fermentabile preidratata.

Le condizioni di privazione di ossigeno all'interno del tubo imitano l'ambiente anaerobico del colon umano.

Successivamente, aggiungi al tubo un campione fecale diluito e omogeneizzato contenente microbi intestinali e incubalo.

Inverti regolarmente il tubo per mescolare i microbi con la fibra.

Durante l'incubazione, i microbi metabolizzano e fermentano anaerobicamente la fibra, generando acidi grassi a catena corta e altri metaboliti, abbassando il pH del mezzo.

Raccogli le aliquote dalla miscela fermentata a intervalli regolari per monitorare la produzione di metaboliti e controllare il loro pH.

Centrifuga le aliquote a basse temperature per separare la biomassa microbica in un pellet.

Trasferire il soprandanante contenente i metaboliti e gli acidi grassi a catena corta in un tubo fresco.

Congelare sia la biomassa microbica che il soprantantante nell'azoto liquido.

Infine, conservare i campioni a bassa temperatura per ulteriori analisi.

Mantenere i tubi inoculati a 37 gradi Celsius all'interno della camera anaerobica e invertire delicatamente una volta ogni ora per risospendere le fibre e l'inocolo. Dopo 3, 6, 9 o 24 ore, estrai la giusta quantità di substrato fermentato e centrifughi i campioni a 14.000 volte g per 10 minuti a quattro gradi Celsius.

Congelare immediatamente il soprantantante e la pellet in azoto liquido, poi dopo il congelamento rapido, conservare il surnatant per l'analisi degli acidi grassi a catena corta e il pellet per l'analisi del microbioma, a meno 80 gradi Celsius.