Name: Kantitatif Transkriptom analizinde kullanım için tohumlar yüksek oranda saf RNAnın izolasyonu için etkili bir yöntem (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-01-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 31 s
Description: Öğrenin, bitki tohumlarından yüksek saflıkta RNA izolasyonu için spin kolon tabanlı yöntemi kullanarak gen ekspresyonu analizini. Bu teknik yağ, protein ve polifenol içeren örneklerde etkilidir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Biz İşlevsel Genomik Tesisi ve spektrografisi ve Biyogörüntüleme Tesisi, NIBB Çekirdek Araştırma Hizmetleri ve Model Bitki Araştırma Tesisi, NIBB Bıoresource Merkezi&#39;nin çalışanlarına teşekkür ederiz.

Bitki tohumları toplam RNA&#39;nın 1. Ekstraksiyon <ol><li> tampon setleri, spin sütunları, 1.5 ve 2.0 ml polipropilen tüpler ve nükleaz içermeyen 1.5 mL polipropilen tüpleri hazırlayın. </li><li> (Ağırlık / hacim) (bundan sonra PVP olarak anılacaktır) moleküler biyoloji sınıf polivinilpirolidon kuvvetli RNA ekstraksiyonu ve vorteks için lizis tamponu hücre% 1 ekleyin. tamamen çözülmesi, 25 ° C&#39;de 20 dakika süreyle inkübe edin. 20 dakika inkübasyondan sonra, kabarcıkların oluşumunu önlemek için ters tüp çevirerek hafifçe tampon karıştırın. Kullanmadan önce oda sıcaklığında (15-25 ° C) muhafaza ediniz. </li><li> Buz üzerinde 1.5 ml polipropilen tüpleri içinde Arabidopsis thaliana bitkileri ve yerden hasat meyveleri. alüminyum plakalar üzerine yerleştirin meyve 4 ° C&#39;de muhafaza ve stereo mikroskop altında meyve tohumlarını izole. <ol><li> Sıvı n tüpleri hemen buz üzerine bir alüminyum rafın saklanan 1.5 ml polipropilen tüplere izole tohumları (yaklaşık olarak 200 tohum) yerleştirin veitrogen. </li></ol></li><li> sıvı azot tüpleri çıkarın ve buz üzerinde alüminyum raf onları geri. 4 ° C&#39;de 1000 x g&#39;de 1% 1 dakika için PVP ve santrifüj ihtiva eden tampon 100 ul ekle. </li><li> Buz üzerinde, alüminyum rafın tüp tutulurken 60 saniye için bir motor-öğütücü kullanılarak paslanmaz çelik bir havan tokmağı ile homojenize örnek. </li><li> % 1 PVP içeren tampon 550 mcL ters tüp çevirerek tampon hafifçe karıştırın ve 25 ° C&#39;de 10 dakika inkübe edilir. </li><li> 5 25 ° C&#39;de 8000 x g&#39;de dakika ve yeni bir 1.5 ml polipropilen tüpe Süpernatant 550 uL santrifüjleyin. </li><li> 5 25 ° C&#39;de 10,000 x g&#39;de dakika ve yeni bir 1.5 ml polipropilen tüpe Süpernatant 450 uL santrifüjleyin. </li><li> RNA ekstraksiyonu için hücre lizatı gibi süpernatant kullanın. Bundan sonra, piyasada mevcut olan kit üreticinin talimatlarında açıklanan prosedürü uygulayın. </li><li> ZehirRNA, düşük seviyede transkriptlerinin ekspresyonu kontrolü için RNA yeterince yüksek bir konsantrasyonunu sağlamak için elüsyon tamponunun minimum hacim kullanılarak gerçekleştirilmiştir. kullanılıncaya kadar derin dondurucuda RNA saklayın. </li></ol> RNA Kalite 2. Doğrulama <ol><li> Toplam RNA çözülme nazik dokunarak karıştırın ve buz üzerinde bir alüminyum rafa tüp yerleştirin. </li><li> Bir microvolume spektrofotometre kullanılarak RNA konsantrasyonu, A260 / A280 oranı ve A260 / A230 oranı ölçün. </li><li> 70 ng / ml bir son konsantrasyona kadar, RNaz içermeyen su içinde toplam RNA seyreltilir. </li></ol> Tohumlar toplam RNA&#39;nın 3. Ters Transkripsiyon <ol><li> ticari kit toplam RNA ve tampon setleri çözülme. nazik dokunarak sonra buz üzerinde kiti enzimleri tutun. nükleaz içermeyen 0.2 ml polipropilen tüpleri hazırlayın. </li><li> 0.2 mL Polipropilen 5 toplam RNA uL, 1 uL Oligo dT primeri (50 uM) ve 1 Random uM 6-mer (50 uM) ilavebuz üzerinde lene tüp. </li><li> 37 ° C &#39;de 15 dakika boyunca inkübe ve buz üzerine yerleştirin. </li><li> Bundan sonra, ters transkripsiyon-PCR kiti üreticinin talimatlarında açıklanan prosedürü uygulayın. </li><li> Kullanmadan önce buz üzerinde ters transkripsiyon ürünlerini yerleştirin. </li></ol> 4. Kantitatif Real-time PCR Analizi <ol><li> üreticinin protokolünü kullanarak, hedef gen dizilerini barındıran plasmidleri oluşturun. </li><li> standart eğrileri için DNA şablonları 100-500,000 kopya / uJ&#39;ye konsantrasyonları ayarlayın. </li><li> damıtılmış suyla: cDNA çözümleri (100 1) seyreltin. </li><li> 2 seyreltilmiş cDNA çözümleri uL ve kantitatif real-time PCR kiti master karışımı standart eğriler için plazmidler ekleyin. </li><li> 30 sn için 95 ° C ve daha sonra 5 saniye boyunca 95 ° C &#39;de 40 döngü 35 sn için 60 ° C: Aşağıdaki bisiklet koşulları kullanılarak gerçek zamanlı PCR ayarlayın. </li><li> adama göre kopya sayısını analizGerçek zamanlı PCR sistemi olarak üreticinin talimatları. </li></ol>

<ol><li>Hills, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+storage-product+synthesis+in+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Control of storage-product synthesis in seeds.</a> Curr Opin Plant Biol. 7 (3), 302-308 (2004).</li>
<li>Li-Beisson, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acyl-lipid+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Arabidopsis+Book%22%5BJournal%5D)">Acyl-lipid metabolism.</a> Arabidopsis Book. 11, e0161(2013).</li>
<li>Bates, P. D., Stymne, S., Ohlrogge, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemical+pathways+in+seed+oil+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Biochemical pathways in seed oil synthesis.</a> Curr Opin Plant Biol. 16 (3), 358-364 (2013).</li>
<li>Santos-Mendoza, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+gene+regulatory+networks+that+control+seed+development+and+maturation+in+Arabidopsis%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">Deciphering gene regulatory networks that control seed development and maturation in Arabidopsis.</a> Plant J. 54 (4), 608-620 (2008).</li>
<li>Durrett, T. P., Benning, C., Ohlrogge, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+triacylglycerols+as+feedstocks+for+the+production+of+biofuels%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">Plant triacylglycerols as feedstocks for the production of biofuels.</a> Plant J. 54 (4), 593-607 (2008).</li>
<li>Kanai, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Plastidic+DEAD-box+RNA+helicase+22%2C+HS3%2C+is+essential+for+plastid+functions+both+in+seed+development+and+in+seedling+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">The Plastidic DEAD-box RNA helicase 22, HS3, is essential for plastid functions both in seed development and in seedling growth.</a> Plant Cell Physiol. 54 (9), 1431-1440 (2013).</li>
<li>Kanai, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extension+of+oil+biosynthesis+during+the+mid-phase+of+seed+development+enhances+oil+content+in+Arabidopsis+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Extension of oil biosynthesis during the mid-phase of seed development enhances oil content in Arabidopsis seeds.</a> Plant Biotechnol J. 14 (5), 1241-1250 (2016).</li>
<li>Dekkers, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+reference+genes+for+RT-qPCR+expression+analysis+in+Arabidopsis+and+tomato+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Identification of reference genes for RT-qPCR expression analysis in Arabidopsis and tomato seeds.</a> Plant Cell Physiol. 53 (1), 28-37 (2012).</li>
<li>Salzman, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+RNA+isolation+method+for+plant+tissues+containing+high+levels+of+phenolic+compounds+or+carbohydrates%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">An improved RNA isolation method for plant tissues containing high levels of phenolic compounds or carbohydrates.</a> Plant Mol Biol Rep. 17 (1), 11-17 (1999).</li>
<li>Vicient, C. M., Delseny, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+total+RNA+from+Arabidopsis+thaliana+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Isolation of total RNA from Arabidopsis thaliana seeds.</a> Anal Biochem. 268 (2), 412-413 (1999).</li>
<li>Wang, G. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+high+quality+RNA+from+cereal+seeds+containing+high+levels+of+starch%5BTitle%5D)+AND+%22Phytochem+Analysis%22%5BJournal%5D)">Isolation of high quality RNA from cereal seeds containing high levels of starch.</a> Phytochem Analysis. 23 (2), 159-163 (2012).</li>
<li>Birtic, S., Kranner, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+high-quality+RNA+from+polyphenol-%2C+polysaccharide-+and+lipid-rich+seeds%5BTitle%5D)+AND+%22Phytochem+Analysis%22%5BJournal%5D)">Isolation of high-quality RNA from polyphenol-, polysaccharide- and lipid-rich seeds.</a> Phytochem Analysis. 17 (3), 144-148 (2006).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Gen ekspresyon profilleri bitki fizyolojisinin anlayışımıza katkıda; Bu nedenle, belirli bir RNA izolasyon yöntemleri her bir örnek durum 9-12 geliştirilmiştir. Tohumları RNA izolasyonu sırasında inhibe ve RNA silika membranlanna bağlanan ölçüde inhibe olduğu bulundu işlemleri incelenmiştir. Yağ, proteinler ve polifenoller büyük miktarlarda RNA izolasyonu inhibe eder. Biz RNA silika membranların bağlanma işleminden önce bir parçalama solüsyonu ile bu bileşikleri kaldırmak için RNA ekstraksiyon işlemi güncelle...

Bitkiler nesil doğuran tohum üretmek. Tohumlar, post-germinatif büyüme yağlar, karbohidratlar ve proteinler gibi depolama rezervlerinin büyük miktarda birikir. İnsanlar gıda ve hayvan yemi kaynağı olarak tohum depolama rezervleri kullanmak ve böylece bitki tohumları dünya çapında yenilebilir organik maddenin önemli tedarikçilerinden biri vardır. tohum verimi artan bitki biliminde önemli bir sorundur. Tohum depolama rezervleri gıda ve endüstriyel malzemelerin ticari olarak değerli kaynaklar olduğundan, bu rezervlerin metabolizmasının düzenlenmesine altında yatan moleküler mekanizmalar yaygın 1-6 incelenmiştir. Bundan başka, bu mekanizmaların tanıtılması bitkileri tohum verimini artırmak için yararlı olacaktır. Tohumlar Döllenmeden sonra bitki yumurtalıklarda gelişir ve bunlar gelişim aşamaları 1,6,7 bir dizi olgun. Dahası, moleküler mekanizma yatan tohum gelişimini anlamak detaylı gerektirirTohum geliştirme bir dizi hassas gen ekspresyon profillerini üretilecek. Ancak, bitki tohumlarında yağlar, proteinler, karbohidratlar, ve polifenoller yüksek miktarlarda zor sentezlenmesinin hassas profil önleyen yüksek ölçüde saflaştırılmış RNA izole etmek istiyorum. Burada, sıvı yağlar, proteinler ve polifenoller büyük miktarlarda ihtiva eden yağlı tohumlardan RNA izolasyonu için etkili bir yöntem getirmektedir. Bu yöntemi kullanarak, araştırmacılar yüksek derecede arıtılmış RNA&#39;nın hazırlanması mümkün olacaktır. RNA geliştirilmesi ve olgun yağlı tohumlar tohum depo edilen metabolik kontrol düzenlenmesi önemli genlerin transkripsiyonel değişikliklerin izlenmesi için yararlı olacaktır.

<table><tbody><tr><td>RNeasy Plant Mini Kit</td><td>QIAGEN</td><td>74904</td><td></td></tr><tr><td>polivinilpirolidon</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P5288-100G</td><td></td></tr><tr><td>HOMOJENIZATÖR S-303</td><td>TEK OLARAK</td><td>1-1133-02</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop Lite</td><td>Thermo Scientific</td><td>ND-NDL-US-CAN</td><td></td></tr><tr><td>PrimeScript RT reaktif Kiti (Mükemmel Gerçek Zamanlı)</td><td>TAKARA</td><td>RR037A</td><td></td></tr><tr><td>KAPA SYBR Hızlı qPCR kiti</td><td>Kapa biosystems</td><td>KK4601</td><td></td></tr></tbody></table>

kantitatif transkriptom analizinde kullanım için tohumlar yüksek oranda saf rna&#39;nın izolasyonu için etkili bir yöntem

An Efficient Method for the Isolation of Highly Purified RNA from Seeds for Use in Quantitative Transcriptome Analysis

Bitki tohumları, biyolojik olarak parçalanabilen organik madde içeren büyük miktarda depolama rezervi biriktirir. İnsanlar, gıda ve endüstriyel malzemeler için tohum depolama rezervlerine güvenirler. Gen ekspresyon profilleri, bitki hücrelerinde metabolik düzenlemeyi araştırmak için güçlü araçlardır. Bu nedenle, mahsul ıslahı için tohum gelişimi sırasında ayrıntılı, doğru gen ekspresyon profilleri gereklidir. Bu profillerin üretilmesi için yüksek oranda saflaştırılmış RNA elde etmek çok önemlidir. Tohumlardan yüksek oranda saflaştırılmış RNA'yı izole etmek için verimli yöntemlere ihtiyaç vardır. Burada, yüksek saflıkta RNA izolasyonu üzerinde inhibitör etkileri olan büyük miktarlarda yağ, protein ve polifenol içeren tohumlardan RNA'yı izole etmek için bir yöntem açıklıyoruz. Yöntemimiz, fenol, kloroform veya RNA saflaştırması için ek işlemler kullanılmadan tohumlardan yüksek oranda saflaştırılmış RNA elde edilmesini sağlar. Bu yöntem Arabidopsis, kolza tohumu ve soya fasulyesi tohumları için geçerlidir. Yöntemimiz, gelişmekte olan ve olgunlaşmış tohumlarda düşük seviyeli transkriptlerin ifade kalıplarını izlemek için faydalı olacaktır.

Biz ilk Arabidopsis olgun tohum kullanılarak PVP optimal konsantrasyonunu araştırdık. Toplam RNA,% 0,% 0.25,% 0.5,% 1.0 veya% 2.0 PVP içeren hücre parçalama tamponu kullanılarak, yukarıda tarif edilen protokole göre yaklaşık 1.000 tohumlardan izole edildi. Yağ tabakası ve tohum artıkları (Şekil 1A) kaçınarak homojenizasyon ve santrifüj sonrasında üst faz toplanmıştır. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp...

Yüksek saflıkta RNA izolasyonu üzerinde inhibitör etkileri olan büyük miktarlarda yağ, protein ve polifenol içeren bitki tohumlarından RNA izolasyonu için bir yöntem oluşturmayı başardık. Yöntemimiz, tohumlarda düşük seviyeli transkriptlere sahip genlerin ekspresyonunu izlemek için uygundur.

Kantitatif Transkriptom analizinde kullanım için tohumlar yüksek oranda saf RNA&#39;nın izolasyonu için etkili bir yöntem

Plant seeds accumulate large amounts of storage reserves comprising biodegradable organic matter. Humans rely on seed storage reserves for food and as ...

Bu prosedürün genel amacı, bitki tohumlarından yüksek saflıkta RNA çıkarmaktır. Bu yöntem, tohumlardaki orijinal transkriptleri içeren gen profillerini anlamak gibi tahıl biyolojisi alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin ana avantajı, araştırmacıların spin sütunu tabanlı yöntemde hafif bir değişiklikle yüksek saflaştırılmış RNA hazırlayabilmeleridir.Genel olarak, bu yönteme yeni olan bireyler mücadele edecektir çünkü ön elekteki yüksek miktarda yağ, protein, karbonhidrat ve polifenol, yüksek oranda saflaştırılmış RNA'nın izole edilmesini zorlaştırır; Prosedürü gösteren, laboratuvarımızdan bir teknisyen olan Kazumi Hikino olacak. Deneye başlamak için, RNA ekstraksiyonu için hücre lizis tamponuna hacim başına yüzde bir ağırlık moleküler biyoloji sınıfı PVP ekleyin ve karışımı kuvvetlice girdaplayın. PVP'yi tamamen çözmek için 25 santigrat derecede 20 dakika inkübe edin.20 dakikalık inkübasyondan sonra, kabarcıkların oluşmasını önlemek için tüpü ters çevirerek tamponu hafifçe karıştırın. Arabidopsis thaliana bitkilerinden meyveleri hasat edin ve bunları buz üzerinde iki adet 1,5 milimetrelik polipropilen tüpe koyun, ardından meyveleri dört santigrat derecede tutulan alüminyum plakalara yerleştirin ve meyvelerden tohumları stereo mikroskop altında izole edin. Daha sonra, yaklaşık 200 izole edilmiş tohumu, daha önce buz üzerinde bir alüminyum rafta saklanan 1,5 mililitrelik polipropilen tüplere yerleştirin ve tüpleri hemen sıvı nitrojen içine yerleştirin.Tüpleri sıvı nitrojenden çıkarın ve buz üzerindeki alüminyum rafa geri koyun. Her tüpe yüzde bir PVP tamponundan 100 mikrolitre ekleyin ve tüpleri dört santigrat derecede 1000 kez G'de bir dakika santrifüjleyin. Santrifüjlemeden sonra, tüpü alüminyum rafta buz üzerinde tutarken 60 saniye boyunca bir motor öğütücü kullanarak numuneyi paslanmaz çelik bir havaneli ile homojenize edin; daha sonra, 550 mikrolitre %100 PVP tamponu ekleyin ve tüpü karıştırmak ve inkübe etmek için tüpü yavaşça ters çevirin.İnkübasyondan sonra, çözeltiyi santrifüjleyin, ardından 550 mikrolitre süpernatanı yeni bir 1.5 milimetre polipropilen tüpe aktarın ve süpernatanı santrifüjleyin. 450 mikrolitre süpernatanı yeni bir 1.5 milimetre polipropilen tüpe aktarın. Süpernatanı, ticari olarak temin edilebilen bir kit kullanarak RNA ekstraksiyonu için hücre lizatı olarak kullanın.Buz üzerinde bir alüminyum raf hazırlayın ve toplam RNA karışımını hafifçe vurarak çözün, ardından tüpü rafa yerleştirin. Bir mikrohacim spektrofotometresi kullanarak RNA konsantrasyonunu ölçün. Daha sonra toplam RNA'yı RNaz içermeyen suda seyreltin.Ticari kitten toplam RNA ve tampon setlerini çözün, kitteki enzimleri hafifçe vurduktan sonra buz üzerinde tutun. Sonraki analizler için sterilize edilmiş nükleaz içermeyen 0.2 mililitre polipropilen tüpler hazırlayın. Buz üzerinde, 0.2 mililitrelik polipropilen tüpte beş mikrolitre toplam RNA, bir mikrolitre veya 50 mikromolar oligo DT primer ve bir mikrolitre veya 50 mikromolar rastgele altı-mer'i birleştirin.Karışımı 37 santigrat derecede 15 dakika inkübe edin, ardından tüpü buzun üzerine yerleştirin. Standart eğriler için DNA şablonları için plazmit konsantrasyonlarını ayarlayın. Daha sonra, CDNA çözeltilerini damıtılmış su ile bir ila 100 arasında seyreltin, daha sonra seyreltilmiş CDNA çözeltilerinden iki mikrolitre ve standart eğriler için önceden hazırlanmış plazmitleri kantitatif gerçek zamanlı PCR kitinden ana karışıma ekleyin.Son olarak, gerçek zamanlı PCR'yi ayarlayın ve örnekleri yerleştirin. Toplam RNA, değişen konsantrasyonlarda hücre lizis tamponu, PVP kullanılarak yaklaşık 1.000 tohumdan izole edildi. İzole edilen RNA'ların miktarları ve saflığı, tohumlardan büyük miktarlarda saflaştırılmış RNA'yı izole etmek için %1.0PVP'nin en etkili konsantrasyon olduğunu göstermektedir.200 tohumdan izole edilen RNA'nın konsantrasyonları, A260 ve A280 oranları ve A260 A230 oranları, bu yöntemin çiçeklenmeden sekiz ila 12 gün sonra veya DAF tohumlarından yüksek oranda saflaştırılmış RNA'yı izole etmede en iyi olduğunu gösterdi. Gelişmekte olan tohumlarda buruşuk ve şekere bağımlı bir transkript miktarları nispeten düşük olmasına rağmen, gerçek zamanlı PCR ile farklı gelişim aşamalarında tohumlar arasındaki ifade değişikliklerini tespit etmek mümkün olmuştur; Bu yöntem, bu tabloda gösterildiği gibi diğer yağlı tohumlar için de uygundur. Geliştirilmesinden sonra, bu teknik, bitki biyolojisi alanındaki araştırmacıların, tohumlar ve meyveler gibi depolanmış rezervlerin yüksek konsantrasyonunda gen ekspresyon profillerini keşfetmelerinin yolunu açtı.

an-efficient-method-for-isolation-highly-purified-rna-from-seeds-for

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Biz gelen geliştirmenin erken aşamalarında embriyo izole için etkili ve basit bir yöntem...

Erken evre Embriyolar verimli ve hızlı İzolasyon<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Tohumlar

Bu protokol, insan serumundan küçük RNA'ların ekstre edilmesi için bir yöntem tarif eder. Biz DNA dizileri kullanmak için kanser serumdan microRNA izole ve aynı zamanda singleplex kantitatif PCR için bu yöntemi kullandık. Protokol yüksek kalitede RNA elde edildi modifikasyonlarla fenol ve guanidinyum tiosiyanat reaktifler kullanır.

Insan serumundan küçük kodlayıcı olmayan RNA&#39;lar izolasyonu

Bu el yazması, ökaryotik hücrelerde oluşan seçilmiş akraba RNP'leri spesifik bir oligonükleotid yönelimli zenginleştirme yoluyla izole etmek için bir yaklaşımı açıklar. Bu yaklaşımın uygulanabilirliğini, DHX9/RNA helikaz A'dan oluşan retroviral 5' çevrilmemiş bölgeye bağlı bir akraba RNP'yi izole ederek gösteriyoruz.

Oligonükleotid yönelik elüsyon kullanılarak Hücreler Aynı Kökenli RNA-protein kompleksleri izolasyonu

RNA-protein etkileşimleri birçok hücresel sürecin merkezinde yer alır. Burada, spesifik RNA'yı izole etmek ve onunla ilişkili yeni proteinleri tanımlamak için in vivo bir yöntemi açıklıyoruz. Bu, RNA'ların hücrede nasıl düzenlendiğine yeni bir ışık tutabilir.

Rapid Metodoloji tarafından Roman RNA Bağlayıcı Proteinler İzolasyon

Endogenously kurulan mRNA-protein kompleksleri kurtarılması için bir tandem RNA izolasyon yordam (seyahat) açıklanmıştır. Özellikle, çapraz vivo içindeRNA-protein kompleksleri vardır, poliadenile RNA'ların özleri ile oligo(dT) boncuk etkilenmezsiniz ve belirli mRNA'ların değiştirilmiş RNA antianlamlı oligonucleotides ile yakalanır. MRNA'ların için bağlı proteinler immunoblot analizi ile tespit edilir.

Ökaryotik mRNA-Protein kompleksleri kurtarmak için bir Tandem oligonükleotid tabanlı RNA izolasyon yordamı

Tahılların transkripsiyon profilini çıkarmak için bir yöntem sunulmaktadır. Mikrodizi tabanlı gen ekspresyonu profilleme tahıl tanelerinden yüksek kaliteli toplam RNA izolasyon ile başlar ve cDNA üretimi ile devam eder. cRNA etiketleme ve mikrodizi hibridizasyonundan sonra sinyal tespiti ve kalite kontrolü için öneriler verilmiştir.

Gen Ekspresyonu Profilleme için Modifiye Yöntemi ile Tahıl Tohumlarından Yüksek Kaliteli Transkripsiyon Verilerinin Elde Edilmesi

Bu protokol, NuTRAP fare modelini kullanarak hücre tipine özgü çeviri ribozomal mRNA'ları izole etmeyi amaçlamaktadır.

Hücre Tipine Özgü RNA'ları, Hücre Sıralama Olmadan Dondurulmuş Heterojen Doku Örneklerinden İzole Edin

Bu protokol, bozulmamış soya fasulyesi nodüllerinden ökaryotik polizom saflaştırma için bir yöntemi açıklar. Dizilemeden sonra, transkriptom ve translatom seviyelerinde diferansiyel olarak eksprese edilen genleri tanımlamak için gen ekspresyon analizi için standart boru hatları kullanılabilir.

Soya Fasulyesi Simbiyotik Nodüllerinden Polizom Saflaştırma

Arabidopsis bitkilerinin yaprak yüzeyinden ve apoplastından hücre dışı RNA'yı izole etmek için basit ama oldukça tekrarlanabilir bir yöntem tarif ediyoruz.

Arabidopsis rozetleri kullanılarak yaprak yüzeyi ve apoplastik RNA'nın izolasyonu ve analizi için aşamalı bir kılavuz

Bu protokol, sınırlı biyoinformatik deneyimine sahip ıslak laboratuvar biyologları için RNA-seq deneyleri için ilk kalite kontrolüne izin verir.

Rup (RNA-seq Kullanılabilirlik Değerlendirme Hattı) - Ökaryotlarda Toplu RNA-seq Deneyleri için Kalite Kontrol

Öğrenin, bitki tohumlarından yüksek saflıkta RNA izolasyonu için spin kolon tabanlı yöntemi kullanarak gen ekspresyonu analizini. Bu teknik yağ, protein ve polifenol içeren örneklerde etkilidir.

Kantitatif Transkriptom analizinde kullanım için tohumlar yüksek oranda saf RNA'nın izolasyonu için etkili bir yöntem

Daha fazla video keşfet