Imaging multiplex a immunofluorescenza basato su codice a barre del DNA per analizzare campioni FFPE da melanoma murino geneticamente riprogrammato

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6 giugno 2025

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6 giugno 2025

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Sachin S. Surwase^*¹^,²^,³ , Xin Ming M. Zhou^*³^,⁴ , Kathryn M. Luly¹^,²^,³ , Qingfeng Zhu⁵^,⁶^,⁷ , Niki Talebian⁶ , Robert A. Anders⁵^,⁶^,⁷^,⁸^,⁹ , Jordan J. Green¹^,²^,³^,⁵^,⁸^,⁹^,¹⁰^,¹¹^,¹² , Stephany Y. Tzeng¹^,²^,³ , Joel C. Sunshine¹^,³^,⁴^,⁵^,⁶^,⁸^,⁹

¹Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins University, ²Translational Tissue Engineering Center, Johns Hopkins University, ³Johns Hopkins Translational ImmunoEngineering Center, Johns Hopkins University, ⁴Department of Dermatology, Johns Hopkins University, ⁵Department of Oncology, Johns Hopkins University, ⁶Department of Pathology, Johns Hopkins University, ⁷Convergence Institute, Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center Johns Hopkins University School of Medicine, ⁸Bloomberg Kimmel Institute for Cancer Immunotherapy, Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center, Johns Hopkins University School of Medicine, ⁹Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center, Johns Hopkins University School of Medicine, ¹⁰Institute for Nanobiotechnology, Johns Hopkins University, ¹¹Departments of Neurosurgery and Ophthalmology, Johns Hopkins University School of Medicine, ¹²Departments of Materials Science & Engineering and Chemical & Biomolecular Engineering, Johns Hopkins University

^* These authors contributed equally

Questo protocollo fornisce una guida passo passo per la progettazione di un pannello di anticorpi in immunofluorescenza multiplex per l'imaging basato su codici a barre del DNA di tessuti murini di melanoma FFPE. Descriviamo anche una pipeline di analisi delle immagini utilizzando strumenti open-source per generare approfondimenti di proteomica spaziale nel microambiente immunitario del tumore del melanoma murino.

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Imaging del codice a barre del DNA

Proteomica spaziale

Progettazione del pannello di anticorpi

Microambiente tissutale

Pipeline di analisi delle immagini

Fenotipizzazione cellulare

Microambiente tumorale

Chapters in this video

0:00

Introduction

1:21

Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Staining and Imaging for Multiplex Analysis

4:37

Digital Pathology Analysis and Proteomics Data Normalization

8:34

Results