Crescita Virale e Tecniche

Source: Tang, N., et al. Generating Recombinant Avian Herpesvirus Vectors with CRISPR/Cas9 Gene Editing. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the clonal isolation and PCR-based screening of recombinant herpesvirus following site-specific excision of a GFP marker. Fluorescence-activated cell sorting is used to isolate non-fluorescent infected cells, and junction PCR confirms retention of the target gene in GFP-negative clones.

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the isolation of Arthrobacter bacteriophages from a soil sample using enrichment and plaque assay techniques. It highlights the infection, amplification, and visualization of phages as clear lysis zones formed on a bacterial lawn.

Source: Morales Vasquez, D., et al. Live Imaging and Quantification of Viral Infection in K18 hACE2 Transgenic Mice Using Reporter-Expressing Recombinant SARS-CoV-2. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the protocol for carrying out plaque assay–based viral titration for quantifying infectious virus levels in tissue sample collected from a virus–infected mouse model.

Source: Vijayraghavan, S., Kantor, B. A Protocol for the Production of Integrase-deficient Lentiviral Vectors for CRISPR/Cas9-mediated Gene Knockout in Dividing Cells. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the procedure for generating recombinant viral particles by transfecting embryonic kidney cells with plasmids encoding viral proteins and a gene of interest.

Source: Rustad, M., et.al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the purification of bacteriophages from a suspension containing host bacterial debris using a sucrose density gradient. It shows how the density gradient separates phages by buoyant density, enabling recovery of a visible band for resuspension and further analysis.

Source: Brauer, R. et al., Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the synthesis and harvest of the influenza virus in fertilized chicken eggs. The virus is inoculated into the allantoic cavity, where it replicates in epithelial cells and buds into the allantoic fluid, which is then collected and stored for downstream applications.

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates the propagation and harvesting of oncolytic herpes simplex virus in mammalian cell cultures, highlighting viral entry, replication, and the recovery of virus-loaded cells. It further shows methods for preserving infected cells for downstream processing.

Source: Nguyen, H., et al. Growth, Purification, and Titration of Oncolytic Herpes Simplex Virus. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the purification of an oncolytic virus from infected mammalian cell cultures using nuclease treatment, sequential centrifugation, membrane filtration, and sucrose cushion centrifugation.

Source: Huang, D., et al. Mosquito-Associated Virus Isolation from Field-Collected Mosquitoes. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the step-by-step procedure for the in vitro isolation of mosquito-associated viruses from mosquito homogenates using fibroblast-like mammalian cells.

Source: Eggers, C. H. Phage-Mediated Genetic Manipulation of the Lyme Disease Spirochete Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the isolation of borrelial phage particles from a Borrelia burgdorferi suspension using polyethylene glycol-mediated phase separation. The sample is centrifuged, treated with a salt solution, and a molecular crowding agent to precipitate phages. Chloroform extraction is done to remove debris and concentrate phage particles. The purified phage...

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates the purification of bacteriophages from bacterial cell lysates using sequential centrifugation, membrane filtration, chloroform extraction, centrifugal filtration, and buffer exchange to obtain a purified phage preparation.

Source: Van Lidth de Jeude, et al. A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the process of producing viral particles through transfection of embryonic kidney cells with plasmid–polyethylenimine complexes, which leads to viral genome expression, particle assembly, and virus collection in the medium.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp.(2018)This video demonstrates preparation of a bacteriophage lysate containing transducing particles. A donor strain is infected, plaques form, and the soft agar overlay is processed with chloroform to yield a clarified lysate for downstream analysis.

Fonte: Weger-Lucarelli, J., et al. Isolamento e Caratterizzazione di Virus Ricombinanti da un Clono Infettivo del Virus Zika del Nuovo Mondo. J. Vis. Exp. (2017)Questo video dimostra il recupero del virus Zika infettivo mediante elettroporazione di RNA trascritto in vitro. Il processo illustra come l'RNA sintetico inizi l'infezione e porti alla replicazione virale in cellule coltivate.

Fonte: Mackler, R. M., et al. Assemblaggio e Purificazione di Intasomi del Virus della Mucose Bovina. J. Vis. Exp. (2018)Questo video illustra la purificazione degli intasomi del virus della foamy prototipico (PFV) da una sospensione mista proteina-DNA mediante estrazione con sale e cromatografia di esclusione molecolare, ottenendo complessi attivi per analisi successive.

Fonte: Suzuki, Y., et al. Misurazione dell'RNA del virus della dengue nel supernatante di coltura di cellule infette mediante reazione a catena della polimerasi quantitativa in tempo reale. J. Vis. Exp. (2018).Questo video illustra la procedura per la preparazione di campioni virali da analizzare mediante PCR quantitativa (Polymerase chain reaction). I campioni virali e gli standard di RNA vengono diluiti in serie, trattati con un buffer contenente proteinasi K e incubati a temperature...

Fonte: Dembowski, J. A., et al. Purificazione del DNA virale per l'identificazione di proteine virali e cellulari associate. J. Vis. Exp. (2017).Questo video illustra l'isolamento di complessi proteina-DNA virale da nuclei cellulari mediante chimica click e purificazione con microsferette magnetiche. Il protocollo prevede l'etichettatura dei genomi virali con nucleotidi modificati con alchino, la biotinilazione tramite reazione click e il legame a microsferette magnetiche rivestite con...

Fonte: Ding, J. et. al., Preparazione di rAAV9 per sovraesprimere o silenziare geni nei cuori di topo. J. Vis. Exp. (2016)In questo video viene mostrata la purificazione di particelle virali ricombinanti da cellule renali umane trasfettate. Il virus viene rilasciato mediante lisi per congelamento-scongelamento e purificato utilizzando gradienti di iodixanolo con filtrazione assistita da copolimeri a blocchi.

Fonte: Rghei, A. D., et al. Produzione di Vettori Virali Adeno-Associati in Pile Cellulari per Studi Preclinici in Modelli Animali di Grande Taglia. J. Vis. Exp. (2021)Questo video illustra il recupero del virus adeno-associato grezzo da cellule mammifere trasfettate mediante lisi chimica e centrifugazione, consentendo una produzione ad alto rendimento di AAV per applicazioni di purificazione successiva e di terapia genica preclinica.

Fonte: Lopez Jr., M. A., et al. Rilevamento e rimozione della contaminazione da nucleasi durante la purificazione dell'integrasi ricombinante del prototipo del virus della foamy. J. Vis. Exp. (2017)Questo video illustra la purificazione della integrasi virale marcati con poliistidina mediante cromatografia di affinità al nichel. Il protocollo utilizza un'eluizione con gradiente di imidazolo per isolare selettivamente l'integrasi in base alla sua affinità per la resina caricata con nichel.

Source: Rustad, M. et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the amplification and recovery of infectious bacteriophages from E. coli cultures. It outlines the steps for plaque isolation, phage replication, controlled lysis, and purification.

Source: Wang, M., et al, Evaluation of T Follicular Helper Cells and Germinal Center Response During Influenza A Virus Infection in Mice. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates intranasal infection of a mouse with a pathogenic influenza virus to establish a respiratory tract infection. The procedure outlines the administration of the virus into the nasal cavity. The virus enters host cells, replicates, and activates the immune system.

Source: Asad, S., et al. Quantification of Antibody-dependent Enhancement of the Zika Virus in Primary Human Cells. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates antibody-dependent enhancement of Zika virus infection in human primary macrophages, using dengue antibody–virus complexes to model how cross-reactive antibodies facilitate Fcγ receptor–mediated viral entry and replication for studying infection mechanisms and immune interactions.

Source: Klaus, J. P., et al Highly Sensitive Assay for Measurement of Arenavirus-cell Attachment. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates how to measure arenavirus attachment to monkey kidney cells. The assay uses low temperatures to block endocytosis and isolate the virus binding step. The approach enables precise quantification of surface-bound virus particles under conditions that restrict internalization.

Source: Fernández-Fernández, R., et. al. Bacteriophage Removal from Infected Salmonella Cultures. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates the use of exogenous LPS (Lipopolysaccharide) as a receptor mimic to inactivate lytic bacteriophages in Salmonella cultures. Through sequential incubation, centrifugation, and washing, phages are eliminated, resulting in a viable, phage-free bacterial suspension for downstream applications.

Fonte: Zhao, J., et al. Silenziamento basato sul virus X della patata (VbMS) dei microRNA nella patata. J. Vis. Exp. (2020).Questo video illustra l'uso di Agrobacterium tumefaciens per veicolare un costrutto basato sul Potato Virus X (PVX) in piante di patata coltivate in vitro, al fine di ottenere un silenziamento virale dei microRNA (VbMS). Il metodo consente la soppressione sistemica di un microRNA bersaglio, permettendo ai ricercatori di studiarne il ruolo nello sviluppo della pianta...

Fonte: Esposito, A. M.,et al. Saggio ad alta capacità di fusione della membrana virale attivato da Cre-Lox per identificare inibitori della fusione della membrana virale dell'HIV-1. J. Vis. Exp. (2018)Questo video dimostra un saggio fluorescente in co-coltura per monitorare la trasmissione virale da cellula a cellula. Il saggio utilizza una cassetta reporter da rossa a verde per visualizzare la fusione della membrana virale e valutare l'efficacia di composti in esame nel bloccare l'ingresso...

Fonte: Yates, J. G. E., et al. Produzione di virus ricombinante della malattia di Newcastle ad alto titolo a partire dal liquido allantoinico. J. Vis. Exp. (2022)Il video illustra la purificazione e la concentrazione di particelle virali da liquido allantocoico chiarificato ottenuto da uova di pollo embrionate infette da virus. Vengono mostrate una serie di fasi di filtrazione e separazione, tra cui la filtrazione a profondità, la filtrazione a flusso tangenziale e l'ultracentrifugazione su...

Fonte: Otter, C. J., et al. Infezione di cellule epiteliali nasali primarie coltivate a interfaccia aria-liquido per caratterizzare le interazioni tra coronavirus umano e ospite. J. Vis. Exp. (2023)Questo video dimostra la crescita del coronavirus in cellule epiteliali nasali umane coltivate a un'interfaccia aria-liquido, simulando l'infezione e la replicazione virale nella cavità nasale umana.

Source: Zhang, L., et al. Immunofluorescent Labeling of Plant Virus and Insect Vector Proteins in Hemipteran Guts. J. Vis. Exp. (2021)The video demonstrates the preparation of gut tissue from a plant virus–infected insect vector for fluorescence imaging. Fixed guts were washed, permeabilized, and incubated with two fluorescent antibodies in a blocking solution—one targeting a viral antigen in vesicles, the other a vesicle-associated membrane protein. The tissue was counterstained for actin...

Source: Schaeffer, J. W., Chandler, et al. Detection of Viruses from Bioaerosols Using Anion Exchange Resin. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates the detection of viruses from bioaerosols using an anion exchange resin. A liquid impinger containing the resin is used to capture viruses from the air. The resin is collected and treated with a virus lysis buffer containing carrier RNA. The lysate is transferred to a microcentrifuge tube for viral RNA isolation, followed by qRT-PCR to amplify...

Source: Yuan, M., et al. A Simple and Efficient Approach to Construct Mutant Vaccinia Virus Vectors. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the process of performing a fluorescent plaque assay using recombinant vaccinia virus encoding red fluorescent protein (RFP) in fibroblast cells, followed by plaque isolation and purification for further analysis.

Source: Williams, S. M. et al. Novel Atomic Force Microscopy Based Biopanning for Isolation of Morphology Specific Reagents against TDP-43 Variants in Amyotrophic Lateral Sclerosis. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates tapping-mode AFM to visualize phage–antigen interactions on a mica surface. It outlines the steps for antigen immobilization, phage binding, and high-resolution nanoscale imaging.

Source: DeMarino, C., et al. Purification of High Yield Extracellular Vesicle Preparations Away from Virus. J. Vis. Exp. (2019)The video demonstrates the separation of EVs from virions and other contaminants by density gradient centrifugation, followed by capture and concentration with hydrogel nanoparticles. Washed fractions are then ready for downstream identification of those enriched in EVs.

Source: Van Lidth de Jeude, J. F., et al. A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the processing of lentivirus-transduced mouse intestinal organoids for paraffin embedding, to enable their downstream analysis for assessing gene expression.

Source: Chen, H. et. al. Live Cell Imaging of the TGF-β/Smad3 Signaling Pathway In Vitro and In Vivo Using an Adenovirus Reporter System. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the preparation of luciferase-expressing breast cancer cells using recombinant adenoviruses for in vivo imaging.

Source: Ren, S., et al. A Protocol for Analyzing Hepatitis C Virus Replication. J. Vis. Exp. (2014).This video demonstrates an immunofluorescence-based method to detect Hepatitis C virus replication in infected hepatoma cells. The protocol involves cell fixation, antibody staining for viral protein and double-stranded RNA, and visualization using fluorophore-tagged secondary antibodies. Dual signal detection under a fluorescence microscope confirms active viral replication within the host cells.

Source: Stauffer, S. et al. In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the pH-dependent disassembly of influenza A virus (IAV) cores using gradient ultracentrifugation. It outlines glycerol gradient preparation, ultracentrifugation, and how different pH conditions affect IAV core disassembly.

Source: Philip, A. A., et al., Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the isolation of rotavirus double-stranded RNA from clarified cell lysates. It further illustrates the separation and visualization of genome segments through polyacrylamide gel electrophoresis.

Source: Philip, A. A., et. al., Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates a plaque assay technique to monitor rotavirus infection in epithelial cells. Trypsin activation enhances viral entry, and staining highlights viable cells, enabling visualization of infection-induced plaques.

Source: Stauffer, S. et al., In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the effect of pH on the solubilization of influenza A viral cores. Gel electrophoresis and protein staining reveal the progressive disassembly of the core structure under acidic conditions.

Source: Moore, M. D., et al. Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity. J. Vis. Exp. (2017)The video demonstrates a protocol for monitoring the heat-induced aggregation of virus-like particles using dynamic light scattering (DLS). It begins with preparing a monodisperse suspension of purified particles. The sample is then loaded into a preheated DLS instrument. As the capsid proteins denature with heat, exposed hydrophobic regions cause particle...

Source: Tran, B. N., et. al. High-throughput Confocal Imaging of Quantum Dot-Conjugated SARS-CoV-2 Spike Trimers to Track Binding and Endocytosis in HEK293T Cells. J. Vis. Exp. (2022)This video demonstrates the use of quantum dot–conjugated spike protein (QD-Spike) to visualize dose-dependent viral entry in ACE2-GFP–expressing cells. Confocal imaging captures the internalization of QD-Spike via receptor-mediated endocytosis, modeling early coronavirus entry.

Source: Mateer, E., et al., Confocal Imaging of Double-Stranded RNA and Pattern Recognition Receptors in Negative-Sense RNA Virus Infection. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the confocal imaging of viral double-stranded RNA (dsRNA) and cytoplasmic pattern recognition receptors (PRRs) in virus-infected epithelial cells. It highlights how antibody-based fluorescent labeling reveals the interaction between viral replication intermediates and host immune sensors.

Source: Xu, C., et al. An Efficient and Simple Method to Establish NK and T Cell Lines from Patients with Chronic Active Epstein-Barr Virus Infection. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates the phenotyping of EBV-infected T and NK cell lines using flow cytometry, highlighting the preparation, antibody staining, and analysis steps to identify lineage-specific surface markers. It shows how marker profiles confirm distinct T-cell and NK-cell populations.

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp.(2015)This video demonstrates the isolation of bacteriophages from a soil sample. A soil sample is collected and suspended in a phage buffer and allowed to settle the sediment. The extract is filtered, and nutrients are added. A vacuum filtration is done to remove microbial contaminants. The filtrate with phages is aliquoted into flasks, and...

Source: Allaire, A., et al. Immunofluorescence to Monitor the Cellular Uptake of Human Lactoferrin and its Associated Antiviral Activity Against the Hepatitis C Virus. J. Vis. Exp. (2015).The video demonstrates the procedure for preparing cells to assess the intracellular uptake and activity of an antiviral agent against the hepatitis C virus.

Source: Olety, B., et. al., Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes. J. Vis. Exp. (2016)This study demonstrates a fluorescence-based assay to observe the membrane-binding behavior of human immunodeficiency virus type-1 structural protein. Using synthetic giant unilamellar vesicles as model membranes, the assay visualizes protein recruitment and assembly, mimicking early steps of viral particle formation.

Source: Lê-Bury, G., et al. Phagosome Migration and Velocity Measured in Live Primary Human Macrophages Infected with HIV-1. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates live confocal imaging of HIV-1-infected human macrophages to visualize and quantify phagosome migration using GFP fluorescence and bright field tracking, providing insights into how HIV alters intracellular trafficking during Fc receptor–mediated phagocytosis.

Fonte: Vacca, O., et al. Utilizzo del virus adeno-associato come strumento per lo studio delle barriere retiniche in condizioni patologiche. J. Vis. Exp. (2015)Questo video illustra la procedura passo dopo passo per la preparazione di criosezioni retiniche di topo al fine di visualizzare la permeabilità del virus adeno-associato attraverso barriere retiniche compromesse.

Fonte: Vacca, O., et al. Utilizzo del virus adeno-associato come strumento per lo studio delle barriere retiniche in condizioni patologiche. J. Vis. Exp. (2015).Questo video illustra il metodo di somministrazione genica mediata da AAV in una retina di topo transgenico, seguito da dissezione del tessuto e colorazione per valutare l'integrità della membrana limitante interna.

Fonte: Moore, M. D., et al. Metodi alternativi in vitro per la determinazione dell'integrità strutturale del capside virale. J. Vis. Exp.(2017).In questo video viene illustrato come i capside virali purificati vengano sottoposti a trattamento termico, preparati e analizzati mediante microscopia elettronica a trasmissione (TEM) per rivelare modifiche strutturali e danni indotti dal calore.

Fonte: Shah, R., et al. Imaging fluorescente multiplexato a singola cellula per visualizzare acidi nucleici e proteine virali e monitorare l'infezione da HIV, HTLV, HBV, HCV, virus Zika e influenza. J. Vis. Exp. (2020)Questo video dimostra la visualizzazione simultanea del DNA, dell'RNA e della proteina del capside dell'HIV-1 in linfociti umani infetti mediante ibridazione con DNA ramificato e immunofluorescenza, consentendo un'analisi dettagliata delle fasi di replicazione virale all'interno...

Fonte: Pohl, M. O. & Stertz, S. Misurazione dell'Attacco e dell'Internalizzazione del Virus dell'Influenza A in Cellule A549 mediante Citometria a Flusso. J. Vis. Exp. (2015)Questo video illustra l'utilizzo di un saggio di blocco con streptavidina per distinguere il virus dell'influenza legato alla superficie da quello internalizzato nelle cellule epiteliali polmonari umane. Il confronto dei segnali di fluorescenza mostra che un'intensità maggiore dopo l'incubazione indica...

Fonte: Niu, Y. D., et al. Efficacia dei batteriofagi per il controllo biologico dei patogeni alimentari valutata mediante sistemi ad alta capacità. J. Vis. Exp. (2021)Questo video illustra un saggio basato su micropiastre per valutare l'attività litica di miscele di fagi contro colture batteriche di E.coli. Mette in evidenza come le variazioni della densità ottica rivelino la potenza dei fagi e la concentrazione necessaria per ottenere l'inibizione completa dei...

Fonte: Dembowski, J. A., Deluca, N. A. Purificazione del DNA virale per l'identificazione delle proteine virali e cellulari associate. J. Vis. Exp. (2017)Questo video dimostra l'infezione di cellule mammifere in fase stazionaria con HSV-1 (Herpes Simplex Virus-1), seguita dalla replicazione del genoma virale mediante la macchinaria di replicazione virale e dell'ospite. Un analogo nucleosidico sintetico viene incorporato nel DNA virale appena sintetizzato per etichettare i genomi in...

Fonte: Hiller, T. et. al. Studio di Vettori Virali in un Modello Tridimensionale di Fegato Ripopolato con la Linea Cellulare di Carcinoma Epatocellulare Umano HepG2. J. Vis. Exp. (2016)Questo video dimostra la colorazione immunohistochimica per valutare il trasferimento genico virale in un modello di fegato di ratto ricellularizzato. L'espressione del gene reporter, confermata mediante rilevamento con anticorpi e co-localizzazione con la colorazione nucleare, indica un'avvenuta trasduzione...

Fonte: Bou Khalil, J. Y., et al. Una strategia rapida per l'isolamento di nuovi Faustovirus da campioni ambientali utilizzando Vermamoeba vermiformis. J. Vis. Exp. (2016).Questo video illustra l'analisi di particelle di faustovirus provenienti da una coltura di amebe infette mediante microscopia elettronica a trasmissione. Vengono descritti la preparazione della griglia, la colorazione negativa con molibdato di ammonio per migliorare il contrasto e la visualizzazione del virus al microscopio.

Fonte: Vallery, T. K. & Steitz, J. A. Ibridazione fluorescente in situ quantitativa (FISH) e immunofluorescenza (IF) di prodotti genici specifici in cellule infette da KSHV. J. Vis. Exp. (2019)In questo video viene dimostrata l'ibridazione fluorescente in situ per visualizzare l'RNA virale in cellule infette da virus. Vengono illustrati i passaggi relativi all'ibridazione della sonda, all'amplificazione del segnale e all'analisi mediante microscopia confocale.

Fonte: Rghei, A. D., et al. Produzione di vettori virali adeno-associati in coltura su stack cellulari per studi preclinici in modelli animali di grandi dimensioni. J. Vis. Exp. (2021)Il video dimostra la purificazione di vettori virali adeno-associati ricombinanti (AAV) da un lisato grezzo dell'ospite mediante una matrice di affinità a base di eparina. Le particelle virali si legano all'eparina immobilizzata, mentre le impurità vengono rimosse con lavaggi. Un tampone ad alto contenuto salino...

Source: Rustad, M., et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the synthesis of bacteriophages using a cell-free transcription–translation (TXTL) system. A master mix is prepared using a bacterial crude extract, an energy mix, an amino acid mix, an inhibitor for a DNA-degrading enzyme, and bacteriophage DNA, then incubated. The in vitro molecular machinery enables viral protein expression and DNA...

Source: Jamieson, T. R., et al. Detection of SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies using High-Throughput Fluorescent Imaging of Pseudovirus Infection. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the procedure for infecting mammalian cells with green fluorescent protein (GFP)-encoding pseudovirus, monitoring viral replication and spread by fluorescence microscopy, and collecting virus-containing supernatant for downstream applications.

Source: Yuan, M., et al. A Simple and Efficient Approach to Construct Mutant Vaccinia Virus Vectors. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the expansion of plaque-derived recombinant virus in adherent mammalian cells. The virus carries a fluorescent reporter in place of a virulent gene, enabling infection tracking. Infected cells are harvested for PCR verification of the genetic modification.

Source: Liu, P., et al. Use of a Recombinant Mosquito Densovirus As a Gene Delivery Vector for the Functional Analysis of Genes in Mosquito Larvae. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the process of isolating recombinant Aedes aegypti densovirus (rAaeDV) from infected mosquito-derived epithelial cells. The infected cells are collected and exposed to repeated freeze-thaw cycles for lysis. Lysate is centrifuged, and the supernatant containing viral particles is filtered, aliquoted, and...

Source: Philip, A. A., et al. Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the recovery of recombinant rotavirus by transfecting plasmids encoding viral genome segments into hamster kidney cells, followed by amplification in monkey epithelial cells, enabling studies of rotavirus biology, replication, and vaccine development.

Source: Prasad, M. et al. In Vitro Establishment of a Genetically Engineered Murine Head and Neck Cancer Cell Line using an Adeno-Associated Virus-Cas9 System. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in vitro transformation of murine epithelial cells through viral delivery of Cre recombinase and mutation-inducing components. It outlines the steps for Cas9 activation, cancer-gene modification, and the establishment of a tumorigenic murine cell line.

Source: Ehrke-Schulz, E., et al. Cloning and Large-Scale Production of High-Capacity Adenoviral Vectors Based on the Human Adenovirus Type 5. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the large-scale amplification of high-capacity adenoviral vectors in suspension-adapted human embryonic kidney cells expressing Cre recombinase for use in gene delivery applications requiring high-titer, helper-free vector preparations.

Fonte: Chang, X., et al. Preparazione di virus pseudo-tipizzati dell'influenza aviaria H5 mediante metodo di trasfezione con fosfato di calcio e misurazione dell'attività neutralizzante degli anticorpi. J. Vis. Exp. (2021)Questo video illustra la produzione di pseudovirus influenzali in cellule umane mediante trasfezione di plasmidi mediata da fosfato di calcio, consentendo la generazione sicura di particelle virali a ciclo singolo per applicazioni successive, come saggi di neutralizzazione...

Fonte: Nishitsuji, H., et al. Sviluppo di un sistema reporter per il virus dell'epatite B per monitorare le fasi iniziali del ciclo di replicazione. J. Vis. Exp. (2017)Questo video illustra la produzione e la purificazione di particelle ricombinanti del virus dell'epatite B, consentendo preparazioni virali sicure e prive di replicazione per lo studio degli eventi iniziali dell'infezione e per applicazioni di screening ad alto rendimento di farmaci antivirali.

Fonte: Liu, P., et al. Utilizzo di un Densovirus Ricombinante di Zanzara come Vettore di Consegna Genica per l'Analisi Funzionale di Geni nelle Larve di Zanzara. J. Vis. Exp. (2017)Questo video illustra l'uso di densovirus ricombinanti di zanzara che codificano per microRNA al fine di silenziare geni specifici nelle larve di zanzara. Le larve infette nel primo stadio producono microRNA funzionali che sopprimono l'espressione del gene bersaglio per studi successivi.

Fonte: Eggers, C. H. Manipolazione genetica mediata da fagi del batterio a spirale Borrelia burgdorferi, agente della malattia di Lyme. J. Vis. Exp. (2022).Questo video illustra la trasduzione di spirochete Borrelia geneticamente modificate mediante batteriofagi non infettivi, precipitati con polietilene glicole, che trasportano un plasmide di resistenza alla kanamicina. Dopo l'incubazione con i batteri, la coltura viene seminata su un mezzo supplementato con antibiotico. Solo le cellule che...

Fonte: Van Lidth de Jeude, J. F., et al. Protocollo per la trasduzione lentivirale e l'analisi successiva di organoidi intestinali. J. Vis. Exp. (2015)Questo video descrive la trasduzione lentivirale di organoidi intestinali di topo a partire da una struttura simile a un cripto che contiene una sospensione. Utilizzando una matrice della membrana basale come impalcatura e mezzi supplementati con fattori di crescita, vengono introdotti vettori lentivirali per consentire l'integrazione stabile del...

Fonte: Chen, H., et al.. Imaging in tempo reale di cellule vive del TGF-β/Attivazione della via di segnalazione di Smad3 in vitro e in vivo mediante un sistema di reporter virale ad adenovirus. J. Vis. Exp. (2018).Questo video illustra un metodo per studiare l'attivazione della via di segnalazione SMAD in cellule tumorali del seno mediante infezione doppia con adenovirus. Un virus trasporta un gene GFP costitutivamente espresso, mentre l'altro contiene un reporter RFP sotto un promotore...

Fonte: Meister, T. L., et al. Un Modello di Coltura Cellulare per la Produzione di Ceppi di Virus dell'Epatite E ad Alto Titolo. J. Vis. Exp. (2020).Questo video illustra il processo di isolamento delle particelle del virus dell'epatite E (HEV) da cellule di carcinoma epatocellulare umano trasfettate. Le particelle virali extracellulari vengono raccolte dai soprannatanti filtrati, mentre le particelle intracellulari vengono rilasciate sottoponendo le cellule a cicli ripetuti di...

Fonte: Rim, Y. A., et al. Generazione di cellule staminali pluripotenti indotte da cellule del sangue utilizzando il virus di Sendai e la centrifugazione. J. Vis. Exp. (2016).Questo video illustra la generazione di cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) da cellule mononucleate del sangue periferico umano mediante riprogrammazione mediata da virus di Sendai. I fattori di trascrizione virali attivano le reti di pluripotenza e sopprimono i geni di linea, consentendo a un sottoinsieme di...

Fonte: Ehrke-Schulz, E., et al. Clonaggio e produzione su larga scala di vettori adenovirali ad alta capacità basati sul tipo 5 di adenovirus umano. J. Vis. Exp. (2016)Questo video illustra la purificazione di vettori adenovirali ad alta capacità mediante ultracentrifugazione in gradiente di cloruro di cesio, consentendo la separazione di virioni contenenti il genoma per applicazioni nel trasferimento genico, nella caratterizzazione dei vettori e negli studi terapeutici...

Fonte: Lu, A., et al. Espressione virale di transgeni nei cuori di roditori e valutazione del rischio di aritmia cardiaca. J. Vis. Exp. (2022)Il video dimostra un metodo per l'iniezione intramiocardica guidata da ultrasuoni di un vettore virale ricombinante in un modello murino. Questa tecnica consente un'efficace somministrazione mirata di geni al cuore per lo studio degli effetti dell'espressione del transgene sulla funzione cardiaca.

Fonte: Hiller, T., et al. Studio di vettori virali in un modello tridimensionale di fegato ripopolato con la linea cellulare di carcinoma epatocellulare umano HepG2. J. Vis. Exp., (2016)Questo video dimostra la consegna genica mediata da virus adeno-associati in un impalcatura di fegato di ratto umanizzato. Il vettore trasferisce un transgene che codifica per un reporter fluorescente e un RNA di silenziamento genico nelle cellule epatiche mediante endocitosi mediata da recettore. Questo modello...

Fonte: Kubala, M. H. & DeClerck, Y. A. Silenziamento Condizionale dell'Espressione Genica in Linee Cellulari Tumorali per lo Studio del Reclutamento di Monociti/Macrofagi nel Microambiente Tumorale. J. Vis. Exp. (2017)Questo video illustra la generazione di linee cellulari tumorali con silenziamento genico indotto mediante un sistema lentivirale con shRNA inducibile da Tet. Vengono descritti i passaggi per la trasduzione virale, la selezione antibiotica e il silenziamento genico indotto da...

Fonte: Ding, J., et al. Preparazione di rAAV9 per sovraesprimere o silenziare geni nei cuori di topo. J. Vis. Exp. (2016)Questo video illustra la produzione di particelle virali ricombinanti di adeno-associated virus mediante trasfezione di plasmidi in cellule di mammifero. Mette in evidenza l'espressione coordinata delle proteine Rep, Cap e delle proteine ausiliarie che guidano la replicazione del genoma virale e l'assemblaggio del capside all'interno del nucleo.

Fonte: McAllister, S. C., Hanson, R. S., et al. Un modello in vitro per lo studio della trasformazione cellulare da parte del virus dell'herpes del sarcoma di Kaposi. J. Vis. Exp.(2017)Questo video dimostra la trasduzione retrovirale di cellule endoteliali primarie con gli oncogeni HPV16 E6/E7. Gli oncogeni integrati inattivano i soppressori tumorali p53 e Rb, prolungando la durata della vita cellulare. La selezione con G418 arricchisce le cellule trasdotte, producendo colture endoteliali...

Fonte: Koza, P., et al. Generazione di Ratti Transgenici mediante un Approccio con Vettore Lentivirale. J. Vis. Exp. (2020)Questo video illustra la somministrazione assistita da microiniezione di vettori lentivirali in embrioni di ratto fecondati, al fine di ottenere un'integrazione stabile del transgene per la generazione di ratti transgenici.

Source: Chang, X., et al. Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates a luciferase-based pseudovirus titration assay to determine the optimal target cell density for maximum infection. By comparing luminescence across cell densities, the method ensures high assay sensitivity and reproducibility for downstream applications.

Source: Chang, X., et al. Preparation of Pseudo-Typed H5 Avian Influenza Viruses with Calcium Phosphate Transfection Method and Measurement of Antibody Neutralizing Activity. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates a luciferase-based assay to quantify pseudovirus infection in epithelial cells. The pseudovirus encodes the luciferase gene, which is expressed in infected cells. After washing, and cells are incubated with lysis buffer at an ultra-low temperature, and then thawed to induce lysis.

Source: Klaus, J. P. et al. Highly Sensitive Assay for Measurement of Arenavirus-cell Attachment. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the extraction of viral RNA from surface-bound virions on epithelial cells using silica spin columns. The method includes chemical lysis, RNA stabilization, and membrane-based purification for downstream quantification of virus-cell attachment.

Source: Ren, S., et al. A Protocol for Analyzing Hepatitis C Virus Replication. J. Vis. Exp. (2014).This video demonstrates the procedure for quantifying Hepatitis C viral RNA using quantitative reverse transcription PCR to measure viral load in infected cell cultures.

Source: Kadoya, S., Sano, D. Assays for the Specific Growth Rate and Cell-binding Ability of Rotavirus. J. Vis. Exp. (2019).This video demonstrates the use of a plaque assay to assess the rotavirus growth curve. The method involves infecting host cells with diluted virus, overlaying with agarose to restrict spread, and staining to visualize plaques formed by viral replication. By counting plaque-forming units at defined time points, the resulting growth curve reveals the lag, exponential, and...

Source: Fout, G. S., Cashdollar, J. L. EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the use of a total culturable virus assay to quantify infectious viruses in water samples. It outlines host cell inoculation, observation of cytopathic effect, and statistical quantification of infectious virus concentration.

Source: Scarborough, R. J., et al. Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates a reverse transcriptase (RT) assay to assess the effect of a test RNA on virus-like particle (VLP) production. Cells are co-transfected with plasmids, and RT activity is measured as a quantitative indicator of VLP output. A decrease in RT activity reflects suppression of viral gene expression by the test RNA.

Source: Manocheewa, S., et al. Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses. J. Vis. Exp. (2015)The video demonstrates the procedure for a growth competition assay to measure the relative replication fitness of two viral strains by comparing their replication in human immune cells.

Fonte: Vijayraghavan, S., et al. Protocollo per la Produzione di Vettori Lentivirali Privi di Integrase per l'Inattivazione Genica Mediata da CRISPR/Cas9 in Cellule in Divisione. J. Vis. Exp. (2017).Questo video illustra l'uso di un'ELISA per p24 per stimare i titoli virali di vettori lentivirali. Il saggio prevede la lisi delle particelle virali per liberare la p24, il suo isolamento mediante anticorpi specifici e la sua rivelazione tramite un sistema legato alla perossidasi che produce un...

Fonte: Krishnamurthi, R., et al. Comprensione dell'Impatto dei Bacteriofagi Temperati sui Loro Lisogeni tramite Trascrittomica. J. Vis. Exp. (2024).Questo video illustra l'enumerazione temporale dell'induzione spontanea di fagi in Pseudomonas aeruginosa lisogenica, quantificando nel tempo le cellule batteriche vitali (UFC) e le particelle fagiche infettive (UPF). Campionando a intervalli definiti durante la crescita e analizzando sia la formazione di colonie che quella di placche, il metodo...

Source: Frias-De-Diego and A., Crisci, E. Use of Crystal Violet to Improve Visual Cytopathic Effect-based Reading for Viral Titration using TCID50 Assays. J. Vis. Exp., (2022)This video demonstrates a crystal violet staining method to visualize cytopathic effects in virus-infected cell cultures. The pattern of stained and unstained wells across serial dilutions enables rapid, cost-effective estimation of the viral infectious dose.