Why is null hypothesis testing critical for viable cell count comparisons?

Null hypothesis testing enables objective evaluation of whether observed differences in viable bacterial counts between wild-type and cellulose-deficient strains are statistically significant, supporting robust target validation decisions.

How does independent variable isolation improve root colonization assays?

Isolating variables such as cellulose production allows teams to attribute changes in root colonization directly to specific genetic or biochemical factors, increasing mechanistic clarity in the discovery pipeline.

What do quantitative dependent variable measurements enable in this protocol?

Quantitative measurement of viable cell counts provides reproducible data for comparing bacterial adhesion and colonization, enabling reliable assessment of intervention effects and supporting data-driven advancement decisions.

Why are replication requirements important for cross-functional collaboration?

Replication ensures that viable cell count results are consistent and reproducible across teams, facilitating cross-functional data integration and increasing confidence in portfolio-level decisions.

What statistical analysis capabilities are needed before implementing viable count assays?

Teams require statistical tools to analyze differences in viable counts, assess significance, and control for experimental variability, ensuring that assay outputs support rigorous R&D decision-making.

Valutazione della colonizzazione radicale delle piantine di pomodoro da parte di un batterio patogeno utilizzando conteggi cellulari vitali

JoVE Encyclopedia of Experiments

Microbiology

0 views • 2:30 min • February 26th, 2026

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Prendi contenitori contenenti piantine di pomodoro coltivate in sabbia sterile.

Le radici delle piantine sono inoculate con un ceppo selvatico di tipo produttore di cellulosa o con un ceppo mutante carente di cellulosa di un batterio patogeno delle piante.

Rimuovi il materiale sigillante da un contenitore, invertilo su carta sterile e batti per liberare il cilindro di sabbia contenente la pianta.

Dividere il cilindro di sabbia longitudinalmente per esporre la radice.

Poi, immergi la radice in un tampone sterile e agita per spostare i batteri attaccati debolmente.

Ripeti il processo per l'altra radice.

Trasferisci le radici lavate in un nuovo tampone. Sonicarli per liberare batteri aderenti strettamente.

Utilizzare queste sospensioni sonicate per preparare diluizioni seriali, placcarle sull'agar e incubarle per permettere ai batteri vitali di formare colonie.

Conteggi vitali più elevati nel ceppo di tipo selvatico, rispetto al mutante carente di cellulosa, evidenziano il ruolo critico delle fibrille cellulosache nel favorire l'adesione batterica alla superficie radicale.

Per determinare il numero di batteri vitali presenti nelle piante coltivate nella sabbia, si inizia rimuovendo il materiale sigillante dalla parte superiore e inferiore del contenitore.

Posiziona il contenitore su un foglio di carta sterile e colpisci delicatamente il contenitore contro la superficie per sciogliere la sabbia, prima di sollevare delicatamente la sabbia insieme alla pianta dal contenitore.

Quando il cilindro di sabbia e la pianta sono liberi sulla carta, spacca la sabbia a metà per rivelare la radice della pianta. Se desiderato, preleva campioni di sabbia sia vicino al bordo del contenitore che vicino alla radice. Questo può essere utile per determinare la diffusione, l'accumulo e la crescita dei batteri.

Raccogli la radice e rimuovi la sabbia e i batteri che sono aderiti in modo debolmente immergendo la radice in un volume misurato di acqua o tampone e scuotendo delicatamente. Determina il conteggio cellulare vitale dei batteri nella sospensione risultante impiegandola su un mezzo adatto come il Luria agar. Questo rappresenta il numero di batteri vagamente associati alla radice. Infine, rimuovere i batteri strettamente legati tramite sonicazione e determinarne il numero.