方法論記事

質量分析を用いた識別 RNA 結合領域のための試料作製

DOI：

10.3791/56004

⸱

2017年9月28日

 ,  ,  ,  , 
1Epigenetics Institute, University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 2Department of Cell and Developmental Biology, University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 3Department of Biochemistry and Biophysics, University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 4Graduate Group in Biochemistry and Biophysics, University of Pennsylvania Perelman School of Medicine

この記事について

サマリー

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RNA 結合蛋白質を識別し、紫外線による光架橋と質量分析法を用いた生細胞におけるその RNA 結合領域をマップするためのプロトコルについて述べる。

要約

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Rna は、遺伝子発現、クロマチン構造と DNA 修復を規制を含むいくつかの核プロセスで重要な役割を果たします。ほとんどの場合、非翻訳 Rna のアクションは蛋白質の機能が Rna とこれらの相互作用によって規制されて順番によって媒介されます。これと一致して、増えて核機能に関与するタンパク質の RNA をバインドする報告されているし、いくつかのケースでこれらの蛋白質の RNA 結合領域マップされている、多くの場合骨の折れる、候補者ベースのメソッドを使用します。

ここで、RNA 結合タンパク質と RNA 結合領域の高スループット、プロテオーム的公平な識別を実行する詳細なプロトコルを報告します。方法論は、光反応性ウリジン細胞 RNA、蛋白・ RNA の UV を介した架橋と質量分析に続いて、プロテオーム内 RNA 架橋ペプチドを明らかにするためにアナログの取り込みに依存しています。マウス胚性幹細胞のための手順を説明する、プロトコルは、簡単にさまざまな培養細胞に適応する必要があります。

概要

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RBR ID メソッドの目的は、新規 RNA 結合タンパク質 (Rbp) を識別し、RNA 結合変異体のデザインと生物学的・生化学的研究を促進するペプチド レベルの解像度とその RNA 結合領域 (RBRs) を割り当てるには蛋白質と核酸の相互作用の機能。

RNA は、遺伝情報を運ぶメッセンジャーとして行動することができも折る蛋白質1,2のものに似ている生化学的機能を持つ複雑な三次元構造、生体分子間で一意です。証拠の成長するボディは、Rna (ncRNAs) は様々 な遺伝子規制およびエピジェネティックな経路3,4,5で重要な役割を果たすし、コンサートでこれらの規定する機能を仲介する通常、示唆しています。具体的には特定の RNA と相互作用する蛋白質。特定の関連性の相互作用の蛋白質のセットは激しく勉強長い ncRNA (lncRNA) この lncRNA が女性の細胞6,7 における x 染色体不活性化に仲介する貴重な洞察を提供する Xist の最近確認されました。 ,8。とりわけ、Xist と相互作用するタンパク質のいくつかの標準的な RNA 結合ドメイン9が含まれていない、したがって、RNA 結合活性予測できなかったインシリコ単独で主なシーケンスに基づいています。LncRNAs の何千もが任意の特定のセルの10で表されることを考えると、それは、それらの多くを RNA 結合タンパク質 (Rbp) が発見される、まだ行動との相互作用を介して可能性がありますと仮定するが妥当。これらの新しい Rbp を識別する実験的戦略 ncRNAs の生物学的機能のタスクが大いに促進したがって。

経験的 Rbp を識別する以前の試みは、polyA + 質量分析法 (MS)11,12,13,14,15と結合した RNA 選択に頼ってきました。これらの実験は、デザイン polyadenylated 成績証明書にバインドされているタンパク質を検出できるだけで推定 Rbp のリストに多くの蛋白質を追加。ただし、ほとんどの小さな Rna と多くの lncRNAs は polyadenylated ではありません。16,17との相互作用の蛋白質が可能性が見逃しているこれらの実験で。最近の研究では、複数の知られている Rbp と精製には共同、これら再発 RBP パートナーの RNA 結合活動18を持っている可能性が高いを示した蛋白質を識別するタンパク質インタラクトーム データベースに機械学習を適用されます。ただし、この方法は、既存の大規模な相互作用データベースのマイニングに依存し、共同知られている Rbp、不溶性、膜に埋め込まれて、希少な解析から除いたと非変化条件で精製することができます蛋白質を識別することができますのみ蛋白質。

しばしばbona fide RBP としてタンパク質の同定はタンパク質-RNA 相互作用の生物学的・生化学的機能に関する情報を自動的に生成しません。この点に対処するため、それは通常各小説 RBP19、のコンテキストで RNA 結合の関数をテストする特定の変異体を設計できますように蛋白質のドメインとアミノ酸の相互作用に関与する残渣を識別することが望ましい20. 私達のグループと他の前の努力は RNA 結合領域 (RBRs)19,20,21,22; を識別する組換えタンパク質断片と欠失変異株を使用しています。ただし、このようなアプローチは手間と高スループット解析と互換性がありません。最近では、研究が質量23; を使用して高スループット方法で RNA 結合アクティビティにマップする実験的戦略を説明ただし、このアプローチはダブル polyA + RNA 選択に頼った、従って上記 RBP 同定アプローチと同じ制限を実施します。

光架橋蛋白質 RNA と蛋白質とことがなく生細胞における RNA と相互作用するタンパク質領域を識別するために定量的質量分析を利用する RNA 結合領域識別 (RBR-ID) と呼ばれる手法を開発RNA の起こる状況を想定、こうして Rbp を含む polyA Rna24にバインドされています。また、このメソッドは架橋に専ら依存しているとタンパク質溶解度またはユーザー補助の要件を持たないし、膜 (例えば核封筒) または難溶性コンパートメント (内 RNA 結合アクティビティをマッピングに最適です。例えば核マトリックス)。マウス胚性幹細胞 (mESCs) の核の RBR ID の実験手順について述べるが、マイナーな修正とこのプロトコルに適しているべき様々 な細胞の種類、彼らは効率的に文化から 4SU を組み込むことができますされます。媒体。

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プロトコル

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1。 文化と mESCs の拡大

注: マウス胚性幹細胞は文化に手軽な高速サイクリング時間のおかげで生化学的な実験に必要な大量に迅速に展開できます。健康 mESCs ダブルすべての 12 h.

37 ° c、5% CO 2、ティッシュ文化のインキュベーターで
  1. mESC 糊板に希望の番号を mESCs を展開中 (下記参照) を保持し、> 湿度 95%
    。 注: 十分なプレートは、3-5 生物複製しのために準備されるべき、+ 4SU サンプルと 4SU コントロール。1 つ 10 cm プレート (すなわち 500 万セル) で各生物の複製よりも十分です
    2. 。
  2. MESCs のための媒体はダルベッコから成る ' s 変更イーグル ' ペニシリン/ストレプトマイシン、1 x 非本質的なアミノ酸、100 μ M β-メルカプトエタノール、1,000 U x 0.5 15% ウシ胎児血清 (FBS)、2 mM L-グルタミンを添加した s 培地 (DMEM)/mL の白血病抑制因子 (LIF) 3 μ M CHIR99021、1 μ M PD0325901
    3. 。
  3. MESCs を通過、前に 10 cm 板の必要な数を準備します。
    1. プレートの表面全体が覆われているかどうかを確かめる水に 4 mL 0.1% ゼラチンを追加 (RT) 室温で 10 分間インキュベート; ゼラチン溶液を削除します
      2. 。
  4. 通路の細胞に達するとプレートあたり 1000 万セル通常接種 ~ 48 h
    。 注: mESCs は、密なコロニーが大きくなるとプレートことはできません単分子膜 (例えば HEK293 または 3T3 細胞) における成長細胞の観察、100% の confluency に到達します。MESC プレートは ~ 50% コンフルエントと媒体の前に間違いなく黄色に変わったら継代する必要があります。
      細胞をデタッチする
    1. リン酸緩衝生理食塩水 (PBS) 2 mM EDTA を添加した x 1 に一度密 mESC 文化とプレートを洗う DMEM に溶解した 0.05% トリプシンを追加し、5 分のためのインキュベーターにプレートを返す (37 ° C、5% CO 2 と > 95%湿度).
    2. インキュベーターからプレートを削除し、上下に精力的に数回ピペッティングによる DMEM の等量と細胞を再懸濁します、
      3. 。
    3. 検定を使用してセルをカウントし、単一細胞懸濁液を細胞に形成を確保する (すなわち クラスターがありません)、セルの混合物 500 x g 室温で 5 分間遠心分離します。上清を除去し、1-2 の mL DMEM で細胞ペレットを再懸濁します
      4. 。
    4. MESC 培地 (すなわち 〜 800,000 10 cm プレートごとのセル) で 10,000 のセル/cm 2 の密度で細胞を接種する 1.3.1 準備したゼラチン コーティング プレートを使用しています
      5. 。

2。タンパク質の架橋 – 生細胞における RNA 相互作用

注: RNA タンパク質架橋は、写真アクティブ化可能なリボヌクレオシド アナログ 4-thiouridine (4SU) によって媒介される 4SU は内因性よりも長い吸光度の最大値。ヌクレオチド RNA; だけに組み込むことが、したがって中間波長の UVB は、選択的に架橋 RNA 蛋白質 25 , 26 を使用できます。4SU を含む RNA とアミノ酸、Tyr の報告された好みの共有結合性の架橋につながる 4SU 処理細胞の UVB 治療 Trp、Met、リシン、およびシステイン 27

。
  1. に記載されているステップ 1 として必要な数 10 cm プレートを展開 mESCs.
    注: 十分なプレートは、3-5 生物複製しのために準備されるべき、+ 4SU サンプルと 4SU コントロール。1 つ 10 cm プレート (すなわち 500 万セル) はそれぞれの生物の複製のために十分
    2. 。
  2. プレートの confluency に到達、前に 500 の最終的な集中に媒体に直接 4SU を追加 μ m 残す - 未処理の 4SU 制御料理
    3. 。
  3. 配布中で均一 4SU に優しく振るプレート。2 時間同じ培養孵卵器にそれらを返す (37 ° C、5% CO 2 と > 湿度 95%).
  4. 氷のバケツにプレートを転送し、媒体を破棄します
    5. 。
  5. リンス 5 mL の氷冷 PBS で軽く板
    。 注: リンス優しくまたはセル可能性がありますデタッチします
    6. 。
  6. は紫外線発光電球搭載架橋剤で蓋なし氷冷 PBS と場所のプレートの 2 mL を追加 (312 nm)。1 J/cm 2 のエネルギー設定で板の照射します
    。 注: プラスチック蓋が削除されますまたは彼らが紫外線から細胞を守るかもしれないし、架橋を防ぐことが重要です
    7. 。
  7. は、セルは、リフターを使用して細胞を収集し、氷冷 PBS の円錐管に転送。2,000 x g で 4 ° C、5 分間遠心
  8. 上澄みを除去し、2 mM EDTA、0.2 mM 特異のフッ化物 (PMSF) 5 mL 氷冷 PBS で細胞ペレットを再懸濁します
    9. 。
  9. 診断のセルを数える。それぞれ 10 cm と 15 cm のプレートから 5-10 と 1000 万の細胞を期待します
    10. 。 2,000 x g で 4 ° C、5 分間遠心する

  10. 注: 播種細胞すぐ使用できますステップ 3 のまたは液体窒素でフラッシュ凍結でき無期限に-80 ° C で保存します。これは潜在的なポイントを停止します
    11. 。

3。核の隔離

注: 核は細胞質蛋白質を削除および核蛋白質のカバレッジを高めるから切り離されています。この手順は、別の細胞コンパートメントに Rbp を勉強する細胞分別の他の形態と置き換えることができます

。
  1. 準備氷冷バッファー (10 mM トリス塩酸 pH 7.9, 4 ° C、MgCl 2、1.5 mM 10 mM KCl)。(カウント 2.9 の手順で) 1000 万の細胞あたり少なくとも 2.5 mL、抽出に使用します
    。 注: バッファー A の在庫 (例えば 500 mL のボトル) することができます事前に準備、6 ヶ月のための 4 ° C で保存します。
  2. 使用前に 0.5 mM ジチオトレイトール (DTT) と 0.2 mM PMSF 冷たいバッファー A. の希望の金額 (1000 万セルあたり 2.5 mL) を追加
  3. 1000 万セルあたり 2 mL バッファー A を使用してセルを洗浄します。4 ° C で 5 分間 2,500 x g でスピン
  4. 破棄清追加バッファー オクチル フェノキシ polyethoxy エタノールなど、非イオン性、非変化洗剤の 0.2% を添加した A (材料の表 を参照)、1000 万セルごと 500 μ L。4 ° C で 5 分間回転
  5. 2,500 x g で 5 分間遠心分離
    6. 上澄みを除去
  6. ; ペレット細胞質を欠いてそのまま核で構成されています
    。 注: 核することができます手順 4 または液体窒素でフラッシュ凍結のためすぐに使用し、無期限に-80 ° C で保存します。これは潜在的なポイントを停止します
    7. 。

4。核の溶解

注: 架橋核タンパク質とタンパク質・ RNA 複合体を解放する質量分析法と互換性のあるバッファーで分離が

。
  1. 追加換散バッファー (9 M 尿素、100 mM トリス塩酸 pH 8.0、24 の ° C)、1000 万セルあたり 200 μ L。1/8 を使用してクロマチンをせん断する超音波 " 5-10 の 50% 振幅設定でプローブ
    2. ペレットを避けるために清の
  2. スピン 12,000 × g で 5 分で収集 175 μ L.
    注: RBR ID、次の手順のため 100 μ L が使用され、後で使用および/または西部のしみの分析-80 ° C でライセートの残り 75 μ L を格納できます
    3. 。
  3. ブラッドフォードの試金または類似の技術 28 を介して測定蛋白質の集中。1 mg/mL に異なるサンプルの蛋白質の集中または換散バッファーの適切な量を使用して最低のサンプル濃度を希釈します
    。 注: 1000 万 mESCs の核から蛋白質の 100-200 μ g を期待します
    4. 。

5。トリプシンの消化力

注: ペプチド s を生成するタンパク質が消化されてルータ ボトムアップ型質量分析法 (MS) 分析のために適しています

。
  1. 室温 1 時間孵化させなさい核溶解 (5 mM 最終); に DTT の追加ソリューション
  2. 新鮮な在庫 (最終的な 14 mM) からヨードアセトアミドを追加; 暗闇の中室温で 30 分間インキュベートします
    3. 。
  3. 5 倍量の 50 mM NH 4 HCO 3 lysate Dilute
  4. トリプシンを追加 (μ g タンパク質: μ g トリプシン = 200:1); 37 ° C で一晩インキュベートします
    5. 。

6。ペプチドの脱塩

  1. サンプルあたり 1 つのカスタムメイド ステージ先端の準備します。
    1. 6.1.1 200 μ l ピペット チップの底に固相抽出 C18 材料のディスクを配置します。
      2. 。
    2. 追加 50 μ L オリゴ R3 の逆相 C18 ディスク上に樹脂になります。遠心分離アダプターの内部ステージ ヒントと場所の先端 1.5 mL および microfuge の管の内部アダプターを配置します
      3. 。
    3. 追加 100 μ L 100% アセトニ トリルを洗うのヒントに。溶媒を削除する 1 分 1000 × g で遠心する
      4. 。
    4. Equilibrate 50 μ L 0.1% トリフルオロ酢酸 (TFA)。1000 × g で 1 分間遠心
  2. 100% ギ酸を 2-3 に pH が低下する消化された蛋白質のサンプルに追加します
    。 注: これは希釈ペプチド試料 1 mL あたり 〜 5 μ L 必要が、pH は測定しよりギ酸の追加をする必要があります必要に応じてします
    3. 。
  3. 特注ステージ ヒント、1000 × g で遠心するサンプルのすべてまで 1 分の上にサンプルをロードし先端を通過します
    4. 。
  4. 洗浄結合ペプチドの 50 μ L 0.1 %tfa。1000 × g で 1 分間遠心
  5. 50 μ L の溶出バッファーを追加してペプチドの溶出 (75% アセトニ トリル、0.025 %tfa) ステージの先端と先端から溶出バッファーを強制的に 1 分 1000 × g で遠心する
    6. 。
  6. 乾燥 150 x g と 1 のための 1-3 kPa で設定真空遠心分離機を使用してサンプル
    注: 乾燥ペプチドが-80 ° C で不明確に保存されます。これは潜在的なポイントを停止します
    7. 。

7。架橋 RNA の除去

注: 架橋 RNA を削除するヌクレアーゼのペプチドを扱う

。
  1. 50 μ L 2 ヌクレアーゼ バッファー (100 mM NH 4 HCO 3、4 mM MgCl 2) x でペレットを再懸濁します
    2. 。 280 吸光度を用いた
  2. メジャー ペプチド濃度 1 の A 280 のペプチドの 1 mg/mL と仮定すると nm
    。 注: 予想される濃度が 1 mg/mL
    3. 。
  3. すべてのサンプル 1 mg/mL、ヌクレアーゼ バッファー x 2 を使用して最低の濃度を調整します
    4. 。
  4. 50 μ L H 2 O + 1 μ L 高純度ヌクレアーゼのマスター ミックスを調製 (≥ 250 U) (材料の表 を参照してください) サンプルあたり
    5. 。
  5. ペプチドのサンプルの 50 μ L を取り、50 μ L H 2 O の + ヌクレアーゼ マスター ミックスを追加します
    6. 。 1 h. 質量分析を実行する続行の 37 ° C に加温
  6. .
    注: ペプチッドは質量分析の準備が整いました。彼らは、すぐに解析または無期限に-80 ° C で保存できます。これは潜在的なポイントを停止します
    7. 。

8。ナノ液体クロマトグラフィー、質量分析法、および Raw データ現像処理

注: 4SU 架橋ペプチドの質量が変更されるため、イオンはカウントされません非架橋ペプチドの強度 LC ・ MS/MS 中、したがって、架橋によって減るべきなら表示されます。程度と減少の一貫性の各ペプチド 24 タンパク質-RNA 架橋度を反映している

。
  1. 次のようにバッファーの準備高速液体クロマトグラフィー: HPLC 級水 (バッファー A) の 0.1% ギ酸; 高速液体クロマトグラフィー用アセトニ トリル (バッファー B) の 0.1% ギ酸
    2. 。
  2. ナノ高速液体クロマトグラフィーが利用できない場合は以下の仕様のナノ列を接続: 内部直径 75 μ m 充填 C18 AQ 粒子; 長さ 20-25 cm
    。 注: 高速液体クロマトグラフィーを利用できる高い流動度で実行されている場合は、指定された流量の適切な列サイズを使用します。高い流れクロマトグラフィー感度が低下します
    3. 。
  3. は高速液体クロマトグラフィー法を次のようにプログラム: フロー レート 250 300 nL/min; 2 から 120 分で 80 %b 次の 5 分、10 分のイソクラティック 80% B 28 から 28% バッファー B へのグラデーション
    注: HPLC に自動列の平衡事前サンプル読み込みがあるない場合プログラムを起動 0 %b で 10 分間のサンプルをロードする前にします
    4. 。
  4. は、MS 獲得手法として標準的な散弾銃プロテオミクス実験データ依存型獲得 (DDA) を実行するプログラムします。楽器デューティ サイクル タンデム MS スキャン (MS/MS) 信号の最も激しいの MS フルスキャンを代替する必要があります。最適な設定を使用して、実行する MS プロテオミクス
    。 注: 自信を持って結果を得るのため、少なくとも完全 MS を実行できます使用楽器は高解像度モード (例えば orbitrap、飛行時間) でスキャンします。正確な定量化のためフルスキャン MS 間の間隔は、もはやよりも 3 s. 長くデューティ ・ サイクルは、抽出したイオンのクロマト グラムの正確な定義をできない可能性があることを確認します
    5. 。
  5. は、HPLC カラムにサンプルの 1-2 μ g を読み込み、プログラム、高速液体クロマトグラフィー/タンデム質量メソッドを実行します。各生物の複製のために少なくとも 2 つの独立した実行し、技術的複製を扱う
    6. 。
  6. 後 MS は、MS/MS スペクトル同定及び抽出したイオンクロマトグラフィーによるペプチド定量化のプロテオミクス ソフトウェア パッケージに raw ファイルをインポートします。複数のクロマト グラフの配置を実行することができますソフトウェア パッケージをお勧めします MS (参照 材料表) 29 , 30 を実行します
    7. 。
  7. オプションのソフトウェア スイートで利用可能な場合を有効にする " マッチの間実行 " データ処理を開始する前にします
    8. 。
  8. 分析が完了すると、定量値と共にペプチド リストをエクスポートします
    9. 。

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結果

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図 1は、RBR ID ワークフローを示しています。この手法の比較的低い架橋効率のため生物学的複製間で枯渇レベルと観測の効果 (P値) の一貫性の両方を考慮する非常に重要です。図 2は、RBR ID の結果の火山プロットを示しています。RNA 認識モチーフ (RRM) ドメインをオーバー ラップするペプチドは、非常に一貫した枯渇のレベルを表示します。RRM のドメインは、RBR ID 分析用ポジティブ コントロールとして使用できます。

RBR ID は生きているセルで RBRs にマップする使用できます。各ペプチド RNA 結合のポテンシャルを推定する RBR ID スコアを計算できます: RBR ID スコア = -2対数 (正規化された 4SU 強度/正規化 + -4SU 強度) (ログ

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ディスカッション

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MESCs と、4SU の RNA を組み込むことができます任意のセルに、適切な修正と RBR ID を実行する詳細な実験的プロトコルについて述べる。他の細胞型は、十分な信号対雑音比を確実にとる方法の最適化を必要があります。さらに、プロトコルは、核 Rbp の検討に焦点を当ててを記載、一方 RBR ID 技術は異なる分別法による細胞質または特定の細胞小器官などの異なる細胞コンパートメントに容易に適応する必要があります。戦略。最適化が必要な可能性がありますパラメーターは、UV 架橋のエネルギーと同様、4SU の濃度と時間に含まれます。これらのパラメーターは、RNA タンパク質クロスリンクの効率的な形成を確保し、良好な信号対雑音比をもたらすに重要です。312 nm 紫外線光は、365 と比較して 4SU を含む Rna タンパク質架橋ではるかに効率的な示されている nm パー クリップ32で通常使用される UVA。312 と RBR ID の比較を直接 nm、365 nm を発揮する 312 nm UVB は知られている Rbp24の大部分の特定...

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開示事項

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著者が明らかに何もありません。

謝辞

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R. b. は、サール学者プログラム、大戦スミス財団 (C1404) および (1-年度-15-344) ・ ダイムズ財団の 3 月によって支えられました。:Wii は、NIH からのサポートは R01GM110174 と NIH の R01AI118891 を付与し、DOD、BC123187P1 を付与を認めています。R. W. T.NIH のトレーニングの許可 T32GM008216 によって支えられました。

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材料

この記事で使用された材料の一覧
名前会社カタログ番号コメント
ノックアウトDMEMフィッシャーサイエンティフィ10829018
ウシ胎児血清、認定、米国原産フィッシャーサイエンティフィック26140079
L-グルタミン溶液 200 mMシグマG7513
ペニシリン-ストレプトマイシン溶液シグマP0781
MEM 非必須アミノ酸溶液 (100回;)シグマM7145
2-メルカプトエタノールシグマM3148
ESGRO白血病抑制因子(LIF)EMDミリポアESG1106
CHIR99021トクリス4423
PD0325901シグマPZ0162
ゼラチン溶液、水中2%グマG1393
4-チウリジンシグマT450950 mM水のストック
Spectrolinker XL-1500フィッシャーサイエンティフィック11-992-90
フェニルメタンスルホニルフッ化物シグマ78830
IGEPAL CO-630シグマ542334オクチルフェノキシ-ポリエトキシ-エタノール洗剤の商業形態
ヨードアセトアミドシグマI6125
トリプシン、シーケンシンググレードPromegaV5111
Empore 固相抽出ディスク3M66883
OLIGO R3 逆相 樹脂フィッシャーサイエンティフィック1133903
ベンゾナーゼシグマE8263高純度ヌクレアーゼ
ソニック ディスメンブレーター モデル 100フィッシャー サイエンティフィ製造中止FB505110
で更新されましたHPLCグレードのアセトニトリルフィッシャーケミカルA955-4
HPLCグレードの水フィッシャーサイエンティフィックW6 4
TFAフィッシャーサイエンティフィックA11650
重炭酸アンモニウムΣA6141
酢酸シグマ49199
ギ酸シグマF0507
ReproSil-Pur18-AQDr. Maisch GmbH HPLCr13.aq.0003HPLCカラム
キャピラリーの充填剤(75 & micro;m)Molex1068150017
MaxQuantソフトウェアMax Planck Institute for BiochemistryMSランのクロマトグラフィーアライメントを行うことができます
ック シック ナノカラム用 複数の

参考文献

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Bonasio, R., Shiekhattar, R. Regulation of transcription by long noncoding RNAs. Annu Rev Genet. 48, 433-455 (2014).
  2. Bonasio, R. Emerging topics in epigenetics: ants, brains, and noncoding RNAs. Ann N Y Acad Sci. 1260, 14-23 (2012).
  3. Rinn, J. L., Chang, H. Y. Genome regulation by long noncoding RNAs. Annu Rev Biochem. 81, 145-166 (2012).
  4. Goff, L. A., Rinn, J. L. Linking RNA biology to lncRNAs. Genome Res. 25 (10), 1456-1465 (2015).
  5. Holoch, D., Moazed, D. RNA-mediated epigenetic regulation of gene expression. Nat Rev Genet. 16 (2), 71-84 (2015).
  6. Chu, C., et al. Systematic discovery of Xist RNA binding proteins. Cell. 161 (2), 404-416 (2015).
  7. McHugh, C. A., et al. The Xist lncRNA interacts directly with SHARP to silence transcription through HDAC3. Nature. 521 (7551), 232-236 (2015).
  8. Minajigi, A., et al. Chromosomes. A comprehensive Xist interactome reveals cohesin repulsion and an RNA-directed chromosome conformation. Science. 349 (6245), (2015).
  9. Lunde, B. M., Moore, C., Varani, G. RNA-binding proteins: modular design for efficient function. Nat Rev Mol Cell Biol. 8 (6), 479-490 (2007).
  10. Cabili, M. N., et al. Integrative annotation of human large intergenic noncoding RNAs reveals global properties and specific subclasses. Genes Dev. 25 (18), 1915-1927 (2011).
  11. Castello, A., et al. Insights into RNA biology from an atlas of mammalian mRNA-binding proteins. Cell. 149 (6), 1393-1406 (2012).
  12. Baltz, A. G., et al. The mRNA-bound proteome and its global occupancy profile on protein-coding transcripts. Mol Cell. 46 (5), 674-690 (2012).
  13. Kwon, S. C., et al. The RNA-binding protein repertoire of embryonic stem cells. Nat Struct Mol Biol. 20 (9), 1122-1130 (2013).
  14. Beckmann, B. M., et al. The RNA-binding proteomes from yeast to man harbour conserved enigmRBPs. Nat Commun. 6, 10127(2015).
  15. Conrad, T., et al. Serial interactome capture of the human cell nucleus. Nat Commun. 7, 11212(2016).
  16. Wilusz, J. E., et al. A triple helix stabilizes the 3' ends of long noncoding RNAs that lack poly(A) tails. Genes Dev. 26 (21), 2392-2407 (2012).
  17. Kim, T. K., Shiekhattar, R. Architectural and Functional Commonalities between Enhancers and Promoters. Cell. 162 (5), 948-959 (2015).
  18. Brannan, K. W., et al. SONAR Discovers RNA-Binding Proteins from Analysis of Large-Scale Protein-Protein Interactomes. Mol Cell. 64 (2), 282-293 (2016).
  19. Bonasio, R., et al. Interactions with RNA direct the Polycomb group protein SCML2 to chromatin where it represses target genes. Elife. 3, e02637(2014).
  20. Kaneko, S., et al. Interactions between JARID2 and noncoding RNAs regulate PRC2 recruitment to chromatin. Mol Cell. 53 (2), 290-300 (2014).
  21. Kaneko, S., et al. Phosphorylation of the PRC2 component Ezh2 is cell cycle-regulated and up-regulates its binding to ncRNA. Genes Dev. 24 (23), 2615-2620 (2010).
  22. Saldana-Meyer, R., et al. CTCF regulates the human p53 gene through direct interaction with its natural antisense transcript, Wrap53. Genes Dev. 28 (7), 723-734 (2014).
  23. Castello, A., et al. Comprehensive Identification of RNA-Binding Domains in Human Cells. Mol Cell. 63 (4), 696-710 (2016).
  24. He, C., et al. High-Resolution Mapping of RNA-Binding Regions in the Nuclear Proteome of Embryonic Stem Cells. Mol Cell. 64 (2), 416-430 (2016).
  25. Favre, A., et al. 4-Thiouridine photosensitized RNA-protein crosslinking in mammalian cells. Biochem Biophys Res Commun. 141 (2), 847-854 (1986).
  26. Hafner, M., et al. Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP. Cell. 141 (1), 129-141 (2010).
  27. Favre, A., Saintome, C., Fourrey, J. L., Clivio, P., Laugaa, P. Thionucleobases as intrinsic photoaffinity probes of nucleic acid structure and nucleic acid-protein interactions. J Photochem Photobiol B. 42 (2), 109-124 (1998).
  28. Bradford, M. M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal Biochem. 72, 248-254 (1976).
  29. Tyanova, S., Temu, T., Cox, J. The MaxQuant computational platform for mass spectrometry-based shotgun proteomics. Nat Protoc. 11 (12), 2301-2319 (2016).
  30. MacLean, B., et al. Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments. Bioinformatics. 26 (7), 966-968 (2010).
  31. Kondo, Y., Oubridge, C., van Roon, A. M., Nagai, K. Crystal structure of human U1 snRNP, a small nuclear ribonucleoprotein particle, reveals the mechanism of 5' splice site recognition. Elife. 4, (2015).
  32. Hafner, M., et al. PAR-CliP--a method to identify transcriptome-wide the binding sites of RNA binding proteins. J Vis Exp. (41), (2010).

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