方法論記事

N型糖鎖アレイ開発および HIV 抗体のための化学酵素合成プロファイリング

DOI：

10.3791/55855

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2018年2月5日

 ,  ,  , 
1Genomics Research Center, Academia Sinica

この記事について

サマリー

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

酸化アルミニウム コーティング ガラスに添付ファイルのN型糖鎖の合成にモジュラー アプローチは、糖鎖マイクロ アレイを開発し、広く中和抗体、HIV のプロファイリングの使用が示されている (ACG スライド) をスライドさせます。

要約

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Nの広い範囲の急速な準備のための非常に効率的な方法を提案する-人間の糖タンパク質でよく見られる (20,000 構造を超過する推定) オリゴ糖をリンクします。目的の構造の多様性を達成するために戦略から始まった、3 -Oと 6 -Oで彼らの段階的 α-選択的グリコシル化に続いて、oligosaccharyl フッ化物モジュールの 3 種類の化学酵素合成の位置、重要な β-マンノシドのリンケージを持つ共通のコア三のマンノース残基。我々 はさらに、HIV 抗体とヘテロ-リガンド相互作用の分析のための共有結合混合配列を作成する酸化アルミニウム コーティング ガラス (ACG) スライドの表面にN型糖鎖を添付しました。特に、バインディング動作を新たに単離した HIV 1 広く中和抗体 (bNAb)、PG9、密接に間隔をあけられた男5GlcNAc2の混合物の (男5) と 2, 6-ジ-還元末端 bi antennary 複合型N型糖鎖 (SCT) ACG 配列の HIV ワクチン開発のための効果的な免疫原設計に新しい道を開きます。また、ACG 配列は異種リガンド結合動作の他の HIV 抗体を研究する強力なツールを体現しています。

概要

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

糖タンパク質糖鎖のN共有にリンクされて、アスパラギン コンセンサス Asn-Xxx-セリン/スレオニン sequon の (Asn) 残基蛋白質の構造、抗原性、溶解性、レクチン認識などいくつかの生物学的プロセスに影響を与える1,2。 Nの化学合成-糖鎖は彼らの巨大な構造マイクロ不均一性と高分岐建築のため重要な合成挑戦を表します。保護を慎重に選択グループ ビルディング ブロック、アノマー中心とプロモーターの適切な使用に選択性を達成するための反応性を調整する/activator(s) 複雑なオリゴ糖の合成における重要な要素です。N型糖鎖の合成を進める作業の偉大な量が報告された複雑なこの問題を解決するために最近3,4。これらの堅牢なアプローチにもかかわらず、(〜 20,000) 残る主要な挑戦のN型糖鎖の広い範囲の準備のための効果的な方法を見つけること。

広範な遺伝的多様性と中和抗体から脱出する能力を達成するために HIV-1 の急速な突然変異率は HIV 15,6に対して安全と予防ワクチンの開発に最大の課題の一つです。,7. HIV を使用してホストの免疫反応を回避する 1 つの効果的な戦術は多様なN封筒糖蛋白質 gp120 の翻訳後修飾糖鎖-ホスト糖機械8から派生した糖鎖のリンク 9。人間の萌芽期の腎臓 (HEK) 293 t 細胞からの組換えの単量体 1 HIV gp120 糖鎖の精密解析に関する最近の報告書は、セル固有の特徴10構造異種性の発生を示唆しています。,11,12します。 したがって、HIV-1 bNAbs の糖鎖特異性も特徴と gp120 が必要です理解関連N型糖鎖構造解析のための十分な量で。

糖鎖マイクロ アレイの技術の発見は、炭水化物結合蛋白質、ウイルス/細菌アドヘシン、毒素、抗体、および lectines1314,の多様な範囲の特異性の高スループットに基づく探査を提供.アレイ チップ ベース形式で体系的な糖鎖の配置は、多価プレゼンテーション15,16,17,18まで問題となる低親和性タンパク質糖鎖の相互作用を決定でした。このチップに基づく糖鎖の配置が効果的に細胞インターフェイスを模倣する便利に表示されます。技術を豊かにし従来の配列形式に関連付けられているムラの問題を克服する、私たちのグループは最近ホスホン酸終わった糖鎖を使用して信号強度を高めるのに酸化アルミニウム コーティング ガラス (ACG) スライドの糖鎖アレイを開発均一性、そして感度19,20。

新たに単離した HIV 1 広く中和抗体 (bNAbs) の糖鎖エピトープに関する現在の理解を向上させるため、我々 はNの広範な配列の準備のための高効率モジュール戦略を開発している-リンク糖鎖21 、、ACG に印刷される22スライド (図 1参照)。ACG 配列の HIV-1 bNAbs のプロファイリング研究を提供して非常に強力な bNAb HIV からが分離された PG9 のヘテロ糖鎖連結動作の異常検出感染個人23,24,25特異性。

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プロトコル

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. D1, D2 の準備アーム モジュール22

  1. 中間 2 の準備
    1. 材料1 (図 2 p-methoxyphenyl-O-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl-(1→2)-α-D-mannopyranoside (100 mg、0.204 ミリ モル) で表示) 15 mL チューブに開始の重量を量るし、含む Tris バッファー (25 mM、pH 7.5) に溶解マンガン塩化 (MnCl2, 10 mM) 5 mM の最終的な糖濃度を達成するために。
    2. ウリジン二リン酸ガラクトース (UDP-Gal) の 2 の同等物を追加します。
    3. 酵素 β-1、牛乳から 4 ガラクトシル トランスフェラーゼの 150 単位を追加し、37 oC 15 時間で混合物を孵化させなさい。
    4. 実行後、15 h で、薄層クロマトグラフィー (TLC) TLC プレートに反応混合物をスポッティングの開始材料の総消費量を示すため、 nを開発-ブタノール/酢酸/水 (H2O) 1:1:1 比とによる染色、暖房に先行 0.25 M セリウム アンモニウム モリブデン酸のソリューションです。90 oC 5 分で加熱することにより反応を消すし。
    5. 3 分間 2,737 x g の速度で反応混合物を遠心し、ポリアクリルアミドゲルの列の上部に上清を読み込む (材料の表を参照してください)。脱イオン蒸留水を使用して列を溶出し、1-2 の mL の小数部を持つ製品を収集します。
    6. TLC26、 nの開発によって収集された分数を監視-ブタノール: H2o: 酢酸 1:1:1 の比率と暖房に先行セリウム アンモニウム モリブデン酸の溶液で染色します。白い粉として27中間 2 (115 mg, 86%) を取得する分数を含む製品を凍結乾燥します。NMR28と質量29 (データの補足ファイルを参照) によって製品を特徴付けます。
  2. 中間 3 の準備
    1. 開始材料2 (図 2 p-methoxyphenyl-O-β-D-galactopyranosyl-(1→4)-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl-(1→2)-α-D-mannopyranoside (80 mg, 0.122 モル) で表示) 15 mL チューブの重量を量るし、トリスを溶かすバッファー (25 mM、pH 7.5) 含む MnCl2 (10 mM) 5 mM の最終的な糖濃度を準備します。
    2. グアノシン 5'-diphospho-β-L-フコース ナトリウム塩 (GDP-フコース) 2 同等物を追加します。
    3. 酵素 α-1、ピロリ菌(Hp1 3FTΔ26695) から 3 フコシル トランスフェラーゼの 150 単位を追加し、37 oC 15 時間で混合物を孵化させなさい。
    4. 1.1.4 の手順に従ってください。
    5. 1.1.5 の手順に従ってください。
    6. 白い粉として 1.1.6 中間3 (82 mg, 84%) を取得するための手順に従ってください。NMR、質量分析法 (参照してください補足データ ファイル) によって製品を特徴付けます。
  3. 4、5 モジュールの準備
    1. 化合物2、 p-methoxyphenyl-O-β-D-galactopyranosyl-(1→4)-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl-(1→2)-α-D-mannopyranoside (0.230 g、0.360 モル) または化合物3 p- の重量を量るmethoxyphenyl-O-β-D-galactopyranosyl-(1→4)-[α-L-fucopyranosyl-(1→3)-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl]-(1→2)-α-D-mannopyranoside (0.100 g、0.125 ミリ モル) 25 mL 単一首丸底フラスコに 30 分間の真空下でドライ。
    2. 真空からフラスコを取り外し、窒素ガスでそれを埋める、電磁攪拌棒を追加、ゴム中隔とキャップ、窒素風船を取り付けます。
    3. 0 oC. 炒め 600 700 rpm で磁性攪拌器を使用して室温で 12 h の結果として得られる反応で氷浴にフラスコに乾燥ピリジンの 7 mL と無水酢酸 (Ac2O) の 3 mL を注入します。回転を使用して溶媒を蒸発させる 0 - 真空圧蒸発器 50 oc 以上で 10 mbar
    4. (DCM) ジクロロ メタン 30 mL を使用して原油の混合物を希釈し、飽和水溶液ナトリウム炭酸水素 (NaHCO3) 抽出 (2 x 20 mL) 50 mL, 漏斗に。
    5. DCM (3 x 15 mL) の水層を再抽出した有機層を硫酸ナトリウム上乾燥.濾過により硫酸ナトリウムを削除し、DCM (5 mL) で洗浄します。400 mbar 真空圧 40 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
    6. 原油の混合溶液をシリカのベッドの上に DCM の 2 mL に読み込みます。
    7. トルエンとアセトン トルエンに 0 - 20% アセトンからを含む混合物で列を溶出し、5-10 mL の分数を収集します。
    8. トルエン ・ アセトンで開発 TLC (手順 1.1.4 および 1.1.6) によって収集された分数を監視 (7/3)、ホット プレート加熱後はセリウム アンモニウム モリブデン酸の溶液で染色します。
    9. それぞれ 72% と 85% の利回りで白い泡として目的の製品を得るため、ロータリーエバポレーターを使用して分数を含む製品を蒸発させます。
    10. 製品を 7 mL のアセトニ トリルに溶解: トルエン: H2O 4:25 mL の丸底フラスコに 2:1 の比率。
    11. 0 o氷浴を使用して C に冷却しながら硝酸セリウム アンモニウム (2 同等) を追加します。500 〜 800 rpm で 3 時間室温で反応をかき混ぜます。
    12. TLC の開始材料の総消費量後 (TLC トルエン ・ アセトンで開発 (7/3) 254 UV 吸光度による可視化と nm、暖房に先行セリウム アンモニウム モリブデン酸の溶液で染色)、反応混合物を希釈酢酸エチル (30 mL) と (15 x 2 mL) H2O で抽出。
    13. 5 ml の飽和食塩水 (NaCl) の結合された有機層を抽出します。
    14. 240 mbar 真空圧 40 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
    15. シリカのベッドの上に DCM の 2 mL に原油製品のソリューションを読み込みます。トルエンとアセトン (0 - 20% アセトン トルエン) を含む混合物で列を溶出し、5-10 mL の分数を収集します。トルエン ・ アセトンで開発、TLC により収集された分数を監視 (7/3)。
    16. 77 mbar 真空と 40 oC 白発泡体として目的の製品を得るために回転蒸発器を用いて製品を含む画分を蒸発させます。
    17. それぞれのアルコールを 25 mL 単一首丸底フラスコと-30 oc. にクールで DCM の 10 mL に溶解します。
    18. グラムジエチルアミノ三 (DAST、2 同等物) を追加します。-30 oC 2 h のために反応混合物をかき混ぜなさい。
    19. TLC の開始材料の消費後 (トルエン ・ アセトンで開発 TLC (4/1) 254 UV 吸光度による可視化と nm、暖房に先行セリウム アンモニウム モリブデン酸の溶液で染色)、DCM (30 mL) の反応混合物を希釈、洗濯は飽和 NaHCO3 (15 x 2 mL)。
    20. 飽和塩化ナトリウム溶液の 5 mL の結合された有機層を抽出、無水硫酸マグネシウムを追加することによって乾燥、次の DCM (5 mL) で洗浄混合物をフィルター処理、100 mL 単一首丸底フラスコに集めます。
    21. 400 mbar 真空圧 40 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
    22. シリカのベッドの上に DCM の 2 mL の原油製品のソリューションを読み込みます。トルエンとアセトン (0 20% アセトン トルエン) の混合物と 5-10 mL の収集分数列を溶出します。
    23. トルエン ・ アセトンで開発、TLC により収集された分数を監視 (7/3)。
    24. ロータリーエバポレーターを使用して希望の製品4、 [2,3,4,6-O-tetraacetyl-β-D-galactopyranosyl]-(1→4)-[3,6-O-diacetyl-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl]-(1→2)-3,4,6-を取得する分数を含む製品を蒸発します。O オプティカルコンポーネント α D mannopyranosyl フッ化物 (2 つのステップに 54%)、 5、 [2,3,4,6-O-tetraacetyl-β-D-galactopyranosyl]-(1→4)-[2,3,4-O-triacetyl-α-L-fucopyranosyl-(1→3)-3,6-O-diacetyl-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl]-(1→2)-3,4,6-O-triacetyl-α-D-mannopyranosyl フッ化物 (2 つのステップで 67%) 白色固体として。
    25. NMR、質量分析法 (参照してください補足データ ファイル) によって製品を特徴付けます。

2. 糖鎖 10 の準備

  1. 中間 7 の準備
    1. 銀トリフラート (AgOTf) (0.039 g、0.155 モル) bis(cyclopentadienyl)hafnium(IV) 二塩化 (Cp2要約2) (0.041 g、0.108 mmol) の重量を量る 25 mL 単一首丸底フラスコに、30 分間 schlenk ライン真空下で乾燥、それからを削除、真空、窒素ガスでそれを記入してください。
    2. AgOTf と Cp2要約2を含むフラスコに、新鮮な乾燥 4 Å モレキュラーシーブス (0.2 g) を転送、a 磁気攪拌棒を追加、鼻中隔と、すぐにキャップおよび a 窒素風船を追加します。
    3. 乾燥したガラスの注射器とフラスコに 3 mL の乾燥トルエンを転送します。室温で 1 時間反応混合物を攪拌し、0 oc 以上に冷却してから
    4. ドナー 4 (図 2、0.043 g、0.046 モル) と受容体65-Azidopentyl-O-2-O-acetyl-4,6-O-benzylidine-β-D-mannopyranosyl-(1→4)-O-(3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-(2,2,2-trichloroethoxy) の溶液を注入して0 から 10 mL 注射器を使用して隔壁を通してフラスコに 3 mL のトルエンの carbonylamino-β-D-glucopyranosyl)-(1→4)-O-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-(2,2,2-trichloroethoxy)carbonylamino-β-D-glucopyranoside (図 3, 0.045 g, 0.031 モル)oC. 3 時間室温で反応混合物をかき混ぜなさい。
    5. TLC の出発原料の消費後 (TLC、DCM/アセトン (8.5/1.5) で開発と 254 で紫外線吸光度によって可視化 nm、暖房に先行セリウム アンモニウム モリブデン酸の溶液で染色)、注入 10 によって反応を抑制トリエチルアミンの同等のもの。
    6. 50 mL の丸底フラスコにセライト ベッドを通して分子ふるいをフィルター、さらに酢酸エチル 10 mL で洗います。水性 NaHCO3 (2 x 20 mL) 50 mL, 漏斗での飽和溶液とした有機層を抽出します。酢酸エチル (3 x 15 mL) で水層を抽出します。
    7. 飽和塩化ナトリウム溶液 (5 mL) を合わせた有機層を抽出、無水硫酸マグネシウムを使用して乾燥、硫酸マグネシウムを削除、酢酸エチル (3 x 15 mL) で洗浄し、100 mL の丸底フラスコに濾液を収集する混合物をフィルター処理します。
    8. 240 mbar 真空圧 40 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
    9. シリカ ベッド ・ コラムの上に DCM の原油製品のソリューションを読み込みます。DCM とアセトン (DCM で 0-10% アセトン) を含む混合物で列を溶出し、5-10 mL の分数を収集します。
    10. DCM/アセトン (8.5/1.5) で開発、TLC により収集された分数を監視します。ロータリーエバポレーターを使用して中間7、 5-Azidopentyl-O-{[2,3,4,6-O-tetraacetyl-β-D-galactopyranosyl]-(1→4)-[3,6-O-diacetyl-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl]-(1→2)-[を取得する製品を含む画分を蒸発します。3,4,6-O-triacetyl-α-D-mannopyranosyl]}-(1→3)-[2-O-acetyl-4,6-O-benzylidine-β-D-mannopyranosyl-(1→4)-O-(3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-(2,2,2-trichloroethoxy)carbonylamino-β-D-glucopyranosyl)-(1→4)-O-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-(2,2,2-trichloroethoxy) carbonylamino-β-D-グルコピラノシド (0.052 g、70%)、白い泡として。
    11. NMR、質量分析法 (参照してください補足データ ファイル) によって製品を特徴付けます。
  2. 中間 8 の準備
    1. 25 mL 単一首丸底フラスコに hexasaccharide 7 (図 3, 0.040 g 0.016 ミリ モル) の重量を量る、1 h の真空下で乾燥、真空から削除、窒素ガスでそれを埋める、電磁攪拌棒を追加、ゴムキャップとキャップします。
    2. Acetonitrile:methanol (メタノール) (2:1 の比率) の 3 mL をフラスコに転送します。
    3. Pを追加-トルエンスルホン酸一水和物 (0.001 g、0.008 モル) 反応フラスコにかき混ぜる 5 時間 800 rpm で反応。
    4. TLC の開始材料の消費後 (TLC、DCM/アセトン (8.5/1.5) で開発と 254 で紫外線吸光度によって可視化 nm、暖房に先行セリウム アンモニウム モリブデン酸の溶液で染色)、注入 10 によって反応を抑制トリエチルアミンの同等のもの。
    5. 337 mbar 真空圧 40 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
    6. DCM の約 2 mL と原油の混合物を溶解し、シリカ ベッドの上にロードします。
    7. DCM とアセトン (DCM で 0 - アセトン 10%) の混合物と 5-10 mL の収集分数列を溶出します。DCM/アセトン (8.5/1.5) で開発、TLC により収集された分数を監視します。400 mbar の真空および 40 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
    8. 中間8 5 を与えるため減圧残渣を乾燥-Azidopentyl-O-(2-O-acetyl-3,4,6-tri-O-benzyl-ced pressure to give →3)-2-O-アセチル-4、6-O-benzylidine-β - d-mannopyranosyl-(1→4) - O-(3, 6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-phthalimido-β-D-glucopyranosyl)-(1→4)-O-3,6 - di-O-benzyl-2-deoxy-2-phthalimido-nzyl-2-deoxy-2-phth。(図 3、0.022 g 57%) 白色固体として。NMR、質量分析法 (参照してください補足データ ファイル) によって製品を特徴付けます。
  3. 中間 9 の準備
    1. 中間9 (図 3) の準備は、ドナー 5 (0.015 g、13.2 µmol) およびアクセプター 8 (図 3、0.020 g 8.80 µmol) を使用して達成されました。
    2. AgOTf (0.011 g、44.1 µmol) と Cp2要約2 (0.012 g, 30.8 µmol) は、休眠打破として使用されました。
    3. 2.1.1 に 2.1.10 中間9 5 を取得する手順を実行します-Azidopentyl - O-{[2,3,4,6-O-tetraacetyl-β-D-galactopyranosyl]-(1→4)-[3,6-O-diacetyl-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl]-(1→2)-[3,4,6-O-triacetyl-α-D-mannopyranosyl]}-(1→3)-{2,3,4,6-O-tetraacetyl-β-D-galactopyranosyl]-(1→4)-[2,3,4-O-triacetyl-α-LS160fucopyranosyl-(1→3)-3,6-O-diacetyl-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl]-(1→2)-3,4,6-O-triacetyl-α-D-mannopyranosyl}-(1→6)-[2-O-acetyl-β-D-mannopyranosyl-(1→4)-O-(3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-(2,2,2-trichloroethoxy)carbonylamino-β-D-glucopyranosyl)-(1O-benzyl-2-deoxy-2-(2,2,2-trichloroethoxy)carbonylamino-β-D-glucopyranosyl)-D-glucopyra (0.010 g, 34%), as白い泡。
  4. 中間の世界的な脱保護
    1. 25 mL 単一首丸底フラスコに化合物9 (0.010 g、2.9 µmol) の重量を量る、電磁攪拌棒、ゴムキャップ、キャップを追加、窒素風船を取り付けます。
    2. 1, 2 mL に転送 4 ジオキサン: H2O (4:1) フラスコに。フラスコには、水酸化リチウム (LiOH) (0.005 g、重量 50%) を追加します。90-100 oC 12 h で反応混合物を攪拌し、室温冷却します
    3. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させると 1 時間真空下でフラスコを乾燥、窒素でそれを埋める、真空マニホールドからそれを削除し、ゴムキャップとキャップします。
    4. 室温 12 h 0 oC. 攪拌反応混合物で 10 mL のシリンジを使用して隔壁を通してフラスコに 4 mL 乾燥ピリジン、無水酢酸 2 mL を注入します。
    5. 0-10 mbar 真空圧 50 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
    6. DCM の 30 mL を使用して原油の混合物を溶解し、飽和水溶液 NaHCO3 (2 x 20 mL) 50 mL, 漏斗でソリューションを展開します。
    7. DCM (3 x 15 mL) の水層を再抽出します。ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させます。
    8. DCM の C18 シリカ ベッドの上に約 2 mL の製品のソリューションを読み込みます。水とメタノールの混合物を持つ列を溶出 (0 - 水メタノール 100%) し、5-10 mL の分数を収集します。
    9. 製品分数を収集し、白い泡として目的の製品を得るための減圧下で蒸発します。
    10. 製品を 25 mL の丸底フラスコに乾燥メタノール 5 mL に溶解してゴム隔壁とキャップします。
    11. 0 o氷浴を使用して C にメタノールとクールでナトリウムメトキシド (NaOMe) の 0.1 mL を転送し、12 h の混合物をかき混ぜます。
    12. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を除去し、高真空下で製品を乾燥します。
    13. 5 mL のメタノールの粗製品を溶解: H2o: 酢酸 (6:3:1)。
    14. 水酸化パラジウム (Pd(OH)2) を追加 (50 wt %)、15 h の水素気球を用いた水素雰囲気中での反応をかき混ぜます。
    15. セライト ベッドを通して反応をフィルターし、dd 水 2 mL に続いて 2 mL のメタノールで洗浄します。
    16. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させます。
    17. 約 1 mL の水と原油の混合物を溶解し、ポリアクリルアミドゲルのベッドの上に読み込み (材料の表を参照してください)。水で製品を溶出し、1-2 の mL の分数を収集します。
    18. TLC によって収集された分数を監視し、 nを開発-ブタノール: H2o: 酢酸 (1:1:1)。
    19. 製品分数を収集し、目的の製品10、 5-Aminopentyl-β-D-galactopyranosyl-(1→4)-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl-(1→2)-α-D-mannopyranosyl]-(1→3),-[β-D-galactopyranosyl-(1→4)-(を得るため凍乾α-L-fucopyranosyl-(1→3)-2-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl)-(1→2)-α-D-mannopyranosyl]-(1→6)-β-D-mannopyranosyl-(1→4)-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranosyl-(1→4)-2-acetamido-2-deoxy-β-D-glucopyranoside (0.002 g, 36%), as a白色の粉末。
    20. NMR、質量分析法 (参照してください補足データ ファイル) によって製品を特徴付けます。

3 ホスホン酸尾19,22と糖鎖の調製

  1. 5 mL の丸底フラスコにそれぞれ糖 (2-5 µmol) の重量を量る、電磁攪拌棒を追加し、ゴムキャップとキャップします。
  2. たて干しジメチルホルムアミドの 400 μ L を転送します。
  3. 追加 [2 (2 (2 (ビス (ベンジルオキシ) リン酸化) ethoxyethoxy) (2, 5-dioxopyrrolidin1-イル) エチル炭酸] (10-25 µmol、家で準備) 糖鎖のソリューション。5 h の 800 rpm で混合物をかき混ぜます。
  4. 5-10 mbar 真空圧 40 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
  5. 0.5 mL の水に反応混合物を溶解し、ポリアクリルアミドゲル ベッドの上部にロード (材料の表を参照してください)。水を使用して製品を溶出し、1-2 の mL の分数を収集します。
  6. TLC26によって収集された分数を監視します。TLC プレートに反応混合物をスポットし、汚れ 0.25 M セリウム アンモニウム モリブデン酸; のソリューションを追加ホット プレートを用いる加熱によるに従ってください。分数を含む製品を収集し、白い粉として目的の製品を得るため凍乾します。
  7. 2 mL の水で製品を溶解し、Pd (オハイオ州)2 (重量の 50%) を追加します。15 h の水素気球を用いた水素雰囲気下で 800 rpm で反応をかき混ぜます。
  8. フラックス焼成層反応をフィルター処理および脱イオン蒸留水 2 mL に続いて 2 mL のメタノールで洗浄します。300 mbar 真空圧 40 oC. ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させる
  9. 約 1 mL の水と原油の混合物を溶解し、ポリアクリルアミドゲルのベッドの上に読み込み (材料の表を参照してください)。
  10. 水で製品を溶出し、1-2 の mL の分数を収集します。TLC26によって収集された分数を監視します。分数を凍乾 (液体窒素を使用して製品を凍結し、真空下でエアカーテンに) 白い粉として目的の製品を得るため。NMR、質量分析法 (参照してください補足データ ファイル) D2O を溶媒として使用して製品を特徴付けます。

4. 糖鎖アレイ

  1. スライド ガラス (ACG スライド) を被覆アルミニウムの作製19,20,22
    注: スライド アルミ コーティング ガラスの作製は、薄いフィルム技術部門、機器技術研究センター、国立応用研究所、新竹サイエン スパーク、台湾で行われました。
    1. パックをスライドに塗った、ナオの形成を防止して陽極酸化表面の電気化学反応までシールを保つ真空シール。
  2. アルミの表面に陽極酸化コーティング スライド ガラス19,20,22
    1. 4 ° C の低温インキュベーターを設定します。0.3 M のシュウ酸水溶液を準備し、氷浴でそれを保ちます。500 mL ビーカーを取る、磁気スターラー バーを追加します。
    2. 0.3 M のシュウ酸を 500 mL のビーカーに転送し、ソリューションに陰極として 10 cm 長いプラチナ ロッドを配置します。陽極酸化プロセス全体でシュウ酸 (300 の rpm) で混ぜ続けます。
    3. ラボのトレーサーのソフトウェアを有効に、「セットアップ」ボタン、「選択スイープ電圧を機能」をクリック開始を設定、25.8 V、100、1 に対応するポイントの数に電圧を停止し 1,200 ms 遅延時間を掃引し、クリックして"ok"。
    4. カソードに向かってアルミ コーティング ガラス側をクランプします。「テスト実行」ボタンをクリックします。電流測定 (8 〜 10 mA) を観察します。
    5. 表面の陽極酸化後二重蒸留水で十分にスライドを洗って、乾燥窒素ガスでパージし、さらに使用まで 30% の相対湿度チャンバーに保管します。
  3. ACG 作製糖鎖マイクロ アレイ22
    1. 10 mM の濃度でエチレング リコールで個別にすべて一価多糖体 (- 11 世) の 100 μ L を準備します。
    2. 印刷バッファー (80% エチレング リコール, 20% 脱イオン水) と上記の糖鎖を希釈すると、100 μ M の濃度を確認します。
    3. ヘテロ配位子に関する個別 XI 糖鎖の 5 μ L を準備し、それぞれに男5GlcNAc2 (1:1) の 5 μ L を追加します。
    4. 0.6 の蒸着によるロボットによって印刷のマイクロ アレイ ピン (材料表参照) ACG に事前に準備された糖鎖の nL スライド31。
    5. 結合の試金する前に湿度制御ドライ ボックスで印刷スライドを格納します。
  4. HIV 1 広く中和抗体 PG9 の糖鎖エピトープ マッピング22
    1. 1 ml 含まれている BSA PBST バッファー、3 w/v。
    2. PG9 の 70 μ L を準備 (50 μ g/mL) PBST バッファー内 (BSA PBST バッファー、3 w/v が含まれている)。
    3. ロバ抗ひと IgG (Alexa Fluor 647 共役) 二次蛍光タグ抗体の 120 μ L を準備 PBST バッファーで 50 μ g/mL (BSA に含まれる PBST バッファー、3 w/v) 暗闇の中で。
    4. 一次抗体 (PG9) と 1:1 の比率 (各 60 μ L) で二次蛍光タグ抗体を混ぜます。4 ° C で 30 分間予混合抗体を孵化します。
    5. 16 井戸に分けられるスライド培養室に ACG スライドをロードします。糖鎖アレイに予混合抗体の 100 μ L を転送し、, 16 h のための 4 ° C で。
    6. 予混合抗体をピペットで移しなさい。スライド培養室を削除します。
    7. PBST バッファーでまずスライドを洗う (PBS と 0.05% Tween 20)、脱イオン水とスピンで 2,000 x g で乾燥が続く。
    8. マイクロ アレイ画像の解析ソフトウェアを開く (材料の表を参照してください)。下向きアレイ機能のスライドを挿入します。
    9. 「設定」メニューをクリックして、画像解像度を設定、ピクセルあたり 5 μ m、波長 635 nm PMT450 と 100% まで。
    10. スライドをイメージングを開始する「スキャン」ボタンをクリックします。
    11. Tif 形式でスキャン画像を保存する「ファイル」アイコンをクリックしてします。
    12. 画像解析を実行するには、次のソフトウェアのユーザー ガイド32。
    13. 蛍光量の合計を計算し、画像処理ソフトウェア33を使用して表現 (材料の表を参照してください)。
      注: ここでは、すべてのデータ ポイントの割合の平均値エラーは誤差範囲が表示されます。

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結果

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さまざまなN 型糖鎖の合成のためのモジュラー化学酵素の作戦は、図 1で示されます。戦略は、3 -Oおよび/または 6 -Oで α 固有マンノシル化に続いて、3 つの重要なモジュールの化学酵素合成法による初めの多様性を作成ことができますという事実に基づく共通のマンノース残基の位置N型糖鎖のコア三糖類です。Bi、トリ、テトラ antennary 複合型N型糖鎖構造の構造多様性を考慮した oligosaccharyl ドナーとプリインストールされているアルキル handlecould とコア三糖類受容体のセットの開始として使用することを信じた目的の構造多様性 (図 1) を生成するための材料。糖供与体フッ化物複雑な糖鎖のライブラリを構築する上での有効性は以前21を実証されています。

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ディスカッション

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HIV 1 菌株を循環の 70-80% の中和に非常に強力なことは、HIV-1 bNAbs PGTs 128、PG16、PG9 141-145 を含むのクラスが報告されました。これらの bNAbs のエピトープが全体の HIV-1 グループ M の変種の間で非常に節約される、従って彼らは23,抗体中和24,25 を引き出すために HIV ワクチンの有効な免疫原設計をガイドがあります。.、HIV-1 広く中和抗体の糖鎖エピトープを識別するために私たちの継続的な努力の一環としてパネル高マンノース、ハイブリッド、および糖鎖アレイ21、を形成する複合型糖鎖の化学的合成を報告しました。 22。ただし、 N-コーティング (NHS) スライド ガラスに一般的に使用される糖鎖配列がおそらくのために異種の糖鎖の分布の加水分解から生じる...

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開示事項

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

著者が明らかに何もありません。

謝辞

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

著者は、薄いフィルム技術部門、楽器技術研究センター (ITRC) と国立応用研究所、台湾・新竹サイエン スパークにありがとうございます。この作品は、国家科学委員会によって支えられた (付与なし。ほとんど 105-0210-01-13-01) と中央研究院。

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材料

この記事で使用された材料の一覧
名前会社カタログ番号コメント
酢酸Sigma Aldrich64197
アセトニトリルSigma Aldrich75058
無水酢酸Sigma Aldrich108247
無水硫酸マグネシウムSigma Aldrich7487889
三フッ化ホウ素エチルエーテル酸Sigma Aldrich109637
ウシ血清アルブミンSigma Aldrich9048468
Bio-Gel P2 polyacrylamideBio-Rad1504118
ビス(シクロペンタジエニル)ハフニウム(IV) 二塩化Sigma Aldrich12116664
&β;-1,4 牛乳からのガラクトシルトランスフェラーゼSigma Aldrich48279
BioDot Cartesion technology with robotic pin SMP3 (Stealth Micro Spotting Pins)Arrayit
モリブデン酸アンモTCIC1794
硝酸アンモニウムセリウムSigma Aldrich16774213
スライドガラス ショット 
シチジン-5′-モノホスホ-N-アセチルノイラミン酸Σ Aldrich3063716
重水素化クロロホルムΣ Aldrich865496
ロバ 抗ヒト IgG (Alexa Fluor647 結合Jackson Immuno Research, USA709605098
ジクロロメタンΣ Aldrich75092
ジエチルアミノ硫黄三フッ化物Sigma Aldrich38078090
ジメチルホルムアミドSigma Aldrich68122
酢酸エチル Sigma Aldrich141786
エチレングリコールAcros 有機107211
FASTフレームスライドインキュベーションチャンバーSigma Aldrich
グアノシン 5'-ジホスホ-b-L-フコース二ナトリウム塩 Sigma Aldrich15839700
Lab tracer 2.0ソフトウェア プロトコル
GenePix Pro 4300Aリーダー(マイクロアレイ画像解析)分子デバイスwww.moleculardevices.com
GraphPad Prismソフトウェア(画像処理)GraphPad Software, Inchttp://www.graphpad.com/guides/prism/6/user-guide/
水酸化リチウムSigma Aldrich1310652
塩化マンガンシグマ アルドリッチ7773015
メタノールシグマ アルドリッチ67561
N-ブタノールシグマ アルドリッチ71363
シュウ酸アクロス 有機144627
パラジウム 水酸化物シグマ アルドリッチ12135227
リン酸緩衝生理食塩水サーモフィッシャーサイエンティフィック 
10010023 ピリジンSigma Aldrich110861
P-トルエン スルホン酸 一水和物Sigma Aldrich773476
シルバー トリフレートSigma Aldrich2923286
重炭酸ナトリウムSigma Aldrich144558
塩化ナトリウムSigma Aldrich7647145
ナトリウム炭酸水素塩Sigma Aldrich144558
ナトリウムメトキシド シグマ アルドリッチ124414
硫酸ナトリウムシグマ アルドリッチ7757826
トルエン シグマアルドリッチ108883
トリスバッファ アムレスコN/A超高純度グレード
Tween-20アムレスコ9005645
ウリジン二リン酸ガラクトース(UDP-ガラクトース)シグマ アルドリッチ137868521
物 ニウム

参考文献

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