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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
細胞死の評価のための正確な方法が記載されている。プロトコルは、細胞株および動物モデルの広い範囲からの一次細胞は40%、偽陽性のイベントを表示する従来のアネキシンV /ヨウ化プロピジウム(PI)のプロトコル、改良したものです。
細胞のアポトーシスの研究は著しく、フローサイトメトリーベースのメソッドの導入以来、影響されています。ヨウ化プロピジウム(PI)は広く細胞が原形質膜の完全性と透過性の1,2の違いによって、実行可能なアポトーシス、または壊死性かどうかを判断するためにアネキシンVと組み合わせて使用されます。アネキシンV / PIプロトコルでは、アポトーシス細胞3を研究するための一般的に使用されるアプローチです。それは細胞が4,5住んで染料を除外するその能力に基づいて、経済的安定と細胞生存率の良い指標であるため、PIは、より頻繁に他の核染色より使用されています。セルを入力するPIの能力は、膜の透過性に依存しています。PIは、無傷の原形質膜1,2,6の存在によるライブや早期のアポトーシス細胞を染色していません。後期アポトーシスとネクローシス細胞では、プラズマと核膜の完全性は、PIは、膜を通過する核酸にインターカレートし、赤色蛍光1,2,9を表示できるように、7,8を減少させます。残念ながら、我々は従来のアネキシンV / PIプロトコルが細胞質コンパートメント10内にRNAのPI染色に関連付けられている偽陽性のイベント(最大40%)のかなりの数、につながることがわかります。最高発生10を示す:(細胞質比が<0.5核)初代培養細胞や動物モデルの広い範囲の細胞株は大型細胞で、影響を受けます。ここで、我々は、従来の方法に比べて細胞死の評価のための有意な改善を提供する修正アネキシンV / PI法を示しています。このプロトコルは、染色後の細胞に含まれるRNaseのエントリーを促進するための固定細胞中に細胞透過性の変化を利用しています。タイミングとRNaseの濃度の両方が細胞質RNAの除去に最適化されています。その結果、従来のアネキシンV / PIプロトコル(細胞質PI染色で<5%のイベント)に比べて大きな改善です。
この手順は、500μLシリコナイズチューブまたは6 mLのポリスチレン丸底FACSチューブで行うことができます。他の手順と組み合わせて実行可能性分析を行う際に、後者は通常使用されます。与えられたすべてのボリュームは、6 mLのポリスチレン丸底FACSチューブ用です。 500μLシリコナイズチューブの場合は、1 / 5ですべてのボリュームを減らす。
フローサイトメトリー分析のための最適濃度は200μLボリューム2〜4 × 10 6個の細胞です。細胞の損失は、この手順からなることがありますので、我々は、各サンプルは、プロシージャの開始時に4 × 10 6個の細胞から構成されることをお勧めします。
1。細胞の準備
2。アネキシンV / PIのアプリケーションでは、染色
3。代表的な結果:
偽陽性のPI染色の度合いをした細胞タイプと細胞株の例を図1に示されています。偽陽性のイベントを考慮して、細胞を固定してから(図2B)RNase処理を受けていない細胞と比較して偽陽性のイベント、数の有意な減少でのRNase Aでこの結果を処理した。図2CはRNase処理を持たない細胞に比べて、RNase処理を受けた細胞の代表画像を示す。図3は、固定およびRNase処理のステップで変更されたアネキシンV / PIプロトコルは、偽陽性染色のイベントの数を制限することにより、従来のプロトコルを改良した方法を示しています。

図1。従来のヨウ化プロピジウム染色のプロトコルは、偽陽性のイベントのかなりの数につながる。我々は以前に動物モデルの広範なだけでなく、細胞株10の様々な主要な細胞間の偽陽性染色の程度を評価した。代表的な画像は、3つのユニークな細胞集団( - RAWマクロファージおよびつの主要細胞 - マウス骨髄マクロファージ(BMM)と金魚の主腎マクロファージ(PKM)1つの一般的に使用される細胞株)における偽陽性染色の程度を示す。真陽性のイベントが核コンパートメント内でPIとDRAQ5の間に予想される共局在を(黄色の領域は、PIとDRAQ5の間で共局在を表す)が表示されます。 DRAQ5は非常に体肢です。NE透過性染料その生細胞と死細胞10,11,12の両方で正確に汚れ核コンパートメント。共局在DRAQ5汚れを簡単に視覚的な決定のための緑のpseudocolourを与えられた。

図2。 PI核染色の精度を向上させる 。 (A)我々はDRAQ5に十分に特徴付けられた核染色(BrdUを、7 - AADとDAPI)の数の類似度に基づいて、PI核染色の精度を評価した。のBrdUは増殖細胞のDNAに組み込まれ、そのようにのみ核コンパートメント内に染色される合成ヌクレオシドである。 7 - AADは、PIと同様のDNAと、親和性の高い、無傷の原形質膜を越えることはできません。 DAPIは、DNAに強い親和性を有しており、蛍光顕微鏡で染色核の最も一般的に使用されています。類似度は正確にRAW 264.7マクロファージにおける細胞核を染色する能力を強調し、BrdUを、7 - AAD、DAPIとDRAQ5との間で> 99%であった。対照的に、従来のプロトコルに基づいて細胞質PI染色はDRAQ5に相対的染色のパーセント類似性の著しい低下につながる。マウス骨髄マクロファージ(BMM)と金魚の主腎マクロファージ(PKM):(B)も同様の結果が試験された2つの主要な細胞で観察される。染色手順内の特定の段階では50μg/ mlのRNaseの混入は非核兵器PI染色を削除し、大幅にDRAQ5染色の相対類似度を増加させる。 (C)一次性腎マクロファージの代表的な画像は、RNase処理がある場合とない場合のセルの類似度を示す。治療法の違いを簡単に視覚的判定のために、DRAQ5は緑色を与えられた。黄色の領域は、BrdUとDRAQ5、およびPIとDRAQ5の間で共局在を表しています。

図3。修正されたアネキシンV / PIは大幅に偽のアポトーシス/壊死性イベントを減少します。主な金魚の腎臓のマクロファージ(PKM)は、従来と変更されたアネキシンV / PIプロトコールで染色した。散布図はアネキシンV / PIは、金魚のPKMに染色描く。左の散布図は、PKM細胞の従来のアネキシンV / PI染色(無RNaseを)示しています。右上の散布図は、変更されたアネキシンV / PIプロトコル(RNaseの)で染色PKM細胞を示しています。偽陽性の汚れの除去に起因するPI染色の顕著な減少中のRNaseの結果の追加。 PKM細胞は、培養液、初期の前駆細胞(EP)、単球(モノ)と成熟したマクロファージ(マットMAC)内の異なる個体群に基づいて分析した。偽陽性のイベントの除去に起因する正のPIのイベント数の減少は、より小さな早期の前駆細胞に比べて大規模な成熟したマクロファージ細胞においてより顕著である。従来のプロトコルに基づいて結論が誤って、より成熟したマクロファージサブセットの細胞死に正の相関を示唆しているでしょう。
細胞死の評価のための正確な方法が記載されている。プロトコルは、細胞株および動物モデルの広い範囲からの一次細胞は40%、偽陽性のイベントを表示する従来のアネキシンV /ヨウ化プロピジウム(PI)のプロトコル、改良したものです。
この研究は、カナダ自然科学(NSERC)研究助成金のエンジニアリング評議会とDRBにアルバータ州農業資金コンソーシアムの助成金によって支えられている。 AMRは、NSERCヴァニエカナダ大学院奨学金、アルバータ大学の授業助手職とクイーンエリザベスII大学院の奨学金によってサポートされています。
| 1 x PBS-/- | |||
| 1 x Annexin V Binding Buffer | BD Biosciences | 556454 | |
| Annexin V-Alexa Fluor 488 | Molecular Probes, Life Technologies | A13201 | |
| ヨウ化プロピジウム (PI) | Sigma-Aldrich | P4864 | 1 mg/mL in H2 |
| >O 2% Formaldehyde | Sigma-Aldrich | F1268 | |
| ウシ膵臓由来のRNase A | 、Sigma-Aldrich | R4642 | |
| DRAQ5 | Biostatus | DR50050 | 1:60 in 1 x PBS-/- |