Patogenesi batterica e interazioni con l'ospite

Fonte: Jung, A. L., et al. Vescicole della membrana esterna di Legionella pneumophila: isolamento e analisi del loro potenziale pro-infiammatorio sui macrofagi. J. Vis. Esp. (2017)Questo video dimostra l'isolamento delle vescicole della membrana esterna (OMV) da Legionella pneumophila tramite centrifugazione sequenziale, filtrazione sterile e ultracentrifugazione. Gli OMV purificati, arricchiti con proteine di membrana e lipopolisaccaridi, sono adatti per studi di interazione ospite-patogeno.

Si inizia con tubi contenenti lo stadio persistente non replicante, o NRP, di Mycobacterium tuberculosis, che presenta uno strato esterno ispessito.Aggiungi delle perline di vetro in un tubo e scuotilo per disturbare meccanicamente lo strato esterno dei micobatteri, aumentando la permeabilità.Successivamente, trasferire la sospensione micobatterica scomposta dalla perla in un tubo fresco.Aggiungi rifampicina marcata con fluorescenza, un antibiotico antitubercolosico, sia alle sospensioni...

Inizia con una sospensione di E. patogeno aviario. coli o APEC nel materiale di crescita.L'APEC è un batterio Gram-negativo che infetta il pollame entrando attraverso le vie respiratorie.Dopo aver perso lo strato mucoso, le APEC aderiscono alle cellule epiteliali, si moltiplicano localmente e interrompono la barriera epiteliale per entrare nel flusso sanguigno. I batteri si diffondono poi a più organi, causando infezioni sistemiche.Aggiungere un volume uguale della sospensione batterica a...

Fonte: Spiesz, E. M., et al., Patterning tridimensionale di biofilm ingegnerizzati con un biostampante fai-da-te. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra un metodo per confrontare pattern alginati stampati in 3D contenenti ceppi batterici di controllo o geneticamente modificati. La ceppa di prova produce fibre curli all'induzione, che rafforzano la struttura dell'alginato idrogel. Dopo il trattamento con una soluzione chelante del calcio, rimane intatto solo il modello di test, evidenziando...

Fonte: Tay, S. B., et al. Interruzione antivirulenta dei biofilm patogeni tramite lattonasi ingegnerizzate che stingono il quorum. J. Vis. Esp. (2016)Il video mostra un metodo per quantificare la biomassa di biofilm in un batterio patogeno, confrontando controlli non trattati con campioni trattati con un enzima quorum-quenching. L'enzima interrompe la segnalazione batterica durante l'incubazione precoce, riducendo l'adesione cellulare. Dopo il lavaggio e un'ulteriore incubazione, i pozzi di...

Fonte: Schlafer, S, e Frost Kristensen, M. Monitoraggio del pH extracellulare in biofilm cross-regni utilizzando microscopia confocale. J. Vis. Esp. (2020)Questo video dimostra la coltivazione di biofilm cross-regno di Streptococcus mutans e Candida albicans in condizioni simili a quelle orali per modellare le interazioni batterico-fungine, permettendo lo studio della sinergia microbica, dell'adesione mediata dal glucano e della virulenza acidogenica nella patogenesi orale.

Fonte: Kurz, D. L., et al. Piattaforma microfluidica per studiare il bioclogging in mezzi porosi. J. Vis. Esp. (2022)Il video dimostra l'uso di un dispositivo microfluidico per studiare la formazione del biofilm. Viene introdotta una sospensione batterica nel microcanale, seguita da un'incubazione per permettere lo sviluppo del biofilm. Il flusso viene quindi ripreso e il monitoraggio della pressione insieme all'imaging viene utilizzato per rilevare la formazione di biofilm e l'ostruzione dei...

Fonte: Perinbam, K., e Siryaporn, A. Un rapido test di virulenza batterica basato su immagini utilizzando ameba. J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra un metodo rapido basato su immagini per valutare la virulenza batterica incubando amebe con batteri attaccati superficialmente o planctonici, applicando un cuscinetto di calcina-acetossimetilestere (calceina-AM) di agarosio e imaging della fluorescenza per rilevare danni alle cellule ospiti.

Fonte: Bucher, T., et al. Metodologie per lo studio dei biofilm di B. subtilis come modello per caratterizzare inibitori di biofilm di piccole molecole. J. Vis. Esp. (2016)Questo video mostra un saggio di formazione di pellicole utilizzando Bacillus subtilis per valutare inibitori di piccole molecole che interrompono la sintesi della matrice e lo sviluppo di biofilm, fornendo un modello per selezionare composti che inibiscono selettivamente la crescita associata alla superficie senza...

Fonte: Bucher, T., et al. Metodologie per lo studio dei biofilm di B. subtilis come modello per caratterizzare inibitori di biofilm di piccole molecole. J. Vis. Esp. (2016).Questo video dimostra come l'integrità della matrice dei biofilm influenzi la resistenza batterica all'etanolo confrontando le unità formative di colonie in biofilm non trattati e interrotti da inibitori. La riduzione delle CFU nei campioni trattati con inibitori dimostra che la matrice extracellulare è essenziale per...

Fonte: Beaudoin, T., et al. Visualizzazione degli effetti dell'expectorone sullo sviluppo del biofilm utilizzando un modello a coverglass camerato. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra l'uso di un coverglass a camera per studiare l'effetto dei fattori dell'espettorato derivati dal paziente sul sviluppo del biofilm batterico.

Inizia con una sospensione batterica in mezzo nutritivo.Aggiungi la sospensione a una piastra multi-pozzetti e incuba.I nutrienti presenti nel mezzo facilitano la crescita e l'attacco batterico.I batteri aderiti secernono sostanze polimeriche extracellulari costituite da polisaccaridi, proteine e DNA per formare uno strato di biofilm.Lava più volte con un tampone per rimuovere i batteri non legati.Invertire la piastra per garantire la rimozione del liquido residuo dal pozzo e lasciare asciugare...

Fonte: Hu, Y., et al. Analisi delle interazioni tra endobiotici e microbiota intestinale umano utilizzando sistemi di fermentazione in vitro in bath. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra l'uso della cromatografia a strato sottile (TLC) per valutare la degradazione degli esosaccacaridi (EPS) da parte del microbiota fecale umano. I frammenti di EPS nei supernatanti di fermentazione vengono separati in base a dimensione e polarità tramite TLC, poi visualizzati come bande colorate dopo una...

Fonte: Schumacher, D., e Sogaard-Andersen, L. Imaging a fluorescenza delle cellule vive dell'intero ciclo cellulare vegetativo del batterio sociale a lenta crescita Myxococcus xanthus. J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra l'uso dell'imaging delle cellule vive per tracciare le origini cromosomiche marcate con fluorescente durante la divisione cellulare batterica. Cattura la dinamica della segregazione cromosomica utilizzando microscopia a contrasto di fase a tempo e fluorescenza.

Fonte: Tokunou, Y. et al., Rilevamento elettrochimico dell'effetto isotopico cinetico del deuterio sul trasporto extracellulare degli elettroni in Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra l'assemblaggio e il funzionamento di un modello di reattore elettrochimico progettato per simulare la formazione di biofilm su superfici di elettrodi. La stimolazione elettrochimica controllata favorisce l'adesione microbica, portando allo sviluppo graduale di un biofilm monostrato...

Fonte: Naji, A., et al. Studio dello stress ossidativo causato dagli streptococchi del gruppo Mitis in Caenorhabditis elegans. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra l'uso di SKN-1 con proteine fluorescenti verdi in C. elegans per monitorare lo stress ossidativo monitorando la fluorescenza verde. I vermi esposti a S. gordonii mostrano una forte fluorescenza nucleare, confermando lo stress indotto dal patogeno, mentre quelli alimentati da E. coli mostrano fluorescenza verde diffusa nel...

Fonte: Nielsen, T. B., et al., Modello di aspirazione orofaringea murina della polmonite batterica associata al ventilatore e acquisita in ospedale. J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra la procedura di invio di batteri attraverso l'orofaringe nei polmoni di un topo anestetizzato per indurre infezioni polmonari e scatenare una risposta immunitaria.

Fonte: Zhao, K., et al. Un modello in vitro per studiare l'effetto della terapia fotodinamica mediata da acido 5-aminolevulinico sul biofilm di Staphylococcus aureus . J. Vis. Esp. (2018)Il video mostra un protocollo di terapia fotodinamica per valutare gli effetti antibatterici sui biofilm batterici Gram-positivi. I biofilm sono suddivisi in quattro gruppi: due ricevono un precursore del fotosenziatore e due ricevono un buffer. Tutti vengono incubati al buio, seguiti dall'esposizione alla luce...

Source: Escudero, J. A., et.al. Testing the Role of Multicopy Plasmids in the Evolution of Antibiotic Resistance. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates how escalating cefazidime exposure is used to compare the survival of three E. coli strains with different copies of the ampicillin resistance gene. It shows that only the strain with a multicopy plasmid survives at higher drug levels, highlighting how increased gene copy number accelerates resistance evolution.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the phage-mediated transfer of donor DNA carrying an excisable antibiotic resistance cassette into Escherichia coli. The integrated cassette replaces the target gene via homologous recombination, resulting in a stable gene deletion.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method for studying host-pathogen interactions using a micro-parallel plate flow chamber seeded with human primary endothelial cells. Following endothelial cell activation by an ionophore and perfusion with fluorescently labeled bacteria, the cells release von Willebrand factor (VWF), which binds bacterial adhesins under shear...

Source: Holt-Torres, P. S. et al. Evaluation of Antimicrobial Activities of Nanoparticles and Nanostructured Surfaces In Vitro. J. Vis. Exp. (2023)This video demonstrates the use of the focused-contact exposure method to evaluate the antibacterial activity of nanostructured surfaces. It outlines the steps involved in establishing direct contact between bacteria and the nanostructured surface, incubation, bacterial collection, and colony counting to assess viability.

Source: Dubois, V., et al. Identification of Virulence Markers of Mycobacterium abscessus for Intracellular Replication in Phagocytes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the procedure of co-culturing amoebae with mutant bacterial strains to evaluate their intracellular survival and identify virulence markers through differences in colony counts.

Fonte: Nagre, N., et al. Macrofagi alveolare, fagocitosi e eliminazione dei batteri nei topi. J. Vis. Esp. (2019).Questo video dimostra la valutazione della fagocitosi mediata dai recettori del complemento utilizzando globuli rossi di pecora opsonizzati con IgM e complemento, seguita dalla loro acquisizione da parte dei macrofagi del topo. L'entità della fagocitosi viene quantificata midendo un prodotto cromogenico blu formato tramite ossidazione catalizzata dall'emoglobina del diaminofluorene.

Fonte: Zhang, S., et al. Via di infezione intracranica subaracnoide per l'indagine sui ruoli di Streptococcus suis Biofilms nella meningite in un modello di infezione murina. J. Vis. Esp. (2018).Questo video dimostra la rilevazione dell'espressione genica bersaglio nel cervello di un topo infetto da batteri. L'RNA viene estratto, trattato con un enzima degradante del DNA e trascritto inversamente in cDNA. Il cDNA viene amplificato tramite ciclo termico con primer specifici per gene, mentre un...

Fonte: Radulovic, K., et al. Iniezioni di lipopolisaccaridi nei topi per imitare l'ingresso di prodotti derivati da microbi dopo la rottura della barriera intestinale. J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra una procedura passo dopo passo per iniettare lipopolisaccaridi (LPS) nei topi intraperitonealmente per indurre infiammazione sistemica.

Prendiamo colture di cellule renali di maiale, con una coltura pre-trattata con un inibitore che aumenta il pH lisosomiale, compromettendo la degradazione autofagica-lisosomica.Aggiungi batteri patogeni e centrifuga per aumentare il contatto ospite-patogeno.Incubare per permettere l'invasione batterica e l'internalizzazione nelle vescicole endocitarie.I batteri interiorizzati consumano i nutrienti dell'ospite per replicarsi, scatenando lo stress metabolico.Questo stress attiva l'autofagia, dove...

Prendiamo una coltura aderente di macrofagi murini.Tratta bene il test con un buffer contenente Wnt5A, una molecola di segnalazione, e il controllo solo con buffer.Infettare con un patogeno batterico e incubare.Nelle cellule di test, Wnt5A attiva una cascata di segnalazione che favorisce la riorganizzazione del citoscheletro per aumentare l'assorbimento batterico nei fagosomi, mentre le cellule di controllo prive di questo segnale interiorizzano meno batteri.Lavare per rimuovere i batteri non...

Fonte: In, J. G., et al. Monostrati colonoidi umani per studiare le interazioni tra patogeni, commensali ed epitelio intestinale ospite. J. Vis. Esp. (2019).Questo video mostra la procedura per la coltivazione di cellule epiteliali derivate dal colon su un sistema Transwell rivestito di collagene per generare uno strato monostrato che produce muco e modella la barriera intestinale e consente studi di interazione ospite–patogeno.

Fonte: Luukinen, H., et al. Modellazione della tubercolosi negli adulti zebra infettati da Mycobacterium marinum . J. Vis. Esp. (2018).

Fonte: Sigal, N., et al. Purificazione dell'RNA da Listeria monocytogenes coltivata intracellularmente nelle cellule macrofage. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra l'estrazione di RNA da Listeria monocytogenes isolata da macrofagi murini infetti. Il protocollo preserva l'RNA, lisa le cellule usando fenolo-cloroformio e calore, e separa l'RNA tramite centrifugazione. Sale ed etanolo, combinati con l'incubazione a freddo, favoriscono la precipitazione dell'RNA. L'RNA risultante cattura...

Fonte: Vonaesch, P. et. al., Analisi immunofluorescenza della formazione di granuli da stress dopo sfida batterica nelle cellule di mammiferi. J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra l'infezione delle cellule epiteliali con il batterio patogeno Shigella flexneri e la conseguente risposta cellulare dell'ospite. Le proteine fettrici batteriche interrompono la traduzione dell'ospite, innescando la formazione di organelli privi di membrana chiamati granuli di stress, che riflettono la risposta...

Inizia con una coltura di cellule immunitarie infettata da batteri patogeni che formano corpi di inclusione intracellulare.L'infezione batterica compromette la via di presentazione dell'antigene nelle cellule immunitarie.Prendi una coltura non infetta come controllo.Successivamente, aggiungi un antigene proteico modello e incuba.Le cellule immunitarie internalizzano, elaborano e presentano i peptidi modello derivati da antigeni sulle molecole MHC-I.Dopo l'incubazione, lavare le cellule per...

Fonte: Chetrit, D., et al. Applicazione di imaging a cellule vive e tomografia crioelettronica per risolvere le caratteristiche spaziotemporali del sistema di secrezione dot/ icm di Legionella pneumophila . J. Vis. Esp. (2020).Questo video mostra la preparazione e l'imaging di batteri patogeni marcati con fluorescenza. I cuscinetti di agarosio vengono prima preparati e posizionati all'interno di una cornice adesiva. Una sospensione di batteri geneticamente modificati che esprimono una proteina...

Fonte: Winston, J. A., et al. Modello murino trattato con cefoperazone del ceppo clinicamente rilevante di Clostridium difficile R20291. J. Vis. Esp. (2016)Questo video mostra la procedura per inoculare topi pretrattati con antibiotici con spore di Clostridium difficile per stabilire un modello murino di infezione al fine di studiare la patogenesi e le risposte dell'ospite.

Fonte: Winston, J. A. et al. Modello murino trattato con cefoperazone del ceppo clinicamente rilevante di Clostridium difficile R20291. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra la quantificazione di Clostridium difficile in campioni fecali di un modello murino infetto utilizzando tecniche di coltura selettiva. Descrive le procedure per la raccolta dei campioni, l'elaborazione anaerobica, la diluizione seriale e l'enumerazione delle colonie per valutare la colonizzazione batterica e le...

Source: Berens, C. et al. Applying an Inducible Expression System to Study Interference of Bacterial Virulence Factors with Intracellular Signaling. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the use of immunoblotting to assess apoptosis inhibition by the bacterial effector protein CaeB in human cells. It outlines the steps for detecting apoptotic markers following doxycycline-induced expression of pro-apoptotic proteins in host cells expressing the effector.

Source: Yuan, Z., et al. Bronchoalveolar Lavage Exosomes in Lipopolysaccharide-induced Septic Lung Injury. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates an in vivo mouse model for inducing and analyzing acute lung injury (ALI) using intraperitoneal administration of bacterial lipopolysaccharide. The inflammatory cascade triggered by alveolar macrophages and neutrophils leads to epithelial and endothelial barrier disruption, allowing fluid and immune cells to accumulate in the alveoli. Alveolar...

Source: Li, T., et al. Studying Effects of Cigarette Smoke on Pseudomonas Infection in Lung Epithelial Cells. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates how cigarette smoke extract weakens antimicrobial defense in lung epithelial cells by reducing AMP production, leading to increased bacterial invasion. The procedure measures intracellular bacterial load to assess the impact of smoke exposure on host-pathogen interactions.

Source: Ahn, J. J., et al., Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the preparation of mouse splenocyte cultures from Listeria monocytogenes-infected mice for downstream cytokine analysis. It includes ex vivo bacteria-derived antigen stimulation and sample processing to study T cell responses.

Source: Barbero, A. M., et al. Fluorescence Assays for the Study of Mycobacterium tuberculosis Interaction with the Immune Receptor SLAMF1. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the procedure for labeling host immune receptors that bind bacterial surface antigens, enabling their detection through flow cytometry.

Source: Zhang, C. et al. Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the quantification of intracellular survival of a methicillin-resistant bacterial pathogen in mouse peritoneal macrophages. It outlines the steps involved in infection, extracellular bacterial clearance, host cell lysis, and colony enumeration to assess bacterial survival within host macrophages.

Source: Gutiérrez, S., et al., Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the magnetic isolation of phagosomes containing biotin–streptavidin bead–coated bacteria from infected macrophages. The protocol includes buffer treatments, cell disruption, magnetic separation, and washing to yield purified phagosomes for analysis.

Fonte: Mills, B., et al., Screening ottico di nuove sonde specifiche per batteri su tessuto polmonare umano ex vivo tramite endomicroscopia laser confocale. J. Vis. Esp. (2017)Questo video dimostra l'imaging in tempo reale di Staphylococcus aureus marcato fluorescentmente nel tessuto in sospensione e nei polmoni utilizzando la microscopia a fluorescenza confocale fibrata.

Fonte: Ng, K. M., Tropini, C. Visualizzazione delle interazioni microbiota-ospite intestinale tramite ibridazione fluorescente in situ , colorazione con lectine e imaging. J. Vis. Esp. (2021).Questo video dimostra la procedura di ibridazione fluorescente in situ (FISH) per colorare il microbiota intestinale all'interno del tessuto intestinale del topo ibridando sonde fluorescenti con rRNA batterico (acido ribosomico ribonucleico) e controcolorando le strutture dell'ospite per analisi...

Fonte: Siva-Jothy, J. A., et al., Infezione batterica orale e caduta, in Drosophila melanogaster. J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra la procedura per monitorare la fuozione batterica in Drosophila trasferendo una mosca infetta attraverso più tubi contenenti cibo, recuperando i batteri eliminati e quantificando le colonie vitali tramite diluizione seriale e placcaggio.

Fonte: de Vries, C. R., et al., Un modello di inoculazione ritardata dell'infezione cronica da ferita da Pseudomonas aeruginosa . J. Vis. Esp. (2020).Questo video mostra una tecnica di imaging bioluminescente per monitorare la progressione dell'infezione batterica in un modello murino vivo. I batteri patogeni ingegnerizzati con il sistema di segnalazione luxABCDE emettono luce nel sito di infezione, permettendo la visualizzazione dei batteri metabolicamente attivi. Attraverso l'imaging del topo...

Fonte: Shi, J., et al. Screening e identificazione dei soppressori silenzianti dell'RNA da effettori secreti di patogeni vegetali. J. Vis. Esp. (2020)Questo video mostra un saggio di coinfiltrazione per identificare proteine effettrici patogene che sopprimono il silenziamento dell'RNA in Nicotiana benthamiana 16c. Un reporter fluorescente e un gene candidato effettore vengono introdotti nelle foglie delle piante tramite Agrobacterium. Normalmente, il silenziamento dell'RNA degrada i...

Fonte: Niu, L., et al. Visualizzazione della morte cellulare litica dei macrofagi durante un'infezione micobatterica negli embrioni di pesce zebra tramite microscopia intravitale. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra l'uso della microscopia confocale intravitale per visualizzare la morte delle cellule litiche dei macrofagi negli embrioni di pesce zebra dopo un'infezione da Mycobacterium marinum .

Fonte: Seman, B. G., et.al. Modello di imaging neonatale della sepsi batterica Gram-negativa. J. Vis. Esp. (2020)Questo video dimostra l'isolamento di neutrofili e monociti infiammatori dalle milze neonatali di topo e la loro applicazione in un saggio batterico luminescente che uccide. Copre la dissociazione meccanica, la lisi dei globuli rossi, l'arricchimento cellulare a base di perle magnetiche, l'incubazione batterica e la protezione antibiotica. Le letture di luminescenza a tempo indicano...

Fonte: Choi, Y. S., et al. Rilevamento in situ di batteri all'interno di tessuti incorporati in paraffina utilizzando una sonda di DNA marcato con digossina che prende di mira il rRNA 16S. J. Vis. Esp. (2015).Questo video dimostra la rilevazione in situ di batteri in sezioni di tessuto gengivale del topo utilizzando sonde di DNA marcate con digossina che mirano al DNA batterico. La sezione viene incubata con la sonda. Vengono aggiunti anticorpi coniugati con fosfatasi alcaline specifici per la...

Fonte: Valentine, M. E., et al., Generazione di mutanti di delezione genica in-frame in Pseudomonas aeruginosa e test per l'attenuazione della virulenza in un semplice modello murino di infezione. J. Vis. Esp. (2020)Questo video dimostra l'uso di un approccio di imaging basato sulla bioluminescenza per monitorare l'infezione batterica in un modello topino vivo. L'imaging bioluminescente e a raggi X sequenziale consente la visualizzazione in tempo reale e la localizzazione anatomica...

Fonte: Luyts, N., et al. Follow-up longitudinale delle infezioni delle vie urinarie e il loro trattamento nei topi tramite imaging bioluminescenze. J. Vis. Esp. (2021).Questo video dimostra l'induzione e il tracciamento dell'infezione delle vie urinarie in un modello murino utilizzando E. coli bioluminescente iniettate nella vescica, dove avvengono l'adesione, l'invasione e la replicazione intracellulare batterica. La luce emessa dall'operone bioluminescente funge da indicatore in tempo reale...

Fonte: O'Brien, V. P., et. al., Infezione urinaria ricorrente da Escherichia coli scatenata dall'esposizione alla vescica vaginale a Gardnerella vaginalis nei topi. J. Vis. Esp. (2020)Questo video dimostra l'uso della microscopia elettronica a scansione per visualizzare la colonizzazione batterica e le interazioni ospite-patogeno nell'epitelio vescicale, in un modello murino pre-infetto.

Fonte: Bernut, A., et al., Decifrazione e imaging della patogenesi e cordaggio di Mycobacterium abscessus negli embrioni di pesce zebra. J. Vis. Exp. (2015).Questo video mostra un protocollo per isolare e quantificare Mycobacterium abscessus da un embrione infetto di pesce zebra. La procedura prevede l'eutanasia embrionale, la lisi tissutale e l'omogeneizzazione per rilasciare i batteri, seguita da centrifugazione e risospensione in un tampone di tensioattivo. Infine, la sospensione batterica...

Fonte: Bernut, A., et al. Decifrazione e imaging della patogenesi e cordaggio di Mycobacterium abscessus negli embrioni di pesci zebra. J. Vis. Esp. (2015)Questo video dimostra un protocollo che utilizza embrioni transgenici di pesci zebra che esprimono macrofagi fluorescenti e infettati dal ceppo ruvido fluorescente Mycobacterium abscessus per visualizzare le interazioni ospite-patogeno. Rivela come il cordone extracellulare permetta l'evasione immunitaria, favorendo la sopravvivenza batterica...

Inizia con un campione d'acqua contaminata che probabilmente contiene coliformi fecali, inclusa E. coli.Eseguire una diluizione seriale in acqua distillata per ridurre la torbidità e il carico microbico.Mescola il campione diluito desiderato con il mezzo nutriente e caricalo in un chip microfluidico.Utilizzare la filtrazione a vuoto per catturare i batteri su una membrana all'interno del canale serpentino del chip.Aggiungi il mezzo nutritivo nella camera superiore e incuba per favorire il...

Fonte: Makowski, Ł., et al. Imaging con cellule vive del ciclo vitale del predatore batterico Bdellovibrio bacteriovorus utilizzando la microscopia a fluorescenza a tempo indeterminato. J. Vis. Esp. (2020)Questo video dimostra l'imaging a fluorescenza in time-lapse di Bdellovibrio bacteriovorus che preda E. coli immobilizzata sotto un cuscinetto di agarosio, permettendo la visualizzazione in tempo reale della replicazione intracellulare e del rilascio dei discendenti per studiare la predazione...

Fonte: Tay, S. B., et.al. Interruzione antivirulenta dei biofilm patogeni tramite lattonasi ingegnerizzate che stingono il quorum. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra il processo di inibizione della formazione di biofilm introducendo un enzima che interrompe la segnalazione cellulare batterica. L'enzima impedisce ai batteri di produrre sostanze polimeriche extracellulari, riducendo così lo sviluppo di biofilm su un micropiatto con fondo di vetro. Infine, la struttura del biofilm viene...

Fonte: Collins, A. J., et al., Stabilire colture binarie stabili di saccharibatteri simbiotici dalla cavità orale. J. Vis. Esp. (2021)Questo video dimostra l'uso della reazione a catena della polimerasi (PCR) per rilevare i saccharibatteri in una coltura binaria con Actinomyces. Il protocollo delinea l'amplificazione del DNA e l'elettroforesi su gel per confermare un'interazione stabile ospite-parassita.

Fonte: Matthysse, A. G. Adesione dei batteri alle superfici delle piante misurata in laboratorio. J. Vis. Esp. (2018).Questo video dimostra la valutazione dell'attacco batterico alle radici delle piante utilizzando la microscopia a contrasto di fase. I campioni di radici di piantine incubate con batteri vengono innanzitutto montati per verificare la presenza di batteri liberi. I campioni vengono poi lavati per rimuovere i batteri attaccati in modo debolle e rimontati utilizzando una copertura...

Fonte: Matthysse, A. G. Adesione dei batteri alle superfici delle piante misurata in laboratorio. J. Vis. Esperienza, (2018)Questo video mostra un protocollo per misurare la colonizzazione radicale di piantine di pomodoro da parte di batteri patogeni selvatici e carenti di cellulosa. I conteggi vitali di batteri aderenti strettamente mostrano una maggiore adesione e formazione di microcolonie da parte del ceppo selvatico, evidenziando il ruolo della cellulosa nella colonizzazione radicale...

Fonte: Brown, A. O., e Orihuela, C. J. Visualizzazione di Streptococcus pneumoniae all'interno delle microlesioni cardiache e successiva rimodellazione cardiaca. J. Vis. Esp. (2015)Il video dimostra l'immunocolorazione di sezioni di tessuto cardiaco di topo fissate chimicamente per visualizzare batteri patogeni localizzati all'interno delle microlesioni indotte da infezioni. Il processo include lavaggio dei tessuti, permeabilizzazione della membrana, blocco dei siti aspecifici, marcatura degli...

Fonte: Specker, J. T., et al. Indagine della cooperazione microbica tramite analisi di spettrometria di massa per immagini di colonie batteriche coltivate su agar e nei tessuti durante l'infezione. J. Vis. Esp. (2022)Questo video dimostra l'uso della spettrometria di massa assistita da laser a matrice (MALDI) per visualizzare la distribuzione degli amminoacidi nei tessuti intestinali di topi infettati da Clostridioides difficile, da solo o in combinazione con Enterococcus faecalis. La procedura...

Fonte: Bucher, T., et al., Metodologie per lo studio dei biofilm di B. subtilis come modello per caratterizzare inibitori di biofilm a piccole molecole. J. Vis. Esp.(2016)Questo video dimostra la preparazione di colonie mature di biofilm batterici per l'imaging ad alta risoluzione. Comprende le fasi di fissazione, disidratazione, montaggio e rivestimento metallico per preservare e visualizzare la morfologia del biofilm.

Fonte: Beaudoin, T., et al. Visualizzazione degli effetti dell'expectorone sullo sviluppo del biofilm utilizzando un modello a coverglass camerato. J. Vis. Esp. (2016)Questo video mostra un metodo in vitro per valutare come la fibrosi cistica derivata dal paziente influenzi la formazione di biofilm batterico. Utilizzando vetri da camera, colorazione fluorescente e microscopia confocale, rivela uno spessore aumentato, un'architettura alterata e una biomassa vitale più elevata nei biofilm...

Prendiamo tubi con un mezzo contenente un composito di nanoparticelle, ingegnerizzato da una combinazione di metalli di transizione e carbonio.Introdurre batteri patogeni Gram-positivi e Gram-negativi resistenti agli antibiotici in tubi separati come campioni di test.Includere i batteri non trattati come controllo negativo e quelli trattati con antibiotici come controllo positivo.Incubare i campioni con le scuoture.Nei batteri Gram-negativi, la membrana esterna porosa e lo strato sottile di...

Fonte: Bratton, B. P., et al., Imaging tridimensionale delle cellule batteriche per rappresentazioni cellulari accurate e localizzazione precisa delle proteine. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra il metodo per acquisire e analizzare immagini di fluorescenza tridimensionali delle cellule batteriche per studiare l'organizzazione delle proteine a livello di singola cellula.

Fonte: Le, T. A. N. , et al., Misurare gli effetti di batteri e sostanze chimiche sulla permeabilità intestinale di Caenorhabditis elegans. J. Vis. Esp. (2019)Questo video mostra un saggio basato sulla fluorescenza per quantificare la permeabilità intestinale in C. elegans esposto a Pseudomonas aeruginosa. Rispetto ai controlli alimentati con Escherichia coli, i vermi trattati con patogeni mostrano una maggiore perdita di fluorofori nella cavità corporea, indicando danni alla barriera...

Fonte: O'Brien, V.P. et al. Infezione urinaria ricorrente da Escherichia coli scatenata dall'esposizione alla vescica a Gardnerella vaginalis nei topi. J. Vis. Esp. (2020)Questo video mostra la preparazione di un inoculo di Gardnerella vaginalis per stabilire un modello murino di infezione urinaria ricorrente.

Fonte: Lenhard, A. et al. Un modello murino per la transizione di Streptococcus pneumoniae da colonizzatore a patogeno dopo la co-infezione virale riproduce la malattia aggravata dall'età. J. Vis. Esp. (2022)Questo video mostra un modello di co-infezione topina in cui il virus influenzale innesca la transizione di Streptococcus pneumoniae da colonizzatore a patogeno. Descrive le fasi coinvolte nella colonizzazione batterica, nelle infezioni virali e nella progressione della malattia.

Fonte: Lenhard, A., et al. Un modello murino per la transizione di Streptococcus pneumoniae da colonizzatore a patogeno dopo la co-infezione virale riproduce la malattia aggravata dall'età. J. Vis. Esp. (2022)Questo video mostra l'elaborazione dei polmoni da un topo co-infettato da un batterio patogeno e un virus. La trituratura, omogeneizzazione e placcatura del tessuto polmonare permettono di quantificare il carico batterico, indicando la diffusione batterica ai polmoni e la gravità della...

Fonte: Cross, T., et al., Una tecnica di arricchimento ottimizzata per l'isolamento delle specie di batteriofagi arthrobacter da isolati di campioni di suolo. J. Vis. Esp.(2015)Questo video dimostra la preparazione di una coltura batterica per la produzione di batteriofago. Copre le fasi di inoculazione di un batterio del suolo in una fiaschetta a sfondo, favorendo una crescita uniforme tramite aerazione e scuotimento e monitorando la densità cellulare tramite misurazioni ottiche della densità.

Fonte: Conover, M. S. et al., Stabilimento e caratterizzazione di UTI e CAUTI in un modello murino. J. Vis. Esp. (2015)Questo video dimostra la rilevazione di comunità batteriche intracellulari (IBC) nel tessuto vescicale-muro infettato da Escherichia coli che esprime β-galactosidasi. Dopo fissazione tissutale, permeabilizzazione e colorazione con X-gal, gli IBC appaiono come punti blu sotto un microscopio dissezionale, confermando l'invasione batterica durante un'infezione delle vie urinarie.

Fonte: Wang, Y., et al. In vivo Indagine della terapia antimicrobica con luce blu per infezioni da ustioni da Acinetobacter baumannii multi-resistente a farmaci utilizzando immagini a bioluminescenza. J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra come stabilire un'infezione da ustioni in un modello murino applicando un blocco di ottone riscaldato seguito da un inoculo batterico patogeno. I batteri colonizzano la matrice extracellulare esposta e formano un biofilm, permettendo studi in vivo sulle...

Fonte: Wang, Y., et al. In vivo Indagine della terapia antimicrobica con luce blu per infezioni da ustioni da Acinetobacter baumannii multi-resistente a farmaci utilizzando immagini a bioluminescenza. J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra la procedura per l'imaging delle infezioni da ustioni nei topi inoculati con Acinetobacter baumannii che trasportano un operone bioluminescente. Dimostra come l'ossidazione del substrato catalizzato dalla luciferasi produca luce proporzionale al carico...

Fonte: Barbero, A. M., et.al. Saggi di fluorescenza per lo studio dell'interazione di Mycobacterium tuberculosis con il recettore immunitario SLAMF1. J. Vis. Esp. ( (2025)Questo video mostra un saggio basato sulla fluorescenza per studiare l'interazione tra un recettore dei macrofagi e gli antigeni di Mycobacterium tuberculosis . Gli antigeni marcati fluorescentmente su un coperchio vengono incubati con estratti proteici di macrofagi, reticolati, marcati da anticorpi e visualizzati tramite...

Fonte: Li, J., et al. Sviluppo di un modello larvale di infezione da pesci zebra per Clostridioides difficile. J. Vis. Esp. (2020).Questo video mostra la procedura del microgavage, in cui una larva di pesce zebra anestetizzata viene immobilizzata nell'agarosio e iniettata oralmente con un batterio patogeno usando un ago guidato da tracciante. Il parto non invasivo imita un'infezione naturale, permettendo di analizzare la replicazione batterica, il rilascio di tossine e il danno epiteliale...

Fonte: Rufián, J. S., et.al. Analisi a singola cellula dell'espressione dei geni di Pseudomonas syringae nel tessuto vegetale. J. Vis. Esp. (2022)Questo video dimostra un metodo di infiltrazione a vuoto per introdurre un patogeno batterico nelle foglie delle piante di Arabidopsis . L'approccio utilizza una sospensione batterica preparata e impulsi a vuoto per consentire un ingresso uniforme attraverso gli stomi, causando un'infezione controllata delle foglie.

Fonte: Casanova, A., et al. Analisi basate su microscopia per lo screening ad alto rendimento dei fattori ospiti coinvolti nell'infezione da Brucella nelle cellule hela. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra l'imaging ad alto rendimento dell'infezione da Brucella abortus nelle cellule epiteliali con knockdown STING mediato da siRNA per indagare il ruolo del DNA citosolico nella replicazione batterica intracellulare e nella risposta immunitaria innata dell'ospite.

Fonte: Miquel Guennoc, C., et al. Nuovo metodo per l'analisi qualitativa multiscala di biofilm batterici su colonie fungine filamentose utilizzando microscopia confocale ed elettronica. J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra la preparazione di una coltura fungina su membrane di cellofane trattate per supportare la formazione di colonie e la crescita radiale. Successivamente mostra la coltivazione e la preparazione delle cellule batteriche del suolo per saghi di interazione. Infine, illustra...

Fonte: Harris, S. L., et al. Monitoraggio della colonizzazione batterica e del mantenimento delle radici di Arabidopsis thaliana in un sistema idroponico galleggiante. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra un protocollo per monitorare la colonizzazione di batteri associati alle radici su piantine di Arabidopsis thaliana coltivate in un sistema senza suolo. Dopo la colonizzazione, i batteri vengono spostati tramite sonicazione, poi diluiti, placcati e incubati per formare colonie che...

Source: Calatayud Arroyo, M., et al. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. (2018)The video demonstrates a method to evaluate the viability of anaerobic oral bacteria using fluorescent dyes and flow cytometry. It begins with culturing bacteria in oxygen-free broth, followed by resuspending a single colony from a blood agar plate. After incubation and dilution, the culture is stained with membrane-permeable and...

Source: Jackson, L., et al. Visualization of Pseudomonas aeruginosa within the Sputum of Cystic Fibrosis Patients. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in situ visualization of Pseudomonas aeruginosa within chemically cleared cystic fibrosis sputum using fluorescent labeling and confocal microscopy to reveal bacterial localization and biofilm structure.

Source: Hunt, A. M. A., et al. Come to the Light Side: In Vivo Monitoring of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Infections in Chronic Wounds in a Diabetic Hairless Murine Model. J. Vis. Exp.(2017).This video demonstrates the procedure for assessing infection clearance and healing progression in a wounded diabetic mouse using bioluminescent and microscopic images.

Source: Liu, X., et al. Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method to assess the bacterial load in Arabidopsis thaliana leaves infected with Pseudomonas syringae. Leaf discs from infected leaves are homogenized, serially diluted, and plated onto nutrient-rich agar to promote bacterial colony formation. Colony counts are then used to...

Source: Ahn, J. J., et al. Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)The video demonstrates bacterial load measurement in spleen and liver tissues isolated from mice infected with an intracellular bacterial pathogen. Bacteria, accumulated within tissue-resident phagocytes during systemic infection, are released using detergent-based lysis and mechanical disruption. Serial dilutions of the homogenates are plated on...

Fonte: Siva-Jothy, J. A., et al. Infezione batterica orale e caduta in Drosophila melanogaster. J. Vis. Esp. (2018)Il video mostra l'infezione orale di Drosophila melanogaster con batteri patogeni. Include la preparazione di fiale infettive e il trasferimento di mosche affamate per consentire l'ingestione batterica. La procedura cattura la colonizzazione intestinale, seguita dalla sterilizzazione superficiale e dall'omogeneizzazione delle mosche. Infine, mostra la quantificazione del carico...

Fonte: Mueller, A., et al. Un modello sperimentale per studiare la coinfezione tubercolosi-malaria sulla trasmissione naturale di Mycobacterium tuberculosis e Plasmodium berghei. J. Vis. Esp. (2014)Questo video dimostra la somministrazione in aerosol di Mycobacterium tuberculosis (Mtb) ai topi utilizzando un sistema a camera basato su nebulizzatore per indurre infezioni polmonari, fornendo un modello controllato e riproducibile per studiare la trasmissione aerea della tubercolosi e le...

Fonte: de Vries, C. R., et.al. Un modello di inoculazione ritardata dell'infezione cronica della ferita da Pseudomonas aeruginosa . J. Vis. Esp. (2020)Questo video mostra l'inoculazione ritardata di Pseudomonas aeruginosa luminosa in un topo con due ferite dorsali a spessore totale coperte da una medicazione trasparente. Questo facilita la formazione di biofilm e l'instaurazione di infezioni croniche. Il monitoraggio regolare della bioluminescenza consente la quantificazione del carico...

Fonte: Liu, X., et al. Un test orale batterico con zanzare trattate con antibiotici. J. Vis. Esp. (2020)Questo video dimostra la diminuzione del microbiota intestinale nativo nelle zanzare utilizzando una soluzione contenente saccarosio contenente antibiotici. Segue una ricolonizzazione controllata con una sospensione batterica somministrata tramite un sistema di alimentazione a membrana per stabilire una popolazione batterica definita nell'intestino della zanzara.

Fonte: Seman, B. G., et al. Un modello di imaging neonatale della sepsi batterica Gram-negativa. J. Vis. Esp. (2020)Il video mostra un modello neonatale di topo per studiare l'infezione sistemica utilizzando batteri bioluminescenti incapsulati. I cuccioli neonatali vengono iniettati con sospensioni batteriche ad alto o basso dosaggio e restituiti alla madre per le cure postnatali. I batteri incapsulati sfuggono alla rilevazione immunitaria precoce, si diffondono sistemicamente e vengono...

Fonte: Shi, J., et al., Screening e identificazione dei soppressori silenzianti dell'RNA da effettori secreti di patogeni vegetali. J. Vis. Esp. (2020)Questo video mostra la procedura per preparare una coltura di Agrobacterium tumefaciens inducendo l'espressione genica della virulenza con acetosirone, seguita dalla rimozione degli antibiotici tramite lavaggio e risospensione, per generare una sospensione pronta per la trasformazione destinata alla trasmissione genica nei tessuti vegetali.

Fonte: Behera, R.K. et al., Un metodo basato sulla fluorescenza per studiare la regolazione genica batterica nei tessuti infetti. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra la preparazione di colture emolitiche di Staphylococcus aureus per standardizzare la crescita batterica e raggiungere la sincronizzazione metabolica per studi di interazione ospite-patogeno.

Fonte: Shi, J., et al., Screening e identificazione dei soppressori silenzianti dell'RNA da effettori secreti di patogeni vegetali. J. Vis. Esp. (2020)Questo video mostra la procedura per preparare una coltura di Agrobacterium tumefaciens inducendo l'espressione genica della virulenza con acetosirone, seguita dalla rimozione degli antibiotici tramite lavaggio e risospensione, per generare una sospensione pronta per la trasformazione destinata alla trasmissione genica nei tessuti vegetali.

Fonte: Chen, Y., et al. Valutazione della virulenza e della patogenesi dell'infezione da Aeromonas in un modello di Caenorhabditis elegans . J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra un test di sopravvivenza che utilizza C. elegans per modellare la patogenesi di Aeromonas , dove l'ingestione orale del batterio porta a infezioni intestinali e mortalità, consentendo una valutazione quantitativa della virulenza batterica in un sistema ospite vivo.

Si inizia con topi immunodeficienti portatori di tumori xenoinnesti sottocutanei derivati da cellule tumorali colorettali umane.Somministrare per via orale Pediococcus pentosaceus, un batterio lattico sicuro per il consumo e ingegnerizzato per secernere una proteina anticancro, al topo trattato.Somministrare soluzione salina al topo di controllo.Essendo tolleranti all'acido, i batteri sopravvivono all'ambiente acido dello stomaco e raggiungono l'intestino.Lì, colonizzano il lumen intestinale e...

Si inizia con topi con tumori solidi impiantati sottocutaneamente nella coscia.Iniettare i topi tramite la vena caudale con un ceppo non virulento e ingegnerizzato di Salmonella typhimurium.I batteri circolano nel flusso sanguigno e si accumulano selettivamente nel microambiente tumorale ipossico e immunodepresso.Trasportano un plasmide che codifica per un peptide di fusione terapeutico composto da un peptide penetrante nelle cellule e dal dominio target mitocondriale di una proteina...

Fonte: Chen, Y., et al. Valutazione della virulenza e della patogenesi dell'infezione da Aeromonas in un modello di Caenorhabditis elegans. J. Vis. Esp. (2018).Questo video mostra il Saggio di Tossicità Liquida di C. elegans con Aeromonas, un metodo utilizzato per valutare la virulenza batterica misurando la sopravvivenza dei vermi in un ambiente liquido a basso contenuto di nutrienti. Il saggio rivela patogenicità specifica del ceppo basata sull'entità del danno indotto dalla tossina e sulla...

Fonte: Nag, D., et al. Quantificazione della colonizzazione e della diarrea da Vibrio cholerae nel modello adulto di pesci zebra. J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra un protocollo per quantificare il carico batterico intestinale negli adulti di pesci zebra infettati da un ceppo resistente agli antibiotici di Vibrio cholerae. Dopo l'eutanasia e la dissezione, il tratto intestinale viene isolato, omogeneizzato con perline di vetro e processato per rilasciare i batteri. L'omogeneato...

Fonte: Nag, D., et.al. Quantificazione della colonizzazione e della diarrea da Vibrio cholerae nel modello adulto di pesci zebra. J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra l'inoculazione di pesci zebra adulti con un ceppo patogeno di Vibrio cholerae per studiare la colonizzazione intestinale e gli esiti delle malattie. Mostra come le tossine batteriche compromettano l'integrità intestinale, causando perdite di liquidi, secrezione di muco e diarrea acquosa prima che i pesci siano preparati per...

Fonte: Patras, K. A., Doran, K. S. Un modello murino di colonizzazione vaginale di Streptococcus di gruppo B. J. Vis. Esp. (2016)Questo video mostra la preparazione e l'inoculazione vaginale di una femmina di topo trattata con ormone e Streptococcus del gruppo B per modellare l'infezione. Spiega come coltivare e preparare i batteri, somministrare l'inoculo nel lumen vaginale e garantire un'infezione di successo.

Fonte: Patras, K. A. & Doran, K. S. Un modello murino di colonizzazione vaginale di Streptococcus di gruppo B. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra la quantificazione del carico vaginale di Streptococcus di Gruppo B (GBS) in un modello murino utilizzando tampone e coltura cromogenica. Descrive i passaggi coinvolti nella raccolta dei campioni, nella placcatura e nel conteggio delle colonie per quantificare il carico di GBS nel lumen vaginale del topo.

Fonte: Conover, M. S., et al., J. Stabilimento e caratterizzazione di UTI e CAUTI in un modello murino. J. Vis. Esp. (2015)Questo video mostra la procedura per assemblare e impiantare un catetere transuretrale in una topolina, seguita da un'inoculazione batterica per stabilire infezioni urinarie associate al catetere e indagare le interazioni ospite-patogeno mediate dal biofilm.

Fonte: Flores, E., et al. Utilizzo del protozoo Paramecium caudatum come veicolo per infezioni alimentari nelle larve di pesce zebra. J. Vis. Esp. (2019).Questo video dimostra il metodo per stabilire un modello di infezione batterica intestinale trasmessa da alimenti nelle larve di pesce zebra, nutrindole con paramecia infettata da E. coli fluorescente.

Fonte: Wang, Y., et al. Indagine in vivo della terapia antimicrobica con luce blu per infezioni da ustioni da Acinetobacter baumannii multi-resistente ai farmaci utilizzando imaging bioluminescenze. J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra la procedura per trattare le infezioni da ustioni causate da batteri bioluminescenti e resistenti ai farmaci nei topi utilizzando la terapia con luce blu, seguita da immagini bioluminescenti per monitorare l'efficacia del trattamento.

Fonte: Ditkowski, B., et al. Un modello in vitro di un sistema di perfusione a placche parallele per studiare l'aderenza batterica ai tessuti dell'innesto. J. Vis. Esp. (2019).Questo video dimostra il metodo di utilizzo di una camera di flusso a piastre parallele per perfondere batteri marcati con fluorescenza su tessuti di innesto vascolare, consentendo un'analisi controllata dell'adesione batterica e della patogenesi precoce in condizioni di flusso di taglio.

Fonte: Beernink, B. M. et al. Agroinoculazione diretta di piantine di mais tramite iniezione con cloni infettivi del virus del mosaico della coda di volpe e del virus del mosaico della canna da zucchero. J. Vis. Esp. (2021)Questo video dimostra la somministrazione mediata da Agrobacterium di cloni virali ricombinanti nelle piantine di mais per il silenziamento genico. Descrive il processo di infezione da Agrobacterium , la diffusione sistemica del virus e i cambiamenti fenotipici guidati...

Fonte: Gupta, K., et al. Iniezione intrarenale di Escherichia coli in un modello ratto di pielonefrite. J. Vis. Esp. (2017).Questo video mostra l'iniezione intrarenale di E. coli nel bacino renale di un ratto anestetizzato per indurre un'infezione renale localizzata, modellando la pielonefrite acuta. Mette in evidenza le principali fasi chirurgiche e le tecniche asettiche necessarie per stabilire un modello di infezione riproducibile in vivo per l'analisi a valle.

Fonte: Behera, R. K., et al. Un metodo basato sulla fluorescenza per studiare la regolazione genica batterica nei tessuti infetti. J. Vis. Esp. (2019)Questo video mostra un metodo per preparare il tessuto renale infetto del topo, colorare il DNA e rilevare l'espressione genica batterica utilizzando doppi reporter fluorescenti. Il rosso segna tutti i batteri, mentre il verde mette in evidenza le cellule sensibili all'infezione.

Fonte: Brzozowski, R. S. et al. Microscopia a fluorescenza a cellule vive per indagare la localizzazione delle proteine subcellulari e i cambiamenti morfologici cellulari nei batteri. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra la microscopia a fluorescenza a cellule vive per visualizzare cambiamenti morfologici in tempo reale nei batteri. Descrive i passaggi coinvolti nell'imaging, nell'acquisizione del time-lapse e nella deconvoluzione per ottenere immagini ad alta risoluzione in tempo reale.

Fonte: McMullen, P. D., Freitag, N. E. Valutazione dell'invasione batterica delle cellule cardiache in coltura e colonizzazione cardiaca in topi infetti utilizzando Listeria monocytogenes. J. Vis. Esp. (2015)Questo video mostra l'iniezione di Listeria monocytogenes nella vena caudale di un topo per stabilire un'infezione sistemica. Mostra la circolazione batterica, la colonizzazione degli organi e la quantificazione del carico batterico nel cuore omogeneizzando i tessuti, eseguendo diluizioni...

Fonte: Zhan, Y., et al. Il fotosbiancamento consente l'imaging a superrisoluzione dell'anello FtsZ nel cianobatterio Prochlorococcus. J. Vis. Exp. (2018).Questo video mostra la procedura di fotosbiancamento dei pigmenti nelle cellule cianobatteriche utilizzando luce allo xeno in condizioni di freddo per migliorare l'imaging di fluorescenza delle proteine regolatrici della crescita.

Fonte: Zhang, M. et al., Test rapido di suscettibilità antimicrobica tramite imaging stimolato a diffusione Raman dell'incorporazione del deuterio in un singolo batterio. J. Vis. Esperienza (2022)Questo video dimostra l'applicazione della microscopia a scattering Raman stimolata per valutare la suscettibilità agli antibiotici monitorando l'attività metabolica marcata con il deuterio. Monitorando i segnali carbonio-deuterio, il metodo consente la rapida rilevazione di popolazioni batteriche...

Fonte: Hiroyasu, A., D et al., Estrazione di emociti dalle larve di Drosophila melanogaster per infezioni e analisi microbiche. J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra la procedura per stabilire un'infezione batterica nelle larve di Drosophila inserendole in una goccia batterica e pungendola con un ago di tungsteno. Le larve vengono poi incubate su una piastra agar scanalata e ricca di nutrienti per studiare le interazioni ospite-patogeno.

Fonte: Hiroyasu, A., et al. Estrazione di emociti dalle larve di Drosophila melanogaster per infezioni e analisi di microbi. J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra immagini confocali ad alta risoluzione degli emociti di Drosophila melanogaster infettati da Coxiella burnetii per visualizzare la localizzazione del patogeno in 3D, consentendo un'analisi dettagliata della dinamica delle infezioni intracellulari e delle interazioni ospite-patogeno.

Fonte: Rufián, J. S., et al. Analisi a singola cellula dell'espressione dei geni di Pseudomonas syringae nel tessuto vegetale. J. Vis. Esp. (2022).Questo video dimostra un metodo per analizzare l'espressione genica in batteri patogeni estratti dalle piante a livello di singola cellula utilizzando un fattore di trascrizione marcato fluorescente. L'imaging confocale rivela eterogeneità nell'espressione genica della virulenza, evidenziando la diversità funzionale all'interno di una popolazione...

Source: Montefusco-Pereira, C. V. et al. P. aeruginosa Infected 3D Co-Culture of Bronchial Epithelial Cells and Macrophages at Air-Liquid Interface for Preclinical Evaluation of Anti-Infectives. J. Vis. Exp.(2020)This video demonstrates a co-culture model of bronchial epithelial cells and macrophage-like cells at the air-liquid interface to study host-pathogen interactions. Pathogenic bacterial infection compromises epithelial membrane integrity, triggering macrophage-like cell activation and...

Source: Nguyen, J. Q., et. al. Intratracheal Inoculation of Fischer 344 Rats with Francisella tularensis. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the procedure of intratracheal inoculation in an anesthetized rat, involving catheter placement, bacterial delivery into the trachea, and subsequent lung infection establishment for studying host-pathogen interactions.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates an in vivo method for analyzing shear-dependent bacterial adhesion in a live mouse model. Following surgical preparation and catheterization, the mesenteric vasculature is exposed for real-time imaging under a fluorescence microscope. Perfusion with an ionophore and fluorescently labeled bacteria reveals how shear stress triggers...

Source: Poore, K., et al. Epithelial Cell Infection Analyses with Shigella. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates an in vitro assay to assess Shigella invasion and intracellular replication in human colonic epithelial monolayers. It highlights steps for infection, antibiotic selection, host cell lysis, and recovery of intracellular bacteria for downstream analysis.

Source: Zhang, C., et al., Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)The video demonstrates the isolation of kidneys containing Staphylococcus aureus-infected macrophages, followed by tissue homogenization to release intracellular bacteria. It quantifies bacterial persistence within macrophages in control and antibiotic-treated groups by counting colony-forming units.

Source: Berthold, A., et al. Cultivation Methods of Spirochetes from Borrelia burgdorferi Sensu Lato Complex and Relapsing Fever Borrelia. J. Vis. Exp.(2022)This video demonstrates the cultivation of pathogenic spirochetes from infected skin tissue to model dermal infection. It highlights their localization in the dermis, interaction with the extracellular matrix, and survival during selective culture conditions.

Fonte: Morgan, E., et al. Pulizia selettiva dei nematodi selvatici Caenorhabditis per arricchire i batteri del microbioma intestinale. J. Vis. Esp. (2021)Questo video mostra un protocollo per isolare batteri intestinali di interesse provenienti dai vermi selvatici di Caenorhabditis . I vermi vengono prima affamati e lavati per eliminare i batteri residui che si nutrono dalla superficie e dal lumen intestinale, preservando al contempo i microrganismi bersaglio. Dopo la pulizia della superficie e...

Fonte: Petersen, C. et al., Isolamento e caratterizzazione del microbiota naturale del nematode modello Caenorhabditis elegans. J. Vis. Esp. (2022)Questo video dimostra l'isolamento e la coltivazione di specie batteriche associate a Caenorhabditis elegans. Una lisi a perla di C. elegans, seguita da una coltura selettiva, consente l'isolamento di diversi ceppi microbici per ulteriori analisi.

Fonte: Liu, X., et al. Un test orale batterico con zanzare trattate con antibiotici. J. Vis. Esp. (2020)Questo video mostra la dissezione dell'intestino centrale della zanzara per isolare i batteri intestinali. Il midintestin viene estratto dal tratto digerente, omogeneizzato per liberare i batteri e riposto su agar nutritivo per coltivare colonie batteriche.

Prendiamo un topo di controllo con microbiota intestinale normale e un topo sperimentale con microbiota intestinale impoverito. L'esaurimento compromette l'integrità della barriera intestinale.Questo permette ai batteri di traslocare attraverso il vaso sanguigno nel tessuto epatico.Iniettare entrambi i topi con il virus dell'epatite B o plasmide dell'HBV per indurre un'infezione da HBV nel tessuto epatico.Nel topo controllo, la cellula T rileva una cellula epatica infetta attraverso...

Si inizia con una coltura di biosensori batterici sospesa in un mezzo.Questi batteri ingegnerizzati producono un fattore di trascrizione che, unendosi a uno specifico metabolita fecale, attiva un promotore associato a un gene reporter fluorescente.A questa coltura, aggiungi un campione di feci umane filtrato contenente metaboliti, come il lattato, coinvolti nelle interazioni ospite-microbioma.Diluire questa miscela con un mezzo fresco per mantenere un volume di reazione ottimale.Incubare senza...

Inizia con un modello di ratto con suture legate attorno ai molari superiori per supportare la colonizzazione batterica.Spalma ripetutamente i punti con un batterio patogeno orale che causa malattie gengivali usando una soluzione simile a un gel.I batteri colonizzano le gengive intorno alle suture.La colonizzazione scatena infiammazione e danneggia i tessuti.I batteri rilasciano tossine che diffondono attraverso i tessuti danneggiati ed entrano nel flusso sanguigno.Queste tossine circolanti...

Fonte: Yang, E., et al. Isolamento di singole comunità batteriche intracellulari generate da un modello murino di infezione delle vie urinarie per analisi a valle di singole cellule. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra l'isolamento manuale di singole cellule epiteliali contenenti comunità batteriche intracellulari dalla vescica del topo infetta tramite micropipetto orale, permettendo l'analisi a valle delle popolazioni di E. coli associate all'ospite in modelli di infezione urinaria.

Fonte: Chen, Y. et al., Valutazione della virulenza e patogenesi dell'infezione da Aeromonas in un modello di Caenorhabditis elegans . J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra un saggio di necrosi muscolare su C. elegans (Caenorhabditis elegans) utilizzando ceppi patogeni di Aeromonas . Alimentando vermi che esprimono proteine fluorescenti verdi (GFP) su piastre con Aeromonas, il saggio modella l'infezione batterica e rivela danni tissutali tramite immagini a fluorescenza. La progressiva perdita...

Fonte: Hu, Y. et.al., Analisi delle Interazioni tra Endobiotici e Microbiota Intestinale Umano Utilizzando Sistemi di Fermentazione in Vitro Bath. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra l'analisi della produzione di acidi grassi a catena corta da parte del microbiota intestinale umano in risposta agli esosaccaridi. Questo evidenzia la separazione e quantificazione dei prodotti della fermentazione microbica tramite cromatografia gassosa. I risultati rivelano che gli esosaccaridi modulano i...

Fonte: Lo, B.C., et al. Fibrosi intestinale indotta da Salmonella cronica. J. Vis. Esp. (2019)Il video dimostra la quantificazione del carico batterico in un modello murino di infezione cronica da Salmonella typhimurium resistente alla streptomicina. Dopo l'eutanasia e la dissezione sterile, i tessuti cecali e splenici vengono prelevati, omogeneizzati con perle d'acciaio per rilasciare batteri e diluiti in serie di teste. Le diluizioni vengono placcate su agar selettivo e le colonie visibili...

Fonte: Figueroa, D. et al. Produzione e visualizzazione di sferoplasti e protoplasti batterici per caratterizzare la localizzazione dei peptidi antimicrobici. J. Vis. Esp. (2018).Questo video mostra la preparazione degli sferoplasti da batteri gram-negativi a forma di bastoncello. I batteri si sviluppano in presenza di un antibiotico per formare filamenti allungati. Questi vengono lavati con una soluzione ipertonica e trattati con un tampone di lisi per rimuovere la parete cellulare esterna. Il...

Fonte: Sigal, N., et al. Purificazione dell'RNA da Listeria monocytogenes coltivata intracellularmente nelle cellule macrofage. J. Vis. Esp. (2016).Questo video dimostra l'isolamento di batteri patogeni interiorizzati da macrofagi derivati dal midollo osseo (BMDM) infetti. I batteri vengono lasciati attaccare alle cellule ospiti, mentre i batteri non attaccati vengono lavati via. Dopo l'internalizzazione, viene aggiunto un antibiotico per eliminare i batteri non interiorizzati. Le cellule...

Fonte: Temkin, M. I. et al. Saghi di co-coltura ad alta produttività per l'indagine delle interazioni microbiche. J. Vis. Esp. (2019)Questo video mostra un saggio in vitro per studiare le interazioni microbiche tra Corynebacterium propinquum e Staphylococcus in una co-coltura.

Fonte: Madenspacher, J. H. e Fessler, M. B. Un metodo non invasivo e tecnicamente non intensivo per l'induzione e la fenotipizzazione della polmonite batterica sperimentale nei topi. J. Vis. Esp. (2016)Questo video mostra il processo di quantificazione del carico batterico nella milza di un topo infetto per valutare la gravità dell'infezione. La milza omogeneizzata viene diluita serialmente e placcata per determinare il carico batterico totale. I dati risultanti forniscono indicazioni sulle...

Prendi colture di cellule epiteliali della vescica urinaria umana in una piastra multipozzo.Incubare la coltura di controllo con Enterobacter cloaces di tipo selvatico, un batterio patogeno con strutture pili simili a peli sulla superficie batterica.La sottounità FimH del pili si lega al recettore della cellula ospite, ancorando i batteri di tipo selvatico alla cellula ospite.Incubare la cultura sperimentale con una cloaca mutante di Enterobacter priva di FimH.Senza FimH, i batteri mutanti non...

Prendiamo sospensioni di un ceppo resistente agli antibiotici di un batterio patogeno.Trattare una sospensione con un composto antibiotico corto che rompe la membrana e l'altra sia con il composto corto che con un composto più lungo che intercalante con la membrana.Incubare entrambe le sospensioni con agitazione. Questi composti imitano la struttura a bistrato lipidico, permettendo la loro inserzione spontanea nelle membrane batteriche.Il composto corto copre solo una parte dello spessore della...

Fonte: Brown, A. O., et al. Visualizzazione di Streptococcus pneumoniae all'interno delle microlesioni cardiache e del successivo rimodellamento cardiaco. J. Vis. Esp. (2015).Questo video dimostra la visualizzazione microscopica delle microlesioni batteriche nel tessuto cardiaco del topo. Il cuore di un topo infetto da Streptococcus pneumoniae viene prelevato, lavato e sterilizzato prima di essere lavorato per ottenere sezioni coronali. Queste sezioni sono colorate con ematossilina ed eosina e...

Fonte: Pava-Ripoll, et al. Rilevamento di patogeni batterici alimentari da singole mosche sporche. J. Vis. Esp. (2015)Questo video dimostra un metodo basato su PCR che amplifica il DNA batterico bersaglio da campioni di mosca arricchita utilizzando compresse specifiche per il patogeno, consentendo la rilevazione in tempo reale della fluorescenza e l'analisi della curva di fusione per confermare la presenza di patogeni alimentari nei singoli insetti.

Fonte: Calatayud Arroyo, M., et al. Valutazione della vitalità di un consorzio batterico sintetico sull'interfaccia intestino-microbo ospite-microbo in vitro. J. Vis. Esp. (2018).Questo video dimostra un modello intestinale-microbio in vitro per studiare la vitalità batterica. Una co-coltura di cellule Caco-2 e HT29-MTX viene incubata con batteri pretrattati in condizioni digestive simulate. L'integrità della barriera epiteliale viene valutata utilizzando la resistenza elettrica...

Fonte: Chen, H., et al. Rilevamento specifico e accurato del patogeno del verdeamento degli agrumi Candidatus liberibacter spp. utilizzando PCR convenzionale su campioni di tessuto fogliare di agrumi. J. Vis. Esp. (2018)Questo video mostra l'estrazione del DNA genomico totale da tessuto fogliare di agrumi infettato da un batterio patogeno. Il protocollo consente un recupero affidabile del DNA per la rilevazione a valle basata su PCR del patogeno limitato dal floema.

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024).This video demonstrates the in vivo interaction between T4 bacteriophage and E. coli in the murine intestine, and the fecal spot plating method to quantify their coexistence by measuring bacterial colonies and phage plaques.

Source: Alshehri, M. et. al., Organotypic Tissue Model Systems for Investigating Host-Pathogen Interactions In Vitro. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates a co-culture model using multi-species oral biofilms and human oral epithelium. It highlights epithelial immune activation and enables the downstream analysis of host-pathogen interaction.