Induzione della replicazione litica del profago per l'analisi trascrittomica

Iniziare con una coltura batterica che porta un genoma di profago integrato, represso da una proteina represse virale, mantenendo una fase lisogenica dormiente.

Aggiungere un induttore e incubare con agitazione per indurre lo stress cellulare.

Lo stress cellulare induce l'autocleavaggio della proteina repressore, consentendo al profago di passare dalla lisogenia alla replicazione litica.

Il DNA del profago si estrae dal genoma batterico e trascrive in modo sequenziale i geni regolatori precoci, i geni di replicazione del DNA intermedi e i geni strutturali e di lisi tardivi.

Trasferire la coltura in un volume maggiore di mezzo per diluire l'induttore e incubare per consentire il recupero cellulare.

A intervalli definiti, aggiungere una soluzione di arresto per bloccare la trascrizione e preservare il profilo dell'RNA nelle cellule batteriche.

Centrifugare la coltura e scartare il soprannatante. Risospendere le cellule, trasferire la sospensione in una provetta piccola e centrifugare.

Rimuovere il soprannatante e congelare rapidamente il pellet per mantenere l'integrità dell'RNA.

Infine, aggiungere un reagente per l'estrazione dell'RNA e omogeneizzare per rompere le cellule. Il campione è pr