腹部色素沈着の定量化ショウジョウバエmelanogaster

サマリー

この研究は、デジタル画像解析を用いてショウジョウバエの腹部色素沈着を迅速かつ正確に定量化する方法を提示する。この方法は、表現型の取得とデータ解析との間の手順を合理化し、標本のマウント、画像取得、画素値抽出、形質測定を含む。

要約

色素沈着は形態学的に単純であるが、しばしば適応性のある特徴を有する非常に可変性の形質である。それは、形態学的表現型の発達および進化を理解するためのモデルとして広範に役立ってきた。 Drosophila melanogasterの腹部色素沈着は特に有用であり、研究者は形態間および体内特異的変異の根底にある遺伝子座を同定することができます。しかしながら、 D.メラノガスターの腹部色素沈着は、色素沈着データに適用され得る統計学的分析の形態を制限する定量的ではなく、スコアリングによって定性的に大部分検定されてきた。この研究は、成人D. melanogasterの腹部色素沈着パターンの様々な局面の定量化を可能にする新しい方法論を記述している。このプロトコールは、標本のマウント、画像キャプチャ、データ抽出、および分析を含む。画像の取り込みと解析に使用されるすべてのソフトウェアは、マクロオープンソースの画像解析用に書かれています。このアプローチの利点は、異なるイメージングシステムにわたって再現性の高い方法論を使用して、色素沈着特性を正確に測定する能力である。この技術は、成虫のメラノガスターの褐色色素沈着パターンの変動を測定するために使用されてきたが、この方法論は柔軟性があり、無数の異なる生物における色素沈着パターンに広く適用可能である。

概要

色素沈着は、種、個体群、個体間、さらには個体群1,2,3,4,5,6において、個体間でさえ莫大な表現型の変化を^示す 。多種多様な動物で色素沈着に関する研究が数多く行われていますが、色素沈着を調節する発達的および生理学的機序を解明するために分子遺伝学の完全な力が使用され、これらのメカニズムがどのように進化するかについて、Drosophila melanogaster ^{、 6} 。 D.メラノガスター（melanogaster）7,8の生化学的合成を制御する遺伝子、および時間的および空間的なディーを制御する遺伝子については、多くのことが知られているこの生合成のストリエーション9,10,11,12,13。さらに、遺伝的マッピングは、 D.メラノガスター（ Melanogaster）14,15,16,17において色素沈着における細胞内および細胞間の相違の根底にある遺伝子座を同定した。行動^18,19および免疫^19,20などの色素沈着と多面発現形質との間の関係も、色素沈着パターン15,21,22の適応的意義を有するように探究されている。したがって、 D.メラノガスターの色素沈着は、強力でしかも単純なm複雑な表現型の発達と進化のためのodel。

成人の色素沈着D.メラノガスターは、特に翼と背側の胸部と腹部の体のメラニン化パターンが特徴です。しかし、最も研究の注目を集めているのは背側腹部の各クチクラ板（tergite）の色素沈着である。遺伝的な17,23および環境的な^24,25の両方の要因のために、この色素沈着にはかなりの変動がある（ 図 1A〜F）。腹部硬質のクチクラは、前部および後部の発生区画（ 図1G ）で構成され、それぞれが色素沈着および装飾に基づいてさらに細分化することができる²⁶ 。前部区画は、6つのクチクラ（a1-a6）を含み、後区画は3つ（p1-p3）を含む（ 図1G ）。これらのうち、p1、p2、およびa1キューティクルは、典型的には、引き伸ばされていない腹部のターガイトの下に折りたたまれ、隠される。確実に目に見えるキューティクルは、キューティクルタイプa4（中程度の剛毛を有する毛状）およびa5（毛状の毛状）からなる「色素バンド」と呼ばれる重い色素沈着のバンドによって特徴付けられ、バンドの後端前縁よりも強く色素沈着した（ 図1G ）。このバンドの前部は、明るく着色した毛状のキューティクルの領域であり、後部に（a3）剛毛があり、前部にはa2ではない。ハエ間の色素沈着の変動は、色素沈着の強度および色素バンドの幅の両方で観察される。一般に、変動は、最も後部のセグメント（腹部セグメント5,6,7）において最も大きく、より前方のセグメント（腹部セグメント3および4項） ²⁴ 。さらに、 D. melanogasterの色素沈着に性的な二型性があり、男性は一般的に全身に5番目と6番目の腹部を着色しています（ 図4C ）。

D.メラノガスターの腹部色素沈着に関する大部分の研究では、色素沈着は、質的に27,28,29または半定量的に14,15,16,17,24,30の尺度で測定されたパターンを有する、類型的または序数的形質として扱われている^{、 31,32,33,34,35}、 ^36,37 。これらの方法は、必然的に精度の欠如に悩まされており、色素沈着の主観評価に依存しているため、研究を通してデータを比較することは困難である。いくつかの著者は、色素沈着の空間的な大きさ^{38,39 、}特定のキューティクルタイプの色素沈着の強度23,25,39,40、または腹部テルグタイト全体の色素沈着の平均強度を全体として^41,42,43として定量化した。それにもかかわらず、これらの定量方法は、腹部色素沈着の強度および空間分布の両方を同時に測定するものではなく、従って、色素沈着がabd全体でどのように変化するかのニュアンス最終的なtergite。さらに、これらの定量化方法38,41,42,43のいくつかは、腹部キューティクルの解剖および装着を必要とする。これは時間がかかり、サンプルを破壊し、追加の形態学的解析に利用できなくなる。腹部色素沈着の発達および進展の理解が深まるにつれて、空間分布および色素沈着の強度の両方を迅速かつ正確に測定するより洗練されたツールが必要となる。

この方法の全体的な目標は、 D. melanogasterにおける腹部色素沈着の複製可能かつより正確な測定値を得るためにデジタル画像分析を利用することである。方法論は3つの段階を含む。まず、大人のフライは非破壊的に装着され、背面の腹部のデジタル画像が撮影されます。次に、ImageJマクロを使用して、ユーザー第3および第4の腹部セグメントの両方においてa2キューティクルの前部からa5キューティクルの後部（緑色のボックス、 図1G ）まで延在するピクセルの前 - 後部ストリップを画定する。次いで、このストリップの幅にわたる平均ピクセル値がその長軸に沿って抽出され、それがターゲットの前部から後部に変化する際の色素沈着の空間分布および強度を捕捉するプロファイルを生成する。第3に、Rスクリプトを使用して、三次スプラインを使用して数学的に色素沈着プロファイルを記述する。 Rスクリプトはスプラインとその1次微分と2次微分を使用してa2-a5キューティクルの幅、色素バンドの幅、色素沈着の最大レベルと最小レベルを抽出します。従って、本方法は、空間的特性と腹部色素沈着の深さの両方を定量化する。

この方法論は、第3および第4の腹部胸部の色素沈着を定量化し、排他的に、またはより多くの後部ヘルニアと組み合わせて^、多数の先行研究1、15、23、24、25、28、33、39、42の焦点であった。第5および第6腹部テルゲイトよりも変化は少ないが、第3および第4テルゲイトは男性において完全に色素沈着していないので、このプロトコルは男性および女性の両方に適用することができる。それにもかかわらず、ここに示すように、プロトコルは、女性の第5および第6腹部腸内細菌の色素沈着を測定するために使用することができる。さらに、色素沈着プロフィールの特徴を抽出するために使用されるスクリプトのわずかな変更は、この方法を使用して、多種多様な色素沈着における変化を定量化することを可能にすべきである生物。

プロトコル

1.試料の取り付け

注：イメージングの前に、死んだハエを水中の70％エタノールに保存する。

1. 60 mm×15 mmのペトリ皿に沸騰した水に溶解した1.25％寒天10 mLを注ぎ、セットします。
2. 解剖顕微鏡の下で、細い鉗子のペアを使用して、ゲルの表面に〜20mm、幅2mm、深さ1mmの溝を作る。細かい鉗子を使用して、フライの背側がゲルの上に突き出た状態で、大人のフライの腹側を溝に埋め込む。
   注記：ゲルの緩みにより、試料を損傷することなく簡単に再配置できます。同じ溝を複数の試験片に使用することはできますが、時間がたつにつれて汚れ、破損、および使用不能になります。ユーザーは同じゲルに別の溝を作ることができます。各プレートは〜200枚のハエをイメージングするために使用できます。
3. ワックス状キューティクルからの光の反射を減らし、羽のダメージを防ぐために、水中の70％エタノールで標本を完全に覆う検体操作を行う。

2.顕微鏡セットアップ

注：画像は、画像取得制御ソフトウェアを実行しているコンピュータに取り付けられた解剖スコープ、透過光ベース、デジタルカメラ、およびグースネックコールド光源を使用して取得されます。ソフトウェアの説明は、ImageJ ⁴⁵を組み込んだオープンソースソフトウェアであるMicro-Manager v1.4.20 ⁴⁴に固有のものです。

1. 顕微鏡、デジタルカメラ、ダブルグースネックコールド光源、コンピュータの電源を入れます。
2. イメージキャプチャソフトウェアを実行して、Micro-ManagerウィンドウとImageJウィンドウを開きます。 ImageJウィンドウで、「イメージ」>「タイプ」>「8ビット」をクリックして、すべてのイメージを8ビットとして設定します。マイクロマネージャウィンドウで「ライブ」をクリックすると、カメラからのリアルタイムプレビューを示す「スナップ/ライブ」ウィンドウが開きます。
   1. 「スナップ/ライブ」ウィンドウのサイズを最大にするセサリー。 Micro-Managerウィンドウの "Contrast"タブのプルダウン "Display mode"メニューで "Grayscale"を選択します。
3. 冷たい光源を最大強度まで点灯させ、各グースネックの先端をステージから約120mmの位置に配置します.1つは左に、もう1つは右に配置します。
   注：ユーザーは環状イルミネータを使用することもできますが、これはフライ腹の周りに反射光のリングを生成する可能性があります。
4. 手動で顕微鏡倍率を60倍に設定し、視野がステージの直径約3 mmの領域をキャプチャするようにします。
5. ステージ上に2 mmのステージマイクロメーターを置きます（必要に応じてバックグラウンドを白に切り替えます）。ライブプレビューを見ながら、ステージのマイクロメーターに焦点を当て、「露出」ボックスに露出時間をmsで入力してMicro-Managerウィンドウで露出を調整します。
6. カメラを空間的に較正するには、tの "直線"ツールを選択します彼はImageJウィンドウとステージのマイクロメーターの長さを描く。 ImageJウィンドウで "Analyze"> "Set Scale"をクリックして "Set Scale"ウィンドウを開き、 "Known distance"ボックスにマイクロメートルの長さをμmで入力し、 "Unit of length"ボックス。
   1. "Set Scale"ウィンドウが "pixels /μm"でスケールを表示することを確認してください。スケールを書き留めて、[OK]をクリックします。
7. 「スナップ/ライブ」ウィンドウで、「停止」をクリックし、「スナップ」をクリックしてステージマイクロメーターの画像をキャプチャします。
8. 必要に応じてイメージを空間的に再キャリブレーションできるように、イメージを8ビットのグレースケールTIFFとして保存します。 ImageJウィンドウで「ファイル」>「名前を付けて保存」>「Tiff ...」をクリックします。ファイルブラウザでファイルを保存する場所を指定し、ファイルに名前を付けて「保存」をクリックします。
9. ステージを黒と場所に切り替えるステージ上の寒天（ステップ1.1-1.2）にマウントされたフライを保持するペトリ皿。
10. 顕微鏡を見て、色素のパターンを最もよく見るために、背中の正中線がまっすぐになるようにフライを配置します。腹部の眺めが妨げられないように、翼と付属器を動かしてください。色素沈着したキューティクル（a2-a5）が見えない場合は、腹部を横に絞ってください（ただし、通常は必要ないように、水中で70％エタノールに保存されたハエの腹部が伸びます）。
    注：フライの位置を決めるとき、ユーザーは低倍率（20倍）を使用する必要があります。続行する前に倍率を60Xに戻す必要があります。
11. 手動で背の背部の腹部に焦点を当てる。背側腹部の影や反射を最小限に抑えるために、光源の先端を手動で調整します。
12. コンピュータ画面でライブプレビューを見ながら、Micro-Managerウィンドウの "Contrast"タブのピクセル値ヒストグラムを使って、プレビュー画像のピクセル値の範囲を最大にするには、手順2.4で説明したように露出を調整します。
13. フライとペトリ皿を取り外し、フライと同じ位置で視野を中心とする電圧計に接続されたLED（分光出力430-660 nm）で置き換えます。 LEDと電圧計を測光計⁴⁶として使用し、LEDに当たる光（〜125 mV）によって生成された電圧を記録します。
    注記：LEDと電圧計は、1回の実験で複数のイメージングセッションにわたって光レベルが一定であることを保証するために使用されます。
14. 実験期間中は、光源の位置や強度、顕微鏡の倍率、カメラの露出をさらに変更しないでください。

3.標本イメージング

1. 黒い顕微鏡ステージ上に寒天（ステップ1.1~1.3）にマウントされたフライを保持してペトリ皿を置きます。フライの位置を調整して、3番目と4番目のステップ2.9に記載されているように、腹部セグメントが見え、背中線はまっすぐ上がっている。続行する前に倍率が60倍になっていることを確認してください。
2. 3番目と4番目の背側腹部が合焦するように手動で顕微鏡に焦点を合わせます。ステップ2.6で説明したように、画像キャプチャソフトウェアを使用して、8ビットのグレースケールTIFFとして画像を取得します。
   注記：画像をカラーでキャプチャし、その後、分析のためにグレースケールに変換することができます。
3. 手順2.7で説明したように、イメージを "SESH000_sampleID.tiff"として保存します。
   注：ここでは[SESH]は定数、[000]はセッション番号で変数は可変ですが3桁の長さでなければなりません。[sampleID]はユーザーの希望どおりですが、アンダースコア（_）一定の長さでなければならない。 [sampleID]には、色素沈着データ（温度や系統など）の分析に使用される因子の詳細が含まれていなければならず、特徴的な非アルファベットハイフン（ - ）などの大文字で始まります。これにより、標準統計ソフトウェアを使用して[sampleID]からこれらの要素を簡単に解析することができます。
4. ステージからペトリ皿を取り出し、フライを次の標本と交換する。照明レベル、倍率、または露出をさらに調整することなく、すべての標本が画像化されるまで、ステップ3.1-3.3を繰り返します。

4.複数のセッションにわたるイメージング

1. 複数のセッションにまたがって画像を取得する必要がある場合は、セッション間で光の強さ、露出、および倍率を維持します。各セッションの開始時に、カメラの空間較正（ステップ2.4）とステージでの光強度（LED /電圧メーターで測定される、ステップ2.12）を確認します。
2. 必要に応じて、画像を空間的に較正する能力を確実にするために、ステージマイクロメーター（ステップ2.5-2.7）の画像をキャプチャーして保存します。
3. 少なくとも15個のコントロール検体を使用し、各セッションでそれらを無作為に再イメージしてwを使用してセッション効果の検出と排除を行います。セッション間の重複対照検体が同じ[sampleID]であるが[SESH000]が異なることを確認する。
   注：対照標本は、採取し、保存し、実験標本と同一にマウントしたハエであるが、複数のセッションにわたって再撮像する。コントロール標本の正確な数は、ユーザーの実験設定に依存します。詳細は、ディスカッションを参照してください。

5.画像解析

注：画像解析はImageJ ⁴⁵で行われ、 "Pigmentation.ijmの測定"マクロが補足ファイルとして提供されます。

1. 分析するすべての画像を同じフォルダに置きます。
2. ImageJを起動し、 "Plugins"> "Macro"> "Run"をクリックし、ファイルブラウザーで "Pigmentation.ijmの測定"を選択して "開いた。"
   注：以降のすべての手順はマクロ内にあります。各ステップは個々のマクロコマンドです。
3. 「アクションが必要です」ダイアログボックスが開き、「画像が保存されているフォルダを選択してください」というメッセージが表示されます。 [OK]をクリックし、ファイルブラウザを使用して画像が保存されているフォルダを選択し、[選択]をクリックします。
4. 「アクションが必要です」ダイアログボックスが開き、「データを保存するフォルダを選択してください」というメッセージが表示されます。 「OK」をクリックし、ファイルブラウザを使用して、色素沈着プロファイルを保存するためのフォルダを選択します。 「選択」をクリックします。
5. ダイアログボックスが開き、「サンプルIDの文字数は何文字ですか？」と尋ねられます。データ入力ボックスに、ステップ3.3で指定した[SampleID]の文字数を入力し、[OK]をクリックします。
6. ダイアログボックスが開き、「ROIはどのくらいですか」と尋ねます。データ入力ボックスに、前景画像のピクセル幅を入力します。（ 図1G 、 図2A 、および2A 'の緑色の矩形）を読み取るべきである。 [OK]をクリックします。デフォルトは20ピクセルです。
   注：色素沈着プロファイルは、髪や髪の毛によるノイズを減らすために、ラインではなくキューティクルのストリップ全体にわたって読み取られます。このストリップの幅は画像の解像度に依存しますが、それは腹部の幅の約1/20である必要があります（ピクセル単位）。
7. マクロは最初のフライの画像を開き、現在のフライを測定するか（「はい」をクリックするか）、次のフライに進むか（「いいえ」をクリックするか）、またはマクロ（「キャンセル」をクリック）。
8. 「ANTERIORからPOSTERIORまで背側腹部の中線を定義する」というダイアログボックスが開きます。 「直線」ツールはすでに選択されています。前方から後方へ線を引く背側腹部の中線を定義する。 [OK]をクリックします。 図2Aおよび2A '、黄色の線を参照されたい。
   注：これは、背面の正中線が画面上で水平に横たわるように画像の向きを変更するために使用され、左に前側が続き、後続のステップがより簡単になります。
9. Tergite 4のPOSTERIORエッジをピグメントバンドのすぐ後ろに定義するダイアログボックスが開きます。 「直線」ツールはすでに選択されています。線の中心（白い四角でマークされている）が色素帯（クチクラa5）の後端にちょうど後方に位置するように、後中線の端から右の端に線を引く。 [OK]をクリックします。マゼンタの図2Aおよび2A 'を参照のこと。
   注： Rスクリプトは、色素沈着プロファイルから色素バンドの後端を自動的に検出します。
10. なお、ダイアログ「着色されたキューティクル（a2）の前縁にTergite 4のANTERIORエッジを定義する」というボックスが開きます。 「直線」ツールはすでに選択されています。ラインの中心（白い四角でマークされています）が着色されたキューティクル（キューティクルa2）の前縁にくるように、前中線エッジから右横エッジまで線を描きます。 [OK]をクリックします。シアンラインの図2Aおよび図2A 'を参照。
    注： Rスクリプトは、この点をターガイトの着色キューティクルの前縁として定義します。画像上で、マクロは色素沈着プロファイルが読み取られる関心領域（ROI）を示す（緑色の矩形、 図2Aおよび2A '、 図2Bおよび2B 'に拡大）。マクロはまた、ROIの色素沈着プロファイルを示す第2のウィンドウを開く（ Figur e 2Cおよび2C '）であり、x軸はプロファイルの後端からのピクセル数で表される位置であり、y軸は各位置での平均ピクセル値である。
11. マクロによって開かれる色素沈着プロファイルのプロットを表示します。必要に応じて、プロファイルウィンドウで「ライブ」をクリックして、ROIの位置を調整し、色素沈着プロファイルに影響を与える構造（ 例えば、毛）を含まないようにします。プロファイルが満足のいくものになったら、「OK」をクリックします。
12. Tergite 3の手順5.8-5.11を繰り返します。
    注：マクロは、それぞれ、 "SESH000_samplename_TX_profile.csv"という名前の2つのCSVファイルとして色素沈着プロファイルをエクスポートします。ここで、[SESH000_samplename]はイメージ名で、[TX]は3番目および4番目のタスクのT3またはT4です。
13. マクロが次のイメージを開くように注意します。すべての画像が解析されるまで、手順5.7-5.13を繰り返します。

jove_title "> 6.データ前処理、分析、セッション修正

注：すべてのデータ分析はR47で実施され、提供された「分析のPigmentation.R」スクリプトを使用します。下の "L ..."は、分析の各部分に対して実行するスクリプトの行を示します。分析の実施方法の詳細については、補足情報を参照してください。

1. Rスクリプトを編集して作業ディレクトリ（L6）を設定し、.csvプロファイル（L11）を含むフォルダへのファイルパスを定義します。
2. L13-15を実行して、プロファイルフォルダに格納されている色素沈着プロファイルのリストを生成する。
3. プロファイルを単一のデータフレームに読み込むには、 "reader"と "addPrimaryKey"関数（L17-41）をロードして実行します。
4. L43でスクリプトを編集し、ステップ2.5で決定した画像の空間較正をμm/ピクセル単位で指定します。
5. 読み込んで実行する "adjusプロファイル位置（x軸、 図2Cおよび2C '）をROIのピクセルからROIの前縁まで変換するための「機能」（L46-58）およびピクセル値（0 =黒、255 =白）から色素沈着値（0 =色素なし、255 =最大色素）のプロファイル値（y軸、 図2Cおよび2C '）を示す。
6. 「spline.der.er」関数（L60-71）をロードして実行すると、色素沈着プロファイルとその1階と2階微分の3次スプラインが生成されます（ 図2D -2Fと2D ' -2F '）。
7. まず、色素バンドの後部（T ₃ ）と前部（T ₂ ）エッジの位置を抽出するために、 "coord"関数と "assmbly.coord"関数（L74-163）をロードして実行します（ 図2Dと2D ';）およびa2キューティクルの後端（T1、 図2Dおよび2D '）を使用して、それぞれT ₃およびT ₁で取られた最大（P _max ）および最小（P _min ）色素価を抽出する。
   注：a2キューティクルの前縁は、ステップ5.9で既に定義されています。
8. オプション：「chek」機能（L165-175）をロードして実行して、ランダムに選択された色素沈着プロファイルについて、「coord」機能がポジションT _1-3を正確に識別しているかどうかをチェックします。
9. 「Session」、「Sample」、「Tergite」、「id」（SampleとTergiteの連結）、「P _max 」という見出しを持つデータテーブルを生成するために、インデックスとメトリック関数（L178-193） 「P _min 」、「W _band 」（色素帯の幅= T3-T ₂ ）、および「W _tergite 」（色素cの幅uticles a2-a5、= T3）。
10. セッションの影響により発生する迷惑な要因に対してP _maxとP _minを補正するデータテーブルを生成するために、「訂正」機能（L196-234）をロードして実行します。時間的に隣接するセッション間で再撮像された対照標本からのP _maxまたはP _minの平均増加（または減少）を用いる。

結果

プロトコルは、腹部の色素沈着に飼育温度の効果を探索するために使用された。これまでの研究では、発生温度の上昇は、ショウジョウバエのいくつかの種（ D. melanogaster ^30,32を含む）における腹部色素沈着の拡散を減少させることを示している。具体的には、腹部3および4において、色素沈着の程度（色素バンドの幅）は17℃から25℃に低下し、25℃から28℃まで同じままである24,36。これらの研究は、1-10スケール（0：顔料バンドなし、完全に黄色のテルグライト、5：テルグライトの50％を占める、10：完全に暗色のテルゲライト）で色素沈着の程度を評価した。定量的方法論がこの表現型可塑性を捕捉できるかどうかを立証するために、色素沈着をth17℃（7フライ）、25℃（9フライ）、28℃（9フライ）で卵から成虫まで飼育された、表情的に野生型のハエのアイソジェニック系統の第3および第4腹部腹部。セッション効果によって導入された厄介な因子を除去する際の補正手順の有効性を判定するために、同じハエの...

ディスカッション

この方法論により、複数の下流分析に適した定量的形態での色素沈着データの正確で迅速かつ再現性のある取得が可能になる。この方法は、同種のハエの系統における腹部色素沈着に及ぼす温度の影響に関するデータを得るために使用されてきた。しかし、方法論は、個体、個体群、または種間の色素沈着の差異の基礎となる遺伝子、または色素沈着パターンに対する特定の遺伝子の影響を調べるための逆遺伝学的研究を行うために、フォワード遺伝学研究で使用することができる。上述のように、 D. melanogaster色素沈着の発達および進化を探究した多くの研究があったが、この方法論が色素沈着データを定量的形態で捕捉する精度は、より強力な統計学的アプローチを可能にする。これにより、研究者は色素沈着パターンを解析する際に使用する試料数を減らすことができ、より微妙な解明が可能になります色素沈着の局面。さらに、この方法は、フライの解剖を必要とせず、形態学的測定または遺伝子型決定のようなさらなる分析のために試料をその後使用することを可能にする。実際、この方法は、麻酔されたハエに使用される可能性があり、その後、その色素形成特性に基づいて選択的に繁殖することができる。

材料

この記事で使用された材料の一覧

名前	会社	カタログ番号	コメント
デュモン#5生物学鉗子	FST11252-30
天	Sigma-Aldrich5040
剖スコープ	ライカ	MZ16FA
ベース	ライカ	MDG41
カメラ	ライカ	DFC280
グースネック冷光源	ショット	ACE1
画像アクイジション制御ソフトウェア	Micro-Manager v1.3.20
https://micro-manager.org/ 画像解析ソフトウェア	ImageJ		https://imagej.nih.gov/ij/
データ分析ソフトウェア	R 3.3.2		https://www.r-project.org/
LED	Thor Labs	LEDWE-15
マルチメーター	Fluke	Fluke 75 Series II
60 mm x 15 mm ペトリ皿	Celltreat Scientific Products	229663
Stage micrometer	Klarman Rulings, Inc.	KR-867