| C.エレガンスの成長、栽培、および取り付け | | | |
| 大腸菌菌株、OP50 | カエノーラブディティス遺伝センター | OP50 | C.エレガンスの餌。ウラシル補助栄養剤。大腸菌 B.バイオセーフティレベル1 |
| HSN GCaMP5+mチェリーウォーム | カエノーラブディティス遺伝センター | LX2004 | nlp-3プロモーターを用いた統合導入遺伝子によるHSNにおけるGCaMP5およびmCherry発現の促進完全な遺伝子型:
vsIs183 [nlp-3p::GCaMP5::nlp-3 3'UTR + nlp-3p::mCherry::nlp-3 3'UTR + lin-15(+)], lite-1(ce314), lin-15(n765ts) X |
| LITE-1(CE314)、LIN-15(N765TS)導入遺伝子調製用変異株 | 著者 | LX1832 | pL15EK lin-15(n765ts)レスキュープラスミドによるマイクロインジェクション後の高コピー導入遺伝子の回収株。また、青色光の感受性を低下させるlinked lite-1(ce314)変異も持っています。リクエストに応じて著者から入手可能 |
| pL15EK lin-15a/b ゲノムレスキュープラスミド | 著者 | pL15EK | トランスジェニック動物をLX1832 に注入した後の回収のためのレスキュープラスミド
lite-1(ce314)、lin-15(n765ts)X株。リクエストに応じて著者から入手可能 |
| pKMC299プラスミド | 著者 | pKMC299 | nlp-3プロモーター由来のHSNにおけるmCherry発現のためのプラスミド。nlp-3 3' 非翻訳領域を持つ |
| pKMC300プラスミド | 著者 | pKMC300 | nlp-3プロモーター由来のHSNにおけるGCaMP5の発現のためのプラスミド。nlp-3 3' 非翻訳領域を持つ |
| リン酸カリウム一塩基性 | シグマ | P8281 | NGMプレートの調製に |
| リン酸カリウム二塩基性 | シグマ | P5655型 | NGMプレートの調製に |
| 硫酸マグネシウム七水和物 | アムレスコ | 662 | NGMプレートの調製に |
| 塩化カルシウム二水和物 | アルファ・アエサル | 12312 | NGMプレートの調製に |
| ペプトン | ベクトン・ディキンソン | 211820 | NGMプレートの調製に |
| 塩化ナトリウム | アムレスコ | 241 | NGMプレートの調製に |
| コレステロール | アルファ・アエサル | A11470 (英語) | NGMプレートの調製に |
| 寒天、細菌学A型、超高純度 | アフィメトリックス | 10906 | NGMプレートの調製に |
| 60mmシャーレ | VWRの | 25384から164 | NGMプレートの調製に |
| 24 x 60 mm マイクロカバーグラス、#1.5 | VWRの | 48393-251 | ワームをイメージするためのカバーガラス |
| 22 x 22 mm マイクロカバー グラス、#1 | VWRの | 48366-067 | 寒天チャンクの上部を覆うカバーガラス |
| 透過光ベース付き実体顕微鏡 | ライカ | M50 | ウォーム株のメンテナンス、ステージング、および取り付けのための解剖顕微鏡 |
| プラチナイリジウムワイヤー、(80:20)、0.2mm | アルファ・アザール | AA39526-BW | ウォームトランスファー用 |
| カルシウムイメージング顕微鏡 | | | |
| 防振エアテーブル | TMCの | 63から544 | Micro-g' ラボテーブル 30インチ x 48インチ 防振テーブル、25mm トップに 4 インチ CleanTop M6 |
| 倒立型複合顕微鏡 | ツァイス | 431007-9902-000 | Axio Observer.Z1倒立顕微鏡 |
| サイドポート L80/R100 (3ポジション) | ツァイス | 425165-0000-000 | 出力の20%を明視野(CMOS)カメラに、80%を蛍光(sCMOS)カメラに振り分ける |
| チルトバックイルミネーションキャリア | ツァイス | 423920-0000-000 | 赤外線/行動イメージング用 |
| ランプハウジング 12V/100W (コレクタ付き | ツァイス | 423000-9901-000 | 赤外線/行動イメージング用 |
| ハロゲンランプ 12V/100W | ツァイス | 380059-1660-000 | 赤外線/行動イメージング用。白色光LEDは大きな赤外光を放出しないため、赤外線バンドパスフィルター後の明視野イメージングは許可されません |
| ハロゲンランプ用32 mm赤外線バンドパスフィルター(750-790 nm) | ツァイス | 447958-9000-000 | BPの750-790;DMR 32mm、明視野および挙動のための赤外線照明用 |
| 6フィルターコンデンサータレット(LD 0.55 H/DIC/Ph)、電動式 | ツァイス | 424244-0000-000 | 赤外線/行動イメージング用 |
| コンデンサー&シャッター | ツァイス | 423921-0000-000 | 赤外線/行動イメージング用 |
| 赤外線CMOSカメラ用フォトチューブ付き双眼接眼レンズ | ツァイス | 425536-0000-000 | 赤外線/行動イメージング用 |
| 接眼レンズ 10倍、23mm | ツァイス | 444036-9000-000 | 寒天チャンク上のワームの局在 |
| Cマウントアダプター 2/3インチ 0.63倍拡大鏡 | ツァイス | 426113-0000-000 | 赤外線CMOSカメラ用マウント |
| 赤外線明視野および動作用CMOSカメラ(1インチセンサー) | FLIR(旧ポイントグレイリサーチ) | GS3-U3-41C6NIR-C | 明視野イメージング用カメラ |
| USB 3.0ホストコントローラカード | FLIR(旧ポイントグレイリサーチ) | ACC-01-1202 | Fresco FL1100、4ポート |
| 8ピン、1m GPIOケーブル、ヒロセ電機HR25丸型コネクタ | FLIR(旧ポイントグレイリサーチ) | ACC-01-3000 | TTLトリガー用ケーブル。緑色のワイヤはGPIO3 /ピン4に接続し、茶色のワイヤはグランド/ピン5に接続します |
| プランアポクロマート 20x/0.8 WD=0.55 M27 | ツァイス | 420650-9901-000 | 倍率、絞り数、作動距離の最適な組み合わせ |
| 6キューブリフレクタータレット、電動 | ツァイス | 424947-0000-000 | 蛍光イメージング用 |
| 蛍光灯列、電動 | ツァイス | 423607-0000-000 | 蛍光イメージング用 |
| 蛍光シャッター | ツァイス | 423625-0000-000 | 蛍光イメージング用 |
| GFPとmCherryのデュアル励起および発光フィルターキューブ(顕微鏡用) | ツァイス | 489062-9901-000 | 蛍光イメージング用FLフィルターセット62 HE BFP+GFP+HcRed |
| LED照明システム | ツァイス | 423052-9501-000 | 蛍光灯用トリガー式Colibri.2 LEDシステム |
| GFP LEDモジュール(470 nm) | ツァイス | 423052-9052-000 | Colibri.2 GFP蛍光励起用LED |
| mCherry LEDモジュール(590nm) | ツァイス | 423052-9082-000 | Colibri.2 mCherry蛍光励起用LED |
| 入射光器用アイリスストップスライダー | ツァイス | 000000-1062-360 | カメラの視野にLED照明を制限するためのフィールドアパーチャアイリス |
| Cマウントアダプター 1インチ 1.0x | ツァイス | 426114-0000-000 | イメージスプリッター、sCMOS蛍光カメラ用アダプター |
| 画像スプリッター | 浜松 | A12801-01 | Gemini W-View、他の画像スプリッターを使用することもできますが、sCMOSカメラの大きなセンサーサイズには最適化されていない可能性があります |
| GFP/mCherryダイクロイックミラー(イメージスプリッター) | セムロック | DI02-R594-25x36 | GCaMP5をmCherry信号と赤外線信号から分離 |
| GFP発光フィルター(画像スプリッター) | セムロック | FF01-525/30-25 | GCaMP5蛍光の捕捉 |
| mCherry/発光フィルター(画像スプリッター) | セムロック | FF01-647/57-25 | このフィルターは、明視野イメージングに使用される赤外線を除外するために必要です |
| 蛍光用sCMOSカメラ(1インチセンサー) | 浜松 | A12802-01 / C11440-22CU | オルカフラッシュ4.0 V2。新しいモデルでは、センサーの別々の半分に別々の画像取得設定が可能になり、画像スプリッターと組み合わせて2チャンネルの画像を取得できる |
| 電動XYステージ | メルツホイザー | スキャンIM 130 x 100 | ステージ移動、このステージのXY分解能はステップあたり0.2μmです |
| ジョイスティック付きXYステージコントローラー | LUDL (英語 | MAC6000、XYジョイスティック | ワームの手動追跡。MAC6000コントローラーは、115200ボーに設定されたシリアル(RS-232)ポートを介してPCに接続する必要があります |
| デジタルアクイジションボード(DAQ) | Arduinoの | 宇野 | sCMOSカメラからのTTLトリガーの受信。Unoには標準のFirmataパッケージをロードし、コンピューターのUSBポートを57600ボーに設定する必要があります |
| BNC オス - BNC オス ケーブル - 6 フィート | ホサテクノロジー | ホッブ6 | TTLトリガ用のBNCコネクタ |
| 金メッキBNCオス-SMAオス同軸ケーブル(8.8インチ) | UXCELLの | 6.08642E+11 | 蛍光カメラのトリガー出力を接続するには |
| BNCターンヘッドアダプター | ハンテック | RRBNCTH21 | BNC-バナナプラグアダプター(4mm) |
| BNCメス-メスコネクタ | ディアゲン | 20130530009 | カメラからのBNC出力をバナナプラグに接続するためのメス-メスBNCアダプター |
| はんだ不要のフレキシブルブレッドボードジャンパーワイヤー | Z&T(ジーアンドティー) | GK1212827 | BNCトリガ出力をArduiono DAQに接続します。 |
| 高性能ワークステーション | ホームページ | Z820 | Windows 7、64GB RAM、デュアルXeonプロセッサ、ソリッドステートC:ドライブ、シリアル(RS-232)ポート、イーサネット接続用の複数のPCIe3スロット、USB 3.0カード、および追加のソリッドステートドライブ |
| M.2ソリッドステートドライブ | サムスン | MZ-V5P512BW | 画像データの高速ストリーミングと解析 |
| M.2ワークステーション用ソリッドステートドライブアダプター | ライコム | DT-120 | M.2 to PCIe 3.0 4レーン・アダプター |
| ネットワーク接続ストレージ | シロヤ | DS-2415+の | イメージングデータの保存と分析 |
| ハードディスクドライブ | ウエスタンデジタル | WD80EFZX | RED 8 TB、5400 RPM クラス SATA 6 Gb/s 128MB キャッシュ 3.5 インチイメージングデータの保存(10ドライブ+2ドライブ冗長性) |
| ソフトウェア | | | |
| 蛍光取得 | 浜松 | HCImage DIAの | 2チャンネル(GCaMP5およびmCherry)蛍光画像シーケンスを20fpsで記録 |
| 明視野の買収 | FLIR(旧ポイントグレイリサーチ) | フライキャプチャー | 明視野JPEG画像シーケンスの記録 |
| ステージシリアルポートリーダー | 盆栽 | https://bitbucket.org/horizongir/bonsai | 行動中のワームの追跡を容易にします |
| LEDコントローラーソフトウェア | ツァイス | マイクロツールボックステスト2011 | Colibri.2ユニットのさまざまなLEDの強度とトリガー入力を設定するには |
| イメージJ | NIHの | https://imagej.net/Fiji/Downloads | 画像配列とフォーマット変更を簡単に確認し、Ratiometric Quantitationソフトウェアにインポート |
| 秀でる | マイクロソフト | 2002984-001-000001 | MATLAB 解析のために Volocity からカンマ区切り値データのサブセットを生成するため |
| ピーク検出 | MATLAB | R2017aの | レシオピーク機能の計算に使用されるスクリプト |
| レシオメトリック定量 | パーキン・エルマー | ボロシティ 6.3 | レシオメトリック画像チャンネルの計算、オブジェクト検出のための画像セグメンテーション、および検出済みオブジェクトの比率測定を容易にします |
| スクリプト | | | |
| AnalyzeGCaMP_2017.m | MATLAB | 平均比と XY 重心スクリプト | レシオメトリック出力を.csv形式で解析し、オブジェクトと重心位置を統合し、比率の変化(ΔR/R)を計算し、ピークとピーク特徴を特定し、プロット(注釈付きピークあり/なし)をPostScript形式で書き込みます。マトリックスファイルのインポートの場合、スクリプトはデータを分析済み、ピーク、トレースの3つのフォルダーに出力します。「Analyzed」出力は、時間(s)、面積(square microns)、比率、X重心(ミクロン)、Y重心(ミクロン)、およびΔR/Rの6つの列(単位)を持つ統合オブジェクトのマトリックスファイルです。「Peaks」出力は、検出されたピークの時点、振幅(ΔR/R)、ピーク幅(s)、 そしてピークの隆起。'Traces' 出力はカルシウムトレースの PostScript ファイルです。 |
| XY-stage-final.盆栽 | 盆栽 | TTLトリガDAQおよびステージ位置シリアルポートリーダー | フレーム露光中に接続されたArduinoがsCMOSカメラから正のTTL信号を受信したときのXステージ位置とYステージ位置(ミクロン単位)を記録します。スクリプトは、フレーム番号、X 位置 (ミクロン)、Y 位置 (ミクロン)、フレーム間の経過時間 (20 fps で記録する場合は通常 ~50 ミリ秒) の 4 つの列を持つ .csv T ファイルを書き込みます。この出力の X ステージ位置と Y ステージ位置 (それぞれ列 2 と 3) は、AnalyzeGCaM の X と Y の重心位置に追加されます |