Name: Monitoraggio in Situ di gruppi di chaperone molecolari formati in farmaci, lieviti e cellule umane (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-09-02T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 s
Description: Scopri il monitoraggio in situ di complessi chaperone transitori tra proteine J-domain e Hsp70 in batteri, lieviti e cellule umane mediante proximity ligation assay. Questo metodo rivela dinamiche e localizzazione subcellulare.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

NBN è supportato da uno speciale sussidio di reclutamento della Facoltà di Medicina della Monash University infermieristica e scienze della salute con il finanziamento del governo statale di Victoria e del governo australiano. Ringraziamo Bernd Bukau (Università di Heidelberg, Germania) e Harm H. Kampinga (Dipartimento di Scienze Biomediche delle Cellule & Sistemi, Università di Groningen, Paesi Bassi) per il loro inestimabile sostegno e condivisione di reagenti, Holger Lorenz Imaging Facility, Università di Heidelberg, Germania) per il suo sostegno con microscopia confocale ed elaborazione delle immagini, e Claire Hirst (ARMI, Monash University, Australia) per la lettura critica del manoscritto.

1. Preparazione della cella HeLa
<ol><li>Preparare i seguenti materiali: PBS (137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4), pH 7.4; DMEM, integrato con 10% FCS e 1% Pen-Strep; 4% paraformaldeide in PBS; 0,5% Triton-X100 in PBS; TBS-T (150 mM NaCl, 20 mM Tris, 0,05% Tween), pH 7,4; 0.0001% sterile soluzione poli-L-Lysina; 10 vetrini diagnostici; una camera umida; carta velina; e Coplin striature di diapositive. NOT:</</c4> Per garantire un'efficienza ottimale della fissazione, le soluzioni di paraformaldeia devono essere preparate fresche prima di ogni esperimento.</li>
	<li>Preparare una camera umida coprendo il fondo di una scatola chiusa con tessuti umidi. Posizionare la camera umida a 37 gradi centigradi prima di iniziare l'esperimento, per garantire che la temperatura della camera sia a 37 gradi centigradi durante l'incubazione delle reazioni enzimatiche.</li>
	<li>Coltura cellule HeLa in flaconi T25, in 5 mL di DMEM (Alto glucosio, glutammato e sodio Pyruvate integrato) integrato con 10% FCS e 1% Pen-Strep, in un 37 C CO2 incubatore contenente 5% CO2. Dissociare le cellule aderenti utilizzando 0.05% Trypsin-EDTA. Dopo l'aggiunta di DMEM fresco alle cellule dissociate, contare le cellule utilizzando una camera di conteggio cellulare e crescere su diapositive diagnostiche all'interno di una camera umida.</li>
	<li>Sterilizzare i vetrini diagnostici per irradiazione UV in una cappa di coltura cellulare sterile per 30 min.</li>
	<li>Aggiungere 100 L di sterile filtrato 0,0001% poli-L-lysine ad ogni ben richiesto per l'esperimento. Incubare per 30 min. Lavare via l'eccesso di poli-L-lisina lavando ogni pozzo 3x con 50 acqua ultrapura.</li>
	<li>Prova a fare in modo che le cellule HeLa e aggiulsi circa 15.000 cellule a ogni pozzo. Se necessario, diluire le cellule ad almeno 30-50 luna di DMEM per pozzo.</li>
	<li>Coltivare le cellule in una camera umida all'interno di un'incubatrice di CO2 37 c 5% per circa 24 h. Le cellule devono essere 60%-80% confluente prima di iniziare il PLA. NOT:</</c8> Una confluenza troppo alta riduce l'assorbimento dei reagenti, diminuendo il segnale ottenuto alla fine del protocollo.</li>
	<li>Rimuovere il mezzo posizionando una carta velina sul bordo del pozzo. Lavare i pozzi 3x con 50 gradi l di PBS. NOT:</</c9> Le cellule sono soggette a stacco quando i liquidi vengono aggiunti duramente. Questo può essere evitato non lasciando asciugare completamente i pozzi prima di aggiungere nuovo liquido e aggiungendo il nuovo liquido delicatamente al bordo del pozzo.</li>
	<li>Fissare le cellule aggiungendo 50 -L di paraformaldeide appena preparata 4% in PBS ad ogni pozzo. Incubare per 10 min a temperatura ambiente.</li>
	<li>Lavare le vetrine 3x in PBS. Eseguire i fusti in un barattolo di macchie di diapositive Coplin contenente 100 mL di PBS. Per ogni lavaggio, incubare per 5 min a temperatura ambiente senza agitare.</li>
	<li>Permeabilizzare la membrana cellulare sommergendo i vetrini in 100 mL di 0,5% Triton-X100 in PBS in un barattolo di stridore Coplin. Incubare per 10 min a temperatura ambiente senza agitare.</li>
	<li>Lavare i vetrini 3x in TBS-T. Eseguire i fusti in un barattolo di macchie di diapositive Coplin contenente 100 mL di TBS-T. Per ogni lavaggio, incubare per 5 min a temperatura ambiente senza agitare.</li>
	<li>Dopo l'ultimo lavaggio, rimuovere il buffer in eccesso con una carta velina. A questo punto le celle sono pronte per il protocollo di analisi della ligazione di prossimità che verrà discusso nella sezione 4.</li>
</ol>2. S. cerevisiae Preparazione cellulare
<ol><li>Preparare i seguenti materiali: 100 mM KPO4, pH 6.5, denominato Wash Buffer; 37% formaldeide; 4% paraformaldeide in 100 mM KPO4, pH 6.5; 1,2 M sorbitolo in 100 mM KPO4, pH 6,5; soluzione di liticasi (500 g/mL di litio, 20 mM MM di mercaptoetanolo, 100 mM KPO4, pH 6,5); 0.0001% soluzione poli-L-Lysina; 1% Triton-X100 in 100 mM KPO4, pH 6,5; 10 vetrini diagnostici; una camera umida (preparata come nel passaggio 1.2); carta velina; e Coplin striature di diapositive. NOT:</</c5> Per garantire un'efficienza ottimale della fissazione, le soluzioni di paraformaldeia devono essere preparate fresche prima di ogni esperimento.</li>
	<li>Coltivare una coltura durante la notte in lievito non selettivo, Peptone e Dextrose (YPD) medio a 30 s durante agitazione. NOT:</</c6> A seconda dei requisiti sperimentali, le cellule S. cerevisiae possono invece essere coltivate nel mezzo Synthetic Complete (SC) medio o selettivo Synthetic Minimal (SM).</li>
	<li>Diluire la coltura stazionaria a un oD600 di 0,1 in mezzo a 20 mL. Far crescere le cellule a 30 gradi centigradi mentre si agita nokergo fino a raggiungere 0,5.</li>
	<li>Trasferire la coltura da 20 mL su un tubo di centrifuga di 50 mL. Pellet le cellule per centrifugazione a 665 x g per 3 min. Rimuovere il supernatante. Risospendere le cellule in 5 mL di mezzo fresco.</li>
	<li>Fissare le cellule aggiungendo 550 : L del 37% di formaldeide alla coltura. Incubare a temperatura ambiente per 15 min.</li>
	<li>Pellet le cellule per centrifugazione a 665 x g per 3 min. Rimuovere il supernatante. Risospendere il pellet in 1 mL di paraformaldeide appena preparata 4% in Wash Buffer. Incubare per 45 min a temperatura ambiente.</li>
	<li>Durante l'incubazione, preparare i vetrini diagnostici aggiungendo a ciascun pozzo 100 xL di 0,01% a soluzione poli-l-lisina. Incubare gli scivoli per 30 min a temperatura ambiente.</li>
	<li>Dopo 30 minuti, lavare via l'eccesso di poli-L-lisina con acqua ultrapura e lasciare asciugare l'aria degli slittamenti. I vetrini asciutti sono pronti per l'uso.</li>
	<li>Lavare le cellule due volte con 1 mL di Wash Buffer. Eseguire lavaggi con centrifugazione delle cellule a 665 x g per 3 min. Rimuovere il supernatante e risospendere le cellule in Wash Buffer.</li>
	<li>Pellet le cellule per centrifugazione a 665 x g per 3 min. Rimuovere il supernatante. Risospendere le celle in 1 mL di 1,2 M sorbitolo in Wash Buffer.</li>
	<li>Pellet le cellule per centrifugazione a 665 x g per 3 min. Rimuovere il supernatante. Risospendere il pellet a 250 - L di soluzione Lyticase appena preparata per digerire la parete cellulare. Incubare le cellule in soluzione Lyticase per 15 min a 30 gradi durante lo scuotimento.</li>
	<li>Dopo la digestione, lavare le cellule 3x per centrifugazione a 665 x g per 3 min e rimuovere il supernatante. Risospendere le celle in 250 gradi ll di 1,2 M di sorbitolo in Wash Buffer. NOT:</</c16> Poiché le cellule sono fragili dopo la digestione della parete cellulare, risospenderle con molta attenzione per non danneggiarle.</li>
	<li>Aggiungere 20 celle risospese ai vetrini rivestiti in poli-L-lisina. Lasciare che si attacchino ai vetrini per 30 min. Lavare via le cellule non aderenti lavando i pozze 3x con 50 .L di Wash Buffer.</li>
	<li>Permeabilizzare la membrana cellulare lavando 3x con 50 s L dell'1% Triton-X in Wash Buffer. NOT:</</c17> A questo punto le cellule sono pronte per il protocollo di analisi della legatura di prossimità che sarà discusso nella sezione 4.</li>
</ol>3. E. coli Preparazione cellulare
<ol><li>Preparare i seguenti materiali: PBS-T (140 mM NaCl, 2 mM KCl, 8 mM K2HPO4, 1,5 mM KH2PO4, 0.05% Tween-20), pH 7.4; soluzione lysozyme (2 mg/mL lysozyme, 25 mM MM Tris-HCl pH 8.0, 50 mM Glucose, 10 mM EDTA); 0.0001% soluzione poli-L-Lysina; 99% di metanolo ghiacciato; 99% di metanolo a temperatura ambiente; 99% di acetone; 10 vetrini diagnostici; una camera umida (preparata come nel punto 1.1.1); carta velina; e Coplin striature di diapositive.</li>
	<li>Coltiva una cultura notturna a Luria-Bertani (LB) media a 30 gradi durante lo scuotimento.</li>
	<li>Diluire la coltura stazionaria a un OD600 di 0,02 in mezzo LB fresco. Far crescere le cellule a 30 gradi centigradi mentre si agita nokergo fino a quando l'OD600 raggiunge 0,4 per le cellule di fase di log.</li>
	<li>Circa 15 min prima che le cellule raggiungano un OD600 di 0,4, preparare i vetrini rivestiti poli-L-lisina aggiungendo 100 luna di 0,0001% poli-L-lisina a ciascuno beni. Incubare gli scivoli per 30 min a temperatura ambiente.</li>
	<li>Dopo 30 minuti lavare via in eccesso poli-L-lysina con acqua ultrapura e lasciare scindere gli scivoli. I vetrini asciutti sono pronti per l'uso.</li>
	<li>Quando le cellule raggiungono un OD600 di 0,4, trasferire 1 mL della coltura in un tubo di microcentrifuga sterile e cellule pellet a 2.650 x g per 2 min.</li>
	<li>Risospendere le celle in 50 - L di lB medio.</li>
	<li>Correggere le cellule aggiungendo 1 mL di metanolo freddo al ghiaccio. Mescolare molto delicatamente a mano. Incubano cellule per 30 min a -20 gradi centigradi.</li>
	<li>Dopo la fissazione aggiungere 20 l di cellule ai vetrini rivestiti poli-L-lisina. Lasciare asciugare all'aria i vetrini per 30 min.</li>
	<li>Aggiungete 50 ldi di soluzione lisozima appena preparata ad ogni pozzo per digerire la parete cellulare. Incubare in una camera umida per 30 min a 25 gradi centigradi.</li>
	<li>Rimuovere la soluzione lysozyme dai pozze aggiungendo una carta velina al bordo del pozzo. Lavare i vetrini 3x in 100 mL di PBS-T. Eseguire ogni lavaggio in un barattolo di scivolo Coplin per 30 s, senza agitare.</li>
	<li>Rimuovere il buffer di lavaggio dalle diapositive toccando le diapositive su una carta velina.</li>
	<li>Permeabilizzare le membrane cellulari aggiungendo 50 - L di 99% di metanolo a ogni pozzo. Incubare per 1 min a temperatura ambiente.</li>
	<li>Rimuovere il metanolo posizionando una carta velina sul bordo del pozzo.</li>
	<li>Aggiungere 50 l di 99% di acetone ad ogni bene. Incubare per 1 min.</li>
	<li>Rimuovere l'acetone in eccesso posizionando una carta velina sul bordo del pozzo. Lasciare asciugare all'aria i vetrini. A questo punto le cellule sono pronte per il protocollo di analisi della legatura di prossimità che sarà discusso nella sezione 4.</li>
</ol>4. Saggio di ligazione di prossimità
<ol><li>Preparare i seguenti materiali: Blocco buffer; Buffer di diluizione anticorpo; Buffer di lavaggio 'A' – (10 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.05% Tween-20) pH 7.4; Buffer di lavaggio 'B' – (200 mM Tris, 100 mM NaCl) pH 7.4; Anticorpo secondario anti-rabbit PLUS; Anticorpo secondario anti-mouse MINUS; Buffer di ligazione 5x; ligae; 5x Buffer di Amplificazione (Arancione:s. 554 nm; 576 nm); polimerasi; acqua ultrapura; e supporto di montaggio contenente DAPI. NOTA: I reagenti di rilevamento PLA sono disponibili anche nelle varianti Verde (sezioneverde 495 nm; s em 527 nm), Rosso (zex 594 nm; coniugato).</li>
	<li>Bloccare le celle aggiungendo un calo di buffer di blocco a ogni pozzo. Incubare per 30 min a 37 gradi centigradi in una camera umida.</li>
	<li>Preparare le soluzioni anticorpali diluendo gli anticorpi di riserva in Antibody Dilution Buffer. Per ogni pozzo sono necessari 40 l di soluzione anticorpale.</li>
	<li>Rimuovere il buffer di blocco posizionando una carta velina sul bordo del pozzo. Aggiungete 40 l di anticorpo diluito in Antibody Dilution Buffer in ogni pozzo. Incubare per 60 min in una camera umida a 37 gradi centigradi o peruna durante la notte a 4 gradi centigradi.</li>
	<li>Rimuovere la soluzione anticorpale dai pozze posizionando una carta velina sul bordo del pozzo. Lavare le vetrine 2x in 100 mL di Wash Buffer 'A' in un barattolo di coloramento scorrevole Coplin per 5 min, senza agitare.</li>
	<li>Durante le fasi di lavaggio, diluire sonde anticorpali secondarie 5x, anti-coniglio PLUS e anti-topo MINUS (la specificità della specie delle sonde dipende dagli anticorpi primari utilizzati), in Antibody Dilution Buffer. Preparare 40 l di soluzione anticorpale per bene.</li>
	<li>Aggiungere 40 - L di soluzione anticorpale secondaria ad ogni pozzo. Incubare per 60 min a 37 gradi centigradi in una camera umida.</li>
	<li>Rimuovere la soluzione anticorpale secondaria dai pozze posizionando una carta velina sul bordo del pozzo. Lavare le vetrine 2x in 100 mL di Wash Buffer 'A' in un barattolo di coloramento scorrevole Coplin per 5 min, senza agitare.</li>
	<li>Durante i lavamenti preparate 40 gradi di miscela di ligazione per pozzo, mescolando 8 luna di 5x Ligation Buffer, 31 litri di acqua ultrapura e 1 luna di ligase.</li>
	<li>Aggiungere 40 l di miscela di ligazione in ogni pozzo. Incubare per 30 min a 37 gradi centigradi in una camera umida.</li>
	<li>Rimuovere la miscela di ligazione dai pozze posizionando una carta velina sul bordo del pozzo. Lavare le vetrine 2x in 100 mL di Wash Buffer 'A' in un barattolo di coloramento scorrevole Coplin per 2 min, senza agitare.</li>
	<li>Durante i lavamenti preparate 40 gradi di miscela di amplificazione per pozzo, mescolando 8 luna di 5 x soluzione di amplificazione, 31,5 litri di acqua ultrapura e 0,5 litri di polimerasi. NOT:</</c8> L'amplificazione 5x contiene sonde fluorescenti. Proteggere questa miscela dalla luce. Inoltre, proteggere le diapositive dalla luce durante ciascuno dei seguenti passaggi. Se si utilizzano vasetti traslucidi Coplin e camere umide, avvolgerle in un foglio di alluminio.</li>
	<li>Aggiungere 40 l di miscela di amplificazione per pozzo. Incubare per 100 min a 37 gradi centigradi in una camera umida.</li>
	<li>Rimuovere la miscela di amplificazione dai pozzi. Lavare le vetrine 2x in 100 mL di Wash Buffer 'B' in un barattolo di coloramento scorrevole Coplin per 10 min senza agitare.</li>
	<li>Lavare i vetrini in 100 mL di Wash Buffer 'B' diluito 1:100 in acqua ultrapura in un barattolo di colorazione di scivolo Coplin per 30 s.</li>
	<li>Aggiungere ai vetrini 20 - L di DAPI contenente il supporto di montaggio. Chiudere i vetrini con una coverslip e sigillare i vetrini con smalto.</li>
	<li>In caso di imaging, incubare immediatamente DAPI contenente un supporto di montaggio per 10-15 min, mentre è protetto dalla luce. In caso contrario, conservare i vetrini a -20 gradi centigradi per un massimo di 1 settimana, protetti dalla luce.</li>
</ol>5. Rilevamento
<ol><li>Utilizzare la microscopia confocale per acquisire immagini di cellule HeLa, S. cerevisiae ed E. coli con obiettivi 20x/0.8 NA, 63x/1.4 NA e 100x/1.4 NA Plan Apochromat, rispettivamente. Eccitate DAPI macchiato di DNA con un laser a diodo pulsato da 405 nm. Per il segnale PLA (per questo studio) eccitare con un laser a stato solido 561 nm.</li>
</ol>

<ol><li>Soderberg, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+observation+of+individual+endogenous+protein+complexes+in+situ+by+proximity+ligation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Direct observation of individual endogenous protein complexes in situ by proximity ligation.</a> Nature Methods. 3 (12), 995-1000 (2006).</li>
<li>Weibrecht, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proximity+ligation+assays%3A+a+recent+addition+to+the+proteomics+toolbox%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Review+of+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proximity ligation assays: a recent addition to the proteomics toolbox.</a> Expert Review of Proteomics. 7 (3), 401-409 (2010).</li>
<li>Mayer, M. P., Gierasch, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+the+structural+and+mechanistic+aspects+of+Hsp70+molecular+chaperones%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Recent advances in the structural and mechanistic aspects of Hsp70 molecular chaperones.</a> Journal of Biological Chemistry. 294 (6), 2085-2097 (2019).</li>
<li>Kampinga, H. H., Craig, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+HSP70+chaperone+machinery%3A+J+proteins+as+drivers+of+functional+specificity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Molecular+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">The HSP70 chaperone machinery: J proteins as drivers of functional specificity.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 11 (8), 579-592 (2010).</li>
<li>Nillegoda, N. B., Bukau, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metazoan+Hsp70-based+protein+disaggregases%3A+emergence+and+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">Metazoan Hsp70-based protein disaggregases: emergence and mechanisms.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 2, (2015).</li>
<li>Bracher, A., Verghese, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+nucleotide+exchange+factors+of+Hsp70+molecular+chaperones%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">The nucleotide exchange factors of Hsp70 molecular chaperones.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 2, (2015).</li>
<li>Nillegoda, N. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crucial+HSP70+co-chaperone+complex+unlocks+metazoan+protein+disaggregation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Crucial HSP70 co-chaperone complex unlocks metazoan protein disaggregation.</a> Nature. 524 (7564), 247-251 (2015).</li>
<li>Nillegoda, N. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+an+intricate+J-protein+network+driving+protein+disaggregation+in+eukaryotes%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Evolution of an intricate J-protein network driving protein disaggregation in eukaryotes.</a> Elife. 6, (2017).</li>
<li>Kirstein, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+properties+of+the+disaggregase+function+of+J-proteins+and+Hsc70+in+Caenorhabditis+elegans+stress+and+aging%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+Cell%22%5BJournal%5D)">In vivo properties of the disaggregase function of J-proteins and Hsc70 in Caenorhabditis elegans stress and aging.</a> Aging Cell. 16 (6), 1414-1424 (2017).</li>
<li>Nillegoda, N. B., Wentink, A. S., Bukau, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+Disaggregation+in+multicellular+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Biochemical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Protein Disaggregation in multicellular organisms.</a> Trends in Biochemical Sciences. 43 (4), 285-300 (2018).</li>
<li>Chae, C., Sharma, S., Hoskins, J. R., Wickner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CbpA%2C+a+DnaJ+homolog%2C+is+a+DnaK+co-chaperone%2C+and+its+activity+is+modulated+by+CbpM%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">CbpA, a DnaJ homolog, is a DnaK co-chaperone, and its activity is modulated by CbpM.</a> Journal of Biological Chemistry. 279 (32), 33147-33153 (2004).</li>
<li>Kityk, R., Kopp, J., Mayer, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Mechanism+of+J-domain-Triggered+ATP+Hydrolysis+by+Hsp70+Chaperones%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Molecular Mechanism of J-domain-Triggered ATP Hydrolysis by Hsp70 Chaperones.</a> Molecular Cell. 69 (2), 227-237 (2018).</li>
<li>Söderberg, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterizing+proteins+and+their+interactions+in+cells+and+tissues+using+the+in+situ+proximity+ligation+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Characterizing proteins and their interactions in cells and tissues using the in situ proximity ligation assay.</a> Methods. 45 (3), 227-232 (2008).</li>
<li>Benschop, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+consensus+of+core+protein+complex+compositions+for+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">A consensus of core protein complex compositions for Saccharomyces cerevisiae.</a> Molecular Cell. 38 (6), 916-928 (2010).</li>
<li>Jung, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+RNA-protein+interactions+in+situ+using+modified-MTRIPs+and+proximity+ligation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Quantifying RNA-protein interactions in situ using modified-MTRIPs and proximity ligation.</a> Nucleic Acids Research. 41 (1), (2013).</li>
<li>Mocanu, M. M., Váradi, T., Szöllosi, J., Nagy, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+fluorescence+resonance+energy+transfer+%28FRET%29+and+proximity+ligation+assay+%28PLA%29%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of fluorescence resonance energy transfer (FRET) and proximity ligation assay (PLA).</a> Proteomics. 11 (10), 2063-2070 (2011).</li>
<li>Sekar, R. B., Periasamy, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+resonance+energy+transfer+%28FRET%29+microscopy+imaging+of+live+cell+protein+localizations%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Fluorescence resonance energy transfer (FRET) microscopy imaging of live cell protein localizations.</a> Journal of Cell Biology. 160 (5), 629-633 (2003).</li>
<li>Deriziotis, P., Graham, S. A., Estruch, S. B., Fisher, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigating+protein-protein+interactions+in+live+cells+using+bioluminescence+resonance+energy+transfer%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Investigating protein-protein interactions in live cells using bioluminescence resonance energy transfer.</a> Journal of Visualized Experiments. 87, (2014).</li>
<li>Nagy, P., Szöllosi, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proximity+or+no+proximity%3A+that+is+the+question+%E2%80%93+but+the+answer+is+more+complex%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry%22%5BJournal%5D)">Proximity or no proximity: that is the question – but the answer is more complex.</a> Cytometry. 75 (10), 813-815 (2009).</li>
<li>Hoetelmans, R. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+acetone%2C+methanol%2C+or+paraformaldehyde+on+cellular+structure%2C+visualized+by+reflection+contrast+microscopy+and+transmission+and+scanning+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Immunohistochemistry+%26+Molecular+Morphology%22%5BJournal%5D)">Effects of acetone, methanol, or paraformaldehyde on cellular structure, visualized by reflection contrast microscopy and transmission and scanning electron microscopy.</a> Applied Immunohistochemistry & Molecular Morphology. 9 (4), 346-351 (2001).</li>
<li>Schnell, U., Dijk, F., Sjollema, K. A., Giepmans, B. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immunolabeling+artifacts+and+the+need+for+live-cell+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Immunolabeling artifacts and the need for live-cell imaging.</a> Nature Methods. 9 (2), 152-158 (2012).</li>
<li>Stadler, C., Skogs, M., Brismar, H., Uhlen, M., Lundberg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single+fixation+protocol+for+proteome-wide+immunofluorescence+localization+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteomics%22%5BJournal%5D)">A single fixation protocol for proteome-wide immunofluorescence localization studies.</a> Journal of Proteomics. 73 (6), 1067-1078 (2010).</li>
<li>Goldenthal, K. L., Hedman, K., Chen, J. W., August, J. T., Willingham, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Postfixation+detergent+treatment+for+immunofluorescence+suppresses+localization+of+some+integral+membrane+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Histochemistry+%26+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Postfixation detergent treatment for immunofluorescence suppresses localization of some integral membrane proteins.</a> Journal of Histochemistry & Cytochemistry. 33 (8), 813-820 (1985).</li>
<li>Schrader, M., Almeida, M., Grille, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Postfixation+detergent+treatment+liberates+the+membrane+modelling+protein+Pex11beta+from+peroxisomal+membranes%5BTitle%5D)+AND+%22Histochemistry+%26+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Postfixation detergent treatment liberates the membrane modelling protein Pex11beta from peroxisomal membranes.</a> Histochemistry & Cell Biology. 138 (3), 541-547 (2012).</li>
<li>Willingham, M. C., Yamada, S. S., Pastan, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructural+antibody+localization+of+alpha2-macroglobulin+in+membrane-limited+vesicles+in+cultured+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Ultrastructural antibody localization of alpha2-macroglobulin in membrane-limited vesicles in cultured cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 75 (9), 4359-4363 (1978).</li>
<li>Aguilar-Uscanga, B., Francois, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+study+of+the+yeast+cell+wall+composition+and+structure+in+response+to+growth+conditions+and+mode+of+cultivation%5BTitle%5D)+AND+%22Letters+in+Applied+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A study of the yeast cell wall composition and structure in response to growth conditions and mode of cultivation.</a> Letters in Applied Microbiology. 37 (3), 268-274 (2003).</li>
<li>Romaniuk, J. A., Cegelski, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+cell+wall+composition+and+the+influence+of+antibiotics+by+cell-wall+and+whole-cell+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22Philosophical+Transactions+of+the+Royal+Society+of+London.+Series+B%2C+Biological+Sciences%22%5BJournal%5D)">Bacterial cell wall composition and the influence of antibiotics by cell-wall and whole-cell NMR.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 370, 1679(2015).</li>
<li>Salazar, O., Asenjo, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic+lysis+of+microbial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+Letters%22%5BJournal%5D)">Enzymatic lysis of microbial cells.</a> Biotechnology Letters. 29 (7), 985-994 (2007).</li>
<li>Cunningham, A. F., Spreadbury, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mycobacterial+stationary+phase+induced+by+low+oxygen+tension%3A+cell+wall+thickening+and+localization+of+the+16-kilodalton+alpha-crystallin+homolog%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Mycobacterial stationary phase induced by low oxygen tension: cell wall thickening and localization of the 16-kilodalton alpha-crystallin homolog.</a> Journal of Bacteriology. 180 (4), 801-808 (1998).</li>
<li>Werner-Washburne, M., Braun, E., Johnston, G. C., Singer, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stationary+phase+in+the+yeast+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiological+Reviews%22%5BJournal%5D)">Stationary phase in the yeast Saccharomyces cerevisiae.</a> Microbiological Reviews. 57 (2), 383-401 (1993).</li>
</ol>

Gli autori non hanno nulla da rivelare.

Approcci basati sulla co-immunoprecipitazioni e la co-localizzazione sono stati utilizzati come metodi di lunga data per caratterizzare gli assemblamenti proteici. L'individuazione di complessi di chaperone specifici formati in modo transitorio è una grande sfida con tali metodi convenzionali e, di conseguenza, i risultati precedenti sono in gran parte limitati a interpretazioni qualitative. Le tecniche di co-immunoprecipitazionazione basate sulla lisi a base di lisi spesso richiedono il collegamento incrociato per stabi...

Una grande quantità di informazioni genomiche rimane incomprensibile a causa della nostra comprensione incompleta degli interactomi cellulari. Le tradizionali metodologie di rilevamento dell'interazione proteina-proteina, come la co-immunoprecipitazioni proteica con/senza il collegamento incrociato chimico e la co-localizzazione delle proteine, sebbene ampiamente utilizzate, rappresentano una serie di svantaggi. Alcuni dei principali svantaggi includono una scarsa quantificazione delle interazioni e la potenziale introduzione di eventi vincolanti non nativi. In confronto, le tecniche emergenti basate sulla prossimità forniscono un approccio alternativo e potente per catturare le interazioni proteiche nelle cellule. Il saggio di legatura di prossimità (PLA)1, ora disponibile come kit proprietario, impiega anticorpi per indirizzare specificamente i complessi proteici in base alla vicinanza delle sottounità interagenti.
Il PLA viene avviato dalla formazione di uno scaffold costituito da anticorpi primari e secondari con piccoli tag di DNA (sonde PLA) sulla superficie del complesso proteico mirato (Figura1, passaggi 1-3). Successivamente, determinata dalla vicinanza dei tag del DNA, una molecola circolare del DNA viene generata tramite ibridazione con oligonucleotidi del connettore (Figura 1, passo 4). La formazione del DNA circolare è completata da una fase di legatura del DNA. Il nuovo pezzo circolare di DNA serve come modello per la successiva reazione a catena di polimerasi (PCR) basata su cerchio rotante (RCA) innescata da uno dei tag oligonucleotidi coniugati. Questo genera una molecola di DNA concatemerica a filamento collegata al complesso proteico tramite lo scaffold degli anticorpi (Figura 1, passo 6). La molecola di DNA concatemerico viene visualizzata utilizzando oligonucleotidi etichettati fluorescentmente che si ibridano a più sequenze uniche sparse nel DNA amplificato (Figura 1, passo 7)2. Il segnale PLA generato, che appare come un punto fluorescente (Figura 1, passaggio 7), corrisponde alla posizione del complesso proteico mirato nella cellula. Di conseguenza, il saggio è stato in grado di rilevare complessi proteici con elevata precisione spaziale. La tecnica non si limita a catturare semplicemente le interazioni proteiche, ma potrebbe anche essere utilizzata per rilevare singole molecole o modifiche proteiche sulle proteine con alta sensibilità1,2.
Hsp70 forma un sistema chaperone altamente versatile fondamentalmente importante per mantenere l'omeostasi cellulare delle proteine partecipando a una serie di puli' e funzioni associate allo stress. Le attività di pulizia del sistema chaperone Hsp70 includono il ripiegamento delle proteine de novo, la traslocazione delle proteine tra le membrane cellulari, l'assemblaggio e lo smontaggio dei complessi proteici, la regolazione dell'attività proteica e il collegamento di diverse proteine che ripiegano/ macchine di controllo qualità3. Lo stesso sistema chaperone ripiega anche proteine misfolded /unfolded, previene l'aggregazione delle proteine, favorisce la disaggregazione delle proteine e collabora con le proteasi cellulari per degradare le proteine piegate in modo errato/danneggiato terminale per facilitare la riparazione cellulare dopo stress proteotossici4,5. Per ottenere questa diversità funzionale, lo chaperone Hsp70 si basa sulla collaborazione con co-chaperones della famiglia JDP e dei fattori di scambio nucleotide (NEF) che perfezionano il controllo allostrico dipendente dall'ATP dell'Hsp70 dell'associazione altrice e del rilascio3, 6. Inoltre, i co-chaperones JDP svolgono un ruolo fondamentale nella selezione di substrati per questo versatile sistema chaperone. I membri di questa famiglia sono suddivisi in tre classi (A, B e C) in base alla loro omologia strutturale al prototipo JDP, l'E. coli DnaJ. I JDP di classe A contengono un N-terminal J-domain, che interagisce con Hsp70, una regione ricca di glicine-fenilalana, una regione di legame del substrato costituito da una regione simile a un dito di zinco (FLR) e due domini a botte z, e un dominio di dimerazione C-terminale. JDP con un N-terminal J-dominio e una regione ricca di glicine-fenilalana, ma mancando la .FLR, rientrano nella classe B. In generale, i membri di queste due classi sono coinvolti nelle funzioni di chaperoning. I membri che rientrano nella classe catchall C, che contiene JDP che condividono solo il dominio J4, reclutare Hsp70 per eseguire una varietà di funzioni non accompagnate. L'importante ruolo dei JDP come "adattatori" di riconoscimento substrato intercambiabile del sistema Hsp70 è riflesso da un'espansione dei membri della famiglia durante l'evoluzione. Ad esempio, gli esseri umani hanno oltre 42 membri JDP distinti4. Questi JDP funzionano come monomeri, omodimeri e/o oligomeri omo/etero4,5. Recentemente, una cooperazione funzionale attraverso la formazione complessa transitoria tra la classe A (ad esempio, H. sapiens DNAJA2; S. cerevisiae Ydj1) e la classe B (ad esempio, H. sapiens DNAJB1; S. cerevisiae Sis1) JDP eucarioti è stato segnalato per promuovere il riconoscimento efficiente degli aggregati di proteine amorfe in vitro7,8. Questi complessi misti di JDP di classe mista si assemblano presumibilmente sulla superficie delle proteine aggregate per facilitare la formazione di proteinea base di Hsp70 e Hsp70-Hsp100 10. Le prove critiche a sostegno dell'esistenza di questi complessi misti jDP di classe transitoria sono state fornite con PLA8.
Il PLA è sempre più impiegato nella valutazione delle interazioni proteiche nei metazoi, principalmente nelle cellule dei mammiferi. Qui, segnaliamo la riuscita espansione di questa tecnica per monitorare i complessi chaperone formati transitori in organismi unicellulari eucarioti e procariotici come il lievito in erba S. cerevisiae e il batterio E. coli. È importante sottolineare che questa espansione evidenzia il potenziale utilizzo di PLA per rilevare e analizzare i microbi che infettano le cellule umane e animali.

<table><tbody><tr><td>37% Formaldeide</td><td>Merck</td><td>103999</td><td></td></tr><tr><td>Acetone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>32201</td><td></td></tr><tr><td>anticorpo anti-DNAJA2</td><td>Abcam</td><td>ab157216</td><td></td></tr><tr><td>anti-DNAJB1 Anticorpo</td><td>Enzo Life Sciences</td><td>ADI-SPA-450</td><td></td></tr><tr><td>anticorpo anti-DnaK</td><td>Anticorpo interno</td><td></td><td></td></tr><tr><td>anti-mCherry Abcam</td><td></td><td>ab125096</td><td></td></tr><tr><td>anticorpo anti-Sis1</td><td>Cosmo Bio Corp</td><td>COP-080051</td><td></td></tr><tr><td>anticorpo anti-Ydj1</td><td>StressMarq Biosciences</td><td>&nbsp; SMC-150,</td><td></td></tr> <tr><td>anticorpo anti-YFP</td><td>Barattolo per</td> colorazione dei vetrini Coplin Sigma-Aldrich <td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>S5516</td><td></td></tr><tr><td>Vetrini diagnostici</td><td>Marienfeld</td><td>1216530</td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Thermo-Fischer</td><td>31966021</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink Reagenti per il rilevamento in situ Orange</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92007</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink In Terreno di montaggio in situ + DAPI</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO82040</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink Sonda PLA in situ Anti-Topo MINUS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92004</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink Sonda PLA in situ Anti-Rabbit PLUS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92002</td><td></td></tr><tr><td>DuoLink Tamponi di lavaggio in situ, fluorescenza</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO82049</td><td></td></tr><tr><td>Siero fetale di vitello</td><td>Thermo-Fischer</td><td>10082147</td><td></td></tr><tr><td>Lisozima</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>62971</td><td></td></tr><tr><td>Metanolo</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>32213</td><td></td></tr><tr><td>Paraformaldeide</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P6148</td><td></td></tr><tr><td>Penicillina/Streptomicina</td><td>Thermo-Fischer</td><td>15070063</td><td></td></tr><tr><td>Poli-L-lisina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P47-07</td><td></td></tr><tr><td>Sorbitolo</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7547</td><td></td></tr><tr><td>Triton-X100</td><td>Merck</td><td>108643</td><td></td></tr><tr><td>Tripsina</td><td>Thermo-Fischer</td><td>25300096</td><td></td></tr><tr><td>Tween-20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P1379</td><td></td></tr><tr><td>Zimalosi 100T / / Lyticase</td><td>Stati Uniti Biologico</td><td>Z1004</td><td></td></tr></tbody></table>

monitoraggio in situ di gruppi di chaperone molecolari formati in farmaci, lieviti e cellule umane

In Situ Monitoring of Transiently Formed Molecular Chaperone Assemblies in Bacteria, Yeast, and Human Cells

Le proteine J-domain (JDP) formano la famiglia di co-chaperone più grande e diversificata nelle cellule eucariotiche. Recenti scoperte mostrano che specifici membri della famiglia JDP potrebbero formare eterocomplessi transitori negli eucarioti per perfezionare la selezione del substrato per la proteina da shock termico da 70 kDa (Hsp70) a base di proteine a base di chaperone. I complessi JDP si rivolgono a proteine aggregate indotte da stress acuto/cronico e presumibilmente aiutano ad assemblare i disaggregas reclutando più Hsp70 sulla superficie degli aggregati proteici. L'estensione della rete di controllo della qualità delle proteine (PQC) formata da questi JDP fisicamente interagenti rimane in gran parte non caratterizzata in vivo. Qui, descriviamo un saggio di interazione delle proteine in situ basato sulla microscopia chiamato il saggio di legatura di prossimità (PLA), che è in grado di catturare in modo robusto questi complessi chaperone formati in modo transitorio in compartimenti cellulari distinti di cellule eucariotiche. Il nostro lavoro amplia l'impiego di PLA dalle cellule umane al lievito (Saccharomyces cerevisiae) e ai batteri (Escherichia coli), rendendo così uno strumento importante per monitorare la dinamica degli assiemi proteici formati transitori in entrambi i cellule procariotiche ed eucariotiche.

I nostri precedenti studi in vitro che utilizzano proteine purificate hanno rivelato che un sottoinsieme della classe umana A e dei JDP di classe B formano complessi JDP di classe mista transitori per indirizzare in modo efficiente un'ampia gamma di proteine aggregate e possibilmente facilitare l'assemblaggio di Hsp70-based proteine disaggregases7. Abbiamo impiegato il PLA per determinare se i complessi JDP di classe mista (A-B) si verificano nelle cellule tumorali cervicali umane (HeLa). I JDp um...

Le proteine Cognate J-domain cooperano con l'accompagnatore Hsp70 per assistere in una miriade di processi biologici che vanno dal ripiegamento proteico alla degradazione. Qui, descriviamo un analisi di legatura di prossimità in situ, che consente il monitoraggio di questi macchinari chaperone tradotti transitoriamente in cellule batteriche, lieviti e umane.

Monitoraggio in Situ di gruppi di chaperone molecolari formati in farmaci, lieviti e cellule umane

J-domain proteins (JDPs) form the largest and the most diverse co-chaperone family in eukaryotic cells. Recent findings show that specific members of the ...

Questo metodo cattura le interazioni proteiche transitori in organismi come batteri e lieviti e in diversi tipi di cellule. Qui monitoriamo complessi di chaperone specifici formati transitoriamente che sono coinvolti nella proteostasi cellulare. Il principale vantaggio di questa tecnica è la capacità di generare informazioni sulla dinamica e localizzazione subcellulare degli assemblaggi proteici nelle cellule procariotiche ed eucariotiche.Adattamenti di questa tecnica in organismi unicellulari come batteri e lieviti, consente ai ricercatori di utilizzarla come un potente strumento per indagare malattie legate alle infezioni microbiche. Questa tecnica potrebbe potenzialmente essere utilizzata per analizzare le interazioni proteiche in quasi tutti gli organismi semplicemente cambiando le condizioni nella fase di preparazione del campione del protocollo. È importante selezionare anticorpi di buona qualità specifici e testati in immunoistochimica, immunofluorescenza, ELISA o immunoprecipitazioni.Inizia pretrattando diapositive diagnostiche a 10 po 'con poli-L-lisina. Aggiungere 100 microlitri di 0,0001%poli-L-lisina sterile e filtrato ad ogni pozzo e incubare i vetrini per 30 minuti in

in-situ-monitoring-transiently-formed-molecular-chaperone-assemblies

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

In questo protocollo un metodo per misurare ripiegamento delle proteine ​​intracellulari dopo shock termico è descritto. Questo metodo può essere utilizzato per studiare foldases come chaperon molecolari e la loro co-fattori o composti in grado di influenzare la loro attività. Attività Firefly luciferasi viene utilizzato come reporter per misurare l'attività ripiegamento accompagnatore.

Ripiegamento di analisi intracellulari

Fonte: Dahl, J. et al. Rilevamento dell'attività dipendente dal pH di Escherichia coli Chaperone HdeB In Vitro e In Vivo. J. Vis. Esp. (2016)Questo video dimostra un saggio basato su spettrofotometro a fluorescenza per valutare l'attività di chaperone su una proteina del substrato sotto stress acido e termico. Essa delinea i passaggi per monitorare lo sviluppo e l'aggregazione del substrato tramite la diffusione della luce, confrontando le condizioni con e senza il chaperone.

Valutazione dell'attività batterica di chaperone tramite lo spiegamento termico di una proteina modello

Vitalità cellulare dipende dalla gestione puntuale ed efficiente di misfolding. Qui si descrive un metodo per la visualizzazione dei destini diversi potenziali di un misfolded proteine: ripiegamento, degradazione, o sequestro in inclusioni. Dimostriamo l'uso di un sensore di piegatura,...

4D Imaging di aggregazione proteica in cellule vive

Questo articolo descrive l'uso di una proteina di fusione GFP-luciferasi lucciola per...

Saggi accoppiati per il monitoraggio delle proteine ​​in ripiegamento<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Questo articolo illustra l'uso della marcatura radio a caccia di impulsi in combinazione con la fotoreticolazione sito-specifica per monitorare le interazioni tra una proteina di interesse e altri fattori in E. coli. A differenza dei tradizionali metodi chimici di reticolazione, questo approccio genera "istantanee" ad alta risoluzione di un percorso di assemblaggio ordinato in una cellula vivente.

Monitoraggio parte dell&#39;Assemblea di una Secreted batterica Virulence Factor Uso site-specific reticolazione

Questo studio descrive le tecniche biofisiche, biochimiche e molecolari per caratterizzare l'attività chaperone di Escherichia coli HdeB in condizioni di pH acido. Questi metodi sono stati applicati con successo per altri accompagnatori acido-protettivi come HdeA e può essere modificato a lavorare per altri accompagnatori e condizioni di stress.

Rilevamento del pH-dipendente attività di<em&gt; Escherichia coli</em&gt; Chaperone HdeB<em&gt; In Vitro</em&gt; e<em&gt; In Vivo</em

Descriviamo un metodo per esperimenti di salvataggio della deplezione che preserva l'integrità cellulare e l'omeostasi delle proteine. L'adenofemazione consente analisi funzionali delle proteine all'interno di processi biologici che si basano su dinamiche basate sull'actina finemente sintonizzate, come la divisione cellulare mitotica e la miogenesi, a livello di singola cellula.

Adenofection: Un metodo per studiare il ruolo di chaperoni molecolari in Cellular Morfodinamica da esperimenti Depletion-Rescue

Uno della più difficili condizioni di stress che gli organismi si incontrano durante la loro vita comporta un accumulo di ossidanti. Durante lo sforzo ossidativo, le cellule si basano pesantemente su chaperoni molecolari. Qui, presentiamo i metodi utilizzati per indagare la redox-regolati anti-aggregazione attività, nonché monitorare i cambiamenti strutturali che disciplinano la funzione di chaperone utilizzando HDX-MS.

Definizione attività di Chaperone Redox-regolati di Hsp33 e mappatura cambiamenti conformazionali su Hsp33 usando la spettrometria totale di scambio di idrogeno-deuterio

Il cross-linking cinetico e l'analisi del cDNA è un metodo che consente di studiare la dinamica delle interazioni proteina-RNA nelle cellule viventi ad alta risoluzione temporale. Qui il protocollo è descritto in dettaglio, compresa la crescita delle cellule di lievito, la reticolazione UV, la raccolta, la purificazione delle proteine e le fasi di preparazione della libreria di sequenziamento di prossima generazione.

Monitoraggio delle dinamiche di interazione proteina-RNA in vivo ad alta risoluzione temporale utilizzando χCRAC

Per studiare le interazioni chaperone-chaperone e chaperone-substrato, eseguiamo screening di interazione sintetica in Caenorhabditis elegans utilizzando l'interferenza dell'RNA in combinazione con mutazioni lievi o sovraespressione di chaperoni e monitoriamo la disfunzione proteica tessuto-specifica a livello di organismo.

Utilizzo di Caenorhabditis elegans per lo screening delle interazioni chaperone tessuto-specifiche

Questo protocollo presenta una tecnica per sondare le interazioni proteina-proteina utilizzando perle donatrici legate al glutatione con co-chaperoni tPR fusi GST e perle accettori accoppiate con un peptide derivato da Hsp90. Abbiamo usato questa tecnica per lo screening di piccole molecole per interrompere le interazioni Hsp90-FKBP51 o Hsp90-FKBP52 e identificato inibitori di interazione Hsp90-FKBP51 potenti e selettivi.

Studi di interazioni Chaperone-Cochaperone utilizzando il saggio omogeneo basato su perle

Scopri il monitoraggio in situ di complessi chaperone transitori tra proteine J-domain e Hsp70 in batteri, lieviti e cellule umane mediante proximity ligation assay. Questo metodo rivela dinamiche e localizzazione subcellulare.

Monitoraggio in Situ di gruppi di chaperone molecolari formati in farmaci, lieviti e cellule umane

Esplora altri video